ТМЕМ106А

ТМЕМ106А
Идентификаторы
Псевдонимы	TMEM106A , трансмембранный белок 106A
Внешние идентификаторы	МГИ : 1922056 ; Гомологен : 16996 ; Генные карты : TMEM106A ; ОМА : TMEM106A – ортологи
showМестоположение гена ( человек )
Chr.	Chromosome 17 (human)
End	43,220,041 bp
showМестоположение гена ( Мышь )
Chr.	Chromosome 11 (mouse)
End	101,482,614 bp
show экспрессии РНК Характер
	Top expressed in
	buccal mucosa cell; ; renal medulla; ; pylorus; ; synovial membrane; ; monocyte; ; tibia; ; bone marrow cells; ; gonad; ; appendix; ; parietal pleura;
	Top expressed in
	right kidney; ; lumbar spinal ganglion; ; human kidney; ; epithelium of small intestine; ; ileum; ; intestinal villus; ; stroma of bone marrow; ; proximal tubule; ; jejunum; ; duodenum;
	More reference expression data
	n/a
showГенная онтология
Molecular function	molecular function;
Cellular component	integral component of membrane; membrane; plasma membrane;
Biological process	biological process; CD80 biosynthetic process; CD86 biosynthetic process; macrophage activation; positive regulation of I-kappaB kinase/NF-kappaB signaling; positive regulation of MAPK cascade; positive regulation of MHC class II biosynthetic process; positive regulation of nitric oxide metabolic process; immune system process; innate immune response;
	Sources:Amigo / QuickGO
hideОртологи
	113277
	217203
	ENSG00000184988
	ENSMUSG00000034947
	Q96A25
	Q8VC04
	НМ_001291586 ; НМ_001291587 ; НМ_001291588 ; НМ_145041
	НМ_144830 ; НМ_001359325 ; НМ_001359326 ; НМ_001359327
	НП_001278515 ; НП_001278516 ; НП_001278517 ; НП_659478
	НП_659079 ; НП_001346254 ; НП_001346255 ; НП_001346256
	Викиданные
Просмотр/редактирование человека	Просмотр/редактирование мыши

TMEM106A — это ген , который кодирует трансмембранный белок 106A (TMEM106A) у человека разумного . ^{[ 5 ]} Он расположен в районе 17q21.31 на плюсовой цепи рядом с генами, связанными с раком, NBR1 и BRCA1 . ^{[ 5 ]}^{[ 6 ]} Ген TMEM106A содержит домен неизвестной функции — DUF1356. ^{[ 5 ]}

Структура белка

Белок TMEM106A имеет молекулярную массу 28,9 кдал. Он содержит 262 аминокислоты, 240 из которых находятся в домене функции. ^{[ 5 ]} Белок имеет трансмембранный участок . ^{[ 7 ]} Есть доказательства существования вторичной трансмембранной области у человека, но эта область не консервативна у родственных ортологов. ^{[ 8 ]} Белок не содержит сигнального пептидного белка. ^{[ 9 ]} Структура белка содержит одинаковое соотношение вторичных структур альфа-спирали и бета-цепи (это не включает трансмембранные структуры). ^{[ 10 ]}^{[ 11 ]}

Белок TMEM106A с бета-листами (красный), альфа-спиралями (синий) и трансмембранной областью (серый)

Существует несколько областей посттрансляционной модификации TMEM106A, в том числе:

Гомология

Паралоги

Ген TMEM106A имеет два паралога: TMEM106B и TMEM106C . Эти паралоги принадлежат семейству генов pfam07092, которое принадлежит суперсемейству DUF1356. Это семейство состоит из нескольких белков млекопитающих, длина которых составляет около 250 аминокислот. ^{[ 15 ]} TMEM106B и TMEM106C консервативны у беспозвоночных и млекопитающих.

