Пенибацилла

Пенибацилла
Научная классификация
Домен:	Бактерии
Тип:	Бациллота
Сорт:	Бациллы
Заказ:	Бациллы
Семья:	Paenibacillaceae
Род:	Пенибацилла ; Эш и др. 1994 г.
Разновидность
	П. агарекседенс ; П. агаридеворанс ; П. альгинолитический ; П. щелочетеррае ; П. альвей ; П. амилолитический ; П. анаэриканус ; П. антарктический ; П. пасека ; П. ассаменсис ; П. азоредуценс ; П. азотофиксаны ; П. барциноненсис ; П. северный ; П. бразильский ; П. капустный ; П. кампинасенсис ; П. чиньюенсис ; П. хитинолитический ; П. хондроитинус ; П. ясень ; П. куки ; П. курдланолитический ; П. daejeonensis ; П. дендритиформис ; П. ситуация ; П. эхименсис ; П. эльгии ; П. фависпорус ; П. глюканолитикус ; П. гликанилитический ; П. гордонае ; П. трава ; П. granivorans ; П. ходогайенсис ; П. Иллинойсис ; П. Джамиля ; П. кобенсис ; П. колеоворанс ; П. coreensis ; П. криббенсис ; П. молоко ; П. личинки ; П. латус ; П. лентиморбус ; П. замачивание ; П. macquariensis ; П. массилиенсис ; П. Менделии ; П. мотобуэнсис ; П. нафталеноворанс ; П. нематофилус ; П. запах ; П. кормовой ; П. хуже ; П. феницис ; П. филлосфера ; П. полимикса ; П. Попилии ; П. пульвифациенс ; П. rhizosphaerae ; П. крови ; П. стеллифер ; Paenibacillus stellifer №1. Морфология: P. terrae. ; П. тиаминолитический ; П. тимоненсис ; П. tundrae ; П. турисенсис ; П. тилопили ; П. сильный ; П. вихрь ; П. рана ; П. Винни ; П. ксиланилитический

Paenibacillus — род факультативно анаэробных , эндоспоры образующих бактерий , первоначально включенный в род Bacillus , а затем реклассифицированный в отдельный род в 1993 году. ^{[ 8 ]} Бактерии, принадлежащие к этому роду, были обнаружены в различных средах, таких как: почва, вода, ризосфера , растительные вещества, корма и личинки насекомых, а также в клинических образцах. ^{[ 9 ]}^{[ 10 ]}^{[ 11 ]}^{[ 12 ]} Название отражает: латинское paene означает «почти», поэтому paenibacilli буквально «почти бациллы». Род включает P. larvae , вызывающий американский гнилец у медоносных пчел , P.polymyxa , способную фиксировать азот , поэтому используется в сельском хозяйстве и садоводстве, Paenibacillus sp. JDR-2, который является богатым источником химических веществ для биотехнологических применений, и штаммов, образующих узоры, таких как P. vortex и P. dendritiformis, обнаруженных в начале 90-х годов. ^{[ 13 ]}^{[ 14 ]}^{[ 15 ]}^{[ 16 ]}^{[ 17 ]} которые создают сложные колонии со сложной архитектурой ^{[ 18 ]}^{[ 19 ]}^{[ 20 ]}^{[ 21 ]}^{[ 22 ]} как показано на картинках:

Колония, образованная бактериями хирального морфотипа P. dendritiformis : диаметр колонии составляет 5 см, цвета указывают на плотность бактерий (ярко-желтый для высокой плотности). Ветви вьющиеся, с четко выраженной рукояткой.
Колония, созданная P. vortex sp. бактерии: диаметр колонии составляет 5 см, цвет указывает на плотность бактерий (ярко-желтый для высокой плотности). Яркие точки — это вихри, описанные в тексте.
Колония, образованная бактериями морфотипа ветвящегося (расщепляющегося кончика) P. dendritiformis : диаметр колонии составляет 6 см, а цвета указывают на плотность бактерий (более темный оттенок соответствует более высокой плотности).

Важность

Интерес к Paenibacillus spp. быстро растет, поскольку многие из них оказались важными ^{[ 23 ]}^{[ 24 ]}^{[ 25 ]} для сельского хозяйства и садоводства (например, P. Polymyxa ), промышленного (например, P. amylolyticus ) и медицинского применения (например, P. peoriate ). Эти бактерии производят различные внеклеточные ферменты, такие как ферменты, расщепляющие полисахариды, и протеазы, которые могут катализировать широкий спектр синтетических реакций в самых разных областях: от косметики до производства биотоплива . Различные виды Paenibacillus . также производят противомикробные вещества, которые действуют на широкий спектр микроорганизмов. ^{[ 26 ]}^{[ 27 ]}^{[ 28 ]} такие как грибы, почвенные бактерии, патогенные бактерии растений и даже важные анаэробные патогены, такие как Clostridium botulinum .

В частности, несколько видов Paenibacillus служат эффективными ризобактериями, способствующими росту растений (PGPR), которые конкурентно колонизируют корни растений и могут одновременно действовать как биоудобрения и как антагонисты ( биопестициды ) известных корневых патогенов, таких как бактерии, грибы и нематоды. ^{[ 29 ]} Они усиливают рост растений за счет нескольких прямых и косвенных механизмов. Прямые механизмы включают солюбилизацию фосфатов, фиксацию азота, разложение загрязнителей окружающей среды и выработку гормонов. Косвенные механизмы включают контроль фитопатогенов путем конкуренции за ресурсы, такие как железо, аминокислоты и сахара, а также путем производства антибиотиков или литических ферментов. ^{[ 30 ]}^{[ 31 ]} Конкуренция за железо также служит мощной силой отбора, определяющей микробную популяцию в ризосфере. Некоторые исследования показывают, что PGPR оказывают стимулирующее рост растений действие, лишая нативную микрофлору железа. Хотя железо широко распространено в природе, чрезвычайно низкая растворимость Fe ³⁺ при pH 7 означает, что большинство организмов сталкиваются с проблемой получения достаточного количества железа из окружающей среды. Чтобы удовлетворить свои потребности в железе, бактерии разработали несколько стратегий, включая восстановление ионов железа до ионов железа, секрецию соединений с высоким сродством, хелатирующих железо, называемых сидерофорами , и поглощение гетерологичных сидерофоров. Геном P. vortex , например, ^{[ 32 ]} содержит множество генов, которые используются в этих стратегиях, в частности, он обладает потенциалом продуцировать сидерофоры в условиях ограничения железа.

