✖


Jump to content

Список секвенированных геномов растений

Этот список секвенированных геномов растений содержит виды растений, которые, как известно, имеют общедоступные полные последовательности генома, которые были собраны, аннотированы и опубликованы. Несобранные геномы не включены, а также последовательности органелл. Для всех королевств см. список секвенированных геномов .

См. также Список секвенированных геномов водорослей .

Мохообразные

[ редактировать ]
организма Штамм Разделение Актуальность Размер генома Прогнозируемое количество генов Организация Год завершения Статус сборки
Антоцерос узкий Мохообразные Раннерасходящееся наземное растение
Цератодон фиолетовый Мохообразные Раннерасходящееся наземное растение
Fontinalis antipyretica (водяной мох большой) Мохообразные Водный мох 385,2 Мбит/с 16,538 БГИ 2020 [1] BGISEQ-500 и 10X, каркас N50 45,8 Кбит/с
Маркантия полиморфная Мохообразные Раннерасходящееся наземное растение 225,8 Мб 19,138 2017 [2]
Physcomitrella patens ssp. открытая ул. Грансден 2004 г. Мохообразные Раннерасходящееся наземное растение 462,3 Мбит/с 35,938 2008 [3]
Pleurozium schreberi (перый мох) Мохообразные Повсеместные виды мхов 318 Мбит/с 15,992 2019 [4]

Сосудистые растения

[ редактировать ]

Ликофиты

[ редактировать ]
организма Штамм Разделение Актуальность Размер генома Прогнозируемое количество генов Организация Год завершения Статус сборки
Изотес китайский Lycopodiophyta Первый водный игольник 2,131 ГБ 57,303 2023 [5] Скаффолд N50 = 86 Мб
Селагинелла моеллендорфии Lycopodiophyta Модельный организм 106 Мб 22,285 2011 [6] [7] эшафот N50 = 1,7 Мб
Селагинелла лепидофилла Lycopodiophyta Толерантность к высыханию 122 Мб 27,204 2018 [8] контиг N50 = 163 кб

Папоротники

[ редактировать ]
организма Штамм Разделение Актуальность Размер генома Прогнозируемое количество генов Организация Год завершения Статус сборки
Азолла филикулоидес Полиподиофиты Папоротник 0,75 ГБ 20,201 2018 [9]
Сальвиния кукуллата Полиподиофиты Папоротник 0,26 ГБ 19,914 2018 [9]
Цератоптерис Ричардии Полиподиофиты Модельный организм 7,5 ГБ 36,857 2019 (v1.1), [10] 2021 (v2.1) [11] Частичная сборка, состоящая из 7,5 ГБ/11,2 ГБ, расположенных в 39 хромосомах.
Такжефила спинулоза Полиподиофиты Древовидный папоротник 6,23 ГБ 67,831 2022 [12]

Голосеменные растения

[ редактировать ]
организма Штамм Разделение Актуальность Размер генома Прогнозируемое количество генов Количество хромосом Организация Год завершения Статус сборки
Cycas panzhihuaensis (саго-пальма Дукоу) Цикадофиты Редкие и уязвимые виды саговника 10,5 ГБ 2022 [13]
Picea abies (ель европейская) Пиналес Древесина, тоновое дерево , декоративные изделия, такие как рождественская елка. 19,6 ГБ 26,359 [14] 12 Центр науки о растениях Умео/SciLifeLab, Швеция 2013 [15]
Picea glauca (Ель белая) Пиналес Древесина, Целлюлоза 20,8 ГБ 14,462 [14] 12 Институциональное сотрудничество 2013 [16] [17]
Сосна Лоблолли Пиналес Древесина 20,15 ГБ 9,024 [14] 12 2014 [18] [19] [20] Размер каркаса N50: 66,9 Кбит/с.
Pinus lambertiana (Сахарная сосна) Пиналес Древесина; с самыми большими геномами среди сосен;

самая крупная порода сосны

31 ГБ 13,936 12 2016 [14] Охват последовательности 61,5X, используемые платформы:

Hiseq 2000, Hiseq 2500, GAIIx, MiSeq

Гинкго билоба Гинкгоалы 11,75 ГБ 41,840 2016 [21] Размер каркаса N50: 48,2 Кбит/с.
Псевдоцуга мензисии Пиналес 16 Гб 54,830 13 2017 [22] Размер каркаса N50: 340,7 кбит/с.
Гнетум монатум Гнеталес 4,07 ГБ 27,491 2018 [23]
Сибирская лиственница Пиналес 12,34 Гбит/с 2019 [24] каркас N50 6440 п.н.
Пихта белая Пиналес 18,16 ГБ 94,205 2019 [25] каркас N50 размером 14 051 п.н.

покрытосеменные растения

[ редактировать ]

Амбореллалес

[ редактировать ]
организма Штамм Семья Актуальность Размер генома Прогнозируемое количество генов Организация Год завершения Статус сборки
Амборелла трихопода Амборелловые Базальные покрытосеменные 2013 [26] [27]

Хлоранталес

[ редактировать ]
организма Штамм Семья Актуальность Размер генома Прогнозируемое количество генов Организация Год завершения Статус сборки
Chloranthus spicatus (Thunb.) Макино, [28] (Жемчужная орхидея) Хлорантовые 2021 [29] эшфолд N50 объемом 191,37 Мб

Магнолиалес

организма Штамм Семья Актуальность Размер генома Прогнозируемое количество генов Организация Год завершения Статус сборки
Аннона муриката Анноновые Коммерчески выращенные фрукты, медицинское применение. 799,11 Мб 23,375 Институт биоразнообразия и экологических исследований (UBD)

Альянс за сохранение геномики деревьев

Команда геномики биоразнообразия

2021 [30] Краткое описание PacBio и Illumina в сочетании с 10-кратными данными Genomics и Bionano (v1). Всего было собрано 949 каркасов до окончательного размера 656,77 МБ, при этом каркас N50 составил 3,43 МБ (v1), а затем дополнительно улучшено до семи псевдохромосом с использованием данных секвенирования Hi-C (v2; каркас N50: 93,2 МБ, всего размер в хромосомах: 639,6 Мб).
Salix arbutifolia
(син. Chosenia arbutifolia ) 		Salicaceae Реликтовый вид, находящийся под серьезной угрозой исчезновения 338,93 Мб 33,229 2022 [31] Контиг N50 1,68 Мб
Cinnamomum kanehirae (Толстое камфорное дерево) лавровые 730,7 Мб 2019 [32]

Эвдикоты

[ редактировать ]
Протеалес
[ редактировать ]
организма Штамм Семья Актуальность Размер генома Прогнозируемое количество генов Организация Год завершения Статус сборки
Macadamia integrifolia HAES 741 (орех макадамия) Протейные Коммерчески выращенный орех 745 Мб 34,274 2020 [33] N50 413 кб
Макадамия янсени Протейные Редкий родственник ореха макадемия 750 Мбит/с 2020 [34] Сравнение данных Nanopore, Illumina и BGI stLRF
Nelumbo nucifera (священный лотос) Nelumbonaceae Базальный эвдикот 929 Мбит/с 2013 [35] контиг N50 38,8 кбит/с и каркас N50 3,4 Мбит/с
Лютиковые
[ редактировать ]
организма Штамм Семья Актуальность Размер генома Прогнозируемое количество генов Организация Год завершения Статус сборки
Аквилегия голубая Лютиковые Базальный эвдикот Неопубликовано [36]
Троходендралы
[ редактировать ]
организма Штамм Семья Актуальность Размер генома Прогнозируемое количество генов Организация Год завершения Статус сборки
Trochodendron aralioides (Колесовидное дерево) Троходендралы Базальный эвдикот с вторичной ксилемой без сосудистых элементов. 1,614 ГБ 35,328 Университет Гуанси 2019 [37] 19 каркасов, соответствующих 19 хромосомам.
Кариофиллы
[ редактировать ]
организма Штамм Семья Актуальность Размер генома Прогнозируемое количество генов Организация Год завершения Статус сборки
Beta vulgaris (сахарная свекла) Chenopodiaceae Растениеводство 714–758 Мбит/с 27,421 2013 [38]
Ченоподиум киноа Chenopodiaceae Растениеводство 1,39–1,50 Гб 44,776 2017 [39] 3486 скаффолдов, скаффолд N50 размером 3,84 Мб, 90% собранного генома содержится в 439 скаффолдах. [39]
Амарант гипокондриакус Амарантовые Растениеводство 403,9 Мб 23,847 2016 [40] 16 больших скаффолдов от 16,9 до 38,1 Мб. N50 и L50 сборки составили 24,4 Мб и 7 соответственно. [41]
Карнеги гигантский Кактусовые Дикое растение 1,40 ГБ 28,292 2017 [42] 57 409 лесок, леска N50 61,5 кб [42]
Непентес мирабилис Непентес Плотоядное растение 691 Мб 42,961 2023 [43] 159 555 контигов/скаффолдов и N50 10 307 п.н.
Суаэда аралокаспика Амарантовые Осуществляет полный фотосинтез C 4 внутри отдельных клеток (SCC 4 ). 467 Мб 29,604 Компания ABLife Inc. 2019 [44] 4033 скаффолда, скаффолд N50 длиной 1,83 Мб
Симмондсия китайская (жожоба) Симмондсиевые Масличные культуры 887 Мб 23,490 2020 [45] 994 лески, леска N50 длина 5.2 Мб

Дрозера капенсис

дрозеровые Плотоядное растение 263,79 Мб 2016 [46] 12 713 строительных лесов [46]
Tamarix chinensis (китайский тамариск) Тамариковые Дерево полей 1,32 ГБ 2023 [47]
Розиды
[ редактировать ]
организма Штамм Семья Актуальность Размер генома Прогнозируемое количество генов Количество хромосом Организация Год завершения Статус сборки
Бретшнейдера китайская Аканиевые исчезающие виды реликтовых деревьев 1,21 ГБ 45,839 2022 [48]
Склерокария биррея

(Марула)

Анакардиевые Используется в пищу 18,397 2018 [49] [50]
Betula pendula (берёза повислой) бетулевые Бореальное лесное дерево, модель для лесной биотехнологии 435 Мбит/с [51] 28,399 14 Университет Хельсинки 2017 [51] 454/Иллюмина/ПакБио. Размер сборки 435 Мбит/с. Контиг N50: 48 209 п.н., каркас N50: 239 796 п.н. 89% сборки соответствует 14 псевдомолекулам. Дополнительно секвенировали 150 особей березы.
Betula platyphylla (берёза белая японская) бетулевые Пионерские лиственные породы деревьев 430 Мбит/с 2021 [52] контиг N50 = 751 кбит/с
Betula nana (карликовая береза) бетулевые Арктический кустарник 450 Мбит/с КМУЛ/СБКС 2013 [53]
Рыба Corylus Heterphylla (Лещина азиатская) бетулевые Ореховое дерево, используемое в пищу 370,75 Мбит/с 27,591 11 2021 [54] Шкала хромосом Nanopore/Hi-C. Contig N50 и scaffold N50 размером 2,07 и 31,33 Мб соответственно.
Corylus mandshurica бетулевые Лещина, используемая для разведения 367,67 Мб 28,409 11 2021 [55]
Этионема арабская Капустные Сравнительный анализ геномов крестоцветных 2013 [56]
Arabidopsis lyrata spp. лирата штамм MN47 Капустные Модельный завод 206,7 Мбит/с 32,670 [57] 8 2011 [57] 8,3-кратное покрытие последовательностей, проанализированное на капиллярных секвенаторах ABI 3730XL.
Arabidopsis thaliana Экотип: Колумбия. Капустные Модельный завод 135 Мбит/с 27,655 [58] 5 ОИИ 2000 [59]
Барбареа обыкновенная

G-тип

Капустные Модельная установка для специализированных метаболитов и защиты растений 167,7 Мбит/с 25,350 8 2017 [60] Охват 66,5 X с технологией Illumina GA II
Brassica rapa ssp. pekinensis (китайская капуста) образец Chiifu-401-42 Капустные Ассорти культур и модельный организм 485 Мбит/с 41 174 (прошли трипликацию генома) 10 Консорциум проекта секвенирования генома Brassica rapa 2011 [61] 72-кратное покрытие парных коротких последовательностей считывания, созданных с помощью технологии Illumina GA II
Brassica napus (Рапс или рапс) Европейский озимый масличный сорт Дармор- бж . Капустные Культуры 1130 Мбит/с 101,040 19 Институциональное сотрудничество 2014 [62] 454 GS-FLX+ Titanium (Roche, Базель, Швейцария) и секвенирование по Сэнгеру. Для коррекции и заполнения пробелов использовалось 79 ГБ последовательности Illumina (Сан-Диего, Калифорния) HiSeq.
Капселла краснуха Капустные Близкий родственник Arabidopsis thaliana. 130 Мбит/с 26,521 JGI 2013? [63] 2013 [64]
Cardamine hirsuta (кресс-салат волосатый) штамм "Оксфорд" Капустные Модельная система для изучения эволюции развития растений 198 Мбит/с 29,458 8 Институт исследований селекции растений Макса Планка, Кёльн, Германия 2016 [65] Стратегия секвенирования дробовика, сочетающая парные концевые чтения (197 × покрытие собранной последовательности) и чтения парных пар (66 × собранное) из Illumina HiSeq (всего 52 Гбит/с необработанных чтений).
Эрука сатива (руккола) Капустные Используется в пищу 851 Мбит/с 45,438 Университет Рединга 2020 [66] Illumina MiSeq и HiSeq2500. Секвенирование и сборка свободных пар концов и длинных парных пар ПЦР. Секвенирование транскриптома Illumina HiSeq (считывание парных концов 125/150 п.н.).
Erysimum cheiranthoides (желтолистник) штамм 'Elbtalaue' Капустные Модельная установка для изучения защитной химии, в том числе сердечных гликозидов 175 Мбит/с 29,947 8 Институт Бойса Томпсона, Итака, Нью-Йорк 2020 [67] [68] Последовательности PacBio 39,5 ГБ (средняя длина 10 603 п.н.), однополосное секвенирование Illumina MiSeq (парные концы 2 x 250 п.н.), каркас Phase Genomics Hi-C, секвенирование транскриптома PacBio и Illumina
Эутрема сальсугинеум Капустные Родственник арабидопсиса с высокой солеустойчивостью. 240 Мбит/с 26,351 JGI 2013 [69]
Маленький Капустные Сравнительный анализ геномов крестоцветных 2013 [56]
Ливенвортия алабамика Капустные Сравнительный анализ геномов крестоцветных 2013 [56]
Я пойду в Сисимбриум Капустные Сравнительный анализ геномов крестоцветных 2013 [56]
Теллунгиелла маленькая Капустные Родственник арабидопсиса с высокой солеустойчивостью. 2011 [70]
Каннабис сатива (конопля) Конопляные Производство конопли и марихуаны примерно 820 Мбит/с 30 074 на основе сборки и кластеризации транскриптома 2011 [71] Иллюмина/454

эшафот N50 16,2 Кбит/с

Каперсы колючие вар. травянистый (каперсы) Каппаровые Обрезать 274,53 Мб 21,577 2022 [72] контиг N50 9,36 Мб
Карика папайя (папайя) Карические Фруктовый урожай 372 Мбит/с 28,629 2008 [73] контиг N50 11кбит/с

леса N50

1 Мбит/с

общий охват ~3x (Сэнгер)

Картировано 92,1% унигенов

235 Мбит/с привязано (из них 161 Мбит/с также ориентировано)

Казуарина хвощелистная

(Австралийская сосна)

Казуариновые тема бонсай 300 Мбит/с 29,827 2018 [74]
Tripterygium wilfordii (Лей гун тэн) Целастровые Урожай китайской медицины 340,12 Мбит/с 31,593 2021 [75] Контиг N50 3,09 Мбит/с
Клеома гинандра

(африканская капуста)

Клеомовые C4 листовое овощное и лекарственное растение 740 Мб 30,933 2023 [76] N50 42 Мб
Каланхоэ федщенкои Raym.-Hamet & H. PerrierКаланхоэ Толстянковые Молекулярно-генетическая модель облигатных видов CAM у эвдикотов 256 Мбит/с 30,964 34 2017 [77] ~70× считываний парных концов и ~37× считываний парных пар, созданных с использованием платформы Illumina MiSeq.
Родиола кренулата (тибетское лекарственное растение) Толстянковые Использование в медицине и пище 344,5 Мб 35,517 2017 [78]
Citrullus lanatus (арбуз) тыквенные Овощные культуры примерно 425 Мбит/с 23,440 БГИ 2012 [79] Иллюмина

покрытие 108,6x

контиг N50 26,38 кбит/с

Леска N50 2.38 Мбит/с

геном покрыт 83,2%

~97% EST отображены

Cucumis melo (Дыня мускусная) DHL92 тыквенные Овощные культуры 450 Мбит/с 27,427 2012 [80] 454

13,5-кратное покрытие

контиг N50: 18,1кбит/с

эшафот N50: 4,677 Мбит/с

ВГС

Cucumis sativus (огурец) 'Китайская длинная' инбредная линия 9930 тыквенные Овощные культуры 350 Мбит/с (глубина Кмера) 367 Мбит/с (проточная цитометрия) 26,682 2009 [81] контиг N50 19,8кбит/с

эшафот N50 1,140кбит/с

общее покрытие ~72,2 (Sanger + Illuminate)

Картировано 96,8% унигенов

Закреплено 72,8% генома

Cucurbita argyrosperma subsp. аргироссперма

(Серебряная тыква)

тыквенные Семена и плодовые культуры 228,8 Мбит/с 27,998 20 Национальный автономный университет Мексики 2019, [82] обновлено в 2021 году контиг N50 447 кбит/с

эшафот N50 11,6 Мбит/с

общее покрытие: 120x Illumina (HiSeq2000 и MiSeq) + 31x PacBio RSII

Cucurbita argyrosperma subsp. сорория

(дикая тыква)

