Секвенирование цепи матрицы одноклеточной ДНК
Секвенирование цепей шаблона одноклеточной ДНК , или Strand-seq , представляет собой метод избирательного секвенирования цепей родительской матрицы дочерней клетки. [ 1 ] Этот метод предлагает широкий спектр применений, включая идентификацию обменов сестринскими хроматидами в родительской клетке до сегрегации, оценку неслучайной сегрегации сестринских хроматид, идентификацию неправильно ориентированных контигов в сборках генома , сборку генома de novo обоих гаплотипов у диплоидных организмов, включая человека, полнохромосомное гаплотипирование и выявление зародышевых и соматических структурных вариаций генома , последнее из которых может надежно обнаруживаются даже в отдельных клетках.
Фон
[ редактировать ]Strand-seq (одноклеточное и одноцепочечное секвенирование) был одним из первых протоколов секвенирования одиночных клеток, описанных в 2012 году. [ 1 ] Этот геномный метод избирательно секвенирует цепи родительской матрицы в библиотеках ДНК одиночных дочерних клеток . [ 1 ] В качестве доказательства концептуального исследования авторы продемонстрировали способность получать информацию о последовательностях хромосомных цепей Уотсона и/или Крика в индивидуальной библиотеке ДНК, в зависимости от способа сегрегации хроматид; типичная библиотека ДНК всегда будет содержать ДНК обеих цепей. Авторы были особенно заинтересованы в демонстрации полезности секвенирования цепей для обнаружения обменов сестринских хроматид (SCE) с высоким разрешением. Они успешно идентифицировали восемь предполагаемых SCE в линии эмбриональных стволовых клеток мыши (meS) с разрешением до п.о. 23 Также было показано, что эта методология очень полезна для выявления закономерностей неслучайной сегрегации хроматид, особенно в линиях стволовых клеток. Более того, SCE используются в качестве диагностических индикаторов геномного стресса, информация, которая может быть полезна в биологии рака. Большинство исследований по этой теме включает в себя наблюдение за ассортиментом цепочек хромосомных шаблонов на протяжении многих циклов развития клеток и корреляцию неслучайного ассортимента с конкретными судьбами клеток. Протоколы секвенирования одиночных клеток легли в основу разработки этого метода, но они отличаются в нескольких аспектах.
Методология
[ редактировать ]Похожие методы
[ редактировать ]Прошлые методы использовались для отслеживания закономерностей наследования хроматид по каждой цепи и выяснения процесса неслучайной сегрегации:
Импульсная погоня
[ редактировать ]Эксперименты с импульсной погоней использовались для определения закономерностей сегрегации хромосом в дополнение к изучению других зависящих от времени клеточных процессов. [ 2 ] Короче говоря, импульсный анализ позволяет исследователям отслеживать радиоактивно меченные молекулы в клетке. В экспериментах по изучению неслучайного набора хромосом стволовые клетки помечаются или «импульсируются» аналогом нуклеотида, который включается в реплицируемые цепи ДНК. [ 3 ] Это позволяет отслеживать зарождающиеся насаждения на протяжении многих раундов репликации . К сожалению, этот метод имеет низкую разрешающую способность, поскольку его можно наблюдать только на уровне хроматид.
Хромосомно-ориентированная флуоресценция гибридизации in situ (CO-FISH)
[ редактировать ]CO-FISH, или специфическая флуоресцентная гибридизация in situ , облегчает специфическое нацеливание цепи ДНК с помощью зондов с флуоресцентной меткой. [ 4 ] Он использует однородную ориентацию основных сателлитов относительно направления теломер , что позволяет однозначно обозначать нити как нити «Ватсона» или «Крика». Используя однонаправленные зонды, распознающие основные сателлитные области, в сочетании с флуоресцентно-меченными красителями, можно связать отдельные нити. [ 4 ] Чтобы гарантировать, что помечена только цепь матрицы, вновь образованные цепи должны быть разрушены путем включения BrdU и фотолиза . Этот протокол обеспечивает улучшенное цитогенетическое разрешение, позволяя исследователям наблюдать отдельные нити, а не целые хроматиды с помощью экспериментов с импульсной погоней. Более того, неслучайную сегрегацию хроматид можно напрямую оценить, воздействуя на основные сателлитные маркеры.
