Jump to content

ПРР29

ПРР29
Идентификаторы
Псевдонимы PRR29 , C17orf72, богатый пролином 29
Внешние идентификаторы МГИ : 1922823 ; Гомологен : 130357 ; GeneCards : PRR29 ; ОМА : PRR29 — ортологи
Ортологи
Разновидность Человек Мышь
Входить
Вместе
ЮниПрот
RefSeq (мРНК)

НМ_001164257
НМ_001191029
НМ_001191030
НМ_001191031

НМ_029345

RefSeq (белок)

НП_001157729
НП_001177958
НП_001177959
НП_001177960

НП_083621

Местоположение (UCSC) Чр 17: 64 – 64 Мб Чр 11: 106,26 – 106,27 Мб
в PubMed Поиск [ 3 ] [ 4 ]
Викиданные
Просмотр/редактирование человека Просмотр/редактирование мыши
Богатый пролином белок 29
Идентификаторы
Символ ПРР29
Альт. символы C17orf72
Альт. имена Хромосома 17. Открытая рамка считывания 72.
ген NCBI 92340
RefSeq НМ_001164257.2
ЮниПрот P0C7W0
Другие данные
Локус 17 q23
Искать
StructuresSwiss-model
DomainsInterPro

PRR29 ( богатый пролином белок 29 ) представляет собой белок, кодируемый геном PRR29, расположенным у человека на хромосоме 17 в положении 17q23. [ 5 ] [ 6 ] [ 7 ]

Его функция до конца не изучена. Его название происходит от цепочки из 5 пролина, аминокислот расположенной ближе к концу белка. Первичный домен в последовательности этого белка известен как DUF4587. [ 5 ] Сообщается, что он имеет высокий уровень экспрессии в тканях, относящихся к системе кровообращения и иммунной системе . [ 8 ] Предполагается, что PRR29 представляет собой ядерный белок, который облегчает связь между ядром и митохондриями .

Ген также широко известен как C17orf72. Ген имеет размер 5961 пару оснований и содержит пять экзонов . [ 6 ]

Расположение гена PRR29 относительно его соседей

PRR29 расположен на длинном плече хромосомы 17 (17q23.3), начиная с 63998344 и заканчивая 64004305. [ 6 ] Ген охватывает 5961 пару оснований и ориентирован на плюс-цепь. Гены SNHG25 и LOC105371858 соседствуют с PRR29 на хромосоме 17. Ген ICAM2 расположен на отрицательной цепи, прямо напротив PRR29.

Человеческий ген PRR29, также называемый C17of72, охватывает 6 экзонов и расположен в геномных координатах chr17: 63 998 351–64 002 516 на положительной цепи ДНК (hg38). Его длина составляет 4166 пар оснований, включая интроны . После их удаления длина сокращается до 3611 пар оснований. [ 9 ]

Ген имеет 12 распространенных вариантов сплайсинга и одну несплайсированную форму. [ 10 ] Самая длинная транскрибируемая мРНК состоит из 3048 пар оснований, а транскрибируемая белковая последовательность этой мРНК составляет 189 аминокислот . [ 6 ]

Локус PRR29 [ 11 ]
Геномный взгляд на PRR29

Общие свойства

[ редактировать ]

PRR29 человека разумного имеет несколько изоформ белка, самая длинная из которых состоит из 236 аминокислот. [ 6 ] PRR29 имеет прогнозируемую изоэлектрическую точку 5,23 и прогнозируемую молекулярную массу 26,1 килодальтон. PRR29 характеризуется большей, чем в среднем, долей пролинов (19,1%) и меньшим, чем в среднем, количеством аспарагинов (0,4%). [ 12 ]

По оценкам, белок PRR29 имеет молекулярную массу 20,7 кДа. По прогнозам, его изоэлектрическая точка будет находиться на отметке 4,83. [ 13 ]