тыквенные Дикий родственник серебряной тыквы 255,2 Мбит/с 30,592 20 Национальный автономный университет Мексики 2021 [83] контиг N50 1,2 Мбит/с

эшафот N50 12,1 Мбит/с

общее покрытие: 213x Illumina HiSeq4000 + 75,4x PacBio Sequel

Сираития гросвенорий

(фрукт монаха)

тыквенные Китайская медицина/подсластитель 456,5 Мбит/с 30,565 Аньхойский сельскохозяйственный университет 2018 [84]
Hippophae rhamnoides (облепиха) Элеагновые используется в пищевой и косметической промышленности 730 Мбит/с 30,812 2022 [85]
Гевея бразильская (каучуковое дерево) Молочайные наиболее экономически важный представитель рода гевея 2013 [86]
Ятрофа куркас Палаван Молочайные биодизельное топливо 2011 [87]
Manihot esculenta (Маниока) Молочайные Гуманитарное значение ~760 Мб 30,666 JGI 2012 [88]
Ricinus communis (касторовая фасоль) Молочайные Масличные культуры 320 Мбит/с 31,237 ОКВИ 2010 [89] Покрытие Sanger~4,6x контиг N50 21,1 кбит/с каркас N50 496,5 кбит/с
Ricinus communis L. (Дикая клещевина) Молочайные одна из важнейших масличных культур в мире ~318,13 Мб 30,066 Национальная ключевая программа исследований и разработок Китая, Национальный фонд естественных наук Китая, Гуандунский фонд фундаментальных и прикладных фундаментальных исследований, Китай, и Шэньчжэньская программа науки и технологий, Китай. 2021 [90] размер генома 316 Мб, каркас N50 - 31,93 Мб, контиг N50 - 8,96 Мб.
Аммопиптантус карликовый Бобовые Единственный род вечнозеленых широколиственных кустарников. 889 Мб 37,188 2018 [91]
Cajanus cajan (Голубиный горошек) вар. Аша Бобовые Растительный узор 2012 [92] [93]
Arachis duranensis (геном диплоидного дикого арахиса), образец V14167 Бобовые Дикий предок арахиса — масличной и зернобобовой культуры. 2016 [94] Покрытие Illumina 154x, контиг N50 22 кбит/с, каркас N50 948 кбит/с
Amphicarpaea Edgeworthii (китайский боровик-арахис) Бобовые дает как воздушные, так и подземные плоды. 299-Мб 27 899 Тайшаньская стипендиальная программа, Национальный фонд естественных наук Китая, Инновационная программа SAAS 2021 [95]
Arachis ipaensis ( диплоидный дикий арахис с геномом B), образец K30076 Бобовые Дикий предок арахиса — масличной и зернобобовой культуры. 2016 [94] Покрытие Illumina 163x, контиг N50 23 кбит/с, каркас N50 5343 кбит/с
Cicer arietinumнут Бобовые наполнение 2013 [96]
Cicer arietinum L. (нут) Бобовые 2013 [97]
Дальбергия одорифера (палисандр ароматный) Бобовые Изделия из древесины (ядро) и народная медицина 653 Мб 30,310 10 Китайская академия лесного хозяйства 2020 [98] Контиг N50: 5.92Мб

Леска N50: 56.1 6Мб

Белая трава

(Яблоко-кольцевая акация)

Бобовые Важное место в Сахеле для выращивания пчел 28,979 2018 [99] [49]
Глицин макс (соевый) вар. Уильямс 82 Бобовые Белково-масличные культуры 1115 Мбит/с 46,430 2010 [100] Контиг N50: 189,4 Кбит/с

Эшаффолд N50: 47,8 Мбит/с

Охват Сэнгера ~8x

ВГС

955,1 Мбит/с в сборе

Лаблаб малиновый

(Гиацинтовая фасоль)

Бобовые Урожай для потребления человеком 20,946 2018 [49] [101]
Lotus japonicus (Трилистник птичьей лапки) Бобовые Растительный узор 2008 [102]
Medicago truncatula (Бочка Медик) Бобовые Растительный узор 2011 [103]
Melilotus officinalis (клевер сладкий желтый) Бобовые Корма и китайская медицина 976,27 Мбит/с 50,022 2023 [104]
Phaseolus vulgaris (фасоль обыкновенная) Бобовые Модель боба 520 Мбит/с 31,638 JGI 2013? [105]
Просопис цинерария (Гаф) Бобовые Овощной мимозоидный десерт 691 Мбит/с 55,325 2023 [106]
Vicia faba L. (фасоль Фаба) Бобовые Природа (журнал) 2023 [107]
Vicia villosa (вика волосатая) Бобовые Кормовая и покровная культура 2,03 Гбит/с 2023 [108]
Винья хиртелла (Дикий виноградник) Бобовые Дикие бобовые 474,1 Мбит/с 2023 [107] [109]
Vigna reflexo-pilosa (креольская фасоль) Бобовые Тетраплоидные дикие бобовые 998,7 Мбит/с 2023 [110] [111]
Подземная лоза

(Бамбарский арахис)

Бобовые похоже на арахис 31,707 2018 [112] [49]
Виноградная лоза Тринервия Бобовые 498,7 Мбит/с 2023 [110]
Trifolium pratense L. (Клевер красный) Бобовые часто используется для облегчения симптомов менопаузы, высокого уровня холестерина и остеопороза. [113] 2022 [114]
Vicia sativa L. (Вика обыкновенная) Бобовые зерно для скота 2022 [115]
Macrotyloma uniflorum (грамм лошади) Бобовые корм для лошадей 2021 [116]
Castanea mollissima (китайский каштан) Фаговые культивированный орех 785,53 Мб 36,479 Пекинский сельскохозяйственный университет 2019 [117] Освещенность: ~42,7×

ПакБио: ~87×контиг N50: 944 000 бит/с

Quercus robur (дуб европейский) Фаговые Дуб черешчатый,

большое разнообразие, исследования соматических мутаций

736 Мб 25,808 12 Лаборатория Biogeco, Инра, Университет Бордо 2018 [118] https://www.oakgenome.fr/?page_id=587
Carya illinoinensis

пекан

Джунгландовые закуски по разным рецептам 651,31 Мб 2019 [119]
Juglans mandshurica Максим. (маньчжурский орех) Джунгландовые культивированный орех 548,7 Мб 2022 [120]
Juglans regia (персидский орех) Джунгландовые культивированный орех 540 Мб Китайская академия лесного хозяйства 2020 [121]
Juglans sigillata (Железный орех) Джунгландовые культивированный орех 536,50 Мб Нанкинский университет лесного хозяйства 2020 [122] Иллюмина+Нанопор+бионано

scaffold N50: 16,43 Мб, контиг N50: 4,34 Мб

Самый распространенный лен (лен) Линовые Обрезать ~350 Мбит/с 43,384 БГИ и др. 2012 [123]
Бомбакс Сейба

(красное шелковое хлопковое дерево)

мальвовые капсулы с белым волокном, например хлопком 895 Мб 2018 [124]
Дурио зибетинус (Дуриан) мальвовые Тропическое фруктовое дерево ~738 Мбит/с 2017 [125]
Госсипиум раймондии мальвовые Один из предполагаемых видов-прародителей тетраплоидного хлопчатника. 2013? [126]
Теоброма какао (какао-дерево) мальвовые Ароматизирующий урожай 2010 [127] [128]
Theobroma cacao (какао-дерево) сорт. Матина 1-6 мальвовые Самый широко культивируемый сорт какао. 2013 [129]
Теоброма какао (200 образцов) мальвовые история одомашнивания какао 2018 [130]
Азадирахта индийская (нима) Мелиевые Источник ряда терпеноидов, включая биопестицид азадирахтин, используемый в традиционной медицине. 364 Мбит/с ~20000 GANIT Labs. Архивировано 8 января 2014 г. в Wayback Machine. 2012 [131] и 2011 год [132] Illumina GAIIx, каркас N50 размером 452028 пар оснований, данные транскриптома из побега, корня, листа, цветка и семян.
Artocarpus nanchuanensis (Bayberry) Моровые Фруктовое дерево, находящееся под угрозой исчезновения 769,44 Мбит/с 39,596 28 2022 [133]
Моринга масличная

(Дерево хрена)

Моринговые традиционная медицина травами 18,451 2018 [134] [49]
Eucalyptus grandis (Розовая камедь) Миртовые Волокно и древесина 691,43 Мб 2011 [135]
Эвкалипт пауцифлора (Снежная камедь) Миртовые Волокно и древесина 594,87 Мб штукаджиг 2020 [136] Нанопор + Иллюмина; контиг N50: 3,23 Мб
Melaleuca alternifolia ( чайное дерево ) Миртовые богатое терпенами эфирное масло, используемое в терапевтических и косметических целях по всему миру. 362 Мб 37,226 Gigabyte , NCBI GenBank, GigaScience 2021 [137] 3128 скаффолдов общей длиной 362 Мб (N50 = 1,9 Мб)
Аверроа карамбола (звездный фрукт) Оксалидалы фруктовый урожай 335,49 Мб 2020 [138]
C. катайенсис

( китайский гикори)

розоцветные фруктовый урожай 706,43 Мб 2019 [119]
Эриоботрия японская (Мушмула) розоцветные Фруктовое дерево 760,1 Мб 45,743 Шанхайская академия сельскохозяйственных наук 2020 [139] Illumina+Nanopore+Hi-C

17 хромосом, каркас N50: 39,7 Мб

Fragaria vesca (земляника) розоцветные Фруктовый урожай 240 Мбит/с 34,809 2011 [140] эшафот N50: 1,3 Мбит/с

454/Иллюмина/сплошной

39-кратное покрытие

ВГС

Гиления трехлистная розоцветные Яблочное племя 320,17±4,22 Мб 26,166 18 2021 [141] Количество каркасов (>2 КБ): 789, каркас N50: 30 093 771 п.н., Contig N50 (п.н.): 828 523
Malus Domestica (яблоко) "Голден Делишес" розоцветные Фруктовый урожай ~742,3 Мбит/с 57,386 2010 [142] контиг N50 13.4 (кбп??)

леса N50 1,542,7 (кбп??)

общий охват ~16,9x (Сэнгер + 454)

71,2% закреплены

Prunus amygdalus (миндаль) розоцветные Фруктовый урожай 2013? [143]
Prunus avium (черешня) сорт. Стелла розоцветные Фруктовый урожай 2013? [143]
Prunus mume (китайская слива или японский абрикос) розоцветные Фруктовый урожай 2012 [144]
Prunus persica (персик) розоцветные Фруктовый урожай 265 Мбит/с 27,852 2013 [145] Охват Сэнгера: 8,47x

ВГС

нанесено около 99% EST

215,9 Мбит/с в псевдомолекулах

Prunus salicina (слива японская) розоцветные Фруктовый урожай 284,2 Мбит/с 24,448 8 2020 [146] PacBio/Hi-C, с контигом N50 размером 1,78 МБ и каркасом N50 размером 32,32 МБ.
Pyrus bretschneideri (груша или китайская белая груша) сорт. Дангшансули розоцветные Фруктовый урожай 2012 [147]
Pyrus communis (груша европейская) сорт. Дуайен дю Комис розоцветные Фруктовый урожай 2013? [143]
Rosa roxburghii (Каштановая роза) розоцветные Фруктовый урожай 504 Мбит/с 2023 [148]
Бесплодная роза розоцветные Фруктовый урожай 981,2 Мб 2023 [149]
Западный куст

(Черная малина)

розоцветные Фруктовый урожай 290 Мбит/с 2018 [150]
Цитрусовая клементина (Clementine) Рутовые Фруктовый урожай 2013? [151]
Citrus sinensis (сладкий апельсин) Рутовые Фруктовый урожай 2013?, [151] 2013 [152]
Клаузена лансиум (Вампи) Рутовые Фруктовый урожай 2021 [153]
Populus trichocarpa (тополь) Salicaceae Связывание углерода, модельное дерево, древесина 510 Мбит/с (цитогенетический) 485 Мбит/с (охват) 73 013 [Фитозом] 2006 [154] Скаффолд N50: 19,5 Мбит/с

Контиг N50: 552,8 Кбит/с [фитозом]

ВГС

>=95 % найдено кДНК

Морозные люди

(дерево пустыни)

Salicaceae сельское хозяйство и скотоводство 479,3 Мбит/с 35,131 2017 [155]
Acer truncatum (клен пурпурный) Сапиндовые Дерево, производящее нервную кислоту 633,28 Мб 28,438 2020 [156] контиг N50 = 773,17 Кб; эшафот N50 = 46,36 Мб
Асер Янгбиенсе Сапиндовые Виды растений с чрезвычайно малочисленными популяциями 110 ГБ 28,320 13 2019 [157] эшафот N50 = 45 Мб
Dimocarpus longa n (Лонган) Сапиндовые Фруктовый урожай 471,88 Мб 2017 [158]
Xanthoceras sorbifolium Bunge (желторог) Сапиндовые Фруктовый урожай 504,2 Мб 24,672 2019 [159] [160]
Aquilaria sinensis (Агарвуд) Тимелейные Ароматная древесина 726,5 Мб 29,203 2020 [161] Illumina+nanopore+Hi-C, каркас N50: 88,78 Мб
Vitis vinifera (виноград), генотип PN40024 Витовые фруктовый урожай 2007 [162]
Астериды
[ редактировать ]
организма Штамм Семья Актуальность Размер генома Прогнозируемое количество генов Организация Год завершения Статус сборки
Asclepias syriaca (молочай обыкновенный) Апоциновые Источает молочный латекс 420 Мбит/с 14,474 Государственный университет Орегона 2019 [163] 80,4× глубина

N50 = 3415 п.н.

Erigeron breviscapus (китайская травяная блоха) Астровые Китайская медицина 37,505 2017 [164]
Helianthus annuus (подсолнечник) Астровые Масличные культуры 3,6 ГБ 52,232 INRA и база данных генома подсолнечника [165] 2017 [166] Контиг N50: 13,7 Кб
Lactuca sativa (салат) Астровые Овощные культуры 2,5 ГБ 38,919 2017 [167] Контиг N50: 12 Кб; Подставка N50: 476 Кб
Handroanthus impetiginosus, Bignoniaceae.

(Розовый Ипе)

Бигнониевые Обыкновенное дерево 503,7 Мб 31,668 2017 [168]
Diospyros oleifera Cheng (Хурма маслянистая) Эбеновые Фруктовое дерево 849,53 Мб 28,580 Чжэцзянский университет и Китайская академия лесного хозяйства 2019 [169] и 2020 год [170] Два генома, оба в хромосомном масштабе, отнесены к 15 псевдохромосомам.
Шалфей многолистный Бунге

(Китайский красный шалфей)

Яснотковые ТКМ лечение ХОБЛ 641 Мб 34,598 2015 [171]
Callicarpa americana (американская красавица) Яснотковые Декоративный кустарник и средство от насекомых 506 Мб 32,164 Мичиганский государственный университет 2020 [172] 17 псевдомолекул Contig N50: 7,5 МБ Каркас N50: и 29,0 МБ
Mentha x Piperita (Мята перечная) Яснотковые Масличные культуры 353 Мб 35,597 Государственный университет Орегона 2017 [173]
Тектона Грандис

( Теак)

Яснотковые Прочность и водостойкость 31,168 2019 [174]
Utricularia gibba (пузырчатка горбатая) Лентибуляриевые модельная система для изучения эволюции размера генома; хищное растение 81,87 Мб 28,494 ЛАНГЕБИО, ЧИНВЕСТАВ 2013 [175] Скаффолд N50: 80.839 Кб
Камптотека остроконечная Декне

(Китайское счастливое дерево)

Ниссовые химические препараты для лечения рака 403 Мб 31,825 2017 [176]
Davidia involucrata Baill (Голубиное дерево) Ниссовые Живое ископаемое 1169 МБ 42,554 2020 [177]
Мимулюс гуттатус Фримовые модельная система для изучения экологической и эволюционной генетики примерно 430 Мбит/с 26,718 JGI 2013? [178] Скаффолд N50 = 1,1 Мбит/с

Контиг N50 = 45,5 Кбит/с

обыкновенная (Примула Первоцветные Используется для приготовления пищи 474 Мб 2018 [179]
Хина опушенная Валь. (Дерево лихорадки) Рубиевые Противомалярийный 1,1 ГБ 2022 [180]
Solanum lycopersicum (томат) сорт. Хайнц 1706 пасленовые Продовольственная культура примерно 900 Мбит/с 34,727 СГН 2011 [181] 2012 [182] Сэнгер/454/Иллюмина/Твердый

Псевдомолекулы, охватывающие 91 каркас (760 Мбит/с, из которых 594 Мбит/с ориентированы)

более 98% EST можно составить карту

Solanum ethiopicum (эфиопский баклажан) пасленовые Продовольственная культура 1,02 Гбит/с 34,906 БГИ 2019 [183] Иллюмина

каркас N50: 516,100bp

контиг N50: 25 200 п.н.

