Адаптивная эволюция генома человека

Адаптивная эволюция является результатом распространения полезных мутаций посредством положительного отбора . Это современный синтез процесса, который Дарвин и Уоллес первоначально определили как механизм эволюции. Однако за последние полвека велись серьезные споры о том, вызваны ли эволюционные изменения на молекулярном уровне естественным отбором или случайным генетическим дрейфом. Неудивительно, что особый интерес представляют силы, которые вызывают эволюционные изменения в происхождении нашего собственного вида. Количественная оценка адаптивной эволюции в геноме человека дает представление о нашей собственной эволюционной истории и помогает разрешить этот спор между нейтралистами и селекционистами . Идентификация конкретных областей человеческого генома, которые демонстрируют признаки адаптивной эволюции, помогает нам найти функционально значимые гены , в том числе гены, важные для здоровья человека, например, связанные с болезнями.

Методы

Методы, используемые для идентификации адаптивной эволюции, обычно разрабатываются для проверки нулевой гипотезы нейтральной эволюции , которая, если ее отвергнуть, предоставляет доказательства адаптивной эволюции. Эти тесты можно условно разделить на две категории.

Во-первых, существуют методы, использующие сравнительный подход для поиска доказательств мутаций, изменяющих функции. Тест отношения скоростей dN /dS оценивает ω, частоту, с которой происходят несинонимичные («dN») и синонимичные («dS») нуклеотидные замены («синонимные» нуклеотидные замены не приводят к изменению кодирующей аминокислоты, в то время как «несинонимичные» делают). В этой модели нейтральная эволюция считается нулевой гипотезой , в которой dN и dS примерно уравновешиваются так, что ω ≈ 1. Две альтернативные гипотезы — это относительное отсутствие несинонимичных замен (dN < dS; ω < 1), что предполагает влияние на приспособленность («эффект приспособленности», или « давление отбора ») таких мутаций отрицательна ( очищающий отбор действует с течением времени); или относительный избыток несинонимичных замен (dN > dS; ω > 1), что указывает на положительное влияние на приспособленность, т.е. диверсифицирующий отбор (Yang and Bielawski 2000).

Тест Макдональда -Крейтмана (МК) количественно определяет степень происходящей адаптивной эволюции путем оценки доли несинонимичных замен, которые являются адаптивными и обозначаются как α (McDonald and Kreitman 1991, Eyre-Walker 2006). α рассчитывается как: α = 1-(dspn/dnps), где dn и ds такие же, как указано выше, а pn и ps — количество несинонимичных (эффект приспособленности считается нейтральным или вредным) и синонимичных (эффект приспособленности считается нейтральным) полиморфизмов соответственно. (Эйр-Уокер 2006).

Обратите внимание, что оба эти теста представлены здесь в базовых формах, и эти тесты обычно значительно модифицируются для учета других факторов, таких как влияние незначительно вредных мутаций.

Другие методы обнаружения адаптивной эволюции используют полногеномные подходы, часто для поиска доказательств выборочных проверок. Доказательства полной выборочной проверки проявляются в уменьшении генетического разнообразия и могут быть получены путем сравнения закономерностей частотного спектра сайтов (SFS, т.е. распределения частот аллелей), полученных с SFS, ожидаемым в рамках нейтральной модели (Willamson et al. 2007). Частичные выборочные проверки предоставляют доказательства самой последней адаптивной эволюции, а методы идентифицируют адаптивную эволюцию путем поиска регионов с высокой долей производных аллелей (Sabeti et al. 2006).

Изучение закономерностей неравновесия по сцеплению (LD) может выявить признаки адаптивной эволюции (Hawks et al. 2007, Voight et al. 2006). Тесты LD основаны на основном принципе, согласно которому, при условии равных скоростей рекомбинации, LD будет увеличиваться с усилением естественного отбора . Эти геномные методы также можно применять для поиска адаптивной эволюции в некодирующей ДНК, где предположительно нейтральные участки трудно идентифицировать (Ponting and Lunter 2006).

Другой недавний метод, используемый для обнаружения отбора в некодирующих последовательностях, исследует вставки и делеции (инделы), а не точечные мутации (Lunter et al. 2006), хотя этот метод применялся только для изучения закономерностей негативного отбора.

