База данных Домена Смерти
 | В этой статье есть несколько проблем. Пожалуйста, помогите улучшить его или обсудите эти проблемы на странице обсуждения . ( Узнайте, как и когда удалять эти шаблонные сообщения )
|
| Содержание | |
|---|---|
| Описание | база данных межбелковых взаимодействий суперсемейства доменов смерти . |
| Контакт | |
| Авторы | Донсоп Квон |
| Первичное цитирование | ПМИД 22135292 |
| Дата выпуска | 2011 |
| Доступ | |
| Веб-сайт | www |
База данных доменов смерти представляет собой вторичную базу данных белок-белковых взаимодействий (PPI) суперсемейства доменов смерти . [1] Члены этого суперсемейства играют ключевые роли в апоптозе , воспалении , некрозе и сигнальных путях иммунных клеток. Негативные сигнальные события, опосредованные суперсемейством домена смерти, приводят к различным заболеваниям человека, включая рак , нейродегенеративные заболевания и иммунологические расстройства. Создание баз данных доменов смерти представляет особый интерес для исследователей в области биомедицины, поскольку оно позволяет глубже понять молекулярные механизмы, участвующие во взаимодействиях доменов смерти, а также обеспечивает легкий доступ к таким инструментам, как карта взаимодействия, которая иллюстрирует сеть межбелковых взаимодействий и информация. В настоящее время существует только одна база данных, которая рассматривает исключительно домены смерти, но есть и другие базы данных и ресурсы, содержащие информацию об этом суперсемействе. [1] По данным ПабМед, [2] на сегодняшний день эта база данных цитировалась в семи рецензируемых статьях из-за ее обширной и конкретной информации о доменах смерти и их сводках PPI.
Суперсемейство Домена Смерти
[ редактировать ]Эволюционно консервативное суперсемейство доменов смерти определяется мотивом складки смерти, который образован несколькими доменами взаимодействия белков. [3] Домены состоят из шести-семи плотно скрученных альфа-спиралей, расположенных в виде «греческой складки» . [1] [3] Это суперсемейство считается одной из крупнейших и наиболее изученных сетей белок-белковых взаимодействий (PPI).
Существует четыре типа подсемейства доменов смерти: эффекторный домен смерти (DED), [4] домен рекрутирования каспазы (CARD), [5] пириновый домен (PYD) и домен смерти (DD). [1] [6] Эти домены подсемейства сгруппированы вместе из-за сходства их последовательности и структуры. [7] Однако, несмотря на схожесть, каждый домен имеет свою собственную определяющую структурную особенность: мотив RxDL в DED, прерванную первую спираль в CARD, меньшую (или иногда неоднозначную) третью спираль в PYD и более открытую, гибкую третью спираль. спираль в ДД. [1] Члены этого подсемейства образуют гомотипические связи только с одним и тем же типом домена подсемейства. Например, DED будет связываться только с DED, CARD-CARD, PYD-PYD и DD-DD. Эти гомотипические взаимодействия происходят только с двумя членами одного и того же домена (или, в редких случаях, с несколькими), и не было никаких доказательств того, что эти домены имеют гетеротипические взаимодействия друг с другом. [3]
Подсемейства Домена Смерти
[ редактировать ]Эффекторный домен смерти (DED)
[ редактировать ]Домены DED высококонсервативны в Chordata типе , а также могут быть обнаружены в меньших процентах в типе Echinodermata и вирусах . [8] Белки, содержащие DED, связаны с регуляцией апоптоза посредством взаимодействия с белками каспаз и были особенно документированы у млекопитающих . [3] [9] Известно, что домены DED взаимодействуют с другими доменами и включают: последовательности ядерной локализации (в DEDD), трансмембранные домены (в Bap31 и Bar), нуклеотидсвязывающие домены (в Dap3), домены SAM (в Bar), спирально-спиральные домены. (в Hip и Hippi) и E2-связывающие домены RING (в Bar). [10]
Домен рекрутирования каспазы (CARD)
[ редактировать ]Домены CARD в основном обнаруживаются у хордовых, многие из которых относятся к животному миру, и в меньших процентах встречаются у типов Nematoda и Echinodermata. [11] Белковые модули, содержащие домен CARD, связаны с апоптозом посредством регуляции каспаз, с которыми они взаимодействуют, а также с процессами воспаления посредством своего участия в NF-kappaB . сигнальных путях [12]
