✖


Jump to content

Снятие генома

Edit links
Скимминг генома позволяет собирать фрагменты генома с большим количеством копий в смежные полные геномы.

Скиммирование генома это метод секвенирования, который использует низкочастотное поверхностное секвенирование генома — (до 5%) для создания фрагментов ДНК, известное как скимминг генома . [1] [2] Эти фрагменты генома содержат информацию о высококопийной части генома. [2] Высококопийная фракция генома состоит из рибосомальной ДНК , пластидного генома ( пластома ), митохондриального генома ( митогенома ) и ядерных повторов, таких как микросателлиты и мобильные элементы . [3] он использует высокопроизводительную технологию секвенирования нового поколения . Для создания этих обезжиренных белков [1] Хотя эти слои являются всего лишь «верхушкой геномного айсберга», филогеномный анализ их все же может дать представление об истории эволюции и биоразнообразии с меньшими затратами и в большем масштабе, чем традиционные методы. [2] [3] [4] Из-за небольшого количества ДНК, необходимого для скимминга генома, его методология может применяться и в других областях, помимо геномики. Подобные задачи включают в себя определение возможности отслеживания продуктов в пищевой промышленности, обеспечение соблюдения международных правил в отношении биоразнообразия и биологических ресурсов, а также судебно-медицинскую экспертизу . [5]

Текущее использование

[ редактировать ]

В дополнение к сборке более мелких органелльных геномов, скимминг генома также можно использовать для выявления консервативных ортологических последовательностей для филогеномных исследований . В филогеномических исследованиях многоклеточных патогенов скимминг генома может использоваться для поиска эффекторных генов , обнаружения эндосимбионтов и характеристики геномных вариаций . [6]

Высококопийная ДНК

[ редактировать ]

Рибосомальная ДНК

[ редактировать ]

Внутренние транскрибируемые спейсеры (ITS) представляют собой некодирующие области внутри 18-5,8-28S рДНК у эукариот и являются одной из особенностей рДНК, которая использовалась в исследованиях скимминга генома. [7] ITS используются для обнаружения разных видов внутри рода из-за их высокой межвидовой изменчивости. [7] Они имеют низкую индивидуальную изменчивость, что не позволяет идентифицировать отдельные штаммы или особей. [7] Они также присутствуют у всех эукариот , имеют высокую скорость эволюции и используются в филогенетическом анализе между видами. [7]

При нацеливании на ядерную рДНК предполагается, что минимальная окончательная глубина секвенирования составляет 100X, а последовательности с глубиной менее 5X маскируются. [1]

Пластомы

[ редактировать ]

Пластидный геном , или пластом, широко использовался в идентификации и эволюционных исследованиях с использованием скимминга генома из-за его высокой распространенности в растениях (~ 3-5% клеточной ДНК), небольшого размера, простой структуры, большей сохранности структуры гена, чем ядерная. или митохондриальные гены. [8] [9] Исследования пластид ранее были ограничены количеством регионов, которые можно было оценить традиционными подходами. [9] Используя скимминг генома, секвенирование всего пластидного генома или пластома может быть выполнено за небольшую часть затрат и времени, необходимых для типичных подходов к секвенированию, таких как секвенирование по Сэнгеру . [3] Пластомы были предложены в качестве метода замены традиционных штрих-кодов ДНК у растений. [3] такие как гены штрих-кода rbcL и matK . По сравнению с типичным штрих-кодом ДНК, скимминг генома дает пластомы за десятую часть стоимости одного основания. [5] Недавнее использование фрагментов генома пластомов позволило добиться большего разрешения филогений, более высокой дифференциации конкретных групп внутри таксонов и более точных оценок биоразнообразия. [9] Кроме того, пластом использовался для сравнения видов внутри рода, чтобы посмотреть на эволюционные изменения и разнообразие внутри группы. [9]

При нацеливании на пластомы предполагается, что минимальная окончательная глубина секвенирования 30X достигается для регионов с одной копией, чтобы обеспечить высококачественные сборки. Однонуклеотидные полиморфизмы (SNP) глубиной менее 20X следует маскировать. [1]

Митогеномы

[ редактировать ]

Митохондриальный геном , или митогеном, используется в качестве молекулярного маркера в самых разных исследованиях из-за его материнского наследования , большого числа копий в клетке, отсутствия рекомбинации и высокой частоты мутаций. Его часто используют для филогенетических исследований, поскольку он очень однороден для групп многоклеточных животных, имеет кольцевую двухцепочечную структуру молекулы ДНК, примерно от 15 до 20 тысяч оснований, с 37 генами рибосомальной РНК, 13 генами, кодирующими белки, и 22 генами транспортной РНК. . Последовательности митохондриального штрих-кода, такие как COI, NADH2 , 16S рРНК и 12S рРНК , также могут использоваться для таксономической идентификации. [10] Увеличение количества публикаций полных митогеномов позволяет делать выводы о надежных филогениях во многих таксономических группах и может фиксировать такие события, как перестройки генов и позиционирование мобильных генетических элементов. Используя скимминг генома для сборки полных митогеномов, можно выяснить филогенетическую историю и биоразнообразие многих организмов. [4]

