РЭП5
| РЭП5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Идентификаторы | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Псевдонимы | REEP5 , C5orf18, D5S346, DP1, TB2, YOP1, Yip2e, вспомогательный белок 5 рецептора, POB16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Внешние идентификаторы | ОМИМ : 125265 ; МГИ : 1270152 ; Гомологен : 68479 ; Генные карты : REEP5 ; OMA : REEP5 — ортологи | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Викиданные | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Белок 5, усиливающий экспрессию рецептора, представляет собой белок , который у человека кодируется REEP5 геном . [ 5 ] [ 6 ] [ 7 ] Белок, улучшающий экспрессию рецепторов, — это белок, кодируемый у человека геном REEP5.
Ген
[ редактировать ]REEP5 расположен на хромосоме 5 между парами оснований от 112876385 до 112922289 на минус-цепи. [ 8 ] Ген включает пять экзонов. [ 8 ] Гены DCP2 и SRP19 расположены выше и ниже REEP5 у человека. [ 9 ]
Белок
[ редактировать ]Белок является членом семейства REEP, которые обычно способствуют внутриклеточному транспорту посредством изменений в эндоплазматическом ретикулуме и обладают способностью усиливать активность рецепторов, связанных с G-белком. [ 10 ] Человеческий белок состоит из 189 аминокислот в длину и содержит две трансмембранные области и одну названную область — TB2_DP1_HVA22. [ 11 ] Масса белка до модификации составляет 21,5 кдал. [ 12 ] По сравнению с коллекцией человеческих белков SwissProt, REEP5 состоит из нормального процентного содержания всех аминокислот. [ 12 ] За исключением длинного участка электронейтральных аминокислот, никаких существенных закономерностей не наблюдается. [ 12 ] Вторая изоформа существует у людей и имеет длину 131 аминокислоту в результате изменения после 117-й аминокислоты. [ 13 ] Большая часть пятого экзона не включена.
Регулирование
[ редактировать ]Генный уровень
[ редактировать ]Выражение тканей
[ редактировать ]REEP5 экспрессируется во многих тканях на относительно высоком уровне: по меньшей мере 20 чтений на килобазу транскрипта, на миллион картированных чтений, появляющихся в тканях надпочечников, жировой ткани, желчного пузыря, сердца, почек, простаты, легких и мочевого пузыря. [ 14 ] Экспрессия еще более повышена в тканях мозга и щитовидной железы. [ 14 ]
Транскрипционные факторы
[ редактировать ]EGR/Фактор роста нервов представляет собой фактор транскрипции с потенциальным сайтом связывания в промоторе REEP5, который способствует пластичности нейронов и, следовательно, потенциально дает объяснение повышенным уровням белка 5, усиливающего экспрессию рецепторов, в мозге. [ 15 ]
Кроме того, два фактора транскрипции, связанные с развитием и функционированием сердца, имеют возможные сайты связывания в промоторе. Транскрипционный блок 20 (TBX20) связан с развитием сердца, при этом дефицит белка связан с плохой функцией сердца у взрослых мышей и смертью младенцев до беременности. [ 16 ] MyoD представляет собой миогенный регулятор, который был обнаружен в эмбриональном сердце некоторых птиц в клетках Пуркинье, связанных с сократительной функцией.
