УПФ2

УПФ2
Доступные структуры
ПДБ	Поиск ортологов: PDBe RCSB
showСписок идентификационных кодов PDB
	1UW4, 2WJV, 4CEK, 4CEM
Идентификаторы
Псевдонимы	UPF2 , HRENT2, smg-3, регулятор UPF2 гомолога нонсенс-транскриптов (дрожжи), регулятор нонсенс-опосредованного распада мРНК, регулятор UPF2 нонсенс-опосредованного распада мРНК
Внешние идентификаторы	Опустить : 605529 ; МГИ : 2449307 ; Гомологен : 6101 ; Генные карты : UPF2 ; ОМА : UPF2 — ортологи
showМестоположение гена ( человек )
Chr.	Chromosome 10 (human)
End	12,043,170 bp
showМестоположение гена ( Мышь )
Chr.	Chromosome 2 (mouse)
End	6,061,514 bp
show экспрессии РНК Характер
	Top expressed in
	sural nerve; ; Achilles tendon; ; tendon of biceps brachii; ; internal globus pallidus; ; sperm; ; testicle; ; biceps brachii; ; ventricular zone; ; Skeletal muscle tissue of biceps brachii; ; Skeletal muscle tissue of rectus abdominis;
	Top expressed in
	saccule; ; utricle; ; urothelium; ; motor neuron; ; ciliary body; ; primary oocyte; ; ectoderm; ; vestibular sensory epithelium; ; otic vesicle; ; transitional epithelium of urinary bladder;
	More reference expression data
	More reference expression data
showГенная онтология
Molecular function	protein binding; telomeric DNA binding; RNA binding;
Cellular component	cytoplasm; perinuclear region of cytoplasm; exon-exon junction complex; nucleus; cytosol; polysome; cytoplasmic ribonucleoprotein granule;
Biological process	liver development; nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay; mRNA export from nucleus; animal organ regeneration;
	Sources:Amigo / QuickGO
hideОртологи
	26019
	326622
	ENSG00000151461
	ENSMUSG00000043241
	Q9HAU5
	А2АТ37
	НМ_015542 ; НМ_080599
	НМ_001081132
	НП_056357 ; НП_542166
	НП_001074601
	Викиданные
Просмотр/редактирование человека	Просмотр/редактирование мыши

Регулятор нонсенс-транскриптов 2 — белок , который у человека кодируется UPF2 геном . ^{[ 5 ]}^{[ 6 ]}^{[ 7 ]}

Функция

Этот ген кодирует белок, который является частью мультибелкового комплекса после сплайсинга, комплекса соединения экзонов , участвующего как в ядерном экспорте мРНК, так и в надзоре за мРНК. Наблюдение за мРНК обнаруживает экспортированные мРНК с усеченными открытыми рамками считывания и инициирует нонсенс-опосредованный распад мРНК (NMD). Когда трансляция заканчивается выше последнего соединения экзон-экзон, это заставляет NMD разрушать мРНК, содержащие преждевременные стоп-кодоны. Этот белок расположен в перинуклеарной области. Он взаимодействует с факторами релиза трансляции и белками, которые являются функциональными гомологами дрожжевых Upf1p и Upf3p. Для этого гена были обнаружены два варианта сплайсинга; оба варианта кодируют один и тот же белок. ^{[ 7 ]} Недавно было показано, что UPF2 изменяет поведение взрослых посредством изменений плотности синаптических шипов гиппокампа и поздней долгосрочной потенциации нейронов. ^{[ 8 ]}

Взаимодействия

Было показано, что UPF2 взаимодействует с UPF1 , ^{[ 5 ]}^{[ 9 ]}^{[ 10 ]}^{[ 11 ]}^{[ 12 ]} УПФ3А ^{[ 9 ]}^{[ 12 ]} и УПФ3Б . ^{[ 9 ]}^{[ 12 ]}^{[ 13 ]}^{[ 14 ]}