При нацеливании на митогеномы нет конкретных предложений по минимальной окончательной глубине секвенирования, поскольку митогеномы более изменчивы по размеру и более изменчивы по сложности у видов растений, что увеличивает сложность сборки повторяющихся последовательностей. Однако высококонсервативные кодирующие последовательности и неповторяющиеся фланкирующие области могут быть собраны с использованием сборки по эталонным рекомендациям . Последовательности должны быть замаскированы аналогично нацеливанию на пластомы и ядерную рибосомальную ДНК. [1]

Ядерные повторы (сателлиты или мобильные элементы )

[ редактировать ]

Ядерные повторы в геноме являются недостаточно используемым источником филогенетических данных. Когда ядерный геном секвенируется на 5% генома, будут присутствовать тысячи копий ядерных повторов. Хотя секвенированные повторы будут репрезентативными только для повторов всего генома, было показано, что эти секвенированные фракции точно отражают геномную численность. Эти повторы могут быть кластеризованы de novo и оценена их численность. Распространение и встречаемость этих типов повторов могут быть филогенетически информативными и предоставлять информацию об эволюционной истории различных видов. [1]

Низкокопийная ДНК

[ редактировать ]

Низкопийная ДНК может оказаться полезной для эволюционных и филогенетических исследований. [11] Его можно получить из фракций с большим количеством копий несколькими способами, например, путем разработки праймеров из баз данных, содержащих консервативные ортологичные гены , консервативные ортологичные гены с одной копией и гены с общими копиями. [11] Другой метод заключается в поиске новых зондов, нацеленных на гены с низким содержанием копий, с использованием транскриптомики с помощью Hyb-Seq. [11] Хотя ядерные геномы, собранные с помощью обезжиривания генома, чрезвычайно фрагментированы, некоторые малокопийные ядерные гены, состоящие из одной копии, могут быть успешно собраны. [12]

Деградированная ДНК в небольшом количестве

[ редактировать ]

Предыдущие методы восстановления деградированной ДНК были основаны на секвенировании по Сэнгеру и основывались на больших неповрежденных матрицах ДНК, на которые влияли загрязнение и методы консервации. С другой стороны, скимминг генома можно использовать для извлечения генетической информации из сохранившихся видов в гербариях и музеях, где ДНК часто сильно деградировала и осталось очень мало. [4] [13] Исследования на растениях показывают, что ДНК возрастом 80 лет и содержащая всего лишь 500 пг деградированной ДНК может использоваться при скимминге генома для получения геномной информации. [13] В гербариях , даже с низким выходом и низким качеством ДНК, одно исследование все же смогло получить «высококачественные полные последовательности хлоропластной и рибосомальной ДНК» в больших масштабах для последующего анализа. [14]

В полевых исследованиях беспозвоночных хранят в этаноле, который обычно выбрасывают во время исследований ДНК. [15] Было показано, что скимминг генома позволяет обнаружить небольшое количество ДНК из этой фракции этанола и предоставить информацию о биомассе образцов во фракции, микробиоте внешних слоев тканей и содержимом кишечника (например, о добыче), выделяемом в результате рвотного рефлекса. [15] Таким образом, скимминг генома может предоставить дополнительный метод понимания экологии с помощью низкокопийной ДНК. [15]

Рабочий процесс

[ редактировать ]

экстракция ДНК

[ редактировать ]

Протоколы выделения ДНК будут различаться в зависимости от источника образца (т.е. растений, животных и т. д.). При скимминге генома использовались следующие протоколы выделения ДНК:

Подготовка библиотеки

[ редактировать ]

Протоколы подготовки библиотеки будут зависеть от множества факторов: организма, типа ткани и т. д. В случае консервированных образцов может потребоваться внести определенные изменения в протоколы подготовки библиотеки. [1] При скимминге генома использовались следующие протоколы подготовки библиотеки:

  • Набор для подготовки проб ДНК Illumina TruSeq [5] [6] [15]
  • Набор без ПЦР Illumina TruSeq [7] [21]
  • Набор для секвенирования ДНК NEXTFlex [18]
  • ДНК NEBNext Ultra II [9] [13] [16]
  • NEBNext Мультиплексные олигонуклеотиды [16]
  • Комплект для подготовки библиотеки ДНК Nextera XT [4]
  • Набор для подготовки библиотеки TruSeq Nano DNA LT [14] [17]
  • Набор для быстрого секвенирования [10]

Секвенирование

[ редактировать ]

Секвенирование с короткими или длинными чтениями будет зависеть от целевого генома или генов. Микросателлиты в ядерных повторах требуют более длинных чтений. [23] При скимминге генома использовались следующие платформы секвенирования:

Платформа Illumina MiSeq была выбрана некоторыми исследователями из-за ее большой длины считывания при коротких считываниях. [6]

Сборка

[ редактировать ]