Протоколы влажной лаборатории
[ редактировать ]Интересующие клетки культивируют либо in vivo, либо in vitro. Во время S-фазы клетки обрабатывают бромдезоксиуридином (BrdU), который затем включается в их зарождающуюся ДНК, действуя как заменитель тимидина. После того, как произошло хотя бы одно событие репликации, дочерние клетки синхронизируются в фазе G2 и индивидуально разделяются с помощью сортировки клеток, активируемой флуоресценцией (FACS) . Клетки непосредственно сортируются в буфер для лизиса и экстрагируется их ДНК. Арестовав определенное количество поколений (обычно одно), можно оценить характер наследования сестринских хроматид. Следующие методы сосредоточены на секвенировании ДНК одной дочерней клетки. На этом этапе хромосомы состоят из возникающих цепей с BrdU вместо тимидина, а исходные цепи матрицы грунтуются для подготовки библиотеки секвенирования ДНК. Поскольку этот протокол был опубликован в 2012 году, [ 1 ] каноническая методология хорошо описана только для Illumina платформ секвенирования ; протокол можно легко адаптировать для других платформ секвенирования, в зависимости от приложения. Затем ДНК инкубируется со специальным красителем, так что, когда комплекс BrdU-краситель возбуждается УФ-светом, возникающие цепи разрываются в результате фотолиза . Этот процесс ингибирует амплификацию образующейся цепи полимеразной цепной реакцией (ПЦР), позволяя амплифицировать только родительские цепи матрицы. Создание библиотеки происходит как обычно для парного секвенирования Illumina. Затем мультиплексирующие праймеры для ПЦР лигируют с ампликонами ПЦР с помощью гексамерных штрих-кодов, указывающих, из какой клетки каждый фрагмент они получены. В отличие от протоколов секвенирования отдельных клеток , Strand-seq не использует амплификацию с множественным смещением или MALBAC для амплификации ДНК. Скорее, это зависит исключительно от ПЦР.
Биоинформатическая обработка
[ редактировать ]
Большинство текущих приложений Strand-seq начинаются с приведения секвенированных считываний в соответствие с эталонным геномом. Выравнивание можно выполнить с помощью различных элайнеров с коротким считыванием, таких как BWA и Bowtie. [ 5 ] [ 6 ] Сравнивая считывания Strand-seq из одной клетки с эталонным геномом, можно определить унаследованные цепи матрицы. Если клетка была секвенирована после более чем одного поколения, можно установить структуру ассортимента хроматид для конкретной клеточной линии. Биоинформатический анализ наследственных шаблонов (BAIT) был первым биоинформатическим программным обеспечением, которое анализировало исключительно чтения, полученные с помощью методологии Strand-seq. [ 7 ] Он начинается с приведения чтений в соответствие с эталонной последовательностью, разделения генома на секции и, наконец, подсчета количества чтений Уотсона и Крика, попадающих в каждую ячейку. Отсюда BAIT позволяет идентифицировать события SCE, неправильно ориентированные контиги в эталонном геноме, анеуплоидные хромосомы и способы сегрегации сестринских хроматид. Это также может помочь в сборке геномов ранней сборки и назначении бесхозных каркасов в места внутри геномов поздней сборки. Вслед за BAIT недавно были представлены многочисленные инструменты биоинформатики, которые используют данные Strand-seq для различных приложений (см., например, следующие разделы, посвященные гаплотипированию, сборке генома de novo и обнаружению структурных вариаций в одиночных клетках со ссылкой на соответствующие статьи по ссылкам).
