Марк Паллен
Марк Паллен | |
|---|---|
| Рожденный | Марк Джон Паллен 1960 (63–64 года) Каршалтон , Англия |
| Альма-матер | Колледж Фицуильям, Кембридж , Медицинский колледж Лондонской больницы , Имперский колледж |
| Научная карьера | |
| Поля | |
| Учреждения | |
| Докторантура | Гордон Дуган |
| Докторанты | Ник Ломан |
| Веб-сайт | квадрат |
Марк Дж. Паллен — научный руководитель Института Квадрам и профессор микробной геномики в Университете Восточной Англии . В последние годы он был в авангарде усилий по применению секвенирования нового поколения для решения проблем микробиологии и древней ДНК исследования .
Образование
[ редактировать ]Паллен получил образование в средней школе Уоллингтона . [1] Он получил степень бакалавра медицинских наук в Фицуильям-колледже в Кембридже и получил медицинскую квалификацию в Медицинском колледже Лондонской больницы . [2] [3] В начале 1990-х он получил степень доктора медицины, работая в Медицинском колледже больницы Святого Варфоломея . [4] В середине 1990-х годов работал над докторской диссертацией. [5] под руководством Гордона Дугана в Имперском колледже . За это время он был капитаном команды-победителя Имперского колледжа в телевикторине University Challenge . [6] а также написал серию статей для Британского медицинского журнала , знакомя с медицинской профессией в Интернете. [7]
Микробная геномика, метагеномика и биоинформатика
[ редактировать ]В 2011 году Паллен провел краудсорсинговый анализ генома штамма, вызванного вспышкой в Германии в 2011 году E. coli O104:H4 , который был секвенирован на платформе Ion Torrent компанией BGI . [8] Примерно в то же время он также руководил проектом, в рамках которого изолят немецкой вспышки E. coli O104:H4 в 2011 году был секвенирован на трех новых настольных платформах для секвенирования, что позволило протестировать эти новые платформы. [9] Он также показал, что полногеномное секвенирование можно использовать для отслеживания распространения резистентных бактерий. [10] и изучить возникновение устойчивости к противомикробным препаратам . [11]
Анализируя образцы фекалий во в Германии в 2011 году время вспышки E. coli O104:H4 и образцы мокроты из Гамбии , Паллен показал, что метагеномика может использоваться как культурально-независимый подход к диагностике бактериальной инфекции. [12] [13] Он стал пионером в использовании метагеномики, чтобы открыть новые возможности в исследованиях древней ДНК, восстановив геномы 200-летних Mycobacterium Tuberculosis из человеческих останков и последовательность генома средневековых бруцелл . [14] [15] Вместе с Винсом Гаффни и Робином Аллаби он применил метагеномику дробовика к образцам древней осадочной ДНК, показав присутствие пшеницы на Британских островах на 2000 лет раньше, чем ожидалось. [16] Паллен также использовал метагеномику для исследования цыплят микробиома кишечника , микробиома кишечника пациентов в отделении интенсивной терапии и микробов, населяющих клещей. [17] [18] [19]
С 2014 по 2020 год Паллен был главным исследователем проекта MRC (CLIMB), финансируемого вычислений облачных « Облачная инфраструктура для микробной биоинформатики» стоимостью 8 миллионов фунтов стерлингов , а теперь является директором проекта-преемника CLIMB-BIG-DATA . [20] [21] [22] [23] В 2020 году проект CLIMB получил награду HPCWire Readers за лучшее сотрудничество в области высокопроизводительных вычислений за поддержку анализа и публикации последовательностей генома коронавируса во время пандемии COVID-19 . [24]
Микробная номенклатура
