Список секвенированных геномов эукариот
Этот список «секвенированных» эукариотических геномов содержит все эукариоты , о которых известно, что они имеют общедоступные полные ядер и органелл последовательности генома , которые были секвенированы, собраны, аннотированы и опубликованы; черновые геномы не включены, как и последовательности, состоящие только из органелл.
ДНК была впервые секвенирована в 1977 году. Первым свободноживущим организмом, геном которого был полностью секвенирован, была бактерия Haemophilus influenzae в 1995 году. В 1996 году Saccharomyces cerevisiae (пекарские дрожжи) были первой опубликованной последовательностью генома эукариот, а в 1998 году - первой секвенацией ДНК. Была опубликована последовательность генома многоклеточного эукариота Caenorhabditis elegans .
Ниже приведены девять самых ранних секвенированных геномов простейших. Более полный список см. в Списке секвенированных геномов простейших .
| Организм | Тип | Актуальность | Размер генома | Прогнозируемое количество генов | Организация | Год завершения |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Гильярдия тета | Криптомонада | Модельный организм | 0,551 Мб ( нуклеоморфа только геном ) | 465, [1] 513, 598 (УниПрот) | Канадский институт перспективных исследований, Университет Филиппа в Марбурге и Университет Британской Колумбии | 2001 [1] |
| Плазмодий фальципарум Клон: 3D7 | Апикомплексан | Человеческий возбудитель ( малярия ) | 22,9 Мб | 5,268 [2] | Консорциум проекта генома малярии | 2002 [2] |
| Плазмодий yoelii yoelii Штамм: 17XNL | Апикомплексан | Возбудитель грызунов (малярия) | 23,1 Мб | 5,878 [3] | ТИГР и НМРЦ | 2002 [3] |
| Криптоспоридий манус Штамм: TU502 | Апикомплексан | Человеческий патоген | 10,4 МБ | 3,994 [4] | Университет Содружества Вирджинии | 2004 [4] |
| Криптоспоридий парвум Изолят C- или генотипа 2 | Апикомплексан | Человеческий патоген | 16,5 Мб | 3,807 [5] | UCSF и Университет Миннесоты | 2004 [5] |
| Талассиозира псевдонана Штамм:CCMP 1335 | Диатомовая водоросль | Модельный организм | 34,5 Мб | 11,242 [6] | Объединенный институт генома и Вашингтонский университет | 2004 [6] |
| Трипаносома крузи Штамм:CL-Brener | кинетопласты | Человеческий патоген | 67 Мб | 22,570 [7] | Институт исследований генома (TIGR), Каролинский институт (KI) и Сиэтлский институт биомедицинских исследований (SBRI) | 2005 [7] |
| Трипаносома брусей Клон: TREU 927/4 | кинетопласты | Человеческий патоген | 26 Мб | 9,068 [8] | Wellcome Trust Sanger Institute и Институт исследований генома (TIGR) | 2005 [8] |
| Лейшмания большая Штамм: Фридлин | кинетопласты | Человеческий патоген | 32,8 Мб | 8,272 [9] | Wellcome Trust Sanger Institute и Сиэтлский институт биомедицинских исследований (SBRI) | 2005 [9] |
Растения
[ редактировать ]Ниже приведены пять самых ранних секвенированных геномов растений. Более полный список см. в Списке секвенированных геномов растений .
| Организм | Тип | Актуальность | Размер генома | Количество хромосом | Прогнозируемое количество генов | Организация | Год завершения |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Арабидопсис Талиана Экотип:Колумбия | Дикая горчица Тале Кресс | Модельный завод | 135 Мб [10] | 5 | 25,498, [11] 27,400, [12] 31 670 (УниПрот) | Инициатива по геному арабидопсиса [13] | 2000 [11] |
| Цианидиошизон меролае Штамм: 10D | Красные водоросли | Простой эукариот | 16,5 Мб | 20 | 5,331 [14] | Токийский университет, Университет Риккё, Университет Сайтама и Университет Кумамото | 2004 [14] |
| Ориза сатива SSP Индика | Рис | Культура и модельный организм | 420 Мб | 12 | 32-50,000 [15] | Пекинский институт геномики, Чжэцзянский университет и Китайская академия наук | 2002 [15] |
| Остреококк Таврический | Зеленые водоросли | Простой эукариот, маленький геном | 12,6 Мб | 7969 (УниПрот) | Лаборатория Араго | 2006 [16] | |
| Популус трихокарпа | Тополь бальзамический или Черный Коттонвуд | Связывание углерода , модельное дерево, коммерческое использование (древесина) и сравнение с A. thaliana. | 550 Мб | 19 | 45,555 [17] | Международный консорциум генома тополя | 2006 [17] |
Грибы
[ редактировать ]Ниже приведены пять самых ранних секвенированных геномов грибов. Более полный список см. в Списке секвенированных геномов грибов .
