МЕЧТА Вызовы
| Тип | некоммерческая организация |
|---|---|
| Цель | Краудсорсинговые конкурсы |
| Веб-сайт | http://www.dreamchallenges.org |
DREAM Challenges ( Диалог обратной инженерной биомедицинских оценки ) — это методов и и некоммерческая инициатива, направленная на продвижение системных биологических исследований посредством краудсорсинговых конкурсов. [ 1 ] [ 2 ] Начиная с 2006 года, DREAM Challenges сотрудничает с Sage Bionetworks , чтобы предоставить платформу для соревнований, проводимых на платформе Synapse . За более чем 15 лет было проведено более 60 соревнований DREAM. [ 3 ]
Обзор
[ редактировать ]DREAM Challenges была основана в 2006 году Густаво Столовицким из IBM Research. [ 4 ] и Андреа Калифано из Колумбийского университета. Нынешним председателем организации DREAM является Пол Бутрос из Калифорнийского университета. В состав дальнейшей организации входят почетные председатели Джастин Гинни и Густаво Столовицкий , а также несколько директоров DREAM. [ 5 ]
Индивидуальные задачи сосредоточены на решении конкретного вопроса биомедицинских исследований, который обычно сводится к конкретному заболеванию. Основное внимание в области заболеваний уделялось онкологии , при этом многочисленные прошлые проблемы были сосредоточены на раке молочной железы , остром миелоидном лейкозе , раке простаты или подобных заболеваниях. [ 3 ] Данные, связанные с индивидуальным заражением, отражают контекст заболевания; в то время как рак обычно включает в себя такие данные, как мутации в геноме человека , экспрессия генов и генные сети в транскриптомике и крупномасштабной протеомике , новые проблемы сместились в сторону технологий секвенирования отдельных клеток , а также новых вопросов исследований, связанных с микробиомом кишечника , что отражает тенденции в более широкое исследовательское сообщество. [ 6 ]
Мотивация DREAM Challenges заключается в том, что посредством краудсорсинга данных для более широкой аудитории посредством конкурсов можно получить лучшие модели и понимание, чем если бы анализ проводился одной организацией. [ 7 ] Результаты прошлых конкурсов публиковались в таких научных изданиях, как ведущие журналы издательских групп Nature Portfolio и PLOS . [ 8 ] Результаты соревнований DREAM объявляются через веб-платформы, а наиболее результативные участники приглашаются представить свои результаты на ежегодных конференциях RECOMB / ISCB с RSG/DREAM. [ 9 ] организованный ISCB .
В то время как DREAM Challenges делает упор на открытую науку и данные, для смягчения проблем, возникающих из-за высокочувствительных данных, таких как геномика, в когортах пациентов, были приняты подходы «модель к данным». [ 10 ] В таких соревнованиях участники отправляют свои модели через контейнеры, такие как Docker или Singularity . Это позволяет сохранить конфиденциальность исходных данных, поскольку эти контейнеры затем запускаются организаторами на конфиденциальных данных. Это отличается от более традиционной модели открытых данных, где участники представляют прогнозы непосредственно на основе предоставленных открытых данных.
Организация вызова
[ редактировать ]Задача DREAM включает в себя основную организационную группу DREAM/ Sage Bionetworks , а также расширенную группу научных экспертов, которые, возможно, внесли свой вклад в создание и концепцию задачи или предоставили ключевые данные. [ 11 ] Кроме того, более широкое исследовательское сообщество может предложить новые задачи DREAM. [ 12 ] Фармацевтические компании или другие частные организации также могут участвовать в задачах DREAM, например, в предоставлении данных.
Структура вызова
[ редактировать ]Сроки ключевых этапов (таких как вводные вебинары, сроки подачи моделей и окончательный срок участия) предоставляются заранее. После объявления победителей организаторы начинают сотрудничать с участниками, показавшими лучшие результаты, для проведения последующего анализа для публикации, описывающей основные результаты конкурса. [ 7 ]
Задачи можно разделить на подзадачи, каждая из которых затрагивает отдельную подтему в рамках вопроса исследования. Например, что касается прогнозов эффективности лечения рака, это могут быть отдельные прогнозы выживаемости без прогрессирования , общей выживаемости , лучшего общего ответа по RECIST или точного времени до события (прогрессирования или смерти). [ 2 ]
Участие
[ редактировать ]Во время соревнований DREAM участники обычно строят модели на основе предоставленных данных и представляют прогнозы или модели, которые затем проверяются организаторами на имеющихся данных. Несмотря на то, что в испытаниях DREAM не происходит утечки проверочных данных участникам, обычно существуют таблицы лидеров, представленные в середине задания, которые помогают участникам оценить свою эффективность на частично отобранном или зашифрованном наборе данных. [ 7 ]
Испытания DREAM бесплатны для участников. На открытом этапе любой желающий может зарегистрироваться через Synapse для участия индивидуально или в команде. Человек может зарегистрироваться только один раз и не может использовать псевдонимы.