~109× покрытие

Solanum pimpinellifolium (помидор смородиновый) пасленовые ближайший дикий родственник томата 2012 [182] Иллюмина

контиг N50: 5100bp

~40-кратное покрытие

Solanum tuberosum (Картофель) пасленовые Продовольственная культура 726 Мбит/с [184] 39,031 Консорциум по секвенированию генома картофеля (PGSC) 2011 [185] [186] Сэнгер/454/Иллюмина

79,2-кратное покрытие

контиг N50: 31,429bp

каркас N50: 1 318 511bp

Solanum commersonii (паслен коммерческий) пасленовые Родственник дикого картофеля 838 Мбит/с км (840 Мбит/с) 37,662 UNINA, UMN, UNIVR, Sequence Biotech, CGR 2015 [187] Иллюмина

105-кратное покрытие

контиг N50: 6506bp

каркас N50: 44,298bp

Кускута кампестрис

(полевая повилика)

пасленовые Модельная система растений-паразитов 556 Мбит/с км (581 Мбит/с) 44,303 RWTH Ахенский университет , Исследовательский центр Юлиха , Университет Тромсё , Центр Гельмгольца в Мюнхене , Технический университет Мюнхена , Венский университет 2018 [188] эшафот N50 = 1,38 Мбит/с
Cuscuta australis (Повилика южная) пасленовые Модельная система растений-паразитов 265 Мбит/с

кмер (273 Мбит/с)

19,671 ботаники Куньминский институт Китайской академии наук 2018 [189] эшафот N50 = 5,95 Мбит/с

контиг N50 = 3,63 Мбит/с

Никотиана Бентамиана пасленовые Близкий родственник табака примерно 3 Гбит/с 2012 [190] Иллюмина

63-кратное покрытие

контиг N50: 16,480bp

каркас N50: 89,778bp

Обнаружено >93% унигенов

Nicotiana sylvestris (Табачное растение) пасленовые модельная система для изучения терпеноидов продукции 2,636 Гбит/с Филип Моррис Интернэшнл 2013 [191] 94-кратное покрытие

эшафот N50: 79,7 кбит/с

Суперэшаффолды 194 кбит/с с использованием физической карты Никотианы

Никотиана войлочная пасленовые Прародитель табака 2,682 ГБ Филип Моррис Интернэшнл 2013 [191] 146-кратное покрытие

эшафот N50: 82,6 кб

Суперэскаффолды 166 кбит/с с использованием физической карты Никотианы

Картофель (Перец)

(а) резюме. CM334(б) разл. Зунла-1

пасленовые Продовольственная культура ~3,48 Гбит/с (а) 34 903

(б) 35 336

(а) 2014 г. [192]

(б) 2014 г. [193]

Контиг N50: (а) 30,0 кб (б) 55,4 кб

Скаффолд N50: (а) 2,47 Мб (б) 1,23 Мб

Capsicum annum вар. глабриускулум (Чилтепин) пасленовые Прародитель культурного перца ~3,48 Гбит/с 34,476 2014 [193] Контиг N50: 52,2 Кб

Скаффолд N50: 0,45 Мб

Гибридные петунии пасленовые Экономически важный цветок 2011 [194]

Однодольные

[ редактировать ]
Травы
[ редактировать ]
организма Штамм Семья Актуальность Размер генома Прогнозируемое количество генов Организация Год завершения Статус сборки
Setaria italica (просо лисохвоста) Мятликовые Модель C4 метаболизма 2012 [195]
Aegilops tauschii (козья трава Тауша) Мятликовые прародитель D-генома мягкой пшеницы примерно 4,36 ГБ 39,622 2017 [196] сборка псевдомолекул
Ботриохлоа Обман

(Австралийская голубая трава)

Мятликовые BCD клада и полиплоид 1218,22 Мб 60,652 2023 [197] Леска N50: 42,637 Мб
Brachypodium distachyon (ложнобром пурпурный) Мятликовые Модель однодольная 2010 [198]
Coix lacryma-jobi L. (Слёзы Иова) Мятликовые Урожай и используется в медицине и украшениях 1,619 ГБ 39,629 2019 [199]
Dichanthelium oligosanthes (розеточная трава Геллера) Мятликовые Трава C3 тесно связана с видами C4. 960 Мб ДДПСК 2016 [200]
Digitaria exilis (фонио белое) Мятликовые Африканский бесхозный урожай 761 Мб ИКРИСАТ , Калифорнийский университет в Дэвисе 2021 [201] 3329 контигов. N50: 1,73 Мб; Л50, 126)
Эрагростис криволинейный Мятликовые хорошо для скота 602 Мб 56,469 2019 [202]
Hordeum vulgareЯчмень Мятликовые Модель экологического усыновления МЧК 2012, [203] 2017 [204]
Ориза брахьянта (дикий рис) Мятликовые Устойчивый к болезням дикий родственник риса 2013 [205]
Oryza glaberrima (Африканский рис) вар CG14 Мятликовые Западноафриканские виды риса 2010 [206]
Ориза руфипогон (красный рис) Мятликовые Предок Oryza sativa. 406 Мб 37,071 СИБС 2012 [207] Иллюмина HiSeq2000

100-кратное покрытие

Oryza sativa (длиннозерный рис) ssp indica Мятликовые Культурные и модельные злаки 430 Мб [208] Международный проект по секвенированию генома риса (IRGSP) 2002 [209]
Oryza sativa (Короткозерный рис) ssp japonica Мятликовые Культурные и модельные злаки 430 Мб Международный проект по секвенированию генома риса (IRGSP) 2002 [210]
Panicum virgatumпросо Мятликовые биотопливо 2013? [211]
Poa annua (мятлик однолетний) Мятликовые сорняк 3,56 ГБ 76,420 USDA ARS , Исследования кормов и пастбищ 2023 [212] нефазированные (гаплоидные) псевдомолекулы
Poa infirma (мятлик слабый) Мятликовые диплоидный предшественник Poa annua 2,25 ГБ 39,420 Пенсильванский государственный университет 2023 [213] нефазированные (гаплоидные) псевдомолекулы
Poa pratensis (мятлик Кентуккийский) Мятликовые Газонная трава 6,09 Гбит/с 2023 [214] Скаффолд N50: 65,1 Мбит/с
Poa supina (мятлик лежачий) Мятликовые диплоидный предшественник Poa annua 1,27 ГБ 37,935 Пенсильванский государственный университет 2023 [213] нефазированные (гаплоидные) псевдомолекулы
Phyllostachys edulis (бамбук мосо) Мятликовые Бамбуковая текстильная промышленность 603,3 Мб 25,225 2013 [215] 2018 [216]
Сорго биколор генотип BTx623 Мятликовые Обрезать примерно 730 Мб 34,496 2009 [217] контиг N50: 195.4кбит/с

эшафот N50: 62,4 Мбит/с

Сэнгер, покрытие 8,5x

ВГС

Triticum aestivum (мягкая пшеница) Мятликовые 20% мирового питания 14,5 ГБ 107,891 МРГСК 2018 [218] сборка псевдомолекул
Тритикум урартус Мятликовые Прародитель А-генома мягкой пшеницы примерно 4,94 ГБ БГИ 2013 [219] Неповторяющаяся последовательность собрана

Иллюмина ВГС

Zea mays (кукуруза) ssp mays B73 Мятликовые Зерновые культуры 2,3 ГБ 39,656 [220] 2009 [221] контиг N50 40кбит/с

эшафот N50: 76кбит/с

Сэнгер, 4-6-кратное покрытие на каждый BAC

Pennisetum glaucum (просо жемчужное) Мятликовые Виды проса к югу от Сахары и Сахеля ~1,79 Гб 38,579 2017 [222] WGS и секвенирование бактериальных искусственных хромосом (BAC)
Другие не травы
[ редактировать ]
организма Штамм Семья Актуальность Размер генома Прогнозируемое количество генов Количество хромосом Организация Год завершения Статус сборки
Ананас пластинчатый образец CB5 Бромелиевые Дикий родственник ананаса 382 Мбит/с 27,024 25 2015 [223] 100-кратное покрытие с использованием парного чтения библиотек Illumina со вставками разных размеров.
Ananas comosus (L.) Merr. (Ананас), сорта F153 и МД2. Бромелиевые Наиболее экономически ценная культура, обладающая толстянково-кислотным метаболизмом (САМ). 382 Мб 27,024 25 2015 [223] 400 чтений Illumina, 2 длинных чтения Moleculo синтетических, 1 454 считывания, 5 длинных чтений одиночных молекул PacBio и 9400 BAC.
Musa acuminata (Банан) Мускусные А-геном современных сортов бананов 523 Мбит/с 36,542 2012 [224] Контиг N50: 43,1 Кб

Скаффолд N50: 1,3 Мб

Musa balbisiana (Дикий банан) (PKW) Мускусные B-геном современных сортов бананов 438 Мбит/с 36,638 2013 [225] Контиг N50: 7,9 Кб
Муса балбисиана (DH-PKW) Мускусные B-геном (B-субгеном культивируемых аллотриплоидных бананов) 430 Мб 35,148 11 КАТАС , БГИ , ЦИРАД 2019 [226] Контиг N50: 1,83 Мб
Musa beccarii (красный декоративный банан) Мускусные Декоративный, помогает понять эволюцию геномов Musaceae. 567 Мб 39,112 9 2023 [227]
Аир симплицифолиус
Арековые родом из тропических и субтропических регионов 1,98 ГБ 51,235 2018 [228]
Cocos nucifera (Кокосовая пальма) Арековые используется в пищевой и косметической промышленности ~2,42 ГБ 2017 [229]
Демоноропс Дженкинсиана Арековые Родом из тропических и субтропических регионов. 1,61 ГБ 52,342 2018 [228]
Phoenix dactylifera (Финиковая пальма) Арековые Древесная культура в засушливых регионах 658 Мбит/с 28,800 2011 [230] Контиг N50: 6,4 Кб
Elaeis guineensis (африканская масличная пальма) Арековые Масличная культура ~1800 Мбит/с 34,800 2013 [231] Скаффолд N50: 1,27 Мб
Spirodela polyrhiza (ряска большая) Ароидные Водное растение 158 Мбит/с 19,623 2014 [232] Скаффолд N50: 3,76 Мб
Гибридный сорт дендробиума Эмма Уайт. Орхидные Коммерческая гибридная орхидея 678 Мбит/с 2022 [233]
Phalaenopsis equestris (Schauer) Rchb.f. (Мотылек орхидея) Орхидные Селекционный родитель многих современных сортов и гибридов мотыльковых орхидей.

Растение с толстянковым кислотным метаболизмом (САМ).

1600 Мбит/с 29,431 2014 [234] Скаффолд N50: 359 115 КБ
Бледно-радужный Лам. (Далматинская радуга) Иридовые Декоративный и коммерческий интерес к вторичным метаболитам. 10,04 Гбит/с 63,944 Новартис 2023 [235] Скаффолд N50: 14,34 Мбит/с
Iris sibirica (Ибис сибирский) Иридовые Декоративный цветок 2023 [236]
Ирис виргинский (Ирис Южный Голубой Флаг) Иридовые Декоративный цветок 2023 [236]

Пресс-релизы, объявляющие о секвенировании

[ редактировать ]

Не соответствует критериям первого абзаца этой статьи, а именно: это почти полные последовательности высокого качества, опубликованные, собранные и общедоступные. В этот список входят виды, последовательности которых объявляются в пресс-релизах или на веб-сайтах, но не в богатой данными публикации в рецензируемом журнале с DOI.

См. также

[ редактировать ]
[ редактировать ]

