Хромосома 17
Хромосома 17 | |
---|---|
Функции | |
Длина ( б.н. ) | 84 276 897 п.н. (CHM13) |
Количество генов | 1124 ( CCDS ) [1] |
Тип | Аутосома |
Положение центромеры | Субметацентрический [2] (25,1 Мбит/с [3] ) |
Полные списки генов | |
CCDS | Список генов |
HGNC | Список генов |
ЮниПрот | Список генов |
NCBI | Список генов |
Внешние программы просмотра карт | |
Вместе | Хромосома 17 |
Входить | Хромосома 17 |
NCBI | Хромосома 17 |
УКСК | Хромосома 17 |
Полные последовательности ДНК | |
RefSeq | NC_000017 ( ИСПРАВЛЕНО ) |
ГенБанк | CM000679 ( БЫСТРО ) |
Хромосома 17 — одна из 23 пар хромосом у человека . Обычно у людей есть две копии этой хромосомы. Хромосома 17 охватывает более 84 миллионов пар оснований (строительный материал ДНК ) и составляет от 2,5 до 3% всей ДНК в клетках .
Хромосома 17 содержит кластер генов гомеобокса B.
Гены [ править ]
Количество генов [ править ]
Ниже приведены некоторые оценки количества генов в 17-й хромосоме человека. Поскольку исследователи используют разные подходы к аннотированию генома, их прогнозы количества генов в каждой хромосоме различаются (технические подробности см. в разделе «Прогнозирование генов» ). Самая консервативная оценка CCDS представляет собой нижнюю границу общего числа генов, кодирующих человеческие белки. [4]
По оценкам | Гены, кодирующие белки | Некодирующие гены РНК | Псевдогены | Источник | Дата выпуска |
---|---|---|---|---|---|
CCDS | 1,124 | — | — | [1] | 2016-09-08 |
HGNC | 1,132 | 325 | 458 | [5] | 2017-05-12 |
Вместе | 1,184 | 1,199 | 535 | [6] | 2017-03-29 |
ЮниПрот | 1,169 | — | — | [7] | 2018-02-28 |
NCBI | 1,199 | 757 | 566 | [8] [9] [10] | 2017-05-19 |
Список генов [ править ]
Ниже приводится неполный список генов 17-й хромосомы человека. Полный список можно найти по ссылке в информационном окне справа.
- 2700099C18Rik : кодирующий белка NDC80, псевдоген компонента кинетохорного комплекса. гомолог
- ABI3 : кодирующий белок члена 3 семейства генов ABI.
- ABR : кодирующий белок Abr, rhogef и белок, активирующий гтпасу.
- ARHGAP44 : кодирующий белок Rho, активирующий ГТФазу белок 44.
- AZI1 : кодирующий белок 5-азацитидин-индуцированный белок 1
- BRCA1P1 : кодирующий псевдоген 1 белка BRCA1.
- BCPR кодирующий Белок, , регулятор TP53, связанный с раком молочной железы
- C17orf98 : кодирующий белок C17orf98.
- C1QL1 : кодирующий белковый компонент комплемента 1, субкомпонент q, подобный субкомпоненту 1.
- CCDC144A : кодирующий белок Белок 144A, содержащий домен спиральной спирали
- CCDC40 : кодирующий белок спиральный домен, содержащий 40
- CCDC47 : кодирующий белок CCDC47.
- CCDC57 : кодирующий белок Белок 57, содержащий домен спиральной спирали
- CLUH : кодирующий гомолог белка кластерных митохондрий (cluA/CLU1).
- CTDNEP1 : кодирующий белок фосфатазу ядерной оболочки CTD 1.
- DEL17P13.1, кодирующий белок Синдром делеции хромосомы 17p13.1
- DHX8 : кодирующий белок DEAH-бокс-хеликазу 8.
- DPH1, кодирующий белок 1 биосинтеза дифтамида
- DUP17Q12 : кодирующий белок синдром дупликации хромосомы 17q12.
- FAM20A : кодирующий белок FAM20A.
- GAS7 : кодирует белок 7, специфичный для остановки роста.
