Rabef1

Rabef1
Доступные структуры PDB Поиск ортолога: PDBE RCSB showСписок кодов идентификаторов PDB 1TXU, 2C7M, 2C7N, 2OT3, 4N3X, 4N3Y, 4N3Z, 4Q9U
Идентификаторы
Псевдонимы	RABGEF1 , RABEX5, RAP1, RABEX-5, RAB Guanine Nucleotide Factor 1
Внешние идентификаторы	Омим : 609700 ; MGI : 1929459 ; Гомологен : 8720 ; GeneCards : Rabgef1 ; OMA : RABGF1 - Ортологи
showМестоположение гена ( человек ) Chr. Chromosome 7 (human) Band 7q11.21 Start 66,682,164 bp End 66,811,464 bp
showМестоположение гена ( мышь ) Chr. Chromosome 5 (mouse) Band 5|5 G1.3 Start 130,200,639 bp End 130,243,183 bp
showРНК -паттерн экспрессии Bgee Human Mouse (ortholog) Top expressed in bone marrow skin of leg stromal cell of endometrium skin of abdomen gastric mucosa tibial arteries blood vagina superior frontal gyrus bone marrow cells Top expressed in neural layer of retina epithelium of lens retinal pigment epithelium sternocleidomastoid muscle triceps brachii muscle transitional epithelium of urinary bladder temporal muscle tibialis anterior muscle muscle of thigh digastric muscle More reference expression data BioGPS n/a
showДжин Онтология Molecular function DNA binding zinc ion binding metal ion binding protein binding ubiquitin protein ligase activity Cellular component cytoplasm recycling endosome endosome early endosome nucleolus cytosol early endosome membrane vesicle Biological process endocytosis protein targeting to membrane protein transport negative regulation of protein phosphorylation negative regulation of leukocyte migration protein ubiquitination negative regulation of mast cell activation negative regulation of mast cell degranulation negative regulation of Ras protein signal transduction negative regulation of receptor-mediated endocytosis negative regulation of inflammatory response regulation of Fc receptor mediated stimulatory signaling pathway negative regulation of Kit signaling pathway Sources:Amigo / QuickGO
hideОртологи Разновидность Человек Мышь Входить 27342 56715 Набор ENSG00000154710 Ensmusg00000025340 Uniprot Q9UJ41 Q3HKR1 Q9JM13 Refseq (мРНК) NM_001287060 NM_001287061 NM_001287062 NM_014504 NM_001199059 NM_019983 NM_001359233 NM_001378873 Refseq (белок) showNP_001273989 NP_001273990 NP_001273991 NP_055319 NP_001354651 NP_001354652 NP_001354653 NP_001354654 NP_001354655 NP_001354656 NP_001354657 NP_001354658 NP_001354659 NP_001354660 NP_001354661 NP_001354662 NP_001354663 NP_001354664 NP_001354665 NP_001354666 NP_001354667 NP_001354668 NP_001354669 NP_001354670 NP_001354671 NP_001354672 NP_001354673 NP_001354674 NP_001354675 NP_001354676 NP_001354677 NP_001354678 NP_001354679 NP_001354680 NP_001354681 NP_001354682 NP_001354683 NP_001354684 NP_001354685 showNP_001185988 NP_064367 NP_001346162 NP_001365802 NP_001390209 NP_001390210 NP_001390211 NP_001390212 Расположение (UCSC) Chr 7: 66,68 - 66,81 МБ Chr 5: 130.2 - 130,24 МБ PubMed Search
Викидид
Посмотреть/редактировать человека Посмотреть/редактировать мышь

Обменной фактор обмена Rab5 GDP/GTP - это белок , который у людей кодируется RabGEF1 геном .

Rabgef1 образует комплекс с рабаптином-5 (RABPT5; MIM 603616), который необходим для слияния эндоцитарной мембраны , и он служит специфическим фактором обмена нуклеотидов гуанина для Rab5 ( Rab5a ; Mim 179512) (Horiuchi et al., 1997) по Омиму].

