Никос Кирпидес
Никос Кирпидес | |
---|---|
Никос Х. Кирпидис | |
Рожденный | 11 ноября 1963 г. Серрес, Греция |
Альма-матер | Университет Аристотеля в Салониках |
Известный | Микробная геномика, метагеномика, микробиом, виром, наука о данных микробиома |
Научная карьера | |
Поля | Биоинформатика, микробиология, вирусология, вычислительная биология, наука о данных |
Учреждения | Объединенный институт генома, Национальная лаборатория Лоуренса Беркли |
Научные консультанты | Карл Везе , Росс Овербек |
Веб-сайт | https://jgi.doe.gov/our-science/scientists-jgi/nikos-kyrpides/ |
Никос Кирпидес (греч. Νίκος Κυρπίδης) — греко-американский ученый-биолог, который работал над происхождением жизни , обработкой информации, биоинформатикой , микробиологией , метагеномикой и микробиомных наукой о данных . [ 1 ] [ 2 ] [ 3 ] Он является старшим научным сотрудником Национальной лаборатории Беркли . [ 4 ] руководитель суперпрограммы «Прокариоты» [ 5 ] и возглавляет программу по науке о микробиомных данных. [ 6 ] Министерства энергетики США в Объединенном институте генома . [ 7 ]
Образование
[ редактировать ]Кирпид родился в Серресе , Греция , где он изучал биологию в Университете Аристотеля в Салониках и получил докторскую степень в области молекулярной биологии и биотехнологии в Критском университете . Он продолжил постдокторские исследования в области микробиологии с Карлом Везе в Университете Иллинойса в Урбана-Шампейн и в области биоинформатики с Россом Овербиком в Аргоннской национальной лаборатории . С 1999 по 2004 год Кирпидес работал в биотехнологической отрасли в Чикаго , где руководил развитием анализа генома и биоинформатики. В 2004 году он присоединился к (JGI) Министерства энергетики США Объединенному институту генома , чтобы возглавить программу геномной биологии и разработать платформы управления данными и сравнительного анализа микробных геномов и метагеномов. Кирпидес стал главой программы метагеномики в 2010 году и основал суперпрограмму прокариот в 2011 году, которую он до сих пор возглавляет в группе по науке о микробиомных данных.
Исследовать
[ редактировать ]Ранние работы Кирпида были сосредоточены на происхождении и эволюции генетического кода . В сотрудничестве с Христосом Узунисом он разработал ряд гипотез передачи информации от белков к нуклеиновым кислотам, известных как обратная интерпретация. [ 8 ] [ 9 ] [ 10 ] С появлением геномики Кирпид обратил свой интерес к изучению и пониманию последнего универсального общего предка . Вместе с Узунисом он придумал аббревиатуру «LUCA» на конференции, организованной Патриком Фортером в Ле Трей, Франция, и провел один из первых сравнительных анализов генома, чтобы предсказать содержание генов LUCA. [ 11 ] [ 12 ] Работа Кирпидеса над системами обработки информации выявила несколько ранее не подозревавшихся взаимосвязей, предложив новые модели эволюции этих процессов. Он определил ранее не обнаруженные связи между эукариотическим и бактериальным механизмом трансляции, предполагая, что зачатки инициации трансляции должны были присутствовать на стадии универсального предка. [ 13 ] [ 14 ] Работа Кирпида по эволюции транскрипции помогла изменить понимание природы и организации механизма транскрипции архей, которое (в то время) заключалось в том, что транскрипция у архей была строго аналогична транскрипции у эукариот. Кирпидес и Узунис продемонстрировали параллельное существование большого количества транскрипционных факторов бактериального типа в геномах архей. [ 15 ] [ 16 ] [ 17 ]
Он руководил разработкой нескольких новаторских систем управления данными в области микробной геномики и метагеномики, которые широко используются в научном сообществе (насчитывая несколько тысяч пользователей по всему миру). [ 18 ] К ним относятся системы управления данными и курирования геномных проектов и связанных с ними метаданных, такие как Genomes OnLine Database (GOLD), [ 19 ] и системы сравнительной геномики, такие как ERGO [ 20 ] и Интегрированные микробные геномы (IMG). [ 21 ] [ 22 ]
