SBP-тег
![]() | Эта статья может иметь запутанные или двусмысленные сокращения . ( январь 2012 г. ) |
Стрептавидин -связывающий пептид (SBP)-Tag представляет собой последовательность из 38 аминокислот , которую можно встроить в рекомбинантные белки . Рекомбинантные белки, содержащие SBP-Tag, связываются со стрептавидином , и это свойство можно использовать в конкретных стратегиях очистки, обнаружения или иммобилизации. [ нужна ссылка ]
Последовательность тега SBP — MDEKTTGWRGGHVVEGLAGELEQLRARLEHHPQGQREP. [ 1 ]
Открытие
[ редактировать ]Стрептавидин-связывающий пептид был обнаружен в библиотеке из семи триллионов стохастически сгенерированных пептидов с использованием метода отбора in vitro дисплея мРНК . Селекцию проводили путем инкубации со стрептавидин-агарозой с последующей элюцией биотином . [ 2 ] Было показано, что SBP-Tag связывает стрептавидин с равновесной константой диссоциации 2,5 нМ. [ 1 ] [ 2 ] и легко элюируется биотином в нативных условиях. [ 1 ] [ 2 ]
Приложения
[ редактировать ]Очистка белка
[ редактировать ]Благодаря мягким условиям элюирования (биотин плюс промывной буфер) белки, меченные SBP, можно получать в относительно чистом состоянии за одну стадию очистки. [ 1 ] [ 3 ] [ 4 ] Существует несколько относительно распространенных белков млекопитающих, которые по своей природе связаны с матрицами IMAC и связываются с более часто используемой полигистидиновой меткой (His-меткой). По этой причине протоколы очистки, не относящиеся к IMAC, в том числе с использованием SBP-Tag, часто являются предпочтительными для белков, которые экспрессируются в клетках млекопитающих. [ нужна ссылка ]
Белковая комплексная очистка
[ редактировать ]Комплексы взаимодействующих белков также можно очищать с помощью SBP-Tag, поскольку элюирование биотином позволяет осуществлять восстановление в условиях, в которых желаемые комплексы остаются связанными. Например, конденсинский комплекс был очищен Kim et al. [2010] и комплексы с TAZ транскрипционным коактиватором были очищены Zhang et al. [2009]. SBP-Tag также был включен в несколько систем тандемной аффинной очистки (TAP), в которых последовательные этапы очистки используются с несколькими метками, например, слитые белки GFP и комплексы BTK -белок очищались с использованием протокола TAP с SBP-Tag и His-Тег, [ 5 ] [ 6 ] Комплексы HDGF -белок очищали с использованием протокола TAP с использованием SBP-Tag и FLAG-tag. [ 7 ] и комплексы Wnt очищали с использованием протокола TAP с SBP-Tag и [Calmodulin-Tag]. [ 8 ] TAP обычно используется с белковыми комплексами, и в нескольких исследованиях сообщается о значительном улучшении чистоты и выхода при сравнении систем TAP с SBP-Tag с системами без SBP-Tag. [ 9 ] [ 10 ] [ 11 ] Коммерческие системы TAP, в которых используется SBP-Tag, включают системы TAP для аденовирусов Interplay® и TAP для млекопитающих, продаваемые Agilent Technologies , аналогичные продукты продаются компанией Sigma-Aldrich . [ 12 ]
Протеомика
[ редактировать ]Скрининг биологически значимых белок-белковых взаимодействий проводился с использованием тандемной аффинной очистки (TAP) с SBP-меткой и А. белком [ 10 ] для взаимодействия протеомики и комплексов факторов транскрипции с SBP-Tag и белком G , [ 10 ] [ 13 ] для белков, которые взаимодействуют с белком DENV-2 NS4A вируса Денге с меткой SBP и меткой кальмодулина. [ 14 ] и для белков, которые взаимодействуют с протеинфосфатазой 2А (PP2A), с меткой SBP и меткой гемагглютинина (HA). [ 11 ]