- GGT6 : кодирующий белок гамма-глутамилтрансфераза 6.
- HN1 : кодирующий белок. Гематологически и неврологически экспрессируется 1 белок.
- IBD22, кодирующий белок Воспалительное заболевание кишечника-22
- Локус KRTAP : кодировка ок. 40 белков, связанных с кератином
- LINC00511 : кодирующий белок. Длинная межгенная небелковая кодирующая РНК 511.
- LINC00674, кодирующий белок. Длинная межгенная небелковая кодирующая РНК 674.
- LRRC37A, кодирующий белок , богатый лейцином повтор, содержащий 37A
- LRRC48 : кодирующий белок, белок 48, содержащий богатые лейцином повторы.
- MBTD1 : кодирующий белок домен злокачественной опухоли головного мозга, содержащий 1
- METTL16 : кодирующий белок метилтрансферазу типа 16.
- MGAT5B : кодирующий фермент альфа-1,6-маннозилгликопротеин 6-бета-N-ацетилглюкозаминилтрансферазу B.
- MIR195 : кодирующий белок микроРНК 195.
- MIR4521 : кодирующий белок микроРНК 4521.
- MLLT6 : кодирующий белок MLLT6, содержащий палец PHD.
- MSI2 : кодирующий белок РНК-связывающий белок Musashi 2.
- MYBBP1A : кодирующий белок Myb-связывающий белок 1A.
- MYCBPAP : кодирующий белок MYCBP-ассоциированный белок
- NBP : кодирующий пептид нейропептид B
- НМЭ1-НМЭ2 :
- NXPH3 : кодирующий белок нейрексофилин-3.
- OMG : кодирующий белок олигодендроцитарно-миелиновый гликопротеин.
- Регулятор 3 биосинтеза сфинголипидов Ormdl : кодирующий белок регулятор 3 биосинтеза сфинголипидов ORMDL
- PLXDC1 : кодирующий белок, содержащий домен плексина, белок 1.
- PNPO : кодирующий фермент пиридоксин-5'-фосфатоксидазу.
- PPP1R27 : кодирует белок протеинфосфатазу 1, регуляторная субъединица 27.
- PRCD : кодирующий белок. Прогрессирующая дегенерация палочек-колбочек.
- PRPSAP2 : кодирующий белок 2, связанный с фосфорибозилпирофосфатсинтетазой.
- PRR29 : кодирующий белок , богатый пролином белок 29.
- QRICH2 : кодирующий белок 2, богатый глютамином.
- RAP1GAP2 : кодирующий белок RAP1, активирующий ГТФазу белок 2.
- RFFL : кодирующий фермент E3 убиквитин-белковую лигазу рифифилин.
- RNMTL1 : кодирующий белок 1, подобный ферменту РНК-метилтрансферазе.
- RPAIN : кодирующий белок, белок, взаимодействующий с RPA.
- RPL23A : кодирующий белок 60S, рибосомальный белок L23a.
- SC65 : кодирующий белок белка синаптонемного комплекса SC65.
- SCPEP1 : кодирующий фермент серинкарбоксипептидазу, индуцируемую ретиноидами.
- SEBOX : кодирующий гомеобокс белка SEBOX.
- SECTM1 : кодирующий белок, секретируемый и трансмембранный белок 1.
- SEPTIN4 : кодирование Septin4.
- SKA2 : кодирующий белок, связанный с веретеном и кинетохорами.
- SLC39A11 : кодирующий белок, член 11 семейства растворенных носителей 39.
- SLFN11 : кодирующий белок члена 11 семейства Шлафенов.
- SLFN12 : кодирующий белок члена 12 семейства Sleeping.
- SNF8 : кодирующий белок белок вакуольной сортировки SNF8.
- SPACA3 , связанный с мембраной акросомы спермия. : белок 3
- SPAG5 : кодирующий белок , ассоциированный со спермой антиген 5.
- ST6GALNAC1 : кодирующий фермент альфа-N-ацетилгалактозаминид альфа-2,6-сиалилтрансферазу 1.