Ссылки

[ редактировать ]
  1. ^ Ю Дж, Ли Л, Ван С, Донг С, Чен З, Патель Н, Гоффине Б, Лю Х, Лю Ю (2020). «Проект генома водного мха Fontinalis antipyretica (Fontinalaceae, Bryophyta)» . Гигабайт . 2020 : 1–9. дои : 10.46471/гигабайт.8 . ПМК   9631980 . ПМИД   36824590 .
  2. ^ Боуман Дж.Л., Кочи Т., Ямато К.Т., Дженкинс Дж., Шу С., Ишизаки К. и др. (октябрь 2017 г.). «Эволюция наземных растений, полученная на основе генома Marchantia polymorpha» . Клетка . 171 (2): 287–304.e15. дои : 10.1016/j.cell.2017.09.030 . hdl : 21.11116/0000-0000-371C-4 . ПМИД   28985561 .
  3. ^ Ренсинг С.А., Ланг Д., Циммер А.Д., Терри А., Саламов А., Шапиро Х. и др. (январь 2008 г.). «Геном Physcomitrella раскрывает эволюционное понимание завоевания суши растениями». Наука . 319 (5859): 64–9. Бибкод : 2008Sci...319...64R . дои : 10.1126/science.1150646 . hdl : 11858/00-001M-0000-0012-3787-A . ПМИД   18079367 . S2CID   11115152 .
  4. ^ Педерсон Э.Р., Варшан Д., Расмуссен У. (сентябрь 2019 г.). «Секвенирование генома Pleurozium schreberi : собранный и аннотированный проект генома плеврокарпного перьевого мха» . Г3 . 9 (9): 2791–2797. дои : 10.1534/g3.119.400279 . ПМК   6723128 . ПМИД   31285273 .
  5. ^ Цуй, Цзиньтен; Лю, Шэнь, Сицянь; Цуй, Вэньвэнь; Цзян, Саньцзе; Гу, Сяофэн, Же (28 декабря 2022 г.) Эталонный геном тетраплоидного Isoetes » . GigaScience 12. sinensis « doi : 10.1093 giad079 ISSN   2047-217X . ПМИД   / gigascience /   37776367 .
  6. ^ Бэнкс Дж.А., Нисияма Т., Хасебе М., Боуман Дж.Л., Грибсков М., деПамфилис С. и др. (май 2011 г.). «Геном селагинеллы идентифицирует генетические изменения, связанные с эволюцией сосудистых растений» . Наука . 332 (6032): 960–3. Бибкод : 2011Sci...332..960B . дои : 10.1126/science.1203810 . ПМК   3166216 . ПМИД   21551031 .
  7. ^ «Фитозом» . JGI МикоКосм .
  8. ^ ВанБюрен Р., Вай С.М., Оу С., Пардо Дж., Брайант Д., Цзян Н. и др. (январь 2018 г.). «Чрезвычайная вариация гаплотипа устойчивого к высыханию плауна Selaginella lepidophylla» . Природные коммуникации . 9 (1): 13. Бибкод : 2018NatCo...9...13В . дои : 10.1038/s41467-017-02546-5 . ПМК   5750206 . ПМИД   29296019 .
  9. ^ Jump up to: а б Ли Ф.В., Брауэр П., Карретеро-Полет Л., Ченг С., де Врис Дж., Делокс П.М. и др. (июль 2018 г.). «Геномы папоротников проясняют эволюцию наземных растений и симбиоз цианобактерий» . Природные растения . 4 (7): 460–472. дои : 10.1038/s41477-018-0188-8 . ПМК   6786969 . ПМИД   29967517 .
  10. ^ Марчант Д.Б., Сесса Э.Б., Вольф П.Г., Хео К., Барбазук В.Б., Солтис П.С., Солтис Д.Е. (декабрь 2019 г.). «Геном C-папоротника (Ceratopteris richardii): понимание эволюции генома растений с помощью первой частичной сборки генома гомоспорового папоротника» . Научные отчеты . 9 (1): 18181. Бибкод : 2019НатСР...918181М . дои : 10.1038/s41598-019-53968-8 . ПМК   6890710 . ПМИД   31796775 .
  11. ^ «Фитозом v13» . phytozome-next.jgi.doe.gov . Проверено 15 октября 2021 г.
  12. ^
    Цяо X, Чжан С., Патерсон А.Х. (2022). «Повсеместное дублирование генома на древе жизни растений и его связь с крупными эволюционными инновациями и переходами» . Журнал вычислительной и структурной биотехнологии . 20 . Эльзевир Б.В .: 3248–3256. дои : 10.1016/j.csbj.2022.06.026 . ПМЦ   9237934 . ПМИД   35782740 . S2CID   249722160 .
    Стулл Г.В., Фам К.К., Солтис П.С., Солтис Д.Э. (май 2023 г.). «Глубокая сетчатая структура: долгое наследие гибридизации в эволюции сосудистых растений» . Заводской журнал . 114 (4). John Wiley & Sons Ltd : 743–766. дои : 10.1111/tpj.16142 . ПМИД   36775995 . S2CID   253124732 .
    Эти обзоры цитируют это исследование.
    Хуан Х, Ван В., Гонг Т., Викелл Д., Куо Л.И., Чжан Х. и др. (май 2022 г.). «Геном древовидного папоротника летающего паука-обезьяны дает представление об эволюции и древовидности папоротников» . Природные растения . 8 (5): 500–512. Бибкод : 2022NatPl...8..500H . дои : 10.1038/s41477-022-01146-6 . ПМЦ   9122828 . ПМИД   35534720 . S2CID   248668428 .
  13. ^ Лю Ю, Ван С, Ли Л, Ян Т, Донг С, Вэй Т и др. (апрель 2022 г.). «Геном Cycas и ранняя эволюция семенных растений» . Природные растения . 8 (4): 389–401. дои : 10.1038/s41477-022-01129-7 . ПМЦ   9023351 . ПМИД   35437001 . S2CID   248241496 .
  14. ^ Jump up to: а б с д Стивенс К.А., Вегжин Дж.Л., Зимин А., Пуйу Д., Крепо М., Кардено С. и др. (декабрь 2016 г.). «Последовательность мегагенома сахарной сосны» . Генетика . 204 (4): 1613–1626. дои : 10.1534/genetics.116.193227 . ПМК   5161289 . ПМИД   27794028 .
  15. ^ Нистедт Б., Стрит Н.Р., Веттербом А., Зукколо А., Лин Ю.К., Скофилд Д.Г. и др. (май 2013 г.). «Последовательность генома ели европейской и эволюция генома хвойных» . Природа . 497 (7451): 579–84. Бибкод : 2013Natur.497..579N . дои : 10.1038/nature12211 . hdl : 1854/LU-4110028 . ПМИД   23698360 .
  16. ^ Бирол И., Раймонд А., Джекман С.Д., Плезанс С., Куп Р., Тейлор Г.А. и др. (июнь 2013 г.). «Сборка генома ели белой (Picea glauca) размером 20 ГБ на основе данных полногеномного секвенирования» . Биоинформатика . 29 (12): 1492–7. doi : 10.1093/биоинформатика/btt178 . ПМК   3673215 . ПМИД   23698863 .
  17. ^ Уоррен Р.Л., Килинг С.И., Юэнь М.М., Раймонд А., Тейлор Г.А., Вандервалк Б.П. и др. (июль 2015 г.). «Улучшенные сборки генома ели белой (Picea glauca) и аннотации больших семейств генов хвойного терпеноидного и фенольного защитного метаболизма» . Заводской журнал . 83 (2): 189–212. дои : 10.1111/tpj.12886 . ПМИД   26017574 . S2CID   2642832 .
  18. ^ Нил Д.Б., Вегжин Дж.Л., Стивенс К.А., Зимин А.В., Пуйу Д., Крепо М.В. и др. (март 2014 г.). «Расшифровка массивного генома сосны лоблолли с использованием гаплоидной ДНК и новых стратегий сборки» . Геномная биология . 15 (3): 59 рандов. дои : 10.1186/gb-2014-15-3-r59 . ПМК   4053751 . ПМИД   24647006 .
  19. ^ Зимин А., Стивенс К.А., Крепо М.В., Хольц-Моррис А., Кориабин М., Марсайс Г. и др. (март 2014 г.). «Секвенирование и сборка генома сосны лоблолли размером 22 ГБ» . Генетика . 196 (3): 875–90. дои : 10.1534/genetics.113.159715 . ПМЦ   3948813 . ПМИД   24653210 .
  20. ^ Вегжин Дж.Л., Лихти Дж.Д., Стивенс К.А., Ву Л.С., Лупстра К.А., Васкес-Гросс Х.А. и др. (март 2014 г.). «Уникальные особенности мегагенома сосны лопастной (Pinus taeda L.), выявленные посредством аннотации последовательностей» . Генетика . 196 (3): 891–909. дои : 10.1534/genetics.113.159996 . ПМЦ   3948814 . ПМИД   24653211 .
  21. ^ Гуань Р., Чжао Ю, Чжан Х, Фань Г, Лю С, Чжоу В и др. (ноябрь 2016 г.). «Проект генома живого ископаемого гинкго двулопастного» . ГигаСайенс . 5 (1): 49. дои : 10.1186/s13742-016-0154-1 . ПМЦ   5118899 . ПМИД   27871309 .
  22. ^ Нил Д.Б., Макгуайр П.Е., Уиллер Н.К., Стивенс К.А., Крепо М.В., Кардено С. и др. (сентябрь 2017 г.). «Последовательность генома пихты Дугласа раскрывает специализацию фотосинтетического аппарата сосновых» . Г3 . 7 (9): 3157–3167. дои : 10.1534/g3.117.300078 . ПМК   5592940 . ПМИД   28751502 .
  23. ^ Ван Т., Лю З.М., Ли Л.Ф., Лейтч А.Р., Лейтч И.Дж., Лохаус Р. и др. (февраль 2018 г.). «Геном гнетофитов и ранняя эволюция семенных растений» . Природные растения . 4 (2): 82–89. дои : 10.1038/s41477-017-0097-2 . hdl : 1854/LU-8558174 . ПМИД   29379155 .
  24. ^ Кузьмин Д.А., Феранчук С.И., Шаров В.В., Цыбин АН, Маколов С.В., Путинцева Ю.А. и др. (февраль 2019 г.). «Пошаговый подход к сборке большого генома: случай лиственницы сибирской (Larix sibirica Ledeb)» . БМК Биоинформатика . 20 (Приложение 1): 37. doi : 10.1186/s12859-018-2570-y . ПМК   6362582 . ПМИД   30717661 .
  25. ^ Моска Э., Круз Ф., Гомес-Гарридо Дж., Бьянко Л., Реллстаб С., Бродбек С. и др. (июль 2019 г.). «Abies alba Mill.): Геномный ресурс, созданный сообществом» . Г3 . 9 (7): 2039–2049. дои : 10.1534/g3.119.400083 . ПМК   6643874 . ПМИД   31217262 .
  26. ^ Проект «Геном амбореллы» (декабрь 2013 г.). «Геном амбореллы и эволюция цветковых растений» . Наука . 342 (6165): 1241089. doi : 10.1126/science.1241089 . ПМИД   24357323 . S2CID   202600898 .
  27. ^ «База данных генома амбореллы» . Пенсильванский государственный университет. Архивировано из оригинала 28 июня 2013 г.
  28. ^ «Chloranthus spicatus (Thunb.) Makino» . www.gbif.org . Проверено 7 июля 2022 г.
  29. ^ Го X, Фанг Д., Саху С.К., Ян С., Гуан X, Фолк Р. и др. (ноябрь 2021 г.). «Геном хлорантуса дает представление о ранней диверсификации покрытосеменных растений» . Природные коммуникации . 12 (1): 6930. Бибкод : 2021NatCo..12.6930G . дои : 10.1038/s41467-021-26922-4 . ПМЦ   8626473 . ПМИД   34836973 .
  30. ^ Стрийк Дж.С., Хинсингер Д.Д., Редер М.М., Чатру Л.В., Куврёр Т.Л., Эркенс Р.Х. и др. (июль 2021 г.). «Эталонный геном сметанного яблока (Annona muricata) на уровне хромосом: новый ресурс для исследований магнолид и тропической помологии» . Ресурсы молекулярной экологии . 21 (5): 1608–1619. дои : 10.1111/1755-0998.13353 . ПМЦ   8251617 . ПМИД   33569882 .
  31. ^ Хэ Х, Ван Ю, Лянь Дж, Чжэн Дж, Чжоу Дж, Ли Дж и др. (ноябрь 2022 г.). «Полногеномная сборка исчезающего вида Salicaceae: Chosenia arbutifolia (Pall.) A. Skv» . ГигаСайенс . 11 . doi : 10.1093/gigascience/giac109 . ПМЦ   9661892 . ПМИД   36374197 .
  32. ^
    Койро М., Дойл Дж. А., Хилтон Дж. (июль 2019 г.). «Насколько глубок конфликт между молекулярными и ископаемыми данными о возрасте покрытосеменных?» . Обзорные статьи. Новый фитолог . 223 (1). Королевское общество : 83–99. дои : 10.1098/rspb.2019.0099 . ПМК   6452062 . ПМИД   30681148 . S2CID   108651188 .
    Этот обзор цитирует это исследование.
    Чау С.М., Лю Ю.К., Ву Ю.В., Ван Х.И., Линь С.И., Ву К.С. и др. (январь 2019 г.). «Толстый геном камфорного дерева заполняет пробелы в понимании эволюции генома цветковых растений» . Природные растения . 5 (1): 63–73. bioRxiv   10.1101/371112 . дои : 10.1038/s41477-018-0337-0 . ПМК   6784883 . ПМИД   30626928 . S2CID   58006904 . S2CID   256690610 .
  33. ^ Нок С.Дж., Батен А., Молеон Р., Лэнгдон К.С., Топп Б., Харднер С. и др. (октябрь 2020 г.). «Сборка хромосомного масштаба и аннотация генома макадамии ( Macadamia integrifolia HAES 741)» . Г3 . 10 (10): 3497–3504. дои : 10.1534/g3.120.401326 . ПМЦ   7534425 . ПМИД   32747341 .
  34. ^ Муриньё В., Рай С.К., Фуртадо А., Брюснер Т.Дж., Тиан В., Харливонг И. и др. (декабрь 2020 г.). «Сравнение давно начитанных методов секвенирования и сборки генома растений» . ГигаСайенс . 9 (12). doi : 10.1093/gigascience/giaa146 . ПМЦ   7751402 . ПМИД   33347571 .
  35. ^ Мин Р., ВанБюрен Р., Лю Ю., Ян М., Хан Ю., Ли Л.Т. и др. (май 2013 г.). «Геном лотоса священного-долгожителя (Nelumbo nucifera Gaertn.)» . Геномная биология . 14 (5): Р41. дои : 10.1186/gb-2013-14-5-r41 . ПМК   4053705 . ПМИД   23663246 .
  36. ^ «Акилегия голубая» . Фитозом v9.1 . Архивировано из оригинала 20 февраля 2015 г. Проверено 10 июля 2013 г.
  37. ^ Стрийк Дж.С., Хинсингер Д.Д., Чжан Ф., Цао К. (ноябрь 2019 г.). «Trochodendron aralioides, первый черновой вариант генома Trochodendron на уровне хромосом и ценный ресурс для базальных исследований эвдикотов» . ГигаСайенс . 8 (11). doi : 10.1093/gigascience/giz136 . ПМК   6859433 . ПМИД   31738437 .
  38. ^ Дом Дж.К., Миноче А.Е., Холтграве Д., Капелла-Гутьеррес С., Закшевски Ф., Тафер Х. и др. (январь 2014 г.). «Геном недавно одомашненного культурного растения сахарной свеклы (Beta vulgaris)» . Природа . 505 (7484): 546–9. Бибкод : 2014Natur.505..546D . дои : 10.1038/nature12817 . hdl : 10230/22493 . ПМИД   24352233 .
  39. ^ Jump up to: а б Джарвис Д.Э., Хо Ю.С., Лайтфут DJ, Шмёкель С.М., Ли Б., Борм Т.Дж. и др. (февраль 2017 г.). «Геном Chenopodium quinoa» . Природа . 542 (7641): 307–312. Бибкод : 2017Natur.542..307J . дои : 10.1038/nature21370 . hdl : 10754/622874 . ПМИД   28178233 .
  40. ^ Клаус Дж.В., Адхикари Д., Пейдж Дж.Т., Рамарадж Т., Дейхолос М.К. , Удалл Дж.А., Фэрбенкс DJ, Джеллен Э.Н., Моган П.Дж. (март 2016 г.). «Геном амаранта: геном, транскриптом и сборка физической карты» . Геном растения . 9 (1): 0. doi : 10.3835/plantgenome2015.07.0062 . ПМИД   27898770 .
  41. ^ «Фитозом» . phytozome.jgi.doe.gov . Проверено 21 июня 2017 г.
  42. ^ Jump up to: а б Копетти Д., Буркес А., Бустаманте Е., Шарбоно Дж.Л.М., Чайлдс К.Л., Эгиарте Л.Е. и др. (ноябрь 2017 г.). «Обширное несоответствие генного дерева и гемиплазия сформировали геномы колонновидных кактусов Северной Америки» . Proc Natl Acad Sci США . 114 (45): 12003–12008. Бибкод : 2017PNAS..11412003C . дои : 10.1073/pnas.1706367114 . ПМЦ   5692538 . ПМИД   29078296 .
  43. ^ Гао, Юань; Ляо, Хао-Бин; Лю, Тин-Хонг; Ву, Цзя-Мин; Ван, Чжэн-Фэн; Цао, Хун-Лин (14 апреля 2023 г.). «Проект генома и транскриптома Nepenthes mirabilis, хищного растения из Китая» . Геномные данные BMC . 24 (1): 21. дои : 10.1186/s12863-023-01126-5 . ISSN   2730-6844 . ПМЦ   10103442 . ПМИД   37060047 .
  44. ^ Ван Л., Ма Г., Ван Х., Ченг С., Му С., Цюань В. и др. (сентябрь 2019 г.). «Проект сборки генома галофита Suaeda aralocaspica, растения, которое осуществляет фотосинтез C4 внутри отдельных клеток» . ГигаСайенс . 8 (9). doi : 10.1093/gigascience/giz116 . ПМК   6741815 . ПМИД   31513708 .
  45. ^ Стертевант Д., Лу С., Чжоу З.В., Шен Ю., Ван С., Сонг Дж.М. и др. (март 2020 г.). «Simmondsia chinensis): таксономически изолированный вид, который регулирует накопление эфиров воска в своих семенах» . Достижения науки . 6 (11): eaay3240. дои : 10.1126/sciadv.aay3240 . ПМК   7065883 . ПМИД   32195345 .
  46. ^ Jump up to: а б Баттс С., Бирма Дж., Мартин Р. (июль 2016 г.). «Новые протеазы из генома хищного растения Drosera capensis: структурное предсказание и сравнительный анализ» . Белки . 84 (10): 1517–1533. дои : 10.1002/прот.25095 . ПМК   5026580 . ПМИД   27353064 .
  47. ^ Лю, Цзянь Нин; Лян, Цян, Юхуэй; Ван, Ян, Липин; Чжоу, Жуй; Ван, Сюй, Ян; Цян, Дэджун (28 декабря 2022 г.). и адаптации галофита Tamarix chinensis » . GigaScience . 10.1093 / анализ дает представление об эволюции doi : /giad053 . gigascience   Геномный , Ке «   10370455. PMID   37494283 .
