SUHW4

ЗНФ280Д
Идентификаторы
Псевдонимы	ZNF280D , SUHW4, ZNF634, белок цинковых пальцев 280D
Внешние идентификаторы	МГИ : 2384583 ; Гомологен : 17151 ; Генные карты : ZNF280D ; ОМА : ZNF280D — ортологи
showМестоположение гена ( Мышь )
Chr.	Chromosome 9 (mouse)
End	72,271,059 bp
show экспрессии РНК Характер
	n/a
	Top expressed in
	genital tubercle; ; tail of embryo; ; zygote; ; thymus; ; Rostral migratory stream; ; pineal gland; ; ganglionic eminence; ; secondary oocyte; ; superior cervical ganglion; ; anterior amygdaloid area;
	More reference expression data
showГенная онтология
Molecular function	DNA binding; metal ion binding; nucleic acid binding; DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific; DNA-binding transcription factor activity;
Cellular component	nucleus;
Biological process	transcription, DNA-templated; regulation of transcription, DNA-templated; regulation of transcription by RNA polymerase II;
	Sources:Amigo / QuickGO
hideОртологи
	54816
	235469
	ENSG00000137871
	ENSMUSG00000038535
	Q6N043
	Q68FE8
	НМ_001002843 ; НМ_001002844 ; НМ_001288588 ; НМ_001288589 ; НМ_017661
	НМ_146224 ; НМ_001311105
	НП_001002843 ; НП_001002844 ; НП_001275517 ; НП_001275518 ; НП_060131
	НП_001298034 ; НП_666336
	Викиданные
Просмотр/редактирование человека	Просмотр/редактирование мыши

Белок цинковых пальцев 280D , также известный как супрессор гомолога волосатого крыла 4, SUWH4, белок цинковых пальцев 634, ZNF634 или KIAA1584, представляет собой белок , который у людей кодируется ZNF280D геном , расположенным на хромосоме 15q21.3. ^{[ 4 ]}^{[ 5 ]}

Ген

имеется 24 возможных экзона . Всего в любом варианте гена ZNF280D ^{[ 6 ]} ZNF280D ориентирован на минус-цепи хромосомы 15 и имеет длину 288,396 т.п.н. ^{[ 7 ]} Окружающие гены того же локуса включают TEX9 , HMGB1P33 , MNS1 , LOC645877 и LOC145783 . ^{[ 8 ]}

Хромосомное расположение гена ZNF280D у человека с окружающими его локальными генами

Расположение хромосомы 15

мРНК

Идентифицировано как минимум 24 сплайсированных варианта. ^{[ 9 ]} Существует 7 возможных альтернативных промоторов . мРНК, по-видимому, различаются укорочением 5'-конца , укорочением 3'-конца , наличием или отсутствием 12 экзонов кассеты, перекрытием экзонов с разными границами, сплайсингом или сохранением 5 интронов . ^{[ 9 ]} Самая длинная форма сплайсинга содержит 4428 п.н. ^{[ 10 ]}

Белок

Состав и домены

Белок ZNF280D имеет 979 аминокислот . длину ^{[ 11 ]} Белок содержит домен неизвестной функции (DUF4195), простирающийся от аминокислоты 45 до аминокислоты 230. ^{[ 11 ]} DUF4195 (pfam13826) представляет собой семейство, которое обнаруживается на N-конце белков многоклеточных животных , несущих PHD-подобные цинковых пальцев домены ; функция неизвестна. ^{[ 12 ]} Белок ZNF280D также содержит пять высококонсервативных доменов цинковых пальцев типа Cys2His2 . ^{[ 13 ]} Цинковые пальцы обладают способностью связывать ДНК, что подтверждает предполагаемую роль ZNF280D как фактора транскрипции . ^{[ 14 ]} Белок имеет массу примерно 109,3 кдал. ^{[ 15 ]} Анализ кластеров зарядов выявляет кластер отрицательных зарядов вблизи N-конца аминокислот 16–43. ^{[ 15 ]} Кластеры зарядов связаны с функциональными доменами клеточных факторов транскрипции, что обеспечивает дополнительную поддержку ZNF280D как возможного фактора транскрипции. ^{[ 16 ]}

Взаимодействия

Экспериментально было установлено, что ZNF280D взаимодействует с CBX5 и CBX3 . белками ^{[ 17 ]} Оба эти белка играют роль в формировании гетерохроматина , который представляет собой возможную функциональную роль ZNF280D в качестве репрессора транскрипции . ^{[ 18 ]}^{[ 19 ]}

SNP

ряд SNP . В человеческой популяции наблюдался ^{[ 20 ]} На изображении ниже перечислены некоторые из наиболее часто встречающихся.