[ редактировать ]Исследования Паллена микробиома куриного кишечника позволили ему предложить более 800 новых названий таксонов бактерий, обнаруженных в этой среде. [17] Затем Паллен разработал систему для автоматизации создания таксономических названий бактерий, в результате чего было опубликовано более миллиона новых названий, доступных для использования исследовательским сообществом микробиологов для обозначения новых родов бактерий. [25] [26] Впоследствии в авторской статье в журнале « Новые микробы и новые инфекции» [27] и приглашенный доклад для Международного общества микробной систематики Берджи , [28] Паллен изложил свои идеи по тому, как сделать бактериальную номенклатуру более доступной. В 2022 году Паллен опубликовал более 65 000 названий ранее безымянных таксонов бактерий и архей в базе данных Genome Taxonomy Database , используя скрипты Python для создания удобных для пользователя произвольных названий, соответствующих фонотактике и грамматике латыни . [29]
Паллен также активно занимался вирусной номенклатурой, начиная с создания более 400 видов эпитетов для бактериальных одноцепочечных вирусов с положительным смыслом семейства Leviviridae . [30] В марте 2021 года Паллен в статье «Мнение» в журнале New Scientist предложил найти альтернативу использованию географических названий для вариантов SARS-CoV-2 , обыскивая классический мир в поисках вариантов. [31] В начале 2021 года Паллен участвовал в рабочей группе ВОЗ , инициировав принятие схемы наименования вариантов SARS-CoV-2 по буквам греческого алфавита . [32]
В знак признания усилий Паллена по автоматизации создания названий микробов в 2022 году название Palleniella было создано для нового рода бактерий, ранее входившего в род Prevotella . [33] [34] [35]
Общественное понимание науки
[ редактировать ]Паллен — автор научно-популярной книги « Приблизительное руководство по эволюции» . [36] После судебного разбирательства по делу Китцмиллер против школьного округа Дувра в 2005 году написал обзор он вместе с Ником Мацке , в котором изложил доказательства того, что бактериальный жгутик представляет собой развитую, а не спроектированную структуру. [37] Он заказал и рецензировал Бабы Бринкмана » «Рэп-путеводитель по эволюции и был ответственным за найм Элис Робертс на должность профессора по вовлечению общественности в науку в Университете Бирмингема . В июне 2011 года Паллен появился в эпизоде радиопрограммы Мелвина Брэгга « В наше время» . [38]
В 2018 году Паллен опубликовал книгу о вспышке оспы в Великобритании в 1978 году « Последние дни оспы: трагедия в Бирмингеме» . [39] который включает в себя смесь научно-популярной литературы и исторического повествования о вспышке заболевания и последующем судебном деле. входил Паллен вместе с Элис Робертс в консультативный совет Центра эволюции Милнера при Университете Бата. [40]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ «Выдающиеся выпускники гимназии округа Уоллингтон» . www.wcgs-sutton.co.uk .
- ^ «Хорошее чтение от Фитца» . www.fitz.cam.ac.uk. 17 апреля 2020 г.
- ^ Общество, Микробиология. «Профиль докладчика Fleming Showcase: профессор Марк Паллен» . microbiologysociety.org .
- ^ Паллен, Марк Джон (1993). Обнаружение и характеристика генов дифтерийного токсина и инсерционных последовательностей с помощью ПЦР и других молекулярных методов. Докторская диссертация, Медицинский колледж больницы Святого Варфоломея, 1993 г. (доктор философии).
- ^ Паллен, Марк Джон (1998). Исследование связи между стационарной фазой и вирулентностью Salmonella enterica entercial serovar typhimurium. Докторская диссертация, Имперский колледж Лондона, 1998 г. (доктор философии).
- ^ «Победители университетского конкурса - май 1996 г.» .
- ^ Марк Паллен (1995). «Путеводитель по Интернету: Знакомство с Интернетом» . Британский медицинский журнал . 311 (7017): 1422–4. дои : 10.1136/bmj.311.7017.1422 . ПМК 2544383 . ПМИД 8520280 .
