АПЕКС1

АПЕКС1
Доступные структуры
ПДБ	Поиск ортологов: PDBe RCSB
showСписок идентификационных кодов PDB
	1BIX, 1CQH, 4LND, 4QH9, 5DFF, 4QHD, 1E9N, 3U8U, 5DFI, 1HD7, 5DG0, 5DFJ, 4QHE, 5DFH, 1DE9, 4IEM, 2ISI, 1DE8, 2O3H, 1CQG, 1DEW, 5CFG
Идентификаторы
Псевдонимы	APEX1 , APE, APE1, APEN, APEX, APX, HAP1, REF1, апуриновая/апиримидиновая эндодезоксирибонуклеаза 1
Внешние идентификаторы	Опустить : 107748 ; МГИ : 88042 ; Гомологен : 1241 ; Генные карты : APEX1 ; OMA : APEX1 — ортологи
showМестоположение гена ( человек )
Chr.	Chromosome 14 (human)
End	20,457,772 bp
showМестоположение гена ( Мышь )
Chr.	Chromosome 14 (mouse)
End	51,164,596 bp
show экспрессии РНК Характер
	Top expressed in
	ganglionic eminence; ; ventricular zone; ; islet of Langerhans; ; right adrenal gland; ; right adrenal cortex; ; left ovary; ; right ovary; ; left adrenal cortex; ; gallbladder; ; rectum;
	Top expressed in
	primitive streak; ; internal carotid artery; ; external carotid artery; ; abdominal wall; ; epiblast; ; condyle; ; maxillary prominence; ; mandibular prominence; ; medial ganglionic eminence; ; embryo;
	More reference expression data
	More reference expression data
showГенная онтология
Molecular function	DNA binding; nuclease activity; endonuclease activity; hydrolase activity; metal ion binding; lyase activity; class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity; protein-containing complex binding; protein binding; exonuclease activity; phosphodiesterase I activity; double-stranded DNA 3'-5' exodeoxyribonuclease activity; endodeoxyribonuclease activity; chromatin DNA binding; endoribonuclease activity; uracil DNA N-glycosylase activity; phosphoric diester hydrolase activity; site-specific endodeoxyribonuclease activity, specific for altered base; double-stranded telomeric DNA binding; oxidoreductase activity; double-stranded DNA exodeoxyribonuclease activity; transcription coactivator activity; NF-kappaB binding; RNA-DNA hybrid ribonuclease activity; damaged DNA binding; transcription corepressor activity; 3'-5' exonuclease activity; DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity; RNA binding; class III/IV DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity;
Cellular component	cytoplasm; centrosome; intracellular anatomical structure; mitochondrion; nucleus; perinuclear region of cytoplasm; ribosome; transcription regulator complex; nuclear speck; nucleoplasm; nucleolus; endoplasmic reticulum;
Biological process	DNA repair; nucleic acid phosphodiester bond hydrolysis; cellular response to DNA damage stimulus; DNA recombination; positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle; negative regulation of smooth muscle cell migration; regulation of transcription, DNA-templated; DNA demethylation; cellular response to cAMP; RNA phosphodiester bond hydrolysis, endonucleolytic; transcription, DNA-templated; response to organonitrogen compound; cellular response to hydrogen peroxide; cellular response to peptide hormone stimulus; regulation of mRNA stability; cellular response to organonitrogen compound; cell redox homeostasis; human ageing; base-excision repair; telomere maintenance; negative regulation of nucleic acid-templated transcription; telomere maintenance via base-excision repair; regulation of apoptotic process; positive regulation of nucleic acid-templated transcription;
	Sources:Amigo / QuickGO
hideОртологи
	328
	11792
	ENSG00000100823
	ENSMUSG00000035960
	P27695
	P28352
	НМ_001244249 ; НМ_001641 ; НМ_080648 ; НМ_080649
	НМ_009687
	НП_001231178 ; НП_001632 ; НП_542379 ; НП_542380
	НП_033817
	Викиданные
Просмотр/редактирование человека	Просмотр/редактирование мыши

ДНК-лиаза (апуриновый или апиримидиновый сайт) — это фермент , который у человека кодируется APEX1 геном .