Ограничения
[ редактировать ]Strand-seq требует, чтобы клетки подвергались клеточному делению для мечения BrdU, и поэтому не применим к фиксированным формалином образцам или неделящимся клеткам. Но его можно применять к нормальным митотическим клеткам и тканям, органоидам, а также к образцам лейкемии и опухолей с использованием свежих или замороженных первичных образцов. Strand-seq использует секвенирование Illumina, а приложения, которым требуется информация о последовательностях из различных технологий секвенирования, требуют новых протоколов или, альтернативно, интеграции данных, полученных с использованием различных платформ секвенирования, как недавно было продемонстрировано. [ 8 ] [ 9 ]
Авторы первоначальных статей, описывающих Strand-seq, показали, что они смогли достичь разрешения 23 п.н. для картирования SCE, и другие крупные хромосомные аномалии, вероятно, будут иметь такое же разрешение картирования (если выполняется точное картирование точек останова). Разрешение, однако, зависит от комбинации используемой платформы секвенирования, протоколов подготовки библиотеки и количества проанализированных клеток, а также глубины секвенирования на ячейку. Однако было бы разумно повысить точность с помощью технологий секвенирования, которые не допускают ошибок в гомополимерных повторах.
Приложения и утилиты
[ редактировать ]Выявление обмена сестринских хроматид
[ редактировать ]Первоначально Strand-seq был предложен как инструмент для выявления обменов сестринских хроматид. [ 1 ] Будучи процессом, локализованным в отдельных клетках, секвенирование ДНК более чем одной клетки естественным образом рассеивает эти эффекты и предполагает отсутствие событий SCE. Более того, классические методы секвенирования одиночных клеток не могут выявить эти события из-за гетерогенных ошибок амплификации и информации о двухцепочечных последовательностях, что делает необходимым Strand-seq. Используя информацию о эталонном выравнивании, исследователи могут идентифицировать SCE, если изменяется направленность унаследованной цепи шаблона.
Выявление неправильно ориентированных контигов
[ редактировать ]Неправильно ориентированные контиги присутствуют в эталонных геномах в значительной степени (например, 1% в эталонном геноме мыши). [ 1 ] [ 10 ] Strand-seq, в отличие от традиционных методов секвенирования, может обнаружить эти дезориентации. [ 1 ] Неправильно ориентированные контиги присутствуют там, где наследование цепи меняется от одного гомозиготного состояния к другому (например, WW на CC или CC на WW). Более того, это изменение состояния видно в каждой библиотеке Strand-seq, что усиливает наличие неправильно ориентированного контига. [ 7 ]
Выявление неслучайного разделения сестринских хроматид
[ редактировать ]До 1960-х годов предполагалось, что сестринские хроматиды случайным образом разделяются на дочерние клетки. Однако с тех пор в клетках млекопитающих наблюдается неслучайная сегрегация сестринских хроматид. [ 11 ] [ 12 ] Было предложено несколько гипотез для объяснения неслучайной сегрегации, в том числе гипотеза бессмертной цепи и гипотеза молчаливой сестры, одна из которых, как мы надеемся, может быть проверена методами, включающими Strand-seq.
«Гипотеза бессмертной нити»
Мутации происходят каждый раз, когда клетка делится. Определенные долгоживущие клетки (например, стволовые клетки) могут особенно пострадать от этих мутаций. Гипотеза бессмертной цепи предполагает, что эти клетки избегают накопления мутаций, последовательно сохраняя родительские цепи матрицы [9]. Чтобы эта гипотеза была верной, сестринские хроматиды каждой хромосомы должны разделяться неслучайным образом. Кроме того, одна клетка будет сохранять один и тот же набор цепочек матрицы после каждого деления, отдавая остальное другим клеточным продуктам деления. [ 13 ]
«Гипотеза молчаливой сестры»
Эта гипотеза утверждает, что сестринские хроматиды имеют разные эпигенетические характеристики, тем самым также различаясь регуляцией экспрессии. Когда происходит репликация, неслучайное разделение сестринских хроматид обеспечивает судьбу дочерних клеток. [ 14 ] Оценка достоверности этой гипотезы потребует совместного анализа Strand-seq и профилей экспрессии генов для обеих дочерних клеток. [ 13 ]
Открытие структурных вариаций и анеуплоидных хромосом
[ редактировать ]Результаты BAIT показывают наследование цепочек родительского шаблона по геному. [ 7 ] Обычно для каждой аутосомы наследуются две цепи матрицы, и любое отклонение от этого числа указывает на случай анеуплоидии , которую можно визуализировать в отдельных клетках.
