АЛИРЕФ

АЛИРЕФ
Доступные структуры
ПДБ	Поиск ортологов: PDBe RCSB
showСписок идентификационных кодов PDB
	3ULH
Идентификаторы
Псевдонимы	ALYREF , ALY, ALY/REF, BEF, REF, THOC4, коэффициент экспорта Aly/REF
Внешние идентификаторы	Опустить : 604171 ; МГИ : 1341044 ; Гомологен : 134554 ; GeneCards : ALYREF ; ОМА : ALYREF - ортологи
showМестоположение гена ( человек )
Chr.	Chromosome 17 (human)
End	81,891,586 bp
showМестоположение гена ( Мышь )
Chr.	Chromosome 11 (mouse)
End	120,489,191 bp
show экспрессии РНК Характер
	Top expressed in
	ganglionic eminence; ; ventricular zone; ; stromal cell of endometrium; ; left testis; ; mucosa of transverse colon; ; right testis; ; monocyte; ; granulocyte; ; appendix; ; skin of abdomen;
	Top expressed in
	maxillary prominence; ; mandibular prominence; ; ventricular zone; ; somite; ; epiblast; ; abdominal wall; ; renal corpuscle; ; yolk sac; ; gastrula; ; thymus;
	More reference expression data
	n/a
showГенная онтология
Molecular function	protein binding; nucleic acid binding; RNA binding;
Cellular component	cytoplasm; cytosol; nuclear speck; catalytic step 2 spliceosome; membrane; transcription export complex; exon-exon junction complex; spliceosomal complex; extracellular exosome; nucleus; nucleoplasm;
Biological process	regulation of DNA recombination; mRNA splicing, via spliceosome; termination of RNA polymerase II transcription; mRNA transport; mRNA processing; viral mRNA export from host cell nucleus; mRNA export from nucleus; positive regulation of DNA-templated transcription, elongation; osteoblast differentiation; replication fork processing; viral process; mRNA 3'-end processing; RNA splicing; RNA export from nucleus; transport;
	Sources:Amigo / QuickGO
hideОртологи
	10189
	21681
	ENSG00000183684
	ENSMUSG00000025134
	Q86V81
	О08583
	НМ_005782
	НМ_011568
	НП_005773
	НП_035698
	Викиданные
Просмотр/редактирование человека	Просмотр/редактирование мыши

Фактор экспорта Aly/REF , также известный как субъединица 4 комплекса THO, представляет собой белок , который у человека кодируется ALYREF геном . ^{[ 5 ]}^{[ 6 ]}

ALYREF Ген кодирует фактор экспорта Aly/REF (ALY; субъединица 4 комплекса THO, Tho4; РНК и белок 1, связывающий фактор экспорта, Refbp1), повсеместно экспрессируемый ядерный белок , который действует как молекулярный шаперон и адаптер экспорта, участвующий в ядерном экспорте сплайсированных и несплайсированная мРНК . Комплекс TRanscription-EXport (TREX) , ключевой игрок в экспорте мРНК, включает подкомплекс THO, РНК-хеликазу UAP56 и РНК-связывающий белок ALY. У дрожжей TREX рекрутируется котранскрипционно; в клетках человека он рекрутируется на поздней стадии сплайсинга. Человеческий комплекс TREX рекрутируется в область вблизи 5'-конца мРНК путем взаимодействия ALY и THO с комплексом, связывающим ядерный кэп. В качестве шаперона ALY способствует димеризации факторов транскрипции, содержащих домены основной лейциновой молнии ( bZIP ). ^{[ 7 ]} тем самым способствуя активации транскрипции. ALY играет ключевую роль в процессинге 3'-конца полиаденилированных мРНК и в ядерном экспорте как полиаденилированных, так и неполиаденилированных мРНК. ^{[ 8 ]}^{[ 9 ]} После того, как мРНК связывается с ALY, она, по-видимому, переносится в гетеродимер NXF1-NXT1 для экспорта (путь TAP/NFX1). Полноразмерный белок ALY (Refbp1-I, 255 аминокислот, кодируемых шестью экзонами). ^{[ 10 ]}) имеет консервативный мотив узнавания РНК (RRM; аминокислоты 105-182), фланкированный последовательностями, богатыми аланином/аргинином/глицином; N-концевой участок (аминокислоты 16–37) достаточен для связывания РНК и взаимодействия с гетеродимером NXF1-NXT1. ^{[ 11 ]}