После скимминга генома высококопийную органеллярную ДНК можно собрать с помощью справочника или собрать заново . Высококопийные ядерные повторы могут быть кластеризованы de novo . [1] Выбор ассемблеров будет зависеть от целевого генома и от того, используются ли короткие или длинные чтения. Для сборки геномов из обезжиренных геномов использовались следующие инструменты:

Другой

[ редактировать ]

Аннотация

[ редактировать ]

Аннотации используются для идентификации генов в сборках генома. Выбранный инструмент аннотации будет зависеть от целевого генома и целевых особенностей этого генома. Следующие инструменты аннотации использовались при просмотре генома для аннотирования геномов органелл:

Другой

[ редактировать ]

Филогенетическая реконструкция

[ редактировать ]

Собранные последовательности глобально выравниваются , а затем филогенетические деревья с помощью программного обеспечения для филогенетической реконструкции строятся . Программное обеспечение, выбранное для реконструкции филогении, будет зависеть от того, максимального правдоподобия (ML) , максимальной экономии (MP) или байесовского вывода (BI) подходит ли метод . При скимминге генома использовались следующие программы филогенетической реконструкции:

Инструменты и трубопроводы

[ редактировать ]

Различные протоколы, конвейеры и биоинформационные инструменты были разработаны, чтобы помочь автоматизировать последующие процессы скимминга генома.

Hub-Seq

[ редактировать ]

Hyb-Seq — это новый протокол для захвата малокопийных ядерных генов, который сочетает в себе целевое обогащение и скимминг генома. [29] Целевое обогащение локусов с низкой копией достигается за счет разработанных зондов обогащения для конкретных однокопийных экзонов, но требует ядерного проекта генома и транскриптома целевого организма. Затем целевые библиотеки секвенируются, а полученные чтения обрабатываются, собираются и идентифицируются. Используя нецелевые чтения, цистроны рДНК также можно собрать и полные пластомы. Благодаря этому процессу Hyb-Seq может создавать наборы данных в масштабе генома для филогеномики .

GetOrganelle

[ редактировать ]

GetOrganelle — это набор инструментов, который собирает геномы органелл с использованием скиммингового чтения генома. [30] Связанные с органеллами чтения рекрутируются с использованием модифицированного подхода «приманки и итеративного картирования». Считывания, соответствующие целевому геному, с использованием Bowtie2, [31] называются «начальными чтениями». Семенные чтения используются как «приманки» для привлечения большего количества связанных с органеллами ридов посредством нескольких итераций расширения. Алгоритм расширения чтения использует подход хеширования , при котором чтения разбиваются на подстроки определенной длины, называемые «словами». На каждой итерации расширения эти «слова» добавляются в хеш-таблицу , называемую «пулом приманок», размер которого динамически увеличивается с каждой итерацией. Из-за низкого охвата секвенирования при скиминге генома нецелевые чтения, даже те, которые имеют высокое сходство последовательностей с целевыми чтениями, в основном не рекрутируются. Используя последние рекрутированные чтения, связанные с органеллами, GetOrganelle проводит de novo сборку , используя SPAdes . [32] Граф сборки фильтруется и распутывается, создавая все возможные пути графа и, следовательно, все конфигурации кольцевых органелларных геномов.

Скмер

[ редактировать ]

Skmer — это инструмент, не требующий сборки и выравнивания, для вычисления геномных расстояний между запросом и эталонным просмотром генома. [33] Скмер использует двухэтапный подход для расчета этих расстояний. Во-первых, он генерирует частотный профиль k-mer с помощью инструмента JellyFish. [34] а затем эти k-меры преобразуются в хеши. [33] Случайное подмножество этих хэшей выбирается для формирования так называемого «эскиза». [33] На втором этапе Скмер использует Mash. [35] оценить индекс Жаккара двух из этих эскизов. [33] Комбинация этих двух стадий используется для оценки эволюционного расстояния. [33]

Гениальный

[ редактировать ]

Geneious — это интегративная программная платформа, которая позволяет пользователям выполнять различные этапы биоинформатического анализа, такие как сборка , выравнивание и филогенетика, путем включения других инструментов в платформу на основе графического пользовательского интерфейса. [18] [28]

ФилоХерб

[ редактировать ]

PhyloHerb — это биоинформационный конвейер, написанный на Python . Он использует встроенную базу данных или указанную пользователем ссылку для извлечения ортологичных последовательностей из пластидных , митохондриальных и ядерных рибосомальных областей с использованием поиска BLAST. [36]

In silico просмотр генома

[ редактировать ]

Хотя скимминг генома обычно выбирается в качестве экономически эффективного метода секвенирования геномов органелл, скимминг генома можно выполнить in silico , если уже получены данные (глубокого) полногеномного секвенирования. Было продемонстрировано, что скимминг генома упрощает сборку органелльного генома за счет субдискретизации считываний ядерного генома с помощью скимминга генома in silico . [37] [38] Поскольку органелларные геномы будут иметь большое количество копий в клетке, скимминг генома in silico по существу отфильтровывает ядерные последовательности, оставляя более высокое соотношение органелльных и ядерных последовательностей для сборки, что снижает сложность парадигмы сборки. Впервые скимминг генома in silico был проведен в качестве доказательства концепции, оптимизируя параметры типа чтения, длины чтения и покрытия секвенирования. [1]

