C6orf62

C6orf62
Идентификаторы
Псевдонимы	C6orf62 , Nbla00237, XTP12, dJ30M3.2, хромосома 6, открытая рамка считывания 62
Внешние идентификаторы	МГИ : 2441726 ; Гомологен : 11551 ; Генные карты : C6orf62 ; OMA : C6orf62 — ортологи
showМестоположение гена ( человек )
Chr.	Chromosome 6 (human)
End	24,719,998 bp
showМестоположение гена ( Мышь )
Chr.	Chromosome 13 (mouse)
End	25,000,180 bp
show экспрессии РНК Характер
	Top expressed in
	pylorus; ; monocyte; ; palpebral conjunctiva; ; testicle; ; germinal epithelium; ; superior vestibular nucleus; ; body of pancreas; ; cardia; ; lymph node; ; trigeminal ganglion;
	Top expressed in
	Gonadal ridge; ; fetal liver hematopoietic progenitor cell; ; renal corpuscle; ; blood; ; ventricular zone; ; ciliary body; ; neural layer of retina; ; decidua; ; ganglionic eminence; ; tibiofemoral joint;
	More reference expression data
	n/a
showГенная онтология
Molecular function	molecular function;
Cellular component	intracellular anatomical structure;
Biological process	biological process;
	Sources:Amigo / QuickGO
hideОртологи
	81688
	79555
	ENSG00000112308
	ENSMUSG00000019132
	Q9GZU0
	Q99LU8
	НМ_030939
	НМ_024473
	НП_112201
	НП_077793
	Викиданные
Просмотр/редактирование человека	Просмотр/редактирование мыши

Открытая рамка считывания 62 хромосомы 6 (C6orf62), также известная как X-транс-активируемый белок 12 (XTP12), ^{[ 5 ]} — ген, кодирующий одноименный белок. Предполагается, что кодируемый белок имеет субклеточное расположение в цитозоле. ^{[ 6 ]}

Ген и транскрипт

В ДНК C6orf62 имеет длину 12 529 пар оснований и расположен в положении 6q22.3. ^{[ 7 ]} Он расположен на 6-й хромосоме в позиции 22.3 (6q22.3). Зрелая последовательность мРНК имеет длину 2498 пар оснований с 5 экзонами и 4 интронными областями, которая транслирует белок длиной 229 аминокислот и две предсказанные изоформы из 160 аминокислот и 200 аминокислот. ^{[ 8 ]}^{[ 9 ]}

Белок

Основной транскрипт имеет длину 229 аминокислот и кодируется 5 экзонными участками. Существует два варианта транскрипта длиной 200 и 160 аминокислот. Домен неизвестной функции (DUF4566) присутствует во всех трех вариантах и охватывает позиции 1–226 основного транскрипта. ^{[ 10 ]} Молекулярная масса C6orf62 составляет 27,1 кДа, а его изоэлектрическая точка находится при pH 9,24. ^{[ 11 ]} Он расположен субклеточно и локализуется по всему цитозолю. ^{[ 6 ]}

Белковые взаимодействия

Белок
ЭЛАВЛ1	предсказано с помощью аффинной захватывающей РНК. ^{[ 12 ]}
ПВРЛ4	предсказано с помощью масс-спектроскопии аффинного захвата. ^{[ 12 ]}
НАДН	предсказано с помощью скрининга двухгибридных дрожжей . ^{[ 13 ]}

Выражение

C6orf62 широко экспрессируется в организме человека, однако содержание его белка невелико. ^{[ 14 ]} Он более сильно экспрессируется в желчном пузыре и яичках , но его экспрессия в гладких мышцах , лимфатических узлах , селезенке , яичниках , жировой и мягких тканях не прогнозируется .

Гомология

C6orf62 высоко консервативен среди позвоночных и имеет ортологи, обнаруженные у беспозвоночных.

Ортологи у некоторых млекопитающих

Род	Разновидность	Общее имя	Дата расхождения (MYA)	RefSeq	Длина АА	% Личность	% сходства
Помещать	абелий	Суматранский орангутан	15.2	НП_001126883.1	232	99	99
Иктидомис	тринадцать строк	Бурундук	88	XP_005337081.1	231	99	98
Выбрось это	китайский	Тришрюк	85	XP_006162754.1	267	84	98
Раттус	норвежский	Коричневая Крыса	88	НП_001017510.1	232	99	98

^{[ 15 ]}

Ортологи у некоторых лучепёрых рыб

Род	Разновидность	Общее имя	Дата расхождения (MYA)	RefSeq	Длина АА	% Личность	% сходства
Сальмо	зарплата	Лосось	435	XP_014034327.1	233	82	93
синоциклохейлус	носорог	Штанга с золотой подкладкой	435	XP_016388718.1	230	87	94
Гиппокамп	приходит	Морской конек	435	XP_019729847.1	234	80	91

^{[ 15 ]}

Ортологи у некоторых амфибий

Род	Разновидность	Общее имя	Дата расхождения (MYA)	RefSeq	Длина АА	% Личность	% сходства
душ	парковка	Высокогималайская лягушка	353	XP_018411819.1	232	95	97
Ксеноп	трпокалис	Африканская шпорцевая лягушка	353	НП_001120278.1	232	93	98

^{[ 15 ]}

Ортологи у некоторых рептилий

Род	Разновидность	Общее имя	Дата расхождения (MYA)	RefSeq	Длина АА	% Личность	% сходства
Хрисемида	нарисованная война	Раскрашенная черепаха	320	XP_005281462.1	233	97	98
Питон	вбивиттатус	Бирманский питон	320	XP_007521998.1	233	96	99
Челония	Мидас	Зеленая морская черепаха	320	XP_007060449.1	231	97	98
Аллигатор	китайский	Китайский Аллигатор	320	XP_006034488.1	232	98	99

