Эпигеномика NCBI

Эпигеномика NCBI
Содержание
Описание	наборы эпигеномных данных.
Контакт
Исследовательский центр	Национальный центр биотехнологической информации
Авторы	Ян М. Фингерман
Первичное цитирование	Фингерман и др. (2011)
Дата выпуска	2010
Доступ
Веб-сайт	https://www.ncbi.nlm.nih.gov/epigenomics

База данных по эпигеномике Национального центра биотехнологической информации представляла собой базу данных для наборов данных полногеномной эпигенетики . ^[1] Он был уволен 1 июня 2016 года.

База данных эпигеномики

База данных по эпигеномике Национального центра биотехнологической информации (NCBI) при Национальных институтах здравоохранения (NIH) была запущена в июне 2010 года как средство сбора карт эпигенетических модификаций и их возникновения в геноме человека. ^[2] Эта база данных представляет собой общедоступный ресурс для карт стволовых клеток и первичных тканей ex vivo , которые подробно описывают полногеномные ландшафты эпигенетических факторов, которые возникают в развитии человека и при его заболеваниях. ^[1]

Содержание базы данных эпигеномики

Основные ресурсы для содержания базы данных по эпигеномике взяты из двух архивных баз данных NCBI: The Gene Expression Omnibus (GEO) и Sequence Read Archive (SRA). ^[1] Gene Expression Omnibus — это система данных для высокопроизводительных геномных данных, которые генерируются с помощью микрочипов и технологий секвенирования нового поколения . ^[3] Данные, используемые в базе данных Epigenomics, представляют собой комбинацию подмножеств GEO и SRA, специфичных для эпигенетических факторов. Эти данные подвергаются дополнительной проверке и систематизируются в более доступной форме перед добавлением в базу данных эпигеномики. ^[1]

Использование базы данных

Все эксперименты и соответствующие образцы в базе данных Epigenomics отображаются в браузере по умолчанию. По состоянию на октябрь 2013 года в базе данных доступно 4112 экспериментов и 1257 образцов. ^[4] В базе данных представлены пять изученных видов, и доступно множество треков данных, включая экспрессию микро- и малых РНК , модификацию гистонов и ферменты, модифицирующие гистоны, доступность хроматина и факторы, связанные с хроматином, а также факторы транскрипции . ^[1] Одним из таких примеров из базы данных является исследование некоторых эпигенетических факторов у Drosophila melanogaster на 20–24-часовой эмбриональной стадии развития. ^[5]

Браузер базы данных эпигеномики содержит две основные записи поиска: «Эксперименты» и «Образцы».

Экспериментальный поиск

Запись поиска эксперимента относится к одному или нескольким экспериментам с набором научных целей. ^[1] Здесь пользователь может получить полную информацию об источнике данных. Эта информация включает в себя учреждение отправителя, ссылки на исходные данные, предоставленные в GEO и SRA, ссылки на цитаты из литературы в PubMed и/или полные тексты статей в Pubmed. ^[1] Записи об экспериментах содержат уникальный инвентарный номер, включающий префикс «ESS». ^[1]

Пример поиска

Запись поиска образца соответствует биологическому материалу, исследованному в данном эксперименте в базе данных, и предоставляет подробную информацию об исходных атрибутах со значениями из контролируемых словарей. ^[1] Доступно более 20 полей биологических атрибутов, среди которых есть штамм, сорт, экотип, особь, пол, возраст, стадия развития, линия клеток, тип клеток, тип ткани и состояние здоровья. ^[1]

Справочные ресурсы по навигации и использованию базы данных

В Интернете есть множество доступных ресурсов, которые помогут вам ориентироваться и использовать базу данных эпигеномики. Раздел «Помощь по эпигенетике» справочного руководства NCBI содержит информацию о базе данных с возможностью поиска и предоставляет пользователю инструменты для использования, управления, загрузки и загрузки, а также навигации по базе данных. ^[6]Существуют также руководства по навигации по базе данных, предназначенные для конкретных исследователей и областей исследований, таких как исследования стволовых клеток. ^[7]

Дорожная карта проекта «Эпигеномика»

