ПРР29

показывать Искать
Structures	Swiss-model
Domains	InterPro

Богатый пролином белок 29
Богатый пролином белок 29
Идентификаторы
Символ	ПРР29
Альт. символы	C17orf72
Альт. имена	Хромосома 17. Открытая рамка считывания 72.
ген NCBI	92340
RefSeq	НМ_001164257.2
ЮниПрот	P0C7W0
Другие данные
Локус	17 q23
Structures
показывать Искать
Structures	Swiss-model
Domains	InterPro

ПРР29
Идентификаторы
Псевдонимы	PRR29 , C17orf72, богатый пролином 29
Внешние идентификаторы	МГИ : 1922823 ; Гомологен : 130357 ; GeneCards : PRR29 ; ОМА : PRR29 — ортологи
showМестоположение гена ( человек )
Chr.	Chromosome 17 (human)
End	64,004,305 bp
showМестоположение гена ( Мышь )
Chr.	Chromosome 11 (mouse)
End	106,268,384 bp
show экспрессии РНК Характер
	Top expressed in
	right uterine tube; ; bronchial epithelial cell; ; olfactory zone of nasal mucosa; ; tendon of biceps brachii; ; epithelium of nasopharynx; ; sperm; ; nasal epithelium; ; mucosa of paranasal sinus; ; right lung; ; vena cava;
	Top expressed in
	muscle of thigh; ; skeletal muscle tissue; ; embryo; ; sternocleidomastoid muscle; ; digastric muscle; ; thymus; ; medial head of gastrocnemius muscle; ; extraocular muscle; ; vastus lateralis muscle; ; embryo;
	More reference expression data
	n/a
hideОртологи
	92340
	75573
	ENSG00000224383
	ENSMUSG00000009210
	P0C7W0
	Б1АРИ9
	НМ_001164257 ; НМ_001191029 ; НМ_001191030 ; НМ_001191031
	НМ_029345
	НП_001157729 ; НП_001177958 ; НП_001177959 ; НП_001177960
	НП_083621
	Викиданные
Просмотр/редактирование человека	Просмотр/редактирование мыши

PRR29 ( богатый пролином белок 29 ) представляет собой белок, кодируемый геном PRR29, расположенным у человека на хромосоме 17 в положении 17q23. ^{[ 5 ]}^{[ 6 ]}^{[ 7 ]}

Его функция до конца не изучена. Его название происходит от цепочки из 5 пролина, аминокислот расположенной ближе к концу белка. Первичный домен в последовательности этого белка известен как DUF4587. ^{[ 5 ]} Сообщается, что он имеет высокий уровень экспрессии в тканях, относящихся к системе кровообращения и иммунной системе . ^{[ 8 ]} Предполагается, что PRR29 представляет собой ядерный белок, который облегчает связь между ядром и митохондриями .

Ген также широко известен как C17orf72. Ген имеет размер 5961 пару оснований и содержит пять экзонов . ^{[ 6 ]}

Ген

Расположение гена PRR29 относительно его соседей

PRR29 расположен на длинном плече хромосомы 17 (17q23.3), начиная с 63998344 и заканчивая 64004305. ^{[ 6 ]} Ген охватывает 5961 пару оснований и ориентирован на плюс-цепь. Гены SNHG25 и LOC105371858 соседствуют с PRR29 на хромосоме 17. Ген ICAM2 расположен на отрицательной цепи, прямо напротив PRR29.

Человеческий ген PRR29, также называемый C17of72, охватывает 6 экзонов и расположен в геномных координатах chr17: 63 998 351–64 002 516 на положительной цепи ДНК (hg38). Его длина составляет 4166 пар оснований, включая интроны . После их удаления длина сокращается до 3611 пар оснований. ^{[ 9 ]}

мРНК

Ген имеет 12 распространенных вариантов сплайсинга и одну несплайсированную форму. ^{[ 10 ]} Самая длинная транскрибируемая мРНК состоит из 3048 пар оснований, а транскрибируемая белковая последовательность этой мРНК составляет 189 аминокислот . ^{[ 6 ]}

Локус PRR29 ^{[ 11 ]}

Геномный взгляд на PRR29

Белок

Общие свойства

PRR29 человека разумного имеет несколько изоформ белка, самая длинная из которых состоит из 236 аминокислот. ^{[ 6 ]} PRR29 имеет прогнозируемую изоэлектрическую точку 5,23 и прогнозируемую молекулярную массу 26,1 килодальтон. PRR29 характеризуется большей, чем в среднем, долей пролинов (19,1%) и меньшим, чем в среднем, количеством аспарагинов (0,4%). ^{[ 12 ]}