Несмотря на растущий интерес к видам Paenibacillus , геномная информация об этих бактериях отсутствует. Более обширное секвенирование генома могло бы дать фундаментальное представление о путях, участвующих в сложном социальном поведении бактерий, и открыть источник генов с биотехнологическим потенциалом.

Candidatus Paenibacillus glabratella вызывает белые узелки и высокую смертность пресноводных улиток Biomphalaria glabrata . ^{[ 33 ]} Это потенциально важно, поскольку Biomphalaria glabrata является промежуточным хозяином шистосомоза . ^{[ 33 ]}

Основной проблемой молочной промышленности является снижение преждевременной порчи жидкого молока, вызванной микробами. ^{[ 34 ]} Paenibacillus часто выделяют как из сырого, так и из пастеризованного жидкого молока. Наиболее преобладающим видом Paenibacillus является Paenibacillus odorifer . Виды рода Paenibacillus могут образовывать споры, чтобы пережить пастеризацию молока и впоследствии прорастать в охлажденном молоке, несмотря на низкие температуры. Многие бактериальные роды обладают реакцией на холодовой шок , которая включает выработку белков холодового шока, которые помогают клетке облегчить глобальное восстановление трансляции. ^{[ 34 ]} В настоящее время мало что известно о реакции на холодовой шок у Paenibacillus по сравнению с другими видами, но было показано, что виды Paenibacillus содержат множество генетических элементов, связанных с реакцией на холодовой шок. ^{[ 35 ]} Было продемонстрировано, что Paenibacillus odorifer несет множественные копии этих генетических элементов, связанных с холодовым шоком. ^{[ 34 ]}

Формирование шаблонов, самоорганизация и социальное поведение

Некоторые виды Paenibacillus могут образовывать сложные узоры на полутвердых поверхностях. Развитие таких сложных колоний требует самоорганизации и совместного поведения отдельных клеток при использовании сложной химической связи, называемой чувством кворума . ^{[ 13 ]}^{[ 14 ]}^{[ 18 ]}^{[ 20 ]}^{[ 21 ]}^{[ 36 ]}^{[ 37 ]}^{[ 38 ]} Формирование паттернов и самоорганизация в микробных системах — интригующий феномен, отражающий социальное поведение бактерий. ^{[ 37 ]}^{[ 39 ]} это могло бы дать представление об эволюционном развитии коллективных действий клеток высших организмов. ^{[ 13 ]}^{[ 37 ]}^{[ 40 ]}^{[ 41 ]}^{[ 42 ]}^{[ 43 ]}^{[ 44 ]}

Формирование узора в P. vortex

Одним из наиболее интересных образцов, образующих виды Paenibacillus, является P. vortex , самосмазывающиеся бактерии, управляемые жгутиками . ^{[ 32 ]} P. vortex организует свои колонии путем создания модулей, каждый из которых состоит из множества бактерий, которые используются в качестве строительных блоков для колонии в целом. Модули представляют собой группы бактерий, которые движутся вокруг общего центра со скоростью около 10 мкм/с.

Формирование паттерна у P. dendritiformis

Дополнительным интригующим паттерном, формирующим Paenibacillus, виды является P. dendritiformis , который генерирует два разных морфотипа. ^{[ 13 ]}^{[ 14 ]}^{[ 18 ]}^{[ 19 ]}^{[ 20 ]}^{[ 21 ]} – ветвящийся (или расщепляющийся на вершине) морфотип и хиральный морфотип, характеризующийся вьющимися ветвями с четко выраженной рукояткой (см. рисунки).

, образующие паттерн, Эти два штамма Paenibacillus демонстрируют множество различных физиологических и генетических особенностей, в том числе активность, подобную β-галактозидазе, вызывающую посинение колоний на с X-gal чашках , и множественную лекарственную устойчивость (MDR) (включая септрин , пенициллин , канамицин , хлорамфеникол , ампициллин) . , тетрациклин , спектиномицин , стрептомицин и митомицин C ). Колонии, выращиваемые на поверхностях в чашках Петри, обладают в несколько раз большей лекарственной устойчивостью по сравнению с ростом на жидких средах. Считается, что это особое сопротивление обусловлено фронтом жидкости, подобным поверхностно-активному веществу , который фактически образует определенный рисунок на пластинке Петри.

