Цзинмэньвирус
| Цзинмэньвирус | |
|---|---|
Классификация вирусов 
| |
| (без рейтинга): | Вирус |
| Область : | Рибовирия |
| Королевство: | Орторнавиры |
| Тип: | Китриновирикота |
| Сорт: | Фласувирицеты |
| Заказ: | Амарилловирусы |
| Семья: | Флавивирусиды (?) |
| (без рейтинга): | Цзинмэньвирус |
| Членские вирусы | |
Цзинмэньвирусы представляют собой группу одноцепочечных РНК-содержащих вирусов с положительным смыслом и сегментированными геномами . Они в первую очередь связаны с членистоногими и являются одним из двух известных вирусов с сегментированной РНК, которые заражают животных-хозяев. [ 1 ] [ 2 ] [ 3 ] Первый представитель группы — клещевой вирус Цзинмэнь (JMTV) — был описан в 2014 году. [ 4 ] Другой представитель, вирус Guaico Culex (GCXV), имеет весьма необычную многокомпонентную архитектуру, в которой сегменты генома отдельно заключены в разные вирусные капсиды. [ 5 ]
Примеры
[ редактировать ]Клещевой вирус Цзинмэнь
[ редактировать ]Первый член группы был описан в 2014 году и назван клещевым вирусом Цзинмэнь (JMTV), поскольку он был выделен из клеща, отобранного в Цзинмэнь , Китай. [ 4 ] Это сферический вирус с оболочкой, немного крупнее своих ближайших вирусных родственников. Геном JMTV состоит из четырех сегментов, два из которых содержат гены, последовательности которых гомологичны неструктурным белкам, обнаруженным во флавивирусах , включая метилтрансферазу и РНК-зависимую РНК-полимеразу . Предполагаемые структурные белки генома JMTV не имеют известных гомологов. [ 4 ] Помимо идентификации у клещей, JMTV также был обнаружен в небольших количествах у комаров, таких как Aedes albopictus . [ 6 ]
Вирус Гуайко Кулекс
[ редактировать ]Вирус Guaico Culex (GCXV) был зарегистрирован в 2016 году после выделения из Culex комаров , обнаруженных недалеко от Гуайко , Тринидад. [ 5 ] Различные изоляты вируса имеют четыре или пять сегментов генома, хотя пятый не важен для вирусной пролиферации. GCXV — многокомпонентный ( многочастный ) вирус, у которого каждый сегмент генома заключен в небольшой, оболочечный вирусный капсид . Для заражения клетки и успешного воспроизводства вируса в клетку должны попасть как минимум три сегмента генома, содержащие гены неструктурных белков и компонентов капсида. [ 5 ] До открытия GMXV о многокомпонентной архитектуре ранее сообщалось только у вирусов, поражающих растения и грибы , и никогда не наблюдалось у вирусов с оболочкой. [ 1 ] [ 5 ]
Другие вирусы
[ редактировать ]Генетический материал, который, вероятно, принадлежит другим вирусам цзинмэнь, можно идентифицировать с помощью биоинформатики . В некоторых случаях такие последовательности не распознавались как вирусные или сегментированная природа генома не была распознана до описания JMTV. Например, было обнаружено, что зарегистрированный геном собачьего паразита Toxocara canis содержит последовательности, гомологичные JMTV, что, вероятно, представляет собой вирусную инфекцию у секвенированного паразита. [ 4 ] [ 7 ] , Аналогичным примером является клещевой вирус Mogiana о котором впервые сообщалось в 2011 году; его сегментированный геном не был распознан при первой публикации, но был повторно проанализирован и идентифицирован как вирус цзинмэнь в 2017 году. [ 8 ]