- ^ Роде; и др. (2011). «Геномный анализ с открытым исходным кодом E. coli O104:H4, продуцирующей шига-токсин» (PDF) . N Engl J Med . 365 (8): 718–24. дои : 10.1056/NEJMoa1107643 . ПМИД 21793736 .
- ^ Ломан; и др. (2012). «Сравнение производительности настольных платформ высокопроизводительного секвенирования». Природная биотехнология . 30 (5): 434–9. дои : 10.1038/nbt.2198 . ПМИД 22522955 . S2CID 5300923 .
- ^ Галачев; и др. (2014). «Геномная эпидемиология затяжной больничной вспышки, вызванной Acinetobacter baumannii с множественной лекарственной устойчивостью в Бирмингеме, Англия» . Геномная медицина . 6 (11): 70. дои : 10.1186/s13073-014-0070-x . ПМЦ 4237759 . ПМИД 25414729 .
- ^ Хорнси; и др. (2011). «Сравнение всего генома двух изолятов Acinetobacter baumannii от одного пациента, у которого во время терапии тигециклином развилась резистентность» . J Антимикробная химиотерапия . 66 (7): 1499–503. дои : 10.1093/jac/dkr168 . ПМИД 21565804 .
- ^ Ломан; и др. (2013). «Независимый от культуры метагеномный подход на основе последовательностей к расследованию вспышки шига-токсигенной Escherichia coli O104:H4». ДЖАМА . 309 (14): 1502–10. дои : 10.1001/jama.2013.3231 . ПМИД 23571589 .
- ^ Даути; и др. (2014). «Независимое от культуры обнаружение и характеристика Mycobacterium Tuberculosis и M. africanum в образцах мокроты с использованием метагеномики дробовика на настольном секвенаторе» . ПерДж . 2 : е585. дои : 10.7717/peerj.585 . ПМЦ 4179564 . ПМИД 25279265 .
- ^ Кей; и др. (2015). «Геномы восемнадцатого века показывают, что смешанные инфекции были обычным явлением во время пика туберкулеза в Европе» . Природные коммуникации . 6 : 6717. Бибкод : 2015NatCo...6.6717K . дои : 10.1038/ncomms7717 . ПМК 4396363 . ПМИД 25848958 .
- ^ Кей; и др. (2015). «Восстановление генома средневековой Brucella melitensis с использованием метагеномики дробовика» . МБио . 5 (4): e01337-14. дои : 10.1128/mBio.01337-14 . ПМК 4161259 . ПМИД 25028426 .
- ^ Смит; и др. (2015). «Осадочная ДНК из затопленного места показывает, что пшеница на Британских островах существовала 8000 лет назад». Наука . 347 (6225): 998–1001. Бибкод : 2015Sci...347..998S . дои : 10.1126/science.1261278 . hdl : 10454/9405 . ПМИД 25722413 . S2CID 1167101 .
- ^ Перейти обратно: а б Гилрой; и др. (2021). «Обширное микробное разнообразие в микробиоме куриного кишечника, выявленное с помощью метагеномики и культуры» . ПерДж . 9 : е10941. дои : 10.7717/peerj.10941 . ПМЦ 8035907 . PMID 33868800 .
- ^ Рави; и др. (2019). «Потеря микробного разнообразия и доминирование патогенов в микробиоте кишечника у пациентов в критическом состоянии» . Микробная геномика . 5 (9). дои : 10.1099/mgen.0.000293 . ПМК 6807385 . ПМИД 31526447 .
- ^ Рави; и др. (2019). «Метагеномное профилирование клещей: идентификация новых риккетсиозных геномов и обнаружение клещевого парвовируса собак» . PLoS Negl Trop Dis . 13 (1): e0006805. дои : 10.1371/journal.pntd.0006805 . ПМК 6347332 . ПМИД 30640905 .
- ^ «Облачная инфраструктура для микробной биоинформатики» .
- ^ «Консорциум MRC по медицинской микробной биоинформатике» .