Уровень белка
[ редактировать ]На субклеточном уровне REEP5 экспрессируется в эндоплазматическом ретикулуме . [ 17 ] Иммунохимическое окрашивание локализует его здесь. [ 18 ]
Ряд посттрансляционных модификаций предсказан с помощью вычислений у людей и близких ортологов. Было предсказано ацетилирование второй аминокислоты. [ 19 ] Фосфорилирование 150-й аминокислоты прогнозируется у людей, мышей и кур. [ 20 ] Добавления O-GlcNac также прогнозируются в сайтах 128, 188 и 189. [ 21 ] Сайты сумойлирования предсказаны на аминокислотах 147, 175, 186 и 187. [ 22 ] Расщепление пропептида было обнаружено по аминокислоте 11. [ 23 ] Гликирование было предсказано по аминокислотам 16, 117, 164, 186 и 187. [ 24 ]
Гомология
[ редактировать ]Паралоги
[ редактировать ]REEP5 имеет пять паралогов у человека; REEP1, REEP2, REEP3, REEP4 и REEP [ 25 ]
| Имя паралога | Инвентарный номер | Идентификация последовательности | Ожидаемые миллионы лет с момента расхождения |
|---|---|---|---|
| РЭП6 | НП_612402.1 | 54% | 563.16 |
| РЭП4 | ААХ50622 | 25% | 1325.64 |
| СТРИП1 | НП_001303894.1 | 24.6% | 1341.62 |
| РЭП3 | ААТ70686.1 | 22.7% | 1421.20 |
| РЭП2 | НП_057690.2 | 15.6% | 1792.58 |
Ортологи
[ редактировать ]У REEP5 есть ортологи, столь же далекие от человека, как Symbiodinium microadriacticum, вид простейших. [ 25 ] Идентичность последовательностей высока у позвоночных, но значительно снижается за пределами этой группы. Область DP1/TB2/HVA22 хорошо консервативна по сравнению с двумя трансмембранными областями.
| Организм | Дата расхождения (миллионы лет назад) | Таксономическая группа | Порядковый номер доступа | Идентичность последовательности | электронная стоимость |
|---|---|---|---|---|---|
| Мудрый человек | ЧТО | Млекопитающие | НП_005660.4 | 100% | ЧТО |
| Мышиная мышца | 89 | Млекопитающие | Н_031900.3 | 93.7% | 4х10 −134 |
| Дания рерио | 433 | Актиноптеригии | НП_956352.1 | 72.0% | 7x10 −104 |
| Дрозофилия меланогастер | 736 | Насекомое | НП_001188928.1 | 38.2% | 9х10 −57 |
| Джаминия розовая | 1017 | Эксбазидиомицеты | XP_025360265 | 31.9% | 5х10 −40 |
| Родоторула трава WP1 | 1105 | Микроботриомицеты | XP_018269688.1 | 31.2% | 7x10 −35 |
| Цитрусовый уншиу | 1275 | Магнолиопсида | Гей51937.1 | 25.2% | 4х10 −26 |
| Симбиодиниум микроадриактикум | 1552 | Динофицеи | OLQ12882.1 | 16.2% | 5х10 −16 |
Скорость эволюции
[ редактировать ]Скорость эволюции белка REEP5 умеренно высока и находится между скоростью эволюции цитохрома с и фибриногена альфа. Ожидается, что нейтральные мутации будут происходить примерно раз в миллион лет.
Взаимодействующие партнеры
[ редактировать ]REEP5 взаимодействует с рядом белков, включая регулятор передачи сигналов G-белка 2, который был обнаружен с помощью гибридизации дрожжей 2. RGS2 играет роль в 2-х путях передачи сигналов G-белка и сокращении гладкомышечных тканей. Дерлин 2 (Derl2) взаимодействует с REEP5, что обнаруживается с помощью коиммунопреципации анти-меток, и разрушает неправильно свернутые гликопротеины в эндоплазматическом ретикулуме. [ 26 ] Холинергический рецептор мускариновый 5 был обнаружен в качестве взаимодействующего вещества с помощью реконструкции убиквитина. [ 27 ] CHRM5 связывает ацетилхолин и может влиять на функцию центральной и периферической нервной системы. [ 28 ]
Регулятор передачи сигналов G-белка 2 также был обнаружен с помощью гибридизации дрожжей 2 и является регулятором рецептора G-белка, который может участвовать в сокращении гладких сосудистых мышц. [ 27 ] [ 29 ]
Четыре белка были экспериментально обнаружены в нескольких статьях. [ 30 ] Три из них, атластин ГТФаза 1, атластин ГТФаза 2 и цинковый палец FYVE-типа, содержащий 27, связаны со структурированием эндоплазматического ретикулума (в частности, канальцев), развитием аксонов или ростом нейронов. [ 17 ] [ 31 ] Четвертый — REEP6, отвечающий за транспортировку рецепторов на поверхность клетки, а также за регуляцию структуры эндоплазматического ретикулума. [ 32 ]
SARS-CoV-2
[ редактировать ]REEP5 — один из многих белков человека, взаимодействующих с SARS-CoV-2 . В частности, белок коронавируса P0DTC5, который появляется в промежуточном компартменте между эндоплазматической сетью и аппаратом Гольджи, взаимодействует с REEP5. P0DTC5 представляет собой белок оболочки вируса, который имеет решающее значение для морфогенеза вируса, что позволяет предположить, что REEP5 каким-то образом связан с упаковкой или высвобождением вируса из клеток человека. [ 33 ]
Клиническое значение
[ редактировать ]Исследования связали REEP5 с несколькими заболеваниями и расстройствами.