Апуриновые/апиримидиновые (AP) сайты (также называемые «абазическими сайтами») часто возникают в молекулах ДНК в результате спонтанного гидролиза, под действием агентов, повреждающих ДНК, или под действием ДНК-гликозилаз, которые удаляют определенные аномальные основания. AP-сайты представляют собой премутагенные повреждения, которые могут препятствовать нормальной репликации ДНК. Все клетки, от простых прокариот до человека, развили системы идентификации и восстановления таких участков. Эндонуклеазы AP класса II расщепляют фосфодиэфирный остов 5' от сайта AP, тем самым инициируя процесс, известный как репарация эксцизионного основания (BER). Ген APEX (альтернативно называемый APE1, HAP1, APEN) кодирует основную эндонуклеазу AP в клетках человека. Для этого гена были обнаружены сплайсинговые варианты; все кодируют один и тот же белок. ^{[ 5 ]}

Взаимодействия

Было показано, что APEX1 взаимодействует с MUTYH , ^{[ 6 ]} Эндонуклеаза 1, специфичная для структуры лоскута ^{[ 7 ]} и XRCC1 . ^{[ 8 ]}

Старение

Дефицит APEX1 вызывает накопление повреждений ДНК, что приводит как к клеточному старению , так и к преждевременному старению . ^{[ 9 ]} Это открытие согласуется с теорией о том, что повреждение ДНК является основной причиной старения. ^{[ 10 ]}

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000100823 – Ensembl , май 2017 г.
^ Jump up to: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000035960 – Ensembl , май 2017 г.
^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ «Ген Энтрез: нуклеаза APEX1 APEX (многофункциональный фермент репарации ДНК) 1» .
^ Паркер А., Га Ю., Махони В., Ли Ш., Сингх К.К., Лу Ал. (февраль 2001 г.). «Человеческий гомолог белка репарации MutY (hMYH) физически взаимодействует с белками, участвующими в эксцизионном восстановлении длинных участков ДНК» . Журнал биологической химии . 276 (8): 5547–55. дои : 10.1074/jbc.M008463200 . ПМИД 11092888 .
^ Дианова И.И., Бор В.А., Дианов Г.Л. (октябрь 2001 г.). «Взаимодействие эндонуклеазы 1 AP человека с эндонуклеазой 1 лоскута и ядерным антигеном пролиферирующих клеток, участвующим в репарации иссеченного основания с длинными заплатками». Биохимия . 40 (42): 12639–44. дои : 10.1021/bi011117i . ПМИД 11601988 .
^ Видал А.Е., Бойто С., Хиксон И.Д., Радицелла Дж.П. (ноябрь 2001 г.). «XRCC1 координирует начальную и позднюю стадии восстановления абазического участка ДНК посредством белок-белковых взаимодействий» . Журнал ЭМБО . 20 (22): 6530–9. дои : 10.1093/emboj/20.22.6530 . ПМЦ 125722 . ПМИД 11707423 .
^ Ли М, Ян X, Лу X, Дай Н, Чжан С, Ченг Ю и др. (июнь 2018 г.). «Дефицит APE1 способствует клеточному старению и преждевременному старению» . Исследования нуклеиновых кислот . 46 (11): 5664–5677. дои : 10.1093/nar/gky326 . ПМК 6009672 . ПМИД 29750271 .
^ Генслер Х.Л., Бернштейн Х. (сентябрь 1981 г.). «Повреждение ДНК как основная причина старения». Ежеквартальный обзор биологии . 56 (3): 279–303. дои : 10.1086/412317 . ПМИД 7031747 . S2CID 20822805 .