Есть некоторые исключения, которые лишают человека права участвовать, например: [ 13 ]
- Человек имеет привилегированный доступ к данным для конкретной задачи, что дает ему несправедливое преимущество.
- Человек был пойман или подозревается в мошенничестве или злоупотреблении предыдущими испытаниями DREAM Challenge.
- Лицо является несовершеннолетним (младше 18 лет или возраста совершеннолетия в юрисдикции проживания). Это можно облегчить с согласия родителей.
См. также
[ редактировать ]- Список краудсорсинговых проектов
- Критическая оценка аннотации функций (CAFA)
- Критическая оценка интерпретации генома (CAGI)
- Критическая оценка прогнозирования взаимодействий (CAPRI)
- Критическая оценка прогнозирования структуры белка (CASP)
- Каггл
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Мейер, Пабло; Саес-Родригес, Хулио (16 июня 2021 г.). «Достижения в моделировании системной биологии: 10 лет краудсорсинга задач DREAM» . Клеточные системы . 12 (6): 636–653. doi : 10.1016/j.cels.2021.05.015 . ISSN 2405-4712 . ПМИД 34139170 . S2CID 235472517 .
- ^ Jump up to: а б Винсент, Бенджамин Г.; Шустаковски, Джозеф Д.; Доши, Парул; Мейсон, Майкл; Гинни, Джастин; Карбоне, Дэвид П. (01 ноября 2021 г.). «Поиск лучших биомаркеров для ответа на иммунотерапию при раке с помощью краудсорсинговых данных» . JCO Прецизионная онкология . 5 (5): 51–54. дои : 10.1200/PO.20.00371 . ПМЦ 9848594 . ПМИД 34994587 . S2CID 234209297 .
- ^ Jump up to: а б «Закрытые вызовы» . МЕЧТА Вызовы . Архивировано из оригинала 07 января 2023 г. Проверено 13 ноября 2022 г.
- ^ «Вызовы DREAM (исследования IBM)» . Архивировано из оригинала 07 января 2023 г. Проверено 13 ноября 2022 г.
- ^ «Директора и команда поддержки DREAM» . МЕЧТА Вызовы . Архивировано из оригинала 07 января 2023 г. Проверено 13 ноября 2022 г.
- ^ «Открытые вызовы» . МЕЧТА Вызовы . Архивировано из оригинала 07 января 2023 г. Проверено 13 ноября 2022 г.
- ^ Jump up to: а б с Саес-Родригес, Хулио; Костелло, Джеймс С.; Друг, Стивен Х.; Келлен, Майкл Р.; Мангравит, Лара; Мейер, Пабло; Норман, Тея; Столовицкий, Густаво (15 июля 2016 г.). «Краудсорсинг биомедицинских исследований: использование сообществ в качестве двигателей инноваций» . Обзоры природы. Генетика . 17 (8): 470–486. дои : 10.1038/nrg.2016.69 . ISSN 1471-0056 . ПМЦ 5918684 . ПМИД 27418159 .
- ^ «Публикации» . МЕЧТА Вызовы . Архивировано из оригинала 07 января 2023 г. Проверено 13 ноября 2022 г.
- ^ «ДОМ – РСГДРИМ 2022» . www.iscb.org . Архивировано из оригинала 07 января 2023 г. Проверено 13 ноября 2022 г.
- ^ Эллротт, Кайл; Бьюкенен, Алекс; Крисон, Эллисон; Мейсон, Майкл; Шаффтер, Томас; Хофф, Брюс; Эдди, Джеймс; Чилтон, Джон М.; Ю, Томас; Стюарт, Джошуа М.; Саес-Родригес, Хулио; Столовицкий, Густаво; Бутрос, Пол С.; Гинни, Джастин (10 сентября 2019 г.). «Воспроизводимый биомедицинский бенчмаркинг в облаке: уроки проблем, связанных с краудсорсинговыми данными» . Геномная биология . 20 (1): 195. дои : 10.1186/s13059-019-1794-0 . ISSN 1474-760X . ПМЦ 6737594 . ПМИД 31506093 .
- ^ Бутрос, Пол (20 ноября 2020 г.). «Может ли краудсорсинг помочь развитию открытой науки?» . Сеть ФЭБС . Архивировано из оригинала 07 января 2023 г. Проверено 13 ноября 2022 г.
- ^ Азенкотт, Хлоя-Агата; Айттокаллио, Теро; Рой, Сушмита; Консорциум DREAM Idea Challenge; Норман, Тея; Друг, Стивен; Столовицкий, Густаво; Гольденберг, Анна (29 сентября 2017 г.). «Неудобство удобных данных: вычислительные исследования, выходящие за рамки посмертного анализа» . Природные методы . 14 (10): 937–938. дои : 10.1038/nmeth.4457 . ISSN 1548-7105 . ПМИД 28960198 . S2CID 34550460 .
- ^ «ОФИЦИАЛЬНЫЕ ПРАВИЛА DREAM CHALLENGE — вступают в силу 11 мая 2022 г. (на Synapse)» . www.synapse.org . Архивировано из оригинала 6 января 2023 г. Проверено 13 ноября 2022 г.