Jump to content

Никос Кирпидес

Никос Кирпидес
Никос Х. Кирпидис
Рожденный 11 ноября 1963 г.
Серрес, Греция
Альма-матер Университет Аристотеля в Салониках
Известный Микробная геномика, метагеномика, микробиом, виром, наука о данных микробиома
Научная карьера
Поля Биоинформатика, микробиология, вирусология, вычислительная биология, наука о данных
Учреждения Объединенный институт генома, Национальная лаборатория Лоуренса Беркли
Научные консультанты Карл Везе , Росс Овербек
Веб-сайт https://jgi.doe.gov/our-science/scientists-jgi/nikos-kyrpides/

Никос Кирпидес (греч. Νίκος Κυρπίδης) — греко-американский ученый-биолог, который работал над происхождением жизни , обработкой информации, биоинформатикой , микробиологией , метагеномикой и микробиомных наукой о данных . [ 1 ] [ 2 ] [ 3 ] Он является старшим научным сотрудником Национальной лаборатории Беркли . [ 4 ] руководитель суперпрограммы «Прокариоты» [ 5 ] и возглавляет программу по науке о микробиомных данных. [ 6 ] Министерства энергетики США в Объединенном институте генома . [ 7 ]

Образование

[ редактировать ]

Кирпид родился в Серресе , Греция , где он изучал биологию в Университете Аристотеля в Салониках и получил докторскую степень в области молекулярной биологии и биотехнологии в Критском университете . Он продолжил постдокторские исследования в области микробиологии с Карлом Везе в Университете Иллинойса в Урбана-Шампейн и в области биоинформатики с Россом Овербиком в Аргоннской национальной лаборатории . С 1999 по 2004 год Кирпидес работал в биотехнологической отрасли в Чикаго , где руководил развитием анализа генома и биоинформатики. В 2004 году он присоединился к (JGI) Министерства энергетики США Объединенному институту генома , чтобы возглавить программу геномной биологии и разработать платформы управления данными и сравнительного анализа микробных геномов и метагеномов. Кирпидес стал главой программы метагеномики в 2010 году и основал суперпрограмму прокариот в 2011 году, которую он до сих пор возглавляет в группе по науке о микробиомных данных.

Исследовать

[ редактировать ]

Ранние работы Кирпида были сосредоточены на происхождении и эволюции генетического кода . В сотрудничестве с Христосом Узунисом он разработал ряд гипотез передачи информации от белков к нуклеиновым кислотам, известных как обратная интерпретация. [ 8 ] [ 9 ] [ 10 ] С появлением геномики Кирпид обратил свой интерес к изучению и пониманию последнего универсального общего предка . Вместе с Узунисом он придумал аббревиатуру «LUCA» на конференции, организованной Патриком Фортером в Ле Трей, Франция, и провел один из первых сравнительных анализов генома, чтобы предсказать содержание генов LUCA. [ 11 ] [ 12 ] Работа Кирпидеса над системами обработки информации выявила несколько ранее не подозревавшихся взаимосвязей, предложив новые модели эволюции этих процессов. Он определил ранее не обнаруженные связи между эукариотическим и бактериальным механизмом трансляции, предполагая, что зачатки инициации трансляции должны были присутствовать на стадии универсального предка. [ 13 ] [ 14 ] Работа Кирпида по эволюции транскрипции помогла изменить понимание природы и организации механизма транскрипции архей, которое (в то время) заключалось в том, что транскрипция у архей была строго аналогична транскрипции у эукариот. Кирпидес и Узунис продемонстрировали параллельное существование большого количества транскрипционных факторов бактериального типа в геномах архей. [ 15 ] [ 16 ] [ 17 ]

Он руководил разработкой нескольких новаторских систем управления данными в области микробной геномики и метагеномики, которые широко используются в научном сообществе (насчитывая несколько тысяч пользователей по всему миру). [ 18 ] К ним относятся системы управления данными и курирования геномных проектов и связанных с ними метаданных, такие как Genomes OnLine Database (GOLD), [ 19 ] и системы сравнительной геномики, такие как ERGO [ 20 ] и Интегрированные микробные геномы (IMG). [ 21 ] [ 22 ]