PRR29 содержит богатую пролином область в своей последовательности от аминокислот с 73 по 166. Домен с неизвестной функцией, DUF 4587, также присутствует в аминокислотах с 39 по 112 или 113. [ 14 ] [ 15 ] DUF 4587 обычно имеет длину от 64 до 79 аминокислот и содержит два мотива последовательности QNAQ и HHH. Предполагается, что PRR29 будет содержать множество областей, образующих альфа-спираль и бета-лист. В частности, прогнозируется, что область DUF 4587 образует альфа-спираль. [ 16 ]

Он содержит один мотив области, богатой пролином, который простирается от аминокислоты 39 до 107. [ 17 ]

Вторичная и третичная структура

[ редактировать ]
3D-структура белка PRR29

Вторичная структура характеризуется высокой достоверностью наличия альфа-спирали от аминокислоты с 43 по 70, а остальная часть состоит из клубков. [ 18 ] Что касается третичной структуры , инструменты прогнозирования показали низкую достоверность во всех участках белка, кроме основной альфа-спирали. [ 19 ]

Непереведенные регионы

[ редактировать ]

Вторичная структура 5'-UTR PRR29 состоит из единственной ножки-петли , которая почти полностью сохраняется между ортологами. 3'-UTR намного длиннее и содержит в своей вторичной структуре 41 различную стволовую петлю. Любое предсказанное связывание микроРНК с PRR29 считается нефункциональным. [ 20 ]

Субклеточная локализация

[ редактировать ]

С помощью PSORTII прогнозируется, что PRR29 локализуется в ядре клетки. [ 21 ] PSORTII не позволяет предсказать наличие каких-либо нацеливающих последовательностей или сигнальных пептидов. Данные о локализации PRR29 внутри клеток показывают, что он в первую очередь обнаруживается в ядре, затем в митохондриях и цитоплазме . [ 22 ]

Посттрансляционная модификация

[ редактировать ]

Предполагается, что PRR29 подвергается сумойилированию, ацетилированию и фосфорилированию серина, треонина и тирозина. [ 23 ] Наиболее распространенными типами посттрансляционной модификации этого белка являются фосфорилирование , гликозилирование , гидроксилирование и сумойлирование . [ 24 ] Они способствуют стабильности, структуре и сворачиванию белка.

Взаимодействия

[ редактировать ]

Интерактом PRR29 еще недостаточно охарактеризован. Одно экспериментальное исследование показало, что PRR29-подобный белок Sus scrofa взаимодействует с N-концевой протеазой вируса классической чумы свиней (CSFV). [ 25 ]

3D-прогноз структуры от I-TASSER [ 26 ]

Выражение

[ редактировать ]
Данные об экспрессии PRR29 на основе секвенирования РНК образцов тканей человека.
Данные по экспрессии PRR29 из транскриптома bodyMap 2 Illumina

PRR29 повсеместно экспрессируется по всему организму. Однако особенно высокая экспрессия наблюдается в яичниках, мышцах, сердце, семенниках и тимусе. [ 27 ] Согласно PaxDb, содержание PRR29 попадает в нижние 5% по сравнению с другими белками. [ 28 ]

Его экспрессия сконцентрирована в родственных тканях, включая селезенку , легкие , лейкоциты и сердце . [ 8 ] Данные гибридизации in situ показывают, что экспрессия в головном мозге человека относительно низкая в переднем мозге , но выше в базальных ганглиях , среднем мозге и заднем мозге , за исключением коры мозжечка. Для сравнения, экспрессия в мозге мышей сосредоточена в изокортексе , обонятельной области, гиппокампе , кортикальной пластинке и мозжечке .

Регуляция на уровне транскрипта

[ редактировать ]

Прогнозирование факторов транскрипции , которые связываются с промоторной областью PRR29, включает факторы, участвующие в активации лейкоцитов и образовании клеток крови. [ 29 ] Обилие этого белка по сравнению с другими белками, обнаруженными в организме человека, в настоящее время неизвестно. [ 30 ]

Гомология

[ редактировать ]
Таблица, сравнивающая расхождение PRR29 у разных видов относительно гена человека.