Домен Пирин (PYD)
[ редактировать ]Домен PYD, также известный как домен апоптоза и ответа интерферона (DAPIN), обычно обнаруживается у позвоночных и вирусных белках и участвует в апоптозе, раке и воспалении. [13] Функции этой группы наименее изучены среди четырех членов суперсемейства доменов смерти. [3]
Домен смерти (DD)
[ редактировать ]Этот домен преимущественно встречается в животном мире, особенно среди млекопитающих, у которых есть много различных типов ИПП, содержащих домены смерти. [7] Согласно . неизбыточной базе данных SMART, млекопитающие имеют около 61% известных DD-доменов [14] Белки, содержащие DD, связаны с апоптозом и воспалением, подобно домену CARD. Это также связано с врожденным иммунитетом. [15] DD также можно обнаружить с другими типами доменов, включая анкириновые повторы, каспазоподобные складки, киназные домены, лейциновые молнии, богатые лейцином повторы (LRR), домены TIR и домены ZU5. [7]
Обзор
[ редактировать ]Deathdomain.org изначально был создан Квоном и др. (2012) для стимулирования дальнейших исследований сигнального пути, опосредованного суперсемейством домена смерти. Их база данных курируется вручную и сосредоточена на предоставлении подробной информации о суперсемействе доменов смерти и его белок-белковых взаимодействиях . Квон и его команда начали с исследования, сбора и курирования 295 опубликованных рецензируемых исследований, посвященных модулям PPI и связанным с ними областям смертности. В настоящее время база данных предоставляет пользователям информацию из 311 рецензируемых исследований, что немного больше, чем в исходной публикации. [1]
Эта база данных предоставляет:
- Комплексные сводки белков суперсемейства доменов смерти и связанные с ними данные PPI
- Информация о соответствующих аналитических методах из литературы, доменной структуры и экспериментальных ресурсов.
- Функции и инструменты для облегчения обучения и исследования сигнальной сети, опосредованной суперсемейством доменов смерти (поисковая система, карта взаимодействия и ссылки для сравнения информации с другими базами данных)
Создание базы данных
[ редактировать ]ПабМед База данных [2] был основным источником для сбора данных в базе данных DeathDomain.org. Авторы сайта начали с поиска синонимов для 99 белков суперсемейства доменов смерти из UniProt KB. [16] и Энтрез Джин . [17] Наряду с названием белка для поиска статей в базе данных PudMed по белкам домена смерти, участвующим в физическом связывании с другими белками, использовались синонимы. Дальнейшие поиски проводились по ДИПу , [18] Нетронутый, [19] КАК [20] и STRING [21] базы данных, чтобы гарантировать, что все соответствующие статьи были включены в исследование. Авторам удалось найти и вручную отредактировать 295 рецензируемых статей, в которых обсуждались 175 пар PPI среди 99 белков суперсемейства DD. Эти цифры увеличились с момента первой публикации до 311 рецензируемых статей, в которых обсуждается 181 пара PPI среди 99 белков суперсемейства DD. [1]
Чтобы курировать данные в литературе, авторы решили сосредоточиться на аналитических методах, экспериментальных результатах, ресурсах и номенклатуре . Если в документах было недостаточно данных, в этих разделах пользователи увидят «Не указано». [1]
Функции
[ редактировать ]Суперсемейство DD и сводки PPI
[ редактировать ]Доступ к этой функции можно получить, выбрав интересующий домен смерти и используя вложенную вкладку, чтобы выбрать белок, содержащий этот домен. Он перенесет пользователя к огромному количеству информации, которую можно рассмотреть в мельчайших подробностях (вкладка «Подробно») или в меньших подробностях (вкладка «Краткий обзор») сверху (рис. 1D и 1C соответственно). Данные далее разбиваются на три категории: взаимодействие, характеристика и функциональная роль. Эти категории были выбраны потому, что они использовались в аналогичных исследованиях. [22] В большинстве случаев пользователи могут узнать больше о каждом PPI, щелкнув идентификатор PubMed и указав подробную информацию, включая название, аннотацию, авторов, взаимодействие, упомянутое в статье, и ссылку на публикацию. [23]