| Организм | Тип | Актуальность | Размер генома | Прогнозируемое количество генов | Организация | Год завершения |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Сахаромицеты cerevisiae Штамм: S288C | Сахаромицеты | пекарские дрожжи; Модель эукариота | 12,1 Мб | 6,294 [18] | Международное сотрудничество в области секвенирования генома дрожжей [19] | 1996 [18] |
| Энцефалитозные туннели | Микроспоридии | Человеческий патоген | 2,9 МБ | 1,997 [20] | Геноскоп и Университет Блеза Паскаля | 2001 [20] |
| Шизосахаромицеты помбе Штамм: 972h- | Шизосахаромицеты | Модель эукариота | 14 Мб | 4,824 [21] | Институт Сэнгера и лаборатория Колд-Спринг-Харбор | 2002 [21] |
| Нейроспора красса | Сордариомицеты | Модель эукариота | 40 Мб | 10,082 [22] | Институт Броуда , Университет здравоохранения и науки Орегона , Университет Кентукки и Университет Канзаса. | 2003 [22] |
| Фанерохета хризоспориум Штамм:RP78 | Агарикомицеты | Гриб древесного гниения, использование в микоремедиации. | 30 Мб | 11,777 [23] | Объединенный институт генома | 2004 [23] |
Животные
[ редактировать ]Ниже приведены пять самых ранних секвенированных геномов животных. Более полный список см. в Списке секвенированных геномов животных .
| Организм | Тип | Актуальность | Размер генома | Прогнозируемое количество генов | Организация | Год завершения |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Ценорабдитис элегантный Штамм:Бристоль N2 | Нематода | Модель животного | 100 Мб | 19,000 [24] | Вашингтонский университет и Институт Сэнгера | 1998 [24] |
| Дрозофила меланогастер | Плодовая мушка | Модель животного | 165 Мб | 13,600 [25] | Селера, Калифорнийский университет в Беркли, Медицинский колледж Бэйлора, Европейский DGP | 2000 [25] |
| Анофелес гамбийский Штамм: ВРЕДИТЕЛЬ | Комар | Вектор малярии | 278 Мб | 13,683 [26] | Celera Genomics и геноскоп | 2002 [26] |
| Такифугу рубрипы | Рыба фугу | Позвоночное животное с маленьким геномом | 390 Мб | 22–29,000 [27] | Международный консорциум генома фугу [28] | 2002 [29] |
| Мудрый человек | Человек | 3,2 ГБ [30] | 18 826 (консорциум CCDS) | Консорциум проекта «Геном человека» и Celera Genomics | Проект 2001 года [31] [32] Полный 2006 г. [33] |
См. также
[ редактировать ]- Геномный проект , Геном человека
- Геномная организация
- История генетики
- Список секвенированных геномов животных
- Список секвенированных геномов архей
- Список секвенированных бактериальных геномов
- Список секвенированных геномов грибов
- Список секвенированных геномов растений
- Список секвенированных пластомов
- Список секвенированных геномов протистов
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Перейти обратно: а б Дуглас С., Заунер С., Фраунгольц М. и др. (апрель 2001 г.). «Сильно редуцированный геном порабощенного ядра водоросли» . Природа . 410 (6832): 1091–6. Бибкод : 2001Natur.410.1091D . дои : 10.1038/35074092 . ПМИД 11323671 .
- ^ Перейти обратно: а б Гарднер М.Дж., Холл Н., Фунг Э. и др. (октябрь 2002 г.). «Последовательность генома малярийного плазмодия человека Plasmodium falciparum » . Природа . 419 (6906): 498–511. Бибкод : 2002Natur.419..498G . дои : 10.1038/nature01097 . ПМЦ 3836256 . PMID 12368864 .
- ^ Перейти обратно: а б Карлтон Дж.М., Ангиуоли С.В., Су Б.Б. и др. (октябрь 2002 г.). «Последовательность генома и сравнительный анализ модельного малярийного паразита грызунов Plasmodium yoelii yoelii » . Природа . 419 (6906): 512–9. Бибкод : 2002Natur.419..512C . дои : 10.1038/nature01099 . PMID 12368865 .
- ^ Перейти обратно: а б Сюй П., Видмер Г., Ван Ю. и др. (октябрь 2004 г.). «Геном Cryptosporidium hominis » . Природа . 431 (7012): 1107–12. Бибкод : 2004Natur.431.1107X . дои : 10.1038/nature02977 . ПМИД 15510150 .
- ^ Перейти обратно: а б Абрахамсен М.С., Темплтон Т.Дж., Эномото С. и др. (апрель 2004 г.). «Полная последовательность генома апикомплексана Cryptosporidium parvum ». Наука . 304 (5669): 441–5. Бибкод : 2004Sci...304..441A . дои : 10.1126/science.1094786 . ПМИД 15044751 . S2CID 26434820 .