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000183684 – Ensembl , май 2017 г.
^ Jump up to: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000025134 – Ensembl , май 2017 г.
^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ Муравенко О.В., Гизатуллин Р.З., Аль-Амин А.Н., Протопопов А.И., Кашуба В.И., Зеленин А.В., Забаровский Э.Р. (январь 2001 г.). «Положение 17q25.3 на карте гена человека ALY/BEF». Хромосома Рез . 8 (6): 562. дои : 10.1023/A:1009236126053 . ПМИД 11032328 . S2CID 6859937 .
^ «Энтрез Джин: фактор экспорта ALYREF Aly/REF» .
^ «Ген Энтрез: комплекс THOC4 THO 4» .
^ Ши М, Чжан Х, Ву X, Хэ Z, Ван Л, Инь С, Тянь Б, Ли Г, Ченг Х (сентябрь 2017 г.). «ALYREF в основном связывается с 5'- и 3'-областями мРНК in vivo» . Нуклеиновые кислоты Рез . 45 (16): 9640–9653. дои : 10.1093/nar/gkx597 . ПМК 5766156 . ПМИД 28934468 .
^ Ши М, Чжан Х, Ву X, Хэ Z, Ван Л, Инь С, Тянь Б, Ли Г, Ченг Х (март 2019 г.). «ALYREF связывает процессинг 3'-конца с ядерным экспортом неполиаденилированных мРНК» . ЭМБО Дж . 38 (9): e99910. дои : 10.15252/embj.201899910 . ПМК 6484419 . ПМИД 30858280 .
^ «Ансамбль: Джин ALYREF ENSG00000183684 (человек)» .
^ «UniProtKB Q86V81 (THOC4_HUMAN)» .