Степень адаптивной эволюции

Кодирование ДНК

Многие различные исследования пытались количественно оценить степень адаптивной эволюции в геноме человека , подавляющее большинство из которых использовали сравнительные подходы, изложенные выше. Несмотря на расхождения между исследованиями, в целом имеется относительно мало свидетельств адаптивной эволюции в ДНК, кодирующей белок , при этом оценки адаптивной эволюции часто близки к 0% (см. Таблицу 1). Наиболее очевидным исключением из этого правила является оценка α в 35% (Fay et al. 2001). В этом сравнительно раннем исследовании для их оценки использовалось относительно мало локусов (менее 200), а использованные данные о полиморфизме и дивергенции были получены от разных генов, оба из которых могли привести к завышенной оценке α. Следующей по величине оценкой является значение α в 20% (Чжан и Ли, 2005). Однако тест МК, использованный в этом исследовании, был достаточно слабым, и авторы утверждают, что это значение α статистически значимо не отличается от 0%. Нильсен и др. (2005a) оценка того, что 9,8% генов претерпели адаптивную эволюцию, также имеет большую погрешность, связанную с этим, и их оценка резко сокращается до 0,4%, когда они оговаривают, что степень уверенности в том, что имела место адаптивная эволюция, должна быть 95% и более.

Это поднимает важную проблему: многие из этих тестов адаптивной эволюции очень слабы. Таким образом, тот факт, что многие оценки составляют (или очень близки к) 0%, не исключает возникновения какой-либо адаптивной эволюции в геноме человека, а просто показывает, что положительный отбор не является достаточно частым, чтобы его можно было обнаружить с помощью тестов. Фактически, в самом последнем упомянутом исследовании говорится, что мешающие переменные, такие как демографические изменения, означают, что истинное значение α может достигать 40% (Eyre-Walker and Keightley 2009). Другое недавнее исследование, в котором используется относительно надежная методология, оценивает α в 10–20% Boyko et al. (2008). Очевидно, что споры о масштабах адаптивной эволюции, происходящей в человеческой кодирующей ДНК, еще не разрешены.

Даже если низкие оценки α точны, небольшая часть замен, развивающихся адаптивно, все же может соответствовать значительному количеству кодирующей ДНК. Многие авторы, чьи исследования имеют небольшие оценки степени адаптивной эволюции кодирующей ДНК, тем не менее признают, что в этой ДНК произошла некоторая адаптивная эволюция, поскольку эти исследования идентифицируют определенные области в геноме человека, которые развиваются адаптивно (например, Bakewell et др. (2007)). В эволюции шимпанзе больше генов подверглось положительному отбору, чем у человека.

В целом низкие оценки адаптивной эволюции кодирующей ДНК человека можно сравнить с другими видами. Бэйкуэлл и др. (2007) обнаружили больше свидетельств адаптивной эволюции у шимпанзе, чем у людей: 1,7% генов шимпанзе демонстрируют признаки адаптивной эволюции (по сравнению с оценкой 1,1% для людей; см. Таблицу 1). При сравнении людей с более отдаленными животными, ранняя оценка α у видов дрозофилы составляла 45% (Smith and Eyre-Walker 2002), а более поздние оценки во многом согласуются с этим (Eyre-Walker 2006). Бактерии и вирусы обычно демонстрируют еще больше свидетельств адаптивной эволюции; исследования показывают значения α в диапазоне 50–85%, в зависимости от исследованного вида (Eyre-Walker 2006). В целом, по-видимому, существует положительная корреляция между (эффективным) размером популяции вида и степенью адаптивной эволюции, происходящей в кодирующих областях ДНК. Это может быть связано с тем, что случайный генетический дрейф становится менее сильным при изменении частот аллелей по сравнению с естественным отбором по мере увеличения размера популяции.