Ссылки

^ Гао М., Ян Х., Чжао Дж., Лю Дж., Сунь Ю.Х., Ван Ю.Дж., Сунь Дж.Г. (март 2013 г.). «Paenibacillus brassicae sp. nov., выделенный из ризосферы капусты в Пекине, Китай». Антони ван Левенгук . 103 (3): 647–653. дои : 10.1007/s10482-012-9849-1 . ПМИД 23180372 . S2CID 18884588 .
^ Пури А., Падда КП, Чанвей КП (октябрь 2015 г.). «Может ли диазотрофный эндофит, первоначально выделенный из сосны ложчатой, колонизировать сельскохозяйственную культуру (кукурузу) и способствовать ее росту?». Биология и биохимия почвы . 89 : 210–216. doi : 10.1016/j.soilbio.2015.07.012 .
^ Пури А., Падда КП, Чанвей КП (январь 2016 г.). «Доказательства фиксации азота и стимулирования роста канолы ( Brassica napus L.) эндофитным диазотрофом Paenibacillus Polymyxa P2b-2R». Биология и плодородие почв . 52 (1): 119–125. дои : 10.1007/s00374-015-1051-y . S2CID 15963708 .
^ Пури А., Падда КП, Чанвей КП (июнь 2016 г.). «Стимулирование роста рассады и фиксация азота бактериальным эндофитом Paenibacillus Polymyxa P2b-2R и его производным GFP на кукурузе в долгосрочном исследовании». Симбиоз . 69 (2): 123–129. дои : 10.1007/s13199-016-0385-z . S2CID 17870808 .
^ Падда КП, Пури А, Чанвей КП (апрель 2016 г.). «Влияние маркировки GFP Paenibacillus Polymyxa P2b-2R на ее способность стимулировать рост рассады рапса и томатов». Биология и плодородие почв . 52 (3): 377–387. дои : 10.1007/s00374-015-1083-3 . S2CID 18149924 .
^ Падда КП, Пури А, Чанвей КП (7 июля 2016 г.). «Стимулирование роста растений и фиксация азота в рапсе с помощью эндофитного штамма Paenibacillus Polymyxa и его производного, меченного GFP, в долгосрочном исследовании». Ботаника . 94 (12): 1209–1217. дои : 10.1139/cjb-2016-0075 .
^ Ян Х., Пури А., Падда К.П., Чанвей С.П. (июнь 2016 г.). «Влияние инокуляции Paenibacillus Polymyxa и различных обработок азотом почвы на рост саженцев сосны ложчатой». Канадский журнал лесных исследований . 46 (6): 816–821. doi : 10.1139/cjfr-2015-0456 . hdl : 1807/72264 .
^ Эш С., Прист Ф.Г., Коллинз, доктор медицинских наук: Молекулярная идентификация бацилл группы 3 рРНК (Эш, Фэрроу, Уоллбэнкс и Коллинз) с использованием теста ПЦР-зонда. Предложение о создании нового рода Paenibacillus. Антони ван Левенгук 1993, 64:253-260.
^ Падда КП, Пури А, Чанвей КП (2017). «Paenibacillus Polymyxa: выдающееся биоудобрение и агент биоконтроля для устойчивого сельского хозяйства». Важные с точки зрения сельского хозяйства микробы для устойчивого сельского хозяйства . Спрингер, Сингапур. стр. 165–191. дои : 10.1007/978-981-10-5343-6_6 . ISBN 9789811053429 .
^ МакСпадден Гарденер BB (ноябрь 2004 г.). «Экология видов Bacillus и Paenibacillus в сельскохозяйственных системах». Фитопатология . 94 (11): 1252–1258. дои : 10.1094/PHYTO.2004.94.11.1252 . ПМИД 18944463 .
^ Монтес М.Дж., Меркаде Э., Бозал Н., Гвинея Дж. (сентябрь 2004 г.). «Paenibacillus antarcticus sp. nov., новый психротолерантный организм из антарктической среды» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 54 (Часть 5): 1521–1526. дои : 10.1099/ijs.0.63078-0 . ПМИД 15388704 .
^ Оуян Дж., Пей З., Лютвик Л., Далал С., Ян Л., Кассаи Н. и др. (2008). «Отчёт о случае: Paenibacillus thiaminolyticus: новая причина заражения человека, вызывающая бактериемию у пациента, находящегося на гемодиализе» . Анналы клинической и лабораторной науки . 38 (4): 393–400. ПМЦ 2955490 . ПМИД 18988935 .
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д Бен-Джейкоб Э., Коэн I (1997). «Кооперативное формирование бактериальных структур». В Шапиро Дж.А. , Дворкин М. (ред.). Бактерии как многоклеточные организмы . Нью-Йорк: Издательство Оксфордского университета. стр. 394–416.
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с Бен-Джейкоб Э., Коэн I, Гутник Д.Л. (1998). «Кооперативная организация бактериальных колоний: от генотипа к морфотипу». Ежегодный обзор микробиологии . 52 : 779–806. дои : 10.1146/annurev.micro.52.1.779 . ПМИД 9891813 .
^ Бен-Джейкоб Э., Шохет О., Тененбаум А., Коэн И., Чирок А., Вичек Т. (март 1994 г.). «Общее моделирование моделей совместного роста в бактериальных колониях». Природа . 368 (6466): 46–9. Бибкод : 1994Natur.368...46B . дои : 10.1038/368046a0 . ПМИД 8107881 . S2CID 3054995 .
^ Бен-Джейкоб Э., Шмуэли Х., Шошет О., Тененбаум А. (сентябрь 1992 г.). «Адаптивная самоорганизация при росте бактериальных колоний». Физика А: Статистическая механика и ее приложения . 187 (3–4): 378–424. Бибкод : 1992PhyA..187..378B . дои : 10.1016/0378-4371(92)90002-8 .
^ Бен-Джейкоб Э., Шошет О., Тененбаум А., Авидан О. (1995). «Эволюция сложности при росте бактериальных колоний». В Cladis PE, Палфи-Мухори П. (ред.). Семинар перспективных исследований НАТО; Санта-Фе, США . Издательство Аддисон-Уэсли. стр. 619–633.
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с Бен-Джейкоб Э. (июнь 2003 г.). «Бактериальная самоорганизация: одновременное усиление комплексификации и адаптивности в динамической среде». Философские труды. Серия А. Математические, физические и технические науки . 361 (1807): 1283–312. Бибкод : 2003RSPTA.361.1283B . дои : 10.1098/rsta.2003.1199 . ПМИД 12816612 . S2CID 5213232 .
^ Перейти обратно: ^а ^б Бен-Джейкоб Э., Коэн И., Голдинг И., Гутник Д.Л., Черпаков М., Хелбинг Д., Рон И.Г. (июль 2000 г.). «Бактериальная кооперативная организация в условиях антибиотикотерапии». Физика А: Статистическая механика и ее приложения . 282 (1–2): 247–82. Бибкод : 2000PhyA..282..247B . дои : 10.1016/S0378-4371(00)00093-5 .
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с Бен-Джейкоб Э., Коэн I, Левин Х. (июнь 2000 г.). «Кооперативная самоорганизация микроорганизмов». Достижения физики . 49 (4): 395–554. Бибкод : 2000AdPhy..49..395B . дои : 10.1080/000187300405228 . S2CID 121881941 .
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с Бен-Джейкоб Э., Левин Х. (февраль 2006 г.). «Самоинженерные возможности бактерий» . Журнал Королевского общества, Интерфейс . 3 (6): 197–214. дои : 10.1098/rsif.2005.0089 . ПМЦ 1618491 . ПМИД 16849231 .