Дальнейшее чтение

Брюн Л., Маннерлин А., Гроссшедль Р. (1997). «ALY, контекстно-зависимый коактиватор LEF-1 и AML-1, необходим для функции энхансера TCRalpha» . Генс Дев . 11 (5): 640–53. дои : 10.1101/gad.11.5.640 . ПМИД 9119228 .
Нойбауэр Г., Кинг А., Раппсилбер Дж. и др. (1998). «Масс-спектрометрия и поиск в базе данных EST позволяют охарактеризовать мультибелковый сплайсосомный комплекс». Нат. Жене . 20 (1): 46–50. дои : 10.1038/1700 . ПМИД 9731529 . S2CID 585778 .
Вичманн И., Гарсиа-Лозано Дж.Р., Репалдиза Н. и др. (1999). «Аутоантитела к белкам регуляции транскрипции DEK и ALY у больного системной красной волчанкой». Хм. Иммунол . 60 (1): 57–62. дои : 10.1016/S0198-8859(98)00085-8 . ПМИД 9952027 .
Вирбасиус CM, Вагнер С, Грин MR (1999). «Человеческий ядерно-локализованный шаперон, который регулирует димеризацию, связывание ДНК и транскрипционную активность белков bZIP» . Мол. Клетка . 4 (2): 219–28. дои : 10.1016/S1097-2765(00)80369-X . ПМИД 10488337 .
Ле Хир Х., Изаурральде Э., Макват Л.Е., Мур М.Дж. (2001). «Сплайсосома откладывает множество белков на 20–24 нуклеотида выше экзон-экзонных соединений мРНК» . ЭМБО Дж . 19 (24): 6860–9. дои : 10.1093/emboj/19.24.6860 . ПМК 305905 . ПМИД 11118221 .
Ким В.Н., Катаока Н., Дрейфус Г. (2001). «Роль нонсенс-опосредованного фактора распада hUpf3 в зависимом от сплайсинга комплексе экзон-экзон». Наука . 293 (5536): 1832–6. Бибкод : 2001Sci...293.1832K . дои : 10.1126/science.1062829 . ПМИД 11546873 . S2CID 12018200 .
Луо М.Л., Чжоу З., Магни К. и др. (2001). «Сплайсинг пре-мРНК и экспорт мРНК связаны прямым взаимодействием между UAP56 и Aly». Природа . 413 (6856): 644–7. Бибкод : 2001Natur.413..644L . дои : 10.1038/35098106 . ПМИД 11675789 . S2CID 4395388 .
Катаока Н., Дием М.Д., Ким В.Н. и др. (2002). «Магох, человеческий гомолог белка mago nashi Drosophila, является компонентом зависимого от сплайсинга комплекса соединения экзон-экзон» . ЭМБО Дж . 20 (22): 6424–33. дои : 10.1093/emboj/20.22.6424 . ПМЦ 125744 . ПМИД 11707413 .
Штрассер К., Масуда С., Мейсон П. и др. (2002). «TREX представляет собой консервативный комплекс, сочетающий транскрипцию с экспортом информационной РНК». Природа . 417 (6886): 304–8. Бибкод : 2002Natur.417..304S . дои : 10.1038/nature746 . ПМИД 11979277 . S2CID 1112194 .
Юрица М.С., Ликлайдер Л.Дж., Гиги С.Р. и др. (2002). «Очистка и характеристика нативных сплайсосом, подходящих для трехмерного структурного анализа» . РНК . 8 (4): 426–39. дои : 10.1017/S1355838202021088 . ПМК 1370266 . ПМИД 11991638 .
Раппсилбер Дж., Райдер У., Ламонд А.И., Манн М. (2002). «Крупномасштабный протеомный анализ сплайсосомы человека» . Геном Рез . 12 (8): 1231–45. дои : 10.1101/гр.473902 . ЧВК 186633 . ПМИД 12176931 .
Чен И.Х., Шиабица К.С., Сандри-Голдин Р.М. (2002). «ICP27 взаимодействует с фактором экспорта РНК Aly/REF, направляя безинтронные мРНК вируса простого герпеса типа 1 на путь экспорта TAP» . Дж. Вирол . 76 (24): 12877–89. doi : 10.1128/JVI.76.24.12877-12889.2002 . ПМК 136725 . ПМИД 12438613 .
Штраусберг Р.Л., Фейнгольд Е.А., Граус Л.Х. и др. (2003). «Получение и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши» . Учеб. Натл. акад. наук. США . 99 (26): 16899–903. Бибкод : 2002PNAS...9916899M . дои : 10.1073/pnas.242603899 . ПМК 139241 . ПМИД 12477932 .
Маккракен С., Лонгман Д., Джонстон И.Л. и др. (2004). «Эволюционно консервативная роль SRm160 в процессинге 3'-конца, которая функционирует независимо от образования комплекса экзонных соединений» . Ж. Биол. Хим . 278 (45): 44153–60. дои : 10.1074/jbc.M306856200 . ПМИД 12944400 .
Прайор А., Тунг Л., Ян З. и др. (2004). «Регулируемая ростом экспрессия и G0-специфический оборот мРНК, которая кодирует URH49, белок DExH/D-бокс млекопитающих, который тесно связан с экспортным белком мРНК UAP56» . Нуклеиновые кислоты Рез . 32 (6): 1857–65. дои : 10.1093/nar/gkh347 . ПМК 390356 . ПМИД 15047853 .
Герхард Д.С., Вагнер Л., Фейнгольд Е.А. и др. (2004). «Статус, качество и расширение проекта полноразмерной кДНК Национального института здравоохранения: Коллекция генов млекопитающих (MGC)» . Геном Рез . 14 (10Б): 2121–7. дои : 10.1101/гр.2596504 . ПМК 528928 . ПМИД 15489334 .
Онг С.Е., Миттлер Г., Манн М. (2005). «Идентификация и количественная оценка сайтов метилирования in vivo тяжелым метилсилаком». Нат. Методы . 1 (2): 119–26. дои : 10.1038/nmeth715 . ПМИД 15782174 . S2CID 6654604 .
Масуда С., Дас Р., Ченг Х. и др. (2005). «Привлечение человеческого комплекса TREX к мРНК во время сплайсинга» . Генс Дев . 19 (13): 1512–7. дои : 10.1101/gad.1302205 . ПМК 1172058 . ПМИД 15998806 .
Мерц Дж. А., Кобаяши Р., Дадли Дж. П. (2007). «ALY является распространенным коактиватором RUNX1 и c-Myb в энхансере лейкемогенного вируса типа B» . Дж. Вирол . 81 (7): 3503–13. дои : 10.1128/JVI.02253-06 . ПМК 1866045 . ПМИД 17229714 .
Куарежма А.Дж., Зиверт Р., Никерсон Дж.А. (2013). «Регуляция экспорта мРНК путем передачи сигнала киназы PI3/AKT» . Мол. Биол. Клетка . 24 (8): 1208–21. doi : 10.1091/mbc.E12-06-0450 . ПМЦ 3623641 . ПМИД 23427269 .