Другие вкладки подзаголовков предоставляют доступ к информации о белках, включая полное имя белков, альтернативные названия, функции, а также подсемейство доменов смерти и граничную область. Последний позволяет пользователям удобно получать аминокислотные последовательности и границы доменов из баз данных UniProtKB/ Swiss-Prot embl, genbank или и UniProtKB/TrEMBL в формате fasta . [16] Щелкнув ссылку на внешнюю базу данных, пользователи могут получить эту информацию о доменосодержащем белке, обнаруженном у других видов . Они также могут получить доступ к дополнительной информации о подобных базах данных ( Uniprot , DIP , STRING , KEGG , IntAct и MINT), щелкнув соответствующий идентификационный номер. Последние две вкладки будут предоставлять пользователям загружаемые трехмерные изображения структур на вкладке «Трехмерная структура», а также естественные мутации и связанные с ними заболевания на вкладке «Болезни» (рис. 1E). [23]
Статистика
[ редактировать ]Страница статистики состоит из списка публикаций (отдельных по годам публикации), используемых в базе данных, и доступна по гиперссылке . На странице также представлены сводные таблицы количества ИЦП на домен, а также имеются гиперссылки на их сводную страницу ИЦП. Еще одна особенность таблицы — сравнение пар PPI, опосредованных суперсемейством DD, обнаруженных в базе данных Death Domain, с другими базами данных PPI. Эта страница показывает пользователям, что их база данных содержит больше пар PPI, чем Deathbase.org, и такое же количество, как IntAct и Mint. [24]
Другие ресурсы
[ редактировать ]| Имя базы данных | Тип базы данных | Функции | Организмы в базе данных |
|---|---|---|---|
| База смерти [25] | База данных белков, участвующих в гибели клеток | -Данные о функции, структуре и эволюции белков, участвующих в апоптозе/других формах гибели клеток. - Данные, обработанные вручную. -Легкий поиск по видам, белкам, путям, семействам и доменным именам. | Человек Мышь данио Летать Червь |
| Нетронутый | База данных молекулярных взаимодействий | -Система баз данных с открытым исходным кодом и включает инструменты анализа данных молекулярного взаимодействия. - Данные, обработанные вручную (из EMBL-EBI). -Комплексные параметры поиска: ген, белок, РНК, химическое название, UniProtKB, ChEBI AC, идентификатор UniProtKB, идентификатор RNACentral, PMID и идентификатор IMEx. | Клеточные организмы Вирусы Многие другие |
| КАК [20] | База данных молекулярных взаимодействий | -Экспериментально подтвержденные данные о межбелковом взаимодействии - Данные, обработанные вручную. -Легкие параметры поиска: вид, белок, название гена, номер доступа к белку UniProt и идентификатор / DOI PubMed. | Человек Дрожжи Фруктовая муха Червь |
| НИТЬ [21] | База данных сети белок-белковых взаимодействий | -Данные об известных и предсказанных белок-белковых взаимодействиях: прямая (физическая) и непрямая (функциональная) ассоциация. - Данные, обработанные вручную. -Удобные параметры поиска: вид, название белка и идентификатор. | Всего 2031 организмов |
| ОКУНАТЬ [18] | База данных сети белок-белковых взаимодействий | -Данные об экспериментально установленных взаимодействиях между белками - Данные, обработанные вручную. -Легкие параметры поиска: белок, последовательность, мотив, статья, IMEx и pathBLAST. | Человек Дрожжи Фруктовая муха Многие другие |
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Перейти обратно: а б с д и ж г час Квон, Донсоп; Юн Чон Хван; Шин Су-Ён; Чан Тэ Хо; Ким Хонг-Ги; Итак, Инсук; Чон Джу-Хонг; Пак Хён Хо (январь 2012 г.). «Обширная база данных белково-белковых взаимодействий, созданная вручную для суперсемейства Death Domain» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (Д1): Д331–Д336. дои : 10.1093/nar/gkr1149 . ПМК 3245059 . ПМИД 22135292 .