- ^ «CLIMB-BIG-DATA: облачная инфраструктура для микробной биоинформатики больших данных» .
- ^ Коннор; и др. (2016). «CLIMB (Облачная инфраструктура для микробной биоинформатики): онлайн-ресурс для сообщества медицинской микробиологии» . Микробная геномика . 2 (9): e000086. дои : 10.1099/mgen.0.000086 . ПМЦ 5537631 . ПМИД 28785418 .
- ^ «CLIMB получил награду HPCwire «Выбор читателей и редакции 2020 года»» . 16 ноября 2020 г.
- ^ Паллен; и др. (2020). «Следующий миллион названий архей и бактерий» . Тенденции Микробиол . 29 (4): 289–298. дои : 10.1016/j.tim.2020.10.009 . PMID 33288384 .
- ^ «Исследователи предлагают автоматизировать наименование новых микробов» .
- ^ Паллен (2021). «Бактериальная номенклатура в эпоху геномики» . Новые микробы и новые инфекции . 44 : 100942. doi : 10.1016/j.nmni.2021.100942 . ПМЦ 8479249 . ПМИД 34621526 .
- ^ «BISMiS Live — первая сессия 2022 года с Марком Палленом» . Ютуб . 20 февраля 2022 г.
- ^ Паллен; и др. (2022). «Именование неназванного: более 65 000 названий Candidatus для безымянных архей и бактерий в базе данных таксономии генома» (PDF) . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 72 (9): 005482. doi : 10.1099/ijsem.0.005482 . ПМИД 36125864 .
- ^ «Присвоенный код: 2020.095 B» .
- ^ «Названия вариантов коронавируса слишком запутанные. Есть способ получше» .
- ^ Конингс; и др. (2022). «Схема наименования вариантов SARS-CoV-2, вызывающих интерес и обеспокоенность, способствующая глобальному обсуждению» . Природная микробиология . 6 (7): 821–823. дои : 10.1038/s41564-021-00932-w . hdl : 1887/3214303 . ПМИД 34108654 .
- ^ Хитч; и др. (2022). «Таксономическая записка о роде Prevotella: описание четырех новых родов и исправленное описание родов Hallella и Xylanibacter» . Систематическая и прикладная микробиология . 45 (6): 126354. Бибкод : 2022SyApM..4526354H . дои : 10.1016/j.syapm.2022.126354 . ПМИД 36067550 .
- ^ «Таксономия NCBI Паллениелла » .
- ^ «ЛПСН род Паллениелла » .
- ^ Марк Паллен (2009). Примерное руководство по эволюции . Раф Гайдс Лимитед. ISBN 978-1858289465 .
- ^ Марк Дж. Паллен и Николас Дж. Мацке (2006). «От происхождения видов к происхождению бактериальных жгутиков» (PDF) . Обзоры природы Микробиология . 4 (10): 784–790. дои : 10.1038/nrmicro1493 . ПМИД 16953248 . S2CID 24057949 .
- ^ «Радио BBC 4 — В наше время истоки инфекционных заболеваний» . Би-би-си .
- ^ Марк Паллен (2018). Последние дни оспы: трагедия в Бирмингеме . Независимо опубликовано. ISBN 978-1980455226 .
- ^ «Консультативный совет Центра эволюции Милнера» . www.bath.ac.uk.
- 1960 рождений
- Живые люди
- Люди, получившие образование в гимназии округа Уоллингтон.
- Выпускники колледжа Фицуильям в Кембридже
- Выпускники Медицинского колледжа Лондонской больницы
- Выпускники Имперского колледжа Лондона
- Академики Бирмингемского университета
- Академики Уорикского университета
- Академики Университета Восточной Англии
- Британские микробиологи
- Английские микробиологи
- Британские бактериологи
- Английские бактериологи
- Геномика патогенов
- Британские врачи 20-го века