Некодирующая ДНК

Оценки масштаба адаптивной эволюции некодирующей ДНК , как правило, очень низкие, хотя исследований некодирующей ДНК было проведено меньше. Однако, как и в случае с кодирующей ДНК, используемые в настоящее время методы относительно слабы. Понтинг и Лантер (2006) предполагают, что недооценка может быть еще более серьезной в случае некодирующей ДНК, поскольку некодирующая ДНК может претерпевать периоды функциональности (и адаптивной эволюции), за которыми следуют периоды нейтральности. Если это правда, то современные методы обнаружения адаптивной эволюции недостаточны для объяснения таких закономерностей. Кроме того, даже если низкие оценки объема адаптивной эволюции верны, это все равно может равняться большому количеству адаптивно развивающейся некодирующей ДНК, поскольку некодирующая ДНК составляет примерно 98% ДНК в геноме человека. Например, Понтинг и Лантер (2006) обнаруживают скромные 0,03% некодирующей ДНК, свидетельствующие об адаптивной эволюции, но это все равно соответствует примерно 1 МБ адаптивно развивающейся ДНК. Там, где есть доказательства адаптивной эволюции (что подразумевает функциональность) в некодирующей ДНК, обычно считается, что эти области участвуют в регуляции последовательностей, кодирующих белок.

Как и в случае с людьми, меньше исследований посвящено адаптивной эволюции в некодирующих областях других организмов. Однако там, где проводились исследования на дрозофиле, по-видимому, обнаруживается большое количество адаптивно развивающейся некодирующей ДНК. Andolfatto (2005) подсчитал, что адаптивная эволюция произошла в 60% нетранслируемых зрелых частей мРНК и в 20% интронных и межгенных областей. Если это правда, это будет означать, что большая часть некодирующей ДНК может иметь большее функциональное значение, чем кодирующая ДНК, что резко меняет общепринятую точку зрения. Однако это все равно оставит без ответа, какую функцию выполняет вся эта некодирующая ДНК, поскольку наблюдаемая до сих пор регуляторная активность составляет лишь крошечную часть от общего количества некодирующей ДНК. В конечном счете, для обоснования этой точки зрения необходимо собрать значительно больше доказательств.

Различия между человеческими популяциями

В нескольких недавних исследованиях сравнивались масштабы адаптивной эволюции, происходящие между различными популяциями человеческого вида. Уильямсон и др. (2007) обнаружили больше доказательств адаптивной эволюции в популяциях Европы и Азии, чем в популяциях афроамериканцев. Если предположить, что афроамериканцы являются представителями африканцев, эти результаты интуитивно понятны, поскольку люди расселились из Африки примерно 50 000 лет назад (согласно общепринятой гипотезе происхождения человека вне Африки (Klein 2009)), и эти люди адаптировались в новую среду, с которой они столкнулись. Напротив, африканское население оставалось в аналогичной среде в течение следующих десятков тысяч лет и, следовательно, вероятно, было ближе к пику своей адаптации к окружающей среде. Однако Войт и др. (2006) обнаружили доказательства более адаптивной эволюции у африканцев, чем у неафриканцев (исследовались восточноазиатские и европейские популяции), а Boyko et al. (2008) не обнаружили существенных различий в объеме адаптивной эволюции, происходящей между разными человеческими популяциями. Таким образом, полученные на данный момент доказательства неубедительны относительно того, в какой степени разные человеческие популяции претерпели разную степень адаптивной эволюции.

Скорость адаптивной эволюции

Часто предполагается, что скорость адаптивной эволюции человеческого генома постоянна во времени. Например, оценка 35% для α, рассчитанная Fay et al. в человеческой линии происходила одна адаптивная замена (2001) привели их к выводу, что каждые 200 лет с момента отделения человека от обезьян Старого Света . Однако даже если исходное значение α является точным для определенного периода времени, эта экстраполяция все равно недействительна. Это связано с тем, что за последние 40 000 лет в человеческой линии произошло значительное ускорение положительного отбора с точки зрения количества генов, претерпевших адаптивную эволюцию (Hawks et al. 2007). Это согласуется с простыми теоретическими предсказаниями, поскольку за последние 40 000 лет численность человеческой популяции резко увеличилась, а с увеличением количества людей должно произойти и больше адаптивных замен. Хоукс и др. (2007) утверждают, что демографические изменения (особенно увеличение населения) могут значительно облегчить адаптивную эволюцию, и этот аргумент в некоторой степени подтверждает положительную корреляцию, выведенную между размером популяции и количеством происходящей адаптивной эволюции, упомянутой ранее.