^ Ингхэм CJ, Бен Джейкоб Э. (февраль 2008 г.). «Роение и формирование сложных узоров в вихре Paenibacillus, изученное с помощью визуализации и отслеживания клеток» . БМК Микробиология . 8:36 . дои : 10.1186/1471-2180-8-36 . ПМК 2268691 . ПМИД 18298829 .
^ Чой К.К., Пак К.В., Ким С.И., Лио В.С., Ли Ш., Ли Дж.В. (2004). «Разложение поливинилового спирта Microbacterium barkeri KCCM 10507 и Paenibacillus amylolyticus KCCM 10508 при окрашивании сточных вод». Журнал микробиологии и биотехнологии . 14 : 1009–1013.
^ Кониси Дж., Марухаши К. (сентябрь 2003 г.). «2-(2'-Гидроксифенил)бензолсульфинатдесульфиназа из термофильной десульфурирующей бактерии Paenibacillus sp., штамм A11-2: очистка и характеристика». Прикладная микробиология и биотехнология . 62 (4): 356–61. дои : 10.1007/s00253-003-1331-6 . ПМИД 12743754 . S2CID 7956236 .
^ Нильсен П., Соренсен Дж. (март 1997 г.). «Многоцелевой и независимый от среды грибковый антагонизм со стороны гидролитических ферментов в штаммах Paenibacillus polymyxa и Bacillus pumilus из ризосферы ячменя» . ФЭМС Микробиология Экология . 22 (3): 183–192. дои : 10.1111/j.1574-6941.1997.tb00370.x .
^ Жирарден Х., Альбаньяк К., Даргайнаратц К., Нгуен-Те К., Карлин Ф. (май 2002 г.). «Противомикробная активность пищевых бактерий Paenibacillus и Bacillus spp. против Clostridium botulinum» . Журнал защиты пищевых продуктов . 65 (5): 806–13. дои : 10.4315/0362-028x-65.5.806 . ПМИД 12030292 .
^ Пиури М., Санчес-Ривас С., Рузал С.М. (июль 1998 г.). «Новая противомикробная активность штамма Paenibacillus Polymyxa, выделенного из региональных ферментированных колбас». Письма по прикладной микробиологии . 27 (1): 9–13. дои : 10.1046/j.1472-765x.1998.00374.x . hdl : 20.500.12110/paper_02668254_v27_n1_p9_Piuri . ПМИД 9722991 . S2CID 34127618 .
^ фон дер Вейд И., Альвиано Д.С., Сантос А.Л., Соарес Р.М., Альвиано К.С., Селдин Л. (2003). «Противомикробная активность штамма Paenibacillus peoriae NRRL BD-62 против широкого спектра фитопатогенных бактерий и грибов». Журнал прикладной микробиологии . 95 (5): 1143–51. дои : 10.1046/j.1365-2672.2003.02097.x . ПМИД 14633044 . S2CID 22884479 .
^ Блумберг Г.В., Лугтенберг Б.Дж. (август 2001 г.). «Молекулярные основы стимуляции роста растений и биоконтроля с помощью ризобактерий». Современное мнение в области биологии растений . 4 (4): 343–50. дои : 10.1016/s1369-5266(00)00183-7 . ПМИД 11418345 .
^ Клоппер Дж.В., Леонг Дж., Тейнце М., Шрот М.Н. (август 1980 г.). «Усиление роста растений с помощью сидерофоров, продуцируемых ризобактериями, стимулирующими рост растений». Природа . 286 (5776): 885–886. Бибкод : 1980Natur.286..885K . дои : 10.1038/286885a0 . S2CID 40761689 .
^ Рю СМ, Фараг М.А., Ху Ч., Редди М.С., Вэй Х.С., Паре П.В., Клоппер Дж.В. (апрель 2003 г.). «Бактериальные летучие вещества способствуют росту арабидопсиса» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 100 (8): 4927–4932. Бибкод : 2003PNAS..100.4927R . дои : 10.1073/pnas.0730845100 . ПМЦ 153657 . ПМИД 12684534 .
^ Перейти обратно: ^а ^б Сирота-Мади А., Олендер Т., Хелман Ю., Ингхэм С., Брэйнис И., Рот Д. и др. (декабрь 2010 г.). «Последовательность генома паттерна, образующего бактерию Paenibacillus vortex, обнаруживает потенциал для процветания в сложных средах» . БМК Геномика . 11 : 710. дои : 10.1186/1471-2164-11-710 . ПМК 3012674 . ПМИД 21167037 .
^ Перейти обратно: ^а ^б Дюваль Д., Галинье Р., Муахид Г., Тулза Э., Аллиен Ж.Ф., Портела Дж. и др. (февраль 2015 г.). «Новый бактериальный патоген Biomphalaria glabrata: потенциальное оружие для борьбы с шистосомозом?» . PLOS Забытые тропические болезни . 9 (2): e0003489. дои : 10.1371/journal.pntd.0003489 . ПМЦ 4342248 . ПМИД 25719489 .
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с Бено С.М., Ченг Р.А., Орси Р.Х., Дункан Д.Р., Го X, Ковач Дж. и др. (январь 2020 г.). Марко М.Л. (ред.). «Paenibacillus odorifer, преобладающий вид Paenibacillus , выделенный из молока в Соединенных Штатах, демонстрирует генетическую и фенотипическую консервативность психротолерантности, но связанные с кладами различия в путях метаболизма азота» . мСфера . 5 (1). дои : 10.1128/mSphere.00739-19 . ПМК 7407005 . ПМИД 31969477 .
^ Морено Свитт А.И., Андрус А.Д., Раньери М.Л., Орси Р.Х., Айви Р., ден Баккер Х.К. и др. (январь 2014 г.). «Геномное сравнение спорообразующих палочек, выделенных из молока» . БМК Геномика . 15 (1): 26. дои : 10.1186/1471-2164-15-26 . ПМК 3902026 . ПМИД 24422886 .
^ Басслер Б.Л., Лосик Р. (апрель 2006 г.). «Бактериально говоря» . Клетка . 125 (2): 237–46. дои : 10.1016/j.cell.2006.04.001 . ПМИД 16630813 . S2CID 17056045 .
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с Бен Джейкоб Э., Беккер И., Шапира Ю., Левин Х. (август 2004 г.). «Бактериальная языковая коммуникация и социальный интеллект». Тенденции в микробиологии . 12 (8): 366–372. дои : 10.1016/j.tim.2004.06.006 . ПМИД 15276612 .
^ Данни ГМ, Брикман Т.Дж., Дворкин М. (апрель 2008 г.). «Многоклеточное поведение бактерий: общение, сотрудничество, конкуренция и обман». Биоэссе . 30 (4): 296–8. doi : 10.1002/bies.20740 . ПМИД 18348154 .
^ Гальперин М.Ю., Гомельский М. (2005). «Модули передачи бактериального сигнала: от геномики к биологии». Новости АСМ . 71 : 326–333.
^ Агилар С., Вламакис Х., Лосик Р., Колтер Р. (декабрь 2007 г.). «Думая о Bacillus subtilis как о многоклеточном организме» . Современное мнение в микробиологии . 10 (6): 638–643. дои : 10.1016/j.mib.2007.09.006 . ПМК 2174258 . ПМИД 17977783 .
^ Дуайер DJ, Кохански М.А., Коллинз Дж.Дж. (декабрь 2008 г.). «Сетевые возможности для бактерий» . Клетка . 135 (7): 1153–6. дои : 10.1016/j.cell.2008.12.016 . ПМЦ 2728295 . ПМИД 19109881 .
^ Колтер Р., Гринберг Е.П. (май 2006 г.). «Микробные науки: поверхностная жизнь микробов» . Природа . 441 (7091): 300–2. Бибкод : 2006Natur.441..300K . дои : 10.1038/441300a . ПМИД 16710410 . S2CID 4430171 .
^ Шапиро Дж. А. (1998). «Думая о бактериальных популяциях как о многоклеточных организмах». Ежегодный обзор микробиологии . 52 : 81–104. дои : 10.1146/аннурев.микро.52.1.81 . ПМИД 9891794 .
^ Шапиро Дж.А. , Дворкин М. (1997). Бактерии как многоклеточные организмы (1-е изд.). США: Издательство Оксфордского университета.