  48. ^ Чжан Х., Ду С., Донг С., Чжэн З., Му В., Чжу М. и др. (июнь 2022 г.). «Геномы и демографические истории находящихся под угрозой исчезновения видов Bretschneidera sinensis (Akaniaceae)» . ГигаСайенс . 11 . doi : 10.1093/gigascience/giac050 . ПМЦ   9197684 . ПМИД   35701375 .
  49. ^ Jump up to: а б с д и Чанг Ю, Лю Х, Лю М, Ляо X, Саху С.К., Фу Ю и др. (март 2019 г.). «Проект геномов пяти сельскохозяйственных культур-сирот в Африке» . ГигаСайенс . 8 (3). doi : 10.1093/gigascience/giy152 . ПМК   6405277 . ПМИД   30535374 .
  50. ^ Чанг Ю, Лю Х, Лю М, Ляо X, Саху С.К., Фу Ю и др. (2018). «Геномные данные марулы (Sclerocarya birrea)». Набор данных GigaDB . База данных GigaScience. дои : 10.5524/101057 .
  51. ^ Jump up to: а б Салоярви Дж., Смоландер О.П. и др. (май 2017 г.). «Секвенирование генома и популяционный геномный анализ дают представление об адаптивном ландшафте березы серебристой» . Природная генетика . 49 (6): 904–912. дои : 10.1038/ng.3862 . ПМИД   28481341 .
  52. ^ Чен С., Ван Ю, Ю Л, Чжэн Т, Ван С, Юэ З и др. (февраль 2021 г.). «Последовательность генома и эволюция Betula platyphylla» . Исследования в области садоводства . 8 (1): 37. Бибкод : 2021HorR....8...37C . дои : 10.1038/s41438-021-00481-7 . ПМЦ   7878895 . ПМИД   33574224 .
  53. ^ Ван Н., Томсон М., Бодлс В.Дж., Кроуфорд Р.М., Хант Х.В., Физерстоун А.В., Пеллисер Дж., Баггс Р.Дж. (июнь 2013 г.). «Последовательность генома карликовой березы (Betula nana) и межвидовые маркеры RAD». Молекулярная экология . 22 (11): 3098–111. Бибкод : 2013MolEc..22.3098W . дои : 10.1111/mec.12131 . ПМИД   23167599 . S2CID   206179485 .
  54. ^ Чжао Т., Ма В., Ян З., Лян Л., Чен Х., Ван Г. и др. (апрель 2021 г.). «Эталонный геном фундука Corylus гетерофилла Фиш на уровне хромосом» . ГигаСайенс . 10 (4). doi : 10.1093/gigascience/giab027 . ПМЦ   8054262 . ПМИД   33871007 .
  55. ^ Ли Ю, Сунь П, Лу З, Чен Дж, Ван З, Ду С и др. (март 2021 г.). «Геном Corylus mandshurica дает представление об эволюции геномов Betulaceae и селекции фундука» . Исследования в области садоводства . 8 (1): 54. Бибкод : 2021HorR....8...54L . дои : 10.1038/s41438-021-00495-1 . ПМК   7917096 . ПМИД   33642584 .
  56. ^ Jump up to: а б с д Хаудри А., Платтс А.Е., Велло Е., Хоен Д.Р., Леклерк М., Уильямсон Р.Дж. и др. (август 2013 г.). «Атлас, содержащий более 90 000 консервативных некодирующих последовательностей, дает представление о регуляторных регионах крестоцветных» . Природная генетика . 45 (8): 891–8. дои : 10.1038/ng.2684 . ПМИД   23817568 .
  57. ^ Jump up to: а б Ху Т.Т., Паттин П., Баккер Э.Г., Цао Дж., Ченг Дж.Ф., Кларк Р.М. и др. (май 2011 г.). «Последовательность генома Arabidopsis lyrata и основа быстрого изменения размера генома» . Природная генетика . 43 (5): 476–81. дои : 10.1038/ng.807 . ПМК   3083492 . ПМИД   21478890 .
  58. ^ «Обновленная аннотация генома Col-0 (официальный выпуск Araport11), обновленная в июне 2016 г. | Araport» . www.araport.org . Архивировано из оригинала 19 июля 2019 г. Проверено 18 марта 2019 г.
  59. ^ Инициатива по геному арабидопсиса (декабрь 2000 г.). «Анализ последовательности генома цветкового растения Arabidopsis thaliana» . Природа . 408 (6814): 796–815. Бибкод : 2000Natur.408..796T . дои : 10.1038/35048692 . ПМИД   11130711 .
  60. ^ Бирн С.Л., Эртманн П.О., Агербирк Н., Бак С., Хаузер Т.П., Надь И., Пайна С., Асп Т. (январь 2017 г.). «Последовательность генома Barbarea vulgaris облегчает изучение экологической биохимии» . Научные отчеты . 7 : 40728. Бибкод : 2017NatSR...740728B . дои : 10.1038/srep40728 . ПМК   5240624 . ПМИД   28094805 .
  61. ^ Ван X, Ван Х, Ван Дж, Сунь Р, Ву Дж, Лю С и др. (август 2011 г.). «Геном мезополиплоидного вида сельскохозяйственных культур Brassica rapa» . Природная генетика . 43 (10): 1035–9. дои : 10.1038/ng.919 . ПМИД   21873998 . S2CID   205358099 .
  62. ^ Чалхуб Б., Дено Ф., Лю С., Паркин И.А., Тан Х., Ван Х и др. (август 2014 г.). «Генетика растений. Ранняя аллополиплоидная эволюция в постнеолитическом геноме масличных культур Brassica napus». Наука . 345 (6199): 950–3. Бибкод : 2014Sci...345..950C . дои : 10.1126/science.1253435 . ПМИД   25146293 . S2CID   206556986 .
  63. ^ «Капселла краснуха» . Фитозом v9.1 . Архивировано из оригинала 26 апреля 2015 г. Проверено 9 июля 2013 г.
  64. ^ Слотте Т., Хаццури К.М., Агрен Дж.А., Кениг Д., Маумус Ф., Го Ю.Л. и др. (июль 2013 г.). «Геном Capsella краснухи и геномные последствия быстрой эволюции системы спаривания» . Природная генетика . 45 (7): 831–5. дои : 10.1038/ng.2669 . ПМИД   23749190 .
  65. ^ Ган X, Хэй А., Квантес М., Хаберер Г., Халлаб А., Иоио Р.Д. и др. (октябрь 2016 г.). «Геном Cardamine hirsuta дает представление об эволюции морфологического разнообразия» . Природные растения . 2 (11): 16167. doi : 10.1038/nplants.2016.167 . ПМЦ   8826541 . ПМИД   27797353 .
  66. ^ Белл Л., Чедвик М., Пураник М., Тюдор Р., Метвен Л., Кеннеди С., Вагстафф С. (2020). « Геном и транскриптом Eruca sativa : целевой анализ метаболизма серы и биосинтеза глюкозинолатов до и после сбора урожая» . Границы в науке о растениях . 11 : 525102. doi : 10.3389/fpls.2020.525102 . ПМЦ   7652772 . ПМИД   33193472 .
  67. ^ «Сайт генома Erysimum» . www.erysimum.org . 17 сентября 2019 г.
  68. ^ Зюст Т., Стриклер С.Р., Пауэлл А.Ф., Мабри М.Э., Ан Х., Мирзаи М. и др. (апрель 2020 г.). «Независимая эволюция наследственных и новых защитных механизмов в роде токсичных растений ( Erysimum , Brassicaceae)» . электронная жизнь . 9 : е51712. дои : 10.7554/eLife.51712 . ПМК   7180059 . ПМИД   32252891 .
  69. ^ Ян Р., Джарвис Д.Е., Чен Х., Бейльштейн М.А., Гримвуд Дж., Дженкинс Дж., Шу С., Прочник С., Синь М., Ма С., Шмуц Дж., Винг Р.А., Митчелл-Олдс Т., Шумейкер К.С., Ван Х (2013). «Эталонный геном галофитного растения Eutrema salsugineum» . Границы в науке о растениях . 4 : 46. дои : 10.3389/fpls.2013.00046 . ПМК   3604812 . ПМИД   23518688 .
  70. ^ Дассанаяке М., О Д.Х., Хаас Дж.С., Эрнандес А., Хонг Х., Али С. и др. (август 2011 г.). «Геном крестоцветного экстремофила Thellungiella parvula» . Природная генетика . 43 (9): 913–8. дои : 10.1038/ng.889 . ПМК   3586812 . ПМИД   21822265 .
  71. ^ ван Бакель Х., Стаут Дж.М., Кот АГ, Таллон СМ, Шарп АГ, Хьюз Т.Р., Пейдж Дж.Е. (октябрь 2011 г.). «Проект генома и транскриптома Cannabis sativa» . Геномная биология . 12 (10): Р102. дои : 10.1186/gb-2011-12-10-r102 . ПМЦ   3359589 . ПМИД   22014239 .
  72. ^ Ван Л., Фань Л., Чжао З., Чжан З., Цзян Л., Чай М., Тянь С. (октябрь 2022 г.). «Геном Capparis spinosa var. herbacea представляет собой первый геномный инструмент для изучения разнообразия и эволюции семейства Capparaceae» . ГигаСайенс . 11 . doi : 10.1093/gigascience/giac106 . ПМЦ   9618406 . ПМИД   36310248 .
  73. ^ Мин Р., Хоу С., Фэн Ю., Ю К., Дионн-Лапорт А., Со Дж. Х. и др. (апрель 2008 г.). «Проект генома трансгенного тропического плодового дерева папайи (Carica papaya Linnaeus)» . Природа . 452 (7190): 991–6. Бибкод : 2008Natur.452..991M . дои : 10.1038/nature06856 . ПМЦ   2836516 . ПМИД   18432245 .
  74. ^ Е Г, Чжан Х, Чен Б, Не С, Лю Х, Гао В и др. (февраль 2019 г.). «Сборка генома de novo стрессоустойчивых лесных видов Casuarina equisetifolia дает представление о вторичном росте» . Заводской журнал . 97 (4): 779–794. дои : 10.1111/tpj.14159 . ПМИД   30427081 .
  75. ^ Пей Т., Ян М., Конг Ю., Фань Х., Лю Дж., Цуй М. и др. (2021). «Геном Tripterygium wilfordii и характеристика пути биосинтеза целастрола» . Гигабайт . 2021 : 1–30. дои : 10.46471/гигабайт.14 . ПМЦ   10038137 . ПМИД   36967728 .
  76. ^ Хоанг Н.В., Согбохоссу Э.О., Сюн В., Симпсон С.Дж., Сингх П., Уолден Н. и др. (апрель 2023 г.). «Геном Gynandropsis gynandra дает представление о дупликации всего генома и эволюции фотосинтеза C4 у Cleomaceae» . Растительная клетка . 35 (5): 1334–1359. doi : 10.1093/plcell/koad018 . ПМЦ   10118270 . ПМИД   36691724 .
  77. ^ Ян X, Ху Р, Инь Х, Дженкинс Дж, Шу С, Тан Х и др. (декабрь 2017 г.). «Геном каланхоэ дает представление о конвергентной эволюции и строительных блоках метаболизма кислот толстянки» . Природные коммуникации . 8 (1): 1899. Бибкод : 2017NatCo...8.1899Y . дои : 10.1038/s41467-017-01491-7 . ПМК   5711932 . ПМИД   29196618 .
  78. ^ Фу Ю, Ли Л, Хао С, Гуань Р, Фань Г, Ши С и др. (июнь 2017 г.). «Проект последовательности генома тибетской лекарственной травы Rhodiola crenulata» . ГигаСайенс . 6 (6): 1–5. doi : 10.1093/gigascience/gix033 . ПМК   5530320 . ПМИД   28475810 .
  79. ^ Го С., Чжан Дж., Сунь Х., Сальсе Дж., Лукас В.Дж., Чжан Х. и др. (январь 2013 г.). «Проект генома арбуза (Citrullus lanatus) и повторное секвенирование 20 различных образцов» . Природная генетика . 45 (1): 51–8. дои : 10.1038/ng.2470 . hdl : 2434/619399 . ПМИД   23179023 .
  80. ^ Гарсиа-Мас Дж., Бенджак А., Сансеверино В., Буржуа М., Мир Г., Гонсалес В.М. и др. (июль 2012 г.). «Геном дыни (Cucumis melo L.)» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 109 (29): 11872–7. Бибкод : 2012PNAS..10911872G . дои : 10.1073/pnas.1205415109 . ПМЦ   3406823 . ПМИД   22753475 .
  81. ^ Хуан С., Ли Р., Чжан З., Ли Л., Гу С., Фань В. и др. (декабрь 2009 г.). «Геном огурца Cucumis sativus L» . Природная генетика . 41 (12): 1275–81. дои : 10.1038/ng.475 . ПМИД   19881527 .
  82. ^ Баррера-Редондо Х., Ибарра-Лаклетт Э., Васкес-Лобо А., Гутьеррес-Герреро Ю.Т., Санчес де ла Вега Г., Пиньеро Д. и др. (апрель 2019 г.). «Геном Cucurbita argyrosperma (тыква серебряная) демонстрирует более высокие темпы белково-кодирующего гена, а также длительный оборот некодирующей РНК и неофункционализацию внутри Cucurbita» . Молекулярный завод . 12 (4): 506–520. дои : 10.1016/j.molp.2018.12.023 . ПМИД   30630074 .
  83. ^ Баррера-Редондо Х., Санчес-де ла Вега Дж., Агирре-Лигуори Х.А., Кастельянос-Моралес Дж., Гутьеррес-Герреро Ю.Т., Агирре-Дугуа Х. и др. (май 2021 г.). «Одомашнивание Cucurbita argyrosperma, выявленное по геному ее дикого родственника» . Исследования в области садоводства . 8 (1): 109. Бибкод : 2021HorR....8..109B . дои : 10.1038/s41438-021-00544-9 . ПМЦ   8087764 . ПМИД   33931618 .
  84. ^ Ся М, Хань Х, Хэ Х, Ю Р, Чжэнь Г, Цзя Икс и др. (июнь 2018 г.). «Улучшенная сборка генома de novo и анализ китайского тыквенного Siraitia grosvenorii, также известного как плод-монах или луо-хан-го» . ГигаСайенс . 7 (6). doi : 10.1093/gigascience/giy067 . ПМК   6007378 . ПМИД   29893829 .
  85. ^ Ву З, Чен Х, Пан Ю, Фэн Х, Фанг Д, Ян Дж и др. (июль 2022 г.). «Геном Hippophae rhamnoides дает представление о консервативном молекулярном механизме актиноризного и ризобиального симбиоза». Новый фитолог . 235 (1): 276–291. дои : 10.1111/nph.18017 . ПМИД   35118662 . S2CID   246529299 .
  86. ^ Рахман А.Ю., Ушаррадж А.О., Мисра Б.Б., Тоттатил Г.П., Джаясекаран К., Фэн Ю. и др. (февраль 2013 г.). «Проект последовательности генома каучукового дерева Hevea brasiliensis» . БМК Геномика . 14:75 . дои : 10.1186/1471-2164-14-75 . ПМЦ   3575267 . ПМИД   23375136 .
  87. ^ Сато С., Хиракава Х., Исобе С., Фукаи Э., Ватанабэ А., Като М. и др. (февраль 2011 г.). «Секвенционный анализ генома масличного дерева Jatropa curcas L» . Исследование ДНК . 18 (1): 65–76. дои : 10.1093/dnares/dsq030 . ПМК   3041505 . ПМИД   21149391 .
  88. ^ Prochnik et al. (2012), J. Tropical Plant Biology
  89. ^ Чан А.П., Крэбтри Дж., Чжао К., Лоренци Х., Орвис Дж., Пуйу Д. и др. (сентябрь 2010 г.). «Проект последовательности генома масличных видов Ricinus communis» . Природная биотехнология . 28 (9): 951–6. дои : 10.1038/nbt.1674 . ПМЦ   2945230 . ПМИД   20729833 .
  90. ^ Лу Дж, Пань С, Фань В, Лю В, Чжао Х, Ли Д, Ван С, Ху Л, Хэ Б, Цянь К, Цинь Р, Жуань Дж, Линь Ц, Люй С, Цуй П (июль 2021 г.). «Сборка генома дикой клещевины на уровне хромосом дает новое представление об адаптивной эволюции в тропической пустыне» . Геномика Протеомика Биоинформатика . С1672-0229 (21): 00162–5. дои : 10.1016/j.gpb.2021.04.003 . ПМЦ   9510866 . ПМИД   34339842 . S2CID   236885144 .
  91. ^ Гао Ф., Ван Х., Ли Х., Сюй М., Ли Х., Абла М. и др. (июль 2018 г.). «Длительное секвенирование и сборка генома de novo Ammopiptanthus nanus, пустынного кустарника» . ГигаСайенс . 7 (7). doi : 10.1093/gigascience/giy074 . ПМК   6048559 . ПМИД   29917074 .
  92. ^ Сингх Н.К., Гупта Д.К., Джаясвал П.К., Махато А.К., Дутта С., Сингх С. и др. (2012). «Первый вариант последовательности генома голубя» . Журнал биохимии и биотехнологии растений . 21 (1): 98–112. дои : 10.1007/s13562-011-0088-8 . ПМЦ   3886394 . ПМИД   24431589 .
  93. ^ Варшни Р.К., Чен В., Ли Ю., Бхарти А.К., Саксена Р.К., Шлютер Дж.А. и др. (ноябрь 2011 г.). «Проект последовательности генома голубиного гороха (Cajanus cajan), бесхозной бобовой культуры, выращиваемой фермерами с ограниченными ресурсами» . Природная биотехнология . 30 (1): 83–9. дои : 10.1038/nbt.2022 . ПМИД   22057054 .
  94. ^ Jump up to: а б Бертиоли Д.Д., Кэннон С.Б., Фрёнике Л., Хуанг Г., Фармер А.Д., Кэннон Е.К. и др. (апрель 2016 г.). «Последовательности генома Arachis duranensis и Arachis ipaensis, диплоидных предков культурного арахиса» . Природная генетика . 48 (4): 438–46. дои : 10.1038/ng.3517 . hdl : 2346/93664 . ПМИД   26901068 .
  95. ^ Лю Ю, Чжан Х, Хань К, Ли Р, Сюй Г, Хань Ю, Цуй Ф, Фань С, Сейм И, Фань Г, Ли Г, Ван С (2020). «Изучение амфикарпии на основе компактного генома бобовых Amphicarpaea Edgeworthii» . Журнал биотехнологии растений . 19 (5): 952–965. дои : 10.1111/pbi.13520 . ПМК   8131047 . ПМИД   33236503 .
  96. ^ Варшни Р.К., Сонг С., Саксена Р.К., Азам С., Ю.С., Шарп А.Г. и др. (март 2013 г.). «Проект последовательности генома нута (Cicer arietinum) предоставляет ресурс для улучшения характеристик» (PDF) . Природная биотехнология . 31 (3): 240–6. дои : 10.1038/nbt.2491 . ПМИД   23354103 . S2CID   6649873 .
  97. ^ Джайн М., Мисра Г., Патель Р.К., Прия П., Джанвар С., Хан А.В. и др. (июнь 2013 г.). «Проект последовательности генома бобового нута (Cicer arietinum L.)» . Заводской журнал . 74 (5): 715–29. дои : 10.1111/tpj.12173 . ПМИД   23489434 .
