List of plastid genomes whose DNA sequence is known
Карта генов пластома Nicotiana tabacum Карта пластидного генома модельного цветкового растения ( Arabidopsis thaliana Сильно уменьшенная пластомная карта паразитического Hydnora visseri Пластом — геном пластиды обнаруженной , типа органеллы, у растений и у различных протоктистов . Число известных пластидного генома последовательностей быстро росло в первом десятилетии XXI века. Например, исследования было секвенировано 25 геномов хлоропластов для одного молекулярно-филогенетического . [1]
Цветковые растения особенно хорошо представлены в полных геномах хлоропластов. все их отряды По состоянию на январь 2017 года представлены , кроме Commelinales , Picramniales , Huerteales , Escalloniales , Bruniales и Paracryphiales .
Компиляция всех доступных полных пластидных геномов хранится NCBI в общедоступном хранилище. [2]
Секвенированные пластомы Криптомерия японская 131,810 114 [18] Кипарисовые Цикас микронесика [19] Цикадовые Cycas taitungensis 163,403 133 [20] Цикадовые Эфедра хвощевидная Эфедровые Гинкго билоба 156,945 134 [21] Гинкгоевые Гнетум парвифолиум Гнетовые Picea engelmannii Se404-851 123,542 114 [22] Сосновые Пикеа глаука PG29 123,266 114 [23] Сосновые Пикеа глаука WS77111 123,421 114 [24] Сосновые Пикеа ситченсис Q903 124,049 114 [25] Сосновые Сосна корейская 116,866 Сосновые Сосна Тунберги 119,707 [26] Сосновые Подокарпус крупнолистный Подокарповые Вельвичия мирабилис 119,726 101 [27] Вельвичийские
Ожидается, что в этой сортируемой таблице будут собраны полные пластидные геномы, представляющие самый широкий диапазон размеров, количества генов и семейств покрытосеменных растений.
Секвенированные пластомы с указанием полного размера генома, количества уникальных генов, ссылки и года публикации. Акорус американский 153,819 [19] 2007 Акоровые Агростис столонифера 135,584 110 [28] 2010 Мятликовые Альнифиллум эберхардтий 155,384 113 [29] 2017 Стираковые Альстромерия золотистая 155,510 112 [30] 2013 Альстромериевые Амборелла трихопода 162,686 [31] 2003 Амборелловые Анетум гравеоленс 153,356 [19] 2007 Зонтичные Арабидопсис Талиана 154,478 [32] 1999 Капустные Атропа белладонна 156,687 [33] 2002 пасленовые Брахиподий дистахион 135,199 110 [28] 2010 Мятликовые Буксус микрофилла 159,010 113 [34] 2007 Буксовые Каликантус цветущий серый 153,337 115 [35] 2003 Каликантовые Карпинус тянтенсис 160,104 114 [36] 2017 бетулевые Хлорантус колючий 157,772 113 [34] 2007 Хлорантовые Citrus sinensis 155,189 [37] 2006 Рутовые Кокос орехоносный 154,731 130 [38] 2013 Арековые Кофе арабика 155,189 [39] 2007 Рубиевые Coix ебется со слезами 140,745 [40] 2009 Мятликовые Конофолис американский 45,673 42 [41] 2013 Оробанховые Нефотосинтезирующий паразит Огурец Сатива 155,293 [42] 2007 тыквенные руки Поднятые 125,373 [43] 2007 Вьюнковые Кускута Гроновии 86,744 86 [44] 2007 Вьюнковые Рефлекторная кускута 121,521 98 [44] 2007 Вьюнковые Cypripedium formosanum 178,131 [45] 2015 Орхидные Цитинус гипоцис 19,400 23 [46] 2016 Цитиновые Голопаразитный Даукус морковь 155,911 [47] 2006 Зонтичные Диоскорея слоновья 152,609 112 [34] 2007 Диоскореевые Дримис гранаденсис 160,604 113 [48] 2006 Зимние Эпифаг виргинский 70,028 42 [49] 1992 Оробанховые Эпипогиум афиллум 30,650 27 [50] 2015 Орхидные Микогетеротрофный Эпипогиум роза 19,047 29 [50] 2015 Орхидные Микогетеротрофный Эродий карвифолий 116,935 107 [51] 2016 Гераниевые Эродиум хризантемный 168,946 96 [51] 2016 Гераниевые Техасская эрозия 130,812 106 [52] 2011 Гераниевые Эвкалипт шаровидный шарик 160,286 [53] 2005 Миртовые Fagopyrum esculentum предки 159,599 [54] 2008 Полигоновые Герань пальматум 155,794 105 [52] 2011 Гераниевые Глицин макс 152,218 [55] 2005 Бобовые Госсипиум барбаденский 160,317 114 [56] 2006 мальвовые Госсипиум гирсутум 160,301 [57] 2006 мальвовые Helianthus annuus 151,104 [58] 2007 Астровые Bardeum vulgare вульгарный 136,482 110 [28] 2010 Мятликовые Гиднора Виссери 27,233 24 [59] 2016 Аристолоховые Нефотосинтезирующий голопаразит Иллиций олигандрум 148,552 113 [34] 2007 Лимонник ( в смысле APG III ) Ипомея пурпурная 162,046 [43] 2007 Вьюнковые Жасмин nudiflorum 165,121 [60] 2007 Масличные королевские жогланы 160,367 129 [61] 2017 Югландовые Салат сатива 152,765 [58] 2007 Астровые Оставьте мины 165,955 [62] 2008 Аралиевые Ликания белая 162,467 112 [63] 2014 Хризобалановые Лилия лонгифлорум 152,793 114 [30] 2013 Лилейные Лириодендрон тюльпановый 159,866 [48] [64] 2006 Магнолиевые Многолетняя лилия 135,282 110 [28] 2010 Мятликовые Лонисера японская 155,078 [1] 2010 Каприфолиевые Лотос японский 150,519 [65] 2000 Бобовые Манихот эскулента 161,453 [66] 2008 Молочайные Монотропа гипопитис 35,336 45 [67] 2016 Вересковые Микогетеротрофный Красивый муссон 128,787 106 [52] 2011 Гераниевые Морус индийский 156,599 [68] 2006 Моровые Муса Бальбисиана 169,503 113 [69] 2016 Мускусные Нандина домашняя 156,599 [70] 2006 Барберидовые Неоттия-гнездовая птица 92,060 56 [71] 2011 Орхидные Микогетеротрофный Нелюмбо орехоносный 163,330 [1] 2010 Nelumbonaceae Никотиана табакум 155,943 113 [72] 1986 пасленовые Нуфар адвена 160,866 117 [73] 2007 Нимфейные Белые кувшинки 159,930 [74] 2004 Нимфейные Oenothera argillicola 165,055 113 [75] 2008 Онагровые Oenothera biennis 164,807 113 [75] 2008 Онагровые Oenothera elata штамм Хукери Йохансен Стандарт 165,728 113 [75] 2008 Онагровые Oenothera glazioviana r / r -lamarckiana Швеция 165,225 113 [75] 2008 Онагровые Штамм Oenothera parviflora 163,365 113 [75] 2008 Онагровые Ориза сатива индийская 93-11 134,496 [76] 2005 Мятликовые Oryza sativa japonica Nipponbare 134,551 110 [77] [28] 1989 Мятликовые Ориза сатива японская PA64S 134,551 [76] 2005 Мятликовые Осирис Альба 147,253 101 [78] 2015 Санталовые гемипаразитарный Панакс женьшень 156,318 [79] 2004 Аралиевые Пеларгония х сады 217,942 [80] 2006 Гераниевые Петросавиа звездная 103,835 58 [81] 2014 Петросавиевые Микогетеротрофный Фаленопсис Афродита Формозана 148,964 [82] 2006 Орхидные Phaseolus vulgaris 150,285 [83] 2007 Бобовые пилостили Эфиопские 11,348 5 [84] 2016 Аподантовые Эндо-голопаразит Пилостили гамильтонии 15,167 5 [84] 2016 Аподантовые Эндо-голопаразит Пайпер ценоклад 160,624 113 [48] 2006 Трубчатые Западный платан 161,791 [70] 2006 Платановые Белые люди 156,505 [85] 2006 Salicaceae Лютик макрантус 155,158 117 [73] 2007 Лютиковые Ризантелла Гарднери 59,190 33 [86] 2011 Орхидные Подземный микогетеротроф Сахарум лекарственный 141,182 110 [28] 2010 Мятликовые Сциафила плотноцветковая 21,485 28 [87] 2015 Триуридовые Микогетеротрофный Клубневый паслен 155,298 [88] 2006 пасленовые Сорго двухцветное 140,754 110 [28] 2010 Мятликовые Спинация огородная 150,725 [89] 2001 Амарантовые Трахелиум синий 162,321 [90] 2008 Колокольчики Трифолиум подземный 144,763 111 [91] 2008 Бобовые Triticum aestivum 134,545 110 [92] [93] [28] 2000 Мятликовые Тифа широколистная 165,572 113 [28] 2010 Тифовые Вакциниум макрокарпон 176,045 147 [94] 2013 Вересковые Альбом Вискус 128,921 96 [78] 2015 Висковые гемипаразитарный вход Минимальный 131,016 99 [78] 2015 Висковые гемипаразитарный Винная лоза 160,928 [95] 2006 Витовые Юкка Шидигера 156,158 [21] 2005 Спаржевые ( в смысле APG III ) Зеа Мэйс 140,384 110 [96] [28] 2010 Мятликовые
Секвенированные пластомы без информации о размере, количестве генов и/или ссылок. Ручка-сердечко 153,821 Акоровые Этионема сердцелистная Капустные Этионема крупноцветковая Капустные Большой антирин [1] 2010 Подорожники Лохматый араб Капустные Аукуба японская [1] 2010 Гарриевые Бамбуса олдхамии 139,350 Мятликовые Барбареа Верна Капустные Берберидопсис коралловый [1] 2010 Берберидопсидовые Брассика рапа Капустные Бульнезия древовидная [1] 2010 Зигофилловые Капселла пасторальной сумки Капустные Загрузить папайю Карические Цератофиллум затонувший [97] 2007 Цератофилловые Цветочный рог [1] 2010 Кукурузные Crucihimalya Wallichii Капустные Кускута тупоцветковая Вьюнковые Рефлекторная кускута Вьюнковые Дендрокаламус широкоцветковый 139,365 Мятликовые Дилления индийская [1] 2010 Диллениевые Драба немороза Капустные Эреция остроконечная [1] 2010 Борагиновые Элаис масличный [19] 2007 Арековые Бересклет американский [1] 2010 Целастровые Овсяница тростниковая Мятликовые Фикус [1] 2010 Моровые Гизотия абиссиника Астровые Рукавная артиллерийская стрельба [1] 2010 Gunneraceae Гедиосмум неопубликованный Хлорантовые Гейхера кроваво-красная [1] 2010 Камнеломковые Рогатый илекс [1] 2010 Водолистные Девственное очарование Капустные Liquidambar styraciflua Altingia styraciflua ) [1] 2010 Альтингиевые Лобулярия приморская Капустные Рожковидный лотос Бобовые Медикаго усеченное 124,033 Бобовые Мегалерантис саникулифолия 159,924 Лютиковые Мелиосма клинолистная [1] 2010 Сабиевые Настурция лекарственная Капустные Состав олимарабидопсиса Капустные Финикс дактилифера Арековые Нериевый олеандр 154,903 Апоциновые Никотиана сильвестрис 155,941 пасленовые Никотиана войлочная 155,745 пасленовые Ориза нивара 134,494 Мятликовые Оксалис широколистный [1] 2010 Оксалидовые Пассифлора бифлора [19] 2007 Пассифлоровые Форадендрон лейкарпум [1] 2010 Висковые Пламбаго ушной [1] 2010 Пламбагиновые Популус трихокарпа [98] 2006 Salicaceae Quercus черный [1] 2010 Фаговые Рододендрон симсии [1] 2010 Вересковые соперник Сцеволы [19] 2007 Гудениевые Паслен бульбокастанум 155,371 пасленовые Пасленум томатный 155,460 пасленовые Стафилея колхика [1] 2010 Стафилеевые Тритурия Гидателла неопубликованный Гидателловые Троходендрон аралиоидес [1] 2010 Троходендровые Американский камин 2010 Ксимениевые [99]
