Q3orf14
| Q3orf14 | |||
|---|---|---|---|
 белка GCN4 Лейциновая молния (код доступа PDB 1zik). | |||
| Идентификаторы | |||
| Символ | Q3orf14 | ||
| Альт. символы | LOC57415, FLJ94553 и FLJ17473 | ||
| HGNC | 25024 | ||
| RefSeq | НМ_020685.3 | ||
| ЮниПрот | Q9HBI5 | ||
| Другие данные | |||
| Локус | Хр. 3 п14.2 | ||
| |||
Ген человека, хромосомы 3 открытая рамка считывания 14 , представляет собой ген с неопределенной функцией, расположенный в позиции 3p14.2 рядом с ломким сайтом FRBA3, который находится между этим геном и центромерой . [ 1 ] Ожидается, что его белок локализуется в ядре и связывается с ДНК. [ 2 ] [ 3 ] Ортологи были идентифицированы у всех основных групп животных, за исключением амфибий и насекомых. [ 4 ] прослеживая вплоть до морского анемона ; что указывает на происхождение более 1000 млн лет назад, что подчеркивает его важность в геноме животных .
Генные псевдонимы
[ редактировать ]C3orf14 также известен под псевдонимами LOC57415, FLJ94553 и FLJ17473. [ 5 ] Ортологи генов, обнаруженные в других организмах, обычно известны под названием c3orf14-подобные, хотя некоторые из них известны как LOC57415-подобные или HT021-подобные (название белка).
Структура
[ редактировать ]мРНК состоит из 6 экзонов и кодирует белок массой 15007,84 кДа, известный как HT021. [ 1 ] [ 6 ] до модификации Этот белок имеет изоэлектрическую точку 5,57, а альфа-спирали занимают большую часть его длины. [ 6 ] Были идентифицированы четыре сайта возможного фосфорилирования , и по крайней мере два сайта фосфорилирования консервативны во всех ортологах, как и две альфа-спирали. Этот белок также считается ДНК-связывающим белком . [ 3 ] Белок может принимать третичную структуру в виде спирали . [ 7 ]
Гомология
[ редактировать ]Ортологи этого гена выявлены у большинства групп животных: млекопитающих , однопроходных , птиц , рептилий , рыб и беспозвоночных . [ 5 ] Транскрипты не были идентифицированы у амфибий и насекомых ; однако только модельные организмы из этих групп секвенированы . Совсем недавно первый ортолог у рептилий был идентифицирован у Anolis carolinensis . [ 5 ] Аминокислотная структура высоко консервативна у млекопитающих, а вторичная и третичная структура высоко консервативна у всех ортологов, датируемых 1000 млн лет назад у морского анемона. [ 6 ] ни у растений, ни у бактерий не Ортологов обнаружено. Ниже приведено филогенетическое дерево, созданное в SDSC Biology Workbench, показывающее сходство белков между видами, у которых был идентифицирован C3orf14. [ 6 ]
Выражение
[ редактировать ]Этот ген был впервые идентифицирован в гипоталамо-гипофизарно-надпочечниковой оси (ось HPA). [ 8 ] Профили GEO и EST в NCBI показывают, что уровень его экспрессии варьируется от ткани к ткани; однако его заявленная экспрессия в 1,2 раза выше, чем у среднего гена. [ 1 ] [ 9 ] Наибольшая экспрессия наблюдается в поджелудочной железе и нервной ткани (у человека). Он недостаточно экспрессируется во многих линиях раковых клеток, однако это может быть связано с его непосредственной близостью к гену-супрессору опухоли FHIT и хромосомному хрупкому участку FRBA3. Поломка этого сайта инактивирует FHIT и может привести к потере C3orf14.
Функция
[ редактировать ]Поскольку C3orf14 не экспрессируется повсеместно, он, скорее всего, не является геном домашнего хозяйства . Вместо этого он, скорее всего, играет роль в функции определенных тканей. Тогда кажется вероятным, что этот ген является фактором транскрипции , который регулирует экспрессию других генов, важных для функционирования тканей, где этот ген экспрессируется наиболее высоко.