В 2007 году Национальные институты здравоохранения (NIH) запустили проект «Дорожная карта эпигеномики» . Целью проекта является разработка общедоступных эталонных карт эпигеномов различных типов клеток. ^[1] Эти эпигенетические карты предназначены для предоставления ресурсов для изучения эпигенетических событий, которые лежат в основе человеческого развития, разнообразия и болезней. ^[8] Аналогичные усилия см. в проекте ENCODE (ENCyclopedia Of DNA Elements), инициативы которого дополняют проект «Дорожная карта эпигеномики». ^[9]

Эпигеном

Эпигеном - состоит из записи химических изменений ДНК и белков гистонов организма. Эти химические изменения влияют на экспрессию генов во многих типах тканей и на разных стадиях развития. ^[10] Эти эпигенетические изменения включают методы изменения экспрессии генов, которые не связаны с изменениями в основной первичной последовательности ДНК; к ним относятся метилирование ДНК , подавление генов и хроматина . структура ^[11] а также участие некодирующей РНК . ^[12]

См. также

Эпигеномика

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж ^г ^час ^я ^дж ^к ^л Фингерман, Ян М; МакДэниел Ли; Чжан Сюань; Рацат Вальтер; Хасан Тарек; Цзян Чжифан; Коэн Роберт Ф; Шулер Грегори Д. (январь 2011 г.). «NCBI Epigenomics: новый общедоступный ресурс для изучения наборов эпигеномных данных» . Нуклеиновые кислоты Рез . 39 (Проблема с базой данных): D908–12. дои : 10.1093/nar/gkq1146 . ПМК 3013719 . ПМИД 21075792 .
^ «Обзор» . Национальные институты здравоохранения . Управление стратегической координации – Общий фонд . Проверено 22 сентября 2013 г.
^ Сэйерс, EW; и др. (январь 2010 г.). «Ресурсы базы данных Национального центра биотехнологической информации» . Исследования нуклеиновых кислот . 38 (Проблема с базой данных): D5–16. дои : 10.1093/nar/gkp967 . ПМЦ 2808881 . ПМИД 19910364 .
^ «Эпигеномная база данных» . Проверено 20 октября 2013 г.
^ Негре, Н; Моррисон, Калифорния; Шах ПК; Билд Н.А.; Белый КП (12 мая 2009 г.). «Полногеномные карты состояния хроматина у эмбрионов дрозофилы на разных стадиях, ChIP-seq» . МодЕНКОД . GSE16013 . Проверено 17 ноября 2013 г.
^ Бетесда (Мэриленд) (2010). Эпигеномика в помощь . Национальная медицинская библиотека США: Национальный центр биотехнологической информации (США).
^ Карник, Р; Мейснер А. (3 июля 2013 г.). «Просмотр (эпи)геномов: руководство по ресурсам данных и браузерам эпигеномов для исследователей стволовых клеток» . Клеточная стволовая клетка . 13 (1): 14–21. дои : 10.1016/j.stem.2013.06.006 . ПМК 3750740 . ПМИД 23827707 .
^ Бернштейн, Брэдли Э ; Джон А. Стаматояннопулос ; Джозеф Ф. Костелло; Бинг Рен; Александр Милосавлевич; Александр Мейснер; Манолис Келлис ; Марко А Марра ; Артур Л. Боде ; Джозеф Р. Экер ; Пегги Дж. Фарнхэм; Мартин Херст; Эрик С. Ландер ; Тарьей С. Миккельсен; Джеймс Томсон (13 октября 2010 г.). «Консорциум картографирования эпигеномики дорожной карты НИЗ» . Природная биотехнология . 28 (10): 1045–1048. дои : 10.1038/nbt1010-1045 . ПМК 3607281 . ПМИД 20944595 .
^ Проект Encode, Консорциум (22 октября 2004 г.). «Проект ENCODE (ENCyclopedia Of DNA Elements)» (PDF) . Наука . 306 (5696): 636–40. Бибкод : 2004Sci...306..636E . дои : 10.1126/science.1105136 . ПМИД 15499007 . S2CID 22837649 .
^ Бернштейн, Брэдли Э ; Александр Мейснер; Эрик С. Ландер (19 декабря 2011 г.). «Эпигеном млекопитающих» . Клетка . 4. 128 (4): 669–681. дои : 10.1016/j.cell.2007.01.033 . ПМИД 17320505 .
^ Руссо, Винченцо Э.А.; Роберт А. Мартиенссен; Артур Д. Риггс (1996). Эпигенетические механизмы регуляции генов . Лабораторный пресс Колд-Спринг-Харбор. п. Абстрактный. ISBN 978-0-87969-490-6 .
^ Коста, Фабрисио Ф. (29 февраля 2008 г.). «Некодирующие РНК, эпигенетика и сложность». Джин . 410 (1): 9–17. дои : 10.1016/j.gene.2007.12.008 . ПМИД 18226475 .