По оценкам, белок PRR29 имеет молекулярную массу 20,7 кДа. По прогнозам, его изоэлектрическая точка будет находиться на отметке 4,83. ^{[ 13 ]}

Домены

PRR29 содержит богатую пролином область в своей последовательности от аминокислот с 73 по 166. Домен с неизвестной функцией, DUF 4587, также присутствует в аминокислотах с 39 по 112 или 113. ^{[ 14 ]}^{[ 15 ]} DUF 4587 обычно имеет длину от 64 до 79 аминокислот и содержит два мотива последовательности QNAQ и HHH. Предполагается, что PRR29 будет содержать множество областей, образующих альфа-спираль и бета-лист. В частности, прогнозируется, что область DUF 4587 образует альфа-спираль. ^{[ 16 ]}

Он содержит один мотив области, богатой пролином, который простирается от аминокислоты 39 до 107. ^{[ 17 ]}

Вторичная и третичная структура

Вторичная структура характеризуется высокой достоверностью наличия альфа-спирали от аминокислоты с 43 по 70, а остальная часть состоит из клубков. ^{[ 18 ]} Что касается третичной структуры , инструменты прогнозирования показали низкую достоверность во всех участках белка, кроме основной альфа-спирали. ^{[ 19 ]}

Непереведенные регионы

Вторичная структура 5'-UTR PRR29 состоит из единственной ножки-петли , которая почти полностью сохраняется между ортологами. 3'-UTR намного длиннее и содержит в своей вторичной структуре 41 различную стволовую петлю. Любое предсказанное связывание микроРНК с PRR29 считается нефункциональным. ^{[ 20 ]}

Субклеточная локализация

С помощью PSORTII прогнозируется, что PRR29 локализуется в ядре клетки. ^{[ 21 ]} PSORTII не позволяет предсказать наличие каких-либо нацеливающих последовательностей или сигнальных пептидов. Данные о локализации PRR29 внутри клеток показывают, что он в первую очередь обнаруживается в ядре, затем в митохондриях и цитоплазме . ^{[ 22 ]}

Посттрансляционная модификация

Предполагается, что PRR29 подвергается сумойилированию, ацетилированию и фосфорилированию серина, треонина и тирозина. ^{[ 23 ]} Наиболее распространенными типами посттрансляционной модификации этого белка являются фосфорилирование , гликозилирование , гидроксилирование и сумойлирование . ^{[ 24 ]} Они способствуют стабильности, структуре и сворачиванию белка.

Взаимодействия

Интерактом PRR29 еще недостаточно охарактеризован. Одно экспериментальное исследование показало, что PRR29-подобный белок Sus scrofa взаимодействует с N-концевой протеазой вируса классической чумы свиней (CSFV). ^{[ 25 ]}

Выражение

PRR29 повсеместно экспрессируется по всему организму. Однако особенно высокая экспрессия наблюдается в яичниках, мышцах, сердце, семенниках и тимусе. ^{[ 27 ]} Согласно PaxDb, содержание PRR29 попадает в нижние 5% по сравнению с другими белками. ^{[ 28 ]}

Его экспрессия сконцентрирована в родственных тканях, включая селезенку , легкие , лейкоциты и сердце . ^{[ 8 ]} Данные гибридизации in situ показывают, что экспрессия в головном мозге человека относительно низкая в переднем мозге , но выше в базальных ганглиях , среднем мозге и заднем мозге , за исключением коры мозжечка. Для сравнения, экспрессия в мозге мышей сосредоточена в изокортексе , обонятельной области, гиппокампе , кортикальной пластинке и мозжечке .