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Перейти обратно: а б с Тьерри-Миг Д., Тьерри-Миг Ж (2006). «AceView: комплексная аннотация генов и транскриптов, поддерживаемых кДНК» . Геномная биология . 7 (Приложение 1): С12.1–14. дои : 10.1186/gb-2006-7-s1-s12 . ПМК 1810549 . ПМИД 16925834 .
- ^ Гастайгер Э., Гаттикер А., Хугланд С., Ивани И., Аппель Р.Д., Байрох А. (июль 2003 г.). «ExPASy: сервер протеомики для углубленных знаний и анализа белков» . Исследования нуклеиновых кислот . 31 (13): 3784–8. дои : 10.1093/нар/gkg563 . ПМК 168970 . ПМИД 12824418 . Архивировано из оригинала 15 октября 2015 г. Проверено 9 мая 2011 г.
- ^ Перейти обратно: а б Кумар М., Громиха М.М., Рагхава Г.П. (ноябрь 2007 г.). «Идентификация ДНК-связывающих белков с использованием машин опорных векторов и эволюционных профилей» . БМК Биоинформатика . 8 (1): 463. дои : 10.1186/1471-2105-8-463 . ПМК 2216048 . ПМИД 18042272 .
- ^ Прюитт К.Д., Татусова Т., Маглотт Д.Р. (январь 2007 г.). «Эталонные последовательности NCBI (RefSeq): тщательно подобранная база данных неизбыточных последовательностей геномов, транскриптов и белков» . Исследования нуклеиновых кислот . 35 (Проблема с базой данных): D61–5. дои : 10.1093/nar/gkl842 . ПМЦ 1716718 . ПМИД 17130148 .
- ^ Перейти обратно: а б с Биловски, Ховард; Беркс, Кристиан (11 марта 1988 г.). «Банк данных генетических последовательностей GenBank®» . Исследования нуклеиновых кислот . 16 (5): 1861–1863. дои : 10.1093/нар/16.5.1861 . ПМЦ 339347 . ПМИД 3945546 .
- ^ Перейти обратно: а б с д Сауро Х.М., Хука М., Финни А., Веллок С., Болури Х., Дойл Дж., Китано Х. (декабрь 2003 г.). «Инструменты моделирования нового поколения: Systems Biology Workbench и интеграция BioSPICE» (PDF) . ОМИКС . 7 (4): 355–72. дои : 10.1089/153623103322637670 . ПМИД 14683609 .
- ^ Комбе С, Бланше С, Журжон С, Делеаж Ж (март 2000 г.). «NPS @: анализ последовательностей сетевых белков». Тенденции биохимических наук . 25 (3): 147–50. дои : 10.1016/s0968-0004(99)01540-6 . ПМИД 10694887 .
- ^ Ху RM, Хань ЗГ, Сонг HD, Пэн Ю., Хуан QH, Рен SX, Гу YJ, Хуан Ч., Ли Ю.Б., Цзян CL, Фу Г, Чжан QH, Гу Б.В., Дай М, Мао Ю.Ф., Гао Г.Ф., Ронг Р. , Е М, Чжоу Дж, Сюй Ш, Гу Дж, Ши JX, Цзинь В.Р., Чжан К.К., У ТМ, Хуан Г.И., Чэнь Z, Чен Доктор медицинских наук, Чен Дж.Л. (август 2000 г.). «Профилирование экспрессии генов в системе гипоталамус-гипофиз-надпочечники человека и полноразмерное клонирование кДНК» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 97 (17): 9543–8. Бибкод : 2000PNAS...97.9543H . дои : 10.1073/pnas.160270997 . ПМК 16901 . ПМИД 10931946 .
- ^ Барретт Т., Сузек Т.О., Труп Д.Б., Уилхайт С.Е., Нгау В.К., Леду П., Руднев Д., Лэш А.Е., Фуджибучи В., Эдгар Р. (январь 2005 г.). «NCBI GEO: анализ миллионов профилей выражений — база данных и инструменты» . Исследования нуклеиновых кислот . 33 (Проблема с базой данных): D562–6. дои : 10.1093/nar/gki022 . ПМК 539976 . ПМИД 15608262 .