Изопептаг
Изопептаг из 16 аминокислот представляет собой пептидную метку (TDKDMTITFTNKKDAE), которую можно генетически связать с белками , не мешая их сворачиванию. [ 1 ] Что отличает изопептаг от других пептидных меток, так это то, что он может связывать связывающий его белок посредством постоянной и необратимой ковалентной связи . Другие пептидные метки обычно связывают свои цели посредством слабых нековалентных взаимодействий, что ограничивает их использование в приложениях, где молекулы испытывают экстремальные силы. Ковалентное связывание изопептага с мишенью преодолевает эти барьеры и позволяет изучать целевые белки в более суровых молекулярных условиях.
Разработка
[ редактировать ]Изопептаг был получен путем выделения белка пилина (Spy0128) из Streptococcus pyogenes . Spy0128 содержит две внутримолекулярные изопептидные связи , [ 2 ] и для образования изопептага одна из этих связей была расщеплена путем удаления последней β-цепи в белке.
Способ действия
[ редактировать ]Когда изопептаг связывается с белком-мишенью, он спонтанно связывается со своим партнером по связыванию через изопептидную связь , амидную связь, образующуюся автокаталитически. Реакция является устойчивой и происходит при различных температурах от 4 до 37 °C, диапазоне pH 5–8 и в присутствии широко используемых моющих средств. Также реакция не зависит от окислительно-восстановительного состояния среды и может одинаково хорошо протекать как в восстановительных, так и в окислительных условиях. [ 1 ]
Приложения
[ редактировать ]Ковалентное связывание изопептага с его партнером по связыванию можно использовать для постоянного связывания белков вместе в сложной среде бактериальной клетки, для нацеливания на белки, представляющие интерес для клеточной визуализации, и для разработки новых белковых структур. [ 1 ]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б с Закери, Бижан; Ховарт, Марк (7 апреля 2010 г.). «Спонтанное образование межмолекулярных амидных связей между боковыми цепями для необратимого нацеливания пептидов». Журнал Американского химического общества . 132 (13): 4526–4527. дои : 10.1021/ja910795a . ПМИД 20235501 .
- ^ Канг, Х.Дж., Кулибали, Ф., Клоу, Ф., Профт, Т. и Бейкер, Э.Н. (2007). В структуре ворсинок грамположительных бактерий выявлены стабилизирующие изопептидные связи. Наука 318, 1625–1628.