Сиртуин 5

СИРТ5
Доступные структуры
ПДБ	Поиск ортологов: PDBe RCSB
showСписок идентификационных кодов PDB
	2B4Y, 2NYR, 3RIG, 3RIY, 4F4U, 4F56, 4G1C, 4HDA, 5BWL
Идентификаторы
Псевдонимы	SIRT5 , SIR2L5, сиртуин 5
Внешние идентификаторы	Опустить : 604483 ; МГИ : 1915596 ; Гомологен : 40825 ; Генные карты : SIRT5 ; ОМА : SIRT5 — ортологи
showМестоположение гена ( человек )
Chr.	Chromosome 6 (human)
End	13,615,158 bp
showМестоположение гена ( Мышь )
Chr.	Chromosome 13 (mouse)
End	43,548,679 bp
show экспрессии РНК Характер
	Top expressed in
	thoracic diaphragm; ; apex of heart; ; left ventricle; ; buccal mucosa cell; ; Skeletal muscle tissue of rectus abdominis; ; right lobe of liver; ; body of tongue; ; muscle of thigh; ; tendon of biceps brachii; ; biceps brachii;
	Top expressed in
	interventricular septum; ; morula; ; extraocular muscle; ; myocardium of ventricle; ; left lobe of liver; ; soleus muscle; ; hand; ; digastric muscle; ; tibialis anterior muscle; ; quadriceps femoris muscle;
	More reference expression data
	; ;
	More reference expression data
showГенная онтология
Molecular function	hydrolase activity; metal ion binding; NAD+ ADP-ribosyltransferase activity; NAD+ binding; protein-succinyllysine desuccinylase activity; protein-malonyllysine demalonylase activity; zinc ion binding; NAD-dependent protein deacetylase activity; protein-glutaryllysine deglutarylase activity;
Cellular component	cytoplasm; mitochondrial intermembrane space; mitochondrion; nucleus; cytosol; mitochondrial matrix; mitochondrial inner membrane;
Biological process	protein deacetylation; negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process; response to nutrient levels; protein ADP-ribosylation; negative regulation of reactive oxygen species metabolic process; peptidyl-lysine deglutarylation; mitochondrion organization; regulation of ketone biosynthetic process; protein demalonylation; peptidyl-lysine demalonylation; protein desuccinylation; peptidyl-lysine desuccinylation; protein deglutarylation;
	Sources:Amigo / QuickGO
hideОртологи
	23408
	68346
	ENSG00000124523
	ENSMUSG00000054021
	Q9NXA8
	Q8K2C6
	НМ_001193267 ; НМ_001242827 ; НМ_012241 ; НМ_031244
	НМ_178848
showНП_001180196 ; НП_001229756 ; НП_036373 ; НП_112534 ; НП_001363727 ;
	NP_001363728; NP_001363729; NP_001363730; NP_001363731; NP_001363732; NP_001363733; NP_001363734; NP_001363735; NP_001363736; NP_001363737; NP_001363738; NP_001363739; NP_001363740; NP_001363741; NP_001363742; NP_001363743; NP_001363744
	НП_849179
	Викиданные
Просмотр/редактирование человека	Просмотр/редактирование мыши

Сиртуин (гомолог 2 регуляции информации о молчащем типе спаривания) 5 (S. cerevisiae) , также известный как SIRT5 , представляет собой белок , который у людей кодируется геном , SIRT5 а у других видов - ортологичным геном Sirt5 . ^{[ 5 ]}

Этот ген кодирует член семейства сиртуинов белков , гомологов дрожжевого белка Sir2. Члены семейства сиртуинов характеризуются основным доменом сиртуина и принадлежат к классу III суперсемейства [гистондеацетилаз] и зависят от НАД+ как кофактора ферментативной активности. SIRT5 — один из трех сиртуинов, локализованных преимущественно в митохондриях .

Структура

Альтернативный сплайсинг этого гена приводит к образованию двух вариантов транскрипта. ^{[ 5 ]} Белковая структура SIRT5 была выяснена и демонстрирует высокую степень структурной консервативности с другими сиртуинами, такими как предковый белок дрожжей и человеческий SIRT2.