Текущие исследования Кирпидеса сосредоточены на исследованиях микробиома с упором на науку о микробиомных данных. Это включает понимание структуры и функций различных микроорганизмов и микробных сообществ, а также выяснение эволюционной динамики, формирующей микробные геномы. Для этого его группа разрабатывает новые вычислительные методы, позволяющие проводить крупномасштабный сравнительный анализ, а также извлекать и визуализировать большие данные . Он предложил и опубликовал первое исследование по использованию стандартных данных сравнительного анализа для оценки точности метода в метагеномике. [ 23 ] Этот подход стал стандартом в этой области. [ 24 ] Некоторые из недавних исследований Кирпида в области науки о данных микробиома включают исследование вирома Земли , [ 25 ] [ 26 ] идентификация новых типов бактерий [ 27 ] предсказание новых складок с использованием метагеномных последовательностей, [ 28 ] а также открытие и характеристика новых семейств белков на основе данных микробиома. [ 29 ]
Международные инициативы
[ редактировать ]Кирпидес начал инициативу «МикроБиоКосмос» (МБК) в Греции в 2007 году с целью исследования и коммерческого использования национальных микробных ресурсов. МикроБиоКосмос стал научным обществом, первым президентом которого стал Кирпид. Он является одним из основателей двух обществ биоинформатики в Греции: Греческого общества вычислительной биологии и биоинформатики (HSCBB) в 2010 году и Греческой биоинформатики в 2016 году. Кирпид также является членом правления. [ 30 ] Международного консорциума по геномным стандартам (GSC), [ 31 ] целью которого является обеспечение интеграции, открытия и сравнения геномных данных с международными стандартами, определяемыми сообществом.
В 2007 году он начал проект «Геномная энциклопедия бактерий и архей» (GEBA) в JGI и проект «Микробная Земля» вместе с Хансом-Петером Кленком, Филипом Хугенгольцем и Джонатаном Эйзеном . [ 32 ] с целью улучшения характеристики генома филогенетически разнообразных культивируемых микробов. [ 33 ] Последний проект превратился в международную попытку секвенировать все типовые штаммы бактерий и архей. [ 34 ] посредством серии проектов GEBA по 1000 геномов. [ 35 ] [ 36 ] [ 37 ] [ 38 ] Быстрый рост последовательностей микробного генома в конце 2010 года без параллельной площадки для стандартизированного описания этих проектов привел к необходимости создания нового научного форума, который стал бы центром обмена информацией для сбора и представления этой информации сообществу. Эта идея побудила Кирпидеса, Джорджа Гаррити и Дон Филд запустить новый научный журнал: Standards in Genomic Sciences (SIGS), который стал частью BioMed Central . [ 39 ] [ 40 ]
Кирпидес предложил в 2009 году создать Управление по микробной геномике окружающей среды, аналогичное НАСА , для изучения и исследования наиболее многочисленной жизни на планете. [ 41 ] В 2016 году, после огромного роста данных о микробиоме, он обозначил необходимость создания общей инфраструктуры для анализа данных о микробиоме и предложил создать Национальный центр данных о микробиоме (NMDC), позже переименованный в Национальную совместную организацию данных о микробиоме. [ 42 ] [ 43 ] Вместе с Эмили Элоэ-Фадрошем Кирпидес организовал первый семинар NMDC, чтобы запустить эту инициативу в Объединенном институте генома. За этим последовали дополнительные семинары в 2017 году, организованные Американским обществом микробиологии для продвижения этой инициативы. [ 44 ]
Награды и почести
[ редактировать ]Кирпидес получил несколько наград, в том числе Премию за выдающиеся научные достижения 2022 года от директора Национальной лаборатории Лоуренса Беркли, премию USFCC/J 2018 года. Премия Роджера Портера от Американского общества микробиологии , [ 45 ] Международная премия Ван Нила 2014 года за исследования в области бактериальной систематики Международного союза микробиологических обществ (IUMS), [ 46 ] награда за выдающиеся достижения в 2007 году от Национальной лаборатории Лоуренса Беркли и премия за академические достижения 2012 года от Фонда Эмпирикион. Он является избранным членом Американской академии микробиологии (ААМ) (2014 г.). [ 47 ] и с 2014 года входит в Thomson Reuters . список наиболее цитируемых ученых мира [ 48 ] [ 49 ] Род бактерий ( Kyrpidia ) был назван в честь Кирпида в 2011 году. [ 50 ] В 2017 году получил степень почётного доктора Университета Аристотеля в Салониках . [ 51 ]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Результаты поиска автора Кирпида на PubMed.