- ^ Перейти обратно: а б Сэйерс, EW; Барретт, Т; Бенсон, Д.А.; Болтон, Э; Брайант, Ш.; Канезе, К; Четвернин, В; Церковь, DM; Дикуччо, М; Федерхен, С; и др. (2011). «Ресурсы базы данных Национального центра биотехнологической информации» . Нуклеиновые кислоты Рез . 39 (Проблема с базой данных): D38–D51. дои : 10.1093/nar/gkq1172 . ПМК 3013733 . ПМИД 21097890 .
- ^ Перейти обратно: а б с д и Лам, А; Парадизо, А; Грин, ДР; Мелино, Дж. (2003). «Взаимодействие доменов складки смерти при апоптозе». Смерть клеток и дифференцировка . 10 (1): 10–12. дои : 10.1038/sj.cdd.4401203 . ISSN 1350-9047 . ПМИД 12655289 . S2CID 32593733 .
- ^ Чиннайян, AM; О'Рурк, К; Тевари, М; Диксит, В.М. (1995). «FADD, новый белок, содержащий домен смерти, взаимодействует с доменом смерти fas и инициирует апоптоз» . Клетка . 81 (4): 505–512. дои : 10.1016/0092-8674(95)90071-3 . ПМИД 7538907 . S2CID 16906755 .
- ^ Хофманн, К; Бухер, П; Чопп, Дж (1997). «Домен CARD: новый мотив апоптотической сигнализации». Тенденции биохимических наук . 22 (5): 155–156. дои : 10.1016/S0968-0004(97)01043-8 . ISSN 0968-0004 . ПМИД 9175472 .
- ^ Тарталья, Луизиана; Эйрс, ТМ; Вонг, GHW; Гёддел, Д.В. (1993), «Новый домен в рецепторе TNF 55 кД сигнализирует о гибели клеток», Cell , 74 (5): 845–53, doi : 10.1016/0092-8674(93)90464-2 , PMID 8397073 , S2CID 38732043
- ^ Перейти обратно: а б с Домен смерти (IPR000488) , получено 3 ноября 2016 г.
- ^ Томас, Л; Хенсон, А; Рид, Дж. К.; Солсбери, Франция; Торберн, А. (2004). «Прямое связывание Fas-ассоциированного домена смерти (FADD) с лигандным рецептором DR5, индуцирующим апоптоз, связанным с фактором некроза опухоли, регулируется эффекторным доменом смерти FADD» . Журнал биологической химии . 279 (31): 32780–5. дои : 10.1074/jbc.M401680200 . ПМИД 15173180 .
- ^ DED: Домен эффектора смерти , получено 3 ноября 2016 г.
- ^ Рид, Дж. К.; Доктор, КС; Годсик, А (2004). «Области апоптоза: взгляд на геномику». СТКЭ науки . 2004 (239): re9. дои : 10.1126/stke.2392004re9 . ПМИД 15226512 . S2CID 40047696 .
- ^ КАРТОЧКА: Домен рекрутирования каспазы , получено 3 ноября 2016 г.
- ^ Бушье-Хейс, Л; Мартин, SJ (2002). «КАРТОЧНЫЕ игры в апоптозе и иммунитете» . Отчеты ЭМБО . 3 (7): 616–621. дои : 10.1093/embo-reports/kvf139 . ПМК 1084193 . ПМИД 12101092 .
- ^ Стауб, Э.; Даль, Э; Розенталь, А (2001). «Семейство DAPIN: новый домен связывает белки апоптотического и интерферонового ответа». Тенденции биохимических наук . 26 (2): 83–85. дои : 10.1016/S0968-0004(00)01717-5 . ПМИД 11166557 .
