ТаймЛогик
| Тип компании | Частная компания |
|---|---|
| Промышленность | для биоинформатики Оборудование и программное обеспечение |
| Основан | 1981 |
| Штаб-квартира | Карлсбад, Калифорния, США |
Обслуживаемая территория | По всему миру |
| Продукты | DeCypher, Tera-BLAST, DeCypherSW, DeCypherHMM, GeneDetective, PipeWorks |
| Родитель | Актив Мотив, Инк. |
| Веб-сайт | ТаймЛогик |
TimeLogic — биоинформатическое подразделение компании Active Motif, Inc. Штаб-квартира компании находится в Карловых Варах , Калифорния . TimeLogic разрабатывает FPGA инструменты с -ускорением для сравнения биологических последовательностей в области высокопроизводительной биоинформатики и биовычислений.
История
[ редактировать ]Компания TimeLogic была основана в 1981 году Джеймсом В. (Джимом) Линделиеном и разработала один из первых коммерческих инструментов с аппаратным ускорением для биоинформатики — версию алгоритма Смита-Уотермана с FPGA-ускорением . Системы DeCypher от TimeLogic были расширены и теперь обеспечивают ускоренную реализацию вездесущих биоинформатических алгоритмов BLAST , Smith-Waterman и HMMER с использованием технологии программируемой вентильной матрицы (FPGA).
В 2003 году TimeLogic была приобретена компанией Active Motif . [1] компания по производству биотехнологических реагентов, основанная Invitrogen соучредителем Джозефом Фернандесом.
В 2008 году TimeLogic заключила партнерство с Biomatters для интеграции Geneious Pro с ускоренными алгоритмами систем DeCypher. [2]
В 2011 году TimeLogic заключила партнерство с Билефельда (CeBiTec) для совместной разработки инструментов ускоренных вычислений. Центром биотехнологии Университета [3]
Избранные научные вклады
[ редактировать ]Алгоритмы ускоренной биоинформатики сыграли важную роль в высокопроизводительной геномике , а системы DeCypher широко публиковались в качестве технологии, обеспечивающей возможность геномных открытий, в более чем 180 рецензируемых научных исследовательских статьях , включая избранные вехи, указанные ниже:
В 1997 году при аннотации первой полной последовательности генома E. coli K12 использовался ДеСайфер Смит-Уотерман для определения функции новых транслируемых последовательностей. [4]
В 2002 году геном риса, первой полностью секвенированной культуры, [5] был аннотирован с использованием DeCypher FrameSearch «для обнаружения и исправления сдвигов кадров, вызванных инделами ». [6]
В 2004 году был предложен высокопроизводительный геномный подход к изучению горизонтального переноса генов у фитопаразитических нематод. [7] от Timelogic было проведено с использованием DeCypher Tera-BLAST, реализации алгоритма BLAST .
В 2007 году HMM- профилирование метагеномных последовательностей, созданных (GOS) Sorcerer II Глобальной экспедицией по отбору проб океана , было выполнено с использованием DeCypherHMM для обнаружения 1700 новых семейств белков и сопоставлений с 6000 последовательностями, ранее отнесенными к категории ORFans . [8] Доктор Крейг Вентер в своей биографии упомянул TimeLogic, отметив, что система DeCypher выполнила «на порядок или два больше, чем было достигнуто раньше. Окончательные вычисления заняли две недели, но на стандартном компьютере они бы длились более столетия. ." [9]
физическая карта патогена сои Fusarium virguliforme Также в 2007 году была разработана с использованием экзонных фрагментов, идентифицированных с помощью DeCypher GeneDetective. [10]
В 2011 году глобальная оценка геномной изменчивости крупного рогатого скота была проведена с использованием DeCypher Tera-BLAST «для точного определения хромосомных положений сайтов SNP ». [11]
Продукты
[ редактировать ]- DeCypher Server — это высокопроизводительный сервер с ускорителем на базе FPGA системы поиска сходства DeCypher, который можно перепрограммировать на лету для запуска всех алгоритмов ускоренного поиска TimeLogic.
- Tera-BLAST — это реализация ускоренного алгоритма BLAST , включающая Tera-BLASTN, Tera-BLASTP, Tera-BLASTX, Tera-TBLASTN и Tera-TBLASTX. Tera-BLAST также включает Tera-Probe — запатентованный алгоритм проектирования зондов.
- DeCypher Smith-Waterman — это ускоренная реализация алгоритма Смита-Уотермана , которая также включает FrameSearch.
- DeCypherHMM — это ускоренная реализация алгоритма HMMER , которая также включает HFST — поиск HMM, устойчивый к сдвигу кадра.
- GeneDetective — это ускоренная реализация, аналогичная Эвана Бирни . GeneWise [12] за открытие генов, интронов, экзонов и сайтов сплайсинга в геномах эукариот.
- PipeWorks — это графический интерфейс с возможностью перетаскивания для проектирования ускоренных конвейеров биоинформатики.
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Штатный корреспондент GenomeWeb (26 августа 2003 г.). «Активный мотив реагентной фирмы приобретает TimeLogic» . ГеномВеб . Проверено 20 сентября 2011 г.