Было высказано предположение, что культурная эволюция могла заменить генетическую эволюцию и, следовательно, замедлить темпы адаптивной эволюции за последние 10 000 лет. Однако вполне возможно, что культурная эволюция действительно может усилить генетическую адаптацию. Культурная эволюция значительно расширила общение и контакты между различными популяциями, и это предоставляет гораздо больше возможностей для генетического смешения между различными популяциями (Hawks et al. 2007). Однако недавние культурные явления, такие как современная медицина и меньшие различия в размерах современных семей, могут снизить генетическую адаптацию, поскольку естественный отбор ослаблен, перекрывая возросший потенциал адаптации из-за большего генетического примеси.

Сила положительного отбора

Исследования обычно не пытаются количественно оценить среднюю силу отбора, распространяющего полезные мутации в геноме человека. Многие модели делают предположения о том, насколько сильным является отбор, и некоторые расхождения между оценками масштабов происходящей адаптивной эволюции объясняются использованием таких различающихся предположений (Eyre-Walker 2006). Способ точно оценить среднюю силу положительного отбора, действующего на геном человека, состоит в том, чтобы сделать вывод о распределении эффектов приспособленности (DFE) новых полезных мутаций в геноме человека, но этот DFE трудно сделать вывод, поскольку новые полезные мутации очень редки. (Бойко и др., 2008). В адаптированной популяции DFE может иметь экспоненциальную форму (Eyre-Walker and Keightley, 2007). Однако необходимы дополнительные исследования для получения более точных оценок средней силы положительного отбора у людей, что, в свою очередь, улучшит оценки масштабов адаптивной эволюции, происходящей в геноме человека (Бойко и др., 2008).

Области генома, демонстрирующие признаки адаптивной эволюции

В значительном количестве исследований использовались геномные методы для идентификации конкретных человеческих генов, свидетельствующих об адаптивной эволюции. В Таблице 2 приведены избранные примеры таких генов для каждого обсуждаемого типа генов, но она далеко не исчерпывающий список человеческих генов, свидетельствующих об адаптивной эволюции. Ниже перечислены некоторые типы генов, которые убедительно свидетельствуют об адаптивной эволюции генома человека.

Гены болезней

Бэйкуэлл и др. (2007) обнаружили, что относительно большая доля (9,7%) положительно отобранных генов связана с заболеваниями. Это может быть связано с тем, что в некоторых контекстах болезни могут быть адаптивными. Например, шизофрения была связана с повышенной креативностью (Crespi et al. 2007), что, возможно, было полезной чертой для добывания пищи или привлечения партнеров во времена палеолита . Альтернативно, адаптивные мутации могут снижать вероятность возникновения заболеваний из-за других мутаций. Однако второе объяснение кажется маловероятным, поскольку уровень мутаций в геноме человека довольно низок, поэтому отбор будет относительно слабым.

Иммунные гены

417 генов, участвующих в иммунной системе, продемонстрировали убедительные доказательства адаптивной эволюции в исследовании Nielsen et al. (2005а). Вероятно, это связано с тем, что иммунные гены могут участвовать в эволюционной гонке вооружений с бактериями и вирусами (Догерти и Малик, 2012; Ван дер Ли и др., 2017). Эти патогены развиваются очень быстро, поэтому давление отбора быстро меняется, предоставляя больше возможностей для адаптивной эволюции.

Гены семенников

247 генов в семенниках продемонстрировали доказательства адаптивной эволюции в исследовании Nielsen et al. (2005а). Частично это может быть связано с сексуальным антагонизмом. Конкуренция между мужчинами и женщинами может способствовать гонке вооружений адаптивной эволюции. Однако в этой ситуации можно было бы ожидать обнаружения свидетельств адаптивной эволюции и в женских половых органах, но доказательств этому меньше. конкуренция сперматозоидов Еще одним возможным объяснением является . Конкуренция сперматозоидов сильна, и сперматозоиды могут повысить свои шансы на оплодотворение женской яйцеклетки различными способами, включая увеличение их скорости, выносливости или реакции на хемоаттрактанты (Swanson and Vacquier 2002).

Обонятельные гены

Гены, участвующие в обнаружении запаха, демонстрируют убедительные доказательства адаптивной эволюции (Voight et al. 2006), вероятно, из-за того, что запахи, с которыми сталкивается человек, в последнее время изменились в своей эволюционной истории (Williamson et al. 2007). Обоняние человека сыграло важную роль в определении безопасности источников пищи.

