Андримс
 | |
| Идентификаторы | |
|---|---|
| Номер CAS | |
| ПабХим CID | |
| Химические и физические данные | |
| Формула | С 27 Н 33 Н 3 О 5 |
| Молярная масса | 479.577 g·mol −1 |
| 3D model ( JSmol ) | |
| (проверять) | |
Андримид — антибиотик природный , вырабатываемый морской бактерией Vibrio coralliilyticus . Андримид является ингибитором биосинтеза жирных кислот , блокируя реакцию переноса карбоксила ацетил-КоА-карбоксилазы (АСС). [ 1 ] [ 2 ]
Андримид содержит псевдопептидную основу и синтезируется посредством путей поликетидсинтазы (PKS) и нерибосомальной пептидсинтетазы (NRPS). [ 3 ] [ 4 ] Аминокислоты добавляются по пути NRPS, который загружает мономерные единицы аминокислот в растущую цепь на конвейере молекулярной сборки. [ 5 ] [ 6 ]
Биосинтез
[ редактировать ]Сокращения: кетосинтаза (KS), фактор длины цепи (CLF), дегидрогеназа (DH), кеторедуктаза (KR), тиолирование (Т), трансглутаминаза (TG), аденилирование (А), конденсация (С), тиоэстераза (ТЕ).
Андримид получен из трех аминокислот: фенилаланина , валина и глицина . Фенилаланин преобразуется в другую конформацию, а остатки валина и глицина удлиняются за счет двух атомов углерода, образованных малонильными звеньями. [ 5 ] Чтобы включить фенилаланиновую часть в биосинтез Андримида, L-Phe должен сначала превратиться в (S)-β-Phe с помощью аминомутазы AdmH. (S)-β-Phe реагирует с АТФ с образованием активного (S)-β-Phe-AMP посредством A-домена AdmJ, который включает (S)-β-Phe в голо-AdmI (HS-AdmI), образуя (S) -β-Phe-S-AdmI. AdmF катализирует образование октратриеноильной цепи и аминогруппы альфа-фенилаланина путем ацилирования цистеина его активного центра с образованием октратриеноил-β-Phe-S-AdmI. [ 5 ] Гибридный биосинтез проходит через шесть Т-доменов перед окончательной адаптацией с образованием натурального продукта Андримида. Дополнительными характеристиками сборочной линии Andrimid являются начальные ферменты, такие как AdmH, содержащий аминомутазу, AdmJ, содержащий домен β-Phe аденилирования (A), который служит привратником биосинтеза для определения того, какая ароматическая аминокислота используется гомологом трансглутаминазы AdmF. . AdmF использует ациловый домен ST и домен β-аминоацил-ST для образования аминной связи. Кроме того, три аминокислоты, используемые в Андримиде, включаются в сборочную линию компаниями AdmH и AdmJ. (S)-β-Phe генерируется AdmH и включается AdmJ. Что касается двух других аминокислот, а именно валина и глицина, они должны сначала подвергнуться присоединению двух атомов углерода с помощью PKS-модулей AdmO и AdmM. Всего для биосинтеза андримидов для создания стадии инициации цепи используются пять белков: AdmA, AdnI, AdnJ, AdmF и AdmH. [ 5 ] Во время пути PKS II малонил-КоА загружается на ацильный белок-носитель (ACP), который переносится в активный центр кетосинтазы (KS), высвобождая ацетил-КоА для образования малонил-КоА . Эта реакция подвергается удлинению цепи с использованием малонил-кофермента А (КоА) после кеторедуктазы (CLF, DH и KR). Обратите внимание, что путь PKS II представляет собой систематическую схему, поскольку недостаточно исследований, демонстрирующих четкий путь ферментов, используемых на этом этапе удлинения цепи биосинтеза жирных кислот. [ 7 ] [ 8 ] 
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Матилла М.А., Даддауа А., Чини А., Морель Б., Крелл Т. (ноябрь 2018 г.). «Ауксин контролирует выработку бактериальных антибиотиков» . Исследования нуклеиновых кислот . 46 (21): 11229–11238. дои : 10.1093/nar/gky766 . ПМК 6265452 . ПМИД 30500953 .
- ^ Лю X, Фортин П.Д., Уолш, Коннектикут (сентябрь 2008 г.). «Продуценты андримида кодируют субъединицу ацетил-КоА-карбоксилтрансферазы, устойчивую к действию антибиотика» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 105 (36): 13321–13326. Бибкод : 2008PNAS..10513321L . дои : 10.1073/pnas.0806873105 . ПМК 2533188 . ПМИД 18768797 .
- ^ Сунь Х, Лю З, Чжао Х, Анг Э.Л. (2015). «Последние достижения в области комбинаторного биосинтеза для открытия лекарств» . Дизайн, разработка и терапия лекарств . 9 : 823–833. дои : 10.2147/DDDT.S63023 . ПМЦ 4334309 . ПМИД 25709407 .
- ^ Буйс Й., Исбрандт Т., Чжан С.Д., Ларсен Т.О., Грамм Л. (2020). «Антибиотик Андримид, продуцируемый Vibrio coralliilyticus, увеличивает экспрессию биосинтетических кластеров генов и выработку антибиотиков в Photobacterium galatheae» . Границы микробиологии . 11 : 622055. doi : 10.3389/fmicb.2020.622055 . ПМЦ 7793655 . ПМИД 33424823 .
- ^ Jump up to: а б с д Магарви Н.А., Фортин П.Д., Томас П.М., Келлехер Н.Л., Уолш, Коннектикут (сентябрь 2008 г.). «Привратник против распущенности на ранних стадиях сборочной линии биосинтеза андримидов» . АКС Химическая биология . 3 (9): 542–554. дои : 10.1021/cb800085g . ПМЦ 2728764 . ПМИД 18652473 .
- ^ Фишбах М.А., Лай-младший, Рош Э.Д., Уолш К.Т., Лю Д.Р. (июль 2007 г.). «Направленная эволюция может быстро улучшить активность химерных ферментов сборочного конвейера» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 104 (29): 11951–11956. Бибкод : 2007PNAS..10411951F . дои : 10.1073/pnas.0705348104 . ЧВК 1924594 . ПМИД 17620609 .
- ^ Чен А., Ре Р.Н., Буркарт, доктор медицинских наук (октябрь 2018 г.). «Жирные кислоты типа II и поликетидсинтазы: расшифровка белок-белковых и белок-субстратных взаимодействий» . Отчеты о натуральных продуктах . 35 (10): 1029–1045. дои : 10.1039/c8np00040a . ПМК 6233901 . ПМИД 30046786 .
- ^ Чжан З, Пан ХХ, Тан ГЛ (2017). «Новые сведения о биосинтезе поликетидов бактерий типа II» . F1000Исследования . 6 : 172. дои : 10.12688/f1000research.10466.1 . ПМЦ 5321127 . ПМИД 28299197 .