- ST6GALNAC2 : кодирующий фермент альфа-N-ацетилгалактозаминид альфа-2,6-сиалилтрансферазу 2.
- STH : кодирующий белок Сайтохин.
- SUZ12P1, кодирующий белок SUZ12 полисотовый репрессивный комплекс 2, субъединица псевдогена 1
- TAC4 : кодирующий белок Тахикинин-4.
- TBC1D3 : кодирующий белок , член семейства доменов TBC1 3E/3F.
- TMEM106A : кодирующий белок Трансмембранный белок 106A.
- TMEM98 : кодирующий белок Трансмембранный белок 98.
- TNFSF12-TNFSF13 :
- TOM1L1 : кодирующий белок TOM1-подобный белок 1
- TOM1L2 : кодирующий белок TOM1-подобный белок 2
- TRIM65 : кодирующий белка, содержащий 65 трехсторонний мотив
- TRPV1 : кодирующий белок, член 1 подсемейства V катионного канала переходного рецепторного потенциала.
- TSEN54 : кодирует белка ТРНК. субъединицу 54 эндонуклеазы сплайсинга
- TTYH2 : кодирующий белок члена 2 семейства Твити.
- НДС1 : кодирующий белок, гомолог белка мембраны синаптических везикул НДС-1.
- VPS25 : кодирующий белок белок 25, связанный с вакуольной сортировкой белков.
- VPS53 : кодирующий белок гомолог вакуольной сортировки белка 53 (S. cerevisiae)
- YBX2 : кодирующий белок Y-бокс-связывающий белок 2
- ZNF207 : кодирующий белок Белок 207 цинкового пальца
- ZNF830 : кодирующий белок Белок 830 цинкового пальца
- Несколько хемокинов CC : CCL1 , CCL2 , CCL3 , CCL4 , CCL5 , CCL7 , CCL8 , CCL11 , CCL13 , CCL14 , CCL15 , CCL16 , CCL18 и CCL23.
Ниже приведены некоторые гены и их соответствующее цитогенетическое расположение на хромосоме 17:
p-arm [ править ]
- FLCN : фолликулин (17p11.2)
- MYO15A : миозин XVA (17p11.2).
- RAI1 : индуцированный ретиноевой кислотой 1 (17p11.2)
- PMP22 : белок 22 периферического миелина (17p12).
- CTNS : цистинозин, лизосомальный переносчик цистина (17p13).
- USP6 : Убиквитинкарбоксил-концевая гидролаза 6, связанная с аневризматической костной кистой (17p13).
- ACADVL : ацил-кофермент А дегидрогеназа, очень длинная цепь (17p13.1).
- ГСПГ : глобулин, связывающий половые гормоны (17p13.1).
- TP53 : белок-супрессор опухоли p53 (синдром Ли-Фраумени), ген-супрессор опухоли (17p13.1).
- ASPA : аспартоацилаза ( болезнь Канавана ) (17p13.3)
- GLOD4 : домен глиоксалазы, содержащий 4 (17p13.3)
q-arm [ править ]
- CCDC55 : белок 55, содержащий спирально-спиральный домен (17q11.2).
- FLOT2 : флотиллин 2 (17q11.2)
- NF1 : нейрофибромин 1 ( нейрофиброматоз , болезнь Реклингхаузена, болезнь Ватсона) (17q11.2)
- SLC6A4 : переносчик серотонина, связанный с обсессивно-компульсивным расстройством (ОКР). [11] (17q11.2)
- CCL4L1 : хемокиновый лиганд 4, подобный 1, мотив CC (17q12).
- DDX52 : геликаза 52 DExD-бокса (17q12)
- ERBB2 , гомолог онкогена, полученного из нейро/глиобластомы (птичий) (17q12) Гомолог 2 вирусного онкогена локального лейкоза
- GRB7 : белок 7, связанный с рецептором фактора роста (17q12).
- BRCA1 : рак молочной железы 1, раннее начало (17q21)
- GFAP : глиальный фибриллярный кислый белок (17q21).
