микобактерии туберкулеза РНК
Микобактерия туберкулеза не менее девяти малых семейств РНК содержит в своем геноме . [ 1 ] Семейства малых РНК (мРНК) идентифицировали с помощью RNomics – прямого анализа молекул РНК, выделенных из культур Mycobacterium Tuberculosis . [ 2 ] [ 3 ] МРНК были охарактеризованы с помощью RACE-картирования и экспериментов по нозерн-блоттингу . [ 1 ] Вторичные структуры мРНК были предсказаны с использованием Mfold. [ 4 ]
sRNAPredict2 – инструмент биоинформатики – предложил 56 предполагаемых sRNA в M. Tuberculosis , хотя они еще не проверены экспериментально. [ 5 ] Гомологи белка Hfq еще не обнаружены у M.tuberculosis ; [ 6 ] альтернативный путь, потенциально включающий консервативные C -богатые мотивы, теоретически обеспечивает функциональность транс-действующей мРНК. [ 1 ]
Было показано, что мРНК играют важную физиологическую роль в M.tuberculosis . Например, сверхэкспрессия мРНК G2 предотвращала рост M. Tuberculosis и значительно снижала рост M. smegmatis ; Считается, что мРНК ASdes является цис-действующим регулятором десатуразы жирных кислот тогда как ASpks обнаруживается с открытой рамкой считывания поликетидсинтазы - 12 ( pks12 ) и является антисмысловым регулятором мРНК pks12 (desA2) , . [ 1 ]
Было обнаружено, что мРНК ncrMT1302 фланкирована открытыми рамками считывания MT1302 и MT1303 . MT1302 кодирует аденилатциклазу , которая превращает АТФ в цАМФ , экспрессия ncrMT1302 регулируется цАМФ и pH . [ 7 ]
МРНК Mcr7 , кодируемая геном mcr7, модулирует трансляцию мРНК tatC и влияет на активность аппарата секреции белка двойной транслокации аргинина (Tat). [ 8 ]
npcTB_6715 — первая мРНК, идентифицированная как потенциальный биомаркер для выявления МТБ у пациентов. [ 9 ]
См. также
[ редактировать ]- Bacillus subtilis мРНК
- Бактериальная малая РНК
- бруцеллы мРНК
- Bacteroides thetaiotaomicron мРНК
- Caenorhabditis elegans мРНК
- Escherichia coli мРНК
- псевдомонады мРНК
Галерея M. Tuberculosis изображений вторичной структуры малой РНК | |
|---|---|
|
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Перейти обратно: а б с д Арнвиг КБ, Янг Д.Б. (август 2009 г.). «Идентификация малых РНК в микобактериях туберкулеза» . Молекулярная микробиология . 73 (3): 397–408. дои : 10.1111/j.1365-2958.2009.06777.x . ПМК 2764107 . ПМИД 19555452 .
- ^ Фогель Дж., Бартельс В., Тан Т.Х., Чураков Г., Слагтер-Йегер Ю.Г., Хюттенхофер А., Вагнер Э.Г. (ноябрь 2003 г.). «RNomics в Escherichia coli обнаруживает новые виды мРНК и указывает на параллельную транскрипционную продукцию у бактерий» . Исследования нуклеиновых кислот . 31 (22): 6435–6443. дои : 10.1093/нар/gkg867 . ПМК 275561 . ПМИД 14602901 .
- ^ Кавано М., Рейнольдс А.А., Миранда-Риос Дж., Сторц Г. (2005). «Обнаружение малых РНК, происходящих из 5'- и 3'-UTR, и цис-кодируемых антисмысловых РНК в Escherichia coli» . Исследования нуклеиновых кислот . 33 (3): 1040–1050. дои : 10.1093/nar/gki256 . ПМК 549416 . ПМИД 15718303 .
- ^ Цукер М. (июль 2003 г.). «Веб-сервер Mfold для прогнозирования сворачивания нуклеиновых кислот и гибридизации» . Исследования нуклеиновых кислот . 31 (13): 3406–3415. дои : 10.1093/nar/gkg595 . ПМК 169194 . ПМИД 12824337 .