Инверсии представляют собой класс структурных вариаций со сбалансированным числом копий , которые приводят к изменению направленности цепей, легко визуализируемому с помощью Strand-seq. Таким образом, Strand-seq можно использовать для быстрого обнаружения полиморфных инверсий у людей и приматов, включая события размером с мегабазу, встроенные в большие сегментные дупликации, которые, как известно, недоступны для секвенирования Illumina . [ 15 ] [ 16 ]
Исследование, опубликованное в Интернете в 2019 году, также продемонстрировало, что с использованием Strand-seq все классы структурных вариаций ≥200 КБ, включая делеции, дупликации, инверсии, инвертированные дупликации, сбалансированные транслокации, несбалансированные транслокации, цикл разрыва-слияния-мостика, опосредованные сложными перестройками ДНК и хромотрипсисом. события чувствительным образом обнаруживаются в отдельных клетках или субклонах с использованием трехканальной обработки отдельных клеток (scTRIP). scTRIP работает посредством совместного моделирования ориентации чтения, глубины чтения и фазы гаплотипа для обнаружения SV в отдельных клетках. [ 17 ] Используя scTRIP, структурные варианты разрешаются с помощью гаплотипа длины хромосомы, что обеспечивает более высокую чувствительность и специфичность для вызова структурных вариантов одной клетки, чем другие современные технологии. [ 17 ] Поскольку scTRIP не требует операций чтения (или пар чтения), пересекающих границы (или точки останова) структурных вариантов в отдельных клетках для вызова вариантов, он не страдает от известных артефактов одноклеточных методов, основанных на амплификации всего генома (т. е. так называемых читай «химера»), которые имеют тенденцию мешать анализу структурных вариаций в отдельных клетках. [ 17 ]
Гаплотипирование, сборка генома и создание карт генетических вариаций человека в высоком разрешении
[ редактировать ]Геномы ранней сборки весьма фрагментированы, с неупорядоченными и неориентированными контигами. Использование Strand-seq предоставляет информацию о направленности для сопровождения последовательности, что в конечном итоге помогает решить проблему размещения контигов. Контиги, присутствующие в одной и той же хромосоме, будут проявлять одинаковую направленность при условии, что не произошли события SCE. И наоборот, контиги, присутствующие в разных хромосомах, будут проявлять одинаковую направленность только в 50% библиотек Strand-seq. [ 7 ] Таким же образом можно локализовать скаффолды — последовательные контиги, пересекаемые промежутком. [ 7 ]
Тот же принцип использования направления цепи для различения больших молекул ДНК позволяет использовать Strand-seq в качестве инструмента для конструирования полнохромосомных гаплотипов генетических вариаций, от теломеры до теломер. [ 18 ]
Недавние отчеты показали, что Strand-seq может быть вычислительно интегрирован с технологией длинного секвенирования, причем уникальные преимущества обеих технологий позволяют создавать de novo сборки генома человека с высокой степенью непрерывности и разрешением гаплотипов. [ 8 ] Эти геномные сборки объединяют все формы генетических вариаций, включая однонуклеотидные варианты, индели и структурные вариации даже в сложных геномных локусах, и недавно были применены для создания комплексных карт структурных вариаций с учетом гаплотипов в панели разнообразия людей разных предков. [ 9 ]
Соображения