Дальнейшее чтение

Сирота-Мади А., Олендер Т., Хелман Ю., Ингхэм С., Брэйнис И., Рот Д. и др. (декабрь 2010 г.). «Последовательность генома паттерна, образующего бактерию Paenibacillus vortex, обнаруживает потенциал для процветания в сложных средах» . БМК Геномика . 11 : 710. дои : 10.1186/1471-2164-11-710 . ПМК 3012674 . ПМИД 21167037 .
да Мота Ф.Ф., Гомес Э.А., Пайва Э., Селдин Л. (июль 2005 г.). «Оценка разнообразия видов Paenibacillus в образцах окружающей среды с помощью нового метода PCR-DGGE на основе rpoB» . ФЭМС Микробиология Экология . 53 (2): 317–28. дои : 10.1016/j.femsec.2005.01.017 . ПМИД 16329951 . S2CID 22545561 .
да Мота Ф.Ф., Гомеш Э.А., Пайва Э., Росадо А.С., Селдин Л. (2004). «Использование анализа гена rpoB для идентификации азотфиксирующих видов Paenibacillus в качестве альтернативы гену 16S рРНК». Письма по прикладной микробиологии . 39 (1): 34–40. дои : 10.1111/j.1472-765X.2004.01536.x . ПМИД 15189285 . S2CID 20682334 .

Внешние ссылки

« Paenibacillus Таксономия » . ЛПСН — Список названий прокариот, стоящих в номенклатуре .
« Пенибацилла » . Bac Dive — база метаданных по бактериальному разнообразию .
Домашняя страница профессора Эшеля Бен-Джейкоба

[1] Гао М., Ян Х., Чжао Дж., Лю Дж., Сунь Ю.Х., Ван Ю.Дж., Сунь Дж.Г. (март 2013 г.). «Paenibacillus brassicae sp. nov., выделенный из ризосферы капусты в Пекине, Китай». Антони ван Левенгук . 103 (3): 647–653. дои : 10.1007/s10482-012-9849-1 . ПМИД 23180372 . S2CID 18884588 .