Другие приложения

[ редактировать ]

Помимо текущих применений, перечисленных выше, скимминг генома также применялся для других задач, таких как количественная оценка смесей пыльцы, [19] мониторинг и сохранение определенных популяций. [39] Обезжиривание генома также можно использовать для вызова вариантов, чтобы изучить полиморфизмы отдельных нуклеотидов у одного вида. [22]

Преимущества

[ редактировать ]

Скимминг генома — это экономически эффективный, быстрый и надежный метод создания больших наборов поверхностных данных. [5] поскольку за один прогон создается несколько наборов данных (пластидный, митохондриальный, ядерный). [3] Его очень просто реализовать, он требует меньше лабораторных работ и оптимизации и не требует априорных знаний об организме или размера его генома. [3] Это обеспечивает возможность проведения биологических исследований и выработки гипотез с низким уровнем риска без огромных затрат ресурсов. [6]

Обезжиривание генома является особенно выгодным подходом в тех случаях, когда геномная ДНК может быть старой и деградированной в результате химической обработки, например, образцы из гербариев и музейных коллекций. [4] практически неиспользованный геномный ресурс. Скимминг генома позволяет молекулярно охарактеризовать редкие или вымершие виды. [5] Процессы консервации в этаноле часто повреждают геномную ДНК, что препятствует успеху стандартных протоколов ПЦР. [3] и другие подходы на основе ампликонов. [5] Это дает возможность секвенировать образцы с очень низкими концентрациями ДНК без необходимости обогащения или амплификации ДНК. Было показано, что подготовка библиотеки для скимминга генома работает всего с 37 нг ДНК (0,2 нг/мкл), что в 135 раз меньше, чем рекомендовано Illumina. [1]

Хотя скимминг генома в основном используется для извлечения высококопийных пластомов и митогеномов, он также может обеспечить частичные последовательности ядерных последовательностей с низкой копией. Эти последовательности могут быть недостаточно полными для филогеномного анализа, но могут быть достаточными для разработки праймеров и зондов для ПЦР для подходов, основанных на гибридизации. [1]

Скимминг генома не зависит от каких-либо конкретных праймеров и на него не влияют перестройки генов. [4]

Ограничения

[ редактировать ]

Скимминг генома царапает поверхность генома, поэтому его недостаточно для биологических вопросов, требующих предсказания и аннотации генов. [6] Эти последующие шаги необходимы для проведения глубокого и более значимого анализа.

Хотя пластидные геномные последовательности широко распространены в слоях генома, присутствие митохондриальных и ядерных псевдогенов пластидного происхождения потенциально может создавать проблемы для сборок пластомов. [1]

Сочетание глубины секвенирования и типа чтения, а также геномной мишени (пластом, митогеном и т. д.) будет влиять на успех одноконцевых и парных сборок, поэтому эти параметры необходимо выбирать тщательно. [1]

Масштабируемость

[ редактировать ]

Как мокрая лаборатория, так и биоинформатическая часть скимминга генома имеют определенные проблемы с масштабируемостью. Хотя стоимость секвенирования при скимминге генома в 2016 году доступна и составляет 80 долларов за 1 ГБ, подготовка библиотеки к секвенированию по-прежнему очень дорогая, не менее ~ 200 долларов за образец (по состоянию на 2016 год). Кроме того, большинство протоколов подготовки библиотек еще не полностью автоматизированы с помощью робототехники. Что касается биоинформатики, необходимо разработать большие сложные базы данных и автоматизированные рабочие процессы для обработки больших объемов данных, полученных в результате скимминга генома. Необходимо автоматизировать следующие процессы: [40]

  1. Сборка стандартных штрих-кодов
  2. Сборка органеллярной ДНК (а также ядерных рибосомальных тандемных повторов)
  3. Аннотация различных собранных фрагментов
  4. Удаление потенциальных загрязняющих последовательностей
  5. Оценка охвата секвенирования однокопийных генов
  6. Извлечение прочтений, соответствующих однокопийным генам.
  7. Идентификация неизвестного образца при секвенировании небольшого дробовика или любого фрагмента ДНК
  8. Идентификация различных организмов путем секвенирования ДНК окружающей среды (метагеномика)

Некоторые из этих проблем масштабируемости уже реализованы, как показано выше в разделе «Инструменты и конвейеры».