[ редактировать ]Возможность того, что BrdU заменяет тимин в геномной ДНК, может вызывать двухцепочечные хромосомные разрывы и, в частности, приводить к SCE, ранее обсуждалась в литературе. [ 19 ] [ 20 ] Кроме того, было предложено, чтобы включение BrdU мешало паттернам сегрегации цепей. [ 13 ] В этом случае произойдет увеличение числа ложноположительных SCE, которые могут быть аннотированы. Поэтому многие клетки следует анализировать с использованием протокола Strand-seq, чтобы убедиться, что SCE действительно присутствуют в популяции. Для структурных вариантов, обнаруженных в отдельных клетках, обнаружение одного и того же варианта (на одном и том же гаплотипе) более чем в одной клетке может исключить включение BrdU как возможную причину. [ 17 ]
Количество одиночных цепей клеток, которые необходимо секвенировать, чтобы аннотация была принята, еще не предложено и во многом зависит от задаваемых вопросов. Поскольку Strand-seq основан на методах секвенирования отдельных клеток, необходимо также учитывать проблемы, с которыми сталкиваются при секвенировании отдельных клеток. К ним относятся отсутствие стандартов выделения и амплификации клеток. Несмотря на то, что предыдущие исследования Strand-seq изолировали клетки с помощью FACS, микрофлюидика также служит привлекательной альтернативой. Было показано, что ПЦР дает больше ошибочных продуктов амплификации по сравнению с методами, основанными на смещении цепей, такими как MDA и MALBAC, тогда как последние два метода генерируют химерные чтения в качестве побочного продукта, который может привести к ошибочным вызовам структурных изменений. [ 21 ] [ 17 ] MDA и MALBAC также генерируют больше пропусков, чем Strand-seq, во время обнаружения SV, поскольку им требуются операции чтения, пересекающие точку останова SV, чтобы обеспечить его обнаружение (это не требуется ни для одного из различных классов SV, которые может обнаружить Strand-seq). [ 17 ] Амплификация со смещением цепи также имеет тенденцию генерировать больше последовательностей и более длинные продукты, что может быть полезно для технологий секвенирования с длинным считыванием.
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Перейти обратно: а б с д и ж г Фальконер, Эстер; Хиллз, Марк; Науманн, Ульрике; Пун, Стивен СС; Чавес, Элизабет А; Сандерс, Эшли Д; Чжао, Юнцзюнь; Херст, Мартин; Лансдорп, Питер М. (7 октября 2012 г.). «Секвенирование цепей ДНК по матрице одиночных клеток отображает геномные перестройки с высоким разрешением» . Природные методы . 9 (11): 1107–1112. дои : 10.1038/nmeth.2206 . ПМК 3580294 . ПМИД 23042453 .
- ^ Альбертс, Брюс; Джонсон, Александр; Льюис, Джулиан; Рафф, Мартин; Робертс, Кейт; Уолтер, Питер (2002). Молекулярная биология клетки (4-е изд.). Нью-Йорк: Garland Science. ISBN 978-0-8153-3218-3 .
- ^ Сотиропулу, Панайота А.; Канди, Орели; Бланпен, Седрик (ноябрь 2008 г.). «Большинство мультипотентных эпидермальных стволовых клеток не защищают свой геном за счет асимметричной сегрегации хромосом» . Стволовые клетки . 26 (11): 2964–2973. doi : 10.1634/stemcells.2008-0634 . ПМИД 18772311 .
- ^ Перейти обратно: а б Фальконер, Эстер; Чавес, Элизабет; Хендерсон, Александр; Лансдорп, Питер М. (1 июля 2010 г.). «Хромосомная ориентационная флуоресценция гибридизации in situ для изучения сегрегации сестринских хроматид in vivo» . Протоколы природы . 5 (7): 1362–1377. дои : 10.1038/nprot.2010.102 . ПМК 3771506 . ПМИД 20595964 .
- ^ Ли, Хэн; Дурбин, Ричард (2009). «Быстрое и точное выравнивание короткого чтения с помощью преобразования Берроуза – Уиллера» . Биоинформатика . 25 (14): 1754–1760. doi : 10.1093/биоинформатика/btp324 . ПМК 2705234 . ПМИД 19451168 .
- ^ Лэнгмид, Бен; Зальцберг, Стивен (2012). «Согласование быстрого чтения с пробелами с Bowtie 2» . Природные методы . 9 (4): 357–359. дои : 10.1038/nmeth.1923 . ПМЦ 3322381 . ПМИД 22388286 .
- ^ Перейти обратно: а б с д и Хиллз, Марк; о'Нил, Киран; Фальконер, Эстер; Бринкман, Райан; Лансдорп, Питер М. (2013). «BAIT: Организация геномов и картирование перестроек в отдельных клетках» . Геномная медицина . 5 (9): 82. дои : 10,1186/gm486 . ПМЦ 3971352 . ПМИД 24028793 .
