Супергруппа (биология)

Супергруппа — в эволюционной биологии это большая группа организмов, имеющих одного общего предка и имеющие важные определяющие характеристики. Это неформальный, в основном произвольный ранг в биологической таксономии , который часто превосходит тип или царство , хотя некоторые супергруппы также рассматриваются как типы . ^{[ 1 ]}

Эукариотические супергруппы

Начиная с десятилетия 2000-х годов эукариотическое древо жизни (сокращенно eToL) было разделено на 5–8 основных групп, называемых «супергруппами». Эти группировки были созданы после идеи о том, что в качестве рангов следует принимать только монофилетические группы, в качестве альтернативы использованию парафилетического царства Protista . ^{[ 2 ]} На заре существования eToL рассматривались шесть традиционных супергрупп: Amoebozoa , Opisthokonta , « Excavata », Archaeplastida , « Chromalveolata » и Rhizaria . С тех пор eToL претерпела глубокие изменения, и большинство этих групп оказались парафилетическими или не имели определяющих морфологических характеристик, объединяющих их членов, что делает ярлык «супергруппа» более произвольным. ^{[ 1 ]}

В настоящее время добавление многих линий недавно открытых протистов (таких как Telonemia , Picozoa , Hemimastigophora , Rigifilida ...) и использование филогеномного анализа привели к созданию новой, более точной модели супергруппы. Это текущие супергруппы эукариот: ^{[ 1 ]}

ЦАР , состоящий из Телонемии и клады САР ( Stramenopiles , Alveolata и Rhizaria ). ^{[ 3 ]} По оценкам, он занимает до половины всего эукариотического разнообразия, поскольку включает несколько основных групп, таких как диатомовые водоросли , динофлагелляты , морские водоросли , инфузории , фораминиферы , радиолярии , а также апикомплексаны и оомицеты- паразиты. ^{[ 1 ]} По существу он содержит большую часть « Chromalveolata ».
Haptista (также рассматриваемый как тип ), ранее входивший в состав « Chromalveolata », включающий гаптофитные водоросли и центрохелиды .
Cryptista (также рассматриваемый как тип ), ранее входивший в состав « Chromalveolata », включающий криптомонады , катаблефариды и загадочные Palpitomonas .
Археопластиды (также рассматриваемые как царство ), состоящие из линий, которые приобрели хлоропласты посредством первичного эндосимбиоза : Chloroplastida ( зеленые водоросли и наземные растения ), Rhodophyta , Glaucophyta и Rhodelphis .
Amorphea , состоящая из Amoebozoa и Opisthokonta ( животных , грибов и родственных им протистов). Они родственны бревиатам и апусомонадам и вместе образуют кладу Обазоа .
CRuMs , состоящие из свободноживущих групп простейших Collodictyonidae , Rigifilida и Mantamonas .
Дискоба , состоящая из Discicristata ( Euglenozoa и Heterolobosea ), Jakobida и Tsukubamonas . Это самая большая сохранившаяся клада « Раскопок ».
Метамонада , ранее входившая в состав « Раскопок », полностью содержащая анаэробных протистов.
Hemimastigophora , ранее принадлежавшая к группе-сироте, но недавно включенная в Diaphoretickes . ^{[ 4 ]}
Provora , самая последняя супергруппа, в которую входит ранее осиротевшая Ancoracysta . ^{[ 4 ]}

Многие группы-сироты свободноживущих простейших остаются позади и не могут быть добавлены в супергруппу, такие как: Picozoa (возможно, принадлежит к Archaeplastida с ограниченной уверенностью), Malawimonadida (считается родственной Metamonada ), Ancyromonadida , Breviatea , Apusomonadida , и т. д. ^{[ 1 ]}

Возможная современная топология eToL может быть следующей (супергруппы выделены жирным шрифтом ): ^{[ 5 ]}^{[ 4 ]}

Прокариотические супергруппы

Термин «супергруппа» используется в филогенетических исследованиях бактерий в меньшем смысле, чем у эукариот. По состоянию на 2021 год он очень часто используется для обозначения клад внутри рода Wolbachia . ^{[ 6 ]}^{[ 7 ]}^{[ 8 ]}

