Apobec3b

Apobec3b
Доступные структуры
PDB	Поиск ортолога: PDBE RCSB
showСписок кодов идентификаторов PDB
	5CQD, 5CQH, 5CQI, 5CQK, 2NBQ
Идентификаторы
Псевдонимы	Apobec3b , A3b, Apobec1l, ArcD3, ARP4, DJ742C19.2, PHRBNL, BK150C2.2, Аполипопротеин B МРНК Редактирование Фермент Каталитическая субъединица 3B
Внешние идентификаторы	Омим : 607110 ; MGI : 1933111 ; Гомологен : 105420 ; Genecards : Apobec3b ; OMA : Apobec3b - ортологи
showМестоположение гена ( человек )
Chr.	Chromosome 22 (human)
End	38,992,804 bp
showМестоположение гена ( мышь )
Chr.	Chromosome 15 (mouse)
End	79,800,107 bp
showРНК -паттерн экспрессии
	Top expressed in
	gonad; ; mucosa of transverse colon; ; bone marrow; ; rectum; ; blood; ; bone marrow cells; ; islet of Langerhans; ; stromal cell of endometrium; ; duodenum; ; appendix;
	Top expressed in
	mesenteric lymph nodes; ; thymus; ; granulocyte; ; bone marrow; ; embryo; ; aortic valve; ; spleen; ; subcutaneous adipose tissue; ; epithelium of urethra; ; ascending aorta;
	More reference expression data
	More reference expression data
showДжин Онтология
Molecular function	hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in cyclic amidines; zinc ion binding; catalytic activity; hydrolase activity; metal ion binding; deoxycytidine deaminase activity; RNA binding; cytidine deaminase activity;
Cellular component	nucleus; cytoplasm;
Biological process	negative regulation of transposition; innate immune response; immune system process; defense response to virus; cytidine deamination; cytidine to uridine editing; DNA demethylation;
	Sources:Amigo / QuickGO
hideОртологи
	9582
	80287
	ENSG00000179750
	Ensmusg00000009585
	Q9UH17
	Q99J72
	NM_004900 ; NM_001270411
	NM_001160415 ; NM_030255 ; NM_001347041
	NP_001257340 ; NP_004891
	NP_001153887 ; NP_001333970 ; NP_084531
	Викидид
Посмотреть/редактировать человека	Посмотреть/редактировать мышь

Вероятный фермент ДНК DC-> DU-Editing Apobec-3b -это белок , который у людей кодируется Apobec3b геном . ^{[ 5 ]}^{[ 6 ]}^{[ 7 ]}

Этот ген является членом семейства цитидина деаминазы генов . Это один из семи родственных генов или псевдогенов, обнаруженных в кластере , который, как считается, является результатом дупликации генов , на хромосоме 22 . Члены кластера кодируют белки, которые структурно и функционально связаны с C-редактированием C-РНК цитидин деаминазы Apobec1 . Считается, что белки могут быть ферментами редактирования РНК и играть роль в контроле роста или клеточного цикла . Этот ген вместе с Apobec3a был обнаружен в последние годы, связанные с мутагенезом нескольких видов рака. Белки APOBEC3A и APOBEC3B могут вызывать специфические мутации в геномах рака, называемые мутагенезом ApoBEC, и несколько факторов, включая генетическую и окружающую среду, влияют на этот паттерн мутации среди пациентов, особенно при раке мочевого пузыря и молочной железы. ^{[ 7 ]} Этот ген также сверхэкспрессируется при множественной миеломе , возможно, помогая его формированию. ^{[ 8 ]}

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^{беременный} ^в GRCH38: Ensembl Release 89: ENSG00000179750 - Ensembl , май 2017 г.
^ Jump up to: ^а ^{беременный} ^в GRCM38: Ensembl Release 89: Ensmusg00000009585 - Ensembl , май 2017 г.
^ «Человеческая PubMed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .
^ «Мышь Pubmed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .
^ Jarmuz A, Chester A, Bayliss J, Gisbourne J, Dunham I, Scott J, Navaratnam N (февраль 2002 г.). «Антропоид-специфический локус сирот C до U-РНК-редактирования ферментов на хромосоме 22». Геномика . 79 (3): 285–96. doi : 10.1006/geno.2002.6718 . PMID 11863358 .
^ Madsen P, Anant S, Rasmussen HH, Gromov P, Vomborm H, Danski JP, Tommerrup N, Collins JE, Wright CL, Dunham I, Macginnitie AJ, Davidson No, Celis Je (сентябрь 1999 г.). "Пориасиз активизировал фонболин-1 разделять структурное, но не функциональное сходство с белком, редактирующего мРНК, апобек- 1 J инвестировать дерматол 113 (2): 162–9 Doi : 10.1046/ j.1523-1747.1999.0 PMID 10469298
^ Jump up to: ^а ^{беременный} «Ген Entrez: аполипопротеин B-мРНК Apobec3b фермент редактирование мРНК, каталитическое полипептид-подобное 3B» .
^ Ямазаки, Хироюки, Ширакава, Котаро; ; Масаки ; 019-43575- Y.

Внешние ссылки

человека APOBEC3B Расположение генома APOBEC3B и страница генов в браузере генома UCSC .