Функция

Было обнаружено, что SIRT5 проявляет ферментативную активность в качестве деацетилазы, десукцинилазы и демалонилазы, способной удалять ацетильные , сукцинильные и малонильные группы из остатков лизина белков. ^{[ 6 ]} SIRT5 деацетилазирует и регулирует карбамоилфосфатсинтетазу (CPS1), лимитирующую и инициирующую стадию цикла мочевины в митохондриях печени. Деацетилирование CPS1 стимулирует его ферментативную активность. У мышей с делецией SIRT5 наблюдаются повышенные уровни аммиака после длительного голодания, тогда как мыши со сверхэкспрессией SIRT5, напротив, демонстрируют повышенную активность CPS1, что позволяет предположить, что одной из функций SIRT5 может быть регулирование цикла мочевины. ^{[ 7 ]} SIRT5 также взаимодействует с цитохромом с и деацетилирует его . ^{[ 8 ]} Крупномасштабные профилирующие исследования активности деацетилазы SIRT5 выявили более 700 белковых субстратов, включая белки, локализованные в митохондриях, цитозоле и других субклеточных локализациях. Идентичность субстратов десукцинилирования SIRT5 позволяет предположить, что SIRT5-опосредованное десукцинилирование может участвовать в энергетическом метаболизме. ^{[ 9 ]}

Физиологические последствия молекулярных функций SIRT5 у человека изучаются, но могут быть связаны с регуляцией митохондриального метаболизма. ^{[ 10 ]}

Взаимодействия

НАД+

Цитохром с ^{[ 8 ]}

Карбамоилфосфатсинтетаза (CPS1)

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000124523 – Ensembl , май 2017 г.
^ Jump up to: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000054021 – Ensembl , май 2017 г.
^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ Jump up to: ^а ^б «Ген Энтреза: сиртуин SIRT5 (гомолог регуляции информации о молчащем типе спаривания 2) 5 (S. cerevisiae)» .
^ Ду Дж, Чжоу Ю, Су Х, Юй Джей, Хан С, Цзян Х, Ким Дж, Ву Дж, Ким Дж. Х., Чой Б. Х., Хе Б, Чен В., Чжан С., Церион Р. А., Ауверкс Дж., Хао Q, Лин Х. (2011). «Sirt5 представляет собой НАД-зависимый белок лизиндемалонилазу и десукцинилазу» . Наука . 334 (6057): 806–09. Бибкод : 2011Sci...334..806D . дои : 10.1126/science.1207861 . ПМК 3217313 . ПМИД 22076378 .
^ Накагава Т., Ломб DJ, Хайгис MC, Гуаренте Л (2009). «SIRT5 деацетилирует карбамоилфосфатсинтетазу 1 и регулирует цикл мочевины» . Клетка . 137 (3): 560–70. дои : 10.1016/j.cell.2009.02.026 . ПМЦ 2698666 . ПМИД 19410549 .
^ Jump up to: ^а ^б Шликер С., Герц М., Папатеодору П., Качхольц Б., Беккер С.Ф., Стигборн С. (2008). «Субстраты и механизмы регуляции митохондриальных сиртуинов человека Sirt3 и Sirt5». Дж. Мол. Биол . 382 (3): 790–801. дои : 10.1016/j.jmb.2008.07.048 . ПМИД 18680753 .
^ Пак Дж., Чен Ю., Тишкофф Д.Х., Пэн С., Тан М., Дай Л., Се З, Чжан Ю., Цваанс Б.М., Скиннер М.Э., Ломбард Д.Б., Чжао Ю. (2013). «SIRT5-опосредованное десукцинилирование лизина влияет на различные метаболические пути» . Мол. Клетка . 50 (6): 919–30. doi : 10.1016/j.molcel.2013.06.001 . ПМЦ 3769971 . ПМИД 23806337 .
^ Вердин Э., Хирши, доктор медицинских наук, Финли Л.В., Хейгис MC (2010). «Сиртуиновая регуляция митохондрий: производство энергии, апоптоз и передача сигналов» . Тенденции биохимии. Наука . 35 (12): 669–75. дои : 10.1016/j.tibs.2010.07.003 . ПМЦ 2992946 . ПМИД 20863707 .