- ^ Никос Кирпидес — Google Scholar
- ^ Ellnines.com
- ^ «Никос Кирпидес | Биологические науки | Лаборатория Беркли» .
- ^ Суперпрограмма прокариотов
- ^ Наука о микробиомных данных
- ^ О Никосе Кирпиде в JGI
- ^ Кирпидес Н. и Узунис К. (1993) Механизмы специфичности деградации мРНК: ауторегуляция и родственные взаимодействия . J.Theor.Biology 163: 373-392. ПМИД 8246508
- ^ Узунис, К., и Кирпидес, Н. (1994) Обратная интерпретация: гипотетический механизм отбора для адаптивного мутагенеза, основанный на ауторегуляционной стабильности мРНК. J.Theor.Biology 167: 373-380. ПМИД 8207952
- ^ Кирпидес Н. и Узунис К. (1995) Метаболические ферменты, связывающие нуклеиновые кислоты: живые окаменелости стереохимических взаимодействий? J.Mol.Evolution 40: 564-569. ПМИД 7543949
- ^ Узунис, К. и Кирпидес, Н. (1996) Возникновение основных клеточных процессов в эволюции . Письма ФЕБС 390: 119–123. ПМИД 8706840
- ^ Кирпидес Н. и др. (1999) Универсальные семейства белков и функциональное содержание Последнего универсального общего предка. J.Mol.Evolution 49, 413-423. PMID 10485999
- ^ Кирпидес Н. и Везе К. (1998) Универсально консервативные факторы инициации трансляции. Учеб. Натл. акад. наук. США 95, 224–228. ПМИД 9419357
- ^ Кирпидес Н. и Везе К. (1998). Еще раз об инициации трансляции у архей: семейства субъединиц альфа-бета-дельта-субъединицы фактора инициации 2 и эукариотического фактора инициации 2B . Учеб. Натл. акад. наук. США 95, 3726-3730. ПМИД 9520434
- ^ Кирпидес Н. и Узунис К. (1995) Эубактериальный активатор транскрипции Lrp присутствует у Archaeon Pyrococcus Furiosus. Тенденции в биохимии. 20: 140-141. ПМИД 7770911
- ^ Кирпидес Н. и Узунис К. (1997) ДНК-связывающие домены бактериального фактора транскрипции сигма-70 у археи Methanococcus jannaschii. J.Mol.Evolution 45: 706-707. ПМИД 9419249
- ^ Кирпидес Н. и Узунис К. (1999) Транскрипция в архее. Учеб. Натл. акад. наук. США 96, 8545-8550. ПМИД 10411912
- ^ Количество зарегистрированных пользователей IMG
- ^ Бернал А. и др. (2001) Онлайн-база данных геномов (GOLD): мониторинг геномных проектов по всему миру. Исследования нуклеиновых кислот 29, 126–127. PMID 11125068
- ^ Овербек Р. и др. (2003) Система анализа и обнаружения генома ERGOTM. Исследования нуклеиновых кислот 31, 164-71. ПМИД 12519973
- ^ Марковиц В.М. и др. (2006) Экспериментальная система управления и анализа метагеномных данных. Биоинформатика 22, е359-67. ПМИД 16873494
- ^ Марковиц В.М. и др. (2015) Десять лет поддержки и расширения системы анализа микробного генома и метагенома. Тенденции в микробиологии 23(11):730-41. ПМИД 26439299
- ^ Мавроматис К. и др. (2007) Использование наборов смоделированных данных для оценки точности методов метагеномной обработки. Природные методы 4, 495–500. PMID 17468765
- ^ Щирба А. и др. (2017) Критическая оценка интерпретации метагенома – эталон программного обеспечения для вычислительной метагеномики . Природные методы 14(11):1063-1071. ПМИД 28967888 .
- ^ Паес-Эспино Д. и др. (2016) Раскрытие вирома Земли. Природа 536(7617):425–30. ПМИД 27533034 ,
- ^ Результаты глобального исследования вирусного разнообразия в 16-кратном увеличении числа известных вирусных генов
- ^ Элоэ-Фадрош Э.А. и др. (2016) Глобальное метагеномное исследование выявило новый тип бактерий-кандидатов в геотермальных источниках. Природное общение 7:10476. ПМИД 26814032 .
