Открываем лекарства от денге – вместе
«Открытие лекарств от лихорадки денге – вместе » ( DDDT ) — это проект World Community Grid, запущенный в 2007 году при финансовой поддержке ученых медицинского отделения Техасского университета в Галвестоне и Чикагского университета . Ее целью было выявление новых противовирусных препаратов, эффективных против вирусов семейства Flaviviridae . Проект закрылся в 2015 году. [ 1 ]
Как и все проекты World Community Grid, в проекте Discovering Dengue Drugs – Together использовалась вычислительная сеть , состоящая из тысяч клиентских компьютеров, принадлежащих независимым добровольцам , в сочетании с серверами , которые распределяют часть работы среди клиентов. [ 2 ] [ 3 ]
Этап 1
[ редактировать ]Первый этап проекта стартовал 21 августа 2007 г. [ 4 ] и использовали AutoDock 2007 (то же самое программное обеспечение, которое использовалось для FightAIDS@Home ), чтобы проверить, насколько хорошо кандидаты на противовирусные препараты будут связываться с протеазами целевого вируса . Конкретными вирусами, на которые нацелен проект, были: [ 5 ]
Соединения, которые, по прогнозам, будут сильно связываться ( ингибиторы протеазы ), были идентифицированы как потенциальные кандидаты на противовирусные препараты. [ 5 ] На первом этапе проекта было исследовано около 2,2 миллиона соединений, причем около 20 000 соединений с лучшими оценками были переданы на второй этап проекта. [ 6 ]
В 2008 году проект был временно приостановлен из-за урагана Айк . [ 7 ] Обработка возобновилась в январе 2009 г. [ 8 ] при этом функции сервера были переданы из Медицинского отделения Техасского университета в Галвестоне в Техасский центр перспективных вычислений в Остине. [ 9 ] Фаза 1 завершилась в августе 2009 года. [ 10 ]
Этап 2
[ редактировать ]Второй этап проекта был разработан для уменьшения количества ложноположительных прогнозов, сделанных на этапе 1, с использованием пакета программного обеспечения CHARMM для прогнозирования того, насколько тесно небольшие молекулы, подобные лекарствам, связываются с различными протеазами флавивируса. [ 11 ]
Кандидаты на лекарства, прошедшие вторую фазу, прошли лабораторные испытания, и в 2014 году было объявлено о новом низкомолекулярном ингибиторе протеазы вируса денге. [ 12 ] Вторая фаза проекта была закрыта в марте 2015 года. [ 1 ]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Перейти обратно: а б «Состояние проекта | Открытие лекарств от лихорадки денге – вместе | UTMB Health» . 30 января 2019 г. Архивировано из оригинала 30 января 2019 г. Проверено 20 мая 2021 г.
- ^ См. «Сетка мирового сообщества — О нас» . Проверено 27 января 2009 г.
- ^ См. также «Как работают грид-вычисления» . Сетка мирового сообщества . Проверено 27 января 2009 г.
- ^ «Активные исследования» . Исследовать . Сетка мирового сообщества . Проверено 28 июля 2007 г.
- ^ Перейти обратно: а б «Открытие лекарств от денге – вместе: о проекте» . Сетка мирового сообщества . Проверено 24 августа 2007 г.
- ^ Томлинсон, С.; Мальмстрем, Р.; Ватович, С. (1 июня 2009 г.). «Новые подходы к структурному открытию ингибиторов протеазы денге». Цели лечения инфекционных заболеваний . 9 (3): 327–343. дои : 10.2174/1871526510909030327 . ПМИД 19519486 .
- ^ «Проект «Открываем вместе лекарства от лихорадки денге» замедлился из-за урагана» . Сетка мирового сообщества (публикация на форуме «Известные проблемы»).
- ^ «Распространяется работа по открытию лекарств от лихорадки денге - вместе» . World Community Grid (публикация на форуме «Новости для участников»).
- ^ Стэн Ватович (19 января 2009 г.). «Обновление при перезапуске» . Сетка мирового сообщества.
- ^ «Сетка мирового сообщества – исследования – обнаружение лекарств от лихорадки денге – вместе» . Сетка мирового сообщества.
- ^ «Открытие лекарств от лихорадки денге — вместе — фаза 2 | Исследования | Сетка мирового сообщества» . www.worldcommunitygrid.org . Проверено 20 мая 2021 г.
- ^ Вишванатан, Уша; Томлинсон, Сюзанна М.; Фоннер, Джон М.; Мок, Стивен А.; Ватович, Стэнли Дж. (27 октября 2014 г.). «Идентификация нового ингибитора протеазы вируса денге с помощью веб-портала по поиску лекарств для виртуального скрининга». Журнал химической информации и моделирования . 54 (10): 2816–2825. дои : 10.1021/ci500531r . ПМИД 25263519 .