Дальнейшее чтение

Фрай Р.А. (июнь 1999 г.). «Характеристика пяти человеческих кДНК, гомологичных дрожжевому гену SIR2: Sir2-подобные белки (сиртуины) метаболизируют НАД и могут обладать активностью протеин-АДФ-рибозилтрансферазы». Связь с биохимическими и биофизическими исследованиями . 260 (1): 273–79. дои : 10.1006/bbrc.1999.0897 . ПМИД 10381378 .
Фрай Р.А. (июль 2000 г.). «Филогенетическая классификация прокариотических и эукариотических Sir2-подобных белков». Связь с биохимическими и биофизическими исследованиями . 273 (2): 793–98. дои : 10.1006/bbrc.2000.3000 . ПМИД 10873683 .
Хартли Дж.Л., Темпл Г.Ф., Браш Массачусетс (ноябрь 2000 г.). «Клонирование ДНК с использованием сайт-специфической рекомбинации in vitro» . Геномные исследования . 10 (11): 1788–95. дои : 10.1101/гр.143000 . ПМК 310948 . ПМИД 11076863 .
Виманн С., Арльт Д., Хубер В., Велленройтер Р., Шлигер С., Мерле А., Бектель С., Зауэрманн М., Корф У., Пепперкок Р., Зюльтманн Х., Пустка А. (октябрь 2004 г.). «От ORFeome к биологии: конвейер функциональной геномики» . Геномные исследования . 14 (10Б): 2136–44. дои : 10.1101/гр.2576704 . ПМК 528930 . ПМИД 15489336 .
Мерле А., Розенфельдер Х., Шупп И., дель Валь С., Арльт Д., Хане Ф., Бектель С., Симпсон Дж., Хофманн О., Хиде В., Глаттинг К.Х., Хубер В., Пепперкок Р., Пустка А., Виманн С. (январь 2006 г.). «База данных LIFEdb в 2006 году» . Исследования нуклеиновых кислот . 34 (Проблема с базой данных): D415–18. дои : 10.1093/nar/gkj139 . ПМЦ 1347501 . ПМИД 16381901 .
Малькнехт У, Хо А.Д., Летцель С., Фёльтер-Малькнехт С. (2006). «Присвоение НАД-зависимого гена сиртуина 5 деацетилазы (SIRT5) полосе хромосомы человека 6p23 путем гибридизации in situ». Цитогенетические и геномные исследования . 112 (3–4): 208–12. дои : 10.1159/000089872 . ПМИД 16484774 . S2CID 39811255 .
Чоудари К.В., Нортап А., Плесс Л., Вуд Дж., Джу Й.Х., Мирникс К., Льюис Д.А., Левитт П.Р., Бакану С.А., Нимгаонкар В.Л. (апрель 2007 г.). «Объединение ДНК: комплексный многоэтапный анализ ассоциации полиморфизмов ACSL6 и SIRT5 при шизофрении» . Гены, мозг и поведение . 6 (3): 229–39. дои : 10.1111/j.1601-183X.2006.00251.x . ПМИД 16827919 . S2CID 44288193 .

Эта статья о гене на й хромосоме человека незавершена 6 - . Вы можете помочь Википедии, расширив ее .

[refGRCh38Ensembl-1] Jump up to: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000124523 – Ensembl , май 2017 г.

[refGRCm38Ensembl-2] Jump up to: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000054021 – Ensembl , май 2017 г.

[3] «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[4] «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[entrez-5] Jump up to: ^а ^б «Ген Энтреза: сиртуин SIRT5 (гомолог регуляции информации о молчащем типе спаривания 2) 5 (S. cerevisiae)» .

[6] Ду Дж, Чжоу Ю, Су Х, Юй Джей, Хан С, Цзян Х, Ким Дж, Ву Дж, Ким Дж. Х., Чой Б. Х., Хе Б, Чен В., Чжан С., Церион Р. А., Ауверкс Дж., Хао Q, Лин Х. (2011). «Sirt5 представляет собой НАД-зависимый белок лизиндемалонилазу и десукцинилазу» . Наука . 334 (6057): 806–09. Бибкод : 2011Sci...334..806D . дои : 10.1126/science.1207861 . ПМК 3217313 . ПМИД 22076378 .

[7] Накагава Т., Ломб DJ, Хайгис MC, Гуаренте Л (2009). «SIRT5 деацетилирует карбамоилфосфатсинтетазу 1 и регулирует цикл мочевины» . Клетка . 137 (3): 560–70. дои : 10.1016/j.cell.2009.02.026 . ПМЦ 2698666 . ПМИД 19410549 .

[Substrates_and_regulation_mechanism-8] Jump up to: ^а ^б Шликер С., Герц М., Папатеодору П., Качхольц Б., Беккер С.Ф., Стигборн С. (2008). «Субстраты и механизмы регуляции митохондриальных сиртуинов человека Sirt3 и Sirt5». Дж. Мол. Биол . 382 (3): 790–801. дои : 10.1016/j.jmb.2008.07.048 . ПМИД 18680753 .

[9] Пак Дж., Чен Ю., Тишкофф Д.Х., Пэн С., Тан М., Дай Л., Се З, Чжан Ю., Цваанс Б.М., Скиннер М.Э., Ломбард Д.Б., Чжао Ю. (2013). «SIRT5-опосредованное десукцинилирование лизина влияет на различные метаболические пути» . Мол. Клетка . 50 (6): 919–30. doi : 10.1016/j.molcel.2013.06.001 . ПМЦ 3769971 . ПМИД 23806337 .

[10] Вердин Э., Хирши, доктор медицинских наук, Финли Л.В., Хейгис MC (2010). «Сиртуиновая регуляция митохондрий: производство энергии, апоптоз и передача сигналов» . Тенденции биохимии. Наука . 35 (12): 669–75. дои : 10.1016/j.tibs.2010.07.003 . ПМЦ 2992946 . ПМИД 20863707 .

[1]

[2]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]