Гены питания

Гены, участвующие в метаболизме лактозы, демонстрируют особенно убедительные доказательства адаптивной эволюции среди генов, участвующих в питании. Мутация, связанная с персистенцией лактазы, демонстрирует очень убедительные доказательства адаптивной эволюции в европейских и американских популяциях (Williamson et al. 2007), популяциях, где пасторальное земледелие для производства молока было исторически важным.

Гены пигментации

Гены пигментации демонстрируют особенно убедительные доказательства адаптивной эволюции в неафриканских популяциях (Williamson et al. 2007). Вероятно, это связано с тем, что люди, покинувшие Африку примерно 50 000 лет назад, попали в менее солнечный климат и, таким образом, оказались под новым давлением отбора, чтобы получить достаточное количество витамина D из ослабленного солнечного света.

Гены мозга?

Имеются некоторые свидетельства адаптивной эволюции генов, связанных с развитием мозга, но некоторые из этих генов часто связаны с заболеваниями, например микроцефалией (см. Таблицу 2). Однако существует особый интерес к поиску адаптивной эволюции генов мозга, несмотря на этические проблемы, связанные с такими исследованиями. Если бы в генах мозга одной человеческой популяции была обнаружена более адаптивная эволюция, чем в другой, то эту информацию можно было бы интерпретировать как демонстрацию большего интеллекта у более адаптивно развитой популяции.

Другой

Другие типы генов, демонстрирующие значительные доказательства адаптивной эволюции (но, как правило, меньше доказательств, чем обсуждаемые типы), включают: гены Х-хромосомы , гены нервной системы, гены, участвующие в апоптозе , гены, кодирующие черты скелета, и, возможно, гены, связанные с речью (Нильсен и др. 2005a, Уильямсон и др. 2007, Войт и др. 2006, Краузе и др. 2007).

Трудности выявления положительного отбора

Как отмечалось ранее, многие тесты, используемые для обнаружения адаптивной эволюции, имеют очень большую степень неопределенности в своих оценках. Хотя существует множество различных модификаций, применяемых к отдельным тестам для преодоления связанных с этим проблем, два типа мешающих переменных особенно важны, препятствуя точному обнаружению адаптивной эволюции: демографические изменения и предвзятая конверсия генов.

Демографические изменения особенно проблематичны и могут серьезно исказить оценки адаптивной эволюции. За свою эволюционную историю человеческая линия претерпела как быстрое сокращение, так и расширение численности популяции, и эти события изменят многие признаки, которые считаются характерными для адаптивной эволюции (Nielsen et al. 2007). С помощью моделирования было показано, что некоторые геномные методы относительно устойчивы к демографическим изменениям (например, Willamson et al. 2007). Однако ни один тест не является полностью устойчивым к демографическим изменениям, и недавно были обнаружены новые генетические явления, связанные с демографическими изменениями. Это включает в себя концепцию «серфинга мутаций», при которой новые мутации могут распространяться по мере увеличения популяции (Klopfstein et al. 2006).

Феномен, который может серьезно изменить то, как мы ищем признаки адаптивной эволюции, — это смещенная конверсия генов (BGC) (Galtier и Duret 2007). Мейотическая рекомбинация между гомологичными хромосомами , гетерозиготными в определенном локусе, может привести к несовпадению ДНК. Механизмы репарации ДНК смещены в сторону устранения несоответствия пары оснований CG. Это приведет к изменению частот аллелей, оставив след ненейтральной эволюции (Galtier et al. 2001). Избыток мутаций AT в GC в геномных регионах человека с высокими показателями замещения (ускоренные регионы человека, HAR) предполагает, что BGC часто встречается в геноме человека (Pollard et al. 2006, Galtier and Duret 2007). Первоначально предполагалось, что BGC мог быть адаптивным (Galtier et al. 2001), но более поздние наблюдения сделали это маловероятным. Во-первых, некоторые HAR не проявляют существенных признаков выборочных зачисток вокруг них. Во-вторых, HARs имеют тенденцию присутствовать в регионах с высокой скоростью рекомбинации (Pollard et al. 2006). Фактически, BGC может привести к появлению HAR, содержащих высокую частоту вредных мутаций (Galtier и Duret 2007). Однако маловероятно, что HAR в целом являются неадаптивными, поскольку сами механизмы репарации ДНК будут подвергаться жесткому отбору, если они будут распространять вредные мутации. В любом случае, BGC следует исследовать дальше, поскольку это может привести к радикальному изменению методов проверки наличия адаптивной эволюции.