Текущие исследования Кирпидеса сосредоточены на исследованиях микробиома с упором на науку о микробиомных данных. Это включает понимание структуры и функций различных микроорганизмов и микробных сообществ, а также выяснение эволюционной динамики, формирующей микробные геномы. Для этого его группа разрабатывает новые вычислительные методы, позволяющие проводить крупномасштабный сравнительный анализ, а также извлекать и визуализировать большие данные . Он предложил и опубликовал первое исследование по использованию стандартных данных сравнительного анализа для оценки точности метода в метагеномике. [ 23 ] Этот подход стал стандартом в этой области. [ 24 ] Некоторые из недавних исследований Кирпида в области науки о данных микробиома включают исследование вирома Земли , [ 25 ] [ 26 ] идентификация новых типов бактерий [ 27 ] предсказание новых складок с использованием метагеномных последовательностей, [ 28 ] а также открытие и характеристика новых семейств белков на основе данных микробиома. [ 29 ]

Международные инициативы

[ редактировать ]

Кирпидес начал инициативу «МикроБиоКосмос» (МБК) в Греции в 2007 году с целью исследования и коммерческого использования национальных микробных ресурсов. МикроБиоКосмос стал научным обществом, первым президентом которого стал Кирпид. Он является одним из основателей двух обществ биоинформатики в Греции: Греческого общества вычислительной биологии и биоинформатики (HSCBB) в 2010 году и Греческой биоинформатики в 2016 году. Кирпид также является членом правления. [ 30 ] Международного консорциума по геномным стандартам (GSC), [ 31 ] целью которого является обеспечение интеграции, открытия и сравнения геномных данных с международными стандартами, определяемыми сообществом.

В 2007 году он начал проект «Геномная энциклопедия бактерий и архей» (GEBA) в JGI и проект «Микробная Земля» вместе с Хансом-Петером Кленком, Филипом Хугенгольцем и Джонатаном Эйзеном . [ 32 ] с целью улучшения характеристики генома филогенетически разнообразных культивируемых микробов. [ 33 ] Последний проект превратился в международную попытку секвенировать все типовые штаммы бактерий и архей. [ 34 ] посредством серии проектов GEBA по 1000 геномов. [ 35 ] [ 36 ] [ 37 ] [ 38 ] Быстрый рост последовательностей микробного генома в конце 2010 года без параллельной площадки для стандартизированного описания этих проектов привел к необходимости создания нового научного форума, который стал бы центром обмена информацией для сбора и представления этой информации сообществу. Эта идея побудила Кирпидеса, Джорджа Гаррити и Дон Филд запустить новый научный журнал: Standards in Genomic Sciences (SIGS), который стал частью BioMed Central . [ 39 ] [ 40 ]

Кирпидес предложил в 2009 году создать Управление по микробной геномике окружающей среды, аналогичное НАСА , для изучения и исследования наиболее многочисленной жизни на планете. [ 41 ] В 2016 году, после огромного роста данных о микробиоме, он обозначил необходимость создания общей инфраструктуры для анализа данных о микробиоме и предложил создать Национальный центр данных о микробиоме (NMDC), позже переименованный в Национальную совместную организацию данных о микробиоме. [ 42 ] [ 43 ] Вместе с Эмили Элоэ-Фадрошем Кирпидес организовал первый семинар NMDC, чтобы запустить эту инициативу в Объединенном институте генома. За этим последовали дополнительные семинары в 2017 году, организованные Американским обществом микробиологии для продвижения этой инициативы. [ 44 ]

Награды и почести

[ редактировать ]

Кирпидес получил несколько наград, в том числе Премию за выдающиеся научные достижения 2022 года от директора Национальной лаборатории Лоуренса Беркли, премию USFCC/J 2018 года. Премия Роджера Портера от Американского общества микробиологии , [ 45 ] Международная премия Ван Нила 2014 года за исследования в области бактериальной систематики Международного союза микробиологических обществ (IUMS), [ 46 ] награда за выдающиеся достижения в 2007 году от Национальной лаборатории Лоуренса Беркли и премия за академические достижения 2012 года от Фонда Эмпирикион. Он является избранным членом Американской академии микробиологии (ААМ) (2014 г.). [ 47 ] и с 2014 года входит в Thomson Reuters . список наиболее цитируемых ученых мира [ 48 ] [ 49 ] Род бактерий ( Kyrpidia ) был назван в честь Кирпида в 2011 году. [ 50 ] В 2017 году получил степень почётного доктора Университета Аристотеля в Салониках . [ 51 ]