Визуализация
[ редактировать ]SBP-Tag также будет связываться со стрептавидином или реагентами стрептавидина в растворе. Применение этих сконструированных ассоциаций включает визуализацию специфических белков в живых клетках, [ 15 ] мониторинг кинетики трансляции отдельных белков в системе трансляции in vitro, [ 16 ] контроль интеграции многопрофильного мембранного белка в эндоплазматический ретикулум путем слияния SBP-метки с N-концевой транслокационной последовательностью, а затем остановки интеграции со стрептавидином и возобновления интеграции с биотином. [ 17 ] [ 18 ] Флуоресцентные стрептавидиновые реагенты (например, стрептавидин-HRP) можно использовать для визуализации SBP-метки с помощью иммуноблоттинга SDS-PAGE. [ 1 ] [ 19 ] [ 20 ] Кроме того, антитела к SBP-метке коммерчески доступны. [ нужна ссылка ]
Поверхностный плазмонный резонанс
[ редактировать ]SBP-Tag использовался для обратимой иммобилизации рекомбинантных белков на функционализированных стрептавидином поверхностях, что позволяло проводить оценку взаимодействия, например, с помощью методов поверхностного плазмонного резонанса (SPR) с повторным использованием функционализированной поверхности. [ 21 ] SPR также использовался для сравнения SBP-Tag с другими стрептавидин-связывающими пептидами, такими как Strep-tag . [ 22 ]
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б с д и Киф, Энтони Д.; Уилсон, Дэвид С.; Силиг, Буркхард; Шостак, Джек В. (2001). «Одностадийная очистка рекомбинантных белков с использованием наномолярного стрептавидинсвязывающего пептида, SBP-метки». Экспрессия и очистка белков . 23 (3): 440–6. дои : 10.1006/преп.2001.1515 . ПМИД 11722181 .
- ^ Jump up to: а б с Уилсон, Дэвид С.; Киф, Энтони Д.; Шостак, Джек В. (2001). «Использование дисплея мРНК для выбора пептидов, связывающихся с белками с высоким сродством» . Труды Национальной академии наук . 98 (7): 3750–5. Бибкод : 2001PNAS...98.3750W . дои : 10.1073/pnas.061028198 . ПМК 31124 . ПМИД 11274392 .
- ^ Итикава, Мунэёси; Ватанабэ, Юта; Мураяма, Такаши; Тоёсима, Йоко Яно (2011). «Рекомбинантная тяжелая цепь 1 и 2 цитоплазматического динеина человека: наблюдение двигательной активности динеина-2 in vitro». Письма ФЭБС . 585 (15): 2419–23. дои : 10.1016/j.febslet.2011.06.026 . ПМИД 21723285 . S2CID 27909093 .
- ^ Ли, Фэн; Эррера, Джереми; Чжоу, Шарлин; Маслов Дмитрий А.; Симпсон, Ларри (2011). «Трипаносома REH1 представляет собой РНК-хеликазу, участвующую в 3'-5'-полярности множественного редактирования РНК с вставкой/удалением уридина под контролем гРНК» . Труды Национальной академии наук . 108 (9): 3542–7. Бибкод : 2011PNAS..108.3542L . дои : 10.1073/pnas.1014152108 . ПМК 3048136 . ПМИД 21321231 .
- ^ Ли, Ифэн; Франклин, Сара; Чжан, Майкл Дж.; Вондриска, Томас М. (2011). «Высокоэффективная очистка белковых комплексов из клеток млекопитающих с использованием нового стрептавидин-связывающего пептида и тандемной системы меток гексагистидина: применение к тирозинкиназе Брутона» . Белковая наука . 20 (1): 140–9. дои : 10.1002/pro.546 . ПМК 3047070 . ПМИД 21080425 .
- ^ Кобаяши, Такуя; Мороне, Нобухиро; Касияма, Таку; Оямада, Хидето; Куребаяси, Нагоми; Мураяма, Такаши (2008). Имхоф, Аксель (ред.). «Разработка новой многофункциональной зеленой флуоресцентной белковой метки для широкого спектра исследований белков» . ПЛОС ОДИН 3 (12): e3 Бибкод : 2008PLoSO...3.3822K . дои : 10.1371/journal.pone.0003822 . ПМЦ 2585475 . ПМИД 19048102 .