Белок	Инвентарный номер	Аминокислоты	Процент идентичности	Высшее выражение
ТМЕМ106А	ААИ46977	262	100	Почка ^{[ 16 ]}
ТМЕМ106Б	НП_001127704	274	43	Вездесущий ^{[ 17 ]}
ТМЕМ106C	ААИ07793	231	36	Вездесущий ^{[ 18 ]}

Ортологи

Ген TMEM106A обнаружен только у хордовых . ^{[ 20 ]} Из трех подтипов TMEM106A чаще всего встречается у Vertebrata , а также у некоторых представителей Tunicata , которые являются беспозвоночными морскими фильтраторами. Это разделение типа произошло 722,5 миллиона лет назад. ^{[ 21 ]} TMEM106A не обнаружен у бактерий, растений или грибов.

Организм	Общее имя	Инвентарный номер	Аминокислоты	Процент идентичности	Примечания
Мудрый человек	Человек	ААИ46977.1	262	100	млекопитающее
Пан-троглодиты	Шимпанзе	XP_001154896.2	262	99.2	млекопитающее
я поставил абелиуса	Орангутан	XP_002827523.1	262	96.2	млекопитающее
Каллитрикс Якх	Мартышка	XP_002748067.1	262	90.5	млекопитающее
Знакомая волчья собака	Собака	XP_548074.2	262	84.8	млекопитающее
Мышиная мышца	Мышь	ААХ22145.1	261	66.4	млекопитающее
Ксенопус северный	Марсабитская шпорцевая лягушка	АСС55056.1	262	59.5	Рептилия
Дания рерио	данио	ААХ50177.1	282	34.5	Рыба
Ойкоплевра двудомная	асцидия	CBY08060.1	249	27.8	Беспозвоночное

Выражение

TMEM106A экспрессируется в нескольких тканях человека. К тканям с наибольшей экспрессией относятся матка , почки , тонкий кишечник и желудок . ^{[ 16 ]}^{[ 22 ]} Профили EST для ортологов показывают, что экспрессия консервативна с наибольшей экспрессией в почках и меньшей экспрессией в некоторых других областях. ^{[ 23 ]} Некоторые ткани никогда не проявляют экспрессии, включая мышцы , жировую ткань и кости .

Джин район

У Homo sapiens TMEM106A расположен рядом с NBR1 , геном, идентифицированным как антиген опухоли яичников, наблюдаемый при раке яичников . ^{[ 24 ]} Он также расположен рядом с BRCA1 , рака молочной железы геном-супрессором опухоли . ^{[ 25 ]} Первые 140 аминокислот белка TMEM106A, включая части DUF1356 и трансмембранную область, удаляются вместе с BRCA1 во время рака молочной железы с ранним началом. ^{[ 26 ]}