^{[ 15 ]}

Ортологи в Select Birds

Род	Разновидность	Общее имя	Дата расхождения (MYA)	RefSeq	Длина АА	% Личность
Таурако	эритролоф	Краснохохлый таурако	320	XP_009991398.1	232	97
Тениопигия	гуттата	Зебра Финч	320	XP_002194166.1	232	98
Манакус	желток	Золотой меченный манакин	320	XP_017925511.1	241	98

Ортологи у некоторых беспозвоночных ^{[ 15 ]}

Род	Разновидность	Общее имя	Дата расхождения (MYA)	RefSeq	Длина АА	% Личность	% сходства
Сиона	кишечный	морской сквирт	677	XP_002119736.1	233	38	62
Крассострея	гига	Тихоокеанская устрица	758	XP_011438527.1	231	62	80
Хеллобделла	робуста	Глоссифониевые пиявки	758	XP_009016977.1	264	35	51
Осьминог	бимакулоиды	Двухточечный осьминог	758	XP_014780369.1	197	60	79
Саккоглоссус	Ковалевский	Желудевый червь	627	XP_002741666.1	230	66	83

^{[ 15 ]}

Ссылки

^ Перейти обратно: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000112308 – Ensembl , май 2017 г.
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000019132 – Ensembl , май 2017 г.
^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ База данных GeneCards Human Gene. «Ген C6orf62 — GeneCards | Белок CF062 | Антитело CF062» . www.genecards.org . Проверено 21 февраля 2017 г.
^ Перейти обратно: ^а ^б «Тканевая экспрессия C6orf62 - Резюме - Атлас белков человека» . www.proteinatlas.org . Проверено 8 мая 2017 г.
^ Кент, штат Вашингтон; Сугнет, CW; Фьюри, Т.С.; Роскин, К.М.; Прингл, TH; Залер, AM; Хаусслер, Д. (2002). «Браузер генома UCSC» . Браузер генома UCSC . Проверено 20 февраля 2017 г.
^ «ПРОГДАНО: неохарактеризованный белок C6orf62, изоформа X1 [Homo sapiens] — Белок — NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 8 мая 2017 г.
^ «ПРОГДАНО: неохарактеризованная изоформа X2 белка C6orf62 [Homo sapiens] — Белок — NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 8 мая 2017 г.
^ «Открытая рамка считывания 62 хромосомы C6orf62 [Homo sapiens (человек)] — Ген — NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 8 мая 2017 г.
^ Волкер, Брендель (2006). «SAPS — SDSC Bio Workbench» . Инструментарий биологии SDSC . Проверено 1 мая 2017 г. ^{[ постоянная мертвая ссылка ]}
^ Перейти обратно: ^а ^б Лаборатория, Майк Тайерс. «C6orf62 (RP1-30M3.4) Сводка результатов | BioGRID» . thebiogrid.org . Проверено 8 мая 2017 г.
^ «По запросу C6orf62 найдено 1 бинарное взаимодействие» . База данных молекулярных взаимодействий IntAct . ЭМБЛ-ЭБИ . Проверено 25 августа 2018 г.
^ «Обилие белка C6orf62 в PaxDb» . pax-db.org . Проверено 8 мая 2017 г.
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж «NCBI — базовый инструмент поиска локального выравнивания» . НКБИ .

[refGRCh38Ensembl-1] Перейти обратно: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000112308 – Ensembl , май 2017 г.

[refGRCm38Ensembl-2] Перейти обратно: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000019132 – Ensembl , май 2017 г.

[3] «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[4] «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[5] База данных GeneCards Human Gene. «Ген C6orf62 — GeneCards | Белок CF062 | Антитело CF062» . www.genecards.org . Проверено 21 февраля 2017 г.

[:0-6] Перейти обратно: ^а ^б «Тканевая экспрессия C6orf62 - Резюме - Атлас белков человека» . www.proteinatlas.org . Проверено 8 мая 2017 г.

[7] Кент, штат Вашингтон; Сугнет, CW; Фьюри, Т.С.; Роскин, К.М.; Прингл, TH; Залер, AM; Хаусслер, Д. (2002). «Браузер генома UCSC» . Браузер генома UCSC . Проверено 20 февраля 2017 г.

[8] «ПРОГДАНО: неохарактеризованный белок C6orf62, изоформа X1 [Homo sapiens] — Белок — NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 8 мая 2017 г.

[9] «ПРОГДАНО: неохарактеризованная изоформа X2 белка C6orf62 [Homo sapiens] — Белок — NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 8 мая 2017 г.

[10] «Открытая рамка считывания 62 хромосомы C6orf62 [Homo sapiens (человек)] — Ген — NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 8 мая 2017 г.

[11] Волкер, Брендель (2006). «SAPS — SDSC Bio Workbench» . Инструментарий биологии SDSC . Проверено 1 мая 2017 г. ^{[ постоянная мертвая ссылка ]}

[:1-12] Перейти обратно: ^а ^б Лаборатория, Майк Тайерс. «C6orf62 (RP1-30M3.4) Сводка результатов | BioGRID» . thebiogrid.org . Проверено 8 мая 2017 г.

[13] «По запросу C6orf62 найдено 1 бинарное взаимодействие» . База данных молекулярных взаимодействий IntAct . ЭМБЛ-ЭБИ . Проверено 25 августа 2018 г.

[14] «Обилие белка C6orf62 в PaxDb» . pax-db.org . Проверено 8 мая 2017 г.

[:2-15] Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж «NCBI — базовый инструмент поиска локального выравнивания» . НКБИ .

[1]

[2]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]

[ 15 ]