При раке толстой кишки экспрессия REEP5 усиливает активность CXCR1, белкового рецептора, который способствует росту и распространению раковых клеток. Исследователи обнаружили, что недостаточная экспрессия REEP5 снижает эффективность CXRC1 и снижает способность клеток рака легких метастазировать. [ 10 ] Это обеспечивает как потенциальную мишень для терапии рака, так и дополнительные доказательства того, что REEP5 выполняет функцию белка, который увеличивает активность других белков-рецепторов. Другим типом рака, связанным с REEP5, является рак толстой кишки, при котором белок обычно взаимодействует и нейтрализует HCCR1, белок, который в противном случае мешал бы P53 и способствовал прогрессированию рака. [ 34 ]
REEP5 также связан с заболеваниями сердца, и исследования этой связи показали, что он помогает организовать соединительную саркоплазматическую сеть в миоцитах. REEP5 выравнивает соединительный SR с Т-канальцами, что способствует эффективному высвобождению ионов кальция. Когда функция белка нарушается, соединение смещается, и высвобождение ионов кальция становится менее эффективным. Учитывая важность ионов кальция для мышечных сокращений, обеспечивающих работу сердца, воздействие на REEP5 может стать терапевтическим вариантом при некоторых заболеваниях. [ 35 ]
Кроме того, существуют некоторые статистические данные, связывающие определенные SNP, обнаруженные в мРНК REEP5, с большим депрессивным расстройством. [ 36 ] Однако биологический механизм не был подтвержден, и исследование рассматривало только ограниченную популяцию. [ 36 ]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б с GRCh38: Ensembl, выпуск 89: ENSG00000129625 – Ensembl , май 2017 г.
- ^ Jump up to: а б с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000005873 – Ensembl , май 2017 г.
- ^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
- ^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
- ^ Кларк А.Дж., Метерелл Л.А., Читам М.Е., Хюбнер А. (декабрь 2005 г.). «Наследственная нечувствительность к АКТГ проливает свет на механизмы действия АКТГ». Тенденции в эндокринологии и обмене веществ . 16 (10): 451–7. дои : 10.1016/j.tem.2005.10.006 . ПМИД 16271481 . S2CID 27450434 .
- ^ Сайто Х., Кубота М., Робертс Р.В., Чи К., Мацунами Х. (ноябрь 2004 г.). «Члены семейства RTP индуцируют функциональную экспрессию рецепторов запахов млекопитающих» . Клетка . 119 (5): 679–91. дои : 10.1016/j.cell.2004.11.021 . ПМИД 15550249 . S2CID 13555927 .
- ^ «Ген Энтрез: вспомогательный белок 5 рецептора REEP5» .
- ^ Jump up to: а б «Дополнительный белок 5 рецептора REEP5 [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 30 июля 2020 г.
- ^ «Человеческий hg38 chr5: 112 865 773-113 003 301 Браузер генома UCSC v401» . genome.ucsc.edu . Проверено 31 июля 2020 г.
- ^ Jump up to: а б Пак CR, You DJ, Пак С., Мандер С., Чан ДЭ, Йом С.С. и др. (декабрь 2016 г.). «Дополнительные белки REEP5 и REEP6 улучшают клеточные реакции, опосредованные CXCR1, и прогрессирование рака легких» . Научные отчеты . 6 : 39041. Бибкод : 2016NatSR...639041P . дои : 10.1038/srep39041 . ПМК 5155276 . ПМИД 27966653 .
- ^ «Белок 5, усиливающий экспрессию рецептора [Homo sapiens] - Белок - NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 22 июня 2020 г.