Таблица 1: Оценки степени адаптивной эволюции в геноме человека

(формат таблицы и некоторые данные показаны как в Таблице 1 Эйр-Уокера (2006))

α или доля локусов, претерпевших адаптивную эволюцию (%)	Тип локуса	Виды аутгруппы	Метод	Изучать
20	Белок	Шимпанзе	МК	Чжан и Ли, 2005 г.
6	Белок	Шимпанзе	МК	Бустаманте и др. 2005 г.
0-9	Белок	Шимпанзе	МК	Консорциум секвенирования и анализа шимпанзе, 2005 г.
10-20	Белок	Шимпанзе	МК	Boyko et al. 2008
9.8	Белок	Шимпанзе	дн/дс	Нильсен и др. 2005а
1.1	Белок	Шимпанзе	дн/дс	Бэйкуэлл и др. 2007 год
35	Белок	Обезьяна Старого Света	МК	Фэй и др. 2001 г.
0	Белок	Обезьяна Старого Света	МК	Чжан и Ли, 2005 г.
0	Белок	Обезьяна Старого Света	МК	Эйр-Уокер и Кейтли, 2009 г.
0.4	Белок	Обезьяна Старого Света	дн/дс	Нильсен и др. 2005б
0	Белок	Мышь	МК	Чжан и Ли, 2005 г.
0.11-0.14	Некодирование	Шимпанзе	МК	Кейтли и др. 2005 г.
4	Некодирование	Шимпанзе и обезьяна Старого Света	дн/дс	Хейгуд и др. 2007 год
0	Некодирование	Обезьяна Старого Света	МК	Эйр-Уокер и Кейтли, 2009 г.
0.03	Некодирование	Н/Д	дн/дс	Понтинг и Лантер, 2006 г.

Таблица 2: Примеры человеческих генов, свидетельствующих об адаптивной эволюции

Тип гена	Имя гена	Фенотип, продуцируемый геном/областью, где экспрессируется ген	Изучать
Болезнь	АСПМ	Микроцефалия (характеризуется маленькой головой и умственной отсталостью)	Mekel-Bobrov et al. 2005
Болезнь	ГИАЛ3	Рак, подавление опухоли	Нильсен и др. 2005а
Болезнь	ДИСК1	Шизофрения	Креспи и др. 2007 год
Иммунитет	CD72	Сигналы иммунной системы	Нильсен и др. 2005а
Иммунитет	ИГЖ	Связывает мономеры иммуноглобулинов	Уильямсон и др. 2007 год
Иммунитет	ПТКРА	Пре-Т-клеточный антигенный рецептор	Бэйкуэлл и др. 2007 год
Яички	USP26	Специфическое выражение яичек	Нильсен и др. 2005а
Яички	РСБН1	Белковая структура спермы	Войт и др. 2006 г.
Яички	STRING5	Спермоассоциированный антиген 5	Бэйкуэлл и др. 2007 год
обонятельный	OR2B2	Обонятельный рецептор	Нильсен и др. 2005а
обонятельный	OR4P4	Обонятельный рецептор	Уильямсон и др. 2007 год
обонятельный	OR10H3	Обонятельный рецептор 10H3	Бэйкуэлл и др. 2007 год
Питание	ЛКТ	Метаболизм лактозы	Уильямсон и др. 2007 год
Питание	NR1H4	Рецептор ядерного гормона, связанный с фенотипами, включая желчную кислоту и липопротеин.	Уильямсон и др. 2007 год
Питание	SLC27A4	Поглощение жирных кислот	Войт и др. 2006 г.
Пигментация	ОСА2	Светлая кожа	Войт и др. 2006 г.
Пигментация	АТРН	Пигментация кожи	Уилламсон и др. 2007 год
Пигментация	ТИРП1	Светлая кожа	Войт и др. 2006 г.