Секвенированные пластомы Бриопсис плюмоза 106,859 115 [100] Chaetosphaeridium globosum 131,183 124 [101] Чара обыкновенная Хламидомонада Рейнхардти 203,395 99 Хлорелла обыкновенная 150,613 209 [102] Хлорокибус атмосферный 201,763 70 [103] Дуналиелла Салина ССАП 19/18 269,044 102 [104] Эмилиания Хаксли 105,309 150 Хеликоспоридий 37,454 54 [105] Лептозира террестрис 195,081 117 [106] Мезостигма зеленая 42,424 Мономастикс 114,528 94 [107] Нефросельмис оливковый 200,799 127 [108] Эдогониум сердечный 196,547 103 [109] Олтмансиеллопсис виридис 151,933 105 [110] Остреококк Таврический 71,666 86 [111] Псевдендоклониум акинетум 195,867 105 [112] Пикнококк провазолии 80,211 98 [107] Пирамимонас паркеа 101,605 110 [107] сцена Косая 161,452 96 [113] Ставураструм точечный [114] Стигеоклониум гельветикум 223,902 97 [115] Кампания Тайдемания 105,200 125 [100] Ульва сп. UNA00071828 99,983 102 [116] Вольвокс Картери 420,650 91 [117] Зигнема циркумкаринатум
Секвенированные пластомы Анфельция сложенная 190,451 205 (кодировка) [118] 2016 Анфельтиалес Апофлая синклариа 182,437 189 (кодировка) [118] 2016 Хильденбрандиалес Аспарагопсис таксиформис 177,091 203 (кодировка) [118] 2016 Бангиопсис субсимплексный 204,784 194 (кодировка) [118] 2016 Каллиартрон туберкулезный 178,981 238 [119] 2013 Керамиум японский 171,634 199 (кодировка) [118] 2016 Хондрус хрустящий 180,086 240 [119] 2013 Гигартиналес Цианидиошизон меролае 10Д 149,987 243 [120] 2003 Цианидий кальдарий РК1 164,921 230 [121] 2000 Эритротрихия карнеа 210,691 191 (кодировка) [118] 2016 Галдиерия серная 074W 167,741 233 [122] 2015 мороз Элегантный 174,748 234 [123] 2016 Гелидиум синикола UC276620 177,095 232 [124] 2019 Может быть синонимом G. coulteri. Болезнь бродит 179,853 234 [123] 2016 Грацилария чангии 183,855 231 [125] 2018 Грасилариалес Грацилария хорда 182,459 201 (кодировка) [118] 2016 Грасилариалес Грацилария саликорния 179,757 235 [126] 2014 Грасилариалес стройный стройный вар. Лю 183,883 238 [127] 2004 Грасилариалес Грацилария вермикулофилла 180,254 239 неопубликованный Грасилариалес Грателупия филицина 195,990 265 неопубликованный Грателупия тайваньская 191,270 266 [128] 2013 Хильденбрандия ревулярная 189,725 184 (кодировка) [118] 2016 Хильденбрандия красная 180,141 190 (кодировка) [118] 2016 Куманоа американа 184,025 234 [129] 2018 Пальмария пальмовая 192,960 245 [129] 2018 Плокамий хрящевой 171,392 197 (кодировка) [118] 2016 порфир Красивый 194,175 251 [123] 2016 Бангиалес Порфира пурпурная 191,028 253 [130] 1993 Бангиалес Пупочная порфира 190,173 250 [131] 2017 Бангиалес Фиолетовый порфир ЛЮДИ 2140 217,694 260 [132] 2014 Грязный порфир 259,429 227 [118] 2016 Пиропия фуцикола 187,282 [133] 2015 Частичный геном Пиропия хаитанская РН 38 195,597 254 [134] 2013 Пиропия канаканская 189,931 [133] 2015 Частичный геном Пиропия продырявленная 189,789 247 [133] 2015 Пиропия йезоенсис 191,952 264 [134] 2013 Родохета парвула 221,665 195 (кодировка) [118] 2016 Родимения псевдопальмата 194,153 201 (кодировка) [118] 2016 Рикетофикус 180,384 202 (кодировка) [118] 2016 Шиммельмания шусбой 181,030 202 (кодировка) [118] 2016 Шизимения дубый 183,959 204 (кодировка) [118] 2016 Себдения раздула 192,140 205 (кодировка) [118] 2016 случай споролитона 191,464 239 [123] 2016 Торо Хиспид 175,193 228 [129] 2018 Ланусные позвоночные 167,158 192 [135] 2015 Также отнесен к роду Polysiphonia.
Метаводоросли — это организмы с фотосинтетическим органеллами вторичного или третичного эндосимбиотического происхождения и их близкие нефотосинтезирующие пластидоносные родственники. Apicomplexans представляют собой вторично нефотосинтетическую группу хромальвеоатов , сохраняющих редуцированную пластидную органеллу.
Пластидные геномы динофлагеллят организованы не в одну кольцевую молекулу ДНК, как другие пластидные геномы, а в виде множества мини-колец.
Секвенированные пластомы Хромера великая Chroomonas mesostigmatica CCMP1168 139,403 189 [137] Хрумонас плакоидея CCAP978/8 139,432 186 [137] Содержит 3 аннотированных псевдогена. Криптомонаса кривата ЦНУКР 128,285 182 [137] Криптомонада парамеция CCAP977/2а 77,717 115 [138] Эмилиания Хаксли ККМП 373 105,309 154 [139] Гильярдия тета 121,524 167 [140] Говорят, что гетеросигма ЛЮДИ 293 159,370 198 [141] Одонтелла китайская 119,704 175 [142] Phaeodactylum tricornutum 117,369 170 [143] Родомонас Салина CCMP1319 135,854 183 [144] Storeatula сп. CCMP1868 140,953 187 [137] Телеулакс амфиоксея ХАССП-CR01 129,772 179 [145] Талассиозира псевдонана 128,814 180 [143]
У некоторых фотосинтезирующих организмов эта способность была приобретена в результате симбиоза с одноклеточной зеленой водорослью ( хлорофитом ) или красной водорослью ( родофитом ). В некоторых таких случаях не только хлоропласт бывшей одноклеточной водоросли сохраняет собственный геном, но также сохраняется и остаток водоросли. Когда он сохраняет ядро и ядерный геном, его называют нуклеоморфом .
Одноклеточный эукариот Paulinella chromatophora цианеллой ), которая представляет собой самостоятельный случай приобретения фотосинтеза цианобактериальным эндосимбиозом. (Примечание: термин «цианелла» также применяется к пластидам глаукофитов.)
^ Jump up to: а б с д и ж г час я дж к л м н тот п д р с т в v В х Мур М.Дж., Солтис П.С., Bell CD, Берли Дж.Г., Солтис Д.Э. (март 2010 г.). «Филогенетический анализ 83 пластидных генов дополнительно решает проблему ранней диверсификации эвдикотов» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 107 (10): 4623–8. Бибкод : 2010PNAS..107.4623M . дои : 10.1073/pnas.0907801107 ПМК 2842043 ПМИД 20176954 . ^ «Индекс /refseq/release/plastid» . ftp.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 08 января 2017 г. ^ Уикетт, Нью-Джерси, Чжан Й., Хансен С.К., Ропер Дж.М., Кюль Й.В., Плок С.А., Вольф П.Г., ДеПамфилис К.В., Бур Дж.Л., Гоффине Б. (февраль 2008 г.). «Функциональные потери генов происходят при минимальном уменьшении размеров пластидного генома паразитического печеночника Aneura mirabilis» . Молекулярная биология и эволюция . 25 (2): 393–401. дои : 10.1093/molbev/msm267 ПМИД 18056074 . ^ Эволюция пластидного генома нефотосинтетической печеночницы Aneura mirabilis (Malmb.) Wickett & Goffinet (Aneuraceae) ^ Кугита М., Канеко А., Ямамото Ю., Такея Ю., Мацумото Т., Ёсинага К. (январь 2003 г.). «Полная нуклеотидная последовательность генома хлоропластов роголистника (Anthoceros formosae): понимание самых ранних наземных растений» . Исследования нуклеиновых кислот . 31 (2): 716–21. дои : 10.1093/нар/gkg155 . ПМЦ 140519 ПМИД 12527781 . ^ Охяма, Фукузава Х., Кочи Т., Шираи Х., Сано Т., Чанг З., Аота С.И., Инокучи Х., Озэки Х. (2003). «Организация гена хлоропластов выведена из полной последовательности ДНК хлоропластов печеночника Marchantia polymorpha ». Природа . 322 (6079): 716–721. Бибкод : 1986Natur.322..572O . дои : 10.1038/322572a0 . S2CID 4311952 . ^ Вильярреал Х.К., Форрест Л.Л., Уикетт Н., Гоффине Б. (март 2013 г.). «Пластидный геном роголистника Nothoceros aenigmaticus (Dendrocerotaceae): филогенетический сигнал в инвертированном расширении повторов, псевдогенизации и увеличении интронов». Американский журнал ботаники . 100 (3): 467–77. дои : 10.3732/ajb.1200429 . ПМИД 23416362 . ^ Гроше С., Функ Х.Т., Майер У.Г., Заунер С. (2012). «Геном хлоропластов Pellia endiviifolia: содержание генов, закономерности редактирования РНК и происхождение редактирования хлоропластов» . Геномная биология и эволюция . 