Регуляция на уровне транскрипта

Прогнозирование факторов транскрипции , которые связываются с промоторной областью PRR29, включает факторы, участвующие в активации лейкоцитов и образовании клеток крови. ^{[ 29 ]} Обилие этого белка по сравнению с другими белками, обнаруженными в организме человека, в настоящее время неизвестно. ^{[ 30 ]}

Гомология

PRR29 имеет единственный известный паралог C21orf58 . ^{[ 31 ]} PRR29 хорошо консервативен среди хордовых, а PRR29-подобные белки, содержащие DUF 4587, были предсказаны у протостом, таких как Mollusca и Annelida. ^{[ 32 ]} DUF 4587 высококонсервативен во всех ортологах PRR29, а также присутствует в его паралоге C21orf58. ^{[ 33 ]} Этот домен был обнаружен у столь отдаленных видов, как Capitella teleta , которые отделились от человека 847 миллионов лет назад. ^{[ 34 ]}

Экспрессия PRR29 ^{[ 27 ]}

Этот ген имеет ортологи у других видов животных . Он был обнаружен только у позвоночных животных , старейшим из которых является белопятнистая бамбуковая акула . ^{[ 35 ]}^{[ 36 ]}

PRR29 не имеет известных аналогов . ^{[ 35 ]}

Род и вид	Общее имя	Дата расхождения с человеком (MYA) ^{[ 37 ]}	Номер образца белка ^{[ 38 ]}	Длина последовательности (аа)	Идентичность человеческой последовательности	Сходство с человеческой последовательностью
Мудрый человек	Человек	0	НП_001177958.1	236	1	1
Наннопалакс Галили	Слепой слепыш	90.9	XP_008844796.1	181	0.62	0.68
Бубалус бубалис	Водяной буйвол	97.5	XP_006041674.1	236	0.56	0.65
Монодельфис домашний	опоссум	163.7	XP_007482631.1\|	195	0.51	0.62
Aquila chrysaetos canadensis	Беркут	320	XP_011593496.1	170	0.36	0.48
Анолис Каролинский	Анол Ящерица	320.5	XP_008111611.1	186	0.39	0.52
Ксенопус левис	Африканская когтистая лягушка	355.7	НП_001079741.1	309	0.34	0.49
Эсокс света	Северная щука	429	XP_010873077.1	197	0.48	0.74
Branchiostoma floridae	ланцетник	733	XP_002603029.1	1341	0.37	0.71
Сиона кишечная	Сиона кишечная	733	XP_009857401.1	227	0.43	0.67
Капителла телета	Капителла телета	847	ELU01749	558	0.37	0.51
Лоттия гигантская	Сова-блюдо	847	XP_009046359.1	299	0.33	0.54

Эволюция

Этот ген развивается со скоростью выше, чем у цитохрома с , но ниже, чем у альфа-цепи фибриногена . ^{[ 36 ]}

Клиническое значение

Неизвестно, связан ли PRR29 напрямую с какими-либо заболеваниями.

Эксперименты были проведены на образцах тканей и клеток, чтобы наблюдать любые потенциальные изменения в экспрессии белка в различных условиях. Образцы, пораженные легочным саркоидозом и мелкоклеточным раком легкого , не претерпели существенных изменений в экспрессии по сравнению с нормальными клетками. ^{[ 40 ]}^{[ 41 ]} внутричерепной артерии Аневризма действительно вызвала изменения, приведшие к усилению выраженности ^{[ 42 ]}