Часто встречающиеся SNP в геноме человека.

Регулирование

Уровень мРНК

Предполагается, что ряд транскрипционных факторов будет связываться с предсказанной областью промотора. ^{[ 21 ]}

Уровень белка

Белок ZNF280D содержит 66 остатков серина, 17 треонина и 6 тирозина, каждый из которых является потенциальным фосфорилирования . сайтом ^{[ 22 ]}

Остаток глицина в положении 2 является вероятным кандидатом на N-концевое ацетилирование . ^{[ 23 ]} Существует семь вероятных мест сумойлирования . ^{[ 24 ]}

Выражение

ZNF280D повсеместно экспрессируется на относительно низких уровнях практически во всех тканях человеческого организма. ^{[ 25 ]}

В одном исследовании экспрессию ZNF280D сравнивали между эндотелиальными клетками-предшественниками в пуповинной и периферической крови. Результаты показывают, что экспрессия была значительно выше в пуповинной крови. Это подтверждает возможное участие ZNF280D в эмбриональном развитии или дифференцировке клеток. ^{[ 26 ]}

Эволюция

ряд ортологов и отдаленных гомологов Для белка ZNF280D человека идентифицирован . В геноме человека также есть четыре паралога ZNF280D. ^{[ 27 ]}

**Таблица избранного количества ортологов и отдаленных гомологов человеческого белка ZNF280D**
Название белка	Разновидность	Дата расхождения (миллион лет назад) ^{[ 28 ]}	Инвентарный номер	Длина последовательности (# аминокислот)	Идентификация последовательности	Значение Е
ЗНФ280Д	Мышь ( Mus musculus )	92.3	НП_666336	974	76%	0
ZNF280D Изоформа X1	Корова ( Bos taurus )	94.2	XP_002690904	974	88%	0
ЗНФ280Д	Африканский кустарниковый слон ( Loxodonta africana )	98.7	XP_003418437	979	90%	0
ZNF280D Изоформа X1	Китайская черепаха софтшелл ( Pelodiscus sinensis )	296	XP_006112544	993	61%	0
ЗНФ280Д	Балобан ( Falco cherrug )	296	XP_005435548	939	60%	0
ЗНФ280Д	Земляная синица ( Pseudopdoces humilis )	296	XP_005521527	936	57%	0
ZNF280D Изоформа X1	Китайский аллигатор ( Alligator sinensis )	296	XP_006018037	277	50%	1Э-64
ЗНФ280Д	Западная шпорцевая лягушка ( Xenopustropicis )	371.2	XP_002940298	1071	49%	0
ZNF280D Изоформа X1	Рыбка данио ( Danio rerio )	400.1	XP_005166581	879	43%	2Э-172
ZNF280D-подобный	Желудевый червь ( Saccoglossus kowalevskie )	661.2	XP_006811912	733	32%	5Э-50
Белок цинкового пальца 36	Морская асцидия ( Ciona кишечная )	722.5	НП_001041459	581	32%	7Э-58
GL11474	Плодовая мушка ( Drosophila persimilis )	782.7	XP_002016218	1271	29%	5Э-16
Белок цинкового пальца	Глазной червь ( очень часто )	937.5	XP_003139663	495	33%	6Э-19
Зап1п	Дрожжи ( Saccharomyces cerevisiae S288c)	12158	НП_012479	880	33%	2Э-7

**Таблица паралогов человеческого белка ZNF280D**
Имя паралога	Инвентарный номер	Длина последовательности (# аминокислот)	Идентификация последовательности	Значение Е
ЗНФ280С	НП_060136	737	68%	0
ЗНФ280Б	НП_542942	543	54%	0
ЗНФ280А	НП_542778	542	49%	6Э-148
ZNF280E (мобильный элемент pogo с изоформой 1 домена ZNF)	НП_055915	1410	44%	4Э-134