- ^ Овчинников С. и др. (2017) Определение структуры белка с использованием данных последовательности метагенома. Наука 355:294-298. ПМИД 28104891 .
- ^ Павлопулос, Георгиос А. (19 октября 2023 г.). «Раскрытие функциональной темной материи посредством глобальной метагеномики» . Природа . 622 (7983): 594–602. дои : 10.1038/s41586-023-06583-7 . ISSN 0028-0836 . ПМЦ 10584684 . ПМИД 37821698 .
- ^ Члены правления GSC
- ^ Поле D и др. (2011) Консорциум геномных стандартов. PLoS Biology 9(6):e1001088. ПМИД 21713030
- ^ «Проект «Микробная Земля | Консорциум геномных стандартов»» .
- ^ Ву, Д. и др. (2009) Геномная энциклопедия бактерий и архей, основанная на филогении. Природа 462: 1056-60. ПМИД 20033048
- ^ Кирпидес, Северная Каролина, и др. (2014) Геномная энциклопедия бактерий и архей: секвенирование множества типовых штаммов. PLoS Biology 12(8): e1001920. ПМИД 25093819
- ^ Кирпидес, Северная Каролина, и др. (2014) Геномная энциклопедия типовых штаммов, Фаза I: Проект «Тысяча микробных геномов» (KMG-I). Стандарты геномных наук. 9(3):1278-84. ПМИД 25197443 .
- ^ Уитмен В.Б. и др. (2015) Геномная энциклопедия штаммов бактериальных и архейных типов, фаза III: геномы почвенных и связанных с растениями и недавно описанных типовых штаммов. Стандарты в геномных науках. 10:26. ПМИД 26203337 .
- ^ Мукерджи С. и др. (2017) 1003 эталонных генома бактериальных и архейных изолятов расширяют охват древа жизни. Природная биотехнология 35(7):676-683. ПМИД 28604660 .
- ^ «Раскрыто: 1000 новых микробных геномов» . 12.06.2017.
- ^ Гаррити ГМ и др. (2009) Стандарты в области геномных наук . Стандарты в геномных науках. 1(1):1-2.
- ^ Гаррити ГМ и др. (2011) Жив и здоров в 100 лет. Стандарты геномных наук. 4(1): 1-2. ПМИД 21475581
- ^ Кирпид, Северная Каролина. (2009) Пятнадцать лет микробной геномики: решение проблем и осуществление мечты. Природная биотехнология 27, 627–632. ПМИД 19587669
- ^ Кирпидес, Северная Каролина, и др. (2016) Наука о микробиомных данных: понимание нашей микробной планеты. Тенденции в микробиологии 24(6):425-427. ПМИД 27197692 .
- ^ Сплоченный призыв к национальному управлению данными микробиомной науки (DOE-JGI, 2016)
- ^ ASM проводит национальный совместный семинар по микробиомным данным.
- ^ Никос Кирпидес назван ASM USFCC / J 2018 г. Лауреат премии Роджера Портера
- ^ Тиндалл Би Джей и Гэррити GM. (2015) Международная премия Ван Нила за исследования в области бактериальной систематики, присужденная в 2014 году Никосу К. Кирпидесу. Int J Syst Evol Microbiol. 65 (Часть 6): 2011-2 ПМИД 26184666
- ^ Сотрудник ААМ
- ^ Шесть из DOE JGI в списке высоко цитируемых исследователей 2016 г. (DOE-JGI, 2016)
- ^ Высоко цитируется: 8 исследователей JGI Министерства энергетики США вошли в список 2015 г. (DOE-JGI, 2015 г.)
- ^ Кленк HP и др. (2011) Полная последовательность генома термофильного, окисляющего водород типового штамма Bacillus tusciae (T2) и реклассификация в новый род Kyrpidia gen. ноябрь как гребешок Kyrpidia tusciae. ноябрь и поправки к семейству Alicyclobacillaceae da Costa и Rainey, 2010. Stand Genomic Sci. 15;5(1):121-34. ПМИД 22180816
- ^ Николаос Кирпидес удостоен звания почетного доктора наук факультета биологии Университета Аристотеля в Салониках.