  98. ^ Хун З., Ли Дж., Лю Икс, Лиан Дж., Чжан Н., Ян З. и др. (август 2020 г.). «Проект генома Dalbergia odorifera на уровне хромосом» . ГигаСайенс . 9 (8). doi : 10.1093/gigascience/giaa084 . ПМЦ   7433187 . ПМИД   32808664 .
  99. ^ Мучуги Элис; Энтони, Саймонс; Бо, Сонг; Яна-Шапиро Ховард; Хуанмин, Ян; Линьчжоу; Хендре С. Прасад; Председатель; Кариба Роберт; Мейс Шон; Шуфэн, Ван; Саху Кумар Сунил; Сюэчжу, Сюй, Фу; ; Юэ, Чанг (2018). «Набор данных GigaDB — DOI 10.5524/101054 — Геномные данные яблочно-кольцевой акации (Faidherbia albida)» . gigadb.org . doi : 10.5524/101054 . Проверено 19 июня 2019 г.
  100. ^ Шмутц Дж., Кэннон С.Б., Шлютер Дж., Ма Дж., Митрос Т., Нельсон В. и др. (январь 2010 г.). «Последовательность генома палеополиплоидной сои» . Природа . 463 (7278): 178–83. Бибкод : 2010Natur.463..178S . дои : 10.1038/nature08670 . ПМИД   20075913 .
  101. ^ Чанг Ю, Лю Х, Лю М, Ляо X, Саху С.К., Фу Ю и др. (2018). «Геномные данные гиацинтовой фасоли (Lablab purpureus)». Набор данных GigaDB . База данных GigaScience. дои : 10.5524/101056 .
  102. ^ Сато С., Накамура Ю., Канеко Т., Асамидзу Э., Като Т., Накао М. и др. (август 2008 г.). «Структура генома бобового растения Lotus japonicus» . Исследование ДНК . 15 (4): 227–39. дои : 10.1093/dnares/dsn008 . ПМК   2575887 . ПМИД   18511435 .
  103. ^ Янг Н.Д., Дебелле Ф., Олдройд Г.Е., Гертс Р., Кэннон С.Б., Удварди М.К. и др. (ноябрь 2011 г.). «Геном Medicago дает представление об эволюции ризобиальных симбиозов» . Природа . 480 (7378): 520–4. Бибкод : 2011Natur.480..520Y . дои : 10.1038/nature10625 . ПМЦ   3272368 . ПМИД   22089132 .
  104. ^ Цзячэн; Ван, Сунгуа; Чжань, Цювэнь (сентябрь 2023 г.). Хэ, Чжэнпэн; Ян, Лю, Ли; Чжэн , Анализ генома Melilotus officinalis на предмет развития SSR и анализ генов клубеньков» . The Plant Genome . 16 (3): e20345. doi : 10.1002/tpg2.20345 . ISSN   1940-3372 . PMID   37259688 .
  105. ^ «Фазеолус обыкновенный v1.0» . Фитозом v9.1 . Архивировано из оригинала 15 апреля 2015 г. Проверено 9 июля 2013 г.
  106. ^ Судалаимутуасари, Наганисваран; Али, Рашид; Коттакал, Мартин; Рафи, Мохаммед; Аль-Нуайми, Мариам; Кунду, Бидут; Аль-Маскари, Раджа Саид; Ван, Сюэвэнь; Мишра, Аджай Кумар; Балан, Джитин; Чалувади, Шриниваса Р.; Аль-Ансари, Фатима; Беннетцен, Джеффри Л.; Пуруганан, Майкл Д.; Хаззури, Халед М. (январь 2022 г.). «Геном мимозоидного бобового растения Prosopis cineraria, пустынного дерева» . Международный журнал молекулярных наук . 23 (15): 8503. doi : 10.3390/ijms23158503 . ISSN   1422-0067 . ПМЦ   9369113 . ПМИД   35955640 .
  107. ^ Jump up to: а б
    Угальде Дж. М., Штраубе Х. (август 2023 г.). «Новые гены на блоке: неофункционализация тандемных дубликатов генов с предполагаемыми новыми функциями у Arabidopsis» . Физиология растений . 192 (4). Издательство Оксфордского университета : 2574–2576. дои : 10.1093/plphys/kiad271 . ПМК   10400027 . ПМИД   37158166 . S2CID   258566187 .
    Этот обзор цитирует это исследование.
    Джаякоди М., Голич А.А., Креплак Дж., Фечете Л.И., Ангра Д., Беднарж П. и др. (март 2023 г.). «Гигантский диплоидный геном фабы открывает разнообразие в глобальном урожае белка» . Природа . 615 (7953): 652–659. Бибкод : 2023Natur.615..652J . дои : 10.1038/s41586-023-05791-5 . ПМЦ   10033403 . ПМИД   36890232 .
  108. ^ Фуллер, Тайсон; Бикхарт, Дерек М.; Кох, Лиза М.; Кучек, Лиза Поцелуй; Али, Шахджахан; Мангельсон, Хейли; Монтерос, Мария Дж.; Эрнандес, Тимоти; Смит, Тимоти П.Л.; Ридей, Хитклифф; Салливан, Майкл Л. (13 ноября 2023 г.). «Эталонный сорт для покровной бобовой культуры вики волосистой (Vicia villosa)» . Гигабайт . 2023 : 1–20. дои : 10.46471/гигабайт.98 . ISSN   2709-4715 . ПМЦ   10659084 . ПМИД   38023065 .
  109. ^ Вирульда, Путахам; Сонтирод Чутима; Чайват, Нактанг; Чутинторн, Юндэн; Юча Типпаван; Васитти, Конгкачана; Сангсракру Дуангджай; Пракит, Сомта; Ситичок, Тангпхатсорнруанг (2023 г.). «Набор данных GigaDB — DOI 10.5524/102399 — Вспомогательные данные для «Геномных данных Vigna hirtella» » . База данных GigaScience. дои : 10.5524/102399 . {{cite journal}}: Для цитирования журнала требуется |journal= ( помощь )
  110. ^ Jump up to: а б Путахам, Вирулда; Сонтирод, Чутима; Обнаженный, Чайват; Юндэн, Чутинторн; Юча с Типпой; Конго, Васитти; Сангсракру, Дуанджай; Сомта, Пракит; Тело заключенного, Ситичок (28 декабря 2022 г.). «Сборки генома Vigna reflexo-pilosa (креольская фасоль) и ее предшественников, Vigna hirtella и Vigna trinervia , выявили предвзятость экспрессии гомеологов и доминирование уровня экспрессии в аллотетраплоиде» . ГигаСайенс . 12 . doi : 10.1093/gigascience/giad050 . ISSN   2047-217X . ПМЦ   10357499 . ПМИД   37470496 .
  111. ^ Вирльда, Потакхэм; Сонтирод Холидей; Чайват, сегодня; Чутинторн, Юндэн; Хоачал Типпаван; Васитти, Конгкачана; Сангсракру Дуанджай; Пракетт, Сомер; Ситичок, Тангпхатсорнруанг (2023 г.). «Набор данных GigaDB — DOI 10.5524/102398 — Вспомогательные данные для «Геномных данных креольской фасоли Vigna reflexopilosa» » . База данных GigaScience. дои : 10.5524/102398 . {{cite journal}}: Для цитирования журнала требуется |journal= ( помощь )
  112. ^ шеф-повар Алиса; Дейнзе Ван Аллен; Энтони, Саймонс; Он, Сун; Хаоронг, Лу; Бабушка-Шапиро Ховард; Хуан, Лю; Хуаньмин, Ян; Цзянь, Ван; Линьчжоу, Ли; Мин, Лю; Генри С. Прасад; Президент Кендаби; Джамнадасс Рамни; Кариба Роберт; король Самуил; Мэйс Шон; Шифэн, Ченг; Шуфэн, Пэн; Сибо, Ван; Саху Кумар Сунил; Вай, Хо Цюань; Синь, Лю; Сюэчжу, Ляо; Сюнь, Сюй; Юань, Фу; Юэ, Чанг (2018). «Набор данных GigaDB — DOI 10.5524/101055 — Геномные данные арахиса бамбара (Vigna subterranea)» . gigadb.org . дои : 10.5524/101055 . Проверено 19 июня 2019 г.
  113. ^ Ньевес Дж.В. (2013). «Альтернативная терапия с помощью питательных веществ и нутрицевтиков». Остеопороз . стр. 1739–1749. дои : 10.1016/B978-0-12-415853-5.00074-1 . ISBN  9780124158535 . Красный клевер — это дикое растение, принадлежащее к семейству бобовых, которое часто используется для облегчения симптомов менопаузы, высокого уровня холестерина и остеопороза.
  114. ^ Бикхарт Д.М., Кох Л.М., Смит Т.П., Ридей Х., Салливан М.Л. (18 февраля 2022 г.). «Хромосомная сборка высокогетерозиготного генома клевера красного (Trifolium pratense L.), аллогамного вида кормовой культуры» . Гигабайт . 2022 : 1–13. дои : 10.46471/гигабайт.42 . ПМЦ   9650271 . ПМИД   36824517 . S2CID   246987248 .
  115. ^ Си Х, Нгуен В, Уорд С, Лю З, Сирл, И. Р. (31 января 2022 г.). «Сборка на уровне хромосом эталонного генома вики обыкновенной (Vicia sativa)» . Гигабайт . 2022 : 1–20. дои : 10.46471/гигабайт.38 . ПМК   9650280 . ПМИД   36824524 . S2CID   246453086 .
  116. ^ Ширасава К., Чахота Р., Хиракава Х., Нагано С., Нагасаки Х., Шарма Т., Исобе С. (08.10.2021). «Черновик последовательности генома конеграммы (Macrotyloma uniflorum) в масштабе хромосом» . Гигабайт . 2021 : 1–23. дои : 10.46471/гигабайт.30 . ПМЦ   9650294 . ПМИД   36824333 .
  117. ^ Син Ю, Лю Ю, Чжан Ц, Не Икс, Сунь Ю, Чжан Цз и др. (сентябрь 2019 г.). «Гибридная сборка генома de novo китайского каштана (Castanea mollissima)» . ГигаСайенс . 8 (9). doi : 10.1093/gigascience/giz112 . ПМК   6741814 . ПМИД   31513707 .
  118. ^ Пломион С., Аури Дж.М., Амселем Дж., Лерой Т., Мюрат Ф., Дюплессис С. и др. (июль 2018 г.). «Геном дуба раскрывает грани долгой жизни» . Природные растения . 4 (7): 440–452. дои : 10.1038/s41477-018-0172-3 . ПМК   6086335 . ПМИД   29915331 .
  119. ^ Jump up to: а б Хуан Ю, Сяо Л, Чжан З, Чжан Р, Ван З, Хуан С и др. (май 2019 г.). «Геномы пекана и китайского гикори дают представление об эволюции карии и питании орехов» . ГигаСайенс . 8 (5). doi : 10.1093/gigascience/giz036 . ПМК   6497033 . ПМИД   31049561 .
  120. ^ Ли Х, Цай К., Чжан Ц, Пей Икс, Чен С., Цзян Л. и др. (июнь 2022 г.). «Геном маньчжурского ореха: понимание юглона и биосинтеза липидов» . ГигаСайенс . 11 . doi : 10.1093/gigascience/giac057 . ПМЦ   9239856 . ПМИД   35764602 .
  121. ^ Чжан Дж., Чжан В., Цзи Ф., Цю Дж., Сун Х., Бу Д. и др. (январь 2020 г.). «Высококачественная сборка генома грецкого ореха обнаруживает обширные различия в экспрессии генов после дупликации всего генома» . Журнал биотехнологии растений . 18 (9): 1848–1850. дои : 10.1111/pbi.13350 . ПМЦ   7415773 . ПМИД   32004401 .
  122. ^ Нин Д.Л., Ву Т., Сяо Л.Дж., Ма Т., Фанг В.Л., Донг Р.К., Цао Ф.Л. (февраль 2020 г.). «Сборка генома Juglans sigillata на хромосомном уровне с использованием анализа Nanopore, BioNano и Hi-C» . ГигаСайенс . 9 (2). doi : 10.1093/gigascience/giaa006 . ПМК   7043058 . ПМИД   32101299 .
  123. ^ Ван З., Хобсон Н., Галиндо Л., Чжу С., Ши Д., МакДилл Дж. и др. (ноябрь 2012 г.). «Геном льна (Linum usitatissimum), собранный заново из коротких считываний последовательности дробовика» . Заводской журнал . 72 (3): 461–73. дои : 10.1111/j.1365-313X.2012.05093.x . ПМИД   22757964 .
  124. ^ Гао Ю, Ван Х, Лю С, Чу Х, Дай Д, Сун С и др. (май 2018 г.). «Сборка генома de novo хлопкового дерева красного шелка (Bombax ceiba)» . ГигаСайенс . 7 (5). doi : 10.1093/gigascience/giy051 . ПМЦ   5967522 . ПМИД   29757382 .
  125. ^ Тех БТ, Лим К., Йонг СН, Нг СС, Рао С.Р., Раджасегаран В. и др. (ноябрь 2017 г.). «Проект генома тропического плода дуриана (Durio zibethinus)» . Природная генетика . 49 (11): 1633–1641. дои : 10.1038/ng.3972 . ПМИД   28991254 .
  126. ^ «Госсипиум Раймонди v2.1» . Фитозом v9.1 . Архивировано из оригинала 18 февраля 2015 г. Проверено 10 июля 2013 г.
  127. ^ Аргут Икс, Сальс Дж., Ори Дж.М., Гильтинан М.Дж., Дрок Г., Гузи Дж. и др. (февраль 2011 г.). «Геном какао Theobroma» . Природная генетика . 43 (2): 101–8. дои : 10.1038/ng.736 . ПМИД   21186351 . S2CID   4685532 .
  128. ^ Пенниси Э. (сентябрь 2010 г.). «Научное издание. Исследователи геномики расстроены публичностью конкурентов» . Наука . 329 (5999): 1585. Бибкод : 2010Sci...329.1585P . дои : 10.1126/science.329.5999.1585 . ПМИД   20929817 .
  129. ^ Мотамайор Дж.К., Мокайтис К., Шмутц Дж., Хайминен Н., Ливингстон Д., Корнехо О. и др. (июнь 2013 г.). «Последовательность генома наиболее широко культивируемого типа какао и ее использование для идентификации генов-кандидатов, регулирующих цвет стручков» . Геномная биология . 14 (6): р53. дои : 10.1186/gb-2013-14-6-r53 . ПМК   4053823 . ПМИД   23731509 .
  130. ^ Корнехо О.Э., Йи М.К., Домингес В., Эндрюс М., Сокелл А., Страндберг Э. и др. (16 октября 2018 г.). «Theobroma cacao L., дайте представление о процессе ее одомашнивания» . Коммуникационная биология . 1 (1): 167. дои : 10.1038/s42003-018-0168-6 . ПМК   6191438 . ПМИД   30345393 .
  131. ^ Кришнан Н.М., Паттнаик С., Джайн П., Гаур П., Чоудхари Р., Вайдьянатан С. и др. (сентябрь 2012 г.). «Проект генома и четыре транскриптома лекарственного и пестицидного покрытосеменного растения Azadirachta indica» . БМК Геномика . 13 : 464. дои : 10.1186/1471-2164-13-464 . ПМЦ   3507787 . ПМИД   22958331 .
  132. ^ Кришнан Н.М., Паттнаик С., Дипак С.А., Харихаран А.К., Гаур П., Чаудхари Р., Джайн П., Вайдьянатан С., Бхарат Кришна П.Г., Панда Б (25 декабря 2011 г.). «Секвенирование и сборка транскриптома плодов Azadirachta indica de novo» (PDF) . Современная наука . 101 (12): 1553–61.
  133. ^ Хэ Дж, Бао С, Дэн Дж, Ли Q, Ма С, Лю Ю и др. (июнь 2022 г.). «Сборка генома на уровне хромосом Artocarpus nanchuanensis (Moraceae), фруктового дерева, находящегося под угрозой исчезновения» . ГигаСайенс . 11 . doi : 10.1093/gigascience/giac042 . ПМЦ   9197682 . ПМИД   35701376 .
  134. ^ Чанг Ю, Лю Х, Лю М, Ляо X, Саху С.К., Фу Ю и др. (2018). «Геномные данные дерева хрена (Moringa oleifera)». Набор данных GigaDB . База данных GigaScience. дои : 10.5524/101058 .
  135. ^ Майбург А.А., Граттапалья Д., Тоскан Г.А., Хеллстен У., Хейс Р.Д., Гримвуд Дж. и др. (июнь 2014 г.). «Геном эвкалипта большого » Природа 510 (7505): 356–62. Бибкод : 2014Природа.510..356М . дои : 10.1038/nature13308 . hdl : 1854/LU-5655667 . ПМИД   24919147 .
  136. ^ Ван В., Дас А., Кайнер Д., Шаламун М., Моралес-Суарес А., Швессингер Б., Ланфир Р. (январь 2020 г.). «Проект сборки ядерного генома Eucalyptus pauciflora: конвейер для сравнения сборок de novo» . ГигаСайенс . 9 (1). doi : 10.1093/gigascience/giz160 . ПМК   6939829 . ПМИД   31895413 .
  137. ^ Фолькер Дж., Шеперд М., Молеон Р. (2021 г.). «Высококачественный черновик генома Melaleuca alternifolia (чайное дерево): новая платформа для эволюционной геномики миртовых видов, богатых терпенами» . Гигабайт . 1 :1–15. дои : 10.46471/гигабайт.28 . ПМЦ   9650293 . ПМИД   36824337 . S2CID   238720658 .
  138. ^ У, Шаша, Вэй; Чжай, Цзюньвэнь; Ли, Чжан, Диянь; Шэнь, Чэнь, Цзюньхао; Чжунву, Ямей, Чен, Лэй (01.06.2020 г.). «Последовательность генома звездчатки (Averhoa carambola)» . Исследования в области садоводства . 7 (1): 95. Бибкод : 2020HorR....7.. .95W ​ doi : 10.1038 . ISSN   2052-7276 . PMC   7261771 . /  ​ s41438-020-0307-3
  139. ^ Цзян С., Ань Х., Сюй Ф, Чжан Икс (март 2020 г.). «Сборка генома на уровне хромосом и аннотация генома мушмулы (Eriobotrya japonica)» . ГигаСайенс . 9 (3). doi : 10.1093/gigascience/giaa015 . ПМК   7059265 . ПМИД   32141509 .
  140. ^ Шулаев В., Сарджент Д.Д., Кроухерст Р.Н., Моклер Т.К., Фолкертс О., Делчер А.Л. и др. (февраль 2011 г.). «Геном земляники лесной (Fragaria vesca)» . Природная генетика . 43 (2): 109–16. дои : 10.1038/ng.740 . ПМЦ   3326587 . ПМИД   21186353 .
  141. ^ Су В, Цзин Ю, Линь С, Юэ З, Ян Икс, Сюй Дж, Ву Дж, Чжан Цз, Ся Р, Чжу Цз, Ань Н, Чэнь Х, Хун Ю, Юань Ю, Лун Т, Чжан Л, Цзян Ю , Лю З, Чжан Х, Гао Ю, Лю Ю, Линь Х, Ван Х, Янь Л, Линь С, Лю З (май 2021 г.). «Полиплоидия лежит в основе кооптации и диверсификации путей биосинтеза тритерпенов в яблоневом племени» . ПНАС . 118 (20): e2101767118. Бибкод : 2021PNAS..11801767S . дои : 10.1073/pnas.2101767118 . ISSN   0027-8424 . ПМЦ   8157987 . ПМИД   33986115 .
  142. ^ Веласко Р., Жарких А., Аффуртит Дж., Дхингра А., Честаро А., Кальянараман А. и др. (октябрь 2010 г.). «Геном яблони одомашненной (Malus × Domestica Borkh.)» . Природная генетика . 42 (10): 833–9. дои : 10.1038/ng.654 . ПМИД   20802477 .
