Jump to content

SBP-тег

Стрептавидин -связывающий пептид (SBP)-Tag представляет собой последовательность из 38 аминокислот , которую можно встроить в рекомбинантные белки . Рекомбинантные белки, содержащие SBP-Tag, связываются со стрептавидином , и это свойство можно использовать в конкретных стратегиях очистки, обнаружения или иммобилизации. [ нужна ссылка ]

Последовательность тега SBP — MDEKTTGWRGGHVVEGLAGELEQLRARLEHHPQGQREP. [ 1 ]

Открытие

[ редактировать ]

Стрептавидин-связывающий пептид был обнаружен в библиотеке из семи триллионов стохастически сгенерированных пептидов с использованием метода отбора in vitro дисплея мРНК . Селекцию проводили путем инкубации со стрептавидин-агарозой с последующей элюцией биотином . [ 2 ] Было показано, что SBP-Tag связывает стрептавидин с равновесной константой диссоциации 2,5 нМ. [ 1 ] [ 2 ] и легко элюируется биотином в нативных условиях. [ 1 ] [ 2 ]

Приложения

[ редактировать ]

Очистка белка

[ редактировать ]

Благодаря мягким условиям элюирования (биотин плюс промывной буфер) белки, меченные SBP, можно получать в относительно чистом состоянии за одну стадию очистки. [ 1 ] [ 3 ] [ 4 ] Существует несколько относительно распространенных белков млекопитающих, которые по своей природе связаны с матрицами IMAC и связываются с более часто используемой полигистидиновой меткой (His-меткой). По этой причине протоколы очистки, не относящиеся к IMAC, в том числе с использованием SBP-Tag, часто являются предпочтительными для белков, которые экспрессируются в клетках млекопитающих. [ нужна ссылка ]

Белковая комплексная очистка

[ редактировать ]

Комплексы взаимодействующих белков также можно очищать с помощью SBP-Tag, поскольку элюирование биотином позволяет осуществлять восстановление в условиях, в которых желаемые комплексы остаются связанными. Например, конденсинский комплекс был очищен Kim et al. [2010] и комплексы с TAZ транскрипционным коактиватором были очищены Zhang et al. [2009]. SBP-Tag также был включен в несколько систем тандемной аффинной очистки (TAP), в которых последовательные этапы очистки используются с несколькими метками, например, слитые белки GFP и комплексы BTK -белок очищались с использованием протокола TAP с SBP-Tag и His-Тег, [ 5 ] [ 6 ] Комплексы HDGF -белок очищали с использованием протокола TAP с использованием SBP-Tag и FLAG-tag. [ 7 ] и комплексы Wnt очищали с использованием протокола TAP с SBP-Tag и [Calmodulin-Tag]. [ 8 ] TAP обычно используется с белковыми комплексами, и в нескольких исследованиях сообщается о значительном улучшении чистоты и выхода при сравнении систем TAP с SBP-Tag с системами без SBP-Tag. [ 9 ] [ 10 ] [ 11 ] Коммерческие системы TAP, в которых используется SBP-Tag, включают системы TAP для аденовирусов Interplay® и TAP для млекопитающих, продаваемые Agilent Technologies , аналогичные продукты продаются компанией Sigma-Aldrich . [ 12 ]

Протеомика

[ редактировать ]

Скрининг биологически значимых белок-белковых взаимодействий проводился с использованием тандемной аффинной очистки (TAP) с SBP-меткой и А. белком [ 10 ] для взаимодействия протеомики и комплексов факторов транскрипции с SBP-Tag и белком G , [ 10 ] [ 13 ] для белков, которые взаимодействуют с белком DENV-2 NS4A вируса Денге с меткой SBP и меткой кальмодулина. [ 14 ] и для белков, которые взаимодействуют с протеинфосфатазой 2А (PP2A), с меткой SBP и меткой гемагглютинина (HA). [ 11 ]

Визуализация

[ редактировать ]

SBP-Tag также будет связываться со стрептавидином или реагентами стрептавидина в растворе. Применение этих сконструированных ассоциаций включает визуализацию специфических белков в живых клетках, [ 15 ] мониторинг кинетики трансляции отдельных белков в системе трансляции in vitro, [ 16 ] контроль интеграции многопрофильного мембранного белка в эндоплазматический ретикулум путем слияния SBP-метки с N-концевой транслокационной последовательностью, а затем остановки интеграции со стрептавидином и возобновления интеграции с биотином. [ 17 ] [ 18 ] Флуоресцентные стрептавидиновые реагенты (например, стрептавидин-HRP) можно использовать для визуализации SBP-метки с помощью иммуноблоттинга SDS-PAGE. [ 1 ] [ 19 ] [ 20 ] Кроме того, антитела к SBP-метке коммерчески доступны. [ нужна ссылка ]

Поверхностный плазмонный резонанс

[ редактировать ]

SBP-Tag использовался для обратимой иммобилизации рекомбинантных белков на функционализированных стрептавидином поверхностях, что позволяло проводить оценку взаимодействия, например, с помощью методов поверхностного плазмонного резонанса (SPR) с повторным использованием функционализированной поверхности. [ 21 ] SPR также использовался для сравнения SBP-Tag с другими стрептавидин-связывающими пептидами, такими как Strep-tag . [ 22 ]