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000224383 – Ensembl , май 2017 г.
^ Jump up to: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000009210 – Ensembl , май 2017 г.
^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ Jump up to: ^а ^б «RecName: Full = Богатый пролином белок 29 — белок — NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov .
^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и «PRR29 богатый пролином 29 [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 28 апреля 2016 г.
^ "PRR29_ЧЕЛОВЕК" . Унипрот . Проверено 28 апреля 2016 г.
^ Jump up to: ^а ^б «PRR29 богатый пролином 29 [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov .
^ «Человеческий ген PRR29 (ENST00000425164.7) из GENCODE V38» . genome.ucsc.edu .
^ «NCBI Эйсвью» .
^ «PRR29 богатый пролином 29 [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 9 мая 2016 г.
^ «Вычислить пи/МВт» . SIB Швейцарский институт биоинформатики.
^ https://web.expasy.org/cgi-bin/compute_pi/pi_tool ^{[ постоянная мертвая ссылка ]}
^ «PRR29 — белок 29, богатый пролином — Homo sapiens (человек) — ген и белок PRR29» . www.uniprot.org . Проверено 9 мая 2016 г.
^ «PRR29 богатый пролином 29 [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov .
^ «SDSC Biology Workbench-PELE» .
^ «Сканирование мотивов» . myhits.sib.swiss .
^ «Сервер I-TASSER для прогнозирования структуры и функций белков» . zhanggroup.org .
^ «База данных структуры белков AlphaFold» . Alphafold.ebi.ac.uk .
^ «Складчатая форма РНК» . www.unafold.org .
^ «ПСОРТ II Прогноз» . psort.hgc.jp . Проверено 9 мая 2016 г.
^ https://psort.hgc.jp/cgi-bin/runpsort.pl ^{[ постоянная мертвая ссылка ]}
^ «Серверы прогнозирования CBS» . www.cbs.dtu.dk. Проверено 9 мая 2016 г.
^ «МузитеДип» . www.musite.net .
^ Ли Д., Ли С., Сунь Ю., Донг Х., Ли Ю., Чжао Б., Го Д., Вэн С., Цю Х.Дж. (февраль 2013 г.). «Поли(С)-связывающий белок 1, новый N(про)-взаимодействующий белок, участвующий в росте вируса классической чумы свиней» . Журнал вирусологии . 87 (4): 2072–80. дои : 10.1128/JVI.02807-12 . ПМЦ 3571455 . ПМИД 23221550 .
^ «Сервер I-TASSER для прогнозирования структуры и функций белков» . zhanglab.ccmb.med.umich.edu . Проверено 28 апреля 2016 г.
^ Jump up to: ^а ^б «Главная — Профили ГЕО — NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 9 мая 2016 г.
^ «H.sapiens — Весь организм (интегрированный) в PaxDb» . pax-db.org . Проверено 9 мая 2016 г.
^ https://www.genomatix.de/cgi-bin/eldorado/eldorado.pl?s=8d52110cfa77f5d0982853f81a3ed821 ^{[ только URL ]}
^ «PAXdb: База данных по содержанию белка» . pax-db.org .
^ «Открытая рамка считывания 58 хромосомы 21orf58 [Homo sapiens (человек)] — Ген — NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 28 апреля 2016 г.
^ «BLAST: базовый инструмент поиска локального выравнивания» . blast.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 28 апреля 2016 г.
^ ЭМБЛ-ЭБИ, ИнтерПро. «Домен неизвестной функции DUF4587 (IPR027904) <InterPro <EMBL-EBI» . www.ebi.ac.uk. Проверено 9 мая 2016 г.
^ «Дерево Времени:: Временная шкала жизни» . www.timetree.org . Проверено 9 мая 2016 г.
^ Jump up to: ^а ^б «BLAST: базовый инструмент поиска локального выравнивания» . blast.ncbi.nlm.nih.gov .
^ Jump up to: ^а ^б «Дерево Времени:: Временная шкала жизни» . timetree.org .
^ «Дерево Времени:: Временная шкала жизни» . www.timetree.org . Проверено 9 мая 2016 г.
^ «Национальный центр биотехнологической информации» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 9 мая 2016 г.
^ «SDSC Biology Workbench-ClustalW» . ^{[ постоянная мертвая ссылка ]}
^ "GDS3580/232972_at" . www.ncbi.nlm.nih.gov .
^ «ГДС4794/232972_ат» . www.ncbi.nlm.nih.gov .
^ «ГДС3903/232972_ат» . www.ncbi.nlm.nih.gov .

Внешние ссылки

Эта статья о гене на й хромосоме человека незавершена 17 - . Вы можете помочь Википедии, расширив ее .

[refGRCh38Ensembl-1] Jump up to: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000224383 – Ensembl , май 2017 г.

[refGRCm38Ensembl-2] Jump up to: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000009210 – Ensembl , май 2017 г.

[3] «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[4] «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[auto-5] Jump up to: ^а ^б «RecName: Full = Богатый пролином белок 29 — белок — NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov .

[:0-6] Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и «PRR29 богатый пролином 29 [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 28 апреля 2016 г.

[Uniprot-7] "PRR29_ЧЕЛОВЕК" . Унипрот . Проверено 28 апреля 2016 г.

[auto2-8] Jump up to: ^а ^б «PRR29 богатый пролином 29 [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov .

[9] «Человеческий ген PRR29 (ENST00000425164.7) из GENCODE V38» . genome.ucsc.edu .

[10] «NCBI Эйсвью» .

[:2-11] «PRR29 богатый пролином 29 [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 9 мая 2016 г.

[12] «Вычислить пи/МВт» . SIB Швейцарский институт биоинформатики.