  1. ^ Результаты поиска автора Кирпида на PubMed.
  2. ^ Никос Кирпидес — Google Scholar
  3. ^ Ellnines.com
  4. ^ «Никос Кирпидес | Биологические науки | Лаборатория Беркли» .
  5. ^ Суперпрограмма прокариотов
  6. ^ Наука о микробиомных данных
  7. ^ О Никосе Кирпиде в JGI
  8. ^ Кирпидес Н. и Узунис К. (1993) Механизмы специфичности деградации мРНК: ауторегуляция и родственные взаимодействия . J.Theor.Biology 163: 373-392. ПМИД   8246508
  9. ^ Узунис, К., и Кирпидес, Н. (1994) Обратная интерпретация: гипотетический механизм отбора для адаптивного мутагенеза, основанный на ауторегуляционной стабильности мРНК. J.Theor.Biology 167: 373-380. ПМИД   8207952
  10. ^ Кирпидес Н. и Узунис К. (1995) Метаболические ферменты, связывающие нуклеиновые кислоты: живые окаменелости стереохимических взаимодействий? J.Mol.Evolution 40: 564-569. ПМИД   7543949
  11. ^ Узунис, К. и Кирпидес, Н. (1996) Возникновение основных клеточных процессов в эволюции . Письма ФЕБС 390: 119–123. ПМИД   8706840
  12. ^ Кирпидес Н. и др. (1999) Универсальные семейства белков и функциональное содержание Последнего универсального общего предка. J.Mol.Evolution 49, 413-423. PMID   10485999
  13. ^ Кирпидес Н. и Везе К. (1998) Универсально консервативные факторы инициации трансляции. Учеб. Натл. акад. наук. США 95, 224–228. ПМИД   9419357
  14. ^ Кирпидес Н. и Везе К. (1998). Еще раз об инициации трансляции у архей: семейства субъединиц альфа-бета-дельта-субъединицы фактора инициации 2 и эукариотического фактора инициации 2B . Учеб. Натл. акад. наук. США 95, 3726-3730. ПМИД   9520434
  15. ^ Кирпидес Н. и Узунис К. (1995) Эубактериальный активатор транскрипции Lrp присутствует у Archaeon Pyrococcus Furiosus. Тенденции в биохимии. 20: 140-141. ПМИД   7770911
  16. ^ Кирпидес Н. и Узунис К. (1997) ДНК-связывающие домены бактериального фактора транскрипции сигма-70 у археи Methanococcus jannaschii. J.Mol.Evolution 45: 706-707. ПМИД   9419249
  17. ^ Кирпидес Н. и Узунис К. (1999) Транскрипция в архее. Учеб. Натл. акад. наук. США 96, 8545-8550. ПМИД   10411912
  18. ^ Количество зарегистрированных пользователей IMG
  19. ^ Бернал А. и др. (2001) Онлайн-база данных геномов (GOLD): мониторинг геномных проектов по всему миру. Исследования нуклеиновых кислот 29, 126–127. PMID   11125068
  20. ^ Овербек Р. и др. (2003) Система анализа и обнаружения генома ERGOTM. Исследования нуклеиновых кислот 31, 164-71. ПМИД   12519973
  21. ^ Марковиц В.М. и др. (2006) Экспериментальная система управления и анализа метагеномных данных. Биоинформатика 22, е359-67. ПМИД   16873494
  22. ^ Марковиц В.М. и др. (2015) Десять лет поддержки и расширения системы анализа микробного генома и метагенома. Тенденции в микробиологии 23(11):730-41. ПМИД   26439299
  23. ^ Мавроматис К. и др. (2007) Использование наборов смоделированных данных для оценки точности методов метагеномной обработки. Природные методы 4, 495–500. PMID   17468765
  24. ^ Щирба А. и др. (2017) Критическая оценка интерпретации метагенома – эталон программного обеспечения для вычислительной метагеномики . Природные методы 14(11):1063-1071. ПМИД   28967888 .
  25. ^ Паес-Эспино Д. и др. (2016) Раскрытие вирома Земли. Природа 536(7617):425–30. ПМИД   27533034 ,
  26. ^ Результаты глобального исследования вирусного разнообразия в 16-кратном увеличении числа известных вирусных генов
  27. ^ Элоэ-Фадрош Э.А. и др. (2016) Глобальное метагеномное исследование выявило новый тип бактерий-кандидатов в геотермальных источниках. Природное общение 7:10476. ПМИД   26814032 .