См. также

[ редактировать ]
  1. ^ Jump up to: а б с д и Киф, Энтони Д.; Уилсон, Дэвид С.; Силиг, Буркхард; Шостак, Джек В. (2001). «Одностадийная очистка рекомбинантных белков с использованием наномолярного стрептавидинсвязывающего пептида, SBP-метки». Экспрессия и очистка белков . 23 (3): 440–6. дои : 10.1006/преп.2001.1515 . ПМИД   11722181 .
  2. ^ Jump up to: а б с Уилсон, Дэвид С.; Киф, Энтони Д.; Шостак, Джек В. (2001). «Использование дисплея мРНК для выбора пептидов, связывающихся с белками с высоким сродством» . Труды Национальной академии наук . 98 (7): 3750–5. Бибкод : 2001PNAS...98.3750W . дои : 10.1073/pnas.061028198 . ПМК   31124 . ПМИД   11274392 .
  3. ^ Итикава, Мунэёси; Ватанабэ, Юта; Мураяма, Такаши; Тоёсима, Йоко Яно (2011). «Рекомбинантная тяжелая цепь 1 и 2 цитоплазматического динеина человека: наблюдение двигательной активности динеина-2 in vitro». Письма ФЭБС . 585 (15): 2419–23. дои : 10.1016/j.febslet.2011.06.026 . ПМИД   21723285 . S2CID   27909093 .
  4. ^ Ли, Фэн; Эррера, Джереми; Чжоу, Шарлин; Маслов Дмитрий А.; Симпсон, Ларри (2011). «Трипаносома REH1 представляет собой РНК-хеликазу, участвующую в 3'-5'-полярности множественного редактирования РНК с вставкой/удалением уридина под контролем гРНК» . Труды Национальной академии наук . 108 (9): 3542–7. Бибкод : 2011PNAS..108.3542L . дои : 10.1073/pnas.1014152108 . ПМК   3048136 . ПМИД   21321231 .
  5. ^ Ли, Ифэн; Франклин, Сара; Чжан, Майкл Дж.; Вондриска, Томас М. (2011). «Высокоэффективная очистка белковых комплексов из клеток млекопитающих с использованием нового стрептавидин-связывающего пептида и тандемной системы меток гексагистидина: применение к тирозинкиназе Брутона» . Белковая наука . 20 (1): 140–9. дои : 10.1002/pro.546 . ПМК   3047070 . ПМИД   21080425 .
  6. ^ Кобаяши, Такуя; Мороне, Нобухиро; Касияма, Таку; Оямада, Хидето; Куребаяси, Нагоми; Мураяма, Такаши (2008). Имхоф, Аксель (ред.). «Разработка новой многофункциональной зеленой флуоресцентной белковой метки для широкого спектра исследований белков» . ПЛОС ОДИН 3 (12): e3 Бибкод : 2008PLoSO...3.3822K . дои : 10.1371/journal.pone.0003822 . ПМЦ   2585475 . ПМИД   19048102 .
  7. ^ Чжао, Цзянь; Ю, Хунсю; Лин, Линг; Вт, июнь; Кай, Лили; Чен, Янмей; Чжун, Фань; Линь, Чэнчжао; и др. (2011). «Исследование Interactome предполагает множественные клеточные функции фактора роста гепатомы (HDGF)». Журнал протеомики . 75 (2): 588–602. дои : 10.1016/j.jprot.2011.08.021 . ПМИД   21907836 .
  8. ^ Альстрем, Роберт; Ю, Алан С.Л. (2009). «Характеристика киназной активности белкового комплекса WNK4» . AJP: Физиология почек . 297 (3): F685–92. дои : 10.1152/ajprenal.00358.2009 . ПМЦ   2739714 . ПМИД   19587141 .
  9. ^ Кириакакис, Филипп П.; Чаевые, Марла; Абед, Лука; Веракса, Алексей (2008). «Тандемная аффинная очистка у дрозофилы: преимущества системы GS-TAP» . Летать . 2 (4): 229–35. дои : 10.4161/fly.6669 . ПМИД   18719405 .
  10. ^ Jump up to: а б с Бюркштюммер, Тильманн; Беннетт, Кейрин Л; Прерадович, Адриана; Шютце, Грегор; Ханчель, Оливер; Суперти-Фурга, Джулио; Живот, Анджела (2006). «Эффективная процедура тандемной аффинной очистки для протеомики взаимодействия в клетках млекопитающих». Природные методы . 3 (12): 1013–9. дои : 10.1038/nmeth968 . ПМИД   17060908 . S2CID   7069058 .
  11. ^ Jump up to: а б Глаттер, Тимо; Вепф, Александр; Эберсольд, Руди; Гстайгер, Матиас (2009). «Интегрированный рабочий процесс для составления диаграммы протеома человеческого взаимодействия: понимание системы PP2A» . Молекулярная системная биология . 5 (1): 237. doi : 10.1038/msb.2008.75 . ПМК   2644174 . ПМИД   19156129 .
  12. ^ Ли, Ифэн (2011). «Технология тандемной аффинной очистки: обзор». Биотехнологические письма . 33 (8): 1487–99. дои : 10.1007/s10529-011-0592-x . ПМИД   21424840 . S2CID   157683 .