См. также

[ редактировать ]

Ссылки

[ редактировать ]
  1. ^ Перейти обратно: а б с д и ж г час я дж к л м н тот Штрауб, Шеннон С.К.; Паркс, Мэтью; Вайтемир, Кевин; Фишбейн, Марк; Кронн, Ричард К.; Листон, Аарон (февраль 2012 г.). «Навигация по верхушке геномного айсберга: секвенирование нового поколения для систематики растений». Американский журнал ботаники . 99 (2): 349–364. дои : 10.3732/ajb.1100335 . ПМИД   22174336 .
  2. ^ Перейти обратно: а б с Додсворт, Стивен (сентябрь 2015 г.). «Обезжиривание генома для анализа биоразнообразия нового поколения». Тенденции в науке о растениях . 20 (9): 525–527. doi : 10.1016/j.tplants.2015.06.012 . ПМИД   26205170 .
  3. ^ Перейти обратно: а б с д и ж г Додсворт, Стивен Эндрю, автор. Скимминг генома для филогеномики . OCLC   1108700470 . {{cite book}}: |last= имеет общее имя ( справка ) CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )
  4. ^ Перейти обратно: а б с д и ж г час я дж к л м н тот п Тревизан, Бруна; Алькантара, Дэниел MC; Мачадо, Денис Джейкоб; Маркес, Фернандо П.Л.; Лар, Дэниел Дж.Г. (13 сентября 2019 г.). «Скимминг генома — это недорогая и надежная стратегия сбора полных митохондриальных геномов из образцов, консервированных этанолом, в исследованиях биоразнообразия» . ПерДж . 7 : е7543. дои : 10.7717/peerj.7543 . ISSN   2167-8359 . ПМК   6746217 . ПМИД   31565556 .
  5. ^ Перейти обратно: а б с д и ж г час я дж к л Мале, Пьер-Жан Г.; Бардон, Леа; Беснар, Гийом; Куассак, Эрик; Дельсук, Фредерик; Энгель, Жюльен; Люлье, Эмелин; Скотти-Сентань, Кэролайн; Тинаут, Александра; Шав, Жером (апрель 2014 г.). «Обезжиривание генома с помощью дробовика помогает определить филогению семейства пантропических деревьев». Ресурсы молекулярной экологии . 14 (5): 966–75. дои : 10.1111/1755-0998.12246 . ПМИД   24606032 . S2CID   26777683 .
  6. ^ Перейти обратно: а б с д и ж г час я Денвер, Ди Р.; Браун, Аманда М.В.; Хау, Дана К.; Питц, Эми Б.; Засада, Инга А. (04 августа 2016 г.). Раунд, Джун Л. (ред.). «Скимминг генома: быстрый подход к получению разнообразной биологической информации о многоклеточных патогенах» . ПЛОС Патогены . 12 (8): e1005713. дои : 10.1371/journal.ppat.1005713 . ISSN   1553-7374 . ПМЦ   4973915 . ПМИД   27490201 .
  7. ^ Перейти обратно: а б с д и ж г час я дж к Линь, Гэн-Мин; Лай, Юй-Хэн; Аудира, Гилберт; Сяо, Чунг-Дер (ноябрь 2017 г.). «Простой метод декодирования полных повторяющихся единиц 18-5,8-28S рРНК зеленых водорослей путем скимминга генома» . Международный журнал молекулярных наук . 18 (11): 2341. doi : 10.3390/ijms18112341 . ПМК   5713310 . ПМИД   29113146 .
  8. ^ Перейти обратно: а б с д и ж г Лю, Люксиан; Ван, Ювэнь; Он, Пейзи; Ли, Пан; Ли, Джунку; Солтис, Дуглас Э.; Фу, Чэнсинь (04 апреля 2018 г.). «Анализ генома хлоропластов и разработка геномных ресурсов эпилитных сестринских родов Oresitrope и Mukdenia (Saxifragaceae) с использованием данных скимминга генома» . БМК Геномика . 19 (1): 235. дои : 10.1186/s12864-018-4633-x . ISSN   1471-2164 . ПМЦ   5885378 . ПМИД   29618324 .
  9. ^ Перейти обратно: а б с д и ж г час я дж к л м Хинсингер, Дэмиен Дэниел; Стрийк, Йори Сергей (10 января 2019 г.). «Пластом Quercus xanthoclada и сравнение геномного разнообразия выбранных видов Quercus с использованием скимминга генома» . ФитоКлючи (132): 75–89. дои : 10.3897/phytokeys.132.36365 . ISSN   1314-2003 . ПМК   6783484 . ПМИД   31607787 .
  10. ^ Перейти обратно: а б с д и ж г час я Джохри, Шейли; Соланки, Джитеш; Канту, Вито Адриан; Товарищи, Сэм Р.; Эдвардс, Роберт А.; Морено, Изабель; Вьяс, Асит; Динсдейл, Элизабет А. (декабрь 2019 г.). « Сканирование генома с помощью ручного секвенатора MinION идентифицирует виды акул, внесенные в список СИТЕС, на экспортном рынке Индии» . Научные отчеты . 9 (1): 4476. Бибкод : 2019NatSR...9.4476J . дои : 10.1038/s41598-019-40940-9 . ISSN   2045-2322 . ПМК   6418218 . ПМИД   30872700 .