4 (12): 1349–57. дои : 10.1093/gbe/evs114 . ПМЦ 3542565 ПМИД 23221608 . ^ Сугиура С., Кобаяши Ю., Аоки С., Сугита С., Сугита М. (сентябрь 2003 г.). «Полная последовательность ДНК хлоропластов мха Physcomitrella patens: доказательства потери и перемещения rpoA из хлоропласта в ядро» . Исследования нуклеиновых кислот . 31 (18): 5324–31. дои : 10.1093/nar/gkg726 . ПМК 203311 ПМИД 12954768 . ^ Лаура Л. Форрест; Норман Дж. Уикетт, Саймон Дж. Кокс и Бернар Гоффине (2011). «Глубокое секвенирование Ptilidium (Ptilidiaceae) предполагает эволюционный застой в структуре пластидного генома печеночника» (PDF) . Экология и эволюция растений . 144 (1): 29–43. дои : 10.5091/plecevo.2011.535 . hdl : 10400.1/5518 ^ Оливер М.Дж., Мердок А.Г., Мишлер Б.Д., Кюль Дж.В., Бур Дж.Л., Мандоли Д.Ф., Эверетт К.Д., Вольф П.Г., Даффи А.М., Карол К.Г. (февраль 2010 г.). «Последовательность генома хлоропластов мха Tortulauralis: содержание генов, полиморфизм и структурное расположение по сравнению с геномами хлоропластов других зеленых растений» . БМК Геномика . 11 : 143. дои : 10.1186/1471-2164-11-143 ПМЦ 2841679 ПМИД 20187961 . ^ Вольф П.Г., Роу К.А., Синклер Р.Б., Хасебе М. (апрель 2003 г.). «Полная нуклеотидная последовательность генома хлоропластов лептоспорангиатного папоротника Adiantum capillus-veneris L» . Исследование ДНК . 10 (2): 59–65. дои : 10.1093/dnares/10.2.59 ПМИД 12755170 . ^ Гао Л, И X, Ян YX, Су YJ, Ван Т (июнь 2009 г.). «Полная последовательность генома хлоропластов древовидного папоротника Alsophila spinulosa: понимание эволюционных изменений в геномах хлоропластов папоротников» . Эволюционная биология BMC . 9 :130. дои : 10.1186/1471-2148-9-130 ПМК 2706227 ПМИД 19519899 . ^ Ропер Дж.М., Хансен С.К., Вольф П.Г., Карол К.Г., Мандоли Д.Ф., Эверетт К.Д., Кюль Дж., Бур Дж.Л. (2007). «Полная последовательность пластидного генома Angiopteris evecta (G. Forst.) Hoffm. (Marattiaceae)» . Американский журнал папоротника . 97 (2): 95–106. doi : 10.1640/0002-8444(2007)97[95:TCPGSO]2.0.CO;2 ^ Вольф П.Г., Карол К.Г., Мандоли Д.Ф., Кюль Дж., Арумуганатан К., Эллис М.В., Мишлер Б.Д., Келч Д.Г., Олмстед Р.Г., Бур Дж.Л. (май 2005 г.). «Первая полная последовательность генома хлоропластов ликофита Huperzia lucidula (Lycopodiaceae)» . Джин . 350 (2): 117–28. дои : 10.1016/j.gene.2005.01.018 . ПМИД 15788152 . ^ Вакасуги, Т. (1998). «Полная нуклеотидная последовательность пластидного генома папоротника Psilotum nudum » . Эндоцитобиология и клеточные исследования . 13 (Дополнение): 147. Внешние ссылки ниже. ^ Цудзи С., Уэда К., Нисияма Т., Хасебе М., Ёсикава С., Конагая А., Нисиучи Т., Ямагути К. (март 2007 г.). «Геном хлоропластов ликофита (микрофиллофита) Selaginella uncinata имеет уникальную инверсию, транспозиции и множество потерь генов». Журнал исследований растений . 120 (2): 281–90. дои : 10.1007/s10265-006-0055-y . ПМИД 17297557 . S2CID 7691300 . ^ Хирао Т., Ватанабэ А., Курита М., Кондо Т., Таката К. (июнь 2008 г.). «Полная нуклеотидная последовательность генома хлоропластов Cryptomeria japonica D. Don. и сравнительная геномика хлоропластов: разнообразная геномная структура хвойных видов» . Биология растений BMC . 8:70 . дои : 10.1186/1471-2229-8-70 ПМЦ 2443145 ПМИД 18570682 . ^ Jump up to: а б с д и ж Янсен Р.К., Кай З., Раубсон Л.А., Даниэль Х., Депамфилис К.В., Либенс-Мак Дж., Мюллер К.Ф., Гузингер-Беллиан М., Хаберле Р.К., Хансен А.К., Чамли Т.В., Ли С.Б., Пири Р., МакНил Дж.Р., Кюль Й.В., Бур JL (декабрь 2007 г.). «Анализ 81 гена из 64 пластидных геномов позволяет выявить взаимоотношения у покрытосеменных растений и выявить закономерности эволюции в масштабе генома» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 104 (49): 19369–74. Бибкод : 2007PNAS..10419369J . дои : 10.1073/pnas.0709121104 ПМК 2148296 ПМИД 18048330 . ^ Ву К.С., Ван Ю.Н., Лю С.М., Чав С.М. (июнь 2007 г.). «Геном хлоропластов (хпДНК) Cycas taitungensis и 56 генов, кодирующих белок cp, Gnetum parvifolium: понимание эволюции хпДНК и филогении современных семенных растений» . Молекулярная биология и эволюция . 24 (6): 1366–79. дои : 10.1093/molbev/msm059 ПМИД 17383970 . ^ Jump up to: а б Либенс-Мак Дж., Раубсон Л.А., Кюи Л., Кюль Ю.В., Фуркад М.Х., Чамли Т.В., Бур Дж.Л., Янсен Р.К., depamphilis CW (октябрь 2005 г.). «Идентификация базального узла покрытосеменных в филогении генома хлоропластов: выбор способа выхода из зоны Фельзенштейна» . Молекулярная биология и эволюция . 22 (10): 1948–63. дои : 10.1093/molbev/msi191 ПМИД 15944438 . ^ Лин, Диана; Кумб, Лорен; Джекман, Шон Д.; Гагалова Кристина К.; Уоррен, Рене Л.; Хаммонд, С. Остин; Макдональд, Хелен; Кирк, Хизер; Пандох, Паван; Чжао, Юнцзюнь; Мур, Ричард А. (13 июня 2019 г.). Стаич, Джейсон Э. (ред.). «Полная последовательность генома хлоропластов ели Энгельмана (Picea engelmannii, генотип Se404-851) из Западной Канады» . Объявления о ресурсах по микробиологии . 8 (24): e00382–19, /mra/8/24/MRA.00382–19.atom. дои : 10.1128/MRA.00382-19 . ISSN 2576-098X . ПМК 6588038 ПМИД 31196920 . ^ Джекман, Шон Д.; Уоррен, Рене Л.; Гибб, Юэн А.; Вандервалк, Бенджамин П.; Мохамади, Хамид; Чу, Джастин; Раймонд, Энтони; Приятность, Стивен; Куп, Робин; Вильдунг, Марк Р.; Ритланд, Кэрол Э. (январь 2016 г.). «Органелларные геномы ели белой (Picea glauca): сборка и аннотация» . Геномная биология и эволюция . 8 (1): 29–41. дои : 10.1093/gbe/evv244 . ISSN 1759-6653 . ПМЦ 4758241 ПМИД 26645680 . ^ Лин, Диана; Кумб, Лорен; Джекман, Шон Д.; Гагалова Кристина К.; Уоррен, Рене Л.; Хаммонд, С. Остин; Кирк, Хизер; Пандох, Паван; Чжао, Юнцзюнь; Мур, Ричард А.; Мангалл, Эндрю Дж. (6 июня 2019 г.). Рокас, Антонис (ред.). «Полная последовательность генома хлоропластов ели белой (Picea glauca, генотип WS77111) из Восточной Канады» . Объявления о ресурсах по микробиологии . 8 (23): e00381–19, /mra/8/23/MRA.00381–19.atom. дои : 10.1128/MRA.00381-19 . ISSN 2576-098X . ПМК 6554609 ПМИД 31171622 . ^ Кумб, Лорен; Уоррен, Рене Л.; Джекман, Шон Д.; Ян, Чен; Вандервалк, Бенджамин П.; Мур, Ричард А.; Приятность, Стивен; Куп, Робин Дж.; Больманн, Йорг; Холт, Роберт А.; Джонс, Стивен Дж. М. (15 сентября 2016 г.). Будак, Хикмет (ред.). «Сборка полного генома хлоропластов ситкинской ели с использованием данных секвенирования GemCode 10X Genomics» . ПЛОС ОДИН . 11 (9): e0163059. Бибкод : 2016PLoSO..1163059C . дои : 10.1371/journal.pone.0163059 ISSN 1932-6203 . ПМК 5025161 ПМИД 27632164 . ^ Вакасуги Т., Цудзуки Дж., Ито С., Накашима К., Цудзуки Т., Сугиура М. (октябрь 1994 г.). «Потеря всех генов ndh, определенная путем секвенирования всего генома хлоропластов черной сосны Pinus thunbergii» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 91 (21): 9794–8. Бибкод : 1994PNAS...91.9794W . дои : 10.1073/pnas.91.21.9794 ПМК 44903 ПМИД 7937893 . ^ Маккой С.Р., Кюль СП, Бур Дж.Л., Раубсон Л.А. (май 2008 г.). «Полная последовательность пластидного генома Welwitschia mirabilis: необычайно компактный пластом с ускоренными темпами дивергенции» . Эволюционная биология BMC . 8 : 130. дои : 10.1186/1471-2148-8-130 ПМК 2386820 ПМИД 18452621 . ^ Jump up to: а б с д и ж г час я дж Guisinger et al., Значение последовательности пластидного генома Typha (Typhaceae, Poales) для понимания эволюции генома Poaceae, J Mol Evol 70: 149–166 (2010). ^ Ян М., Мур MJ, Мэн А., Яо X, Ван Х (21 сентября 2016 г.). «Первая полная последовательность пластома базальных астерид семейства Styracaceae (Ericales) демонстрирует большую инверсию». Систематика и эволюция растений . 303 (1): 61–70. дои : 10.1007/s00606-016-1352-0 . ISSN 0378-2697 . S2CID 25942874 . ^ Jump up to: а б Ким Дж.С., Ким Дж.Х. (18 июня 2013 г.). «Сравнительный анализ генома и филогенетическое родство порядка Liliales на основе полных последовательностей пластидного генома двух лилий (Lilium longiflorum и Alstroemeria aurea)» . ПЛОС ОДИН . 8 (6): e68180. Бибкод : 2013PLoSO...868180K . дои : 10.1371/journal.pone.0068180 ПМЦ 3688979 ПМИД 23950788 . ^ Горемыкин В.В., Хирш-Эрнст К.И., Вольфл С., Хеллвиг Ф.Х. (сентябрь 2003 г.). «Анализ последовательности генома хлоропластов Amborella trichopoda позволяет предположить, что амборелла не является базальным покрытосеменным растением» . Молекулярная биология и эволюция . 20 (9): 1499–505. дои : 10.1093/molbev/msg159 ПМИД 12832641 . ^ Сато С., Накамура Ю., Канеко Т., Асамидзу Э., Табата С. (октябрь 1999 г.). «Полная структура генома хлоропластов Arabidopsis thaliana» . Исследование ДНК . 