Генное окружение TMEM106A

Ссылки

^ Перейти обратно: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000184988 – Ensembl , май 2017 г.
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000034947 – Ensembl , май 2017 г.
^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д «Ген Энтрез: трансмембранный белок TMEM106A 106A» .
^ «Генекарты: трансмембранный белок TMEM106A 106A» .
^ Накаи К., Хортон П. (январь 1999 г.). «PSORT: программа для обнаружения сортирующих сигналов в белках и прогнозирования их субклеточной локализации» . Тенденции биохимии. Наука . 24 (1): 34–6. дои : 10.1016/S0968-0004(98)01336-X . ПМИД 10087920 .
^ Перссон Б., Аргос П. (март 1994 г.). «Прогнозирование трансмембранных сегментов белков с использованием множественного выравнивания последовательностей». Дж. Мол. Биол . 237 (2): 182–92. дои : 10.1006/jmbi.1994.1220 . ПМИД 8126732 .
^ Нильсен Х., Энгельбрехт Дж., Брунак С., фон Хейне Г. (январь 1997 г.). «Идентификация прокариотических и эукариотических сигнальных пептидов и предсказание мест их расщепления» . Белок англ . 10 (1): 1–6. дои : 10.1093/белок/10.1.1 . ПМИД 9051728 .
^ Гарнье Дж., Диджей Осгуторп, Робсон Б. (март 1978 г.). «Анализ точности и применения простых методов предсказания вторичной структуры глобулярных белков». Дж. Мол. Биол . 120 (1): 97–120. дои : 10.1016/0022-2836(78)90297-8 . ПМИД 642007 .
^ Чжоу П.Ю., Фасман Г.Д. (1979). «Прогнозирование вторичной структуры белков по их аминокислотной последовательности» . Достижения в области энзимологии и смежных областей молекулярной биологии . Достижения в энзимологии и смежных областях молекулярной биологии. Том. 47. С. 45–148 . дои : 10.1002/9780470122921.ch2 . ISBN 9780470122921 . ПМИД 364941 . {{cite book}}: |journal= игнорируется ( помогите )
^ Блом Н., Гаммельтофт С., Брунак С. (декабрь 1999 г.). «Предсказание на основе последовательности и структуры сайтов фосфорилирования эукариотических белков». Дж. Мол. Биол . 294 (5): 1351–62. дои : 10.1006/jmbi.1999.3310 . ПМИД 10600390 .
^ Гупта Р., Юнг Э., Брунак С. (2004). «Прогнозирование сайтов N-гликозилирования в белках человека» . Архивировано из оригинала 11 июня 2021 г. Проверено 8 мая 2012 г. {{cite journal}}: Для цитирования журнала требуется |journal= ( помощь )
^ Йохансен М.Б., Кимер Л., Брунак С. (сентябрь 2006 г.). «Анализ и прогноз гликирования белков млекопитающих». Гликобиология . 16 (9): 844–53. CiteSeerX 10.1.1.128.831 . дои : 10.1093/гликоб/cwl009 . ПМИД 16762979 .
^ «Консервативные домены NCBI: DUF1356» .
^ Перейти обратно: ^а ^б «Профиль EST: трансмембранный белок TMEM106A 106A» . .
^ «Профиль EST: трансмембранный белок TMEM106B 106B» . .
^ «Профиль EST: трансмембранный белок TMEM106C 106C» . .
^ Ву С., Ороско С., Бойер Дж., Леглиз М., Гудейл Дж., Баталов С., Ходж К.Л., Хаасе Дж., Джейнс Дж., Хасс Дж.В., Су А.И. (2009). «BioGPS: расширяемый и настраиваемый портал для запроса и организации ресурсов аннотаций генов» . Геном Биол . 10 (11): 130 рандов. дои : 10.1186/gb-2009-10-11-r130 . ПМК 3091323 . ПМИД 19919682 .
^ «Гомологен NCBI: TMEM106A» .
^ Хеджес С.Б., Дадли Дж., Кумар С. (декабрь 2006 г.). «TimeTree: общедоступная база знаний о временах расхождения среди организмов» . Биоинформатика . 22 (23): 2971–2. doi : 10.1093/биоинформатика/btl505 . ПМИД 17021158 .
^ «Профили GEO: трансмембранный белок TMEM106A 106A» .
^ «EST-профили» . .
^ Уайтхаус С., Чемберс Дж., Хоу К., Коборн М., Шарп П., Соломон Э. (январь 2002 г.). «NBR1 взаимодействует с белком фасцикуляции и удлинения zeta-1 (FEZ1) и белком, связывающим кальций и интегрин (CIB), и демонстрирует ограниченную в развитии экспрессию в нервной трубке» . Евро. Дж. Биохим . 269 (2): 538–45. дои : 10.1046/j.0014-2956.2001.02681.x . ПМИД 11856312 .
^ Гарсия-Касадо З., Ромеро И., Фернандес-Серра А., Рубио Л., Льопис Ф., Гарсия А., Лломбарт П., Лопес-Герреро Х.А. (2011). «Полная делеция гена BRCA1 de novo выявлена у испанки с ранним двусторонним раком молочной железы» . БМК Мед. Жене . 12 :134. дои : 10.1186/1471-2350-12-134 . ПМК 3207938 . ПМИД 21989022 .
^ дель Валье Х, Фелиубадало Л, Надаль М, Теуле А, Миро Р, Куэста Р, Торнеро Е, Менендес М, Дардер Э, Брюне Х, Капелла Г, Бланко И, Лазаро К (август 2010 г.). «Идентификация и комплексная характеристика крупных геномных перестроек в генах BRCA1 и BRCA2» (PDF) . Рак молочной железы Рез. Обращаться . 122 (3): 733–43. дои : 10.1007/s10549-009-0613-9 . ПМИД 19894111 . S2CID 22991723 .