  143. ^ Jump up to: а б с «Обнародованы четыре генома розоцветных» . Грамен: ресурс для сравнительной геномики растений . 11 июня 2013 г.
  144. ^ Чжан Ц, Чен В, Сунь Л, Чжао Ф, Хуан Б, Ян В и др. (2012). «Геном Prunus mume» . Природные коммуникации . 3 : 1318. Бибкод : 2012NatCo...3.1318Z . дои : 10.1038/ncomms2290 . ПМЦ   3535359 . ПМИД   23271652 .
  145. ^ Верде И., Эбботт А.Г., Скалабрин С., Юнг С., Шу С., Маррони Ф. и др. (май 2013 г.). «Высококачественный проект генома персика (Prunus persica) идентифицирует уникальные закономерности генетического разнообразия, одомашнивания и эволюции генома» . Природная генетика . 45 (5): 487–94. дои : 10.1038/ng.2586 . hdl : 2434/218547 . ПМИД   23525075 .
  146. ^ Лю С, Фэн С, Пэн В, Хао Дж, Ван Дж, Пань Дж, Хэ Ю (декабрь 2020 г.). «Проект генома диплоидной сливы (Prunus salicina) на уровне хромосом» . ГигаСайенс . 9 (12). doi : 10.1093/gigascience/giaa130 . ПМЦ   7727024 . ПМИД   33300949 .
  147. ^ Ву Дж., Ван З., Ши З., Чжан С., Мин Р., Чжу С. и др. (февраль 2013 г.). «Геном груши (Pyrus bretschneideri Rehd.)» . Геномные исследования . 23 (2): 396–408. дои : 10.1101/гр.144311.112 . ПМК   3561880 . ПМИД   23149293 .
  148. ^ Цзун, Дэн, Хуан; Ма, Лян, Хунпин; Цзян, Тао; Ян, Цинцин; , Сюй; Шао, Вэньвэнь; Ян, Цзиньлун (15 ноября 2023 г.). «Хромосомные геномы двух видов розы дают представление об эволюции генома и накоплении аскорбата» . The Plant Journal 117 ( 4): 1264–1280. doi : 10.1111/ . ISSN   0960-7412 . PMID   37964640. . S2CID   265210737 tpj.16543
  149. ^ Цзун, Дэн, Хуан; Ма, Лян, Хунпин; Цзян, Тао; Ян, Цинцин; , Сюй; Шао, Вэньвэнь; Ян, Цзиньлун (15 ноября 2023 г.). «Хромосомные геномы двух видов розы дают представление об эволюции генома и накоплении аскорбата» . The Plant Journal 117 ( 4): 1264–1280. doi : 10.1111/ . ISSN   0960-7412 . PMID   37964640. . S2CID   265210737 tpj.16543
  150. ^ ВанБюрен Р., Вай СМ, Колле М., Ван Дж., Салливан С., Бушакра Дж.М. и др. (август 2018 г.). «Почти полная хромосомная сборка генома малины черной (Rubus occidentalis)» . ГигаСайенс . 7 (8). doi : 10.1093/gigascience/giy094 . ПМК   6131213 . ПМИД   30107523 .
  151. ^ Jump up to: а б «Цитрусовая клементина» . Фитозом v9.1 . Архивировано из оригинала 19 февраля 2015 г. Проверено 10 июля 2013 г.
  152. ^ Сюй Ц, Чен ЛЛ, Жуань Х, Чен Д, Чжу А, Чен С и др. (январь 2013 г.). «Проект генома сладкого апельсина (Citrus sinensis)» . Природная генетика . 45 (1): 59–66. дои : 10.1038/ng.2472 . ПМИД   23179022 .
  153. ^ Фан Ю, Саху С.К., Ян Т, Му В, Вэй Дж, Ченг Л и др. (ноябрь 2021 г.). «Геном Clausena lansium (Wampee) открывает новое понимание пути биосинтеза алкалоидов карбазола» . Геномика . 113 (6): 3696–3704. дои : 10.1016/j.ygeno.2021.09.007 . ПМИД   34520805 . S2CID   237515315 .
  154. ^ Тускан Г.А., Дифазио С., Янссон С., Больманн Дж., Григорьев И., Хеллстен У. и др. (сентябрь 2006 г.). «Геном черного тополя Populus trichocarpa (Torr. & Grey)» (PDF) . Наука . 313 (5793): 1596–604. Бибкод : 2006Sci...313.1596T . дои : 10.1126/science.1128691 . ОСТИ   901819 . ПМИД   16973872 . S2CID   7717980 .
  155. ^ Ян В., Ван К., Чжан Дж., Ма Дж., Лю Дж., Ма Т. (сентябрь 2017 г.). «Проект последовательности генома пустынного дерева Populus pruinosa» . ГигаСайенс . 6 (9): 1–7. doi : 10.1093/gigascience/gix075 . ПМЦ   5603765 ​​. ПМИД   28938721 .
  156. ^ Ма Ц, Сунь Т, Ли С, Вэнь Дж, Чжу Л, Инь Т и др. (август 2020 г.). «Геном Acer truncatum дает представление о биосинтезе нервной кислоты» . Заводской журнал . 104 (3): 662–678. дои : 10.1111/tpj.14954 . ПМК   7702125 . ПМИД   32772482 .
  157. ^ Ян Дж., Варисс Х.М., Тао Л., Чжан Р., Юн К., Холлингсворт П. и др. (июль 2019 г.). «Сборка генома de novo находящегося под угрозой исчезновения Acer yangbiense, вида растений с чрезвычайно небольшой популяцией, эндемичного для провинции Юньнань, Китай» . ГигаСайенс . 8 (7). doi : 10.1093/gigascience/giz085 . ПМК   6629541 . ПМИД   31307060 .
  158. ^ Линь Ю, Мин Дж, Лай Р, Ву З, Чен Ю, Ю Л и др. (май 2017 г.). «Полногеномное секвенирование лонгана (Dimocarpus longan Lour.) дает представление о молекулярной основе его богатых полифенолами характеристик» . ГигаСайенс . 6 (5): 1–14. doi : 10.1093/gigascience/gix023 . ПМК   5467034 . ПМИД   28368449 .
  159. ^ Би Ц, Чжао Ю, Ду В, Лу Ю, Гуй Л, Чжэн Цз и др. (июнь 2019 г.). «Сборка генома желторога китайского масличного дерева (Xanthoceras sorbifolium)» на уровне псевдомолекулы» . ГигаСайенс . 8 (6). doi : 10.1093/gigascience/giz070 . ПМК   6593361 . ПМИД   31241154 .
  160. ^ Лян Ц, Ли Х, Ли С, Юань Ф, Сунь Дж, Дуань Ц и др. (июнь 2019 г.). «Сборка генома и аннотация желторога (Xanthoceras sorbifolium Bunge)» . ГигаСайенс . 8 (6). doi : 10.1093/gigascience/giz071 . ПМК   6593362 . ПМИД   31241155 .
  161. ^ Дин X, Мэй В., Линь Q, Ван Х., Ван Дж., Пэн С. и др. (март 2020 г.). «Последовательность генома удового дерева Aquilaria sinensis (Lour.) Spreng: первый черновой вариант генома на уровне хромосом в семействе Thymelaeceae» . ГигаСайенс . 9 (3). doi : 10.1093/gigascience/giaa013 . ПМК   7050300 . ПМИД   32118265 .
  162. ^ Джайон О., Ори Дж. М., Ноэль Б., Поликрити А., Клепет С., Касагранде А. и др. (сентябрь 2007 г.). «Последовательность генома виноградной лозы предполагает наследственную гексаплоидизацию основных типов покрытосеменных» . Природа . 449 (7161): 463–7. Бибкод : 2007Natur.449..463J . дои : 10.1038/nature06148 . hdl : 11577/2430527 . ПМИД   17721507 .
  163. ^ Вайтемир К., Штрауб СК, Фишбейн М., Бэйли К.Д., Кронн Р.К., Листон А. (20 сентября 2019 г.). «Проект генома и транскриптома молочая обыкновенного ( Asclepias syriaca ) как ресурсы для эволюционных, экологических и молекулярных исследований молочаев и Apocynaceae» . ПерДж . 7 : е7649. дои : 10.7717/peerj.7649 . ПМК   6756140 . ПМИД   31579586 .
  164. ^ Ян Дж., Чжан Г., Чжан Дж., Лю Х., Чен В., Ван Х. и др. (июнь 2017 г.). «Гибридная сборка генома de novo китайской травяной блошки Erigeron breviscapus» . ГигаСайенс . 6 (6): 1–7. doi : 10.1093/gigascience/gix028 . ПМЦ   5449645 . ПМИД   28431028 .
  165. ^ «База данных генома подсолнечника» .
  166. ^ Бадуэн Х., Гузи Дж., Грасса С.Дж., Мюрат Ф., Стейтон С.Е., Коттрет Л. и др. (2017). «Геном подсолнечника дает представление о метаболизме масла, цветении и эволюции астерид» . Природа . 546 (7656): 148–152. Бибкод : 2017Natur.546..148B . дои : 10.1038/nature22380 . hdl : 1828/12772 . ПМИД   28538728 .
  167. ^ Рейес-Чин-Во С., Ван З., Ян Х., Козик А., Арикит С., Сонг С. и др. (2017). «Сборка генома с данными бесконтактного лигирования in vitro и трипликации всего генома салата» . Природные коммуникации . 8 : 14953. Бибкод : 2017NatCo...814953R . дои : 10.1038/ncomms14953 . ПМК   5394340 . ПМИД   28401891 .
  168. ^ Сильва-Джуниор О.Б., Граттапалья Д., Новаес Э., Коллеватти Р.Г. (январь 2018 г.). «Сборка генома розового ипе (Handroanthus impetiginosus, Bignoniaceae), очень ценного, экологически краеугольного неотропического древесного лесного дерева» . ГигаСайенс . 7 (1): 1–16. doi : 10.1093/gigascience/gix125 . ПМЦ   5905499 . ПМИД   29253216 .
  169. ^ Чжу ЦГ, Сюй Ю, Ян Ю, Гуань К.Ф., Чжан ЦЮ, Хуан Дж.В. и др. (18 декабря 2019 г.). « Геном Diospyros oleifera Cheng) дает новое представление о наследовании терпкости и эволюции предков» . Исследования в области садоводства . 6 (1): 138. дои : 10.1038/s41438-019-0227-2 . ПМЦ   6917749 . ПМИД   31871686 .
  170. ^ Суо Ю, Сунь П, Ченг Х, Хан В, Диао С, Ли Х и др. (январь 2020 г.). «Высококачественная сборка хромосомного генома Diospyros oleifera Cheng» . ГигаСайенс . 9 (1). doi : 10.1093/gigascience/giz164 . ПМЦ   6964648 . ПМИД   31944244 .
  171. ^ Чжан Г., Тянь Ю., Чжан Дж., Шу Л., Ян С., Ван В. и др. (01 декабря 2015 г.). «Гибридная сборка генома de novo китайского травяного растения даньшен (Salvia miltiorrhiza Bunge)» . ГигаСайенс . 4 (1): 62. дои : 10.1186/s13742-015-0104-3 . ПМЦ   4678694 . ПМИД   26673920 .
  172. ^ Гамильтон Дж.П., Годден Г.Т., Ланье Э., Бхат В.В., Кинсер Т.Дж., Вайланкур Б. и др. (сентябрь 2020 г.). «Создание сборки генома в масштабе хромосомы видов Lamiaceae, производящих репеллентные терпеноиды, Callicarpa americana» . ГигаСайенс . 9 (9). doi : 10.1093/gigascience/giaa093 . ПМК   7476102 . ПМИД   32893861 .
  173. ^ Вининг К.Дж., Джонсон С.Р., Ахками А., Ланге И., Пэрриш А.Н., Трапп С.К. и др. (февраль 2017 г.). «Проект последовательности генома Mentha longifolia и разработка ресурсов для улучшения сортов мяты» . Молекулярный завод . 10 (2): 323–339. дои : 10.1016/j.molp.2016.10.018 . ПМИД   27867107 .
  174. ^ Чжао Д., Гамильтон Дж.П., Бхат В.В., Джонсон С.Р., Годден Г.Т., Кинсер Т.Дж. и др. (март 2019 г.). «Сборка генома Tectona grandis в хромосомном масштабе показывает важность тандемной дупликации генов и позволяет открывать гены в путях биосинтеза натуральных продуктов» . ГигаСайенс . 8 (3). doi : 10.1093/gigascience/giz005 . ПМК   6394206 . ПМИД   30698701 .
  175. ^ Ибарра-Лаклетт Э., Лайонс Э., Эрнандес-Гусман Г., Перес-Торрес К.А., Карретеро-Полет Л., Чанг Т.Х. и др. (июнь 2013 г.). «Архитектура и эволюция мельчайшего генома растения» . Природа . 498 (7452): 94–8. Бибкод : 2013Natur.498...94I . дои : 10.1038/nature12132 . ПМЦ   4972453 . ПМИД   23665961 .
  176. ^ Чжао Д., Гамильтон Дж. П., Фам Г. М., Крисован Е., Вигерт-Ринингер К., Вайланкур Б. и др. (сентябрь 2017 г.). «Сборка генома de novo Camptotheca acuminata, природного источника противоракового соединения камптотецина» . ГигаСайенс . 6 (9): 1–7. doi : 10.1093/gigascience/gix065 . ПМЦ   5737489 . ПМИД   28922823 .
  177. ^ Чен Ю, Ма Т, Чжан Л, Кан М, Чжан З, Чжэн З и др. (январь 2020 г.). «Геномный анализ «живого ископаемого»: находящееся под угрозой исчезновения голубиное дерево». Ресурсы молекулярной экологии . 20 (3): 756–769. дои : 10.1111/1755-0998.13138 . ПМИД   31970919 . S2CID   210865226 .
  178. ^ «Мимулус гуттатус» . Фитозом v9.1 . Архивировано из оригинала 16 февраля 2015 года.
  179. ^ Кокер Дж. М., Райт Дж., Ли Дж., Сварбрек Д., Дайер С., Каккамо М., Гилмартин П. М. (декабрь 2018 г.). «Сборка генома Primula vulgaris (первоцвета), аннотации и экспрессия генов, со сравнительной геномикой гетеростильного супергена» . Научные отчеты . 8 (1): 17942. Бибкод : 2018NatSR...817942C . дои : 10.1038/s41598-018-36304-4 . ПМК   6299000 . ПМИД   30560928 .
  180. ^ Каналес Н.А., Перес-Эскобар О.А., Пауэлл Р.Ф., Тёпель М., Киднер С., Несбитт М. и др. (06.10.2022). «Стройная сборка ядерного генома на уровне каркаса лихорадочного дерева (Cinchona pubescens Vahl) как новый ресурс для исследований Rubiaceae» . Гигабайт . 2022 : 1–16. дои : 10.46471/гигабайт.71 . ПМЦ   10027117 . ПМИД   36950143 . S2CID   252810685 .
  181. ^ «Подробная информация о видах Solanum lycopersicum» . Сеть Sol Genomics .
  182. ^ Jump up to: а б Консорциум генома томата (май 2012 г.). «Последовательность генома томата дает представление об эволюции мясистых плодов» . Природа . 485 (7400): 635–41. Бибкод : 2012Natur.485..635T . дои : 10.1038/nature11119 . ПМЦ   3378239 . ПМИД   22660326 .
  183. ^ Сонг Б, Сонг Ю, Фу Ю, Кизито Э.Б., Каменя С.Н., Кабод П.Н. и др. (01.10.2019). «Проект последовательности генома Solanum aethiopicum дает представление об устойчивости к болезням, засухоустойчивости и эволюции генома» . ГигаСайенс . 8 (10). doi : 10.1093/gigascience/giz115 . ПМК   6771550 . ПМИД   31574156 .
  184. ^ «Спад БД» . solanaceae.plantbiology.msu.edu . Проверено 20 марта 2019 г.
  185. ^ Сюй X, Пан С., Ченг С., Чжан Б., Му Д., Ни П. и др. (июль 2011 г.). «Секвенирование генома и анализ клубнеплодов картофеля» . Природа . 475 (7355): 189–95. дои : 10.1038/nature10158 . ПМИД   21743474 .
  186. ^ Хардиган М.А., Крисован Э., Гамильтон Дж.П., Ким Дж., Лаймбир П., Лейснер К.П. и др. (февраль 2016 г.). «Редукция генома раскрывает большой незаменимый геном и адаптивную роль изменения количества копий в бесполом размножении Solanum tuberosum» . Растительная клетка . 28 (2): 388–405. дои : 10.1105/tpc.15.00538 . ПМК   4790865 . ПМИД   26772996 .
  187. ^ Аверсано Р., Контальди Ф., Эрколано М.Р., Гроссо В., Иориццо М., Татино Ф. и др. (апрель 2015 г.). «Последовательность генома Solanum commersonii дает представление об адаптации к стрессовым условиям и эволюции генома сородичей дикого картофеля» . Растительная клетка . 27 (4): 954–68. дои : 10.1105/tpc.114.135954 . ПМЦ   4558694 . ПМИД   25873387 .
  188. ^ Фогель А., Шваке Р., Дентон А.К., Усадел Б., Холлманн Дж., Фишер К., Болджер А., Шмидт М.Х., Болгер М.Е., Гундлах Х., Майер К.Ф., Вайс-Шнеевайс Х., Темш Э.М., Краузе К. (июнь 2018 г.). «Следы паразитизма в геноме паразитического цветкового растения Cuscuta Campestris» . Природные коммуникации . 9 (1): 2515. Бибкод : 2018NatCo...9.2515V . дои : 10.1038/s41467-018-04344-z . ПМК   6023873 . ПМИД   29955043 .
  189. ^ Сунь Г, Сюй Ю, Лю Х, Сунь Т, Чжан Дж, Хеттенхаузен С и др. (июль 2018 г.). «Крупномасштабные потери генов лежат в основе эволюции генома паразитического растения Cuscuta australis» . Природные коммуникации . 9 (1): 2683. Бибкод : 2018NatCo...9.2683S . дои : 10.1038/s41467-018-04721-8 . ПМК   6041341 . ПМИД   29992948 .
  190. ^ Бомбарели А., Росли Х.Г., Вребалов Дж., Моффетт П., Мюллер Л.А., Мартин ГБ (декабрь 2012 г.). «Проект последовательности генома Nicotiana benthamiana для расширения исследований в области молекулярной биологии растений и микробов» . Молекулярные растительно-микробные взаимодействия . 25 (12): 1523–30. doi : 10.1094/MPMI-06-12-0148-TA . hdl : 2434/618758 . ПМИД   22876960 .
  191. ^ Jump up to: а б Сьерро Н., Бэтти Дж.Н., Уади С., Бовет Л., Гёпферт С., Бакахер Н. и др. (июнь 2013 г.). «Справочные геномы и транскриптомы Nicotiana sylvestris и Nicotiana tomentosiformis» . Геномная биология . 14 (6): 60 р. дои : 10.1186/gb-2013-14-6-r60 . ПМК   3707018 . ПМИД   23773524 .
  192. ^ Ким С., Пак М., Ём С.И., Ким Ю.М., Ли Дж.М., Ли Х.А. и др. (март 2014 г.). «Последовательность генома острого перца дает представление об эволюции остроты видов Capsicum» . Природная генетика . 46 (3): 270–8. дои : 10.1038/ng.2877 . ПМИД   24441736 .