  28. ^ Овчинников С. и др. (2017) Определение структуры белка с использованием данных последовательности метагенома. Наука 355:294-298. ПМИД   28104891 .
  29. ^ Павлопулос, Георгиос А. (19 октября 2023 г.). «Раскрытие функциональной темной материи посредством глобальной метагеномики» . Природа . 622 (7983): 594–602. дои : 10.1038/s41586-023-06583-7 . ISSN   0028-0836 . ПМЦ   10584684 . ПМИД   37821698 .
  30. ^ Члены правления GSC
  31. ^ Поле D и др. (2011) Консорциум геномных стандартов. PLoS Biology 9(6):e1001088. ПМИД   21713030
  32. ^ «Проект «Микробная Земля | Консорциум геномных стандартов»» .
  33. ^ Ву, Д. и др. (2009) Геномная энциклопедия бактерий и архей, основанная на филогении. Природа 462: 1056-60. ПМИД   20033048
  34. ^ Кирпидес, Северная Каролина, и др. (2014) Геномная энциклопедия бактерий и архей: секвенирование множества типовых штаммов. PLoS Biology 12(8): e1001920. ПМИД   25093819
  35. ^ Кирпидес, Северная Каролина, и др. (2014) Геномная энциклопедия типовых штаммов, Фаза I: Проект «Тысяча микробных геномов» (KMG-I). Стандарты геномных наук. 9(3):1278-84. ПМИД   25197443 .
  36. ^ Уитмен В.Б. и др. (2015) Геномная энциклопедия штаммов бактериальных и архейных типов, фаза III: геномы почвенных и связанных с растениями и недавно описанных типовых штаммов. Стандарты в геномных науках. 10:26. ПМИД   26203337 .
  37. ^ Мукерджи С. и др. (2017) 1003 эталонных генома бактериальных и архейных изолятов расширяют охват древа жизни. Природная биотехнология 35(7):676-683. ПМИД   28604660 .
  38. ^ «Раскрыто: 1000 новых микробных геномов» . 12.06.2017.
  39. ^ Гаррити ГМ и др. (2009) Стандарты в области геномных наук . Стандарты в геномных науках. 1(1):1-2.
  40. ^ Гаррити ГМ и др. (2011) Жив и здоров в 100 лет. Стандарты геномных наук. 4(1): 1-2. ПМИД   21475581
  41. ^ Кирпид, Северная Каролина. (2009) Пятнадцать лет микробной геномики: решение проблем и осуществление мечты. Природная биотехнология 27, 627–632. ПМИД   19587669
  42. ^ Кирпидес, Северная Каролина, и др. (2016) Наука о микробиомных данных: понимание нашей микробной планеты. Тенденции в микробиологии 24(6):425-427. ПМИД   27197692 .
  43. ^ Сплоченный призыв к национальному управлению данными микробиомной науки (DOE-JGI, 2016)
  44. ^ ASM проводит национальный совместный семинар по микробиомным данным.
  45. ^ Никос Кирпидес назван ASM USFCC / J 2018 г. Лауреат премии Роджера Портера
  46. ^ Тиндалл Би Джей и Гэррити GM. (2015) Международная премия Ван Нила за исследования в области бактериальной систематики, присужденная в 2014 году Никосу К. Кирпидесу. Int J Syst Evol Microbiol. 65 (Часть 6): 2011-2 ПМИД   26184666
  47. ^ Сотрудник ААМ
  48. ^ Шесть из DOE JGI в списке высоко цитируемых исследователей 2016 г. (DOE-JGI, 2016)
  49. ^ Высоко цитируется: 8 исследователей JGI Министерства энергетики США вошли в список 2015 г. (DOE-JGI, 2015 г.)
  50. ^ Кленк HP и др. (2011) Полная последовательность генома термофильного, окисляющего водород типового штамма Bacillus tusciae (T2) и реклассификация в новый род Kyrpidia gen. ноябрь как гребешок Kyrpidia tusciae. ноябрь и поправки к семейству Alicyclobacillaceae da Costa и Rainey, 2010. Stand Genomic Sci. 15;5(1):121-34. ПМИД   22180816
  51. ^ Николаос Кирпидес удостоен звания почетного доктора наук факультета биологии Университета Аристотеля в Салониках.
Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: f153c1b7838d08b294075c1d1741ba02__1704775320
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/f1/02/f153c1b7838d08b294075c1d1741ba02.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
Nikos Kyrpides - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)