Цироп ген

Ресничный обратный органайзер металлопептидаза (CIROP) -это белок , который у людей кодируется геном CIROP . ^{[ 1 ]}

Ген

Ген CIROP обнаруживается на негативной цепи длинной руки человеческой хромосомы 14 в положении 11.2. Его соседей генов на отрицательной цепи - это CEBPE (белок, связывающий энхансер CCAAT, Epsilon), ^{[ 2 ]} и ACIN1 (апоптотический индуктор конденсации хроматина) 1. ^{[ 3 ]}^{[ 4 ]} CIROP длиной 5928 п.н. ^{[ 5 ]}

Выражение

CIROP не имеет тканевой специфичности с вездесущей низкой экспрессией. Cirop наиболее выражен в яичке , щитовидной железе и легких . ^{[ 6 ]} Это также идет под псевдонимом LMLN2. CIROP экспрессируется во время разработки левого правого организатора в раннем эмбриогенезе . ^{[ 7 ]}

Транскрипт

Транскрипция мРНК для CIROP составляет 2656 пары оснований и включает 16 экзонов . ^{[ 8 ]} Существует вторая изоформа , которая исключает экзоны 5-6, которые можно увидеть, подчеркнутые в концептуальном переводе на рисунке 2. ^{[ 9 ]}

Белок

Наиболее полная последовательность продуцирует белок длиной 788 аминокислот. Белок оснащен цинком-связывающим доменным мотивом и 5 N-связанными сайтами гликозилирования. ^{[ 10 ]} того Кроме ^{[ 11 ]} и один пропионилирования сайт . Белок Cirop обнаруживается на клеточной мембране с трансмембранной морфологией типа 1А, которая можно увидеть на рисунке 4 с N-конец является внеклеточным, а С-конце является цитозольным. ^{[ 12 ]}

Белковые взаимодействия

CIROP взаимодействует с тремя белками клеточной поверхности, белком 225 безымянного пальца (RNF225), ^{[ 16 ]} Маркер пролиферации Ki-67 (MKI67), ^{[ 17 ]} и рецептор токсина антракс, как (ANTXRL). ^{[ 18 ]} Предполагается, что RNF225 является важным компонентом клеточной мембраны и играет роль в обеспечении связывания ионов металлов. MKI67 участвует в регуляции митотических хромосом и способности связывания C-конца. Предполагается, что ANTXRL является компонентом клеточной мембраны, играет роль в транспорте токсинов и позволяет активности трансмембранных сигнальных рецепторов.

Эволюционная история

Кироп впервые появился в хрящевой рыбе без бесоответствующей рыбы примерно 563 миллиона лет назад. Cirop находится в семействе пептидазы M8, в котором есть 14 других составляющих. ^{[ 19 ]}

Эволюция

CIROP быстро развивается с сравнимой скоростью с альфа -цепью фибриногена , как показано на рисунке 5.

Ортологи

Cirop имеет ортологи у большинства млекопитающих , амфибий , легких рыб и миноги . Это не найдено у свиней , птиц и большинства китов . ^{[ 20 ]}

Паралоги

У Cirop есть один паралог в людях Leishmanolysin, подобной пептидазе ( LMLN ), который также является членом семейства пептидазы M8. LMLN встречается во всех ортологах CIROP, перечисленных в Таблице 1, за исключением, в котором представлены тасманский дьявол ( Sarcophilus harrisii ). LMLN встречается у птиц и еще в хряще . ^{[ 21 ]} У этого также есть паралог, называемый инвадолизином, найденным только в членистоногих . ^{[ 22 ]}

Клиническое значение

Существует шесть мутаций в CIROP, которые могут быть патогенными, вызывая проблемы развития, соответствующие расстройству Situs Ambiguus . ^{[ 23 ]} Выбивая CIROP в моделях рыбок данио и Xenopus также приводило к аналогичным условиям в соответствии с Situs Ambiguus. ^{[ 24 ]} Существует мутация, которая может возникнуть в 3 'UTR , которая нарушает сайт связывания для микроРНК MIR-7-1, что повышало восприимчивость ишемических ударов в популяциях Хань Китая . ^{[ 25 ]}

Функция

Экспрессия Циропа во время развития лево-правого организатора и его склонность вызвать амбиджиг SITUS при мутировании или нокаутировании предполагает, что это важный белок для функции организатора левого направления. Это и морфология Cirops на клеточной поверхности указывают на Cirop, играющий ключевую роль в регуляции лево-правого организатора через ее клеточную поверхность.