Ссылки

^ Перейти обратно: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000038535 – Ensembl , май 2017 г.
^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ Нагасе Т., Кикуно Р., Накаяма М., Хиросава М., Охара О. (август 2000 г.). «Прогнозирование кодирующих последовательностей неопознанных генов человека. XVIII. Полные последовательности 100 новых клонов кДНК головного мозга, которые кодируют крупные белки in vitro» . Исследования ДНК . 7 (4): 273–81. дои : 10.1093/dnares/7.4.271 . ПМИД 10997877 .
^ «Ген Энтрез: супрессор SUHW4 гомолога 4 волосатого крыла (дрозофила)» .
^ «Регистр генетического тестирования» . НКБИ . Проверено 7 мая 2014 г.
^ «Генные карты» . Проверено 7 мая 2014 г.
^ «ZNF280D Белок цинковых пальцев 280D [Homo sapiens (человек)]» . НКБИ . Проверено 9 мая 2014 г.
^ Перейти обратно: ^а ^б «Комплексный локус ZNF280D человека разумного, кодирующий белок цинковых пальцев 280D и гипотетический LOC145783» . NCBI AceView . Проверено 7 мая 2014 г.
^ «Белок 280D цинковых пальцев Homo sapiens, мРНК (клон кДНК MGC: 168023 ИЗОБРАЖЕНИЕ: 9020400), полные компакт-диски» . НКБИ. 12 мая 2008 года . Проверено 7 мая 2014 г.
^ Перейти обратно: ^а ^б «Белок цинковых пальцев 280D [Homo sapiens]» . НКБИ . Проверено 7 мая 2014 г.
^ «pfam13836: DUF4195» . НКБИ . Проверено 7 мая 2014 г.
^ «Q6N043 (Z280D_HUMAN)» . ЮниПрот . Проверено 7 мая 2014 г.
^ Клуг А (октябрь 1999 г.). «Пептиды цинковых пальцев для регуляции экспрессии генов». Журнал молекулярной биологии . 293 (2): 215–8. дои : 10.1006/jmbi.1999.3007 . ПМИД 10529348 .
^ Перейти обратно: ^а ^б Брендель, Вокер. «Статистический анализ SAPS PS» . Рабочая среда SDSC . Проверено 7 мая 2014 г. ^{[ постоянная мертвая ссылка ]}
^ Брендель В., Карлин С. (август 1989 г.). «Ассоциация кластеров зарядов с функциональными доменами клеточных факторов транскрипции» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 86 (15): 5698–702. Бибкод : 1989PNAS...86.5698B . дои : 10.1073/pnas.86.15.5698 . ПМЦ 297697 . ПМИД 2569737 .
^ «STRING input ZNF280D (Homo sapiens)» . НИТЬ . Проверено 10 мая 2014 г.
^ «CBX5 [Homo sapiens]» . НКБИ . Проверено 10 мая 2014 г.
^ «CBX3 [Homo sapiens]» . НКБИ . Проверено 10 мая 2014 г.
^ «SNP, связанный с геном ZNF280D (geneID: 54816) через аннотацию Contig» . НКБИ . Проверено 10 мая 2014 г.
^ «Геноматикс» . Геноматикс . Проверено 7 мая 2014 г.
^ Блом Н., Гаммельтофт С., Брунак С. (декабрь 1999 г.). «Предсказание на основе последовательности и структуры сайтов фосфорилирования эукариотических белков». Журнал молекулярной биологии . 294 (5): 1351–62. дои : 10.1006/jmbi.1999.3310 . ПМИД 10600390 .
^ Кимер, Ларс (2005). «NetAcet: Прогнозирование сайтов N-концевого ацетилирования» . Биоинформатика . 21 (7). НетАсет: 1269–1270. doi : 10.1093/биоинформатика/bti130 . ПМИД 15539450 . Проверено 7 мая 2014 г.
^ «Программа анализа SUMOplot™» . Проверено 7 мая 2014 г.
^ "GDS596/221213_с_ат/ZNF280D" . ГЕО-профиль . НКБИ . Проверено 7 мая 2014 г.
^ «ZNF280D - Эндотелиальные клетки-предшественники из пуповинной крови и периферической крови взрослых» . НКБИ . Проверено 9 мая 2014 г.
^ «Базовый инструмент поиска локального выравнивания NCBI» . НКБИ . Проверено 10 мая 2014 г.
^ «Дерево Времени» . Дерево Времени . Проверено 10 мая 2014 г.