  193. ^ Jump up to: а б Цинь С., Ю С., Шен Ю., Фан Х., Чен Л., Мин Дж. и др. (апрель 2014 г.). «Полногеномное секвенирование культурного и дикого перца дает представление об одомашнивании и специализации стручкового перца» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 111 (14): 5135–40. Бибкод : 2014PNAS..111.5135Q . дои : 10.1073/pnas.1400975111 . ПМК   3986200 . ПМИД   24591624 .
  194. ^ «Платформа Петуния» . Архивировано из оригинала 9 января 2011 года.
  195. ^ Беннетцен Дж.Л., Шмутц Дж., Ван Х., Персифилд Р., Хокинс Дж., Понтароли А.С. и др. (май 2012 г.). «Эталонная последовательность генома модельного растения Setaria» . Природная биотехнология . 30 (6): 555–61. дои : 10.1038/nbt.2196 . ПМИД   22580951 .
  196. ^ Луо MC, Гу YQ, Пуйу Д., Ван Х., Твардзиок СО, Дил КР и др. (ноябрь 2017 г.). «Последовательность генома прародителя генома D пшеницы Aegilops tauschii» . Природа . 551 (7443): 498–502. Бибкод : 2017Natur.551..498L . дои : 10.1038/nature24486 . ПМЦ   7416625 . ПМИД   29143815 .
  197. ^ Де Сильва Н.П., Ли С., Баттлей П., Фурнье-Уровень А, Мур Дж.Л., Ходжинс К.А. (декабрь 2022 г.). «Сборка генома австралийских местных видов трав показывает недавнюю дупликацию всего генома и предвзятое сохранение генов, участвующих в реакции на стресс» . ГигаСайенс . 12 . doi : 10.1093/gigascience/giad034 . ПМЦ   10176504 . ПМИД   37171129 .
  198. ^ Международная инициатива Brachypodium (февраль 2010 г.). «Секвенирование генома и анализ модельной травы Brachypodium distachyon» . Природа . 463 (7282): 763–8. Бибкод : 2010Natur.463..763T . дои : 10.1038/nature08747 . ПМИД   20148030 .
  199. ^ Го С., Ван Ю, Ян А., Хэ Дж., Сяо С., Лев С. и др. (февраль 2020 г.). «Геном Coix дает представление об эволюции Panicoideae и приручении бумажной оболочки» . Молекулярный завод . 13 (2): 309–320. дои : 10.1016/j.molp.2019.11.008 . ПМИД   31778843 .
  200. ^ Студер А.Дж., Шнабле Дж.К., Вайсманн С., Кольбе А.Р., Маккейн М.Р., Шао Ю., Казинс А.Б., Келлогг Э.А., Брутнелл Т.П. (октябрь 2016 г.). «3 вида паникоидных трав Dichanthelium oligosanthes» . Геномная биология . 17 (1): 223. дои : 10.1186/s13059-016-1080-3 . ПМК   5084476 . ПМИД   27793170 .
  201. ^ Ван X, Чен С., Ма X, Иссель А.Е., Чалувади С.Р., Джонсон М.С. и др. (март 2021 г.). «Последовательность генома и анализ генетического разнообразия недостаточно одомашненной бесхозной культуры белого фонио (Digitaria exilis)» . ГигаСайенс . 10 (3). doi : 10.1093/gigascience/giab013 . ПМЦ   7953496 . ПМИД   33710327 .
  202. ^ Карбальо Дж., Сантос Б.А., Заппакоста Д., Гарбус И., Сельва Дж.П., Галло К.А. и др. (июль 2019 г.). «Высококачественный геном травы Eragrostis curvula дает представление об эволюции Poaceae и поддерживает новые стратегии повышения качества кормов» . Научные отчеты . 9 (1): 10250. Бибкод : 2019NatSR...910250C . дои : 10.1038/s41598-019-46610-0 . ПМК   6629639 . ПМИД   31308395 .
  203. ^ Майер К.Ф., Во Р., Браун Дж.В., Шульман А., Лэнгридж П., Платцер М. и др. (ноябрь 2012 г.). «Физическая, генетическая и функциональная сборка последовательностей генома ячменя» (PDF) . Природа . 491 (7426): 711–6. Бибкод : 2012Natur.491..711T . дои : 10.1038/nature11543 . hdl : 2440/76951 . ПМИД   23075845 . S2CID   10170672 .
  204. ^ Машер М., Гундлах Х., Химмельбах А., Бейер С., Твардзиок С.О., Викер Т. и др. (апрель 2017 г.). «Конформация хромосомы фиксирует упорядоченную последовательность генома ячменя» . Природа . 544 (7651): 427–433. Бибкод : 2017Natur.544..427M . дои : 10.1038/nature22043 . hdl : 2440/106563 . ПМИД   28447635 .
  205. ^ Чен Дж., Хуан Ц., Гао Д., Ван Дж., Лан Ю., Лю Т. и др. (2013). «Полногеномное секвенирование Oryza brachyantha раскрывает механизмы, лежащие в основе эволюции генома Oryza» . Природные коммуникации . 4 : 1595. Бибкод : 2013NatCo...4.1595C . дои : 10.1038/ncomms2596 . ПМК   3615480 . ПМИД   23481403 .
  206. ^ Гурвиц Б.Л., Кудрна Д., Ю.Ю., Себастьян А., Зукколо А., Джексон С.А. и др. (сентябрь 2010 г.). «Структурные вариации риса: сравнительный анализ структурных вариаций между рисом и тремя его ближайшими родственниками из рода Oryza» . Заводской журнал . 63 (6): 990–1003. дои : 10.1111/j.1365-313X.2010.04293.x . ПМИД   20626650 . S2CID   8637330 .
  207. ^ Хуан X, Курата Н, Вэй X, Ван ZX, Ван А, Чжао Q и др. (октябрь 2012 г.). «Карта вариаций генома риса раскрывает происхождение культивируемого риса» . Природа . 490 (7421): 497–501. Бибкод : 2012Natur.490..497H . дои : 10.1038/nature11532 . ПМЦ   7518720 . ПМИД   23034647 .
  208. ^ Экардт Н.А. (ноябрь 2000 г.). «Секвенирование генома риса» . Растительная клетка . 12 (11): 2011–7. дои : 10.1105/tpc.12.11.2011 . ПМК   526008 . ПМИД   11090205 .
  209. ^ Ю Дж., Ху С., Ван Дж., Вонг Г.К., Ли С., Лю Б. и др. (апрель 2002 г.). «Проект последовательности генома риса (Oryza sativa L. ssp. indica)». Наука . 296 (5565): 79–92. Бибкод : 2002Sci...296...79Y . дои : 10.1126/science.1068037 . ПМИД   11935017 . S2CID   208529258 .
  210. ^ Гофф С.А., Рике Д., Лан Т.Х., Престинг Г., Ван Р., Данн М. и др. (апрель 2002 г.). «Проект последовательности генома риса (Oryza sativa L. ssp. japonica)». Наука . 296 (5565): 92–100. Бибкод : 2002Sci...296...92G . дои : 10.1126/science.1068275 . ПМИД   11935018 . S2CID   2960202 .
  211. ^ «Паникум виргатум» . Фитозом v9.1 . Архивировано из оригинала 19 февраля 2015 г. Проверено 10 июля 2013 г.
  212. ^ Роббинс, Мэтью Д.; Бушман, Б. Шон; Хафф, Дэвид Р.; Бенсон, Кристофер В.; Варнке, Скотт Э; Моэн, Чейз А; Джеллен, Эрик Н; Джонсон, Пол Дж; Моэн, Питер Дж (28 декабря 2022 г.). «Сборка генома в хромосомном масштабе и аннотация аллотетраплоидного мятлика однолетнего ( Poa annua L.)» . Геномная биология и эволюция . 15 (1). дои : 10.1093/gbe/evac180 . ISSN   1759-6653 . ПМЦ   9838796 . ПМИД   36574983 .
  213. ^ Jump up to: а б Бенсон, Кристофер В.; Шелтра, Мэтью Р.; Моэн, Питер Дж.; Джеллен, Эрик Н.; Роббинс, Мэтью Д.; Бушман, Б. Шон; Паттерсон, Эрик Л.; Холл, Натан Д.; Хафф, Дэвид Р. (26 июня 2023 г.). «Гомеологическая эволюция аллотетраплоидного генома Poa annua L». БМК Геномика . 24 (1): 350. дои : 10.1186/s12864-023-09456-5 . ISSN   1471-2164 . ПМЦ   10291818 . PMID   37365554 .
  214. ^ Филлипс А.Р., Ситхарам А.С., Альберт П.С., Обюшон-Элдер Т., Бирчлер Дж.А., Баклер Э.С. и др. (июнь 2023 г.). «Счастливая случайность: новый эталонный геном газонной травы» . Г3 . 13 (6). дои : 10.1093/g3journal/jkad073 . ПМЦ   10234399 . ПМИД   37002915 .
  215. ^ Пэн З, Лу Ю, Ли Л, Чжао Ц, Фэн Ц, Гао З и др. (апрель 2013 г.). «Проект генома быстрорастущего недревесного лесного вида бамбука мосо (Phyllostachys гетероцикла)» . Природная генетика . 45 (4): 456–61, 461e1-2. дои : 10.1038/ng.2569 . ПМИД   23435089 .
  216. ^ Чжао Х., Гао З., Ван Л., Ван Дж., Ван С., Фэй Б. и др. (октябрь 2018 г.). «Эталонный геном на уровне хромосом и альтернативный атлас сплайсинга бамбука мосо (Phyllostachys edulis)» . ГигаСайенс . 7 (10). doi : 10.1093/gigascience/giy115 . ПМК   6204424 . ПМИД   30202850 .
  217. ^ Патерсон А.Х., Бауэрс Дж.Э., Брюггманн Р., Дубчак И., Гримвуд Дж., Гундлах Х. и др. (январь 2009 г.). «Геном сорго двухцветного и разнообразие трав» . Природа . 457 (7229): 551–6. Бибкод : 2009Natur.457..551P . дои : 10.1038/nature07723 . ПМИД   19189423 . S2CID   4382410 .
  218. ^ Аппельс Р. и др. (Международный консорциум по секвенированию генома пшеницы) (август 2018 г.). «Изменение границ исследований и селекции пшеницы с использованием полностью аннотированного эталонного генома» . Наука . 361 (6403): 705. doi : 10.1126/science.aar7191 . hdl : 10261/169166 . ПМИД   30115783 .
  219. ^ Штаб-квартира Лин, Чжао С., Лю Д., Ван Дж., Сунь Х., Чжан С. и др. (апрель 2013 г.). «Проект генома прародителя А-генома пшеницы Triticum urartu» . Природа . 496 (7443): 87–90. Бибкод : 2013Natur.496...87L . дои : 10.1038/nature11997 . ПМИД   23535596 .
  220. ^ «Кукурузная последовательность» . Грамен .
  221. ^ Шнабле П.С., Уэр Д., Фултон Р.С., Стейн Дж.К., Вэй Ф., Пастернак С. и др. (ноябрь 2009 г.). «Геном кукурузы B73: сложность, разнообразие и динамика» . Наука . 326 (5956): 1112–5. Бибкод : 2009Sci...326.1112S . дои : 10.1126/science.1178534 . ПМИД   19965430 . S2CID   21433160 .
  222. ^ Варшни Р.К., Ши С., Туди М., Мариак С. и др. (сентябрь 2017 г.). «Последовательность генома проса жемчужного обеспечивает ресурс для улучшения агрономических качеств в засушливых условиях» . Природная биотехнология . 35 (10): 969–976. дои : 10.1038/nbt.3943 . ПМК   6871012 . ПМИД   28922347 .
  223. ^ Jump up to: а б Минг Р., ВанБюрен Р., Вай С.М., Тан Х., Шац М.К., Бауэрс Дж.Э. и др. (декабрь 2015 г.). «Геном ананаса и эволюция фотосинтеза CAM» . Природная генетика . 47 (12): 1435–42. дои : 10.1038/ng.3435 . ПМЦ   4867222 . ПМИД   26523774 .
  224. ^ Д'Он А., Дено Ф., Ори Дж. М., Бауренс Ф. К., Каррил Ф., Гарсмёр О. и др. (август 2012 г.). «Геном банана (Musa acuminata) и эволюция однодольных растений» . Природа . 488 (7410): 213–7. Бибкод : 2012Natur.488..213D . дои : 10.1038/nature11241 . ПМИД   22801500 .
  225. ^ Дэйви М.В., Гудимелла Р., Харикришна Дж.А., Син Л.В., Халид Н., Кеулеманс Дж. (октябрь 2013 г.). «Проект последовательности генома Musa balbisiana для молекулярной генетики полиплоидных, меж- и внутривидовых гибридов Musa» . БМК Геномика . 14 :683. дои : 10.1186/1471-2164-14-683 . ПМЦ   3852598 . ПМИД   24094114 .
  226. ^ Ван З, Мяо Х, Лю Дж, Яо Икс, Сюй С, Чжао С, Фан Икс, Сюй Б, Цзя С, Ван Дж, Чжан Дж, Ли Дж, Сюй Ю, Ван Дж, Ма В, У З, Ю Л , Ян Й, Лю С, Го Й, Сунь С, Бауренс ФК, Мартин Дж, Салмон Ф, Гарсмер О, Яхиауи Н, Эрвуэ К, Руар М, Лабуро Н, Хабас Р, Риччи С, Пэн М, Го А, Се J, Ли Ю, Дин З, Ян Ю, Тай В, Д'Хонт А, Ху В, Цзинь З (июль 2019 г.). «Геном Musa balbisiana демонстрирует эволюцию субгеномов и функциональные дивергенции» . Природные растения . 1 (8): 810–821. дои : 10.1038/s41477-019-0452-6 . ПМК   6784884 . ПМИД   31308504 .
  227. ^ Ван, Чжэн-Фэн; Руар, Матье; Дрок, Гаэтан; Хеслоп-Харрисон, Пэт (JS); Гэ, Сюэ-Цзюнь (28 декабря 2022 г.). «Сборка генома Musa beccarii демонстрирует обширные хромосомные перестройки и расширение генома в ходе эволюции геномов Musaceae» . ГигаСайенс . 12 . doi : 10.1093/gigascience/giad005 . ISSN   2047-217X . ПМЦ   9941839 . ПМИД   36807539 .
  228. ^ Jump up to: а б Чжао Х., Ван С., Ван Дж., Чен С., Хао С., Чен Л. и др. (сентябрь 2018 г.). «Сборки генома на уровне хромосом двух ротангов (Calamus simplicifolius и Daemonorops jenkinsiana)» . ГигаСайенс . 7 (9). doi : 10.1093/gigascience/giy097 . ПМК   6117794 . ПМИД   30101322 .
  229. ^ Сяо Ю, Сюй П, Фань Х, Бодуэн Л, Ся В, Бокс С и др. (ноябрь 2017 г.). «Черновик генома кокоса (Cocos nucifera)» . ГигаСайенс . 6 (11): 1–11. doi : 10.1093/gigascience/gix095 . ПМК   5714197 . ПМИД   29048487 .
  230. ^ Аль-Дус Э.К., Джордж Б., Аль-Махмуд М.Е., Аль-Джабер М.Ю., Ван Х., Саламе Ю.М. и др. (май 2011 г.). «Секвенирование генома de novo и сравнительная геномика финиковой пальмы (Phoenix dactylifera)» . Природная биотехнология . 29 (6): 521–7. дои : 10.1038/nbt.1860 . ПМИД   21623354 .
  231. ^ Сингх Р., Онг-Абдулла М., Лоу ЕТ, Манаф М.А., Росли Р., Нукиа Р. и др. (август 2013 г.). «Последовательность генома масличной пальмы показывает расхождение интерфертильных видов в Старом и Новом мирах» . Природа . 500 (7462): 335–9. Бибкод : 2013Natur.500..335S . дои : 10.1038/nature12309 . ПМЦ   3929164 . ПМИД   23883927 .
  232. ^ Ван В., Хаберер Г., Гундлах Х., Глэссер С., Нуссбаумер Т., Луо М.К. и др. (2014). «Геном Spirodela polyrhiza дает представление о ее неотенозной редукции, быстром росте и водном образе жизни» . Природные коммуникации . 5 : 3311. Бибкод : 2014NatCo...5.3311W . дои : 10.1038/ncomms4311 . ПМЦ   3948053 . ПМИД   24548928 .
  233. ^ Шерпа Р., Девадас Р., Супрасанна П., Болбхат С.Н., Никам Т.Д. (9 августа 2022 г.). «Первое полное секвенирование генома de novo и сборка мутантного гибридного сорта дендробиума Эмма Уайт » . Гигабайт . 2022 : 1–8. дои : 10.46471/гигабайт.66 . ПМЦ   9694038 . ПМИД   36824506 .
  234. ^ Цай Дж., Лю Икс, Ваннес К., Пруст С., Цай В.К., Лю К.В. и др. (январь 2015 г.). «Последовательность генома орхидеи Phalaenopsis equestris» . Природная генетика . 47 (1): 65–72. дои : 10.1038/ng.3149 . hdl : 1854/LU-5835763 . ПМИД   25420146 .
  235. ^ Брукколери Р.Э., Окли Э.Дж., Фауст А.М., Альторфер М., Дессю-Бабус С., Буркхардт Д. и др. (05.10.2023). «Сборка генома ириса бородатого, Iris pallida Lam» . Гигабайт . 2023 : 1–10. дои : 10.46471/гигабайт.94 . ISSN   2709-4715 . ПМЦ   10565908 . ПМИД   37829656 .
  236. ^ Jump up to: а б Чин К.Дж., Пирро С. (05.03.2023). «Полные последовательности генома Iris sibirica и Iris Virginica (Iridaceae, Asparagales)» . Геномы биоразнообразия . 2023 . дои : 10.56179/001c.72791 . ПМЦ   10019338 . ПМИД   36936674 .
  237. ^ Jump up to: а б Ислам М.С., Сайто Дж.А., Эмдад Э.М., Ахмед Б., Ислам М.М., Халим А. и др. (январь 2017 г.). «Сравнительная геномика двух видов джута и понимание биогенеза волокон» . Природные растения . 3 (2): 16223. doi : 10.1038/nplants.2016.223 . ПМИД   28134914 .
  238. ^ Саркар Д., Махато А.К., Сатья П., Кунду А., Сингх С., Джаясвал П.К. и др. (июнь 2017 г.). "Corchorus olitorius сорта JRO-524 (Навин)" . Данные геномики . 12 : 151–154. дои : 10.1016/j.gdata.2017.05.007 . ПМК   5432662 . ПМИД   28540183 .
  239. ^ «Добро пожаловать в проект генома британского ясеня» . Проект «Геном британского ясеня» . Школа биологических и химических наук.
  240. ^ Куча Т (16 июня 2013 г.). «Геном ясеня демонстрирует устойчивость к грибкам» . Новости Би-би-си .
Retrieved from "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=List_of_sequenced_plant_genomes&oldid=1229096176"
Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: e72b1769df3a4f582c8aa3e0079c3103__1718387700
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/e7/03/e72b1769df3a4f582c8aa3e0079c3103.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
List of sequenced plant genomes - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)