Последовательности, гомологичные JMTV, также были выделены у красной обезьяны колобуса , что позволяет предположить возможность существования сегментированного, возможно, многокомпонентного вируса, способного заражать приматов . [ 5 ] Метагеномное исследование флавивирусов членистоногих выявило пять дополнительных примеров вероятных последовательностей цзинменвируса. [ 9 ]
Эволюция
[ редактировать ]Цзинмэньвирусы родственны флавивирусам , которые имеют несегментированные геномы, передаваемые в одном капсиде. Гомология постоянно наблюдается между генами, кодирующими неструктурные белки цзинменвирусов и флавивирусов, включая РНК-зависимую РНК-полимеразу . Однако геномная архитектура гомологичных генов значительно различается; Канонический геном флавивируса состоит из одной открытой рамки считывания (ORF), белковый продукт которой процессируется протеазами , тогда как неструктурные белки джинменвируса кодируются в двух сегментах генома, каждый из которых содержит одну ORF. Хотя известно немного последовательностей вируса цзинмэнь, генный состав сегментов генома, по-видимому, хорошо консервативен. [ 4 ] [ 5 ] [ 9 ] Напротив, предполагаемые структурные белки вируса цзинмэнь , которые, вероятно, составляют его капсиды , не имеют гомологии с известными белками. [ 4 ] [ 5 ]
Поразительно, что ближайшие известные родственники сегментированных цзинмэньвирусов не являются сегментированными. [ 1 ] [ 2 ] Эволюционные механизмы, лежащие в основе сегментации генома и особенно многокомпонентной архитектуры, плохо изучены. Хотя сегментированные геномы, по-видимому, несколько раз эволюционировали в вироме , эволюционный механизм, лежащий в основе этой структуры, неясен. [ 10 ] [ 11 ] Аналогичным образом, неясно, является ли многокомпонентная архитектура отдельной эволюционной стратегией или артефактом механизма сегментации, возможно, за счет образования дефектных мешающих частиц . [ 1 ] [ 10 ]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б с д Холмс, Эдвард К. (сентябрь 2016 г.). «Расширяющаяся виросфера» . Клетка-хозяин и микроб . 20 (3): 279–280. дои : 10.1016/j.chom.2016.08.007 . ПМИД 27631697 .
- ^ Jump up to: а б Аттар, Наоми (6 сентября 2016 г.). «Вирусы животных в кусочках» . Обзоры природы Микробиология . 14 (10): 606–7. дои : 10.1038/nrmicro.2016.133 . ПМИД 27595788 .
- ^ Михалакис, Яннис (сентябрь 2020 г.). «Любопытная стратегия многочастных вирусов» (PDF) . Ежегодный обзор вирусологии . 7 (1): 203–218. doi : 10.1146/annurev-virology-010220-063346 . ПМИД 32991271 . S2CID 222161056 .
- ^ Jump up to: а б с д и ж Цинь, X.-C.; Ши, М.; Тиан, Ж.-Х.; Лин, Х.-Д.; Гао, Д.-Ю.; Он, Ж.-Р.; Ван, Ж.-Б.; Ли, С.-Х.; Канг, Ю.-Дж.; Ю, Б.; Чжоу, Д.-Дж.; Сюй, Дж.; Плюснин А.; Холмс, ЕС ; Чжан, Ю.-З. (21 апреля 2014 г.). «Клещевой сегментированный РНК-вирус содержит сегменты генома, полученные от несегментированных вирусных предков» . Труды Национальной академии наук . 111 (18): 6744–6749. Бибкод : 2014PNAS..111.6744Q . дои : 10.1073/pnas.1324194111 . ПМК 4020047 . ПМИД 24753611 .