- ^ Jump up to: а б с «SAPS <Статистика последовательности <EMBL-EBI» . www.ebi.ac.uk. Проверено 31 июля 2020 г.
- ^ «UniProtKB — Q00765 (REEP5_HUMAN)» . ЮниПрот . 17.06.2020 . Проверено 30 июля 2020 г.
- ^ Jump up to: а б «Экспрессия гена REEP5 – Ген – NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 30 июля 2020 г.
- ^ Левковиц Ю., Барабан Дж. М. (май 2002 г.). «Доминантно-негативный ингибитор Egr блокирует рост нейритов, индуцированный фактором роста нервов, путем подавления активации c-Jun: роль комплекса Egr/c-Jun» . Журнал неврологии . 22 (10): 3845–54. doi : 10.1523/JNEUROSCI.22-10-03845.2002 . ПМК 6757642 . ПМИД 12019303 .
- ^ Стеннард Ф.А., Коста М.В., Лай Д., Бибен С., Фуртадо М.Б., Соллоуэй М.Дж. и др. (май 2005 г.). «Мышиный фактор транскрипции T-box Tbx20 действует как репрессор во время развития сердца и необходим для целостности, функционирования и адаптации сердца взрослых» . Разработка . 132 (10): 2451–62. дои : 10.1242/dev.01799 . ПМИД 15843414 . S2CID 1021757 .
- ^ Jump up to: а б Чанг Дж., Ли С., Блэкстоун С. (сентябрь 2013 г.). «Протрудин связывает атластины и белки, формирующие эндоплазматический ретикулум, и регулирует образование сети» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 110 (37): 14954–9. Бибкод : 2013PNAS..11014954C . дои : 10.1073/pnas.1307391110 . ПМЦ 3773775 . ПМИД 23969831 .
- ^ «REEP5] Первичные антитела» . www.thermofisher.com . Проверено 31 июля 2020 г.
- ^ «Сервер NetAcet 1.0» . www.cbs.dtu.dk. Проверено 1 августа 2020 г.
- ^ «Сервер NetPhos 3.1» . www.cbs.dtu.dk. Проверено 1 августа 2020 г.
- ^ «Сервер ИньОЯн 1.2» . www.cbs.dtu.dk. Проверено 1 августа 2020 г.
- ^ «GPS-SUMO: прогнозирование сайтов SUMOylation и мотивов SUMO-взаимодействия» . sumosp.biocuckoo.org . Архивировано из оригинала 10 мая 2013 г. Проверено 1 августа 2020 г.
- ^ «Сервер ПроП 1.0» . www.cbs.dtu.dk. Проверено 1 августа 2020 г.
- ^ «Сервер NetGlycate 1.0» . www.cbs.dtu.dk. Проверено 1 августа 2020 г.
- ^ Jump up to: а б «Protein BLAST: поиск по базам данных белков с помощью запроса белков» . blast.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 31 июля 2020 г.
- ^ Ода Й., Окада Т., Ёсида Х., Кауфман Р.Дж., Нагата К., Мори К. (январь 2006 г.). «Дерлин-2 и Дерлин-3 регулируются реакцией развернутого белка млекопитающих и необходимы для деградации, связанной с ER» . Журнал клеточной биологии . 172 (3): 383–93. дои : 10.1083/jcb.200507057 . ПМК 2063648 . ПМИД 16449189 .
- ^ Jump up to: а б «База данных молекулярного взаимодействия – основной ресурс ELIXIR» . Проверено 2 августа 2020 г.
- ^ «Холенергический рецептор CHRM5 мускариновый 5 [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 2 августа 2020 г.
- ^ «Регулятор RGS2 передачи сигналов G-белка 2 [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 2 августа 2020 г.
- ^ «ПСИКИКВИД» . www.ebi.ac.uk. Проверено 2 августа 2020 г.
- ^ «ZFYVE27 цинковый палец типа FYVE, содержащий 27 [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 2 августа 2020 г.
- ^ Ссылка на ГХ. «Ген REEP6» . Домашний справочник по генетике . Проверено 2 августа 2020 г.
- ^ «ИнтерПро» . www.ebi.ac.uk. Проверено 2 августа 2020 г.