- RARA или RAR-альфа : рецептор ретиноевой кислоты альфа (участвует в t(15,17) при ПМЛ) (17q21)
- Ген MAPT , кодирующий тау-белок (17q21.1)
- NAGLU : N-ацетилглюкозаминидаза, синдром Санфилиппо B (17q21.2)
- SLC4A1 : белок-переносчик анионов диапазона 3. Семейство растворенных носителей 4, член 1 (17q21.31)
- CBX1 : гомолог 1 хромобокса (17q21.32)
- COL1A1 : коллаген типа I, альфа 1 (17q21.33)
- LUC7L3 : LUC7-подобный 3 фактор сплайсинга пре-мРНК (17q21.33)
- NOG : белок Noggin (17q22).
- RPS6KB1 или S6K : рибосомальная протеин S6-киназа (17q23.1)
- FTSJ3 : гомолог 3 FtsJ (17q23.3)
- SCN4A : Субъединица потенциалзависимого натриевого канала Alpha Nav1.4 (17q23.3)
- GALK1 : галактокиназа 1 (17q24)
- KCNJ2 : калиевый канал, выпрямляющий внутрь, подсемейство J, член 2 (17q24.3)
- ACTG1 : актин, гамма 1 (17q25)
- CDC42EP4 : эффекторный белок 4 CDC42 (17q25.1)
- USH1G : синдром Ушера 1G (аутосомно-рецессивный) (17q25.1)
- CANT1 : кальций-активируемая нуклеотидаза 1 (17q25.3).
- BIRC5 : Сурвивин (17q25.3)
- CHMP6 : заряженный мультивезикулярный белок 6 организма (17q25.3).
- ENPP7 : эктонуклеотид пирофосфатаза/фосфодиэстераза 7 (17q25.3)
- EPR1 : рецептор пептидазы 1 эффекторных клеток (17q25.3
- RHBDF2 : член 2 ромбовидного семейства (17q25.3)
- TMC6 и TMC8 : трансмембранные каналы, подобные 6 и 8 (верруциформная эпидермодисплазия) (17q25.3)
- WT4 : кодирующий белок опухоли Вильмса-4.
Болезни и расстройства [ править ]
Следующие заболевания связаны с генами на 17 хромосоме:
- синдром микроделеции 17q12
- Синдром Кулена-де Фриза
- болезнь Александра
- Синдром Андерсена-Тавиля
- Аневризматическая костная киста
- Биполярное расстройство
- Синдром Бирта-Хогга-Дюбе
- Рак мочевого пузыря
- Рак молочной железы
- синдром Брука
- Кампомелическая дисплазия
- болезнь Канавана
- Цереброретинальная микроангиопатия с кальцификациями и кистами
- Болезнь Шарко-Мари-Тута
- Хронический лимфоцитарный лейкоз , tp53
- Кортикобазальная дегенерация
- Цистиноз
- Депрессия
- Синдром Элерса-Данлоса
- Верруциформная эпидермодисплазия
- Лобно-височная деменция и паркинсонизм связаны с 17-й хромосомой
- Галактоземия
- Болезнь накопления гликогена II типа ( Помпе ). болезнь
- Наследственная невропатия со склонностью к параличу от сдавления.
