Войцех Каровский

Войцех Каровский
Войцех Каровский
Войцех Карловски
Рожденный	10 января 1966 г. ; Познань , Польша
Национальность	Польский
Альма-матер	Университет Адама Мицкевича
Известный	высокопроизводительный анализ и функциональная аннотация биологических последовательностей, идентификация некодирующих РНК
	Научная карьера
Поля	биоинформатика, вычислительная биология, молекулярная биология, молекулярная генетика, геномика
Учреждения	Университет Адама Мицкевича в Польше, Калифорнийский университет в Лос-Анджелесе/США, Институт биоинформатики (MIPS) в Мюнхене/Германия
Диссертация	Гены, кодирующие специфичные для клубеньков богатые пролином белки люпина желтого (1996).
Докторантура	Анджей Б. Легоцкий
Веб-сайт	http://combio.pl/

Войцех Мацей Карловски (англ . Польское произношение: [vɔj.t͡ɕɛx karlɔvski] ; родился 10 января 1966) — польский биолог, специализирующийся в области молекулярной биологии и биоинформатики . ^{[ 1 ]} и полный профессор биологических наук . ^{[ 2 ]} Он является заведующим кафедрой вычислительной биологии биологического факультета Университета Адама Мицкевича в Познани . Его основные научные интересы включают идентификацию некодирующих РНК , геномику , высокопроизводительный анализ и функциональное аннотирование биологических последовательностей.

Научная биография

Карловски окончил факультет молекулярной биологии биологического факультета Университета Адама Мицкевича в Познани в 1991 году. ^{[ 1 ]}

С 1991 по 1996 год Карловский продолжал свое образование в области молекулярной генетики растений в рамках доктора философии Университета Адама Мицкевича. Школа. Его исследования были сосредоточены на молекулярных механизмах симбиотической азотфиксации бобовых растений . Он защитил кандидатскую диссертацию. диссертация «Гены, кодирующие клубенькоспецифичные богатые пролином белки люпина желтого» в 1996 году под руководством Анджея Б. Легоцкого. ^{[ 1 ]}

Карловски завершил свою постдокторскую стажировку в лаборатории Энн Хирш в Институте молекулярной, клеточной биологии и биологии развития Калифорнийского университета в Лос-Анджелесе (UCLA). ^{[ 3 ]} Он проводил эксперименты, связанные с молекулярными аспектами симбиотических взаимодействий между бобовыми растениями и бактериями , включая характеристику нового гена, идентифицированного у мутанта люцерны (Medicago sativa), блокируемого на ранних стадиях развития симбиотических клубеньков. ^{[ 4 ]}

В начале 2000-х Карловски работал научным сотрудником в группе Клауса Ф.К. Майера в Институте биоинформатики/ Мюнхенском информационном центре белковых последовательностей (MIPS) в Мюнхене . ^{[ 5 ]}^{[ 6 ]}^{[ 7 ]} Он участвовал в исследованиях в области компьютерной геномики растений в сотрудничестве с Аризонским институтом геномики, Институтом Уайтхеда Массачусетского технологического института и Университетом Рутгерса . Одно из его научных достижений того времени было связано с биоинформатическим анализом данных, полученных на ранних стадиях кукурузы (Zea mays) секвенирования генома . Новый подход и применение передовых методов вычислительной биологии к проекту позволили впервые взглянуть на состав и историю эволюции генома кукурузы. ^{[ 8 ]}

Затем Карловски занял должность на биологическом факультете Университета Адама Мицкевича в Познани, а также прошел стажировку в университете Перпиньяна во Франции . В это время он начал научный проект, посвященный биоинформатическому анализу белковых доменов, участвующих в подавлении транскрипции , в сотрудничестве с Тьерри Лагранжем. ^{[ 9 ]}^{[ 10 ]} В 2008 году Войцех Карловски был назначен приглашенным профессором в Университете Перпиньяна и сотрудничал с Мануэлем Эчеверриа над функциональной характеристикой микроРНК в рисе . ^{[ 11 ]} В том же году Совет биологического факультета присвоил ему ученую степень доктора биологических наук. ^{[ 1 ]} Карловски был назначен доцентом Лаборатории биоинформатики Университета Адама Мицкевича, и он основал свою исследовательскую группу, которая работала над проектами, связанными с геномикой , анализом биологических данных и некодирующими РНК . ^{[ 12 ]}