6 (5): 283–90. дои : 10.1093/dnares/6.5.283 ПМИД 10574454 . ^ Шмитц-Линневебер С., Регель Р., Ду Т.Г., Хупфер Х., Херрманн Р.Г., Майер Р.М. (сентябрь 2002 г.). «Пластидная хромосома Atropa belladonna и ее сравнение с хромосомой Nicotiana tabacum: роль редактирования РНК в возникновении дивергенции в процессе видообразования растений». Молекулярная биология и эволюция . 19 (9): 1602–12. doi : 10.1093/oxfordjournals.molbev.a004222 . ПМИД 12200487 . S2CID 1111063 . ^ Jump up to: а б с д Хансен Д.Р., Дастидар С.Г., Кай З., Пенафлор С., Кюль Й.В., Бур Дж.Л., Янсен Р.К. (ноябрь 2007 г.). «Филогенетические и эволюционные последствия полных последовательностей генома хлоропластов четырех рано расходящихся покрытосеменных растений: Buxus (Buxaceae), Chloranthus (Chloranthaceae), Dioscorea (Dioscoreaceae) и Illicium (Schisandraceae)». Молекулярная филогенетика и эволюция . 45 (2): 547–63. дои : 10.1016/j.ympev.2007.06.004 . ПМИД 17644003 . ^ Горемыкин В., Хирш-Эрнст К.И., Вёлфль С., Хеллвиг Ф.Х. (2003). «Геном хлоропластов базальных покрытосеменных Calycanthusfertilis - структурный и филогенетический анализ». Систематика и эволюция растений . 242 (1–4): 119–135. дои : 10.1007/s00606-003-0056-4 . S2CID 44377635 . ^ Ян Ю, Ван М, Лу З, Се Икс, Фэн С (04 января 2017 г.). «Характеристика полного генома хлоропластов Carpinus tientaiensis ». Ресурсы по сохранению генетики . 9 (2): 339–341. дои : 10.1007/s12686-016-0668-y . ISSN 1877-7252 . S2CID 5184815 . ^ Баушер М.Г., Сингх Н.Д., Ли С.Б., Янсен Р.К., Дэниел Х. (сентябрь 2006 г.). «Полная последовательность генома хлоропластов Citrus sinensis (L.) Osbeck var 'Ridge Pineapple': организация и филогенетические отношения с другими покрытосеменными растениями» . Биология растений BMC . 6:21 . дои : 10.1186/1471-2229-6-21 ПМЦ 1599732 ПМИД 17010212 . ^ Хуан Ю., Мацке А.Дж., Мацке М. (30 августа 2013 г.). «Полное секвенирование и сравнительный анализ генома хлоропластов кокосовой пальмы (Cocos nucifera)» . ПЛОС ОДИН . 8 (8): е74736. Бибкод : 2013PLoSO...874736H . дои : 10.1371/journal.pone.0074736 ПМЦ 3758300 ПМИД 24023703 . ^ Самсон Н., Баушер М.Г., Ли С.Б., Янсен Р.К., Дэниел Х. (март 2007 г.). «Полная нуклеотидная последовательность генома хлоропластов кофе (Coffea arabica L.): организация и значение для биотехнологии и филогенетических взаимоотношений между покрытосеменными» . Журнал биотехнологии растений . 5 (2): 339–53. дои : 10.1111/j.1467-7652.2007.00245.x . ПМЦ 3473179 ПМИД 17309688 . ^ Лесеберг CH, Дюваль MR (октябрь 2009 г.). «Полный геном хлоропластов Coix lacryma-jobi и сравнительный молекулярно-эволюционный анализ пластомов злаков». Журнал молекулярной эволюции . 69 (4): 311–8. Бибкод : 2009JMolE..69..311L . дои : 10.1007/s00239-009-9275-9 . ПМИД 19777151 . S2CID 24418374 . ^ Вике С., Мюллер К.Ф., де Памфилис К.В., Квандт Д., Уикетт Н.Дж., Чжан Ю., Реннер С.С., Шнеевайс Г.М. (октябрь 2013 г.). «Механизмы функциональной и физической редукции генома фотосинтезирующих и нефотосинтезирующих паразитических растений семейства заразихи» . Растительная клетка . 25 (10): 3711–25. дои : 10.1105/tpc.113.113373 . ПМЦ 3877813 ПМИД 24143802 . ^ Пладер В., Юкава Ю., Сугиура М., Малепси С. (2007). «Полная структура генома хлоропластов огурца (Cucumis sativus L.): его состав и сравнительный анализ» . Письма по клеточной и молекулярной биологии . 12 (4): 584–94. дои : 10.2478/s11658-007-0029-7 . ПМК 6275786 ПМИД 17607527 . ^ Jump up to: а б МакНил-младший, Кюль Й.В., Бур Дж.Л., де Памфилис К.В. (октябрь 2007 г.). «Полные последовательности пластидного генома предполагают сильный отбор по сохранению фотосинтетических генов у паразитических растений рода Cuscuta» . Биология растений BMC . 7:57 . дои : 10.1186/1471-2229-7-57 ПМК 2216012 ПМИД 17956636 . ^ Jump up to: а б Функ Х.Т., Берг С., Крупинска К., Майер У.Г., Краузе К. (август 2007 г.). «Полные последовательности ДНК пластидных геномов двух видов паразитических цветковых растений, Cuscuta reflexa и Cuscuta gronovii» . Биология растений BMC . 7:45 . дои : 10.1186/1471-2229-7-45 ПМК 2089061 ПМИД 17714582 . ^ Линь К.С., Чен Дж.Дж., Хуан Ю.Т., Чан М.Т., Дэниел Х., Чанг У.Дж., Сюй К.Т., Ляо Д.С., Ву Ф.Х., Линь С.И., Ляо К.Ф., Дейхолос М.К., Вонг Г.К., Альберт В.А., Чжоу М.Л., Чен С.И., Ши MC (март 2015 г.). «Расположение и транслокация генов ndh хлоропластного происхождения в семействе орхидных» . Научные отчеты . 5 : 9040. Бибкод : 2015NatSR...5E9040L . дои : 10.1038/srep09040 . ПМК 4356964 ПМИД 25761566 . ^ Роке С, Куассак Э, Крюо С, Боледа М, Бойер Ф, Альберти А, Джелли Л, Таберле П, Тюллер В, Ван Эс Дж, Лавернь С (июль 2016 г.). «Понимание эволюции голопаразитных растений: полный пластидный геном голопаразита Cytinus гипоцистис (Cytinaceae)» . Анналы ботаники . 118 (5): 885–896. дои : 10.1093/aob/mcw135 . ПМК 5055816 ПМИД 27443299 . ^ Рулман Т., Ли С.Б., Янсен Р.К., Хостетлер Дж.Б., Таллон Л.Дж., Town CD, Дэниел Х. (август 2006 г.). «Полная последовательность пластидного генома Daucus carota: значение для биотехнологии и филогении покрытосеменных растений» . БМК Геномика . 7 : 222. дои : 10.1186/1471-2164-7-222 ПМЦ 1579219 ПМИД 16945140 . ^ Jump up to: а б с Кай З., Пенафлор С., Кюль Й.В., Либенс-Мак Дж., Карлсон Дж.Э., де Памфилис К.В., Бур Дж.Л., Янсен Р.К. (октябрь 2006 г.). «Полные последовательности пластидного генома Drimys, Liriodendron и Piper: значение для филогенетических взаимоотношений магнолиид» . Эволюционная биология BMC . 6:77 . дои : 10.1186/1471-2148-6-77 ПМЦ 1626487 ПМИД 17020608 . ^ Вулф К.Х., Морден К.В., Палмер Дж.Д. (ноябрь 1992 г.). «Функция и эволюция минимального пластидного генома нефотосинтетического паразитического растения» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 89 (22): 10648–52. Бибкод : 1992PNAS...8910648W . дои : 10.1073/pnas.89.22.10648 ПМК 50398 ПМИД 1332054 . ^ Jump up to: а б Щелкунов М.И., Штратникова В.Ю., Нуралиев М.С., Селоссе М.А., Пенин А.А., Логачева М.Д. (январь 2015). «Изучение пределов сокращения пластидных геномов: исследование микогетеротрофных орхидей Epipogium aphyllum и Epipogiumroseum» . Геномная биология и эволюция . 7 (4): 1179–91. дои : 10.1093/gbe/evv019 . ПМЦ 4419786 ПМИД 25635040 . ^ Jump up to: а б Блазьер Дж.К., Янсен Р.К., Мауэр Дж.П., Говинду М., Чжан Дж., Венг М.Л., Рулман Т.А. (июнь 2016 г.). «Вариабельное наличие инвертированного повтора и стабильность пластома у эродия» . Анналы ботаники . 117 (7): 1209–20. дои : 10.1093/aob/mcw065 . ПМК 4904181 ПМИД 27192713 . ^ Jump up to: а б с Гузингер М.М., Кюль Й.В., Бур Дж.Л., Янсен Р.К. (январь 2011 г.). «Чрезвычайная реконфигурация пластидных геномов покрытосеменных растений семейства Geraniaceae: перестановки, повторы и использование кодонов» . Молекулярная биология и эволюция . 28 (1): 583–600. дои : 10.1093/molbev/msq229 ПМИД 20805190 . ^ Стейн Д.А. (2005). «Полная нуклеотидная последовательность генома хлоропластов тасманской синей камеди Eucalyptus globulus (Myrtaceae)» . Исследование ДНК . 12 (3): 215–20. дои : 10.1093/dnares/dsi006 ПМИД 16303753 . ^ Логачева М.Д., Самигуллин Т.Х., Дхингра А., Пенин А.А. (май 2008 г.). «Сравнительная геномика хлоропластов и филогенетика Fagopyrum esculentum ssp. ancestrale — дикого предка культурной гречихи» . Биология растений BMC . 8:59 . дои : 10.1186/1471-2229-8-59 ПМК 2430205 ПМИД 18492277 . ^ Саски С., Ли С.Б., Дэниел Х., Вуд Т.К., Томкинс Дж., Ким Х.Г., Янсен Р.К. (сентябрь 2005 г.). «Полная последовательность генома хлоропластов Glycine max и сравнительный анализ с геномами других бобовых». Молекулярная биология растений . 59 (2): 309–22. дои : 10.1007/s11103-005-8882-0 . ПМИД 16247559 . S2CID 3332004 . ^ Ибрагим Р.И., Азума Дж., Сакамото М. (октябрь 2006 г.). «Полная нуклеотидная последовательность генома хлоропластов хлопчатника (Gossypium barbadense L.) со сравнительным анализом последовательностей среди 9 двудольных растений» . Гены и генетические системы . 81 (5): 311–21. дои : 10.1266/ggs.81.311 ПМИД 17159292 . ^ Ли С.Б., Кейттанис С., Янсен Р.К., Хостетлер Дж.Б., Таллон Л.Дж., Town CD, Дэниел Х. (март 2006 г.). «Полная последовательность генома хлоропластов Gossypium hirsutum: организация и филогенетические отношения с другими покрытосеменными» . БМК Геномика . 7:61 . дои : 10.1186/1471-2164-7-61 ПМЦ 1513215 ПМИД 16553962 . ^ Jump up to: а б Тимме Р.Э., Кюль СП, Бур Дж.Л., Янсен Р.К. (март 2007 г.). «Сравнительный анализ пластидных геномов Lactuca и Helianthus (Asteraceae): идентификация расходящихся областей и категоризация общих повторов» . Американский журнал ботаники . 