ПРР29
ПРР29 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Идентификаторы | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Псевдонимы | PRR29 , C17orf72, богатый пролином 29 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Внешние идентификаторы | МГИ : 1922823 ; Гомологен : 130357 ; GeneCards : PRR29 ; ОМА : PRR29 — ортологи | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Викиданные | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
Богатый пролином белок 29 | |||
---|---|---|---|
Идентификаторы | |||
Символ | ПРР29 | ||
Альт. символы | C17orf72 | ||
Альт. имена | Хромосома 17. Открытая рамка считывания 72. | ||
ген NCBI | 92340 | ||
RefSeq | НМ_001164257.2 | ||
ЮниПрот | P0C7W0 | ||
Другие данные | |||
Локус | 17 q23 | ||
|
PRR29 ( богатый пролином белок 29 ) представляет собой белок, кодируемый геном PRR29, расположенным у человека на хромосоме 17 в положении 17q23. [ 5 ] [ 6 ] [ 7 ]
Его функция до конца не изучена. Его название происходит от цепочки из 5 пролина, аминокислот расположенной ближе к концу белка. Первичный домен в последовательности этого белка известен как DUF4587. [ 5 ] Сообщается, что он имеет высокий уровень экспрессии в тканях, относящихся к системе кровообращения и иммунной системе . [ 8 ] Предполагается, что PRR29 представляет собой ядерный белок, который облегчает связь между ядром и митохондриями .
Ген также широко известен как C17orf72. Ген имеет размер 5961 пару оснований и содержит пять экзонов . [ 6 ]
Ген
[ редактировать ]
PRR29 расположен на длинном плече хромосомы 17 (17q23.3), начиная с 63998344 и заканчивая 64004305. [ 6 ] Ген охватывает 5961 пару оснований и ориентирован на плюс-цепь. Гены SNHG25 и LOC105371858 соседствуют с PRR29 на хромосоме 17. Ген ICAM2 расположен на отрицательной цепи, прямо напротив PRR29.
Человеческий ген PRR29, также называемый C17of72, охватывает 6 экзонов и расположен в геномных координатах chr17: 63 998 351–64 002 516 на положительной цепи ДНК (hg38). Его длина составляет 4166 пар оснований, включая интроны . После их удаления длина сокращается до 3611 пар оснований. [ 9 ]
мРНК
[ редактировать ]Ген имеет 12 распространенных вариантов сплайсинга и одну несплайсированную форму. [ 10 ] Самая длинная транскрибируемая мРНК состоит из 3048 пар оснований, а транскрибируемая белковая последовательность этой мРНК составляет 189 аминокислот . [ 6 ]


Белок
[ редактировать ]Общие свойства
[ редактировать ]PRR29 человека разумного имеет несколько изоформ белка, самая длинная из которых состоит из 236 аминокислот. [ 6 ] PRR29 имеет прогнозируемую изоэлектрическую точку 5,23 и прогнозируемую молекулярную массу 26,1 килодальтон. PRR29 характеризуется большей, чем в среднем, долей пролинов (19,1%) и меньшим, чем в среднем, количеством аспарагинов (0,4%). [ 12 ]
По оценкам, белок PRR29 имеет молекулярную массу 20,7 кДа. По прогнозам, его изоэлектрическая точка будет находиться на отметке 4,83. [ 13 ]
Домены
[ редактировать ]PRR29 содержит богатую пролином область в своей последовательности от аминокислот с 73 по 166. Домен с неизвестной функцией, DUF 4587, также присутствует в аминокислотах с 39 по 112 или 113. [ 14 ] [ 15 ] DUF 4587 обычно имеет длину от 64 до 79 аминокислот и содержит два мотива последовательности QNAQ и HHH. Предполагается, что PRR29 будет содержать множество областей, образующих альфа-спираль и бета-лист. В частности, прогнозируется, что область DUF 4587 образует альфа-спираль. [ 16 ]
Он содержит один мотив области, богатой пролином, который простирается от аминокислоты 39 до 107. [ 17 ]
Вторичная и третичная структура
[ редактировать ]
Вторичная структура характеризуется высокой достоверностью наличия альфа-спирали от аминокислоты с 43 по 70, а остальная часть состоит из клубков. [ 18 ] Что касается третичной структуры , инструменты прогнозирования показали низкую достоверность во всех участках белка, кроме основной альфа-спирали. [ 19 ]
Непереведенные регионы
[ редактировать ]Вторичная структура 5'-UTR PRR29 состоит из единственной ножки-петли , которая почти полностью сохраняется между ортологами. 3'-UTR намного длиннее и содержит в своей вторичной структуре 41 различную стволовую петлю. Любое предсказанное связывание микроРНК с PRR29 считается нефункциональным. [ 20 ]
Субклеточная локализация
[ редактировать ]С помощью PSORTII прогнозируется, что PRR29 локализуется в ядре клетки. [ 21 ] PSORTII не позволяет предсказать наличие каких-либо нацеливающих последовательностей или сигнальных пептидов. Данные о локализации PRR29 внутри клеток показывают, что он в первую очередь обнаруживается в ядре, затем в митохондриях и цитоплазме . [ 22 ]
Посттрансляционная модификация
[ редактировать ]Предполагается, что PRR29 подвергается сумойилированию, ацетилированию и фосфорилированию серина, треонина и тирозина. [ 23 ] Наиболее распространенными типами посттрансляционной модификации этого белка являются фосфорилирование , гликозилирование , гидроксилирование и сумойлирование . [ 24 ] Они способствуют стабильности, структуре и сворачиванию белка.
Взаимодействия
[ редактировать ]Интерактом PRR29 еще недостаточно охарактеризован. Одно экспериментальное исследование показало, что PRR29-подобный белок Sus scrofa взаимодействует с N-концевой протеазой вируса классической чумы свиней (CSFV). [ 25 ]