PRR29 имеет единственный известный паралог C21orf58 . [ 31 ] PRR29 хорошо консервативен среди хордовых, а PRR29-подобные белки, содержащие DUF 4587, были предсказаны у протостом, таких как Mollusca и Annelida. [ 32 ] DUF 4587 высококонсервативен во всех ортологах PRR29, а также присутствует в его паралоге C21orf58. [ 33 ] Этот домен был обнаружен у столь отдаленных видов, как Capitella teleta , которые отделились от человека 847 миллионов лет назад. [ 34 ]

Экспрессия PRR29 [ 27 ]

Этот ген имеет ортологи у других видов животных . Он был обнаружен только у позвоночных животных , старейшим из которых является белопятнистая бамбуковая акула . [ 35 ] [ 36 ]

PRR29 не имеет известных аналогов . [ 35 ]

Род и вид Общее имя Дата расхождения с человеком (MYA) [ 37 ] Номер образца белка [ 38 ] Длина последовательности (аа) Идентичность человеческой последовательности Сходство с человеческой последовательностью
Мудрый человек Человек 0 НП_001177958.1 236 1 1
Наннопалакс Галили Слепой слепыш 90.9 XP_008844796.1 181 0.62 0.68
Бубалус бубалис Водяной буйвол 97.5 XP_006041674.1 236 0.56 0.65
Монодельфис домашний опоссум 163.7 XP_007482631.1| 195 0.51 0.62
Aquila chrysaetos canadensis Беркут 320 XP_011593496.1 170 0.36 0.48
Анолис Каролинский Анол Ящерица 320.5 XP_008111611.1 186 0.39 0.52
Ксенопус левис Африканская когтистая лягушка 355.7 НП_001079741.1 309 0.34 0.49
Эсокс света Северная щука 429 XP_010873077.1 197 0.48 0.74
Branchiostoma floridae ланцетник 733 XP_002603029.1 1341 0.37 0.71
Сиона кишечная Сиона кишечная 733 XP_009857401.1 227 0.43 0.67
Капителла телета Капителла телета 847 ELU01749 558 0.37 0.51
Лоттия гигантская Сова-блюдо 847 XP_009046359.1 299 0.33 0.54
PRR29 Неукорененное филогенетическое дерево [ 39 ]

Эволюция

[ редактировать ]
Скорость мутации PRR29 по сравнению со скоростью мутации цитохрома с и фибриногена альфа.

Этот ген развивается со скоростью выше, чем у цитохрома с , но ниже, чем у альфа-цепи фибриногена . [ 36 ]

Клиническое значение

[ редактировать ]

Неизвестно, связан ли PRR29 напрямую с какими-либо заболеваниями.

Эксперименты были проведены на образцах тканей и клеток, чтобы наблюдать любые потенциальные изменения в экспрессии белка в различных условиях. Образцы, пораженные легочным саркоидозом и мелкоклеточным раком легкого , не претерпели существенных изменений в экспрессии по сравнению с нормальными клетками. [ 40 ] [ 41 ] внутричерепной артерии Аневризма действительно вызвала изменения, приведшие к усилению выраженности [ 42 ]