- ^ Jump up to: а б с д и ж г Ладнер, Джейсон Т.; Уайли, Майкл Р.; Бейтцель, Бретт; Огастес, Альберт Дж.; Дюпюи, Алан П.; Линдквист, Майкл Э.; Сибли, Сэмюэл Д.; Кота, Кришна П.; Феттерер, Дэвид; Иствуд, Джиллиан; Киммел, Дэвид; Прието, Карла; Гузман, Хильда; Алиота, Мэтью Т.; Кингс, Дэниел; Брюггеманн, Эрнст Э.; Сент-Луис Джон, Лена; Хероба, Дэвид; Лаук, Майкл; Фридрих, Томас К.; О'Коннор, Дэвид Х.; Гестоле, Мари К.; Казарес, Лиза Х.; Попов Всеволод Л.; Кастро-Плейнс, Фанни; Кохель, Тадеуш Дж.; Кенни, Тара; Уайт, Бейли; Уорд, Майкл Д.; Лоаиза, Джозеф Р.; Голдберг, Тони Л.; Уивер, Скотт С.; Крамер, Лаура Д.; Теш, Роберт Б.; Дворцы, Густаво (сентябрь 2016 г.). «Многокомпонентный вирус животных, выделенный из комаров» . Клетка-хозяин и микроб . 20 (3): 357–367. дои : 10.1016/j.chom.2016.07.011 . ПМК 5025392 . ПМИД 27569558 .
- ^ Парри Р., Джеймс М.Э., Асгари С. (2021). «Раскрытие всемирного разнообразия и эволюции вирома комаров Aedes aegypti и Aedes albopictus» . Микроорганизмы . 9 (8): 1653. doi : 10.3390/microorganisms9081653 . ПМЦ 8398489 . ПМИД 34442732 .
{{cite journal}}: CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка ) - ^ Теттех, КК; Лукас, А; Трипп, К; Майзелс, Р.М. (сентябрь 1999 г.). «Идентификация обильно экспрессируемых новых и консервативных генов на инфекционной личиночной стадии Toxocara canis с помощью стратегии метки экспрессируемых последовательностей» . Инфекция и иммунитет . 67 (9): 4771–9. дои : 10.1128/IAI.67.9.4771-4779.1999 . ПМК 96808 . ПМИД 10456930 .
- ^ Вилла, Эрика К.; Маруяма, Сандра Р.; де Миранда-Сантос, Изабель К.Ф.; Паласиос, Густаво; Ладнер, Джейсон Т. (4 мая 2017 г.). «Полная кодирующая последовательность генома клещевого вируса Могиана, вируса Цзинмэнь, выделенного из клещей в Бразилии» . Геномные объявления . 5 (18): e00232–17. doi : 10.1128/genomeA.00232-17 . ПМЦ 5477184 . ПМИД 28473376 .
- ^ Jump up to: а б Ши, Манг; Линь, Сиань-Дань; Василакис, Никос; Тянь, Цзюнь-Хуа; Ли, Ци-Сю; Чен, Лян-Цзюнь; Иствуд, Джиллиан; Дяо, Сю-Нянь; Чен, Мин-Хуэй; Чен, Сяо; Цинь, Синь-Чэн; Уайден, Стивен Г.; Вуд, Томас Г.; Теш, Роберт Б.; Сюй, Цзяньго; Холмс, Эдвард С .; Чжан, Юнчжэнь ; Оу, Ж.-ХЮ (15 января 2016 г.). «Дивергентные вирусы, обнаруженные у членистоногих и позвоночных, пересматривают эволюционную историю Flaviviridae и родственных вирусов» . Журнал вирусологии . 90 (2): 659–669. дои : 10.1128/JVI.02036-15 . ПМК 4702705 . ПМИД 26491167 .
- ^ Jump up to: а б Люсия-Санс, Адриана; Манрубия, Сюзанна (9 ноября 2017 г.). «Многочастные вирусы: адаптивный трюк или эволюционное удовольствие?» . npj Системная биология и приложения . 3 (1): 34. дои : 10.1038/s41540-017-0035-y . ПМК 5680193 . ПМИД 29263796 .
- ^ Сикард, Энн; Михалакис, Яннис; Гутьеррес, Серафин; Блан, Стефан; Хобман, Том С. (3 ноября 2016 г.). «Странный образ жизни многочастных вирусов» . ПЛОС Патогены . 12 (11): e1005819. дои : 10.1371/journal.ppat.1005819 . ПМК 5094692 . ПМИД 27812219 .