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и Бурки Ф., Роджер А.Дж., Браун М.В., Симпсон А.Г.Б. (январь 2020 г.). «Новое дерево эукариотов» . Тенденции Эколь Эвол . 35 (1): 43–55. дои : 10.1016/j.tree.2019.08.008 . ПМИД 31606140 .
^ Симпсон, Аластер ГБ; Роджер, Эндрю Дж. (2004). «Настоящие «царства» эукариотов» . Современная биология . 14 (17): Р693–Р696. дои : 10.1016/j.cub.2004.08.038 . ПМИД 15341755 . S2CID 207051421 .
^ Штрассерт Дж.Ф.Х., Джейми М., Мыльников А.П., Тихоненков Д.В., Бурки Ф. (апрель 2019 г.). «Новый филогеномический анализ загадочного типа телонемии дает дальнейшее объяснение древу жизни эукариот» . Молекулярная биология и эволюция . 36 (4): 757–765. дои : 10.1093/molbev/msz012 . ПМК 6844682 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с Tikhonenkov, Denis V.; Mikhailov, Kirill V.; Gawryluk, Ryan M. R.; Belyaev, Artem O.; Mathur, Varsha; Karpov, Sergey A.; Zagumyonnyi, Dmitry G.; Borodina, Anastasia S.; Prokina, Kristina I.; Mylnikov, Alexander P.; Aleoshin, Vladimir V.; Keeling, Patrick J. (2022). "Microbial predators form a new supergroup of eukaryotes". Nature . doi : 10.1038/s41586-022-05511-5 . PMID 36477531 .
^ Браун М.В. и др. (2018), «Филогеномика помещает сиротские линии протистанов в новую супергруппу эукариот», Genome Biology and Evolution , 10 (2): 427–433, doi : 10.1093/gbe/evy014 , PMC 5793813
^ Бальдо Л., Веррен Дж. Х. (2007). «Возвращаясь к типированию супергруппы Wolbachia на основе WSP: ложные линии происхождения и разногласия с MLST». Карр Микробиол . 55 : 81–87. дои : 10.1007/s00284-007-0055-8 .
^ Конечка, Эдита; Ольшановский, Зиемовит (2021). «Супергруппа E Wolbachia обнаружена у Hypochthonius rufulus (Acari: Oribatida) в Польше» . Инфекция, генетика и эволюция . 91 (104829). дои : 10.1016/j.meegid.2021.104829 . ISSN 1567-1348 .
^ Ковацин С., Баркер С.С. (2007). «Бактерии супергруппы F Wolbachia паразитируют на вшах (Insecta: Phthiraptera)». Паразитол Рес . 100 : 479–485. дои : 10.1007/s00436-006-0309-6 .

[NewToE-1] Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и Бурки Ф., Роджер А.Дж., Браун М.В., Симпсон А.Г.Б. (январь 2020 г.). «Новое дерево эукариотов» . Тенденции Эколь Эвол . 35 (1): 43–55. дои : 10.1016/j.tree.2019.08.008 . ПМИД 31606140 .

[SimpsonRoger2004-2] Симпсон, Аластер ГБ; Роджер, Эндрю Дж. (2004). «Настоящие «царства» эукариотов» . Современная биология . 14 (17): Р693–Р696. дои : 10.1016/j.cub.2004.08.038 . ПМИД 15341755 . S2CID 207051421 .

[TSAR-3] Штрассерт Дж.Ф.Х., Джейми М., Мыльников А.П., Тихоненков Д.В., Бурки Ф. (апрель 2019 г.). «Новый филогеномический анализ загадочного типа телонемии дает дальнейшее объяснение древу жизни эукариот» . Молекулярная биология и эволюция . 36 (4): 757–765. дои : 10.1093/molbev/msz012 . ПМК 6844682 .

[Provora-4] Jump up to: ^а ^б ^с Tikhonenkov, Denis V.; Mikhailov, Kirill V.; Gawryluk, Ryan M. R.; Belyaev, Artem O.; Mathur, Varsha; Karpov, Sergey A.; Zagumyonnyi, Dmitry G.; Borodina, Anastasia S.; Prokina, Kristina I.; Mylnikov, Alexander P.; Aleoshin, Vladimir V.; Keeling, Patrick J. (2022). "Microbial predators form a new supergroup of eukaryotes". Nature . doi : 10.1038/s41586-022-05511-5 . PMID 36477531 .

[OrphanProtistanLineages-5] Браун М.В. и др. (2018), «Филогеномика помещает сиротские линии протистанов в новую супергруппу эукариот», Genome Biology and Evolution , 10 (2): 427–433, doi : 10.1093/gbe/evy014 , PMC 5793813

[WolbachiaSupergroups-6] Бальдо Л., Веррен Дж. Х. (2007). «Возвращаясь к типированию супергруппы Wolbachia на основе WSP: ложные линии происхождения и разногласия с MLST». Карр Микробиол . 55 : 81–87. дои : 10.1007/s00284-007-0055-8 .

[WolbachiaEHypochthonius-7] Конечка, Эдита; Ольшановский, Зиемовит (2021). «Супергруппа E Wolbachia обнаружена у Hypochthonius rufulus (Acari: Oribatida) в Польше» . Инфекция, генетика и эволюция . 91 (104829). дои : 10.1016/j.meegid.2021.104829 . ISSN 1567-1348 .

[WolbachiaF-8] Ковацин С., Баркер С.С. (2007). «Бактерии супергруппы F Wolbachia паразитируют на вшах (Insecta: Phthiraptera)». Паразитол Рес . 100 : 479–485. дои : 10.1007/s00436-006-0309-6 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]