[2] Пури А., Падда КП, Чанвей КП (октябрь 2015 г.). «Может ли диазотрофный эндофит, первоначально выделенный из сосны ложчатой, колонизировать сельскохозяйственную культуру (кукурузу) и способствовать ее росту?». Биология и биохимия почвы . 89 : 210–216. doi : 10.1016/j.soilbio.2015.07.012 .

[3] Пури А., Падда КП, Чанвей КП (январь 2016 г.). «Доказательства фиксации азота и стимулирования роста канолы ( Brassica napus L.) эндофитным диазотрофом Paenibacillus Polymyxa P2b-2R». Биология и плодородие почв . 52 (1): 119–125. дои : 10.1007/s00374-015-1051-y . S2CID 15963708 .

[4] Пури А., Падда КП, Чанвей КП (июнь 2016 г.). «Стимулирование роста рассады и фиксация азота бактериальным эндофитом Paenibacillus Polymyxa P2b-2R и его производным GFP на кукурузе в долгосрочном исследовании». Симбиоз . 69 (2): 123–129. дои : 10.1007/s13199-016-0385-z . S2CID 17870808 .

[5] Падда КП, Пури А, Чанвей КП (апрель 2016 г.). «Влияние маркировки GFP Paenibacillus Polymyxa P2b-2R на ее способность стимулировать рост рассады рапса и томатов». Биология и плодородие почв . 52 (3): 377–387. дои : 10.1007/s00374-015-1083-3 . S2CID 18149924 .

[6] Падда КП, Пури А, Чанвей КП (7 июля 2016 г.). «Стимулирование роста растений и фиксация азота в рапсе с помощью эндофитного штамма Paenibacillus Polymyxa и его производного, меченного GFP, в долгосрочном исследовании». Ботаника . 94 (12): 1209–1217. дои : 10.1139/cjb-2016-0075 .

[7] Ян Х., Пури А., Падда К.П., Чанвей С.П. (июнь 2016 г.). «Влияние инокуляции Paenibacillus Polymyxa и различных обработок азотом почвы на рост саженцев сосны ложчатой». Канадский журнал лесных исследований . 46 (6): 816–821. doi : 10.1139/cjfr-2015-0456 . hdl : 1807/72264 .

[1:Ash-8] Эш С., Прист Ф.Г., Коллинз, доктор медицинских наук: Молекулярная идентификация бацилл группы 3 рРНК (Эш, Фэрроу, Уоллбэнкс и Коллинз) с использованием теста ПЦР-зонда. Предложение о создании нового рода Paenibacillus. Антони ван Левенгук 1993, 64:253-260.

[9] Падда КП, Пури А, Чанвей КП (2017). «Paenibacillus Polymyxa: выдающееся биоудобрение и агент биоконтроля для устойчивого сельского хозяйства». Важные с точки зрения сельского хозяйства микробы для устойчивого сельского хозяйства . Спрингер, Сингапур. стр. 165–191. дои : 10.1007/978-981-10-5343-6_6 . ISBN 9789811053429 .

[3:McSpadden-10] МакСпадден Гарденер BB (ноябрь 2004 г.). «Экология видов Bacillus и Paenibacillus в сельскохозяйственных системах». Фитопатология . 94 (11): 1252–1258. дои : 10.1094/PHYTO.2004.94.11.1252 . ПМИД 18944463 .

[4:Montes-11] Монтес М.Дж., Меркаде Э., Бозал Н., Гвинея Дж. (сентябрь 2004 г.). «Paenibacillus antarcticus sp. nov., новый психротолерантный организм из антарктической среды» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 54 (Часть 5): 1521–1526. дои : 10.1099/ijs.0.63078-0 . ПМИД 15388704 .

[5:Ouyang-12] Оуян Дж., Пей З., Лютвик Л., Далал С., Ян Л., Кассаи Н. и др. (2008). «Отчёт о случае: Paenibacillus thiaminolyticus: новая причина заражения человека, вызывающая бактериемию у пациента, находящегося на гемодиализе» . Анналы клинической и лабораторной науки . 38 (4): 393–400. ПМЦ 2955490 . ПМИД 18988935 .

[6:BenJacob-13] Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д Бен-Джейкоб Э., Коэн I (1997). «Кооперативное формирование бактериальных структур». В Шапиро Дж.А. , Дворкин М. (ред.). Бактерии как многоклеточные организмы . Нью-Йорк: Издательство Оксфордского университета. стр. 394–416.

[7:BenJacob-14] Перейти обратно: ^а ^б ^с Бен-Джейкоб Э., Коэн I, Гутник Д.Л. (1998). «Кооперативная организация бактериальных колоний: от генотипа к морфотипу». Ежегодный обзор микробиологии . 52 : 779–806. дои : 10.1146/annurev.micro.52.1.779 . ПМИД 9891813 .

[8:BenJacob-15] Бен-Джейкоб Э., Шохет О., Тененбаум А., Коэн И., Чирок А., Вичек Т. (март 1994 г.). «Общее моделирование моделей совместного роста в бактериальных колониях». Природа . 368 (6466): 46–9. Бибкод : 1994Natur.368...46B . дои : 10.1038/368046a0 . ПМИД 8107881 . S2CID 3054995 .

[9:BenJacob-16] Бен-Джейкоб Э., Шмуэли Х., Шошет О., Тененбаум А. (сентябрь 1992 г.). «Адаптивная самоорганизация при росте бактериальных колоний». Физика А: Статистическая механика и ее приложения . 187 (3–4): 378–424. Бибкод : 1992PhyA..187..378B . дои : 10.1016/0378-4371(92)90002-8 .