Дальнейшее чтение

Wedekind JE, Dance GS, Sowden MP, Smith HC (2003). «Редактирование РНК Messenger у млекопитающих: новые члены семьи Apobec ищут роли в семейном бизнесе». Тенденции Genet . 19 (4): 207–16. doi : 10.1016/s0168-9525 (03) 00054-4 . PMID 12683974 .
Dunham I, Shimizu N, Roe Ba, et al. (1999). «Последовательность ДНК хромосомы человека 22» (PDF) . Природа . 402 (6761): 489–95. Bibcode : 1999natur.402..489d . doi : 10.1038/990031 . PMID 10591208 .
Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). «Генерация и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши» . Прокурор Нат. Академический Наука США . 99 (26): 16899–903. Bibcode : 2002pnas ... 9916899m . doi : 10.1073/pnas.242603899 . PMC 139241 . PMID 12477932 .
Mariani R, Chen D, Schröfelbauer B, et al. (2003). «Виды-специфические исключение Apobec3g из вирионов ВИЧ-1 от VIF» . Клетка . 114 (1): 21–31. doi : 10.1016/s0092-8674 (03) 00515-4 . PMID 12859895 .
Сойер С.Л., Эмерман М., Малик Х.С. (2006). «Древняя адаптивная эволюция антивирусного фермента антивирусного редактирования ДНК примат Apobec3g» . PLOS BIOL . 2 (9): E275. doi : 10.1371/journal.pbio.0020275 . PMC 479043 . PMID 15269786 .
Yu Q, Chen D, König R, et al. (2005). «Apobec3b и Apobec3c являются мощными ингибиторами репликации вируса иммунодефицита обезживания» . Дж. Биол. Химический 279 (51): 53379–86. doi : 10.1074/jbc.m408802200 . PMID 15466872 .
Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA, et al. (2004). «Статус, качество и расширение полноразмерного проекта кДНК NIH: коллекция генов млекопитающих (MGC)» . Геном Res . 14 (10b): 2121–7. doi : 10.1101/gr.2596504 . PMC 528928 . PMID 15489334 .
Роуз К.М., Марин М., Козак С.Л., Кабат Д. (2005). «Регулируемая продукция и анти-ВИЧ-тип 1 активности цитидина деминаз Apobec3b, 3f и 3g». СПИД РЕС. Гул Ретровирусы . 21 (7): 611–9. doi : 10.1089/apid.2005.21.611 . PMID 16060832 .
Bogerd HP, Wiegand HL, Doehle BP, et al. (2006). «Apobec3a и Apobec3b являются мощными ингибиторами функции LTR-ретротранспозона в клетках человека» . Нуклеиновые кислоты Res . 34 (1): 89–95. doi : 10.1093/nar/gkj416 . PMC 1326241 . PMID 16407327 .
Stenglein MD, Harris RS (2006). «Apobec3b и Apobec3f ингибируют ретротранспозицию L1 с помощью ДНК-независимого механизма» . Дж. Биол. Химический 281 (25): 16837–41. doi : 10.1074/jbc.m602367200 . PMID 16648136 .
Hakata Y, Landau NR (2007). «Обращенная функциональная организация мышиных и человеческих доменов цитидин деаминазы Apobec3» . Дж. Биол. Химический 281 (48): 36624–31. doi : 10.1074/jbc.m604980200 . PMID 17020885 .
Kidd JM, Newman TL, Tuzun E, et al. (2007). «Стратификация популяции общего полиморфизма делеции гена апобек» . PLOS GENET . 3 (4): E63. doi : 10.1371/journal.pgen.0030063 . PMC 1853121 . PMID 17447845 .

Схема мутагенеза апобекского цитидина деминазы широко распространен при раке человека

Стивен и Робертс, Майкл с Лоуренсом, Лесек Дж. Климчак, Сара и Гримм, Дэвид Фарго, Петарский Стул, Адам Кидзун, Григорий в Криукове, Скотт Л. Картер, Гордон Саксена, Шон Харрис, Ручир Р. Шах, Майкл и Резин, Гад Гетц. Дмитрий и Горенин

Candace D Middlebrooks, Rouf Banday, Konichi Matsuda, et al. Ассоциация вариантов зародышевой линии в регионе Apobec3 с риском рака и обогащением мутаций апобек-сигентера в опухолях отказ от ответственности. Nature Genetics 2016.

Эта статья о гене о хромосоме человека 22 является заглушкой . Вы можете помочь Википедии, расширив ее .

[refGRCh38Ensembl-1] Jump up to: ^а ^{беременный} ^в GRCH38: Ensembl Release 89: ENSG00000179750 - Ensembl , май 2017 г.

[refGRCm38Ensembl-2] Jump up to: ^а ^{беременный} ^в GRCM38: Ensembl Release 89: Ensmusg00000009585 - Ensembl , май 2017 г.

[3] «Человеческая PubMed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .

[4] «Мышь Pubmed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .

[pmid11863358-5] Jarmuz A, Chester A, Bayliss J, Gisbourne J, Dunham I, Scott J, Navaratnam N (февраль 2002 г.). «Антропоид-специфический локус сирот C до U-РНК-редактирования ферментов на хромосоме 22». Геномика . 79 (3): 285–96. doi : 10.1006/geno.2002.6718 . PMID 11863358 .

[pmid10469298-6] Madsen P, Anant S, Rasmussen HH, Gromov P, Vomborm H, Danski JP, Tommerrup N, Collins JE, Wright CL, Dunham I, Macginnitie AJ, Davidson No, Celis Je (сентябрь 1999 г.). "Пориасиз активизировал фонболин-1 разделять структурное, но не функциональное сходство с белком, редактирующего мРНК, апобек- 1 J инвестировать дерматол 113 (2): 162–9 Doi : 10.1046/ j.1523-1747.1999.0 PMID 10469298

[entrez-7] Jump up to: ^а ^{беременный} «Ген Entrez: аполипопротеин B-мРНК Apobec3b фермент редактирование мРНК, каталитическое полипептид-подобное 3B» .

[8] Ямазаки, Хироюки, Ширакава, Котаро; ; Масаки ; 019-43575- Y.

[1]

[2]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]