Внешние ссылки

ALYREF Расположение человеческого гена в браузере генома UCSC .
Подробная информация о гене человека ALYREF в браузере генома UCSC .
Обзор всей структурной информации, доступной в PDB для UniProt : Q86V81 (субъединица комплекса THO 4) в PDBe-KB .

Эта статья о гене на й хромосоме человека незавершена 17 - . Вы можете помочь Википедии, расширив ее .

[refGRCh38Ensembl-1] Jump up to: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000183684 – Ensembl , май 2017 г.

[refGRCm38Ensembl-2] Jump up to: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000025134 – Ensembl , май 2017 г.

[3] «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[4] «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[pmid11032328-5] Муравенко О.В., Гизатуллин Р.З., Аль-Амин А.Н., Протопопов А.И., Кашуба В.И., Зеленин А.В., Забаровский Э.Р. (январь 2001 г.). «Положение 17q25.3 на карте гена человека ALY/BEF». Хромосома Рез . 8 (6): 562. дои : 10.1023/A:1009236126053 . ПМИД 11032328 . S2CID 6859937 .

[entrez-6] «Энтрез Джин: фактор экспорта ALYREF Aly/REF» .

[entrez2-7] «Ген Энтрез: комплекс THOC4 THO 4» .

[pmid28934468-8] Ши М, Чжан Х, Ву X, Хэ Z, Ван Л, Инь С, Тянь Б, Ли Г, Ченг Х (сентябрь 2017 г.). «ALYREF в основном связывается с 5'- и 3'-областями мРНК in vivo» . Нуклеиновые кислоты Рез . 45 (16): 9640–9653. дои : 10.1093/nar/gkx597 . ПМК 5766156 . ПМИД 28934468 .

[pmid30858280-9] Ши М, Чжан Х, Ву X, Хэ Z, Ван Л, Инь С, Тянь Б, Ли Г, Ченг Х (март 2019 г.). «ALYREF связывает процессинг 3'-конца с ядерным экспортом неполиаденилированных мРНК» . ЭМБО Дж . 38 (9): e99910. дои : 10.15252/embj.201899910 . ПМК 6484419 . ПМИД 30858280 .

[ensembl-10] «Ансамбль: Джин ALYREF ENSG00000183684 (человек)» .

[uniprot-11] «UniProtKB Q86V81 (THOC4_HUMAN)» .

[1]

[2]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]