Внешние ссылки

Ферик М., Чжао Б., Хофферт Дж.Д., Писиткун Т., Кнеппер М.А. (апрель 2011 г.). «Крупномасштабный фосфопротеомный анализ мембранных белков в проксимальных и дистальных канальцах почек» . Являюсь. J. Physiol., Cell Physiol . 300 (4): C755–70. doi : 10.1152/ajpcell.00360.2010 . ПМК 3074622 . ПМИД 21209370 .

[refGRCh38Ensembl-1] Перейти обратно: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000184988 – Ensembl , май 2017 г.

[refGRCm38Ensembl-2] Перейти обратно: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000034947 – Ensembl , май 2017 г.

[3] «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[4] «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[entrez-5] Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д «Ген Энтрез: трансмембранный белок TMEM106A 106A» .

[genecards-6] «Генекарты: трансмембранный белок TMEM106A 106A» .

[pmid10087920-7] Накаи К., Хортон П. (январь 1999 г.). «PSORT: программа для обнаружения сортирующих сигналов в белках и прогнозирования их субклеточной локализации» . Тенденции биохимии. Наука . 24 (1): 34–6. дои : 10.1016/S0968-0004(98)01336-X . ПМИД 10087920 .

[pmid8126732-8] Перссон Б., Аргос П. (март 1994 г.). «Прогнозирование трансмембранных сегментов белков с использованием множественного выравнивания последовательностей». Дж. Мол. Биол . 237 (2): 182–92. дои : 10.1006/jmbi.1994.1220 . ПМИД 8126732 .

[pmid9051728-9] Нильсен Х., Энгельбрехт Дж., Брунак С., фон Хейне Г. (январь 1997 г.). «Идентификация прокариотических и эукариотических сигнальных пептидов и предсказание мест их расщепления» . Белок англ . 10 (1): 1–6. дои : 10.1093/белок/10.1.1 . ПМИД 9051728 .

[pmid642007-10] Гарнье Дж., Диджей Осгуторп, Робсон Б. (март 1978 г.). «Анализ точности и применения простых методов предсказания вторичной структуры глобулярных белков». Дж. Мол. Биол . 120 (1): 97–120. дои : 10.1016/0022-2836(78)90297-8 . ПМИД 642007 .

[pmid364941-11] Чжоу П.Ю., Фасман Г.Д. (1979). «Прогнозирование вторичной структуры белков по их аминокислотной последовательности» . Достижения в области энзимологии и смежных областей молекулярной биологии . Достижения в энзимологии и смежных областях молекулярной биологии. Том. 47. С. 45–148 . дои : 10.1002/9780470122921.ch2 . ISBN 9780470122921 . ПМИД 364941 . {{cite book}}: |journal= игнорируется ( помогите )

[pmid10600390-12] Блом Н., Гаммельтофт С., Брунак С. (декабрь 1999 г.). «Предсказание на основе последовательности и структуры сайтов фосфорилирования эукариотических белков». Дж. Мол. Биол . 294 (5): 1351–62. дои : 10.1006/jmbi.1999.3310 . ПМИД 10600390 .