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000151461 – Ensembl , май 2017 г.
^ Jump up to: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000043241 – Ensembl , май 2017 г.
^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ Jump up to: ^а ^б Менделл Дж.Т., Медгалчи С.М., Лейк Р.Г., Ноэнси Э.Н., Дитц Х.К. (декабрь 2000 г.). «Новые ортологи Upf2p предполагают функциональную связь между инициацией трансляции и комплексами наблюдения за нонсенсом» . Молекулярная и клеточная биология . 20 (23): 8944–57. дои : 10.1128/MCB.20.23.8944-8957.2000 . ПМЦ 86549 . ПМИД 11073994 .
^ Серин Дж., Герсапп А., Блэк ДжейДи, Аронофф Р., Макват Л.Е. (январь 2001 г.). «Идентификация и характеристика человеческих ортологов белка Saccharomyces cerevisiae Upf2 и белка Upf3 (Caenorhabditis elegans SMG-4)» . Молекулярная и клеточная биология . 21 (1): 209–23. дои : 10.1128/MCB.21.1.209-223.2001 . ПМЦ 88795 . ПМИД 11113196 .
^ Jump up to: ^а ^б «Ген Энтрез: UPF2 Регулятор UPF2 гомолога нонсенс-транскриптов (дрожжи)» .
^ Нотарас М, Аллен М, Лонго Ф, Волк Н, Тот М, Ли Чжон Н, Кланн Э, Чолак Д (21 октября 2019 г.). «UPF2 приводит к деградации дендритно-направленных мРНК, регулирующих синаптическую пластичность и когнитивную функцию» . Молекулярная психиатрия . 25 (12): 3360–3379. дои : 10.1038/s41380-019-0547-5 . ISSN 1476-5578 . ПМЦ 7566522 . ПМИД 31636381 . S2CID 204812259 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с Лежен Ф., Ли Х, Макват Л.Е. (сентябрь 2003 г.). «Нонсенс-опосредованный распад мРНК в клетках млекопитающих включает декапирование, деаденилирование и экзонуклеолитическую активность» . Молекулярная клетка . 12 (3): 675–87. дои : 10.1016/S1097-2765(03)00349-6 . ПМИД 14527413 .
^ Шелл Т., Кехер Т., Вильм М., Серафин Б., Кулозик А.Е., Хентце М.В. (август 2003 г.). «Комплексы между нонсенс-опосредованным фактором распада мРНК человека upf1 (белок 1 сдвига рамки вверх) и важными нонсенс-опосредованными факторами распада мРНК в клетках HeLa» . Биохимический журнал . 373 (Часть 3): 775–83. дои : 10.1042/BJ20021920 . ПМЦ 1223536 . ПМИД 12723973 .
^ Ямашита А., Ониши Т., Касима И., Тая Ю., Оно С. (сентябрь 2001 г.). «Человеческий SMG-1, новая протеинкиназа, связанная с фосфатидилинозитол-3-киназой, связывается с компонентами комплекса наблюдения за мРНК и участвует в регуляции нонсенс-опосредованного распада мРНК» . Гены и развитие . 15 (17): 2215–28. дои : 10.1101/gad.913001 . ПМК 312771 . ПМИД 11544179 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с Ликке-Андерсен Дж., Шу, доктор медицинских наук, Стейц Дж. А. (декабрь 2000 г.). «Человеческие белки Upf нацелены на мРНК для нонсенс-опосредованного распада, когда они связываются ниже терминирующего кодона» . Клетка . 103 (7): 1121–31. дои : 10.1016/S0092-8674(00)00214-2 . ПМИД 11163187 . S2CID 18417600 .
^ Ленер Б., Сандерсон К.М. (июль 2004 г.). «Схема взаимодействия белков для деградации мРНК человека» . Геномные исследования . 14 (7): 1315–23. дои : 10.1101/гр.2122004 . ПМК 442147 . ПМИД 15231747 .
^ Люкке-Андерсен Дж. (декабрь 2002 г.). «Идентификация человеческого декапирующего комплекса, связанного с белками hUpf при нонсенс-опосредованном распаде» . Молекулярная и клеточная биология . 22 (23): 8114–21. дои : 10.1128/MCB.22.23.8114-8121.2002 . ПМК 134073 . ПМИД 12417715 .

