УПФ1

УПФ1
Доступные структуры ПДБ Поиск ортологов: PDBe RCSB showСписок идентификационных кодов PDB 2GJK, 2GK6, 2GK7, 2IYK, 2WJV, 2WJY, 2XZO, 2XZP
Идентификаторы
Псевдонимы	UPF1 , HNORF1, RENT1, pNORF1, smg-2, РНК-хеликаза и АТФаза, UPF1 РНК-хеликаза и АТФаза, UTF
Внешние идентификаторы	Опустить : 601430 ; МГИ : 107995 ; Гомологен : 2185 ; GeneCards : UPF1 ; ОМА : UPF1 — ортологи
showМестоположение гена ( человек ) Chr. Chromosome 19 (human) Band 19p13.11 Start 18,831,959 bp End 18,868,230 bp
showМестоположение гена ( Мышь ) Chr. Chromosome 8 (mouse) Band 8 B3.3|8 34.15 cM Start 70,784,175 bp End 70,805,928 bp
show экспрессии РНК Характер Bgee Human Mouse (ortholog) Top expressed in right hemisphere of cerebellum mucosa of transverse colon olfactory zone of nasal mucosa granulocyte skin of leg anterior pituitary right uterine tube right testis right lobe of thyroid gland stromal cell of endometrium Top expressed in spermatocyte aortic valve granulocyte lip ascending aorta secondary oocyte ventricular zone yolk sac muscle of thigh neural layer of retina More reference expression data BioGPS More reference expression data
showГенная онтология Molecular function nucleotide binding DNA binding telomeric DNA binding zinc ion binding chromatin binding metal ion binding protein binding hydrolase activity ATP binding helicase activity RNA binding Cellular component cytosol P-body exon-exon junction complex supraspliceosomal complex nucleoplasm chromatin cytoplasm nucleus Biological process regulation of translational termination telomere maintenance via semi-conservative replication positive regulation of mRNA catabolic process mRNA export from nucleus DNA replication nuclear-transcribed mRNA catabolic process cellular response to interleukin-1 nuclear-transcribed mRNA catabolic process, endonucleolytic cleavage-dependent decay histone mRNA catabolic process dosage compensation by inactivation of X chromosome cellular response to lipopolysaccharide 3'-UTR-mediated mRNA destabilization DNA repair nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay regulation of telomere maintenance cell cycle phase transition viral process Sources:Amigo / QuickGO
hideОртологи Разновидность Человек Мышь Входить 5976 19704 Вместе ENSG00000005007 ENSMUSG00000058301 ЮниПрот Q92900 Q9EPU0 RefSeq (мРНК) НМ_002911 НМ_001297549 НМ_001122829 НМ_030680 RefSeq (белок) НП_001284478 НП_002902 НП_001284478.1 НП_001116301 НП_109605 Местоположение (UCSC) Чр 19: 18,83 – 18,87 Мб Chr 8: 70,78 – 70,81 Мб в PubMed Поиск
Викиданные
Просмотр/редактирование человека Просмотр/редактирование мыши

Регулятор нонсенс-транскриптов 1 — белок , который у человека кодируется UPF1 геном .

Функция

Этот ген кодирует белок, который является частью мультибелкового комплекса после сплайсинга, комплекса соединения экзонов , участвующего как в мРНК ядерном экспорте , так и в надзоре за мРНК . Наблюдение за мРНК обнаруживает экспортированные мРНК с усеченными открытыми рамками считывания и инициирует нонсенс-опосредованный распад мРНК (NMD). Когда трансляция заканчивается выше последнего соединения экзон-экзон, это заставляет NMD разрушать мРНК, содержащие преждевременные стоп-кодоны. Этот белок расположен как в цитоплазме , так и в ядре . Когда трансляция заканчивается, он взаимодействует с функциональным гомологом дрожжей Upf2p, вызывая декапирование мРНК . использование множественных сайтов полиаденилирования . Для этого гена было отмечено

Взаимодействия

UPF1 взаимодействует с:

• ДКП1А ,
• ДКП2 ,
• СМГ1 ,
• УПФ2 ,
• УПФ3А , и
• УПФ3Б .