  13. ^ Ван Лине, Джелле; Экхаут, Доминик; Персиау, Герт; Ван Де Слайке, Эвелин; Геринк, Ян; Ван Истердал, Герт; Уиттерс, Эрвин; Де Джагер, Герт (2011). «Выделение комплексов транскрипционных факторов из суспензионных культур клеток арабидопсиса путем тандемной аффинной очистки». Ин Юань, Лин; Перри, Шэрин Э. (ред.). Факторы транскрипции растений . Методы молекулярной биологии. Полный. 754. стр. 195–218. дои : 10.1007/978-1-61779-154-3_11 . ISBN  978-1-61779-153-6 . ПМИД   21720954 .
  14. ^ Анвар, Азлинда; Леонг, КМ; Нг, Мэри Л.; Чу, Джастин Дж. Х.; Гарсиа-Бланко, Мариано А. (2009). «Белок, связывающий полипиримидиновый тракт, необходим для эффективного размножения вируса денге и взаимодействует с механизмом репликации вируса» . Журнал биологической химии . 284 (25): 17021–9. дои : 10.1074/jbc.M109.006239 . ПМК   2719340 . ПМИД   19380576 .
  15. ^ Макканн, Кори М.; Барейр, Флоренс М.; Лихтман, Джефф В.; Санес, Джошуа Р. (2005). «Пептидные метки для маркировки мембранных белков в живых клетках с помощью нескольких флуорофоров» . БиоТехники . 38 (6): 945–52. дои : 10.2144/05386IT02 . ПМИД   16018556 .
  16. ^ Такахаси, Сюнтаро; Иида, Масааки; Фурусава, Хироюки; Симидзу, Ёсихиро; Уэда, Такуя; Окахата, Ёсио (2009). «Мониторинг бесклеточной трансляции в режиме реального времени на кварцевых микровесах». Журнал Американского химического общества . 131 (26): 9326–32. дои : 10.1021/ja9019947 . ПМИД   19518055 .
  17. ^ Кида, Юичиро; Моримото, Фумико; Сакагути, Масао (2007). «Два транслоцирующих гидрофильных сегмента зарождающейся цепи охватывают мембрану ЭР во время многопролетного белкового топогенеза» . Журнал клеточной биологии . 179 (7): 1441–52. дои : 10.1083/jcb.200707050 . ПМК   2373506 . ПМИД   18166653 .
  18. ^ Кида, Ю.; Моримото, Ф.; Сакагути, М. (2008). «Сигнальная якорная последовательность обеспечивает движущую силу для транслокации полипептидной цепи через мембрану эндоплазматической сети» . Журнал биологической химии . 284 (5): 2861–6. дои : 10.1074/jbc.M808020200 . ПМИД   19010775 .
  19. ^ Эдельманн, Мариола Дж.; Ифофер, Александр; Акуцу, Масато; Алтун, Майкл; Глерия, Екатерина; Крамер, Хольгер Б.; Фибигер, ранее; Дхе-Паганон, Сиран; Кесслер, Бенедикт М. (2009). «Структурная основа и специфика деубиквитинирования, опосредованного отубаином 1 человека» (PDF) . Биохимический журнал . 418 (2): 379–90. дои : 10.1042/BJ20081318 . ПМИД   18954305 .
  20. ^ Хоер, Саймон; Смит, Лоррейн; Ленер, Пол Дж. (2007). «MARCH-IX опосредует убиквитинирование и подавление ICAM-1». Письма ФЭБС . 581 (1): 45–51. дои : 10.1016/j.febslet.2006.11.075 . ПМИД   17174307 . S2CID   22461058 .
  21. ^ Ли, Ён Джин; Би, Ли-Цзюнь; Чжан, Сянь-Эн; Чжоу, Я-Фэн; Чжан, Цзи-Бин; Чен, Юань-Юань; Ли, Вэй; Чжан, Чжи-Пин (2006). «Обратимая иммобилизация белков с помощью стрептавидиновых аффинных меток на биосенсорном чипе поверхностного плазмонного резонанса». Аналитическая и биоаналитическая химия . 386 (5): 1321–6. дои : 10.1007/s00216-006-0794-6 . ПМИД   17006676 . S2CID   6074268 .
  22. ^ Хуан, Сюй; Чжан, Сянь-Эн; Чжоу, Я-Фэн; Чжан, Чжи-Пин; Касс, Энтони Э.Г. (2007). «Создание высокочувствительной репортерной системы щелочной фосфатазы Escherichia coli для скрининга аффинных пептидов». Журнал биохимических и биофизических методов . 70 (3): 435–9. дои : 10.1016/j.jbbm.2006.10.006 . ПМИД   17156847 .

Дальнейшее чтение

[ редактировать ]
Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: 38628136050f13744c45f00a1c2453ca__1705409820
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/38/ca/38628136050f13744c45f00a1c2453ca.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
SBP-tag - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)