Дальнейшее чтение

Уилсон К.Ф., Фортес П., Сингх США, Оно М., Маттадж И.В., Черионе Р.А. (февраль 1999 г.). «Комплекс, связывающий ядерный кэп, является новой мишенью передачи сигнала, связанной с рецептором фактора роста» . Журнал биологической химии . 274 (7): 4166–73. дои : 10.1074/jbc.274.7.4166 . ПМИД 9933612 .
Нагасе Т., Кикуно Р., Исикава К.И., Хиросава М., Охара О. (февраль 2000 г.). «Прогнозирование кодирующих последовательностей неопознанных генов человека. XVI. Полные последовательности 150 новых клонов кДНК головного мозга, которые кодируют большие белки in vitro» . Исследование ДНК . 7 (1): 65–73. дои : 10.1093/dnares/7.1.65 . ПМИД 10718198 .
Ликке-Андерсен Дж., Шу, доктор медицинских наук, Стейц Дж. А. (декабрь 2000 г.). «Человеческие белки Upf нацелены на мРНК для нонсенс-опосредованного распада, когда они связываются ниже терминирующего кодона» . Клетка . 103 (7): 1121–31. дои : 10.1016/S0092-8674(00)00214-2 . ПМИД 11163187 . S2CID 18417600 .
Ямашита А., Ониши Т., Касима И., Тая Ю., Оно С. (сентябрь 2001 г.). «Человеческий SMG-1, новая протеинкиназа, связанная с фосфатидилинозитол-3-киназой, связывается с компонентами комплекса наблюдения за мРНК и участвует в регуляции нонсенс-опосредованного распада мРНК» . Гены и развитие . 15 (17): 2215–28. дои : 10.1101/gad.913001 . ПМК 312771 . ПМИД 11544179 .
Ликке-Андерсен Дж., Шу, доктор медицинских наук, Стейтц Дж. А. (сентябрь 2001 г.). «Передача положения экзон-экзонных соединений с механизмом наблюдения за мРНК с помощью белка RNPS1». Наука . 293 (5536): 1836–9. Бибкод : 2001Sci...293.1836L . дои : 10.1126/science.1062786 . ПМИД 11546874 . S2CID 389385 .
Лежен Ф., Исигаки Ю., Ли Х., Макват Л.Е. (июль 2002 г.). «Комплекс соединения экзонов обнаруживается на мРНК, связанной с CBP80, но не связанной с eIF4E, в клетках млекопитающих: динамика ремоделирования мРНП» . Журнал ЭМБО . 21 (13): 3536–45. дои : 10.1093/emboj/cdf345 . ПМК 126094 . ПМИД 12093754 .
Люкке-Андерсен Дж. (декабрь 2002 г.). «Идентификация человеческого декапирующего комплекса, связанного с белками hUpf при нонсенс-опосредованном распаде» . Молекулярная и клеточная биология . 22 (23): 8114–21. дои : 10.1128/MCB.22.23.8114-8121.2002 . ПМК 134073 . ПМИД 12417715 .
Чиу С.Ю., Серин Дж., Охара О., Макват Л.Е. (январь 2003 г.). «Характеристика человеческого Smg5/7a: белок, сходный с Caenorhabditis elegans SMG5 и SMG7, который участвует в дефосфорилировании Upf1» . РНК . 9 (1): 77–87. дои : 10.1261/rna.2137903 . ПМК 1370372 . ПМИД 12554878 .
Геринг Н.Х., Ной-Йилик Г., Шелл Т., Хентце М.В., Кулозик А.Е. (апрель 2003 г.). «Y14 и hUpf3b образуют комплекс, активирующий NMD» . Молекулярная клетка . 11 (4): 939–49. дои : 10.1016/S1097-2765(03)00142-4 . ПМИД 12718880 .
Шелл Т., Кехер Т., Вильм М., Серафин Б., Кулозик А.Е., Хентце М.В. (август 2003 г.). «Комплексы между нонсенс-опосредованным фактором распада мРНК человека upf1 (белок 1 сдвига рамки вверх) и важными нонсенс-опосредованными факторами распада мРНК в клетках HeLa» . Биохимический журнал . 373 (Часть 3): 775–83. дои : 10.1042/BJ20021920 . ПМЦ 1223536 . ПМИД 12723973 .
Лежен Ф., Ли Х, Макват Л.Е. (сентябрь 2003 г.). «Нонсенс-опосредованный распад мРНК в клетках млекопитающих включает декапирование, деаденилирование и экзонуклеолитическую активность» . Молекулярная клетка . 12 (3): 675–87. дои : 10.1016/S1097-2765(03)00349-6 . ПМИД 14527413 .
Ониши Т., Ямасита А., Касима И., Шелл Т., Андерс КР, Гримсон А., Хачия Т., Хентце М.В., Андерсон П., Оно С. (ноябрь 2003 г.). «Фосфорилирование hUPF1 индуцирует образование комплексов наблюдения мРНК, содержащих hSMG-5 и hSMG-7» . Молекулярная клетка . 12 (5): 1187–200. дои : 10.1016/S1097-2765(03)00443-X . ПМИД 14636577 .
Кадлек Дж., Изаурральде Э., Кьюсак С. (апрель 2004 г.). «Структурная основа взаимодействия между нонсенс-опосредованными факторами распада мРНК UPF2 и UPF3». Структурная и молекулярная биология природы . 11 (4): 330–7. дои : 10.1038/nsmb741 . ПМИД 15004547 . S2CID 23042477 .
Ленер Б., Сандерсон К.М. (июль 2004 г.). «Схема взаимодействия белков для деградации мРНК человека» . Геномные исследования . 14 (7): 1315–23. дои : 10.1101/гр.2122004 . ПМК 442147 . ПМИД 15231747 .
Лежен Ф, Ранганатан АС, Макват ЛЕ (октябрь 2004 г.). «eIF4G необходим для первого раунда трансляции в клетках млекопитающих». Структурная и молекулярная биология природы . 11 (10): 992–1000. дои : 10.1038/nsmb824 . ПМИД 15361857 . S2CID 3093989 .