Внешние ссылки

[pmid21075792-1] Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж ^г ^час ^я ^дж ^к ^л Фингерман, Ян М; МакДэниел Ли; Чжан Сюань; Рацат Вальтер; Хасан Тарек; Цзян Чжифан; Коэн Роберт Ф; Шулер Грегори Д. (январь 2011 г.). «NCBI Epigenomics: новый общедоступный ресурс для изучения наборов эпигеномных данных» . Нуклеиновые кислоты Рез . 39 (Проблема с базой данных): D908–12. дои : 10.1093/nar/gkq1146 . ПМК 3013719 . ПМИД 21075792 .

[2] «Обзор» . Национальные институты здравоохранения . Управление стратегической координации – Общий фонд . Проверено 22 сентября 2013 г.

[3] Сэйерс, EW; и др. (январь 2010 г.). «Ресурсы базы данных Национального центра биотехнологической информации» . Исследования нуклеиновых кислот . 38 (Проблема с базой данных): D5–16. дои : 10.1093/nar/gkp967 . ПМЦ 2808881 . ПМИД 19910364 .

[4] «Эпигеномная база данных» . Проверено 20 октября 2013 г.

[5] Негре, Н; Моррисон, Калифорния; Шах ПК; Билд Н.А.; Белый КП (12 мая 2009 г.). «Полногеномные карты состояния хроматина у эмбрионов дрозофилы на разных стадиях, ChIP-seq» . МодЕНКОД . GSE16013 . Проверено 17 ноября 2013 г.

[Bookshelf_ID:_NBK45787-6] Бетесда (Мэриленд) (2010). Эпигеномика в помощь . Национальная медицинская библиотека США: Национальный центр биотехнологической информации (США).

[7] Карник, Р; Мейснер А. (3 июля 2013 г.). «Просмотр (эпи)геномов: руководство по ресурсам данных и браузерам эпигеномов для исследователей стволовых клеток» . Клеточная стволовая клетка . 13 (1): 14–21. дои : 10.1016/j.stem.2013.06.006 . ПМК 3750740 . ПМИД 23827707 .

[pmid20944595-8] Бернштейн, Брэдли Э ; Джон А. Стаматояннопулос ; Джозеф Ф. Костелло; Бинг Рен; Александр Милосавлевич; Александр Мейснер; Манолис Келлис ; Марко А Марра ; Артур Л. Боде ; Джозеф Р. Экер ; Пегги Дж. Фарнхэм; Мартин Херст; Эрик С. Ландер ; Тарьей С. Миккельсен; Джеймс Томсон (13 октября 2010 г.). «Консорциум картографирования эпигеномики дорожной карты НИЗ» . Природная биотехнология . 28 (10): 1045–1048. дои : 10.1038/nbt1010-1045 . ПМК 3607281 . ПМИД 20944595 .

[pmid15499007-9] Проект Encode, Консорциум (22 октября 2004 г.). «Проект ENCODE (ENCyclopedia Of DNA Elements)» (PDF) . Наука . 306 (5696): 636–40. Бибкод : 2004Sci...306..636E . дои : 10.1126/science.1105136 . ПМИД 15499007 . S2CID 22837649 .

[pmid17320505-10] Бернштейн, Брэдли Э ; Александр Мейснер; Эрик С. Ландер (19 декабря 2011 г.). «Эпигеном млекопитающих» . Клетка . 4. 128 (4): 669–681. дои : 10.1016/j.cell.2007.01.033 . ПМИД 17320505 .

[ISBN_0-87969-490-4-11] Руссо, Винченцо Э.А.; Роберт А. Мартиенссен; Артур Д. Риггс (1996). Эпигенетические механизмы регуляции генов . Лабораторный пресс Колд-Спринг-Харбор. п. Абстрактный. ISBN 978-0-87969-490-6 .

[pmid18226475-12] Коста, Фабрисио Ф. (29 февраля 2008 г.). «Некодирующие РНК, эпигенетика и сложность». Джин . 410 (1): 9–17. дои : 10.1016/j.gene.2007.12.008 . ПМИД 18226475 .

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]