Ссылки

^ Ncbi Gene Report о Cirop https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/100128908
^ Gencards cebpe inpit [1]
^ Genecards acin1 intry [2]
^ Ncbi Gene Report о Cirop [3]
^ Запись GeneCards на Cirop [4]
^ Ncbi rnaseq Expression intry Cirop [5]
^ Szenker-Ravi, E., Ott, T., Khatoo, M., M., A.P., Ravi, V., Bonnard, C., Moutton, S., P., Fradin, M., Colin , E., A., A., Two, L., Chehab, G., из Филиппо, С., ... Реверс, Б. (2022). Открытие генетической модульности и пось позвонков. Genetics Nature, 54 (1), 62–72. [6]
^ Ncbi cirop изоформа 1 транскрипт [7]
^ Ncbi cirop изоформа 2 транскрипта [8]
^ Инструмент сканирования мотива MyHits [9]
^ GPS Sumoylation Tool [10]
^ PSORT II Инструмент [ https://psort.hgc.jp/cgi-bin/runpsort.pl ]
^ Вэй Чжэн, Ченгсин Чжан, Ян Ли, Робин Пирс, Эрик В. Белл, Ян Чжан. Складывание нехомологических белков путем сочетания карт контактов с глубоким обучением с моделированием сборки I-тассер. Методы сообщений о клетках, 1: 100014 (2021).
^ Ченгсин Чжан, Питер Л. Фреддолино и Ян Чжан. Кофактор: улучшение прогнозирования функции белка путем объединения структуры, последовательности и информации о взаимодействии белка. Исследование нуклеиновых кислот, 45: W291-299 (2017).
^ Цзяньи Ян, Ян Чжан. I-Tasser Server: новая разработка для структуры и функций белка, исследования нуклеиновых кислот, 43: W174-W181, 2015.
^ Genecards rnf225 inpit [11]
^ Genecards mki67 inpit [12]
^ Genecards antxrl intry [13]
^ Мероп пептидаза M8 Описание семьи [14]
^ Человеческий белок атлас Cirop Intry [15]
^ LMLN Ортологи [16]
^ Инвадолизин ортологи [17]
^ Малакарды в случае расстройства гетеротаксии [18]
^ Zenker-Ravi et al.
^ Guo, X., Zhu, L., Zhao, X. et al. Влияние полиморфизма RS6736 на восприимчивость к ишемическому инсульта у индивидуумов из китайцев в результате разрушения связывания miR-7–1 с геном C14orf119. J MOL Neurosci 72, 459–467 (2022). [19]

[1] Ncbi Gene Report о Cirop https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/100128908

[2] Gencards cebpe inpit [1]

[3] Genecards acin1 intry [2]

[4] Ncbi Gene Report о Cirop [3]

[5] Запись GeneCards на Cirop [4]

[6] Ncbi rnaseq Expression intry Cirop [5]

[7] Szenker-Ravi, E., Ott, T., Khatoo, M., M., A.P., Ravi, V., Bonnard, C., Moutton, S., P., Fradin, M., Colin , E., A., A., Two, L., Chehab, G., из Филиппо, С., ... Реверс, Б. (2022). Открытие генетической модульности и пось позвонков. Genetics Nature, 54 (1), 62–72. [6]

[8] Ncbi cirop изоформа 1 транскрипт [7]

[9] Ncbi cirop изоформа 2 транскрипта [8]

[10] Инструмент сканирования мотива MyHits [9]

[11] GPS Sumoylation Tool [10]

[12] PSORT II Инструмент [ https://psort.hgc.jp/cgi-bin/runpsort.pl ]

[13] Вэй Чжэн, Ченгсин Чжан, Ян Ли, Робин Пирс, Эрик В. Белл, Ян Чжан. Складывание нехомологических белков путем сочетания карт контактов с глубоким обучением с моделированием сборки I-тассер. Методы сообщений о клетках, 1: 100014 (2021).

[14] Ченгсин Чжан, Питер Л. Фреддолино и Ян Чжан. Кофактор: улучшение прогнозирования функции белка путем объединения структуры, последовательности и информации о взаимодействии белка. Исследование нуклеиновых кислот, 45: W291-299 (2017).

[15] Цзяньи Ян, Ян Чжан. I-Tasser Server: новая разработка для структуры и функций белка, исследования нуклеиновых кислот, 43: W174-W181, 2015.

[16] Genecards rnf225 inpit [11]

[17] Genecards mki67 inpit [12]

[18] Genecards antxrl intry [13]

[19] Мероп пептидаза M8 Описание семьи [14]

[20] Человеческий белок атлас Cirop Intry [15]

[21] LMLN Ортологи [16]

[22] Инвадолизин ортологи [17]

[23] Малакарды в случае расстройства гетеротаксии [18]

[24] Zenker-Ravi et al.

[25] Guo, X., Zhu, L., Zhao, X. et al. Влияние полиморфизма RS6736 на восприимчивость к ишемическому инсульта у индивидуумов из китайцев в результате разрушения связывания miR-7–1 с геном C14orf119. J MOL Neurosci 72, 459–467 (2022). [19]

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]

[ 15 ]

[ 16 ]

[ 17 ]

[ 18 ]

[ 19 ]

[ 20 ]

[ 21 ]

[ 22 ]

[ 23 ]

[ 24 ]

[ 25 ]