номинацию профессора биологических наук В 2014 году Карловский получил от президента Республики Польша . ^{[ 2 ]} В том же году он занял должность профессора биологического факультета Университета Адама Мицкевича в Познани и основал кафедру вычислительной биологии. ^{[ нужна ссылка ]} Его исследовательская группа работает над научными проектами, связанными с исследованием биологических данных . Они исследуют свойства биологических процессов с помощью вычислительных инструментов и используют высокопроизводительные методы для сравнительного, функционального и эволюционного молекулярно-биологического анализа. ^{[ 13 ]}^{[ 14 ]}^{[ 15 ]}^{[ 16 ]}^{[ 17 ]}

Научные достижения

Карловски является экспертом в области биоинформатики , молекулярной биологии , молекулярной генетики и геномики . Он является автором и соавтором многочисленных публикаций в международных журналах. ^{[ 18 ]}^{[ 19 ]} Среди некоторых его достижений:

Зелезинский, Анджей; Гиргис, Хани З.; Бернар, Гийом; Леймейстер, Крис-Андре; Тан, Куджин; Денкер, Томас; Лау, Анна Катарина; Релинг, Софи; Чхве, Джэ Джин; Уотерман, Майкл С.; Комин, Маттео; Ким, Сун-Хоу; Винга, Сусана; Алмейда, Йонас С.; Чан, Чонг Синь; Джеймс, Бенджамин Т.; Сунь, Фэнчжу; Моргенштерн, Буркхард; Карловски, Войцех М. (декабрь 2019 г.). «Бенчмаркинг методов сравнения последовательностей без выравнивания» . Геномная биология . 20 (1): 144. дои : 10.1186/s13059-019-1755-7 . ПМК 6659240 . ПМИД 31345254 .
Зелезинский, Анджей; Карловски, Войцех М. (1 февраля 2015 г.). «Интегративный анализ данных указывает на внутренний неупорядоченный характер доменов мотивов, связывающихся с аргонавтом» . Биоинформатика . 31 (3): 332–339. doi : 10.1093/биоинформатика/btu666 . ПМИД 25304778 .
Карловский, Войцех М.; Зелезинский, Анджей; Каррер, Жюли; Понтье, Доминик; Лагранж, Тьерри; Кук, Ричард (июль 2010 г.). «Полногеномная компьютерная идентификация белков, связывающих WG/GW Argonaute, у Arabidopsis» . Исследования нуклеиновых кислот . 38 (13): 4231–4245. дои : 10.1093/нар/gkq162 . ПМК 2910046 . ПМИД 20338883 .
Мессинг, Иоахим; Бхарти, Арвинд К.; Карловский, Войцех М.; Гундлах, Хайдрун; Ким, Хе Ран; Ю, Ейсу; Вэй, Фушенг; Фукс, Галина; Содерлунд, Кэрол А.; Майер, Клаус FX; Винг, Род А. (5 октября 2004 г.). «Секвенционный состав и организация генома кукурузы» . Труды Национальной академии наук . 101 (40): 14349–14354. Бибкод : 2004PNAS..10114349M . дои : 10.1073/pnas.0406163101 . ПМЦ 521949 . PMID 15388850 .
Шиу, Шин-Хан; Карловский, Войцех М.; Пан, Рансан; Цзэн, Юн-Хуэй; Майер, Клаус FX; Ли, Вэнь-Сюн (12 мая 2004 г.). «Сравнительный анализ семейства рецептороподобных киназ арабидопсиса и риса [W]» . Растительная клетка . 16 (5): 1220–1234. дои : 10.1105/tpc.020834 . ПМК 423211 . ПМИД 15105442 .
Карловски, Войцех М. (2003). «Сверхэкспрессия гена RING-H2 люцерны вызывает плейотропное воздействие на рост и развитие растений». Молекулярная биология растений . 52 (1): 121–133. дои : 10.1023/а:1023916701669 . ПМИД 12825694 . S2CID 13732663 .