- ^ Перейти обратно: а б Армбруст Е.В., Бергес Дж.А., Боулер С. и др. (октябрь 2004 г.). «Геном диатомовой водоросли Thalassiosira pseudonana: экология, эволюция и метаболизм». Наука . 306 (5693): 79–86. Бибкод : 2004Sci...306...79A . CiteSeerX 10.1.1.690.4884 . дои : 10.1126/science.1101156 . ПМИД 15459382 . S2CID 8593895 .
- ^ Перейти обратно: а б Эль-Сайед Н.М., Майлер П., Бартоломеу Д.С. и др. (июль 2005 г.). «Последовательность генома Trypanosoma cruzi, этиологического агента болезни Шагаса» . Наука . 309 (5733): 409–415. дои : 10.1126/science.1112631 . HDL : 11336/80500 . ПМИД 16020725 . S2CID 3830267 .
- ^ Перейти обратно: а б Берриман М., Гедин Э., Герц-Фаулер CH и др. (июль 2005 г.). «Геном африканской трипаносомы Trypanosoma brucei». Наука . 309 (5733): 416–422. дои : 10.1126/science.1112642 . ПМИД 16020726 . S2CID 18649858 .
- ^ Перейти обратно: а б Ивенс А.С., Пикок К.С., Уорти Е.А. и др. (июль 2005 г.). «Геном кинетопластидного паразита Leishmania major» . Наука . 309 (5733): 436–442. дои : 10.1126/science.1112680 . ПМК 1470643 . ПМИД 16020728 .
- ^ «ТАИР – Сборка генома» .
- ^ Перейти обратно: а б Инициатива по геному арабидопсиса (декабрь 2000 г.). «Анализ последовательности генома цветкового растения Arabidopsis thaliana » . Природа . 408 (6814): 796–815. Бибкод : 2000Natur.408..796T . дои : 10.1038/35048692 . ПМИД 11130711 .
- ^ Запись ансамбля
- ^ Инициатива по геному арабидопсиса. Архивировано 7 февраля 2006 г. в Wayback Machine.
- ^ Перейти обратно: а б Мацузаки М., Мисуми О., Шин-И Т. и др. (апрель 2004 г.). «Последовательность генома ультрамаленькой одноклеточной красной водоросли Cyanidioschyzon merolae 10D» . Природа . 428 (6983): 653–7. Бибкод : 2004Natur.428..653M . дои : 10.1038/nature02398 . ПМИД 15071595 .
- ^ Перейти обратно: а б Гофф С.А., Рике Д., Лан Т.Х. и др. (апрель 2002 г.). «Проект последовательности генома риса ( Oryza sativa L. ssp. japonica )». Наука . 296 (5565): 92–100. Бибкод : 2002Sci...296...92G . дои : 10.1126/science.1068275 . ПМИД 11935018 . S2CID 2960202 .
- ^ Дерелл Э., Ферраз С., Ромбо С. и др. (август 2006 г.). «Анализ генома самого маленького свободноживущего эукариота Ostreococcus tauri раскрывает множество уникальных особенностей» . ПНАС . 103 (31): 11647–52. Бибкод : 2006PNAS..10311647D . дои : 10.1073/pnas.0604795103 . ПМЦ 1544224 . ПМИД 16868079 .
- ^ Перейти обратно: а б Тускан Г.А., Дифазио С., Янссон С. и др. (сентябрь 2006 г.). «Геном тополя черного, Populus trichocarpa (Torr. & Grey)» . Наука . 313 (5793): 1596–604. Бибкод : 2006Sci...313.1596T . дои : 10.1126/science.1128691 . ПМИД 16973872 . S2CID 7717980 .
- ^ Перейти обратно: а б Гоффо А., Баррелл Б.Г., Бусси Х. и др. (октябрь 1996 г.). «Жизнь с 6000 генами». Наука . 274 (5287): 546, 563–7. Бибкод : 1996Sci...274..546G . дои : 10.1126/science.274.5287.546 . ПМИД 8849441 . S2CID 16763139 .
- ^ Международное сотрудничество в области секвенирования генома дрожжей. Архивировано 27 сентября 2007 г. в Wayback Machine.
- ^ Перейти обратно: а б Катинка М.Д., Дюпра С., Корнильо Э. и др. (ноябрь 2001 г.). «Последовательность генома и компактизация генов эукариотного паразита Encephalitozoon cuniculi » . Природа . 414 (6862): 450–3. Бибкод : 2001Natur.414..450K . дои : 10.1038/35106579 . ПМИД 11719806 .