94 (3): 302–12. дои : 10.3732/ajb.94.3.302 ПМИД 21636403 . ^ Науманн Дж., Дер Дж.П., Вафула Е.К., Джонс С.С., Вагнер С.Т., Хонаас Л.А., Ральф П.Е., Болин Дж.Ф., Маасс Э., Найнхейс К., Ванке С., деПамфилис К.В. (январь 2016 г.). «Обнаружение и характеристика сильно дивергентного пластидного генома нефотосинтетического паразитического растения Hydnora visseri (Hydnoraceae)» . Геномная биология и эволюция . 8 (2): 345–63. дои : 10.1093/gbe/evv256 . ПМК 4779604 ПМИД 26739167 . ^ Ли Х.Л., Янсен Р.К., Чамли Т.В., Ким К.Дж. (май 2007 г.). «Перемещение генов в геномах хлоропластов Jasminum и Menodora (Oleaceae) происходит из-за множественных перекрывающихся инверсий» . Молекулярная биология и эволюция . 24 (5): 1161–80. дои : 10.1093/molbev/msm036 ПМИД 17329229 . ^ Ху Ю, Вусте К.Э., Чжао П. (01.01.2017). «Югланы и их вклад в филогению хлоропластов» . Границы в науке о растениях . 7 : 1955. doi : 10.3389/fpls.2016.01955 ПМК 5216037 ПМИД 28111577 . ^ Марданов А.В., Равин Н.В., Кузнецов Б.Б., Самигуллин Т.Х., Антонов А.С., Колганова Т.В., Скябин К.Г. (июнь 2008 г.). «Полная последовательность генома хлоропластов ряски (Lemna major): структурная организация и филогенетические отношения с другими покрытосеменными». Журнал молекулярной эволюции . 66 (6): 555–64. Бибкод : 2008JMolE..66..555M . дои : 10.1007/s00239-008-9091-7 . ПМИД 18463914 . S2CID 10044367 . ^ Мале П.Ж., Бардон Л., Беснар Г., Куассак Э., Дельсюк Ф., Энгель Дж., Люлье Э., Скотти-Сентань К., Тино А., Шав Дж. (сентябрь 2014 г.). «Обезжиривание генома с помощью дробовика помогает определить филогению семейства пантропических деревьев». Ресурсы молекулярной экологии . 14 (5): 966–75. дои : 10.1111/1755-0998.12246 . ПМИД 24606032 . S2CID 26777683 . ^ Лян Х., Карлсон Дж.Э., Либенс-Мак Дж.Х., Уолл П.К., Мюллер Л.А., Бузго М., Ландхерр Л.Л., Ху Ю, ДиЛорето Д.С., Илут Д.С., Филд Д., Танксли С.Д., Ма Х., Клод (2008). «База данных EST для цветочных бутонов Liriodendron tulipifera L.: первый ресурс EST для функциональной и сравнительной геномики лириодендрона». Генетика деревьев и геномы . 4 (3): 419–433. дои : 10.1007/s11295-007-0120-2 . S2CID 44266336 . ^ Като Т., Канеко Т., Сато С., Накамура Ю., Табата С. (декабрь 2000 г.). «Полная структура хлоропластного генома бобового растения Lotus japonicus» . Исследование ДНК . 7 (6): 323–30. дои : 10.1093/dnares/7.6.323 ПМИД 11214967 . ^ Дэниел Х., Вурдак К.Дж., Канагарадж А., Ли С.Б., Саски С., Янсен Р.К. (март 2008 г.). «Полная нуклеотидная последовательность генома хлоропластов маниоки (Manihot esculenta) и эволюция atpF у Malpighiales: редактирование РНК и множественные потери интрона группы II» . Теоретическая и прикладная генетика . 116 (5): 723–37. дои : 10.1007/s00122-007-0706-y . ПМЦ 2587239 ПМИД 18214421 . ^ Равин Н.В., Груздев Е.В., Белецкий А.В., Мазур А.М., Прохорчук Е.Б., Филюшин М.А., Кочиева Е.З., Кадников В.В., Марданов А.В., Скрябин К.Г. (ноябрь 2016 г.). «Потеря фотосинтетических путей в пластидном и ядерном геномах нефотосинтезирующих микогетеротрофных эвдикотов Monotropa hypitys» . Биология растений BMC . 16 (Приложение 3): 238. doi : 10.1186/s12870-016-0929-7 ПМЦ 5123295 ПМИД 28105941 . ^ Рави В., Хурана Дж.П., Тьяги А.К., Хурана П. (2006). «Геном хлоропластов шелковицы: полная нуклеотидная последовательность, организация генов и сравнительный анализ». Генетика деревьев и геномы . 3 (1): 49–59. дои : 10.1007/s11295-006-0051-3 . S2CID 22104273 . ^ Шетти С.М., Мд Шах М.Ю., Макале К., Мохд-Юсуф Ю., Халид Н., Осман Р.Ю. (июль 2016 г.). «Полная последовательность генома хлоропластов подтверждает структурную гетерогенность инвертированных повторов у диких предков культивируемых бананов и подорожников» . Геном растения . 9 (2). doi : 10.3835/plantgenome2015.09.0089 ПМИД 27898825 . ^ Jump up to: а б Мур М.Дж., Дхингра А., Солтис П.С., Шоу Р., Farmerie WG, Фолта К.М., Солтис Д.Э. (август 2006 г.). «Быстрое и точное пиросеквенирование пластидных геномов покрытосеменных» . Биология растений BMC . 6:17 . дои : 10.1186/1471-2229-6-17 ПМЦ 1564139 ПМИД 16934154 . ^ Логачева М.Д., Щелкунов М.И., Пенин А.А. (01.01.2011). «Секвенирование и анализ пластидного генома микогетеротрофной орхидеи Neottia nidus-avis» . Геномная биология и эволюция . 3 : 1296–303. дои : 10.1093/gbe/evr102 . ПМЦ 3228488 ПМИД 21971517 . ^ Шинозаки К., Оме М., Танака М., Вакасуги Т., Хаяшида Н., Мацубаяси Т., Заита Н., Чунвонгсе Дж., Обоката Дж., Ямагути-Синозаки К., Ото С., Торазава К., Мэн БАЙ, Сугита М., Дено Х., Камогашира Т., Ямада К., Кусуда Дж., Такайва Ф., Като А., Тодо Н., Симада Х., Сугиура М. (сентябрь 1986 г.). «Полная нуклеотидная последовательность генома хлоропластов табака: организация и экспрессия его генов» . Журнал ЭМБО . 5 (9): 2043–2049. дои : 10.1002/j.1460-2075.1986.tb04464.x . ПМК 1167080 ПМИД 16453699 . ^ Jump up to: а б Раубсон Л.А., Пири Р., Чамли Т.В., Дзюбек С., Фуркад Х.М., Бур Дж.Л., Янсен Р.К. (июнь 2007 г.). «Сравнительная геномика хлоропластов: анализ, включая новые последовательности покрытосеменных растений Nuphar advena и Ranunculus macranthus» . БМК Геномика . 8 : 174. дои : 10.1186/1471-2164-8-174 ПМК 1925096 ПМИД 17573971 . ^ Горемыкин В.В., Хирш-Эрнст К.И., Вёльфль С., Хеллвиг Ф.Х. (июль 2004 г.). «Геном хлоропластов Nymphaea alba: полногеномный анализ и проблема идентификации наиболее базальных покрытосеменных растений» . Молекулярная биология и эволюция . 21 (7): 1445–54. дои : 10.1093/molbev/msh147 ПМИД 15084683 . ^ Jump up to: а б с д и Грейнер С., Ван X, Раувольф Ю, Зильбер М.В., Майер К., Мейрер Дж., Хаберер Г., Херрманн Р.Г. (апрель 2008 г.). «Полные нуклеотидные последовательности пяти генетически различных пластидных геномов Oenothera, подраздел Oenothera: I. оценка последовательности и эволюция пластома» . Исследования нуклеиновых кислот . 36 (7): 2366–78. дои : 10.1093/нар/gkn081 . ПМК 2367718 ПМИД 18299283 . ^ Jump up to: а б Ю Дж., Ван Дж., Линь В., Ли С., Ли Х., Чжоу Дж. и др. (февраль 2005 г.). «Геномы Oryza sativa: история дупликаций» . ПЛОС Биология . 3 (2): е38. дои : 10.1371/journal.pbio.0030038 ПМК 546038 ПМИД 15685292 . ^ Хирацука Дж., Симада Х., Уиттиер Р., Исибаши Т., Сакамото М., Мори М., Кондо С., Хонджи Ю., Сан ЧР, Мэн БАЙ (июнь 1989 г.). «Полная последовательность генома хлоропластов риса (Oryza sativa): межмолекулярная рекомбинация между различными генами тРНК объясняет значительную инверсию пластидной ДНК во время эволюции злаков». Молекулярная и общая генетика . 217 (2–3): 185–94. дои : 10.1007/BF02464880 . ПМИД 2770692 . S2CID 36458326 . ^ Jump up to: а б с Петерсен Г., Куэнка А., Себерг О. (август 2015 г.). «Эволюция пластома у гемипаразитических омел» . Геномная биология и эволюция . 7 (9): 2520–32. дои : 10.1093/gbe/evv165 . ПМЦ 4607522 ПМИД 26319577 . ^ Ким К.Дж., Ли Х.Л. (август 2004 г.). «Полные последовательности генома хлоропластов корейского женьшеня (Panax schinseng Nees) и сравнительный анализ эволюции последовательностей среди 17 сосудистых растений» . Исследование ДНК . 11 (4): 247–61. дои : 10.1093/dnares/11.4.247 ПМИД 15500250 . ^ Чамли Т.В., Палмер Дж.Д., Мауэр Дж.П., Фуркад Х.М., Кали П.Дж., Бур Дж.Л., Янсен Р.К. (ноябрь 2006 г.). «Полная последовательность генома хлоропластов Pelargonium x hortorum: организация и эволюция самого большого и наиболее сильно перестроенного генома хлоропластов наземных растений» . Молекулярная биология и эволюция . 23 (11): 2175–90. дои : 10.1093/molbev/msl089 ПМИД 16916942 . ^ Логачева М.Д., Щелкунов М.И., Нуралиев М.С., Самигуллин Т.Х., Пенин А.А. (январь 2014 г.). «Пластидный геном микогетеротрофного однодольного растения Petrosavia stellaris демонстрирует как потерю генов, так и множественные перестройки» . Геномная биология и эволюция . 6 (1): 238–46. дои : 10.1093/gbe/evu001 . ПМЦ 3914687 ПМИД 24398375 . ^ Чанг CC, Линь ХК, Линь И.П., Чоу Т., Чен Х.Х., Чен В.Х., Ченг Ч., Линь С.И., Лю С.М., Чанг К.С., Чау С.М. (февраль 2006 г.). «Геном хлоропластов Phalaenopsis aphrodite (Orchidaceae): сравнительный анализ скорости эволюции со скоростью эволюции трав и его филогенетическое значение» . Молекулярная биология и эволюция . 23 (2): 279–91. дои : 10.1093/molbev/msj029 ПМИД 16207935 . ^ Го X, Кастильо-Рамирес С., Гонсалес В., Бустос П., Фернандес-Васкес Х.Л., Сантамария Р.И., Арельяно Х., Севальос М.А., Давила Г. (июль 2007 г.). «Быстрое эволюционное изменение пластома фасоли обыкновенной (Phaseolus vulgaris L) и геномная диверсификация хлоропластов бобовых» . БМК Геномика . 