Дальнейшее чтение

Мерле А., Розенфельдер Х., Шупп И., дель Валь С., Арльт Д., Хане Ф., Бехтель С., Симпсон Дж., Хофманн О., Хиде В., Глаттинг К.Х., Хубер В., Пепперкок Р., Пустка А., Виманн С. (январь 2006 г.). «База данных LIFEdb в 2006 году» . Исследования нуклеиновых кислот . 34 (Проблема с базой данных): D415-8. дои : 10.1093/nar/gkj139 . ПМЦ 1347501 . ПМИД 16381901 .
Виманн С., Арльт Д., Хубер В., Велленройтер Р., Шлегер С., Мерле А., Бектель С., Зауэрманн М., Корф У., Пепперкок Р., Зюльтманн Х., Пустка А. (октябрь 2004 г.). «От ORFeome к биологии: конвейер функциональной геномики» . Геномные исследования . 14 (10Б): 2136–44. дои : 10.1101/гр.2576704 . ПМК 528930 . ПМИД 15489336 .
Виман С, Вейль Б, Велленройтер Р, Гассенхубер Й, Глассль С, Ансорж В, Бёхер М, Блокер Х, Бауэрсахс С, Блюм Х, Лаубер Й, Дюстерхофт А, Бейер А, Кёрер К, Штрак Н, Мьюс Х.В., Оттенвальдер Б , Обермайер Б, Тампе Дж, Хойбнер Д, Вамбутт Р, Корн Б, Кляйн М, Пустка А (март 2001 г.). «К каталогу человеческих генов и белков: секвенирование и анализ 500 новых полных белков, кодирующих кДНК человека» . Геномные исследования . 11 (3): 422–35. дои : 10.1101/gr.GR1547R . ПМК 311072 . ПМИД 11230166 .
Хартли Дж.Л., Темпл Г.Ф., Браш Массачусетс (ноябрь 2000 г.). «Клонирование ДНК с использованием сайт-специфической рекомбинации in vitro» . Геномные исследования . 10 (11): 1788–95. дои : 10.1101/гр.143000 . ПМК 310948 . ПМИД 11076863 .
Бональдо М.Ф., Леннон Дж., Соарес М.Б. (сентябрь 1996 г.). «Нормализация и вычитание: два подхода к открытию генов» . Геномные исследования . 6 (9): 791–806. дои : 10.1101/гр.6.9.791 . ПМИД 8889548 .

[refGRCm38Ensembl-1] Перейти обратно: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000038535 – Ensembl , май 2017 г.

[2] «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[3] «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[pmid10997877-4] Нагасе Т., Кикуно Р., Накаяма М., Хиросава М., Охара О. (август 2000 г.). «Прогнозирование кодирующих последовательностей неопознанных генов человека. XVIII. Полные последовательности 100 новых клонов кДНК головного мозга, которые кодируют крупные белки in vitro» . Исследования ДНК . 7 (4): 273–81. дои : 10.1093/dnares/7.4.271 . ПМИД 10997877 .

[entrez-5] «Ген Энтрез: супрессор SUHW4 гомолога 4 волосатого крыла (дрозофила)» .

[NCBI_GTR-6] «Регистр генетического тестирования» . НКБИ . Проверено 7 мая 2014 г.

[GeneCards-7] «Генные карты» . Проверено 7 мая 2014 г.

[Surrounding_Genes-8] «ZNF280D Белок цинковых пальцев 280D [Homo sapiens (человек)]» . НКБИ . Проверено 9 мая 2014 г.

[AceView-9] Перейти обратно: ^а ^б «Комплексный локус ZNF280D человека разумного, кодирующий белок цинковых пальцев 280D и гипотетический LOC145783» . NCBI AceView . Проверено 7 мая 2014 г.