  11. ^ Перейти обратно: а б с Бергер, Брент А.; Хан, Цзяхун; Сесса, Эмили Б.; Гарднер, Эндрю Г.; Шепард, Келли А.; Ричильяно, Винсент А.; Джабайли, Рэйчел С.; Ховарт, Дайанелла Г. (2017). «Неожиданная глубина данных сканирования генома: тематическое исследование, посвященное изучению генов симметрии цветков Goodeniaceae1» . Приложения в науках о растениях . 5 (10): 1700042. doi : 10.3732/apps.1700042 . ISSN   2168-0450 . ПМК   5664964 . ПМИД   29109919 .
  12. ^ Бергер, Брент А.; Хан, Цзяхун; Сесса, Эмили Б.; Гарднер, Эндрю Г.; Шепард, Келли А.; Ричильяно, Винсент А.; Джабайли, Рэйчел С.; Ховарт, Дайанелла Г. (октябрь 2017 г.). «Неожиданная глубина данных скимминга генома: тематическое исследование по изучению генов цветочной симметрии Goodeniaceae» . Приложения в науках о растениях . 5 (10): 1700042. doi : 10.3732/apps.1700042 . ISSN   2168-0450 . ПМК   5664964 . ПМИД   29109919 .
  13. ^ Перейти обратно: а б с д и ж г час Цзэн, Чунь-Ся; Холлингсворт, Питер М.; Ян, Цзин; Он, Чжэн-Шань; Чжан, Чжи-Ронг; Ли, Дэ-Чжу; Ян, Джун-Бо (05.06.2018). «Образцы гербария для сканирования генома для штрих-кодирования ДНК и филогеномики» . Растительные методы . 14 (1): 43. дои : 10.1186/s13007-018-0300-0 . ISSN   1746-4811 . ПМЦ   5987614 . ПМИД   29928291 .
  14. ^ Перейти обратно: а б с д и ж г час я дж к Невилл, Пол Г.; Чжун, Сяо; Тонти-Филиппини, Джулиан; Бирн, Маргарет; Хислоп, Майкл; Тиле, Кевин; ван Леувен, Стивен; Бойкин, Лаура М.; Смолл, Ян (04 января 2020 г.). «Крупномасштабное изъятие генома из гербарного материала для точной идентификации растений и филогеномики» . Растительные методы . 16 (1): 1. дои : 10.1186/s13007-019-0534-5 . ISSN   1746-4811 . ПМЦ   6942304 . ПМИД   31911810 .
  15. ^ Перейти обратно: а б с д и ж г час я дж к Линард, Б.; Аррибас, П.; Андухар, К.; Крэмптон-Платт, А.; Фоглер, АП (2016). «Уроки скимминга генома этанола, сохраняющего членистоногих» (PDF) . Ресурсы молекулярной экологии . 16 (6): 1365–1377. дои : 10.1111/1755-0998.12539 . hdl : 10044/1/49937 . ISSN   1755-0998 . ПМИД   27235167 . S2CID   22534026 .
  16. ^ Перейти обратно: а б с д и ж г час я Лю, Ши-Хуэй; Эдвардс, Кристин Э.; Хох, Питер К.; Рэйвен, Питер Х.; Барбер, Джанет С. (май 2018 г.). «Обезжиривание генома дает новое представление о взаимоотношениях в секции Ludwigia Macrocarpon, полиплоидном комплексе» . Американский журнал ботаники . 105 (5): 875–887. дои : 10.1002/ajb2.1086 . ПМИД   29791715 .
  17. ^ Перейти обратно: а б с д и ж г час Наухаймер, Ларс; Цуй, Люцзин; Кларк, Чарльз; Крейн, Даррен М.; Бурк, Грег; Наргар, Катарина (2019). «Скимминг генома обеспечивает четкое определение пластидной и ядерной филогении, демонстрируя закономерности глубокой сетчатой ​​эволюции тропических плотоядных растений рода Nepenthes (Caryophyllales)» . Австралийская систематическая ботаника . 32 (3): 243–254. дои : 10.1071/SB18057 . ISSN   1030-1887 . S2CID   196680739 .
  18. ^ Перейти обратно: а б с д и ж г час я Рипма, Ли А.; Симпсон, Майкл Г.; Хазенштаб-Леман, Кристен (декабрь 2014 г.). «Гениально! Упрощенные методы скимминга генома для филогенетических систематических исследований: пример Oreocarya (Boraginaceae)» . Приложения в науках о растениях . 2 (12): 1400062. doi : 10.3732/apps.1400062 . ISSN   2168-0450 . ПМЦ   4259456 . ПМИД   25506521 .
  19. ^ Перейти обратно: а б с д и ж г час Ланг, Дандан; Тан, Мин; Ху, Цзяхуэй; Чжоу, Синь (ноябрь 2019 г.). «Геномный скимминг обеспечивает точную количественную оценку смесей пыльцы» . Ресурсы молекулярной экологии . 19 (6): 1433–1446. дои : 10.1111/1755-0998.13061 . ISSN   1755-098X . ПМК   6900181 . ПМИД   31325909 .