8 : 228. дои : 10.1186/1471-2164-8-228 ПМК 1940014 ПМИД 17623083 . ^ Jump up to: а б Белло С., Реннер СС (декабрь 2015 г.). «Каждый из пластомов двух видов эндопаразитов Pilostyles (Apodanthaceae) сохраняет всего пять или шесть возможно функциональных генов» . Геномная биология и эволюция . 8 (1): 189–201. дои : 10.1093/gbe/evv251 . ПМЦ 4758247 ПМИД 26660355 . ^ Окумура С., Савада М., Пак Ю.В., Хаяси Т., Симамура М., Такасе Х., Томидзава К. (октябрь 2006 г.). «Трансформация пластид тополя (Populus alba) и экспрессия чужеродных белков в хлоропластах деревьев». Трансгенные исследования . 15 (5): 637–46. дои : 10.1007/s11248-006-9009-3 . ПМИД 16952016 . S2CID 39294451 . ^ Деланной Э., Фуджи С., Колас де Франс-Смолл С, Брундретт М., Смолл I (июль 2011 г.). «Безудержная потеря генов у подземной орхидеи Rhizanthella gardneri подчеркивает эволюционные ограничения пластидных геномов» . Молекулярная биология и эволюция . 28 (7): 2077–86. дои : 10.1093/molbev/msr028 . ПМК 3112369 ПМИД 21289370 . ^ Лам В.К., Сото Гомес М., Грэм С.В. (июль 2015 г.). «Сильно редуцированный пластом микогетеротрофной сциафилы (Triuridaceae) коллинеарен со своими зелеными родственниками и находится под строгим очищающим отбором» . Геномная биология и эволюция . 7 (8): 2220–36. дои : 10.1093/gbe/evv134 . ПМЦ 4558852 ПМИД 26170229 . ^ Чунг Х.Дж., Юнг Дж.Д., Пак Х.В., Ким Дж.Х., Ча Х.В., Мин С.Р., Чон У.Дж., Лю Дж.Р. (декабрь 2006 г.). «Полные последовательности генома хлоропластов Solanum tuberosum и сравнительный анализ с видами Solanaceae выявили наличие делеции длиной 241 п.н. в последовательности ДНК хлоропластов культивируемого картофеля». Отчеты о растительных клетках . 25 (12): 1369–79. дои : 10.1007/s00299-006-0196-4 . ПМИД 16835751 . S2CID 24055793 . ^ Шмитц-Линневебер С., Майер Р.М., Алькарас Дж.П., Котте А., Херрманн Р.Г., Маше Р. (февраль 2001 г.). «Пластидная хромосома шпината (Spinacia oleracea): полная нуклеотидная последовательность и организация генов». Молекулярная биология растений . 45 (3): 307–15. дои : 10.1023/А:1006478403810 . ПМИД 11292076 . S2CID 28271437 . ^ Хаберле Р.К., Фуркад Х.М., Бур Дж.Л., Янсен Р.К. (апрель 2008 г.). «Обширные перестройки в геноме хлоропластов Trachelium caeruleum связаны с повторами и генами тРНК». Журнал молекулярной эволюции . 66 (4): 350–61. Бибкод : 2008JMolE..66..350H . CiteSeerX 10.1.1.174.5498 дои : 10.1007/s00239-008-9086-4 . ПМИД 18330485 . S2CID 18228097 . ^ Цай З и др. (2008). «Обширная реорганизация пластидного генома Trifolium subterraneum (Fabaceae) связана с многочисленными повторяющимися последовательностями и новыми вставками ДНК». Джей Мол Эвол . 67 (6): 696–704. Бибкод : 2008JMolE..67..696C . дои : 10.1007/s00239-008-9180-7 . ПМИД 19018585 . S2CID 36486188 . ^ Огихара И., Исоно К., Кодзима Т., Эндо А., Ханаока М., Шиина Т. и др. (2000). «Китайская яровая пшеница ( Triticum aestivum L.) Геном хлоропластов: полная последовательность и клоны контигов». Репортер по молекулярной биологии растений . 18 (3): 243–253. дои : 10.1007/BF02823995 . S2CID 41773993 . ^ Огихара Ю, Исоно К, Кодзима Т, Эндо А, Ханаока М, Сиина Т, Терачи Т, Уцуги С, Мурата М, Мори Н, Такуми С, Икео К, Годобори Т, Мурай Р, Мурай К, Мацуока Ю, Ониси Ю , Таджири Х., Цуневаки К. (январь 2002 г.). «Структурные особенности пластома пшеницы, выявленные путем полного секвенирования ДНК хлоропластов». Молекулярная генетика и геномика . 266 (5): 740–6. дои : 10.1007/s00438-001-0606-9 . ПМИД 11810247 . S2CID 22434780 . ^ Фахардо Д., Сеналик Д., Эймс М., Чжу Х., Стеффан С.А., Харбут Р., Полашок Дж., Ворса Н., Гиллеспи Е., Крон К., Залапа Дж.Э. (2013). «Полная последовательность пластидного генома макрокарпона Vaccinium: структура, содержание генов и перестройки, выявленные с помощью секвенирования следующего поколения». Генетика деревьев и геномы . 9 (2): 489–498. дои : 10.1007/s11295-012-0573-9 . S2CID 17130517 . ^ Янсен Р.К., Кейттанис С., Саски С., Ли С.Б., Томкинс Дж., Алверсон А.Дж., Дэниел Х. (апрель 2006 г.). «Филогенетический анализ Vitis (Vitaceae) на основе полных последовательностей генома хлоропластов: влияние отбора проб таксонов и филогенетических методов на выяснение взаимоотношений между розидами» . Эволюционная биология BMC . 6:32 . дои : 10.1186/1471-2148-6-32 ПМЦ 1479384 ПМИД 16603088 . ^ Майер Р.М., Некерманн К., Иглой Г.Л., Кессель Х. (сентябрь 1995 г.). «Полная последовательность генома хлоропластов кукурузы: содержание генов, горячие точки расхождения и точная настройка генетической информации путем редактирования транскриптов». Журнал молекулярной биологии . 251 (5): 614–28. дои : 10.1006/jmbi.1995.0460 . ПМИД 7666415 . ^ Мур MJ, Bell CD, Soltis PS, Soltis DE (декабрь 2007 г.). «Использование данных в масштабе пластидного генома для разрешения загадочных взаимоотношений между базальными покрытосеменными» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 104 (49): 19363–8. Бибкод : 2007PNAS..10419363M . дои : 10.1073/pnas.0708072104 ПМК 2148295 ПМИД 18048334 . ^ Джеральд А. Тускан и др. (110 авторов). 2006. «Геном черного коттона, Populus trichocarpa (Torr. & Grey)». Наука 313 (5793): 1596–1604. ^ Никрент Д.Л., Малеко В., Видал-Рассел Р., Дер Дж.П. (2010). «Пересмотренная классификация Санталалеса». Таксон . 59 (2): 538–558. дои : 10.1002/tax.592019 . S2CID 85950875 . ^ Jump up to: а б Лелиарт Ф., Лопес-Баутиста Х.М. (март 2015 г.). «Геномы хлоропластов Bryopsis Plumosa и Tydemania экспедиций (Bryopsidales, Chlorophyta): компактные геномы и гены бактериального происхождения» . БМК Геномика . 16 (1): 204. дои : 10.1186/s12864-015-1418-3 ПМЦ 4487195 ПМИД 25879186 . ^ Термель М., Отис С., Лемье С. (август 2002 г.). «Последовательности хлоропластов и митохондриального генома харофита Chaetosphaeridium globosum: понимание времени событий, которые реструктурировали ДНК органелл в линии зеленых водорослей, что привело к появлению наземных растений» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 99 (17): 11275–80. Бибкод : 2002PNAS...9911275T . дои : 10.1073/pnas.162203299 ПМЦ 123247 ПМИД 12161560 . ^ Вакасуги Т, Нагай Т, Капур М, Сугита М, Ито М, Ито С, Цудзуки Дж, Накашима К, Цудзуки Т, Сузуки Ю, Хамада А, Охта Т, Инамура А, Ёсинага К, Сугиура М (май 1997 г.). «Полная нуклеотидная последовательность генома хлоропластов зеленой водоросли Chlorella vulgaris: существование генов, возможно участвующих в делении хлоропластов» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 94 (11): 5967–72. Бибкод : 1997PNAS...94.5967W . дои : 10.1073/pnas.94.11.5967 ПМК 20890 ПМИД 9159184 . ^ Термель М., Отис С., Лемье С. (май 2007 г.). «Неожиданно большой и рыхло упакованный митохондриальный геном харофитовой зеленой водоросли Chlorokybus atmophyticus» . БМК Геномика . 8 : 137. дои : 10.1186/1471-2164-8-137 ЧВК 1894977 ПМИД 17537252 . ^ Смит Д.Р. и др. (май 2010 г.). «Геномы органелл Dunaliella salina: большие последовательности, наполненные интронной и межгенной ДНК» . Биология растений BMC . 10:83 . дои : 10.1186/1471-2229-10-83 ПМК 3017802 ПМИД 20459666 . ^ де Конинг А.П., Килинг П.Дж. (апрель 2006 г.). «Полная последовательность пластидного генома паразитической зеленой водоросли Helicosporidium sp. сильно редуцирована и структурирована» . БМК Биология . 4:12 . дои : 10.1186/1741-7007-4-12 ПМК 1463013 ПМИД 16630350 . ^ де Камбьер Ж.К., Отис С., Тюрмель М., Лемье С. (июль 2007 г.). «Последовательность генома хлоропластов зеленой водоросли Leptosira terrestris: множественные потери инвертированного повтора и обширные перестройки генома внутри Trebouxiophyceae» . БМК Геномика . 8 : 213. дои : 10.1186/1471-2164-8-213 ЧВК 1931444 ПМИД 17610731 . ^ Jump up to: а б с Турмель М., Ганьон MC, О'Келли CJ, Отис С., Лемье С. (март 2009 г.). «Геномы хлоропластов зеленых водорослей Pyramimonas, Monomastix и Pycnococcus проливают новый свет на эволюционную историю празинофитов и происхождение вторичных хлоропластов эвгленид» . Молекулярная биология и эволюция . 26 (3): 631–48. дои : 10.1093/molbev/msn285 ПМИД 19074760 . ^ Термель М., Отис С., Лемье С. (август 1999 г.). «Полная последовательность ДНК хлоропластов зеленой водоросли Nephroselmis olivacea: понимание архитектуры предковых геномов хлоропластов» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 96 (18): 10248–53. Бибкод : 1999PNAS...9610248T . дои : 10.1073/pnas.96.18.10248 ЧВК 17874 ПМИД 10468594 . ^ Бруар Дж.