[13] ttps://web.expasy.org/cgi-bin/compute_pi/pi_tool ^{[ постоянная мертвая ссылка ]}

[14] «PRR29 — белок 29, богатый пролином — Homo sapiens (человек) — ген и белок PRR29» . www.uniprot.org . Проверено 9 мая 2016 г.

[15] «PRR29 богатый пролином 29 [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov .

[16] «SDSC Biology Workbench-PELE» .

[17] «Сканирование мотивов» . myhits.sib.swiss .

[18] «Сервер I-TASSER для прогнозирования структуры и функций белков» . zhanggroup.org .

[19] «База данных структуры белков AlphaFold» . Alphafold.ebi.ac.uk .

[20] «Складчатая форма РНК» . www.unafold.org .

[21] «ПСОРТ II Прогноз» . psort.hgc.jp . Проверено 9 мая 2016 г.

[22] ttps://psort.hgc.jp/cgi-bin/runpsort.pl ^{[ постоянная мертвая ссылка ]}

[23] «Серверы прогнозирования CBS» . www.cbs.dtu.dk. Проверено 9 мая 2016 г.

[24] «МузитеДип» . www.musite.net .

[25] Ли Д., Ли С., Сунь Ю., Донг Х., Ли Ю., Чжао Б., Го Д., Вэн С., Цю Х.Дж. (февраль 2013 г.). «Поли(С)-связывающий белок 1, новый N(про)-взаимодействующий белок, участвующий в росте вируса классической чумы свиней» . Журнал вирусологии . 87 (4): 2072–80. дои : 10.1128/JVI.02807-12 . ПМЦ 3571455 . ПМИД 23221550 .

[26] «Сервер I-TASSER для прогнозирования структуры и функций белков» . zhanglab.ccmb.med.umich.edu . Проверено 28 апреля 2016 г.

[:1-27] Jump up to: ^а ^б «Главная — Профили ГЕО — NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 9 мая 2016 г.

[28] «H.sapiens — Весь организм (интегрированный) в PaxDb» . pax-db.org . Проверено 9 мая 2016 г.

[29] ttps://www.genomatix.de/cgi-bin/eldorado/eldorado.pl?s=8d52110cfa77f5d0982853f81a3ed821 ^{[ только URL ]}

[30] «PAXdb: База данных по содержанию белка» . pax-db.org .

[31] «Открытая рамка считывания 58 хромосомы 21orf58 [Homo sapiens (человек)] — Ген — NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 28 апреля 2016 г.

[32] «BLAST: базовый инструмент поиска локального выравнивания» . blast.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 28 апреля 2016 г.

[33] ЭМБЛ-ЭБИ, ИнтерПро. «Домен неизвестной функции DUF4587 (IPR027904) <InterPro <EMBL-EBI» . www.ebi.ac.uk. Проверено 9 мая 2016 г.

[34] «Дерево Времени:: Временная шкала жизни» . www.timetree.org . Проверено 9 мая 2016 г.

[auto3-35] Jump up to: ^а ^б «BLAST: базовый инструмент поиска локального выравнивания» . blast.ncbi.nlm.nih.gov .

[auto1-36] Jump up to: ^а ^б «Дерево Времени:: Временная шкала жизни» . timetree.org .

[37] «Дерево Времени:: Временная шкала жизни» . www.timetree.org . Проверено 9 мая 2016 г.

[38] «Национальный центр биотехнологической информации» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 9 мая 2016 г.

[39] «SDSC Biology Workbench-ClustalW» . ^{[ постоянная мертвая ссылка ]}

[40] "GDS3580/232972_at" . www.ncbi.nlm.nih.gov .

[41] «ГДС4794/232972_ат» . www.ncbi.nlm.nih.gov .

[42] «ГДС3903/232972_ат» . www.ncbi.nlm.nih.gov .

[1]

[2]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]

[ 15 ]

[ 16 ]

[ 17 ]

[ 18 ]

[ 19 ]

[ 20 ]

[ 21 ]

[ 22 ]

[ 23 ]

[ 24 ]

[ 25 ]

[ 26 ]

[ 27 ]

[ 28 ]

[ 29 ]

[ 30 ]

[ 31 ]

[ 32 ]

[ 33 ]

[ 34 ]

[ 35 ]

[ 36 ]

[ 37 ]

[ 38 ]

[ 39 ]

[ 40 ]

[ 41 ]

[ 42 ]