  1. ^ Jump up to: а б с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000224383 Ensembl , май 2017 г.
  2. ^ Jump up to: а б с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000009210 Ensembl , май 2017 г.
  3. ^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
  4. ^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
  5. ^ Jump up to: а б «RecName: Full = Богатый пролином белок 29 — белок — NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov .
  6. ^ Jump up to: а б с д и «PRR29 богатый пролином 29 [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 28 апреля 2016 г.
  7. ^ "PRR29_ЧЕЛОВЕК" . Унипрот . Проверено 28 апреля 2016 г.
  8. ^ Jump up to: а б «PRR29 богатый пролином 29 [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov .
  9. ^ «Человеческий ген PRR29 (ENST00000425164.7) из GENCODE V38» . genome.ucsc.edu .
  10. ^ «NCBI Эйсвью» .
  11. ^ «PRR29 богатый пролином 29 [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 9 мая 2016 г.
  12. ^ «Вычислить пи/МВт» . SIB Швейцарский институт биоинформатики.
  13. ^ https://web.expasy.org/cgi-bin/compute_pi/pi_tool [ постоянная мертвая ссылка ]
  14. ^ «PRR29 — белок 29, богатый пролином — Homo sapiens (человек) — ген и белок PRR29» . www.uniprot.org . Проверено 9 мая 2016 г.
  15. ^ «PRR29 богатый пролином 29 [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov .
  16. ^ «SDSC Biology Workbench-PELE» .
  17. ^ «Сканирование мотивов» . myhits.sib.swiss .
  18. ^ «Сервер I-TASSER для прогнозирования структуры и функций белков» . zhanggroup.org .
  19. ^ «База данных структуры белков AlphaFold» . Alphafold.ebi.ac.uk .
  20. ^ «Складчатая форма РНК» . www.unafold.org .
  21. ^ «ПСОРТ II Прогноз» . psort.hgc.jp . Проверено 9 мая 2016 г.
  22. ^ https://psort.hgc.jp/cgi-bin/runpsort.pl [ постоянная мертвая ссылка ]
  23. ^ «Серверы прогнозирования CBS» . www.cbs.dtu.dk. ​Проверено 9 мая 2016 г.
  24. ^ «МузитеДип» . www.musite.net .
  25. ^ Ли Д., Ли С., Сунь Ю., Донг Х., Ли Ю., Чжао Б., Го Д., Вэн С., Цю Х.Дж. (февраль 2013 г.). «Поли(С)-связывающий белок 1, новый N(про)-взаимодействующий белок, участвующий в росте вируса классической чумы свиней» . Журнал вирусологии . 87 (4): 2072–80. дои : 10.1128/JVI.02807-12 . ПМЦ   3571455 . ПМИД   23221550 .
  26. ^ «Сервер I-TASSER для прогнозирования структуры и функций белков» . zhanglab.ccmb.med.umich.edu . Проверено 28 апреля 2016 г.
  27. ^ Jump up to: а б «Главная — Профили ГЕО — NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 9 мая 2016 г.
  28. ^ «H.sapiens — Весь организм (интегрированный) в PaxDb» . pax-db.org . Проверено 9 мая 2016 г.
  29. ^ https://www.genomatix.de/cgi-bin/eldorado/eldorado.pl?s=8d52110cfa77f5d0982853f81a3ed821 [ только URL ]
  30. ^ «PAXdb: База данных по содержанию белка» . pax-db.org .
  31. ^ «Открытая рамка считывания 58 хромосомы 21orf58 [Homo sapiens (человек)] — Ген — NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 28 апреля 2016 г.
  32. ^ «BLAST: базовый инструмент поиска локального выравнивания» . blast.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 28 апреля 2016 г.
  33. ^ ЭМБЛ-ЭБИ, ИнтерПро. «Домен неизвестной функции DUF4587 (IPR027904) <InterPro <EMBL-EBI» . www.ebi.ac.uk. ​Проверено 9 мая 2016 г.
  34. ^ «Дерево Времени:: Временная шкала жизни» . www.timetree.org . Проверено 9 мая 2016 г.
  35. ^ Jump up to: а б «BLAST: базовый инструмент поиска локального выравнивания» . blast.ncbi.nlm.nih.gov .
  36. ^ Jump up to: а б «Дерево Времени:: Временная шкала жизни» . timetree.org .
  37. ^ «Дерево Времени:: Временная шкала жизни» . www.timetree.org . Проверено 9 мая 2016 г.
  38. ^ «Национальный центр биотехнологической информации» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 9 мая 2016 г.
  39. ^ «SDSC Biology Workbench-ClustalW» . [ постоянная мертвая ссылка ]
  40. ^ "GDS3580/232972_at" . www.ncbi.nlm.nih.gov .
  41. ^ «ГДС4794/232972_ат» . www.ncbi.nlm.nih.gov .
  42. ^ «ГДС3903/232972_ат» . www.ncbi.nlm.nih.gov .
[ редактировать ]
Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: 117d3cdee25edab15c7239ceee3833c7__1723360080
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/11/c7/117d3cdee25edab15c7239ceee3833c7.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
PRR29 - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)