Выражение
[ редактировать ]

PRR29 повсеместно экспрессируется по всему организму. Однако особенно высокая экспрессия наблюдается в яичниках, мышцах, сердце, семенниках и тимусе. [ 27 ] Согласно PaxDb, содержание PRR29 попадает в нижние 5% по сравнению с другими белками. [ 28 ]
Его экспрессия сконцентрирована в родственных тканях, включая селезенку , легкие , лейкоциты и сердце . [ 8 ] Данные гибридизации in situ показывают, что экспрессия в головном мозге человека относительно низкая в переднем мозге , но выше в базальных ганглиях , среднем мозге и заднем мозге , за исключением коры мозжечка. Для сравнения, экспрессия в мозге мышей сосредоточена в изокортексе , обонятельной области, гиппокампе , кортикальной пластинке и мозжечке .
Регуляция на уровне транскрипта
[ редактировать ]Прогнозирование факторов транскрипции , которые связываются с промоторной областью PRR29, включает факторы, участвующие в активации лейкоцитов и образовании клеток крови. [ 29 ] Обилие этого белка по сравнению с другими белками, обнаруженными в организме человека, в настоящее время неизвестно. [ 30 ]
Гомология
[ редактировать ]
PRR29 имеет единственный известный паралог C21orf58 . [ 31 ] PRR29 хорошо консервативен среди хордовых, а PRR29-подобные белки, содержащие DUF 4587, были предсказаны у протостом, таких как Mollusca и Annelida. [ 32 ] DUF 4587 высококонсервативен во всех ортологах PRR29, а также присутствует в его паралоге C21orf58. [ 33 ] Этот домен был обнаружен у столь отдаленных видов, как Capitella teleta , которые отделились от человека 847 миллионов лет назад. [ 34 ]

Этот ген имеет ортологи у других видов животных . Он был обнаружен только у позвоночных животных , старейшим из которых является белопятнистая бамбуковая акула . [ 35 ] [ 36 ]
PRR29 не имеет известных аналогов . [ 35 ]
Род и вид | Общее имя | Дата расхождения с человеком (MYA) [ 37 ] | Номер образца белка [ 38 ] | Длина последовательности (аа) | Идентичность человеческой последовательности | Сходство с человеческой последовательностью |
---|---|---|---|---|---|---|
Мудрый человек | Человек | 0 | НП_001177958.1 | 236 | 1 | 1 |
Наннопалакс Галили | Слепой слепыш | 90.9 | XP_008844796.1 | 181 | 0.62 | 0.68 |
Бубалус бубалис | Водяной буйвол | 97.5 | XP_006041674.1 | 236 | 0.56 | 0.65 |
Монодельфис домашний | опоссум | 163.7 | XP_007482631.1| | 195 | 0.51 | 0.62 |
Aquila chrysaetos canadensis | Беркут | 320 | XP_011593496.1 | 170 | 0.36 | 0.48 |
Анолис Каролинский | Анол Ящерица | 320.5 | XP_008111611.1 | 186 | 0.39 | 0.52 |
Ксенопус левис | Африканская когтистая лягушка | 355.7 | НП_001079741.1 | 309 | 0.34 | 0.49 |
Эсокс света | Северная щука | 429 | XP_010873077.1 | 197 | 0.48 | 0.74 |
Branchiostoma floridae | ланцетник | 733 | XP_002603029.1 | 1341 | 0.37 | 0.71 |
Сиона кишечная | Сиона кишечная | 733 | XP_009857401.1 | 227 | 0.43 | 0.67 |
Капителла телета | Капителла телета | 847 | ELU01749 | 558 | 0.37 | 0.51 |
Лоттия гигантская | Сова-блюдо | 847 | XP_009046359.1 | 299 | 0.33 | 0.54 |