[10:BenJacob-17] Бен-Джейкоб Э., Шошет О., Тененбаум А., Авидан О. (1995). «Эволюция сложности при росте бактериальных колоний». В Cladis PE, Палфи-Мухори П. (ред.). Семинар перспективных исследований НАТО; Санта-Фе, США . Издательство Аддисон-Уэсли. стр. 619–633.

[11:BenJacob-18] Перейти обратно: ^а ^б ^с Бен-Джейкоб Э. (июнь 2003 г.). «Бактериальная самоорганизация: одновременное усиление комплексификации и адаптивности в динамической среде». Философские труды. Серия А. Математические, физические и технические науки . 361 (1807): 1283–312. Бибкод : 2003RSPTA.361.1283B . дои : 10.1098/rsta.2003.1199 . ПМИД 12816612 . S2CID 5213232 .

[12:BenJacob-19] Перейти обратно: ^а ^б Бен-Джейкоб Э., Коэн И., Голдинг И., Гутник Д.Л., Черпаков М., Хелбинг Д., Рон И.Г. (июль 2000 г.). «Бактериальная кооперативная организация в условиях антибиотикотерапии». Физика А: Статистическая механика и ее приложения . 282 (1–2): 247–82. Бибкод : 2000PhyA..282..247B . дои : 10.1016/S0378-4371(00)00093-5 .

[13:BenJacob-20] Перейти обратно: ^а ^б ^с Бен-Джейкоб Э., Коэн I, Левин Х. (июнь 2000 г.). «Кооперативная самоорганизация микроорганизмов». Достижения физики . 49 (4): 395–554. Бибкод : 2000AdPhy..49..395B . дои : 10.1080/000187300405228 . S2CID 121881941 .

[14:BenJacob-21] Перейти обратно: ^а ^б ^с Бен-Джейкоб Э., Левин Х. (февраль 2006 г.). «Самоинженерные возможности бактерий» . Журнал Королевского общества, Интерфейс . 3 (6): 197–214. дои : 10.1098/rsif.2005.0089 . ПМЦ 1618491 . ПМИД 16849231 .

[15:Ingham-22] Ингхэм CJ, Бен Джейкоб Э. (февраль 2008 г.). «Роение и формирование сложных узоров в вихре Paenibacillus, изученное с помощью визуализации и отслеживания клеток» . БМК Микробиология . 8:36 . дои : 10.1186/1471-2180-8-36 . ПМК 2268691 . ПМИД 18298829 .

[16:Choi-23] Чой К.К., Пак К.В., Ким С.И., Лио В.С., Ли Ш., Ли Дж.В. (2004). «Разложение поливинилового спирта Microbacterium barkeri KCCM 10507 и Paenibacillus amylolyticus KCCM 10508 при окрашивании сточных вод». Журнал микробиологии и биотехнологии . 14 : 1009–1013.

[17:Konishi-24] Кониси Дж., Марухаши К. (сентябрь 2003 г.). «2-(2'-Гидроксифенил)бензолсульфинатдесульфиназа из термофильной десульфурирующей бактерии Paenibacillus sp., штамм A11-2: очистка и характеристика». Прикладная микробиология и биотехнология . 62 (4): 356–61. дои : 10.1007/s00253-003-1331-6 . ПМИД 12743754 . S2CID 7956236 .

[18:Nielsen-25] Нильсен П., Соренсен Дж. (март 1997 г.). «Многоцелевой и независимый от среды грибковый антагонизм со стороны гидролитических ферментов в штаммах Paenibacillus polymyxa и Bacillus pumilus из ризосферы ячменя» . ФЭМС Микробиология Экология . 22 (3): 183–192. дои : 10.1111/j.1574-6941.1997.tb00370.x .

[19:Girardin-26] Жирарден Х., Альбаньяк К., Даргайнаратц К., Нгуен-Те К., Карлин Ф. (май 2002 г.). «Противомикробная активность пищевых бактерий Paenibacillus и Bacillus spp. против Clostridium botulinum» . Журнал защиты пищевых продуктов . 65 (5): 806–13. дои : 10.4315/0362-028x-65.5.806 . ПМИД 12030292 .

[20:Piuri-27] Пиури М., Санчес-Ривас С., Рузал С.М. (июль 1998 г.). «Новая противомикробная активность штамма Paenibacillus Polymyxa, выделенного из региональных ферментированных колбас». Письма по прикладной микробиологии . 27 (1): 9–13. дои : 10.1046/j.1472-765x.1998.00374.x . hdl : 20.500.12110/paper_02668254_v27_n1_p9_Piuri . ПМИД 9722991 . S2CID 34127618 .

[21:VonDerWeid-28] фон дер Вейд И., Альвиано Д.С., Сантос А.Л., Соарес Р.М., Альвиано К.С., Селдин Л. (2003). «Противомикробная активность штамма Paenibacillus peoriae NRRL BD-62 против широкого спектра фитопатогенных бактерий и грибов». Журнал прикладной микробиологии . 95 (5): 1143–51. дои : 10.1046/j.1365-2672.2003.02097.x . ПМИД 14633044 . S2CID 22884479 .

[22:Bloemberg-29] Блумберг Г.В., Лугтенберг Б.Дж. (август 2001 г.). «Молекулярные основы стимуляции роста растений и биоконтроля с помощью ризобактерий». Современное мнение в области биологии растений . 4 (4): 343–50. дои : 10.1016/s1369-5266(00)00183-7 . ПМИД 11418345 .

[23:Kloepper-30] Клоппер Дж.В., Леонг Дж., Тейнце М., Шрот М.Н. (август 1980 г.). «Усиление роста растений с помощью сидерофоров, продуцируемых ризобактериями, стимулирующими рост растений». Природа . 286 (5776): 885–886. Бибкод : 1980Natur.286..885K . дои : 10.1038/286885a0 . S2CID 40761689 .