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д «Профиль польской науки» . Проверено 11 марта 2021 г.
^ Jump up to: ^а ^б Клювер, Уолтерс. «Присвоение звания профессора» . OpenLEX (на польском языке) . Проверено 11 марта 2021 г.
^ «Люди – лаборатория Энн Хирш» .
^ Карловски, Войцех М. (2003). «Сверхэкспрессия гена RING-H2 люцерны вызывает плейотропные эффекты на рост и развитие растений» . Молекулярная биология растений . 52 (1): 121–133. дои : 10.1023/A:1023916701669 . ПМИД 12825694 . S2CID 13732663 .
^ Шиу, Шин-Хан; Карловский, Войцех М.; Пан, Рансан; Цзэн, Юн-Хуэй; Майер, Клаус FX; Ли, Вэнь-Сюн (2004). «Сравнительный анализ семейства рецептороподобных киназ арабидопсиса и риса» . Растительная клетка . 16 (5): 1220–1234. дои : 10.1105/tpc.020834 . ISSN 1040-4651 . ПМК 423211 . ПМИД 15105442 .
^ Карловски, WM (1 января 2003 г.). «MOsDB: интегрированный информационный ресурс по геномике риса» . Исследования нуклеиновых кислот . 31 (1): 190–192. дои : 10.1093/нар/gkg073 . ПМК 165520 . ПМИД 12519979 .
^ Шрик, Кэтрин; Нгуен, Диана; Карловски, Войцех М; Майер, Клаус FX (2004). «Липид/стеролсвязывающие домены START амплифицируются в растениях и преимущественно связаны с факторами транскрипции гомеодомена» . Геномная биология . 5 (6): Р41. дои : 10.1186/gb-2004-5-6-r41 . ПМК 463074 . ПМИД 15186492 .
^ Мессинг, Дж.; Бхарти, АК; Карловски, ВМ; Гундлах, Х.; Ким, HR; Ю, Ю.; Вэй, Ф.; Фукс, Г.; Содерлунд, Калифорния; Майер, KFX; Винг, РА (05 октября 2004 г.). «Секвенционный состав и организация генома кукурузы» . Труды Национальной академии наук . 101 (40): 14349–14354. Бибкод : 2004PNAS..10114349M . дои : 10.1073/pnas.0406163101 . ISSN 0027-8424 . ПМК 521949 . PMID 15388850 .
^ Карловский, Войцех М.; Зелезинский, Анджей; Каррер, Жюли; Понтье, Доминик; Лагранж, Тьерри; Кук, Ричард (2010). «Полногеномная компьютерная идентификация белков, связывающих WG/GW Argonaute, у Arabidopsis» . Исследования нуклеиновых кислот . 38 (13): 4231–4245. дои : 10.1093/нар/gkq162 . ISSN 1362-4962 . ПМК 2910046 . ПМИД 20338883 .
^ Понтье, Доминик; Пикарт, Клэр; Рудье, Франсуа; Гарсия, Дэмиен; Ламми, Сильви; Азеведо, Хасинте; Аларт, Эмили; Лаудие, Мишель; Карловский, Войцех М.; Кук, Ричард; Колот, Винсент (2012). «NERD, специфичный для растений GW-белок, определяет дополнительный RNAi-зависимый путь на основе хроматина у Arabidopsis» . Молекулярная клетка . 48 (1): 121–132. doi : 10.1016/j.molcel.2012.07.027 . ПМИД 22940247 .
^ Лин, С.-И.; Санти, К.; Джобет, Э.; Лакут, Э.; Эль Холти, Н.; Карловски, ВМ; Вердей, Ж.-Л.; Брейтлер, Дж. К.; Перин, К.; Ко, С.-С.; Гидердони, Э. (1 декабря 2010 г.). «Комплексная регуляция двух целевых генов, кодирующих белки SPX-MFS, с помощью миР827 риса в ответ на фосфатное голодание» . Физиология растений и клеток . 51 (12): 2119–2131. дои : 10.1093/pcp/pcq170 . ISSN 0032-0781 . ПМИД 21062869 .
^ «Кафедра вычислительной биологии» .
^ «Исследования на кафедре вычислительной биологии АМУ» .
^ Зелезинский, Анджей; Гиргис, Хани З.; Бернар, Гийом; Леймейстер, Крис-Андре; Тан, Куджин; Денкер, Томас; Лау, Анна Катарина; Релинг, Софи; Чхве, Джэ Джин; Уотерман, Майкл С.; Комин, Маттео (2019). «Бенчмаркинг методов сравнения последовательностей без выравнивания» . Геномная биология . 20 (1): 144. дои : 10.1186/s13059-019-1755-7 . ISSN 1474-760X . ПМК 6659240 . ПМИД 31345254 .
^ Зелезинский, Анджей; Карловски, Войцех М. (01 февраля 2015 г.). «Интегративный анализ данных указывает на внутренний неупорядоченный характер доменов мотивов, связывающихся с аргонавтом» . Биоинформатика . 31 (3): 332–339. doi : 10.1093/биоинформатика/btu666 . ISSN 1460-2059 . ПМИД 25304778 .
^ Центральный консорциум RNA; Суини, Блейк А; Петров Антон I; Бурков, Борис; Финн, Роберт Д.; Бейтман, Алекс; Шиманский, Мацей; Карловски, Войцех М; Городкин Ян; Зееманн, Стефан Э; Кэннон, Джейми Дж (08 января 2019 г.). «RNAcentral: центр информации о некодирующих последовательностях РНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 47 (Д1): Д221–Д229. дои : 10.1093/nar/gky1034 . ISSN 0305-1048 . ПМК 6324050 . ПМИД 30395267 .
^ Томпсон, Агнешка; Зелезинский, Анджей; Плевка, Патрисия; Шиманский, Мацей; Нук, Пшемыслав; Швейковская-Кулинская, Зофья; Ярмоловский, Артур; Каровский, Войцех М (01 января 2018 г.). «tRex: веб-портал для изучения фрагментов тРНК у Arabidopsis thaliana» . Физиология растений и клеток . 59 (1): е1. дои : 10.1093/pcp/pcx173 . ISSN 0032-0781 . ПМИД 29145635 .
^ «Профиль Войцеха Карловского в Google Scholar» .
^ «Профиль ORCID для Войцеха Карловского» .