Эволюция
[ редактировать ]
Этот ген развивается со скоростью выше, чем у цитохрома с , но ниже, чем у альфа-цепи фибриногена . [ 36 ]
Клиническое значение
[ редактировать ]Неизвестно, связан ли PRR29 напрямую с какими-либо заболеваниями.
Эксперименты были проведены на образцах тканей и клеток, чтобы наблюдать любые потенциальные изменения в экспрессии белка в различных условиях. Образцы, пораженные легочным саркоидозом и мелкоклеточным раком легкого , не претерпели существенных изменений в экспрессии по сравнению с нормальными клетками. [ 40 ] [ 41 ] внутричерепной артерии Аневризма действительно вызвала изменения, приведшие к усилению выраженности [ 42 ]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000224383 – Ensembl , май 2017 г.
- ^ Jump up to: а б с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000009210 – Ensembl , май 2017 г.
- ^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
- ^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
- ^ Jump up to: а б «RecName: Full = Богатый пролином белок 29 — белок — NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov .
- ^ Jump up to: а б с д и «PRR29 богатый пролином 29 [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 28 апреля 2016 г.
- ^ "PRR29_ЧЕЛОВЕК" . Унипрот . Проверено 28 апреля 2016 г.
- ^ Jump up to: а б «PRR29 богатый пролином 29 [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov .
- ^ «Человеческий ген PRR29 (ENST00000425164.7) из GENCODE V38» . genome.ucsc.edu .
- ^ «NCBI Эйсвью» .
- ^ «PRR29 богатый пролином 29 [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 9 мая 2016 г.
- ^ «Вычислить пи/МВт» . SIB Швейцарский институт биоинформатики.
- ^ https://web.expasy.org/cgi-bin/compute_pi/pi_tool [ постоянная мертвая ссылка ]
- ^ «PRR29 — белок 29, богатый пролином — Homo sapiens (человек) — ген и белок PRR29» . www.uniprot.org . Проверено 9 мая 2016 г.
- ^ «PRR29 богатый пролином 29 [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov .
- ^ «SDSC Biology Workbench-PELE» .
- ^ «Сканирование мотивов» . myhits.sib.swiss .
- ^ «Сервер I-TASSER для прогнозирования структуры и функций белков» . zhanggroup.org .
- ^ «База данных структуры белков AlphaFold» . Alphafold.ebi.ac.uk .
- ^ «Складчатая форма РНК» . www.unafold.org .
- ^ «ПСОРТ II Прогноз» . psort.hgc.jp . Проверено 9 мая 2016 г.
- ^ https://psort.hgc.jp/cgi-bin/runpsort.pl [ постоянная мертвая ссылка ]
- ^ «Серверы прогнозирования CBS» . www.cbs.dtu.dk. Проверено 9 мая 2016 г.
- ^ «МузитеДип» . www.musite.net .
- ^ Ли Д., Ли С., Сунь Ю., Донг Х., Ли Ю., Чжао Б., Го Д., Вэн С., Цю Х.Дж. (февраль 2013 г.). «Поли(С)-связывающий белок 1, новый N(про)-взаимодействующий белок, участвующий в росте вируса классической чумы свиней» . Журнал вирусологии . 87 (4): 2072–80. дои : 10.1128/JVI.02807-12 . ПМЦ 3571455 . ПМИД 23221550 .
- ^ «Сервер I-TASSER для прогнозирования структуры и функций белков» . zhanglab.ccmb.med.umich.edu . Проверено 28 апреля 2016 г.
- ^ Jump up to: а б «Главная — Профили ГЕО — NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 9 мая 2016 г.
- ^ «H.sapiens — Весь организм (интегрированный) в PaxDb» . pax-db.org . Проверено 9 мая 2016 г.
- ^ https://www.genomatix.de/cgi-bin/eldorado/eldorado.pl?s=8d52110cfa77f5d0982853f81a3ed821 [ только URL ]
- ^ «PAXdb: База данных по содержанию белка» . pax-db.org .
- ^ «Открытая рамка считывания 58 хромосомы 21orf58 [Homo sapiens (человек)] — Ген — NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 28 апреля 2016 г.
- ^ «BLAST: базовый инструмент поиска локального выравнивания» . blast.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 28 апреля 2016 г.
- ^ ЭМБЛ-ЭБИ, ИнтерПро. «Домен неизвестной функции DUF4587 (IPR027904) <InterPro <EMBL-EBI» . www.ebi.ac.uk. Проверено 9 мая 2016 г.
- ^ «Дерево Времени:: Временная шкала жизни» . www.timetree.org . Проверено 9 мая 2016 г.
- ^ Jump up to: а б «BLAST: базовый инструмент поиска локального выравнивания» . blast.ncbi.nlm.nih.gov .
- ^ Jump up to: а б «Дерево Времени:: Временная шкала жизни» . timetree.org .
- ^ «Дерево Времени:: Временная шкала жизни» . www.timetree.org . Проверено 9 мая 2016 г.
- ^ «Национальный центр биотехнологической информации» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 9 мая 2016 г.
- ^ «SDSC Biology Workbench-ClustalW» . [ постоянная мертвая ссылка ]
- ^ "GDS3580/232972_at" . www.ncbi.nlm.nih.gov .
- ^ «ГДС4794/232972_ат» . www.ncbi.nlm.nih.gov .
- ^ «ГДС3903/232972_ат» . www.ncbi.nlm.nih.gov .