- ^ Ливни Дж., Бренчич А., Лори С., Уолдор М.К. (2006). «Идентификация 17 мРНК Pseudomonas aeruginosa и предсказание генов, кодирующих мРНК, у 10 различных патогенов с использованием биоинформационного инструмента sRNAPredict2» . Исследования нуклеиновых кислот . 34 (12): 3484–3493. дои : 10.1093/нар/gkl453 . ПМК 1524904 . ПМИД 16870723 .
- ^ Сунь Х, Жулин И, Вартелл Р.М. (сентябрь 2002 г.). «Предсказанная структура и филетическое распределение РНК-связывающего белка Hfq» . Исследования нуклеиновых кислот . 30 (17): 3662–3671. дои : 10.1093/nar/gkf508 . ПМК 137430 . ПМИД 12202750 .
- ^ Пелли С., Бишай В.Р., Ламичхан Г. (май 2012 г.). «Скрининг некодирующей РНК в микобактериях туберкулеза выявляет РНК, реагирующую на цАМФ, которая экспрессируется во время инфекции» . Джин . 500 (1): 85–92. дои : 10.1016/j.gene.2012.03.044 . ПМК 3340464 . ПМИД 22446041 .
- ^ Соланс Л., Гонсало-Асенсио Х., Сала К., Бенджак А., Уплекар С., Ружмон Дж., Гийо К., Малага В., Мартин К., Коул С.Т. (май 2014 г.). «PhoP-зависимая нкРНК Mcr7 модулирует систему секреции ТАТ у микобактерии туберкулеза» . ПЛОС Патогены . 10 (5): e1004183. дои : 10.1371/journal.ppat.1004183 . ПМК 4038636 . ПМИД 24874799 .
- ^ Канниаппан П., Ахмед С.А., Раджасекарам Г., Маримуту С., Чнг Э.С., Ли Л.П., Раабе К.А., Рождественский Т.С., Тан Т.Х. (октябрь 2017 г.). «RNomic идентификация и оценка npcTB_6715, некодирующего белок гена РНК как потенциального биомаркера для обнаружения Mycobacterium Tuberculosis» . Журнал клеточной и молекулярной медицины . 21 (10): 2276–2283. дои : 10.1111/jcmm.13148 . ПМЦ 5618688 . ПМИД 28756649 .
Дальнейшее чтение
[ редактировать ]- Панек Дж, Бобек Дж, Микулик К, Баслер М, Воградский Ю (май 2008 г.). «Биокомпьютерное предсказание малых некодирующих РНК у Streptomyces» . БМК Геномика . 9 : 217. дои : 10.1186/1471-2164-9-217 . ПМЦ 2422843 . ПМИД 18477385 .
- Ливни Дж., Вальдор М.К. (апрель 2007 г.). «Идентификация малых РНК у различных видов бактерий». Современное мнение в микробиологии . 10 (2): 96–101. дои : 10.1016/j.mib.2007.03.005 . ПМИД 17383222 .
- Коул С.Т., Брош Р., Паркхилл Дж., Гарнье Т., Черчер С., Харрис Д. и др. (июнь 1998 г.). «Расшифровка биологии микобактерии туберкулеза по полной последовательности генома» . Природа . 393 (6685): 537–544. Бибкод : 1998Natur.393..537C . дои : 10.1038/31159 . ПМИД 9634230 .
- Арнвиг К.Б., Гопал Б., Папавинасасундарам К.Г., Кокс Р.А., Колстон М.Дж. (февраль 2005 г.). «Механизм восходящей активации оперона rrnB Mycobacterium smegmatis отличается от парадигмы Escherichia coli» . Микробиология . 151 (Часть 2): 467–473. дои : 10.1099/mic.0.27597-0 . ПМИД 15699196 .
- Мацунага И., Бхатт А., Янг Д.С., Ченг Т.Ю., Эйлс С.Дж., Бесра Г.С., Брикен В., Порчелли С.А., Костелло С.Э., Джейкобс В.Р., Муди Д.Б. (декабрь 2004 г.). «Микобактерия туберкулеза pks12 продуцирует новый поликетид, представленный CD1c Т-клеткам» . Журнал экспериментальной медицины . 200 (12): 1559–1569. дои : 10.1084/jem.20041429 . ПМК 2211992 . ПМИД 15611286 .