- ^ СМЕРТЬ: Домен СМЕРТИ, обнаруженный в белках, участвующих в гибели клеток (апоптоз). , получено 3 ноября 2016 г.
- ^ О'Нил, Луизиана; Данн, А; Эджебак, М; Грей, П; Джеффрис, К; Витек, К. (2003), «Mal и MyD88: белки-адаптеры, участвующие в передаче сигнала с помощью toll-подобных рецепторов», Journal of Endotoxin Research , 9 (1): 55–59, doi : 10.1177/09680519030090010701 , ISSN 0968-0519 , ПМИД 12691620
- ^ Перейти обратно: а б Консорциум UniProt (2010). «Универсальный ресурс белка (UniProt) в 2010 году» . Нуклеиновые кислоты Рез . 38 (Проблема с базой данных): D142–D148. дои : 10.1093/nar/gkp846 . ПМК 2808944 . ПМИД 19843607 .
- ^ Маглотт, Д ; Остелл, Дж; Прюитт, К.Д.; Татусова, Т (2011). «Энтрез Джин: генно-ориентированная информация в NCBI» . Нуклеиновые кислоты Рез . 39 (Проблема с базой данных): D52–D57. дои : 10.1093/nar/gkq1237 . ПМК 3013746 . ПМИД 21115458 .
- ^ Перейти обратно: а б Салвински, Л; Миллер, CL; Смит, Эй Джей; Петтит, ФК; Боуи, Ю.; Айзенберг, Д. (2004). «База данных взаимодействующих белков: обновление 2004 г.» . Нуклеиновые кислоты Рез . 32 (90001): Д449–Д451. дои : 10.1093/nar/gkh086 . ПМК 308820 . ПМИД 14681454 .
- ^ Аранда, Б; Ачутан, П; Алам-Фарук, Ю; Армян, я; Мост, А; Дероу, К; Фейерманн, М; Ганбарян, АТ; Керриен, С; Хадаке, Дж; и др. (2010). «База данных молекулярных взаимодействий IntAct в 2010 году» . Нуклеиновые кислоты Рез . 38 (Проблема с базой данных): D525–D531. дои : 10.1093/nar/gkp878 . ПМЦ 2808934 . ПМИД 19850723 .
- ^ Перейти обратно: а б Сеол, А; Чатр Арьямонтри, А; Ликата, Л; Пелусо, Д; Брикуанти, Л; Идеально, Л; Кастаньоли, Л; Чезарени, Г (2010). «MINT, база данных молекулярных взаимодействий: обновление 2009 г.» . Нуклеиновые кислоты Рез . 38 (Проблема с базой данных): D532–D539. дои : 10.1093/нар/gkp983 . ПМК 2808973 . ПМИД 19897547 .
- ^ Перейти обратно: а б Шклярчик, Д; Франческини, А; Кун, М; Симонович, М; Рот, А; Минкес, П; Доркс, Т; Старк, М; Мюллер, Дж; Борк, П; и др. (2011). «База данных STRING в 2011 году: сети функциональных взаимодействий белков, глобально интегрированные и оцененные» . Нуклеиновые кислоты Рез . 39 (Проблема с базой данных): D561–D568. дои : 10.1093/нар/gkq973 . ПМК 3013807 . ПМИД 21045058 .
- ^ Ксенарий, я; Айзенберг, Д. (2001). «База данных о взаимодействии белков» (PDF) . Курс. Мнение. Биотехнология . 12 (4): 334–339. дои : 10.1016/s0958-1669(00)00224-x . ПМИД 11551460 .
- ^ Перейти обратно: а б «Подробная информация о суперсемействе домена смерти и ИПП» . Домен смерти . Проверено 3 ноября 2016 г.
- ^ «Статистика» . Домен смерти . Проверено 3 ноября 2016 г.
- ^ «База данных клеточной смерти/апоптоза» . Deathbase.org . Проверено 1 декабря 2016 г.