- ^ Перейти обратно: а б Порубски Д., Эберт П., Аудано П.А., Фоллгер М.Р., Харви В.Т., Мэриджон П., Эблер Дж., Мансон К.М., Соренсен М., Суловари А., Хоукнесс М., Гарегани М., Лансдорп П.М., Патен Б., Дивайн С.Э., Сандерс А.Д., Ли С. , Чессон М.Дж., Корбель Дж.О., Эйхлер Э.Э., Маршалл Т. (март 2021 г.). «Полностью поэтапная сборка генома человека без родительских данных с использованием одноцепочечного секвенирования и длинных чтений» . Нат Биотехнология . 39 (3): 302–308. дои : 10.1038/s41587-020-0719-5 . ПМЦ 7954704 . ПМИД 33288906 .
- ^ Перейти обратно: а б Эберт П., Аудано П.А., Чжу К., Родригес-Мартин Б., Порубски Д., Бондер М.Дж., Суловари А., Эблер Дж., Чжоу В., Серра Мари Р., Йилмаз Ф., Чжао Х., Се П., Ли Дж., Кумар С., Лин Дж. , Рауш Т, Чен Й, Рен Дж, Сантамарина М, Хопс В, Ашраф Х, Чуанг НТ, Ян Х, Мансон КМ, Льюис А.П., Фэрли С., Таллон Л.Дж., Кларк В.Е., Бэзиле А.О., Бирска-Бишоп М., Корвело А., Эвани США, Лу Тай, Чессон М.Дж., Чен Дж., Ли С., Брэнд Х., Венгер А.М., Гарегани М., Харви В.Т., Редер Б., Хазенфельд П., Режье А.А., Абель Х.Дж., Холл И.М., Фличек П., Стегле О., Герштейн МБ, Тубио Дж.М., Му З., Ли ЙИ, Ши Икс, Хасти А.Р., Йе К., Чонг З., Сандерс А.Д., Зоди МС, Тальковски М.Э., Миллс Р.Э., Дивайн С.Е., Ли С., Корбель Дж.О., Маршалл Т., Эйхлер Э.Э. ( апрель 2021 г.). «Различные человеческие геномы с разрешением гаплотипов и комплексный анализ структурных вариаций» . Наука . 372 (6537). дои : 10.1126/science.abf7117 . ПМК 8026704 . ПМИД 33632895 .
- ^ Лансдорп, Эрик; Линтон, Лорен М.; Биррен, Брюс; Нусбаум, Чад; Зоди, Майкл С.; Болдуин, Дженнифер; Девон, Кери; Дьюар, Кен; Дойл, Майкл; Фицхью, Уильям; Функе, Роэль; Гейдж, Дайан; Харрис, Катрина; Хифорд, Эндрю; Хауленд, Джон; Канн, Лиза; Лехочки, Джессика; Левин, Рози; Макьюэн, Пол; МакКернан, Кевин; Мелдрим, Джеймс; Месиров, Джилл П.; Миранда, Шер; Моррис, Уильям; Нейлор, Джером; Раймонд, Кристина; Розетти, Марк; Сантос, Ральф; Шеридан, Эндрю; и др. (2001). «Первичное секвенирование и анализ генома человека» (PDF) . Природа . 409 (6822): 860–921. Бибкод : 2001Natur.409..860L . дои : 10.1038/35057062 . ПМИД 11237011 .
- ^ Ларк, К; Консильи, Р; Миноча, Х (1966). «Сегрегация сестринских хроматид в клетках млекопитающих». Наука . 154 (3753): 1202–1205. Бибкод : 1966Sci...154.1202L . дои : 10.1126/science.154.3753.1202 . ПМИД 5921385 . S2CID 11039254 .
- ^ Рандо, Т. (2007). «Гипотеза бессмертной нити: сегрегация и реконструкция» . Клетка . 129 (7): 1239–1243. дои : 10.1016/j.cell.2007.06.019 . ПМИД 17604710 .