- ^ «Новейшая технология FPGA от TimeLogic в сочетании с Geneious Server» . 18 января 2011 года . Проверено 20 ноября 2011 г.
- ^ «Active Motif и CeBiTec формируют партнерство для совместной разработки вычислительных инструментов для платформы биоинформатики с аппаратным ускорением на базе FPGA корпорации TimeLogic» . 14 ноября 2011 года. Архивировано из оригинала 14 февраля 2012 года . Проверено 1 декабря 2011 г.
- ^ Блаттнер, Франция; Планкетт Г, Г.; Блох, Калифорния; Перна, Северная Каролина; Берланд, В.; Райли, М.; Кольядо-Видес, Дж.; Гласнер, доктор юридических наук; Роде, СК; Мэйхью, ГФ; Грегор, Дж.; Дэвис, Северо-Запад; Киркпатрик, ХА; Гёден, Массачусетс; Роуз, диджей; Мау, Б.; Шао, Ю. (1997). «Полная последовательность генома Escherichia coli K-12» . Наука . 277 (5331): 1453–1462. дои : 10.1126/science.277.5331.1453 . ПМИД 9278503 .
- ^ Гиллис, Джастинг (11 августа 2005 г.). «Полностью картирован геном риса» . Washingtonpost.com .
- ^ Гофф, ЮАР; Рике, Д.; Лан, TH; Престинг, Г.; Ван, Р.; Данн, М.; Глейзбрук, Дж.; Сешнс, А.; Оллер, П.; Варма, Х.; Хэдли, Д.; Хатчисон, Д.; Мартин, К.; Катагири, Ф.; Ланге, Б.М.; Мугамер, Т.; Ся, Ю.; Будворт, П.; Чжун, Дж.; Мигель, Т.; Пашковский, У.; Чжан, С.; Кольбер, М.; Солнце, WL; Чен, Л.; Купер, Б.; Парк, С.; Вуд, Техас; Мао, Л.; Перепел, П. (2002). «Проект последовательности генома риса (Oryza sativa L. Ssp. Japonica)». Наука . 296 (5565): 92–100. Бибкод : 2002Sci...296...92G . дои : 10.1126/science.1068275 . ПМИД 11935018 . S2CID 2960202 .
- ^ Шолль, Э.Х.; Торн, Дж.Л.; Маккартер, JP; Берд, DM (2003). «Горизонтально перенесенные гены у фитопаразитических нематод: высокопроизводительный геномный подход» . Геномная биология . 4 (6): Р39. дои : 10.1186/gb-2003-4-6-r39 . ЧВК 193618 . ПМИД 12801413 .
- ^ Юсеф, С.; Саттон, Г.; Руш, Д.Б.; Халперн, Алабама; Уильямсон, С.Дж.; Ремингтон, К.; Эйзен, Дж. А.; Гейдельберг, КБ; Мэннинг, Г.; Ли, В.; Ярошевский, Л.; Цеплак, П.; Миллер, CS; Ли, Х.; Машияма, СТ; Йоахимиак, член парламента; Ван Белль, К.; Чандония, Дж. М.; Зёргель, Д.А.; Чжай, Ю.; Натараджан, К.; Ли, С.; Рафаэль, Би Джей; Бафна, В.; Фридман, Р.; Бреннер, SE; Годзик, А.; Айзенберг, Д.; Диксон, Дж. Э.; Тейлор, СС (2007). «Глобальная экспедиция по отбору проб океана Sorcerer II: расширение Вселенной белковых семейств» . ПЛОС Биология . 5 (3): е16. doi : 10.1371/journal.pbio.0050016 . ПМК 1821046 . ПМИД 17355171 .
- ^ Вентер, Дж. Крейг (18 октября 2007 г.). Расшифрованная жизнь: Мой геном: Моя жизнь . Нью-Йорк, Нью-Йорк: Взрослый викинг . ISBN 978-0-670-06358-1 . OCLC 165048736 .
- ^ Шульц, Дж.Л.; Али, С.; Баллард, Л.; Лайтфут, Д.А. (2007). «Разработка физической карты возбудителя сои Fusarium virguliforme на основе синтении с геномной ДНК Fusarium graminearum» . БМК Геномика . 8 : 262. дои : 10.1186/1471-2164-8-262 . ПМК 1978504 . ПМИД 17683537 .
- ^ Жан, Б.; Фадиста, Дж.; Томсен, Б.; Хедегаард, Дж.; Паниц, Ф.; Бендиксен, К. (2011). «Глобальная оценка геномной изменчивости крупного рогатого скота путем ресеквенирования генома и высокопроизводительного генотипирования» . БМК Геномика . 12 :557. дои : 10.1186/1471-2164-12-557 . ПМК 3248099 . ПМИД 22082336 .
- ^ Бирни, Э .; Клэмп, М.; Дурбин, Р. (2004). «GeneWise и Genomewise» . Геномные исследования . 14 (5): 988–995. дои : 10.1101/гр.1865504 . ПМК 479130 . ПМИД 15123596 .