Дальнейшее чтение

Мол CD, Хосфилд DJ, Тайнер Дж.А. (август 2000 г.). «Распознавание абазисного сайта двумя семействами апуриновых/апиримидиновых эндонуклеаз при эксцизионной репарации оснований ДНК: 3'-концы оправдывают средства» . Мутационные исследования . 460 (3–4): 211–29. дои : 10.1016/s0921-8777(00)00028-8 . ПМИД 10946230 .
Фриц Г. (сентябрь 2000 г.). «Человеческий белок APE/Ref-1». Международный журнал биохимии и клеточной биологии . 32 (9): 925–9. дои : 10.1016/S1357-2725(00)00045-5 . ПМИД 11084372 .
Фриц Г., Грёш С., Томичич М., Кайна Б. (ноябрь 2003 г.). «APE/Ref-1 и реакция млекопитающих на генотоксический стресс». Токсикология . 193 (1–2): 67–78. дои : 10.1016/S0300-483X(03)00290-7 . ПМИД 14599768 .
Телль Дж., Даманте Дж., Колдуэлл Д., Келли М.Р. (2005). «Внутриклеточная локализация APE1/Ref-1: больше, чем пассивное явление?». Антиоксиданты и окислительно-восстановительная сигнализация . 7 (3–4): 367–84. дои : 10.1089/ars.2005.7.367 . hdl : 1805/4802 . ПМИД 15706084 .
Хунг Р.Дж., Холл Дж., Бреннан П., Боффетта П. (ноябрь 2005 г.). «Генетические полиморфизмы в базовом пути эксцизионной репарации и риск рака: обзор HuGE» . Американский журнал эпидемиологии . 162 (10): 925–42. дои : 10.1093/aje/kwi318 . ПМИД 16221808 .
Дырхеева Н.С., Ходырева С.Н., Лаврик О.И. (2007). «[Многофункциональная апуриновая/апиримидиновая эндонуклеаза человека 1: роль дополнительных функций]». Молекулярная биология . 41 (3): 450–66. ПМИД 17685223 .
Харрисон Л., Асционе Дж., Меннингер Дж. К., Уорд, округ Колумбия, Демпл Б. (декабрь 1992 г.). «Ген апуриновой эндонуклеазы человека (APE): структура и геномное картирование (хромосома 14q11.2-12)». Молекулярная генетика человека . 1 (9): 677–80. дои : 10.1093/hmg/1.9.677 . ПМИД 1284593 .
Ченг XB, Банвилл Дж., Паттерсон Т.А. (январь 1992 г.). «Нуклеотидная последовательность кДНК апуриновой/апиримидиновой эндонуклеазы из клеток HeLa» . Исследования нуклеиновых кислот . 20 (2): 370. doi : 10.1093/nar/20.2.370 . ПМК 310384 . ПМИД 1371347 .
Ксантудакис С., Мяо Дж., Ван Ф., Пан Ю.К., Карран Т. (сентябрь 1992 г.). «Окислительно-восстановительная активация ДНК-связывающей активности Fos-Jun опосредована ферментом репарации ДНК» . Журнал ЭМБО . 11 (9): 3323–35. дои : 10.1002/j.1460-2075.1992.tb05411.x . ПМК 556867 . ПМИД 1380454 .
Чжао Б., Гранди Д.К., Хагеруп Дж.М., Магенис Р.Э., Смит Л., Чаухан Б.К., Хеннер В.Д. (август 1992 г.). «Человеческий ген апуриновой/апиримидиновой эндонуклеазы (HAP1): последовательность и локализация в полосе q12 хромосомы 14» . Исследования нуклеиновых кислот . 20 (15): 4097–8. дои : 10.1093/нар/20.15.4097 . ПМК 334100 . ПМИД 1380694 .
Робсон К.Н., Хоххаузер Д., Крейг Р., Рэк К., Бакл В.Дж., Хиксон И.Д. (сентябрь 1992 г.). «Структура гена репарации ДНК человека HAP1 и его локализация на хромосоме 14q 11.2-12» . Исследования нуклеиновых кислот . 20 (17): 4417–21. дои : 10.1093/нар/20.17.4417 . ПМК 334166 . ПМИД 1383925 .
