Ankycorbin
| RAI14 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Идентификаторы | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Псевдонимы | 1700008J19RIK1700020L11RIKANKICORBINNORPEGMKIAA1334RETININEINEINEINGING, индуцированная 14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Внешние идентификаторы | Гомологен : 9199 ; GeneCards : [1] ; OMA : - ортологи | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Викидид | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ankycorbin -это домен белок анкириновый повторный , содержащий белок, содержащий , который у людей кодируется RAI14 геном . Он экспрессируется в различных тканях человека и, как полагают, играет роль в регуляции актина эктоплазматической специализации, создании полярности сперматозоидов и сперматозоидов. Это также может способствовать целостности плотных соединений клеток Сертоли на барьере яичка крови.
Ген
[ редактировать ]Расположение
[ редактировать ]RAI14 содержит 15 экзонов и расположена на плюс хромосомы № 5 в положении 5P13.2. Он охватывает 5 068 пар оснований с позиции 34 656 328 до 34 832 612. [ 2 ]
Джин район
[ редактировать ]Гены TTC23L и LOC105374721 соседки RAI14 на хромосоме 5.
Выражение
[ редактировать ]RAI14 экспрессируется в широком диапазоне тканей человека. Некоторые области самой высокой экспрессии с помощью TPM (транскрипты на миллион) включают в себя ткани эндометрия, гладких мышц, шейки матки, шейки матки, яичка и селезенки. В рамках человеческого мозга экспрессия RAI14 изобилует в области вокруг ствола мозга и мозговой части . Самые высокие уровни экспрессии были получены от миленсфалона , области эмбрионального мозга, которая впоследствии станет продолговой продолговатой мозгом. [ 3 ]
Гомология
[ редактировать ]Паралоги
[ редактировать ]RAI14 не имеет никаких паралогов .
Ортологи
[ редактировать ]Большая часть всей последовательности белка анкикорбина хорошо сохраняется между большинством млекопитающих и позвоночных . [ 4 ] Более отдаленно связанные ортологи , такие как акулы, начинают терять сходство и становятся менее консервативными в конце C-конца белка. Ankycorbin не очень хорошо консервативен внутри беспозвоночных, таких как коралл, вообще. Последняя половина белка в значительной степени отсутствует, и единственная часть, которая сохраняет некоторое подобие сохранения,-это область вблизи N-конце, которая связана с доменом повторного анкирина.
| Род и виды | Общее название | Дата дивергенции
(от Homo Sapiens ) |
NCBI вступление
Число |
Длина последовательности
(Аминокислоты) |
Последовательность
Личность |
|---|---|---|---|---|---|
| Homo Sapiens | Человек | NP_001138992.1 | 980 | 100% | |
| Castor Canadensis | Североамериканский бобр | 88 Mya | XP_020026070.1 | 980 | 92% |
| Delphinapterus Leagues | Beluga Whale | 94 мю | XP_022455298.1 | 980 | 90% |
| Пелеканус Криспс | Далматин Пеликан | 320 мю | XP_009485865.1 | 977 | 69% |
| Python Bivittatus | Бирманский питон | 320 мю | XP_007432514.1 | 992 | 66% |
| Xenopus laevis | Африканская когтяная лягушка | 353 Mya | XP_018100022.1 | 971 | 53% |
| Rhincodon Typus | Китовая акула | 465 мю | XP_020373853.1 | 719 | 46% |
| Stylophora pistillata | Коралл | 685 Mya | XP_022783988.1 | 653 | 31% |
Белок
[ редактировать ]Стенограммы
[ редактировать ]Ankycorbin имеет четыре разных изоформе (A, B, C и D) с большинством изоформ, содержащих один или несколько вариантов сплайсинга, которые в основном отличаются по 5 'UTR . Изоформа D является самой длинной известной изоформой в 983 аминокислотах по длине, однако изоформа A (980 аминокислот) является наиболее преобладающей формой белка. [ 5 ]
Общие свойства
[ редактировать ]Белок RAI14 имеет прогнозируемый вес 110,0 кдала и изоэлектрическую точку 5,87. Также предсказывается, что он имеет богатую глутамином область между нуклеотидами 914-978 и в остальном богат лицином, глутаматом и серином, находясь бедным в глицине и фенилаланине. [ 6 ] Это растворимый белок. [ 7 ]
Структура и области
[ редактировать ]Ankycorbin содержит область повторения анкирина, расположенная рядом с N-конце [ 8 ] Это состоит из 6 повторов анкирина. Белок преимущественно состоит из альфа-спиралей и доменов спиральной катушки без предсказанных конструкций бета-листа.
Пост трансляционные модификации
[ редактировать ]RAI14 является высокофосфорилированным белком с сотнями предсказанных мест фосфорилирования. Предполагается, что он будет ядерным белком и содержит 3 сигнала ядерной локализации.
Функция
[ редактировать ]Предполагается, что RAI14 будет играть роль в участках клеточной адгезии, в частности, клеточные взаимодействия клеток Sertoli изнутри яичка. Клетки Сертоли участвуют в создании барьера для яичка крови и обеспечивают специализированную защищенную среду в семенных канальцах яичка для развития зародышевых клеток . [ 9 ]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ «Человеческая PubMed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .
- ^ «RAI14 ретиноевая кислота индуцировала 14 [Homo Sapiens (человек)]» . 4 февраля 2018 года . Получено 19 февраля 2018 года .
- ^ «Аллен мозговой атлас: человеческий мозг» . Аллен Брейн Атлас .
- ^ «NCBI: белковое взрыв» . Получено 2 марта 2018 года .
- ^ «Анкикорбин изоформа a [homo sapiens]» . NCBI . 2 октября 2017 года . Получено 19 февраля 2018 года .
- ^ "SAPS" . Embl-Ebi .
- ^ Хирикава, Т.; Boon-Chieng, S.; Митаку, С. "Sosui: Классификация и система прогнозирования вторичной структуры для мембранных белков" .
- ^ "Псорт II" . PSORT: прогнозирование сайтов сортировки и локализации белков в аминокислотных последовательностях . Получено 27 апреля 2018 года .
- ^ Martin CM, Kleid JJ (2015). «Псевдофузия превзойдет маскировку под неудачу кардиостимулятора». Журнал электрокардиологии . 7 (2): 179–81. doi : 10.1016/s0022-0736 (74) 80028-2 . PMID 4822540 .