С., Отис С., Лемье С., Термель М. (июнь 2008 г.). «Последовательность ДНК хлоропластов зеленой водоросли Oedogonium heartum (Chlorophyceae): уникальная архитектура генома, производные признаки, общие с Chaetophorales, и новые гены, приобретенные посредством горизонтального переноса» . БМК Геномика . 9 : 290. дои : 10.1186/1471-2164-9-290 ПМК 2442088 ПМИД 18558012 . ^ Помбер Ж.Ф., Лемье К., Термель М. (февраль 2006 г.). «Полная последовательность ДНК хлоропластов зеленой водоросли Oltmannsiellopsis viridis обнаруживает характерную четырехчастную архитектуру в геноме хлоропластов ранних дивергентных ульвофитов» . БМК Биология . 4 :3. дои : 10.1186/1741-7007-4-3 ПМК 1402334 ПМИД 16472375 . ^ Роббенс С., Дерелл Э., Ферраз С., Вуйтс Дж., Моро Х., Ван де Пер Ю. (апрель 2007 г.). «Полная последовательность хлоропластной и митохондриальной ДНК Ostreococcus tauri: геномы органелл мельчайших эукариот являются примерами уплотнения» . Молекулярная биология и эволюция . 24 (4): 956–68. дои : 10.1093/molbev/msm012 ПМИД 17251180 . ^ Помбер Дж. Ф., Отис С., Лемье С., Термель М. (сентябрь 2005 г.). «Последовательность генома хлоропластов зеленой водоросли Pseudendoclonium akinetum (Ulvophyceae) раскрывает необычные структурные особенности и дает новое понимание порядка ветвления линий хлорофитов» . Молекулярная биология и эволюция . 22 (9): 1903–18. дои : 10.1093/molbev/msi182 ПМИД 15930151 . ^ де Камбьер Ж.К., Отис С., Лемье С., Тюрмель М. (апрель 2006 г.). «Полная последовательность генома хлоропластов хлорофицеевых зеленых водорослей Scenedesmus obliquus демонстрирует компактную организацию генов и смещенное распределение генов на двух цепях ДНК» . Эволюционная биология BMC . 6:37 . дои : 10.1186/1471-2148-6-37 ПМЦ 1513399 ПМИД 16638149 . ^ Турмель М., Отис С., Лемье С. (октябрь 2005 г.). «Полные последовательности ДНК хлоропластов харовых зеленых водорослей Staurastrum и Zygnema показывают, что геном хлоропластов претерпел значительные изменения в ходе эволюции Zygnematales» . БМК Биология . 3:22 . дои : 10.1186/1741-7007-3-22 ПМЦ 1277820 ПМИД 16236178 . ^ Беланже А.С., Бруар Ж.С., Шарлебуа П., Отис С., Лемье С., Тюрмель М. (ноябрь 2006 г.). «Особенная архитектура генома хлоропластов хлорофицеевой зеленой водоросли Stigeoclonium helveticum». Молекулярная генетика и геномика . 276 (5): 464–77. дои : 10.1007/s00438-006-0156-2 . ПМИД 16944205 . S2CID 19489840 . ^ Мелтон Дж.Т., Лелиарт Ф., Тронхольм А., Лопес-Баутиста Дж.М. (2015). «Полный хлоропластный и митохондриальный геномы зеленой макроводоросли Ulva sp. UNA00071828 (Ulvophyceae, Chlorophyta)» . ПЛОС ОДИН . 10 (4): e0121020. Бибкод : 2015PLoSO..1021020M . дои : 10.1371/journal.pone.0121020 ПМЦ 4388391 ПМИД 25849557 . ^ Смит Д.Р., Ли Р.В. (март 2009 г.). «Митохондриальные и пластидные геномы Volvox carteri: раздутые молекулы, богатые повторяющейся ДНК» . БМК Геномика . 10 (132): 132. дои : 10.1186/1471-2164-10-132 ПМК 2670323 ПМИД 19323823 . ^ Jump up to: а б с д и ж г час я дж к л м н тот п д Ли Дж., Чо Ч., Пак С.И., Чхве Дж.В., Сон Х.С., Вест Дж.А., Бхаттачарья Д., Юн Х.С. (сентябрь 2016 г.). «Параллельная эволюция высококонсервативной архитектуры пластидного генома красных морских водорослей и семенных растений» . БМК Биология . 14 (1): 75. дои : 10.1186/s12915-016-0299-5 ПМК 5010701 ПМИД 27589960 . ^ Jump up to: а б Янушковец Дж, Лю С.Л., Мартоне П.Т., Карре В., Леблан К., Коллен Дж., Килинг П.Дж. (25 марта 2013 г.). Бхаттачарья Д. (ред.). «Эволюция пластидных геномов красных водорослей: древняя архитектура, интроны, горизонтальный перенос генов и таксономическая полезность пластидных маркеров» . ПЛОС ОДИН . 8 (3): e59001. Бибкод : 2013PLoSO...859001J . дои : 10.1371/journal.pone.0059001 ПМЦ 3607583 ПМИД 23536846 . ^ Охта Н., Мацузаки М., Мисуми О., Миягишима С.Ю., Нодзаки Х., Танака К., Шин-И Т., Кохара Ю., Куроива Т. (апрель 2003 г.). «Полное секвенирование и анализ пластидного генома одноклеточной красной водоросли Cyanidioschyzon merolae» . Исследование ДНК . 10 (2): 67–77. дои : 10.1093/dnares/10.2.67 ПМИД 12755171 . ^ Глекнер Г., Розенталь А., Валентин К. (октябрь 2000 г.). «Структура и генный репертуар пластидного генома древних красных водорослей». Журнал молекулярной эволюции . 51 (4): 382–90. Бибкод : 2000JMolE..51..382G . CiteSeerX 10.1.1.566.2529 дои : 10.1007/s002390010101 . ПМИД 11040290 . S2CID 23064129 . ^ Джайн К., Краузе К., Греве Ф., Нельсон Г.Ф., Вебер А.П., Кристенсен А.С., Мауэр Дж.П. (декабрь 2014 г.). «Экстремальные особенности органеллярных геномов Galdieria ulfuraria: следствие полиэкстремофилии?» . Геномная биология и эволюция . 7 (1): 367–80. дои : 10.1093/gbe/evu290 . ПМЦ 4316638 ПМИД 25552531 . ^ Jump up to: а б с д Ли Дж., Ким К.М., Ян Э.К., Миллер К.А., Бу С.М., Бхаттачарья Д., Юн Х.С. (март 2016 г.). «Реконструкция сложной истории эволюции мобильных плазмид в геномах красных водорослей» . Научные отчеты . 6 (1): 23744. Бибкод : 2016NatSR...623744L . дои : 10.1038/srep23744 . ПМЦ 4814812 ПМИД 27030297 . ^ Бу Г.Х., Хьюи-младший (февраль 2019 г.). «Филогеномика и мультигенная филогения расшифровывают две новые загадочные морские водоросли из Калифорнии: Gelidium gabrielsonii и G. kathyanniae (Gelidiales, Rhodophyta)» . Журнал психологии . 55 (1): 160–172. дои : 10.1111/jpy.12802 ПМИД 30341779 . ^ Хо КЛ, Ли В.К., Лим Э.Л. (март 2018 г.). «Раскрытие ядерного и хлоропластного генома агара, производящего красные макроводоросли Gracilaria changii (Rhodophyta, Gracilariales)» . Геномика . 110 (2): 124–133. дои : 10.1016/j.ygeno.2017.09.003 ПМИД 28890206 . ^ Кэмпбелл, Мэтью А.; Престинг, Гернот; Беннетт, Мэтью С.; Шервуд, Элисон Р. (21 февраля 2014 г.). «Высококонсервативные геномы органелл у Gracilariales, полученные с использованием новых данных по гавайской инвазивной водоросли Gracilaria salicornia (Rhodophyta). Phycologia . 53 (2): 109–116. doi : 10.2216/13-222.1 . S2CID 85867132 . ^ Хагопиан Дж.К., Рейс М., Китадзима Дж.П., Бхаттачарья Д., де Оливейра М.К. (октябрь 2004 г.). «Сравнительный анализ полной последовательности пластидного генома красной водоросли Gracilaria tenuistipitata var. liui дает представление об эволюции родопластов и их взаимосвязи с другими пластидами». Журнал молекулярной эволюции . 59 (4): 464–77. Бибкод : 2004JMolE..59..464H . CiteSeerX 10.1.1.614.9150 дои : 10.1007/s00239-004-2638-3 . ПМИД 15638458 . S2CID 19135480 . ^ ДеПрист М.С., Бхаттачарья Д., Лопес-Баутиста Х.М. (19 июля 2013 г.). «Пластидный геном красной макроводоросли Grateloupia taiwanensis (Halymeniaceae)» . ПЛОС ОДИН . 8 (7): e68246. Бибкод : 2013PLoSO...868246D . дои : 10.1371/journal.pone.0068246 ПМЦ 3716797 ПМИД 23894297 . ^ Jump up to: а б с Чо Ч, Чхве Дж.В., Лам Д.В., Ким К.М., Юн Х.С. (08.05.2018). «Анализ пластидного генома трех видов красных водорослей Nemaliophycidae предполагает экологическую адаптацию к средам обитания с ограниченным содержанием железа» . ПЛОС ОДИН . 13 (5): e0196995. Бибкод : 2018PLoSO..1396995C . дои : 10.1371/journal.pone.0196995 ПМЦ 5940233 ПМИД 29738547 . ^ Рейт М., Манхолланд Дж. (апрель 1993 г.). «Генная карта хлоропластного генома красной водоросли Porphyra purpurea высокого разрешения» . Растительная клетка . 5 (4): 465–475. дои : 10.1105/tpc.5.4.465 . ПМК 160285 ПМИД 12271072 . ^ Броули С.Х., Блуэн Н.А., Фико-Блин Е., Уиллер Г.Л., Лор М., Гудсон Х.В. и др. (август 2017 г.). «Porphyra umbilicalis (Bangiophyceae, Rhodophyta)» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 114 (31): E6361–E6370. дои : 10.1073/pnas.1703088114 ПМЦ 5547612 ПМИД 28716924 . ^ Тадзима Н., Сато С., Маруяма Ф., Курокава К., Охта Х., Табата С., Секинэ К., Морияма Т., Сато Н. (май 2014 г.). «Анализ полного пластидного генома одноклеточной красной водоросли Porphyridium purpureum». Журнал исследований растений . 127 (3): 389–97. дои : 10.1007/s10265-014-0627-1 . ПМИД 24595640 . S2CID 1420996 . ^ Jump up to: а б с Хьюи Дж.Р., Габриэльсон П.В., Ромер Л., Тортолани Дж., Сильва М., Миллер К.А., Янг Дж.Д., Мартелл С., Рюдигер Э. (июнь 2014 г.). «Минимально деструктивный отбор типовых образцов Pyropia (Bangiales, Rhodophyta) восстанавливает полные пластидные и митохондриальные геномы» . Научные отчеты . 4 (1): 5113. Бибкод : 2014NatSR...4E5113H . дои : 10.1038/srep05113 . ПМК 4044621 ПМИД 24894641 . ^ Jump up to: а б Ван Л, Мао Ю, Конг Ф, Ли Г, Ма Ф, Чжан Б, Сунь П, Би Г, Чжан Ф, Сюэ Х, Цао М (29 мая 2013 г.). «Полное секвенирование и анализ пластидных геномов двух экономически важных красных водорослей: Pyropia haitanensis и Pyropia yezoensis» . ПЛОС ОДИН . 