Секи С., Хацусика М., Ватанабэ С., Акияма К., Нагао К., Цуцуи К. (июль 1992 г.). «Клонирование кДНК, секвенирование, экспрессия и возможная доменная структура нуклеазы APEX человека, гомологичной экзонуклеазе III Escherichia coli». Biochimica et Biophysical Acta (BBA) – Структура и экспрессия генов . 1131 (3): 287–99. дои : 10.1016/0167-4781(92)90027-w . ПМИД 1627644 .
Робсон CN, Хиксон ID (октябрь 1991 г.). «Выделение клонов кДНК, кодирующих апуриновую/апиримидиновую эндонуклеазу человека, которая исправляет дефекты репарации ДНК и мутагенеза в мутантах E. coli xth (экзонуклеаза III)» . Исследования нуклеиновых кислот . 19 (20): 5519–23. дои : 10.1093/нар/19.20.5519 . ПМК 328951 . ПМИД 1719477 .
Демпл Б., Герман Т., Чен Д.С. (декабрь 1991 г.). «Клонирование и экспрессия APE, кДНК, кодирующей основную апуриновую эндонуклеазу человека: определение семейства ферментов репарации ДНК» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 88 (24): 11450–4. Бибкод : 1991PNAS...8811450D . дои : 10.1073/pnas.88.24.11450 . ПМЦ 53153 . ПМИД 1722334 .
Оказаки Т., Чунг У., Нисишита Т., Эбису С., Усуда С., Миширо С., Ксантоудакис С., Игараси Т., Огата Е. (ноябрь 1994 г.). «Белок окислительно-восстановительного фактора ref1 участвует в негативной регуляции генов с помощью внеклеточного кальция» . Журнал биологической химии . 269 (45): 27855–62. дои : 10.1016/S0021-9258(18) 46865-2 ПМИД 7961715 .
Акияма К., Секи С., Осида Т., Ёсида М.К. (сентябрь 1994 г.). «Структура, анализ промотора и хромосомное назначение гена APEX человека». Biochimica et Biophysical Acta (BBA) – Структура и экспрессия генов . 1219 (1): 15–25. дои : 10.1016/0167-4781(94)90241-0 . ПМИД 8086453 .
Андерссон Б., Вентланд М.А., Рикафренте Дж.Ю., Лю В., Гиббс Р.А. (апрель 1996 г.). «Метод «двойного адаптера» для улучшения конструкции библиотеки дробовиков». Аналитическая биохимия . 236 (1): 107–13. дои : 10.1006/abio.1996.0138 . ПМИД 8619474 .
Чунг У, Игараси Т, Нисишита Т, Иванари Х, Ивамацу А, Сува А, Мимори Т, Хата К, Эбису С, Огата Е, Фудзита Т, Окадзаки Т (апрель 1996 г.). «Взаимодействие между Ku-антигеном и белком REF1 опосредует негативную регуляцию генов внеклеточным кальцием» . Журнал биологической химии . 271 (15): 8593–8. дои : 10.1074/jbc.271.15.8593 . ПМИД 8621488 .
Ротвелл Д.Г., Хиксон И.Д. (ноябрь 1996 г.). «Аспарагин 212 необходим для распознавания абазисного сайта эндонуклеазой репарации ДНК человека HAP1» . Исследования нуклеиновых кислот . 24 (21): 4217–21. дои : 10.1093/нар/24.21.4217 . ПМК 146231 . ПМИД 8932375 .
Идзуми Т., Хеннер В.Д., Митра С. (ноябрь 1996 г.). «Негативная регуляция основной AP-эндонуклеазы человека, многофункционального белка». Биохимия . 35 (47): 14679–83. дои : 10.1021/bi961995u . ПМИД 8942627 .