- ^ Перейти обратно: а б с Фальконер, Эстер; Лансдорп, Питер М. (август 2013 г.). «Strand-seq: объединяющий инструмент для изучения сегрегации хромосом» . Семинары по клеточной биологии и биологии развития . 24 (8–9): 643–652. дои : 10.1016/j.semcdb.2013.04.005 . ПМЦ 3791154 . ПМИД 23665005 .
- ^ Лансдорп, Питер (2007). «Бессмертные пряди? Дайте мне передышку» . Клетка . 129 (7): 1244–1247. дои : 10.1016/j.cell.2007.06.017 . ПМИД 17604711 .
- ^ Сандерс А.Д., Хиллз М., Порубский Д., Гурьев В., Фальконер Э., Лансдорп П.М. (ноябрь 2016 г.). «Охарактеризация полиморфных инверсий в геномах человека путем секвенирования отдельных клеток» . Геном Рез . 26 (11): 1575–1587. дои : 10.1101/гр.201160.115 . ПМЦ 5088599 . ПМИД 27472961 .
- ^ Порубский Д., Сандерс А.Д., Хопс В., Се П., Суловари А., Ли Р., Меркури Л., Соренсен М., Мурали СК, Гордон Д., Канцилиерис С., Поллен А.А., Вентура М., Антоначчи Ф., Маршалл Т., Корбель Дж.О., Эйхлер Э.Э. (август 2020 г.). «Периодическое переключение инверсии и эволюция генома великих обезьян» . Нат Жене . 52 (8): 849–858. дои : 10.1038/s41588-020-0646-x . ПМЦ 7415573 . ПМИД 32541924 .
- ^ Перейти обратно: а б с д и ж Сандерс А.Д., Мейерс С., Гарегани М., Порубски Д., Йонг Х., ван Влит М.А., Рауш Т., Рихтер-Печанска П., Кунц Дж.Б., Дженни С., Болонини Д., Лонго Г.М., Редер Б., Кинанен В., Циммерманн Дж., Бенеш В. 2013-2014, Шраппе М., Мардин Б.Р., Кулозик А.Е., Борнхаузер Б., Буркен. Дж.П., Маршалл Т., Корбель Дж.О. (март 2020 г.). «Одноклеточный анализ структурных изменений и сложных перестроек с трехканальной обработкой» (PDF) . Нат Биотехнология . 38 (3): 343–354. дои : 10.1038/s41587-019-0366-x . ПМЦ 7612647 . ПМИД 31873213 . S2CID 209464011 .
- ^ Порубский Д., Сандерс А.Д., ван Витмаршен Н., Фальконер Э., Хиллз М., Спирингс Д.С., Бевова М.Р., Гурьев В., Лансдорп П.М. (ноябрь 2016 г.). «Прямое гаплотипирование длины хромосомы путем секвенирования отдельных клеток» . Геном Рез . 26 (11): 1565–1574. дои : 10.1101/гр.209841.116 . ПМК 5088598 . ПМИД 27646535 .
- ^ ЛАМБЕРТ, БО; ХАНССОН, КЕРСТИН; ЛИНДСТЕН, ЯН; СТЕН, МАРГАРЕТА; ВЕРЕЛИУС, БАРБРО (12 февраля 2009 г.). «Обмен сестринских хроматид, индуцированный бромдезоксиуридином, в лимфоцитах человека». Эредитас . 83 (2): 163–173. дои : 10.1111/j.1601-5223.1976.tb01582.x . ПМИД 61954 .
- ^ Латт, Сэмюэл (1974). «Обмен сестринских хроматид, показатели повреждения и восстановления хромосом человека: обнаружение по флуоресценции и индукция митомицином С» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 71 (8): 3162–3166. Бибкод : 1974PNAS...71.3162L . дои : 10.1073/pnas.71.8.3162 . ПМК 388642 . ПМИД 4137928 .
- ^ Блейни, Пол К. (май 2013 г.). «Будущее уже сейчас: одноклеточная геномика бактерий и архей» . Обзоры микробиологии FEMS . 37 (3): 407–427. дои : 10.1111/1574-6976.12015 . ПМЦ 3878092 . ПМИД 23298390 .