- ^ Перейти обратно: а б Вуд В., Гвиллиам Р., Раджандрим М.А. и др. (февраль 2002 г.). «Последовательность генома Schizosaccharomyces pombe » . Природа . 415 (6874): 871–80. дои : 10.1038/nature724 . ПМИД 11859360 .
- ^ Перейти обратно: а б Галаган Дж.Э., Кальво С.Е., Боркович К.А. и др. (апрель 2003 г.). «Последовательность генома нитчатого гриба Neurospora crassa » . Природа . 422 (6934): 859–68. Бибкод : 2003Natur.422..859G . дои : 10.1038/nature01554 . ПМИД 12712197 .
- ^ Перейти обратно: а б Мартинес, Диего; Ларрондо, Луис Ф; Патнэм, Ник; Гелпке, Мартен Д. Соллевейн; Хуанг, Кэтрин; Чепмен, Джаррод; Хелфенбейн, Кевин Дж; Рамайя, Прити; и др. (2004). «Последовательность генома разлагающего лигноцеллюлозу гриба Phanerochaete chrysosporium, штамм RP78» . Природная биотехнология . 22 (6): 695–700. дои : 10.1038/nbt967 . ПМИД 15122302 .
- ^ Перейти обратно: а б Консорциум секвенирования C. elegans (декабрь 1998 г.). «Последовательность генома нематоды C. elegans : платформа для изучения биологии». Наука . 282 (5396): 2012–8. Бибкод : 1998Наука...282.2012. . дои : 10.1126/science.282.5396.2012 . ПМИД 9851916 .
- ^ Перейти обратно: а б Адамс М.Д., Целникер С.Е., Холт Р.А. и др. (март 2000 г.). «Последовательность генома Drosophila melanogaster ». Наука . 287 (5461): 2185–95. Бибкод : 2000Sci...287.2185. . CiteSeerX 10.1.1.549.8639 . дои : 10.1126/science.287.5461.2185 . ПМИД 10731132 .
- ^ Перейти обратно: а б Холт Р.А., Субраманиан ГМ, Халперн А. и др. (октябрь 2002 г.). «Последовательность генома малярийного комара Anopheles gambiae ». Наука . 298 (5591): 129–49. Бибкод : 2002Sci...298..129H . CiteSeerX 10.1.1.149.9058 . дои : 10.1126/science.1076181 . ПМИД 12364791 . S2CID 4512225 . ЧАС
- ^ Международный консорциум генома фугу. Четвертая сборка генома. Архивировано 5 февраля 2012 г. на Wayback Machine.
- ^ Международный консорциум генома фугу. Архивировано 5 февраля 2012 г. в Wayback Machine.
- ^ Апарисио С., Чепмен Дж., Ступка Е. и др. (август 2002 г.). «Полногеномная сборка ружья и анализ генома Fugu Rubripes ». Наука . 297 (5585): 1301–10. Бибкод : 2002Sci...297.1301A . дои : 10.1126/science.1072104 . ПМИД 12142439 . S2CID 10310355 .
- ^ Международный консорциум по секвенированию генома человека (октябрь 2004 г.). «Завершение эухроматической последовательности генома человека» . Природа . 431 (7011): 931–45. Бибкод : 2004Natur.431..931H . дои : 10.1038/nature03001 . ПМИД 15496913 .
- ^ Макферсон Дж.Д., Марра М., Хиллер Л. и др. (февраль 2001 г.). «Физическая карта генома человека» . Природа . 409 (6822): 934–41. Бибкод : 2001Natur.409..934M . дои : 10.1038/35057157 . ПМИД 11237014 .
- ^ Вентер Дж.К., Адамс М.Д., Майерс Э.В. и др. (февраль 2001 г.). «Последовательность генома человека». Наука . 291 (5507): 1304–51. Бибкод : 2001Sci...291.1304V . дои : 10.1126/science.1058040 . ПМИД 11181995 .
- ^ Грегори С.Г., Барлоу К.Ф., Маклей К.Э. и др. (май 2006 г.). «Последовательность ДНК и биологическая аннотация хромосомы 1 человека» . Природа . 441 (7091): 315–21. Бибкод : 2006Natur.441..315G . дои : 10.1038/nature04727 . ПМИД 16710414 .
Внешние ссылки
[ редактировать ]- Diark - ресурс для исследования генома эукариот.
- EMBL-EBL Эукариотические геномы
- Браузер генома UCSC
- Международный консорциум секвенирования - база данных крупномасштабных проектов секвенирования
- Ensembl Браузер геномов Ensembl (включает черновые геномы и геномы с низким покрытием)
- GOLD:Онлайн-база данных геномов, версия 3.0
- База данных сравнительной геномики SUPERFAMILY Включает геномы всех полностью секвенированных эукариот, а также сложные средства сбора данных и инструменты визуализации для анализа.
- База данных генома крысы