См. также

Ссылки

Андольфатто П. (2005), Адаптивная эволюция некодирующей ДНК у дрозофилы, Nature, Vol. 437 стр. 1149–1152.
Бэйквелл М., Ши П. и Чжан Дж. (2007), В эволюции шимпанзе больше генов подверглось положительному отбору, чем в эволюции человека, Proc. Натл. акад. наук. США, Том. 104 стр. 7489–7494.
Бойко, А.Р., Уильямсон, С.Х., Индап, А.Р., Дегенхардт, Дж.Д., Эрнандес, Р.Д., Лохмюллер, К.Е., Адамс, М.Д., Шмидт, С., Снинский, Дж.Дж., Сюняев, С.Р., Уайт, Т.Дж., Нильсен, Р., Кларк А.Г. и Бустаманте К.Д. (2008), Оценка эволюционного влияния аминокислотных мутаций в геноме человека, PLoS Genetics, Vol. 4 стр. 1–13
Бустаманте, К., Фледель-Алон, А., Уильямсон, С., Нильсен, Р., Хубиш, М.Т., Глановски, С., Тененбаум, Д.М., Уайт, Т.Дж., Снински, Дж.Дж., Эрнандес, Р.Д., Чивелло, Д. ., Адамс, доктор медицинских наук, Каргилл, М. и Кларк, А.Г. (2005), Естественный отбор генов, кодирующих белки в геноме человека, Nature, Vol. 437 стр. 1153–1156.
Консорциум по секвенированию и анализу шимпанзе (2005), Начальная последовательность генома шимпанзе и сравнение с геномом человека, Nature, Vol. 437 стр. 69–87.
Креспи Б., Саммерс К., Дорус С. (2007), Адаптивная эволюция генов, лежащих в основе шизофрении, Труды Королевского общества Б, Том. 274 стр. 2801–2810.
Догерти, доктор медицинских наук, и Малик, Х.С. (2012), Правила взаимодействия: молекулярная информация из гонки вооружений между вирусами-хозяевами, Annual Review of Genetics, Vol. 46 стр. 677–700.
Эйр-Уокер, А. (2006), Скорость геномной адаптивной эволюции, Тенденции в экологии и эволюции, Vol. 21 стр. 569–575.
Эйр-Уокер А. и Кейтли П.Д. (2009), Оценка скорости адаптивной молекулярной эволюции в присутствии слегка вредных мутаций и изменения размера популяции, Molecular Biology and Evolution, Vol. 26 стр. 2097–2108 гг.
Эйр-Уокер А. и Кейтли П.Д. (2007), Распределение эффектов новых мутаций на приспособленность, Nature Reviews Genetics, Vol. 8 стр. 610–618.
Фэй Дж.К., Вайкофф Дж.Дж. и Ву К. (2001), Положительный и отрицательный отбор в геноме человека, Генетика, Vol. 158 стр. 1227–1234.
Галтье Н. и Дюре Л. (2007), Адаптация или предвзятость конверсии генов? Расширение нулевой гипотезы молекулярной эволюции, Trends in Genetics, Vol. 23 стр. 273–277.
Галтье Н., Пигано Г., Муширу Д. и Дюре Л. (2001), Эволюция содержания GC в геномах млекопитающих: гипотеза смещенной конверсии генов, Genetics, Vol. 159 стр. 907–911.
Хоукс Дж., Ван Э.Т., Кокран Г.М., Харпендинг Х.К. и Мойжис Р.К. (2007), Недавнее ускорение адаптивной эволюции человека, Proc. Натл. акад. наук. США, Том. 104 стр. 20753–20758.
Кейтли, П.Д., Лерчер, М.Дж., Эйр-Уокер, А. (2005), Доказательства широко распространенной деградации областей генного контроля в геномах гоминид, PloS Biology, Vol. 282-288
Кляйн, Р.Г. (2009), Дарвин и недавнее африканское происхождение современных людей, Proc. Натл. акад. наук. США, Том. 106 стр. 16007–16009.
Клопфштейн С., Каррат М. и Экскофье Л. (2006), Судьба мутаций, плавающих на волне расширения диапазона, Молекулярная биология и эволюция, Vol. 23 стр. 482–490.
Краузе, Дж., Лалуэса-Фокс, К., Орландо, Л., Энард, В., Грин, Р.Э., Бурбано, Х.А., Хаблин, Дж., Ханни, К., Фортеа, Дж., де ла Расилья, М. ., Бертранпетит Дж., Розас А. и Паабо С. (2007), Производный вариант FOXp2 современных людей был использован совместно с неандертальцами, Current Biology, Vol. 17 стр. 1908–1912 гг.
