Таксон под прикрытием
| Гипотетический пример | ||||||||||||||||||
| ||||||||||||||||||
| B филогенетически является частью группы A, но не таксономически, поэтому A является парафилетическим. |
В бактериологии — замаскированный таксон это вид , род или более высокая единица биологической классификации , эволюционная история которой показывает, что она развилась из другой единицы аналогичного или более низкого ранга, что делает родительскую единицу парафилетической . [ 1 ] [ 2 ] Это происходит, когда в результате быстрой эволюции новый вид настолько радикально отличается от предковой группы, что он (первоначально) не признается принадлежащим к родительской филогенетической группе, которая остается эволюционной ступенью .
Хотя этот термин заимствован из бактериологии, параллельные примеры можно найти на всем дереве жизни . Например, четвероногие животные произошли от предков рыб, но, поскольку их обычно не считают рыбами , их можно назвать «замаскированной рыбой».
Во многих случаях парафилию можно решить путем реклассификации рассматриваемого таксона в родительскую группу. Однако в бактериологии переименование групп может иметь серьезные последствия, поскольку, вызывая путаницу в идентификации возбудителей , для некоторых групп его обычно избегают.
Примеры
[ редактировать ]Шигелла
[ редактировать ]Бактериальный род Shigella является причиной бактериальной дизентерии , потенциально тяжелой инфекции, от которой ежегодно умирает более миллиона человек. [ 3 ] Род ( S.dysenteriae , S.flexneri , S.boydii , S.sonnei ) произошел от обычной кишечной бактерии Escherichia coli , что делает этот вид парафилетическим. Сама по себе кишечная палочка также может вызывать серьезную дизентерию. [ 4 ] но различия в генетическом составе между E. coli и Shigella вызывают разные заболевания и симптомы. [ 2 ]
Escherichia coli — плохо классифицированный вид, поскольку некоторые штаммы имеют только 20% общего генома. Он настолько разнообразен, что ему следует присвоить более высокий таксономический рейтинг. Однако медицинские условия, связанные с самой кишечной палочкой и шигеллами, не позволяют изменять текущую классификацию, чтобы избежать путаницы в медицинском контексте. Таким образом, шигелла останется « кишечной палочкой замаскированной ».
B. cereus Группа
[ редактировать ]Аналогично, Bacillus виды группы B. cereus ( B. anthracis , B. cereus , B. thuringiensis , B. mycoides , B. pseudomycoides , B. weihenstephanensis и B. medusa ) имеют на 99-100% сходную последовательность 16S рРНК. (97% — это часто упоминаемый адекватный предел вида), и его следует рассматривать как один вид. [ 5 ] Некоторые члены группы, по-видимому, произошли от других Bacillus штаммов путем приобретения плазмиды, кодирующей белок , и поэтому группа может, таким образом, быть полифилетической. По медицинским причинам, например, при сибирской язве , нынешнее расположение отдельных видов осталось нетронутым. [ 5 ]
Крупные роды микробов
[ редактировать ]- Род бактерий Pseudomonas увеличился за счет нескольких поколений таксономических методов, в результате чего количество видов достигло тревожных размеров: к середине 20 века было признано около 800 видов. [ 6 ] [ 7 ] Азотфиксирующие бактерии рода Azotobacter и вида Azomonas macrocytogenes произошли от видов рода Pseudomonas . [ 8 ] Его способность фиксировать азот и отклонения от нормы привели к тому, что Azotobacter стали называть « Pseudomonas ». замаскированной [ 1 ]
- Род Bacillus был описан на заре истории микробиологии и поэтому представляет собой большой род с очень генетическим разнообразием, насчитывающий 266 видов. [ 9 ] Роды Paenibacillus и Brevibacillus представляют собой клады , вложенные в Bacillus . [ 10 ] Поскольку Bacillus очень важны с медицинской точки зрения, а Paenibacillus является модельным организмом , который используется в исследованиях, их переименование с учетом филогении может привести к путанице.
См. также
[ редактировать ]- монофилия
- Парафилия
- Полифилия
- Проблема видов
- Эволюционный сорт
- Загадочный видовой комплекс
- Синоним (таксономия)
- Таксономия
- LPSN , список принятых названий бактерий и архей.
- Типы бактерий , сложная схема классификации.
- Цианобактерии — тип распространенных бактерий, которые до сих пор плохо классифицированы.
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б Редьерс, Х; Вандерлейден, Дж; Де Мот, Р. (2004). «Azotobacter vinelandii: замаскированная Pseudomonas?» . Микробиология . 150 (Часть 5): 1117–9. дои : 10.1099/mic.0.27096-0 . ПМИД 15133068 .
- ^ Jump up to: а б Лан, Р; Ривз, PR (2002). «Замаскированная Escherichia coli: молекулярное происхождение шигелл». Микробы и инфекция / Институт Пастера . 4 (11): 1125–32. дои : 10.1016/S1286-4579(02)01637-4 . ПМИД 12361912 .
- ^ Всемирная организация здравоохранения. Шигеллез.
- ^ Таушек М., Горрелл Р., Робинс-Браун Р.М. (май 2002 г.). «Идентификация белково-секреторного пути секреции термолабильного энтеротоксина энтеротоксигенным штаммом Escherichia coli» . ПНАС . 99 (10): 7066–71. Бибкод : 2002PNAS...99.7066T . дои : 10.1073/pnas.092152899 . ПМЦ 124529 . ПМИД 12011463 .
- ^ Jump up to: а б Бавыкин С.Г.; Лысов Ю.П.; Захарьев В.; Келли, Джей-Джей; Джекман, Дж.; Шталь, Д.А.; Черни, А. (2004). «Использование анализа последовательности генов 16S рРНК, 23S рРНК и gyrB для определения филогенетических связей микроорганизмов группы Bacillus cereus» . Журнал клинической микробиологии . 42 (8): 3711–30. doi : 10.1128/JCM.42.8.3711-3730.2004 . ПМК 497648 . ПМИД 15297521 .
- ^ Паллерони, Нью-Джерси (2010). «История Псевдомонады» . Экологическая микробиология . 12 (6): 1377–1383. дои : 10.1111/j.1462-2920.2009.02041.x . ПМИД 20553550 .
- ^ Корнелис П., изд. (2008). Pseudomonas: геномика и молекулярная биология (1-е изд.). Кайстер Академик Пресс. ISBN 978-1-904455-19-6 .
- ^ Янг, Дж. М.; Парк, округ Колумбия -К. (2007). «Вероятная синонимия азотфиксирующего рода Azotobacter и рода Pseudomonas» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 57 (12): 2894–2901. дои : 10.1099/ijs.0.64969-0 . ПМИД 18048745 .
- ^ Бацилла в ЛПСН ; Парте, Эйдан К.; Сарда Карбасс, Хоаким; Мейер-Колтхофф, Ян П.; Реймер, Лоренц К.; Гёкер, Маркус (1 ноября 2020 г.). «Список названий прокариот, имеющих номенклатурное положение (ЛПСН), перемещается в ДСМЗ» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 70 (11): 5607–5612. дои : 10.1099/ijsem.0.004332 .
- ^ Сюй, Д; Коте, JC (2003). «Филогенетические взаимоотношения между видами Bacillus и родственными родами, выведенные на основе сравнения 3'-концевых 16S рДНК и 5'-концевых нуклеотидных последовательностей 16S-23S ITS» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 53 (Часть 3): 695–704. дои : 10.1099/ijs.0.02346-0 . ПМИД 12807189 .