- ^ Чжао, Цзянь; Ю, Хунсю; Лин, Линг; Вт, июнь; Кай, Лили; Чен, Янмей; Чжун, Фань; Линь, Чэнчжао; и др. (2011). «Исследование Interactome предполагает множественные клеточные функции фактора роста гепатомы (HDGF)». Журнал протеомики . 75 (2): 588–602. дои : 10.1016/j.jprot.2011.08.021 . ПМИД 21907836 .
- ^ Альстрем, Роберт; Ю, Алан С.Л. (2009). «Характеристика киназной активности белкового комплекса WNK4» . AJP: Физиология почек . 297 (3): F685–92. дои : 10.1152/ajprenal.00358.2009 . ПМЦ 2739714 . ПМИД 19587141 .
- ^ Кириакакис, Филипп П.; Чаевые, Марла; Абед, Лука; Веракса, Алексей (2008). «Тандемная аффинная очистка у дрозофилы: преимущества системы GS-TAP» . Летать . 2 (4): 229–35. дои : 10.4161/fly.6669 . ПМИД 18719405 .
- ^ Jump up to: а б с Бюркштюммер, Тильманн; Беннетт, Кейрин Л; Прерадович, Адриана; Шютце, Грегор; Ханчель, Оливер; Суперти-Фурга, Джулио; Живот, Анджела (2006). «Эффективная процедура тандемной аффинной очистки для протеомики взаимодействия в клетках млекопитающих». Природные методы . 3 (12): 1013–9. дои : 10.1038/nmeth968 . ПМИД 17060908 . S2CID 7069058 .
- ^ Jump up to: а б Глаттер, Тимо; Вепф, Александр; Эберсольд, Руди; Гстайгер, Матиас (2009). «Интегрированный рабочий процесс для составления диаграммы протеома человеческого взаимодействия: понимание системы PP2A» . Молекулярная системная биология . 5 (1): 237. doi : 10.1038/msb.2008.75 . ПМК 2644174 . ПМИД 19156129 .
- ^ Ли, Ифэн (2011). «Технология тандемной аффинной очистки: обзор». Биотехнологические письма . 33 (8): 1487–99. дои : 10.1007/s10529-011-0592-x . ПМИД 21424840 . S2CID 157683 .
- ^ Ван Лине, Джелле; Экхаут, Доминик; Персиау, Герт; Ван Де Слайке, Эвелин; Геринк, Ян; Ван Истердал, Герт; Уиттерс, Эрвин; Де Джагер, Герт (2011). «Выделение комплексов транскрипционных факторов из суспензионных культур клеток арабидопсиса путем тандемной аффинной очистки». Ин Юань, Лин; Перри, Шэрин Э. (ред.). Факторы транскрипции растений . Методы молекулярной биологии. Полный. 754. стр. 195–218. дои : 10.1007/978-1-61779-154-3_11 . ISBN 978-1-61779-153-6 . ПМИД 21720954 .
- ^ Анвар, Азлинда; Леонг, КМ; Нг, Мэри Л.; Чу, Джастин Дж. Х.; Гарсиа-Бланко, Мариано А. (2009). «Белок, связывающий полипиримидиновый тракт, необходим для эффективного размножения вируса денге и взаимодействует с механизмом репликации вируса» . Журнал биологической химии . 284 (25): 17021–9. дои : 10.1074/jbc.M109.006239 . ПМК 2719340 . ПМИД 19380576 .
- ^ Макканн, Кори М.; Барейр, Флоренс М.; Лихтман, Джефф В.; Санес, Джошуа Р. (2005). «Пептидные метки для маркировки мембранных белков в живых клетках с помощью нескольких флуорофоров» . БиоТехники . 38 (6): 945–52. дои : 10.2144/05386IT02 . ПМИД 16018556 .