[24:Ryu-31] Рю СМ, Фараг М.А., Ху Ч., Редди М.С., Вэй Х.С., Паре П.В., Клоппер Дж.В. (апрель 2003 г.). «Бактериальные летучие вещества способствуют росту арабидопсиса» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 100 (8): 4927–4932. Бибкод : 2003PNAS..100.4927R . дои : 10.1073/pnas.0730845100 . ПМЦ 153657 . ПМИД 12684534 .

[25:SirotaMadi-32] Перейти обратно: ^а ^б Сирота-Мади А., Олендер Т., Хелман Ю., Ингхэм С., Брэйнис И., Рот Д. и др. (декабрь 2010 г.). «Последовательность генома паттерна, образующего бактерию Paenibacillus vortex, обнаруживает потенциал для процветания в сложных средах» . БМК Геномика . 11 : 710. дои : 10.1186/1471-2164-11-710 . ПМК 3012674 . ПМИД 21167037 .

[Duval_2015-33] Перейти обратно: ^а ^б Дюваль Д., Галинье Р., Муахид Г., Тулза Э., Аллиен Ж.Ф., Портела Дж. и др. (февраль 2015 г.). «Новый бактериальный патоген Biomphalaria glabrata: потенциальное оружие для борьбы с шистосомозом?» . PLOS Забытые тропические болезни . 9 (2): e0003489. дои : 10.1371/journal.pntd.0003489 . ПМЦ 4342248 . ПМИД 25719489 .

[:0-34] Перейти обратно: ^а ^б ^с Бено С.М., Ченг Р.А., Орси Р.Х., Дункан Д.Р., Го X, Ковач Дж. и др. (январь 2020 г.). Марко М.Л. (ред.). «Paenibacillus odorifer, преобладающий вид Paenibacillus , выделенный из молока в Соединенных Штатах, демонстрирует генетическую и фенотипическую консервативность психротолерантности, но связанные с кладами различия в путях метаболизма азота» . мСфера . 5 (1). дои : 10.1128/mSphere.00739-19 . ПМК 7407005 . ПМИД 31969477 .

[35] Морено Свитт А.И., Андрус А.Д., Раньери М.Л., Орси Р.Х., Айви Р., ден Баккер Х.К. и др. (январь 2014 г.). «Геномное сравнение спорообразующих палочек, выделенных из молока» . БМК Геномика . 15 (1): 26. дои : 10.1186/1471-2164-15-26 . ПМК 3902026 . ПМИД 24422886 .

[26:Bassler-36] Басслер Б.Л., Лосик Р. (апрель 2006 г.). «Бактериально говоря» . Клетка . 125 (2): 237–46. дои : 10.1016/j.cell.2006.04.001 . ПМИД 16630813 . S2CID 17056045 .

[27:BenJacob-37] Перейти обратно: ^а ^б ^с Бен Джейкоб Э., Беккер И., Шапира Ю., Левин Х. (август 2004 г.). «Бактериальная языковая коммуникация и социальный интеллект». Тенденции в микробиологии . 12 (8): 366–372. дои : 10.1016/j.tim.2004.06.006 . ПМИД 15276612 .

[28:Dunny-38] Данни ГМ, Брикман Т.Дж., Дворкин М. (апрель 2008 г.). «Многоклеточное поведение бактерий: общение, сотрудничество, конкуренция и обман». Биоэссе . 30 (4): 296–8. doi : 10.1002/bies.20740 . ПМИД 18348154 .

[29:Galperin-39] Гальперин М.Ю., Гомельский М. (2005). «Модули передачи бактериального сигнала: от геномики к биологии». Новости АСМ . 71 : 326–333.

[30:Aguilar-40] Агилар С., Вламакис Х., Лосик Р., Колтер Р. (декабрь 2007 г.). «Думая о Bacillus subtilis как о многоклеточном организме» . Современное мнение в микробиологии . 10 (6): 638–643. дои : 10.1016/j.mib.2007.09.006 . ПМК 2174258 . ПМИД 17977783 .

[31:Dwyer-41] Дуайер DJ, Кохански М.А., Коллинз Дж.Дж. (декабрь 2008 г.). «Сетевые возможности для бактерий» . Клетка . 135 (7): 1153–6. дои : 10.1016/j.cell.2008.12.016 . ПМЦ 2728295 . ПМИД 19109881 .

[32:Kolter-42] Колтер Р., Гринберг Е.П. (май 2006 г.). «Микробные науки: поверхностная жизнь микробов» . Природа . 441 (7091): 300–2. Бибкод : 2006Natur.441..300K . дои : 10.1038/441300a . ПМИД 16710410 . S2CID 4430171 .

[33:Shapiro-43] Шапиро Дж. А. (1998). «Думая о бактериальных популяциях как о многоклеточных организмах». Ежегодный обзор микробиологии . 52 : 81–104. дои : 10.1146/аннурев.микро.52.1.81 . ПМИД 9891794 .

[34:Shapiro-44] Шапиро Дж.А. , Дворкин М. (1997). Бактерии как многоклеточные организмы (1-е изд.). США: Издательство Оксфордского университета.

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]

[ 15 ]

[ 16 ]

[ 17 ]

[ 18 ]

[ 19 ]

[ 20 ]

[ 21 ]

[ 22 ]

[ 23 ]

[ 24 ]

[ 25 ]

[ 26 ]

[ 27 ]

[ 28 ]

[ 29 ]

[ 30 ]

[ 31 ]

[ 32 ]

[ 33 ]

[ 34 ]

[ 35 ]

[ 36 ]

[ 37 ]

[ 38 ]

[ 39 ]

[ 40 ]

[ 41 ]

[ 42 ]

[ 43 ]

[ 44 ]