  20. ^ Перейти обратно: а б с д Стоутон, Томас Р.; Крибель, Рикардо; Джоллес, Диана Д.; О'Куинн, Робин Л. (март 2018 г.). «Открытие линии следующего поколения: исследование клубневой Claytonia L». Американский журнал ботаники . 105 (3): 536–548. дои : 10.1002/ajb2.1061 . ПМИД   29672830 .
  21. ^ Перейти обратно: а б с д и ж Додсворт, Стивен; Гиньяр, Майте С.; Кристенхус, Мартен Дж. М.; Коуэн, Робин С.; Кнапп, Сандра; Морен, Оливье; Штрубиг, Моника; Лейтч, Эндрю Р.; Чейз, Марк В.; Форест, Феликс (29 октября 2018 г.). «Потенциал гербариомики для изучения повторяющейся ДНК покрытосеменных растений» . Границы экологии и эволюции . 6 : 174. дои : 10.3389/fevo.2018.00174 . hdl : 10547/623134 . ISSN   2296-701X .
  22. ^ Перейти обратно: а б с д Джексон, Дэвид; Эмсли, Стивен Д.; ван Туйнен, Марсель (2012). «Сканирование генома выявляет полиморфизм в популяциях и видах крачек» . Исследовательские заметки BMC . 5 (1): 94. дои : 10.1186/1756-0500-5-94 . ISSN   1756-0500 . ПМК   3292991 . ПМИД   22333071 .
  23. ^ Перейти обратно: а б с Ся, Юн; Ло, Вэй; Юань, Сики; Чжэн, Ючи; Цзэн, Сяомао (декабрь 2018 г.). «Развитие микросателлитов на основе сканирования генома и секвенирования транскриптома: сравнение стратегий и уроков, извлеченных из видов лягушек» . БМК Геномика . 19 (1): 886. doi : 10.1186/s12864-018-5329-y . ISSN   1471-2164 . ПМК   6286531 . ПМИД   30526480 .
  24. ^ Перейти обратно: а б с д и ж г Фонсека, Луис Энрике М.; Ломанн, Люсия Г. (январь 2020 г.). «Изучение потенциала данных ядерного и митохондриального секвенирования, полученных посредством скимминга генома, для филогенетики растений: тематическое исследование из клады неотропических лиан» . Журнал систематики и эволюции . 58 (1): 18–32. дои : 10.1111/jse.12533 . ISSN   1674-4918 .
  25. ^ Перейти обратно: а б с д Бок, Дэн Г.; Кейн, Нолан С.; Эберт, Дэниел П.; Ризеберг, Лорен Х. (февраль 2014 г.). «Обезжиривание генома раскрывает происхождение видов клубней топинамбура: ни из Иерусалима, ни из артишока» . Новый фитолог . 201 (3): 1021–1030. дои : 10.1111/nph.12560 . ПМИД   24245977 .
  26. ^ Перейти обратно: а б с д и ж Рихтер, Сэнди; Шварц, Франсин; Геринг, Ларс; Беггеманн, Маркус; Блейдорн, Кристоф (декабрь 2015 г.). «Полезность скимминга генома для филогеномного анализа, продемонстрированная на примере взаимоотношений глицеридов (Annelida, Glyceridae)» . Геномная биология и эволюция . 7 (12): 3443–3462. дои : 10.1093/gbe/evv224 . ISSN   1759-6653 . ПМК   4700955 . ПМИД   26590213 .
  27. ^ Перейти обратно: а б с д и ж г Гранжан, Фредерик; Тан, Мун Хуа; Ган, Хан Мин; Ли, Инь Пэн; Каваи, Тадаши; Дистефано, Роберт Дж.; Блаха, Мартин; Роулс, Анджела Дж.; Остин, Кристофер М. (ноябрь 2017 г.). «Быстрое восстановление ядерных и митохондриальных генов путем очистки генома пресноводных раков Северного полушария». Зоологика Скрипта . 46 (6): 718–728. дои : 10.1111/zsc.12247 . hdl : 11343/292783 . S2CID   90266891 .
  28. ^ Перейти обратно: а б «Гениальное – ОСТР» . Проверено 28 февраля 2020 г.
  29. ^ Вайтемир, Кевин; Штрауб, Шеннон С.К.; Кронн, Ричард К.; Фишбейн, Марк; Шмикл, Розвита; Макдоннелл, Анджела; Листон, Аарон (сентябрь 2014 г.). «Hyb-Seq: сочетание целевого обогащения и скимминга генома для филогеномики растений» . Приложения в науках о растениях . 2 (9): 1400042. doi : 10.3732/apps.1400042 . ISSN   2168-0450 . ПМК   4162667 . ПМИД   25225629 .
  30. ^ Цзинь, Цзянь-Цзюнь; Ю, Вэнь-Бин, Цзюнь-Бо; де Памфилис, Клод В.; Тин-Шуан, Де-Чжу (09 марта 2018 г.) . быстрый и универсальный набор инструментов для точной сборки геномов органелл de novo» . doi : 10.1101/256479 . {{cite journal}}: Для цитирования журнала требуется |journal= ( помощь )
