Домен КХ
| Домен КХ | |||
|---|---|---|---|
 Структура домена KH человеческого белка вигилина . | |||
| Идентификаторы | |||
| Символ | КХ_1 | ||
| Пфам | PF00013 | ||
| Пфам Клан | CL0007 | ||
| ИнтерПро | ИПР018111 | ||
| УМНЫЙ | КХ | ||
| ОБЛАСТЬ ПРИМЕНЕНИЯ 2 | 1виг / СКОПе / СУПФАМ | ||
| |||
| Домен КХ | |||
|---|---|---|---|
| Идентификаторы | |||
| Символ | КХ_2 | ||
| Пфам | PF07650 | ||
| ИнтерПро | ИПР004044 | ||
| УМНЫЙ | КХ | ||
| PROSITE | ПС50823 | ||
| |||
Домен K-гомологии (KH) представляет собой белковый домен , который впервые был идентифицирован в гетерогенном ядерном рибонуклеопротеине человека (hnRNP) K. Эволюционно консервативная последовательность, состоящая примерно из 70 аминокислот, домен KH присутствует в широком спектре белков, связывающих нуклеиновые кислоты. Домен KH связывает РНК и может функционировать в распознавании РНК. [ 1 ] Он встречается в нескольких копиях в нескольких белках, где они могут функционировать совместно или независимо. Например, в РНК-связывающем белке KSRP, богатом AU-элементом, который имеет 4 домена KH, домены 3 и 4 KH ведут себя как независимые связывающие модули, взаимодействуя с различными областями РНК-мишеней, богатых AU. [ 1 ] Структура раствора первого KH-домена FMR1 и C-концевого KH-домена hnRNP K, определенная методом ядерного магнитного резонанса (ЯМР), выявила структуру бета-альфа-альфа-бета-бета-альфа. [ 2 ] [ 3 ] Аутоантитела к NOVA1 , белку домена KH, вызывают паранеопластическую опсоклонус-атаксию. Домен KH находится на N-конце рибосомного белка S3 . Этот домен необычен тем, что имеет другую складку по сравнению с обычным доменом KH. [ 4 ]
Связывание нуклеиновой кислоты
[ редактировать ]Домены KH связываются либо с РНК , либо с одноцепочечной ДНК . Нуклеиновая кислота связана в расширенной конформации по одной стороне домена. Связывание происходит в щели, образованной между альфа-спиралью 1, альфа-спиралью 2, петлей GXXG (содержит высококонсервативный мотив последовательности ) и вариабельной петлей. [ 5 ] Связывающая щель имеет гидрофобную природу с множеством дополнительных белково-специфичных взаимодействий для стабилизации комплекса. Вальверде и его коллеги отмечают, что «взаимодействия укладки ароматических боковых цепей между основанием нуклеиновой кислоты и белком, которые преобладают в других типах мотивов связывания одноцепочечной нуклеиновой кислоты, заметно отсутствуют при распознавании нуклеиновой кислоты домена KH». [ 5 ]
Структурные группы
[ редактировать ]
Структурно существует два разных типа доменов KH, идентифицированные Гришиным, которые называются типом I и типом II. [ 4 ] Домены типа I в основном обнаруживаются в эукариотических белках, а домены типа II преимущественно обнаруживаются у прокариот. Хотя оба типа имеют общий мотив минимальной консенсусной последовательности, они имеют разные структурные складки. Домены KH типа I имеют трехцепочечный бета-лист, где все три цепи антипараллельны. В домене типа II две из трех бета-цепей расположены параллельно. В то время как домены типа I обычно встречаются в белках в нескольких копиях, домены типа II обычно встречаются в одной копии на белок. [ 5 ]
Белки человека, содержащие этот домен
[ редактировать ]АКАП1 ; АНКХД1 ; АНКРД17 ; АССС1 ; БИКК1 ; ДДХ43 ; ДДХ53 ; ДППА5 ; ЭРАЛ1 ; ФМР1 ; ФУБП1 ; ФУБП3 ; FXR1 ; FXR2 ; ГЛД1 ; ЛПВП ; ХНРПК ; ИФР2ВР1 ; ИФР2ВР2 ; ИФР2ВР3 ; ХДРБС1 ; ХДРБС2 ; ХДРБС3 ; КХСРП ; КРР1 ; МЕХ3А ; МЕХ3Б ; МЕХ3С ; МЕКС3Д ; НОВА1 ; НОВА2 ; ПКБП1 ; ПКБП2 ; ПКБП3 ; ПКБП4 ; ПНО1 ; ПНПТ1 ; БКИ ; СФ1 ; ТДХ ;
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б Гарсиа-Майораль М.Ф., Холлингворт Д., Масино Л. и др. (апрель 2007 г.). «Структура C-концевых KH-доменов KSRP обнаруживает неканонический мотив, важный для деградации мРНК» (PDF) . Структура . 15 (4): 485–98. дои : 10.1016/j.str.2007.03.006 . ПМИД 17437720 .
- ^ Муско Дж., Харрат А., Стир Дж. и др. (сентябрь 1997 г.). «Структура раствора первого домена KH FMR1, белка, ответственного за синдром ломкой X». Нат. Структура. Биол . 4 (9): 712–6. дои : 10.1038/nsb0997-712 . ПМИД 9302998 . S2CID 11166126 .
- ^ Бабер Дж.Л., Либутти Д., Левенс Д., Тьяндра Н. (июнь 1999 г.). «Высокоточная структура решения C-концевого домена KH гетерогенного ядерного рибонуклеопротеина K, транскрипционного фактора c-myc» . Дж. Мол. Биол . 289 (4): 949–62. дои : 10.1006/jmbi.1999.2818 . ПМИД 10369774 .
- ^ Jump up to: а б Гришин Н.В. (февраль 2001 г.). «Домен KH: один мотив, две складки» . Нуклеиновые кислоты Рез . 29 (3): 638–43. дои : 10.1093/нар/29.3.638 . ПМК 30387 . ПМИД 11160884 .
- ^ Jump up to: а б с Вальверде Р., Эдвардс Л., Риган Л. (июнь 2008 г.). «Структура и функции доменов KH» . ФЕБС Дж . 275 (11): 2712–26. дои : 10.1111/j.1742-4658.2008.06411.x . ПМИД 18422648 .