- Синдром Хауэлла-Эванса
- Синдром Ли-Фраумени
- Сахарный диабет зрелого возраста 5 типа
- Синдром Миллера-Дикера
- Синдром множественных синостозов
- Нейрофиброматоз I типа
- Несиндромальная глухота
- Обсессивно-компульсивное расстройство
- Несовершенный остеогенез
- Синдром Потоцкого-Лупски
- Проксимальный симфалангизм
- Синдром Санфилиппо
- Синдром Смита-Магениса
- синдром Ашера
- Дефицит очень длинноцепочечного ацил-кофермента А-дегидрогеназы
- Синдром фон Гирке
полоса Цитогенетическая
Хр. | Рука [17] | Группа [18] | ISCN начинать [19] | ISCN останавливаться [19] | Базовая пара начинать | Базовая пара останавливаться | Пятно [20] | Плотность |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
17 | п | 13.3 | 0 | 385 | 1 | 3,400,000 | гнег | |
17 | п | 13.2 | 385 | 550 | 3,400,001 | 6,500,000 | GPS | 50 |
17 | п | 13.1 | 550 | 784 | 6,500,001 | 10,800,000 | гнег | |
17 | п | 12 | 784 | 990 | 10,800,001 | 16,100,000 | GPS | 75 |
17 | п | 11.2 | 990 | 1499 | 16,100,001 | 22,700,000 | гнег | |
17 | п | 11.1 | 1499 | 1664 | 22,700,001 | 25,100,000 | акцент | |
17 | д | 11.1 | 1664 | 1815 | 25,100,001 | 27,400,000 | акцент | |
17 | д | 11.2 | 1815 | 2104 | 27,400,001 | 33,500,000 | гнег | |
17 | д | 12 | 2104 | 2255 | 33,500,001 | 39,800,000 | GPS | 50 |
17 | д | 21.1 | 2255 | 2461 | 39,800,001 | 40,200,000 | гнег | |
17 | д | 21.2 | 2461 | 2599 | 40,200,001 | 42,800,000 | GPS | 25 |
17 | д | 21.31 | 2599 | 2874 | 42,800,001 | 46,800,000 | гнег | |
17 | д | 21.32 | 2874 | 3025 | 46,800,001 | 49,300,000 | GPS | 25 |
17 | д | 21.33 | 3025 | 3176 | 49,300,001 | 52,100,000 | гнег | |
17 | д | 22 | 3176 | 3383 | 52,100,001 | 59,500,000 | GPS | 75 |
17 | д | 23.1 | 3383 | 3451 | 59,500,001 | 60,200,000 | гнег | |
17 | д | 23.2 | 3451 | 3658 | 60,200,001 | 63,100,000 | GPS | 75 |
17 | д | 23.3 | 3658 | 3781 | 63,100,001 | 64,600,000 | гнег | |
17 | д | 24.1 | 3781 | 3850 | 64,600,001 | 66,200,000 | GPS | 50 |
17 | д | 24.2 | 3850 | 4001 | 66,200,001 | 69,100,000 | гнег | |
17 | д | 24.3 | 4001 | 4166 | 69,100,001 | 72,900,000 | GPS | 75 |
17 | д | 25.1 | 4166 | 4400 | 72,900,001 | 76,800,000 | гнег | |
17 | д | 25.2 | 4400 | 4510 | 76,800,001 | 77,200,000 | GPS | 25 |
17 | д | 25.3 | 4510 | 4950 | 77,200,001 | 83,257,441 | гнег |
Ссылки [ править ]
- ^ Jump up to: Перейти обратно: а б «Результаты поиска — 17[CHR] И «Homo sapiens»[Организм] И («имеет ccds»[Свойства] И живой[prop]) — Ген» . НКБИ . CCDS Release 20 для Homo Sapiens . 08.09.2016 . Проверено 28 мая 2017 г.
- ^ Том Страчан; Эндрю Рид (2 апреля 2010 г.). Молекулярная генетика человека . Гирляндная наука. п. 45. ИСБН 978-1-136-84407-2 .
- ^ Jump up to: Перейти обратно: а б Страница оформления генома, NCBI. Данные идеограммы Homo sapience (850 ударов в час, сборка GRCh38.p3) . Последнее обновление 3 июня 2014 г. Проверено 26 апреля 2017 г.
- ^ Пертеа М., Зальцберг С.Л. (2010). «Между курицей и виноградом: оценка количества генов человека» . Геном Биол . 11 (5): 206. doi : 10.1186/gb-2010-11-5-206 . ПМК 2898077 . ПМИД 20441615 .
- ^ «Статистика и загрузки для хромосомы 17» . Комитет по генной номенклатуре Хьюго . 12 мая 2017 г. Проверено 19 мая 2017 г.
- ^ «Хромосома 17: Сводка хромосом — Homo sapiens» . Ансамбль Выпуск 88 . 2017-03-29 . Проверено 19 мая 2017 г.