[mRNA-10] «Белок 280D цинковых пальцев Homo sapiens, мРНК (клон кДНК MGC: 168023 ИЗОБРАЖЕНИЕ: 9020400), полные компакт-диски» . НКБИ. 12 мая 2008 года . Проверено 7 мая 2014 г.

[ZNF280D_NCBI_Protein-11] Перейти обратно: ^а ^б «Белок цинковых пальцев 280D [Homo sapiens]» . НКБИ . Проверено 7 мая 2014 г.

[DUF4195_description-12] «pfam13836: DUF4195» . НКБИ . Проверено 7 мая 2014 г.

[UniProt-13] «Q6N043 (Z280D_HUMAN)» . ЮниПрот . Проверено 7 мая 2014 г.

[zinc_finger_functions-14] Клуг А (октябрь 1999 г.). «Пептиды цинковых пальцев для регуляции экспрессии генов». Журнал молекулярной биологии . 293 (2): 215–8. дои : 10.1006/jmbi.1999.3007 . ПМИД 10529348 .

[SAPS-15] Перейти обратно: ^а ^б Брендель, Вокер. «Статистический анализ SAPS PS» . Рабочая среда SDSC . Проверено 7 мая 2014 г. ^{[ постоянная мертвая ссылка ]}

[Charge_clusters_in_transcription_factors-16] Брендель В., Карлин С. (август 1989 г.). «Ассоциация кластеров зарядов с функциональными доменами клеточных факторов транскрипции» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 86 (15): 5698–702. Бибкод : 1989PNAS...86.5698B . дои : 10.1073/pnas.86.15.5698 . ПМЦ 297697 . ПМИД 2569737 .

[STRING_interactions-17] «STRING input ZNF280D (Homo sapiens)» . НИТЬ . Проверено 10 мая 2014 г.

[CBX5-18] «CBX5 [Homo sapiens]» . НКБИ . Проверено 10 мая 2014 г.

[CBX3-19] «CBX3 [Homo sapiens]» . НКБИ . Проверено 10 мая 2014 г.

[SNPs-20] «SNP, связанный с геном ZNF280D (geneID: 54816) через аннотацию Contig» . НКБИ . Проверено 10 мая 2014 г.

[Genomatix_TF-21] «Геноматикс» . Геноматикс . Проверено 7 мая 2014 г.

[NetPhos_phosphorylation_sites-22] Блом Н., Гаммельтофт С., Брунак С. (декабрь 1999 г.). «Предсказание на основе последовательности и структуры сайтов фосфорилирования эукариотических белков». Журнал молекулярной биологии . 294 (5): 1351–62. дои : 10.1006/jmbi.1999.3310 . ПМИД 10600390 .

[Acetylation_Site_Prediction-23] Кимер, Ларс (2005). «NetAcet: Прогнозирование сайтов N-концевого ацетилирования» . Биоинформатика . 21 (7). НетАсет: 1269–1270. doi : 10.1093/биоинформатика/bti130 . ПМИД 15539450 . Проверено 7 мая 2014 г.

[Sumoylation_Sites-24] «Программа анализа SUMOplot™» . Проверено 7 мая 2014 г.

[GEO_Profile-25] "GDS596/221213_с_ат/ZNF280D" . ГЕО-профиль . НКБИ . Проверено 7 мая 2014 г.

[Cord_Blood_Expression_Study-26] «ZNF280D - Эндотелиальные клетки-предшественники из пуповинной крови и периферической крови взрослых» . НКБИ . Проверено 9 мая 2014 г.

[BLAST-27] «Базовый инструмент поиска локального выравнивания NCBI» . НКБИ . Проверено 10 мая 2014 г.

[TimeTree-28] «Дерево Времени» . Дерево Времени . Проверено 10 мая 2014 г.

[1]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]

[ 15 ]

[ 16 ]

[ 17 ]

[ 18 ]

[ 19 ]

[ 20 ]

[ 21 ]

[ 22 ]

[ 23 ]

[ 24 ]

[ 25 ]

[ 26 ]

[ 27 ]

[ 28 ]