[refGRCh38Ensembl-1] Jump up to: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000151461 – Ensembl , май 2017 г.

[refGRCm38Ensembl-2] Jump up to: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000043241 – Ensembl , май 2017 г.

[3] «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[4] «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[pmid11073994-5] Jump up to: ^а ^б Менделл Дж.Т., Медгалчи С.М., Лейк Р.Г., Ноэнси Э.Н., Дитц Х.К. (декабрь 2000 г.). «Новые ортологи Upf2p предполагают функциональную связь между инициацией трансляции и комплексами наблюдения за нонсенсом» . Молекулярная и клеточная биология . 20 (23): 8944–57. дои : 10.1128/MCB.20.23.8944-8957.2000 . ПМЦ 86549 . ПМИД 11073994 .

[pmid11113196-6] Серин Дж., Герсапп А., Блэк ДжейДи, Аронофф Р., Макват Л.Е. (январь 2001 г.). «Идентификация и характеристика человеческих ортологов белка Saccharomyces cerevisiae Upf2 и белка Upf3 (Caenorhabditis elegans SMG-4)» . Молекулярная и клеточная биология . 21 (1): 209–23. дои : 10.1128/MCB.21.1.209-223.2001 . ПМЦ 88795 . ПМИД 11113196 .

[entrez-7] Jump up to: ^а ^б «Ген Энтрез: UPF2 Регулятор UPF2 гомолога нонсенс-транскриптов (дрожжи)» .

[8] Нотарас М, Аллен М, Лонго Ф, Волк Н, Тот М, Ли Чжон Н, Кланн Э, Чолак Д (21 октября 2019 г.). «UPF2 приводит к деградации дендритно-направленных мРНК, регулирующих синаптическую пластичность и когнитивную функцию» . Молекулярная психиатрия . 25 (12): 3360–3379. дои : 10.1038/s41380-019-0547-5 . ISSN 1476-5578 . ПМЦ 7566522 . ПМИД 31636381 . S2CID 204812259 .

[pmid14527413-9] Jump up to: ^а ^б ^с Лежен Ф., Ли Х, Макват Л.Е. (сентябрь 2003 г.). «Нонсенс-опосредованный распад мРНК в клетках млекопитающих включает декапирование, деаденилирование и экзонуклеолитическую активность» . Молекулярная клетка . 12 (3): 675–87. дои : 10.1016/S1097-2765(03)00349-6 . ПМИД 14527413 .

[pmid12723973-10] Шелл Т., Кехер Т., Вильм М., Серафин Б., Кулозик А.Е., Хентце М.В. (август 2003 г.). «Комплексы между нонсенс-опосредованным фактором распада мРНК человека upf1 (белок 1 сдвига рамки вверх) и важными нонсенс-опосредованными факторами распада мРНК в клетках HeLa» . Биохимический журнал . 373 (Часть 3): 775–83. дои : 10.1042/BJ20021920 . ПМЦ 1223536 . ПМИД 12723973 .

[pmid11544179-11] Ямашита А., Ониши Т., Касима И., Тая Ю., Оно С. (сентябрь 2001 г.). «Человеческий SMG-1, новая протеинкиназа, связанная с фосфатидилинозитол-3-киназой, связывается с компонентами комплекса наблюдения за мРНК и участвует в регуляции нонсенс-опосредованного распада мРНК» . Гены и развитие . 15 (17): 2215–28. дои : 10.1101/gad.913001 . ПМК 312771 . ПМИД 11544179 .

[pmid11163187-12] Jump up to: ^а ^б ^с Ликке-Андерсен Дж., Шу, доктор медицинских наук, Стейц Дж. А. (декабрь 2000 г.). «Человеческие белки Upf нацелены на мРНК для нонсенс-опосредованного распада, когда они связываются ниже терминирующего кодона» . Клетка . 103 (7): 1121–31. дои : 10.1016/S0092-8674(00)00214-2 . ПМИД 11163187 . S2CID 18417600 .

[pmid15231747-13] Ленер Б., Сандерсон К.М. (июль 2004 г.). «Схема взаимодействия белков для деградации мРНК человека» . Геномные исследования . 14 (7): 1315–23. дои : 10.1101/гр.2122004 . ПМК 442147 . ПМИД 15231747 .

[pmid12417715-14] Люкке-Андерсен Дж. (декабрь 2002 г.). «Идентификация человеческого декапирующего комплекса, связанного с белками hUpf при нонсенс-опосредованном распаде» . Молекулярная и клеточная биология . 22 (23): 8114–21. дои : 10.1128/MCB.22.23.8114-8121.2002 . ПМК 134073 . ПМИД 12417715 .

[1]

[2]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]