Дальнейшее чтение

• Аззалин СМ, Лингнер Дж (2006). «Двойная жизнь UPF1 в путях стабильности РНК и ДНК» . Клеточный цикл . 5 (14): 1496–8. дои : 10.4161/cc.5.14.3093 . ПМИД   16861888 .
• Хорикоши М., Секимидзу К., Натори С. (1984). «Анализ стимулирующего фактора РНК-полимеразы II в комплексе инициации и элонгации» . Ж. Биол. Хим . 259 (1): 608–11. дои : 10.1016/S0021-9258(17)43705-7 . ПМИД   6200476 .
• Нагасе Т., Секи Н., Исикава К. и др. (1997). «Прогнозирование кодирующих последовательностей неопознанных генов человека. VI. Кодирующие последовательности 80 новых генов (KIAA0201-KIAA0280), выведенные путем анализа клонов кДНК из клеточной линии KG-1 и головного мозга» . ДНК Рез . 3 (5): 321–9, 341–54. дои : 10.1093/dnares/3.5.321 . ПМИД   9039502 .
• Чаплински К., Руис-Эчеваррия М.Дж., Паушкин С.В. и др. (1998). «Комплекс наблюдения взаимодействует с факторами высвобождения трансляции, усиливая терминацию и деградируя аберрантные мРНК» . Генс Дев . 12 (11): 1665–77. дои : 10.1101/gad.12.11.1665 . ПМК   316864 . ПМИД   9620853 .
• Пейдж М.Ф., Карр Б., Андерс К.Р. и др. (1999). «SMG-2 представляет собой фосфорилированный белок, необходимый для наблюдения за мРНК Caenorhabditis elegans и связанный с Upf1p дрожжей» . Мол. Клетка. Биол . 19 (9): 5943–51. дои : 10.1128/MCB.19.9.5943 . ПМЦ   84455 . ПМИД   10454541 .
• Бхаттачарья А., Чаплински К., Трифиллис П. и др. (2000). «Характеристика биохимических свойств продукта гена Upf1 человека, который участвует в нонсенс-опосредованном распаде мРНК» . РНК . 6 (9): 1226–35. дои : 10.1017/S1355838200000546 . ПМК   1369996 . ПМИД   10999600 .
• Менделл Дж.Т., Медгалчи С.М., Лейк Р.Г. и др. (2000). «Новые ортологи Upf2p предполагают функциональную связь между инициацией трансляции и бессмысленными комплексами наблюдения» . Мол. Клетка. Биол . 20 (23): 8944–57. дои : 10.1128/MCB.20.23.8944-8957.2000 . ПМЦ   86549 . ПМИД   11073994 .
• Серин Дж., Герсапп А., Блэк Дж.Д. и др. (2001). «Идентификация и характеристика человеческих ортологов белка Saccharomyces cerevisiae Upf2 и белка Upf3 (Caenorhabditis elegans SMG-4)» . Мол. Клетка. Биол . 21 (1): 209–23. дои : 10.1128/MCB.21.1.209-223.2001 . ПМЦ   88795 . ПМИД   11113196 .
• Ликке-Андерсен Дж., Шу, доктор медицинских наук, Стейц Дж. А. (2001). «Человеческие белки Upf нацелены на мРНК для нонсенс-опосредованного распада, когда они связываются ниже терминирующего кодона» . Клетка . 103 (7): 1121–31. дои : 10.1016/S0092-8674(00)00214-2 . ПМИД   11163187 . S2CID   18417600 .
• Деннинг Дж., Джеймисон Л., Макват Л.Е. и др. (2001). «Клонирование новой киназы, связанной с фосфатидилинозитолкиназой: характеристика надзорного белка РНК SMG-1 человека» . Ж. Биол. Хим . 276 (25): 22709–14. дои : 10.1074/jbc.C100144200 . ПМИД   11331269 .
• Ямасита А., Ониши Т., Касима И. и др. (2001). «Человеческий SMG-1, новая протеинкиназа, связанная с фосфатидилинозитол-3-киназой, связывается с компонентами комплекса наблюдения за мРНК и участвует в регуляции нонсенс-опосредованного распада мРНК» . Генс Дев . 15 (17): 2215–28. дои : 10.1101/gad.913001 . ПМК   312771 . ПМИД   11544179 .
• Ликке-Андерсен Дж., Шу, доктор медицинских наук, Стейц Дж. А. (2001). «Передача положения экзон-экзонных соединений с механизмом наблюдения за мРНК с помощью белка RNPS1». Наука . 293 (5536): 1836–9. Бибкод : 2001Sci...293.1836L . дои : 10.1126/science.1062786 . ПМИД   11546874 . S2CID   389385 .
• Карастро Л.М., Тан С.К., Селг М. и др. (2002). «Идентификация дельта-хеликазы как бычьего гомолога HUPF1: демонстрация взаимодействия с третьей субъединицей ДНК-полимеразы дельта» . Нуклеиновые кислоты Рез . 30 (10): 2232–43. дои : 10.1093/нар/30.10.2232 . ПМЦ   115286 . ПМИД   12000843 .
• Менделл Дж.Т., ап Рис К.М., Дитц Х.К. (2002). «Раздельные роли rent1/hUpf1 в измененном сплайсинге и распаде бессмысленных транскриптов» . Наука . 298 (5592): 419–22. дои : 10.1126/science.1074428 . ПМИД   12228722 . S2CID   46447414 .
• Люкке-Андерсен Дж (2003). «Идентификация человеческого декапирующего комплекса, связанного с белками hUpf при бессмысленном распаде» . Мол. Клетка. Биол . 22 (23): 8114–21. дои : 10.1128/MCB.22.23.8114-8121.2002 . ПМК   134073 . ПМИД   12417715 .
• Штраусберг Р.Л., Фейнгольд Е.А., Граус Л.Х. и др. (2003). «Получение и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши» . Учеб. Натл. акад. наук. США . 99 (26): 16899–903. Бибкод : 2002PNAS...9916899M . дои : 10.1073/pnas.242603899 . ПМК   139241 . ПМИД   12477932 .
• Чиу С.Ю., Серин Г., Охара О., Макват Л.Е. (2003). «Характеристика человеческого Smg5/7a: белок, сходный с Caenorhabditis elegans SMG5 и SMG7, который участвует в дефосфорилировании Upf1» . РНК . 9 (1): 77–87. дои : 10.1261/rna.2137903 . ПМК   1370372 . ПМИД   12554878 .
• Шелл Т., Кехер Т., Вильм М. и др. (2003). «Комплексы между нонсенс-опосредованным фактором распада мРНК человека upf1 (белок 1 сдвига рамки вверх) и важными нонсенс-опосредованными факторами распада мРНК в клетках HeLa» . Биохим. Дж . 373 (Часть 3): 775–83. дои : 10.1042/BJ20021920 . ПМЦ   1223536 . ПМИД   12723973 .