- ^ Шин С.М., Чунг Ю.Дж., О С.Т., Чон Х.М., Хван Л.Дж., Намкун Х. и др. (июнь 2006 г.). «Взаимодействующая с HCCR-1 молекула, «удаленная при полипозе 1», играет роль опухолевого супрессора в канцерогенезе толстой кишки» . Гастроэнтерология . 130 (7): 2074–86. дои : 10.1053/j.gastro.2006.03.055 . ПМИД 16762630 .
- ^ Яо Л., Се Д., Гэн Л., Ши Д., Хуан Дж., У Ю. и др. (февраль 2018 г.). «REEP5 (рецепторный вспомогательный белок 5) действует как формирователь мембран саркоплазматического ретикулума, модулируя сердечную функцию» . Журнал Американской кардиологической ассоциации . 7 (3): e007205. дои : 10.1161/JAHA.117.007205 . ПМЦ 5850239 . ПМИД 29431104 .
- ^ Jump up to: а б Ян З, Ма Х, Ван Й, Ван Дж, Сян Б, Ву Дж и др. (01 сентября 2012 г.). «Связь полиморфизмов генов APC и REEP5 с большим депрессивным расстройством и реакцией на лечение антидепрессантами в ханьском населении». Общая больничная психиатрия . 34 (5): 571–7. doi : 10.1016/j.genhosppsych.2012.05.015 . ПМИД 22795047 .
Дальнейшее чтение
[ редактировать ]- Кинцлер К.В., Нилберт М.К., Су Л.К., Фогельштейн Б., Брайан Т.М., Леви Д.Б. и др. (август 1991 г.). «Идентификация генов локуса FAP из хромосомы 5q21». Наука . 253 (5020): 661–5. Бибкод : 1991Sci...253..661K . дои : 10.1126/science.1651562 . ПМИД 1651562 .
- Нисисо И., Накамура Ю., Миёси Ю., Мики Ю., Андо Х., Хории А. и др. (август 1991 г.). «Мутации генов хромосомы 5q21 у пациентов с САП и колоректальным раком». Наука . 253 (5020): 665–9. Бибкод : 1991Sci...253..665N . дои : 10.1126/science.1651563 . ПМИД 1651563 .
- Спирио Л., Джослин Дж., Нельсон Л., Лепперт М., Уайт Р. (ноябрь 1991 г.). «Повтор CA на 30–70 КБ ниже гена аденоматозного полипоза coli (APC)» . Исследования нуклеиновых кислот . 19 (22): 6348. doi : 10.1093/nar/19.22.6348 . ПМК 329171 . ПМИД 1659692 .
- Джослин Г., Карлсон М., Тливерис А., Альбертсен Х., Гельберт Л., Самовитц В. и др. (август 1991 г.). «Идентификация делеционных мутаций и трех новых генов в локусе семейного полипоза». Клетка . 66 (3): 601–13. дои : 10.1016/0092-8674(81)90022-2 . ПМИД 1678319 . S2CID 33965913 .
- Пришль Э.Э., Пендл Г.Г., Харрер Н.Е., Баумрукер Т. (март 1996 г.). «Мышиный гомолог TB2/DP1, гена локуса семейного аденоматозного полипоза (FAP)». Джин . 169 (2): 215–8. дои : 10.1016/0378-1119(95)00827-6 . ПМИД 8647449 .
- Кимура К., Вакамацу А., Судзуки Й., Ота Т., Нисикава Т., Ямасита Р. и др. (январь 2006 г.). «Диверсификация модуляции транскрипции: крупномасштабная идентификация и характеристика предполагаемых альтернативных промоторов генов человека» . Геномные исследования . 16 (1): 55–65. дои : 10.1101/гр.4039406 . ПМК 1356129 . ПМИД 16344560 .
- Шин С.М., Чунг Ю.Дж., О С.Т., Чон Х.М., Хван Л.Дж., Намкун Х. и др. (июнь 2006 г.). «Взаимодействующая с HCCR-1 молекула, «удаленная при полипозе 1», играет роль опухолевого супрессора в канцерогенезе толстой кишки» . Гастроэнтерология . 130 (7): 2074–86. дои : 10.1053/j.gastro.2006.03.055 . ПМИД 16762630 .