[13] Гупта Р., Юнг Э., Брунак С. (2004). «Прогнозирование сайтов N-гликозилирования в белках человека» . Архивировано из оригинала 11 июня 2021 г. Проверено 8 мая 2012 г. {{cite journal}}: Для цитирования журнала требуется |journal= ( помощь )

[pmid16762979-14] Йохансен М.Б., Кимер Л., Брунак С. (сентябрь 2006 г.). «Анализ и прогноз гликирования белков млекопитающих». Гликобиология . 16 (9): 844–53. CiteSeerX 10.1.1.128.831 . дои : 10.1093/гликоб/cwl009 . ПМИД 16762979 .

[conserved_domains-15] «Консервативные домены NCBI: DUF1356» .

[EST_profile-16] Перейти обратно: ^а ^б «Профиль EST: трансмембранный белок TMEM106A 106A» . .

[EST_profile1-17] «Профиль EST: трансмембранный белок TMEM106B 106B» . .

[EST_profile2-18] «Профиль EST: трансмембранный белок TMEM106C 106C» . .

[pmid19919682-19] Ву С., Ороско С., Бойер Дж., Леглиз М., Гудейл Дж., Баталов С., Ходж К.Л., Хаасе Дж., Джейнс Дж., Хасс Дж.В., Су А.И. (2009). «BioGPS: расширяемый и настраиваемый портал для запроса и организации ресурсов аннотаций генов» . Геном Биол . 10 (11): 130 рандов. дои : 10.1186/gb-2009-10-11-r130 . ПМК 3091323 . ПМИД 19919682 .

[homologene-20] «Гомологен NCBI: TMEM106A» .

[pmid17021158-21] Хеджес С.Б., Дадли Дж., Кумар С. (декабрь 2006 г.). «TimeTree: общедоступная база знаний о временах расхождения среди организмов» . Биоинформатика . 22 (23): 2971–2. doi : 10.1093/биоинформатика/btl505 . ПМИД 17021158 .

[GEO_profiles-22] «Профили GEO: трансмембранный белок TMEM106A 106A» .

[EST-23] «EST-профили» . .

[pmid11856312-24] Уайтхаус С., Чемберс Дж., Хоу К., Коборн М., Шарп П., Соломон Э. (январь 2002 г.). «NBR1 взаимодействует с белком фасцикуляции и удлинения zeta-1 (FEZ1) и белком, связывающим кальций и интегрин (CIB), и демонстрирует ограниченную в развитии экспрессию в нервной трубке» . Евро. Дж. Биохим . 269 (2): 538–45. дои : 10.1046/j.0014-2956.2001.02681.x . ПМИД 11856312 .

[pmid21989022-25] Гарсия-Касадо З., Ромеро И., Фернандес-Серра А., Рубио Л., Льопис Ф., Гарсия А., Лломбарт П., Лопес-Герреро Х.А. (2011). «Полная делеция гена BRCA1 de novo выявлена у испанки с ранним двусторонним раком молочной железы» . БМК Мед. Жене . 12 :134. дои : 10.1186/1471-2350-12-134 . ПМК 3207938 . ПМИД 21989022 .

[pmid19894111-26] дель Валье Х, Фелиубадало Л, Надаль М, Теуле А, Миро Р, Куэста Р, Торнеро Е, Менендес М, Дардер Э, Брюне Х, Капелла Г, Бланко И, Лазаро К (август 2010 г.). «Идентификация и комплексная характеристика крупных геномных перестроек в генах BRCA1 и BRCA2» (PDF) . Рак молочной железы Рез. Обращаться . 122 (3): 733–43. дои : 10.1007/s10549-009-0613-9 . ПМИД 19894111 . S2CID 22991723 .

[1]

[2]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]

[ 15 ]

[ 16 ]

[ 17 ]

[ 18 ]

[ 19 ]

[ 20 ]

[ 21 ]

[ 22 ]

[ 23 ]

[ 24 ]

[ 25 ]

[ 26 ]