Дальнейшее чтение

• Маруяма К., Сугано С. (1994). «Олиго-капитализация: простой метод замены структуры крышки эукариотических мРНК олигорибонуклеотидами». Ген . 138 (1–2): 171–4. doi : 10.1016/0378-1119 (94) 90802-8 . PMID   8125298 .
• Horiuchi H, Lippé R, McBride HM, et al. (1997). «Новый обменной фактор обмена RAB5/GTP, комплексный с Rabaptin-5, связывает нуклеотидную обмен с эффективным набором и функционированием» . Клетка . 90 (6): 1149–59. doi : 10.1016/s0092-8674 (00) 80380-3 . PMID   9323142 . S2CID   13972726 .
• Suzuki Y, Yoshitomo-Nakagawa K, Maruyama K, et al. (1997). «Строительство и характеристика обогащенной полной длиной и библиотекой кДНК с 5'-эндом». Ген . 200 (1–2): 149–56. doi : 10.1016/s0378-1119 (97) 00411-3 . PMID   9373149 .
• Lippé R, Miaczynska M, Rybin V, et al. (2001). «Функциональная синергия между эффектором Rab5 Effector Rabaptin-5 и фактором обмена Rabex-5, когда физически связана в комплексе» . Мол Биол. Клетка . 12 (7): 2219–28. doi : 10.1091/mbc.12.7.2219 . PMC   55678 . PMID   11452015 .
• De Renzis S, Sönnichsen B, Zerial M (2002). «Двалентные эффекторы RAB регулируют суб-компутательную организацию и сортировку ранних эндосом». НАТ Клеточная биол . 4 (2): 124–33. doi : 10.1038/ncb744 . PMID   11788822 . S2CID   6596498 .
• Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). «Генерация и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши» . Прокурор Нат. Академический Наука США . 99 (26): 16899–903. Bibcode : 2002pnas ... 9916899m . doi : 10.1073/pnas.242603899 . PMC   139241 . PMID   12477932 .
• Hillier LW, Fulton RS, Fulton LA, et al. (2003). «Последовательность ДНК хромосомы человека 7» . Природа . 424 (6945): 157–64. Bibcode : 2003natur.424..157H . doi : 10.1038/nature01782 . PMID   12853948 .
• Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T, et al. (2004). «Полное секвенирование и характеристика 21 243 полноразмерных человеческих кДНК» . НАТ Генет . 36 (1): 40–5. doi : 10.1038/ng1285 . PMID   14702039 .
• Jin J, Smith FD, Stark C, et al. (2004). «Протеомный, функциональный и доменный анализ in vivo 14-3-3-связывающих белков, участвующих в регуляции цитоскелета и клеточной организации» . Карт Биол . 14 (16): 1436–50. Bibcode : 2004cbio ... 14.1436j . doi : 10.1016/j.cub.2004.07.051 . PMID   15324660 . S2CID   2371325 .
• Delprato A, Merithew E, Lambright DG (2004). «Структура, обменные детерминанты и общеобразовательную специфичность тандемного спирального пакета и VPS9 доменов Rabex-5» . Клетка . 118 (5): 607–17. doi : 10.1016/j.cell.2004.08.009 . PMID   15339665 . S2CID   9638315 .
• Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA, et al. (2004). «Статус, качество и расширение полноразмерного проекта кДНК NIH: коллекция генов млекопитающих (MGC)» . Геном Res . 14 (10b): 2121–7. doi : 10.1101/gr.2596504 . PMC   528928 . PMID   15489334 .
• Rual JF, Venkatesan K, Hao T, et al. (2005). «На пути к масштабе протеома карты взаимодействия белкового белка человека». Природа . 437 (7062): 1173–8. Bibcode : 2005natur.437.1173r . doi : 10.1038/nature04209 . PMID   16189514 . S2CID   4427026 .
• Kimura K, Wakamatsu A, Suzuki Y, et al. (2006). «Диверсификация транскрипционной модуляции: крупномасштабная идентификация и характеристика предполагаемых альтернативных промоторов человеческих генов» . Геном Res . 16 (1): 55–65. doi : 10.1101/gr.4039406 . PMC   1356129 . PMID   16344560 .
• Penengo L, Mapelli M, Murachelli AG, et al. (2006). «Кристаллическая структура убиквитин-связывающих доменов Rabex-5 выявляет два способа взаимодействия с убиквитином» . Клетка . 124 (6): 1183–95. doi : 10.1016/j.cell.2006.02.020 . PMID   16499958 . S2CID   2639312 .
• Kalesnikoff J, Rios EJ, Chen CC, et al. (2007). «Роли доменов Rabgef1/Rabex-5 в регуляции поверхностной экспрессии Epsilon RI Fc и Ri-зависимых реакций FC в тучных клетках» . Кровь . 109 (12): 5308–17. doi : 10.1182/blood-2007-01-067363 . PMC   1890836 . PMID   17341663 .
• Ewing RM, Chu P, Elisma F, et al. (2007). «Крупномасштабное картирование взаимодействия белка белка человека с помощью масс-спектрометрии» . Мол Система Биол . 3 (1): 89. doi : 10.1038/msb4100134 . PMC   1847948 . PMID   17353931 .
• Delprato A, Lambright DG (2007). «Структурная основа для активации Rab GTPase с помощью факторов обмена доменами VPS9» . НАТ Структура Мол Биол . 14 (5): 406–12. doi : 10.1038/nsmb1232 . PMC   2254184 . PMID   17450153 .