- ^ «Человеческая хромосома 17: записи, названия генов и перекрестные ссылки на MIM» . ЮниПрот . 28 февраля 2018 г. Проверено 16 марта 2018 г.
- ^ «Результаты поиска — 17[CHR] И «Homo sapiens»[Организм] И («кодирующий белок генотип»[Свойства] И живой[prop]) — Ген» . НКБИ . 19 мая 2017 г. Проверено 20 мая 2017 г.
- ^ "Результаты поиска - 9[CHR] И "Homo sapiens"[Организм] И ( ("genetype miscrna"[Свойства] OR "генотип ncrna"[Свойства] OR "генотип rrna"[Свойства] OR "генотип trna"[Свойства] ИЛИ "генотип scrna"[Свойства] ИЛИ "генотип snrna"[Свойства] ИЛИ "генотип snrna"[Свойства]) НЕ "генотип, кодирующий белок"[Свойства] И живой[prop]) - Ген" . НКБИ . 19 мая 2017 г. Проверено 20 мая 2017 г.
- ^ "Результаты поиска - 17[CHR] И "Homo sapiens"[Организм] И ("генотип псевдо"[Свойства] И живой[prop]) - Ген" . НКБИ . 19 мая 2017 г. Проверено 20 мая 2017 г.
- ^ "Обсессивно-компульсивное расстройство" . Интернет-каталог генов человека и генетических нарушений .
- ^ Страница оформления генома, NCBI. Данные идеограммы Homo sapience (400 ударов в час, сборка GRCh38.p3) . Последнее обновление 4 марта 2014 г. Проверено 26 апреля 2017 г.
- ^ Страница оформления генома, NCBI. Данные идеограммы Homo sapience (550 ударов в час, сборка GRCh38.p3) . Последнее обновление 11 августа 2015 г. Проверено 26 апреля 2017 г.
- ^ Международный постоянный комитет по цитогенетической номенклатуре человека (2013 г.). ISCN 2013: Международная система цитогенетической номенклатуры человека (2013) . Каргерское медицинское и научное издательство. ISBN 978-3-318-02253-7 .
- ^ Сетакулвичай, В.; Манитпорнсут, С.; Вибунрат, М.; Лилакиацакун, В.; Ассавамакин, А.; Тонгсима, С. (2012). «Оценка разрешения на уровне полос изображений хромосом человека» . 2012 Девятая Международная конференция по информатике и программной инженерии (JCSSE) . стр. 276–282. дои : 10.1109/JCSSE.2012.6261965 . ISBN 978-1-4673-1921-8 . S2CID 16666470 .
- ^ Страница оформления генома, NCBI. Данные идеограммы Homo sapience (850 ударов в час, сборка GRCh38.p3) . Последнее обновление 3 июня 2014 г. Проверено 26 апреля 2017 г.
- ^ " p ": Короткая рука; « q »: Длинная рука.
- ^ Номенклатуру цитогенетических полос см. в статье locus .
- ^ Jump up to: Перейти обратно: а б Эти значения (начало/конец ISCN) основаны на длине полос/идеограмм из книги ISCN «Международная система цитогенетической номенклатуры человека» (2013). Произвольная единица .
- ^ gpos : область, положительно окрашенная G-полосами , обычно богатая АТ и бедная генами; gneg : область, отрицательно окрашенная G-полосами, обычно богатая CG и богатая генами; acen Центромера . var : переменная область; стебель : Стебель.
- Гилберт Ф (1998). «Гены и хромосомы болезней: карты болезней генома человека. Хромосома 17». Генетический тест . 2 (4): 357–81. дои : 10.1089/gte.1998.2.357 . ПМИД 10464617 .
- Веб-сайт генной карты https://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=SCN4A
Внешние ссылки [ править ]
- Национальные институты здравоохранения. «Хромосома 17» . Домашний справочник по генетике . Архивировано из оригинала 30 июня 2007 г. Проверено 6 мая 2017 г.
- «Хромосома 17» . Информационный архив проекта «Геном человека», 1990–2003 гг . Проверено 6 мая 2017 г.