Внешние ссылки

Публикации Войцеха Каровского , проиндексированные Google Scholar

[:0-1] Jump up to: ^а ^б ^с ^д «Профиль польской науки» . Проверено 11 марта 2021 г.

[:1-2] Jump up to: ^а ^б Клювер, Уолтерс. «Присвоение звания профессора» . OpenLEX (на польском языке) . Проверено 11 марта 2021 г.

[3] «Люди – лаборатория Энн Хирш» .

[:2-4] Карловски, Войцех М. (2003). «Сверхэкспрессия гена RING-H2 люцерны вызывает плейотропные эффекты на рост и развитие растений» . Молекулярная биология растений . 52 (1): 121–133. дои : 10.1023/A:1023916701669 . ПМИД 12825694 . S2CID 13732663 .

[:3-5] Шиу, Шин-Хан; Карловский, Войцех М.; Пан, Рансан; Цзэн, Юн-Хуэй; Майер, Клаус FX; Ли, Вэнь-Сюн (2004). «Сравнительный анализ семейства рецептороподобных киназ арабидопсиса и риса» . Растительная клетка . 16 (5): 1220–1234. дои : 10.1105/tpc.020834 . ISSN 1040-4651 . ПМК 423211 . ПМИД 15105442 .

[6] Карловски, WM (1 января 2003 г.). «MOsDB: интегрированный информационный ресурс по геномике риса» . Исследования нуклеиновых кислот . 31 (1): 190–192. дои : 10.1093/нар/gkg073 . ПМК 165520 . ПМИД 12519979 .

[7] Шрик, Кэтрин; Нгуен, Диана; Карловски, Войцех М; Майер, Клаус FX (2004). «Липид/стеролсвязывающие домены START амплифицируются в растениях и преимущественно связаны с факторами транскрипции гомеодомена» . Геномная биология . 5 (6): Р41. дои : 10.1186/gb-2004-5-6-r41 . ПМК 463074 . ПМИД 15186492 .

[:4-8] Мессинг, Дж.; Бхарти, АК; Карловски, ВМ; Гундлах, Х.; Ким, HR; Ю, Ю.; Вэй, Ф.; Фукс, Г.; Содерлунд, Калифорния; Майер, KFX; Винг, РА (05 октября 2004 г.). «Секвенционный состав и организация генома кукурузы» . Труды Национальной академии наук . 101 (40): 14349–14354. Бибкод : 2004PNAS..10114349M . дои : 10.1073/pnas.0406163101 . ISSN 0027-8424 . ПМК 521949 . PMID 15388850 .