Лантер Г., Понтинг К., Хейн Дж. (2006), Полногеномная идентификация функциональной ДНК человека с использованием нейтральной модели indel, PLoS Computational Biology, Vol. 2 стр. 2–12
Макдональд Дж. Х. и Крейтман М. (1991), Адаптивная эволюция белка в локусе Adh у дрозофилы, Nature, Vol. 351 стр. 652–654
Мекель-Бобров, Н., Гилберт, С.Л., Эванс, П.Д., Валлендер, Э.Дж., Андерсон, Дж.Р., Хадсон, Р.Р., Тишкофф, С.А., Лан, Б.Т. (2009), Продолжающаяся адаптивная эволюция ASPM, детерминанта размера мозга у человека sapiens, Наука, Vol. 209 стр. 1720–1722 гг.
Нильсен, Р., Бустаманте, К., Кларк, А.Г., Гланоски, С., Сактон, Т.Б., Хубиш, М.Дж., Фледель-Алон, А., Таненбаум, Д.М., Чивелло, Д., Уайт, Т.Дж., Снински, Дж.Дж. , Адамс, доктор медицинских наук, Каргилл, М. (2005a), Сканирование положительно выбранных генов в геномах человека и шимпанзе, PloS Biology, Vol. 3 стр. 976–985.
Нильсен Р., Уильямсон С., Ким Ю., Хубиш М.Дж., Кларк А.Г. и Бустаманте К. (2005b), Сканирование генома для выборочных исследований с использованием данных SNP, Genome Research, Vol. 15 стр. 1566–1575 гг.
Нильсен Р., Хеллманн И., Хубиш М., Бустаманте К. и Кларк А.Г. (2007), Недавний и продолжающийся отбор в геноме человека, Nature Reviews Genetics, Vol. 8 стр. 857–868.
Поллард, К.С., Салама, С.Р., Кингс, Б., Керн, А.Д., Дрезер, Т., Кацман, С., Сипель, А., Педерсен, Дж.С., Беджерано, Г., Берч, Р., Розенблум, К.Р., Кент Дж. и Хаусслер Д. (2006), Силы, формирующие наиболее быстро развивающиеся области человеческого генома, PLoS Genetics, Vol. 2 стр. 1599–1611 гг.
Понтинг К.П. и Лантер Г. (2006), Признаки адаптивной эволюции в некодирующей последовательности человека, Молекулярная генетика человека, Vol. 15 стр. 170–175.
Сабети, ПК, Шаффнер, С.Ф., Фрай, Б., Лохмюллер, Дж., Варилли, П., Шамовский, О., Пальма, А., Миккельсен, Т.С., Альтшулер, Д. и Ландер, Э.С. (2006), Положительный естественный отбор в человеческой линии, Science, Vol. 312 стр. 1614–1620 гг.
Судзуки Ю. и Годобори Т. (1999), Метод обнаружения положительного отбора по отдельным аминокислотным участкам, Molecular Biology and Evolution, Vol. 16 стр. 1315–1328 гг.
Суонсон, У.Дж., и Вакье, В.Д. (2002), Быстрая эволюция репродуктивных белков, Nature Reviews Genetics, Vol. 3 стр. 137–144.
Ван дер Ли, Р., Виль, Л., Ван Дам, TJP, и Хайнен, Массачусетс (2017), Обнаружение положительного отбора в масштабе генома у девяти приматов предсказывает эволюционные конфликты между человеком и вирусом, Исследования нуклеиновых кислот, gkx704
Войт Б.Ф., Кударавалли С., Вен Х. и Притчард Дж.К. (2006), Карта недавнего положительного отбора в геноме человека, PLoS Biology, Vol. 4 стр. 446–458
Уильямсон С.Х., Хубиш М.Дж., Кларк А.Г., Пайсёр Б.А., Бустаманте К.Д. и Нильсен Р. (2007), Локализация недавней адаптивной эволюции в геноме человека, PLoS Genetics, Vol. 3 стр. 901–915.
Ян З. и Белявски Дж. П. (2000), Статистические методы обнаружения молекулярной эволюции, Тенденции в экологии и эволюции, Vol. 15 стр. 496–503.
Чжан Л. и Ли В. (2005), SNP человека не обнаруживают признаков частого положительного отбора, Molecular Biology and Evolution, Vol. 22 стр. 2504–2507 гг.