8 (5): e65902. Бибкод : 2013PLoSO...865902W . дои : 10.1371/journal.pone.0065902 ПМК 3667073 ПМИД 23734264 . ^ Саломаки Э.Д., Никлс К.Р., Лейн CE (апрель 2015 г.). «Призрачный пластид Choreocolax polysiphoniae». Журнал психологии . 51 (2): 217–21. дои : 10.1111/jpy.12283 . ПМИД 26986516 . S2CID 30670447 . ^ Леффельхардт В., Бонерт Х.Дж., Брайант Д.А. (1997). «Полная последовательность генома Cyanophora paradoxa cyanelle (Glaucocystophyceae)». Систематика и эволюция растений . Том. 11. Шпрингер Вена. стр. 149–162. дои : 10.1007/978-3-7091-6542-3_8 . ISBN 9783211830352 ^ Jump up to: а б с д Ким Джи, Мур CE, Арчибальд Дж. М., Бхаттачарья Д., Йи Джи, Юн Х. С., Шин В. (июль 2017 г.). «Эволюционная динамика пластидных геномов криптофитов» . Геномная биология и эволюция . 9 (7): 1859–1872. дои : 10.1093/gbe/evx123 . ПМЦ 5534331 ПМИД 28854597 . ^ Донахер Н., Танифудзи Г., Онодера Н.Т., Малфатти С.А., Чейн П.С., Хара Ю., Арчибальд Дж.М. (ноябрь 2009 г.). «Полная последовательность пластидного генома вторично нефотосинтетической водоросли Cryptomonas paramecium: сокращение, уплотнение и ускорение скорости эволюции» . Геномная биология и эволюция . 1 : 439–48. дои : 10.1093/gbe/evp047 . ПМЦ 2839278 ПМИД 20333213 . ^ Санчес Пуэрта М.В., Бахваров Т.Р., Дельвич К.Ф. (01.01.2005). «Полная последовательность пластидного генома гаптофита Emiliania huxleyi: сравнение с другими пластидными геномами» . Исследование ДНК . 12 (2): 151–6. дои : 10.1093/dnares/12.2.151 ПМИД 16303746 . ^ Дуглас С.Э., Пенни С.Л. (февраль 1999 г.). «Пластидный геном криптофитной водоросли Guillardia theta: полная последовательность и консервативные синтенные группы подтверждают ее общее происхождение с красными водорослями». Журнал молекулярной эволюции . 48 (2): 236–44. Бибкод : 1999JMolE..48..236D . дои : 10.1007/PL00006462 . ПМИД 9929392 . S2CID 2005223 . ^ Каттолико Р.А., Джейкобс М.А., Чжоу Ю., Чанг Дж., Дюплессис М., Либранд Т., Маккей Дж., Онг Х.К., Симс Э., Рокап Г. (май 2008 г.). «Анализ секвенирования генома хлоропластов штаммов Heterosigma akashiwo CCMP452 (Западная Атлантика) и NIES293 (Западная часть Тихого океана)» . БМК Геномика . 9 (1): 211. дои : 10.1186/1471-2164-9-211 ПМК 2410131 ПМИД 18462506 . ^ Коваллик К.В., Штебе Б., Шаффран И., Крот-Панчич П., Фрейер Ю. (декабрь 1995 г.). «Геном хлоропластов хлорофилла + c-содержащей водоросли Odontella sinensis». Репортер по молекулярной биологии растений . 13 (4): 336–342. дои : 10.1007/BF02669188 . ISSN 0735-9640 . S2CID 1515475 . ^ Jump up to: а б Член парламента Удо-Ле Сек, Гримвуд Дж., Шапиро Х., Армбруст Е.В., Боулер С., Грин БР (апрель 2007 г.). «Хлоропластные геномы диатомовых водорослей Phaeodactylum tricornutum и Thalassiosira pseudonana: сравнение с другими пластидными геномами красной линии». Молекулярная генетика и геномика . 277 (4): 427–39. дои : 10.1007/s00438-006-0199-4 . ПМИД 17252281 . S2CID 23192934 . ^ Хан Х., Паркс Н., Козера С., Кертис Б.А., Парсонс Б.Дж., Боуман С., Арчибальд Дж.М. (август 2007 г.). «Последовательность пластидного генома криптофитной водоросли Rhodomonas salina CCMP1319: латеральный перенос предполагаемого механизма репликации ДНК и тест филогении хромистных пластид» . Молекулярная биология и эволюция . 24 (8): 1832–42. дои : 10.1093/molbev/msm101 ПМИД 17522086 . ^ Ким Джи, Юн Х.С., И Джи, Ким Х.С., Йи В., Шин В. (05.06.2015). Пшиборский Дж. М. (ред.). «Пластидный геном криптомонады Teleaulax amphioxeia» . ПЛОС ОДИН . 10 (6): e0129284. Бибкод : 2015PLoSO..1029284K . дои : 10.1371/journal.pone.0129284 ПМЦ 4457928 ПМИД 26047475 . ^ Роджерс М.Б., Гилсон П.Р., Су В., Макфадден Г.И., Килинг П.Дж. (январь 2007 г.). «Полный хлоропластный геном хлорарахниофита Bigelowiella natans: доказательства независимого происхождения вторичных эндосимбионтов хлорарахниофитов и эвглинид» . Молекулярная биология и эволюция . 24 (1): 54–62. дои : 10.1093/molbev/msl129 ПМИД 16990439 . ^ Jump up to: а б с Сузуки С., Хиракава Ю., Кофудзи Р., Сугита М., Исида К.И. (июль 2016 г.). «Последовательности пластидного генома Gymnochroma stellata, Lotharella vacuolata и Partenskyellalossopodia демонстрируют замечательную структурную консервативность среди видов хлорарахниофитов». Журнал исследований растений . 129 (4): 581–590. дои : 10.1007/s10265-016-0804-5 . ПМИД 26920842 . S2CID 3463713 . ^ Танифудзи Г., Онодера Н.Т., Браун М.В., Кертис Б.А., Роджер А.Дж., Ка-Шу Вонг Г., Мелконян М., Арчибальд Дж.М. (май 2014 г.). «Последовательности нуклеоморфного и пластидного генома хлорарахниофита Lotharella Oceanica: конвергентная редуктивная эволюция и частая рекомбинация в водорослях, несущих нуклеоморфы» . БМК Геномика . 15 (1): 374. дои : 10.1186/1471-2164-15-374 ПМК 4035089 ПМИД 24885563 . ^ Халлик Р.Б., Хонг Л., Драгер Р.Г., Фавро М.Р., Монфорт А., Орсат Б., Шпильманн А., Штутц Е. (июль 1993 г.). «Полная последовательность ДНК хлоропластов Euglena gracilis» . Исследования нуклеиновых кислот . 21 (15): 3537–44. дои : 10.1093/нар/21.15.3537 . ПМК 331456 ПМИД 8346031 . ^ Цай Икс, Фуллер А.Л., Макдугалд Л.Р., Чжу Дж. (декабрь 2003 г.). «Апикопластный геном кокцидии Eimeria tenella». Джин . 321 : 39–46. дои : 10.1016/j.gene.2003.08.008 . ПМИД 14636990 . ^ Jump up to: а б Сузуки С., Ширато С., Хиракава Ю., Исида К.И. (2015). «Последовательности генома нуклеоморфов двух хлорарахниофитов, Amorphochroma amoebiformis и Lotharella vacuolata» . Геномная биология и эволюция . 7 (6): 1533–1545. дои : 10.1093/gbe/evv096 ПМК 4494063 ПМИД 26002880 . ^ Гилсон П.Р., Су В., Сламовиц CH, Рейт М.Е., Килинг П.Дж., Макфадден Дж.И. (июнь 2006 г.). «Полная нуклеотидная последовательность нуклеоморфа хлорарахниофита: самое маленькое ядро в природе» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 103 (25): 9566–71. Бибкод : 2006PNAS..103.9566G . дои : 10.1073/pnas.0600707103 ПМЦ 1480447 ПМИД 16760254 . ^ Кертис Б.А., Танифудзи Г., Бурки Ф., Грубер А., Иримия М., Маруяма С. и др. (декабрь 2012 г.). «Геномы водорослей раскрывают эволюционный мозаицизм и судьбу нуклеоморфов» (PDF) . Природа . 492 (7427): 59–65. Бибкод : 2012Natur.492...59C . дои : 10.1038/nature11681 ПМИД 23201678 . ^ Мур С.Э., Кертис Б., Миллс Т., Танифудзи Г., Арчибальд Дж.М. (2012). «Последовательность генома нуклеоморфа криптофитной водоросли Chroomonas mesostigmatica CCMP1168 демонстрирует потерю генов, специфичную для линии, и сложность генома» . Геномная биология и эволюция . 4 (11): 1162–75. дои : 10.1093/gbe/evs090 . ПМЦ 3514955 ПМИД 23042551 . ^ Танифудзи Г., Онодера Н.Т., Уилер Т.Дж., Длутек М., Донахер Н., Арчибальд Дж.М. (2011). «Полная последовательность генома нуклеоморфов нефотосинтетической водоросли Cryptomonas paramecium раскрывает основной набор генов нуклеоморфов» . Геномная биология и эволюция . 3 : 44–54. дои : 10.1093/gbe/evq082 . ПМК 3017389 ПМИД 21147880 . ^ Дуглас С., Заунер С., Фраунхольц М., Битон М., Пенни С., Денг Л.Т., Ву Х, Рейт М., Кавальер-Смит Т., Майер У.Г. (апрель 2001 г.). «Сильно редуцированный геном порабощенного ядра водоросли» . Природа . 410 (6832): 1091–6. Бибкод : 2001Natur.410.1091D . дои : 10.1038/35074092 ПМИД 11323671 . ^ Лейн CE, ван ден Хеувел К., Козера С., Кертис Б.А., Парсонс Б.Дж., Боуман С., Арчибальд Дж.М. (декабрь 2007 г.). «Геном нуклеоморфа Hemiselmis andersenii демонстрирует полную потерю и уплотнение интронов как движущую силу структуры и функции белка» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 104 (50): 19908–13. Бибкод : 2007PNAS..10419908L . дои : 10.1073/pnas.0707419104 ПМК 2148396 ПМИД 18077423 . ^ Танифудзи Г., Онодера Н.Т., Браун М.В., Кертис Б.А., Роджер А.Дж., Ка-Шу Вонг Г., Мелконян М., Арчибальд Дж.М. (май 2014 г.). «Последовательности нуклеоморфного и пластидного генома хлорарахниофита Lotharella Oceanica: конвергентная редуктивная эволюция и частая рекомбинация в водорослях, несущих нуклеоморфы» . БМК Геномика . 15 (1): 374. дои : 10.1186/1471-2164-15-374 ПМК 4035089 ПМИД 24885563 . ^ Новак Э.К., Мелконян М. , Глекнер Г. (март 2008 г.). «Последовательность хроматофорного генома Паулинеллы проливает свет на приобретение фотосинтеза эукариотами» . Современная биология . 18 (6): 410–8. дои : 10.1016/j.cub.2008.02.051 ПМИД 18356055 . ^ Деннис, доктор медицинских наук (январь 1976 г.). «Морфогенетические гормоны насекомых и механизмы развития нематоды Nematospiroides dubius». Сравнительная биохимия и физиология. А. Сравнительная физиология . 53 (1): 53–56. дои : 10.1016/s0300-9629(76)80009-6 . ISSN 0300-9629 . ПМИД 184 . 