[:5-9] Карловский, Войцех М.; Зелезинский, Анджей; Каррер, Жюли; Понтье, Доминик; Лагранж, Тьерри; Кук, Ричард (2010). «Полногеномная компьютерная идентификация белков, связывающих WG/GW Argonaute, у Arabidopsis» . Исследования нуклеиновых кислот . 38 (13): 4231–4245. дои : 10.1093/нар/gkq162 . ISSN 1362-4962 . ПМК 2910046 . ПМИД 20338883 .

[10] Понтье, Доминик; Пикарт, Клэр; Рудье, Франсуа; Гарсия, Дэмиен; Ламми, Сильви; Азеведо, Хасинте; Аларт, Эмили; Лаудие, Мишель; Карловский, Войцех М.; Кук, Ричард; Колот, Винсент (2012). «NERD, специфичный для растений GW-белок, определяет дополнительный RNAi-зависимый путь на основе хроматина у Arabidopsis» . Молекулярная клетка . 48 (1): 121–132. doi : 10.1016/j.molcel.2012.07.027 . ПМИД 22940247 .

[11] Лин, С.-И.; Санти, К.; Джобет, Э.; Лакут, Э.; Эль Холти, Н.; Карловски, ВМ; Вердей, Ж.-Л.; Брейтлер, Дж. К.; Перин, К.; Ко, С.-С.; Гидердони, Э. (1 декабря 2010 г.). «Комплексная регуляция двух целевых генов, кодирующих белки SPX-MFS, с помощью миР827 риса в ответ на фосфатное голодание» . Физиология растений и клеток . 51 (12): 2119–2131. дои : 10.1093/pcp/pcq170 . ISSN 0032-0781 . ПМИД 21062869 .

[12] «Кафедра вычислительной биологии» .

[13] «Исследования на кафедре вычислительной биологии АМУ» .

[:6-14] Зелезинский, Анджей; Гиргис, Хани З.; Бернар, Гийом; Леймейстер, Крис-Андре; Тан, Куджин; Денкер, Томас; Лау, Анна Катарина; Релинг, Софи; Чхве, Джэ Джин; Уотерман, Майкл С.; Комин, Маттео (2019). «Бенчмаркинг методов сравнения последовательностей без выравнивания» . Геномная биология . 20 (1): 144. дои : 10.1186/s13059-019-1755-7 . ISSN 1474-760X . ПМК 6659240 . ПМИД 31345254 .

[:7-15] Зелезинский, Анджей; Карловски, Войцех М. (01 февраля 2015 г.). «Интегративный анализ данных указывает на внутренний неупорядоченный характер доменов мотивов, связывающихся с аргонавтом» . Биоинформатика . 31 (3): 332–339. doi : 10.1093/биоинформатика/btu666 . ISSN 1460-2059 . ПМИД 25304778 .

[16] Центральный консорциум RNA; Суини, Блейк А; Петров Антон I; Бурков, Борис; Финн, Роберт Д.; Бейтман, Алекс; Шиманский, Мацей; Карловски, Войцех М; Городкин Ян; Зееманн, Стефан Э; Кэннон, Джейми Дж (08 января 2019 г.). «RNAcentral: центр информации о некодирующих последовательностях РНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 47 (Д1): Д221–Д229. дои : 10.1093/nar/gky1034 . ISSN 0305-1048 . ПМК 6324050 . ПМИД 30395267 .

[17] Томпсон, Агнешка; Зелезинский, Анджей; Плевка, Патрисия; Шиманский, Мацей; Нук, Пшемыслав; Швейковская-Кулинская, Зофья; Ярмоловский, Артур; Каровский, Войцех М (01 января 2018 г.). «tRex: веб-портал для изучения фрагментов тРНК у Arabidopsis thaliana» . Физиология растений и клеток . 59 (1): е1. дои : 10.1093/pcp/pcx173 . ISSN 0032-0781 . ПМИД 29145635 .

[18] «Профиль Войцеха Карловского в Google Scholar» .

[19] «Профиль ORCID для Войцеха Карловского» .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]

[ 15 ]

[ 16 ]

[ 17 ]

[ 18 ]

[ 19 ]

Базы данных авторитетного контроля
Международный	ЯВЛЯЮТСЯ ВИАФ
Национальный	Соединенные Штаты Чешская Республика Польша
академики	ДБЛП Google Академика ОРЦИД Скопус