- ^ Такахаси, Сюнтаро; Иида, Масааки; Фурусава, Хироюки; Симидзу, Ёсихиро; Уэда, Такуя; Окахата, Ёсио (2009). «Мониторинг бесклеточной трансляции в режиме реального времени на кварцевых микровесах». Журнал Американского химического общества . 131 (26): 9326–32. дои : 10.1021/ja9019947 . ПМИД 19518055 .
- ^ Кида, Юичиро; Моримото, Фумико; Сакагути, Масао (2007). «Два транслоцирующих гидрофильных сегмента зарождающейся цепи охватывают мембрану ЭР во время многопролетного белкового топогенеза» . Журнал клеточной биологии . 179 (7): 1441–52. дои : 10.1083/jcb.200707050 . ПМК 2373506 . ПМИД 18166653 .
- ^ Кида, Ю.; Моримото, Ф.; Сакагути, М. (2008). «Сигнальная якорная последовательность обеспечивает движущую силу для транслокации полипептидной цепи через мембрану эндоплазматической сети» . Журнал биологической химии . 284 (5): 2861–6. дои : 10.1074/jbc.M808020200 . ПМИД 19010775 .
- ^ Эдельманн, Мариола Дж.; Ифофер, Александр; Акуцу, Масато; Алтун, Майкл; Глерия, Екатерина; Крамер, Хольгер Б.; Фибигер, ранее; Дхе-Паганон, Сиран; Кесслер, Бенедикт М. (2009). «Структурная основа и специфика деубиквитинирования, опосредованного отубаином 1 человека» (PDF) . Биохимический журнал . 418 (2): 379–90. дои : 10.1042/BJ20081318 . ПМИД 18954305 .
- ^ Хоер, Саймон; Смит, Лоррейн; Ленер, Пол Дж. (2007). «MARCH-IX опосредует убиквитинирование и подавление ICAM-1». Письма ФЭБС . 581 (1): 45–51. дои : 10.1016/j.febslet.2006.11.075 . ПМИД 17174307 . S2CID 22461058 .
- ^ Ли, Ён Джин; Би, Ли-Цзюнь; Чжан, Сянь-Эн; Чжоу, Я-Фэн; Чжан, Цзи-Бин; Чен, Юань-Юань; Ли, Вэй; Чжан, Чжи-Пин (2006). «Обратимая иммобилизация белков с помощью стрептавидиновых аффинных меток на биосенсорном чипе поверхностного плазмонного резонанса». Аналитическая и биоаналитическая химия . 386 (5): 1321–6. дои : 10.1007/s00216-006-0794-6 . ПМИД 17006676 . S2CID 6074268 .
- ^ Хуан, Сюй; Чжан, Сянь-Эн; Чжоу, Я-Фэн; Чжан, Чжи-Пин; Касс, Энтони Э.Г. (2007). «Создание высокочувствительной репортерной системы щелочной фосфатазы Escherichia coli для скрининга аффинных пептидов». Журнал биохимических и биофизических методов . 70 (3): 435–9. дои : 10.1016/j.jbbm.2006.10.006 . ПМИД 17156847 .
Дальнейшее чтение
[ редактировать ]- Ким, Джи Хун; Чанг, Цз М; Грэм, Элисон Н; Чу, К ХА; Калицыс, Павел; Хадсон, Дэмиен Ф (2010). «SMC2, меченный стрептавидин-связывающим пептидом (SBP), обеспечивает одностадийную аффинную флуоресценцию, блоттинг или очистку конденсинового комплекса» . Биохимия БМК . 11:50 . дои : 10.1186/1471-2091-11-50 . ПМК 3022668 . ПМИД 21194474 .
- Чжан, Хэн; Лю, Чен-Ин; Чжа, Чжэн-Ю; Чжао, Бинь; Яо, Цзюнь; Чжао, Шимин; Сюн, Юэ; Лей, Цюнь-Ин; Гуань, Кунь-Лян (2009). «Факторы транскрипции TEAD опосредуют функцию TAZ в росте клеток и эпителиально-мезенхимальном переходе» . Журнал биологической химии . 284 (20): 13355–62. дои : 10.1074/jbc.M900843200 . ПМК 2679435 . ПМИД 19324877 .