  31. ^ Лэнгмид, Бен; Зальцберг, Стивен Л. (март 2012 г.). «Согласование быстрого чтения с пробелами с Bowtie 2» . Природные методы . 9 (4): 357–359. дои : 10.1038/nmeth.1923 . ISSN   1548-7091 . ПМЦ   3322381 . ПМИД   22388286 .
  32. ^ Банкевич, Антон; Нурк, Сергей; Антипов Дмитрий; Гуревич Алексей А.; Дворкин Михаил; Куликов, Александр С.; Лесин Валерий Михайлович; Николенко Сергей Иванович; Фам, Сон; Пржибельский, Андрей Д.; Пышкин, Алексей В. (май 2012 г.). «SPAdes: новый алгоритм сборки генома и его применение к секвенированию одиночных клеток» . Журнал вычислительной биологии . 19 (5): 455–477. дои : 10.1089/cmb.2012.0021 . ISSN   1066-5277 . ПМЦ   3342519 . ПМИД   22506599 .
  33. ^ Перейти обратно: а б с д и Сармашги, Шахаб; Боманн, Кристина; П. Гилберт, М. Томас; Бафна, Винет; Мирараб, Сиаваш (декабрь 2019 г.). «Скмер: идентификация образцов без сборки и выравнивания с использованием скимминга генома» . Геномная биология . 20 (1): 34. дои : 10.1186/s13059-019-1632-4 . ISSN   1474-760X . ПМК   6374904 . ПМИД   30760303 .
  34. ^ Марсе, Гийом; Кингсфорд, Карл (15 марта 2011 г.). «Быстрый подход без блокировок для эффективного параллельного подсчета появления k-меров» . Биоинформатика . 27 (6): 764–770. doi : 10.1093/биоинформатика/btr011 . ISSN   1460-2059 . ПМК   3051319 . ПМИД   21217122 .
  35. ^ Ондов, Брайан Д.; Треанген, Тодд Дж.; Мельстед, Палл; Мэллони, Адам Б.; Бергман, Николас Х.; Корень, Сергей; Филлиппи, Адам М. (декабрь 2016 г.). «Mash: быстрая оценка расстояния до генома и метагенома с использованием MinHash» . Геномная биология . 17 (1): 132. дои : 10.1186/s13059-016-0997-x . ISSN   1474-760X . ПМЦ   4915045 . ПМИД   27323842 .
  36. ^ Цай Л., Чжан Х., Дэвис С.С. (2022). «PhyloHerb: высокопроизводительный филогеномный конвейер для обработки данных скимминга генома» . Приложения в науках о растениях . дои : 10.1002/aps3.11475 . ПМЦ   9215275 .
  37. ^ Лин, Диана; Кумб, Лорен; Джекман, Шон Д.; Гагалова Кристина К.; Уоррен, Рене Л.; Хаммонд, С. Остин; Кирк, Хизер; Пандох, Паван; Чжао, Юнцзюнь; Мур, Ричард А.; Мангалл, Эндрю Дж. (6 июня 2019 г.). Рокас, Антонис (ред.). «Полная последовательность генома хлоропластов ели белой (Picea glauca, генотип WS77111) из Восточной Канады» . Объявления о ресурсах по микробиологии . 8 (23): e00381–19, /mra/8/23/MRA.00381–19.atom. дои : 10.1128/MRA.00381-19 . ISSN   2576-098X . ПМК   6554609 . ПМИД   31171622 .
  38. ^ Лин, Диана; Кумб, Лорен; Джекман, Шон Д.; Гагалова Кристина К.; Уоррен, Рене Л.; Хаммонд, С. Остин; Макдональд, Хелен; Кирк, Хизер; Пандох, Паван; Чжао, Юнцзюнь; Мур, Ричард А. (13 июня 2019 г.). Стаич, Джейсон Э. (ред.). «Полная последовательность генома хлоропластов ели Энгельмана (Picea engelmannii, генотип Se404-851) из Западной Канады» . Объявления о ресурсах по микробиологии . 8 (24): e00382–19, /mra/8/24/MRA.00382–19.atom. дои : 10.1128/MRA.00382-19 . ISSN   2576-098X . ПМК   6588038 . ПМИД   31196920 .
  39. ^ Джохри, Шейли; Доан, Майкл; Аллен, Лорен; Динсдейл, Элизабет (29 марта 2019 г.). «Использование революции геномики для мониторинга и сохранения популяций хондрихтианов» . Разнообразие . 11 (4): 49. дои : 10.3390/d11040049 . ISSN   1424-2818 .
  40. ^ Куассак, Эрик; Холлингсворт, Питер М.; Лавернь, Себастьен; Таберле, Пьер (апрель 2016 г.). «От штрих-кодов к геномам: расширение концепции штрих-кодирования ДНК» . Молекулярная экология . 25 (7): 1423–1428. дои : 10.1111/mec.13549 . ПМИД   26821259 .
Retrieved from "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Genome_skimming&oldid=1236631189"
Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: f6765675636d3b3497c833e1a66ab971__1721922540
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/f6/71/f6765675636d3b3497c833e1a66ab971.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
Genome skimming - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)