SOX17

SOX17
Доступные структуры
PDB	Поиск ортолога: PDBE RCSB
showСписок кодов идентификаторов PDB
	2YUL, 4A3N
Идентификаторы
Псевдонимы	SOX17 , VUR3, SRY-BOX 17, SRY-BOX Транскрипционный фактор 17
Внешние идентификаторы	Омим : 610928 ; MGI : 107543 ; Гомологен : 7948 ; GeneCards : Sox17 ; OMA : SOX17 - Ортологи
showМестоположение гена ( человек )
Chr.	Chromosome 8 (human)
End	54,460,892 bp
showМестоположение гена ( мышь )
Chr.	Chromosome 1 (mouse)
End	4,567,577 bp
showРНК -паттерн экспрессии
	Top expressed in
	endothelial cell; ; pericardium; ; endometrium; ; right uterine tube; ; vena cava; ; gonad; ; left uterine tube; ; tibial nerve; ; subcutaneous adipose tissue; ; muscle of thigh;
	Top expressed in
	left lung lobe; ; gastrula; ; external carotid artery; ; primitive streak; ; internal carotid artery; ; right lung; ; right lung lobe; ; uterus; ; carotid body; ; substantia nigra;
	More reference expression data
	n/a
showДжин Онтология
Molecular function	sequence-specific DNA binding; DNA binding; beta-catenin binding; DNA-binding transcription factor activity; DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific; transcription coactivator activity; transcription factor binding; protein binding; protein heterodimerization activity; transcription factor activity, RNA polymerase II distal enhancer sequence-specific binding; DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific;
Cellular component	transcription regulator complex; nucleoplasm; nucleus;
Biological process	renal system development; endoderm development; regulation of embryonic development; regulation of transcription, DNA-templated; positive regulation of protein catabolic process; stem cell fate specification; positive regulation of skeletal muscle tissue development; embryonic foregut morphogenesis; embryonic organ development; endodermal digestive tract morphogenesis; negative regulation of mesodermal cell fate specification; inner cell mass cellular morphogenesis; negative regulation of Wnt signaling pathway; protein stabilization; endocardium formation; outflow tract morphogenesis; signal transduction involved in regulation of gene expression; endodermal cell fate determination; mRNA transcription by RNA polymerase II; regulation of mesodermal cell fate specification; negative regulation of transcription by RNA polymerase II; Wnt signaling pathway; endocardial cell differentiation; regulation of cardiac cell fate specification; transcription, DNA-templated; stem cell differentiation; embryonic heart tube development; vasculogenesis; positive regulation of transcription, DNA-templated; heart looping; cardiac cell fate determination; common bile duct development; negative regulation of Wnt signaling pathway involved in heart development; rostrocaudal neural tube patterning; positive regulation of gene expression; cardiogenic plate morphogenesis; heart formation; embryonic heart tube morphogenesis; negative regulation of cell growth; protein destabilization; angiogenesis; spermatogenesis; positive regulation of cell differentiation; regulation of stem cell division; gastrulation; gall bladder development; canonical Wnt signaling pathway; regulation of cell differentiation; cell migration involved in gastrulation; endoderm formation; regulation of stem cell proliferation; negative regulation of canonical Wnt signaling pathway; positive regulation of transcription by RNA polymerase II; cellular response to leukemia inhibitory factor; cell differentiation;
	Sources:Amigo / QuickGO
hideОртологи
	64321
	20671
	ENSG00000164736
	Ensmusg00000025902
	Q9H6I2
	Q61473
	NM_022454
	NM_001289464 ; NM_001289465 ; NM_001289466 ; NM_001289467 ; NM_011441
	NP_071899
	NP_001276393 ; NP_001276394 ; NP_001276395 ; NP_001276396 ; NP_035571
	Викидид
Посмотреть/редактировать человека	Посмотреть/редактировать мышь

Sry-Box 17 -это белок , который у людей кодируется геном SOX17 . ^{[ 5 ]}

человека SOX17 Регулирование в локусе

Ген кодирует члена семейства транскрипции SOX (SRY-связанный HMG-BOX), расположенный на хромосоме 8 Q11.23. Его геновое тело выделено в домене петли CTCF. ^{[ 6 ]}^{[ 7 ]}^{[ 8 ]} Приблизительно 230 т.п.н. выше SOX17 было идентифицировано, специфичная для ткани, специфичная дифференциально (гипо-) метилированная область (DMR), которая состоит из SOX17 . регуляторных элементов ^{[ 9 ]}^{[ 10 ]} В частности, DMR имеет наиболее дистальный окончательный эндодерму специфического энхансер в локусе SOX17 . ^{[ 11 ]} Сам SOX17 недавно был определен как так называемый топологически изолированный ген (TIG). Tigs на определение представляют собой одно белковые гены (PCGS) в доменах цикла CTCF , которые в основном обогащены регуляторами развития и предполагают, что они очень тесно контролируются с помощью их доменной архитектуры 3D. ^{[ 12 ]}

Функция в разработке

SOX17 участвует в регуляции эмбрионального развития позвоночных и определения судьбы эндодермальных клеток. Кодированный белок действует ниже передачи сигналов TGF (активин) и канонической передачи сигналов Wnt (Wnt3a). ^{[ 13 ]}^{[ 14 ]} Особенно правильное фосфорилирование SMAD2/3 в соответствующем клеточном цикле (ранняя фаза G1) имеет решающее значение для активации кардинальных эндодермальных генов (например, SOX17), чтобы дополнительно ввести окончательную эндодермальную линию. ^{[ 15 ]} Кроме того, возмущение CTCF SOX17 центромерного CTCF при ранней окончательной дифференцировке эндодермы приводит к огромной недостаточке развития и так называемой MES-эндодермальной, подобной захваченному клеточному состоянию, который может быть спасен эктопической экспрессией SOX17. ^{[ 16 ]} У Xenopus Gastrula было показано, что Sox17 модифицирует ответы Wnt, где геномная специфичность транскрипции Wnt/β-катенина определяется посредством функциональных взаимодействий между транскрипционными комплексами Sox17 и β-катенином/TCF. ^{[ 17 ]}

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^{беременный} ^в GRCH38: Ensembl Release 89: ENSG00000164736 - ENSEMBL , май 2017 г.
^ Jump up to: ^а ^{беременный} ^в GRCM38: Ensembl Release 89: Ensmusg00000025902 - Ensembl , май 2017 г.
^ «Человеческая PubMed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .
^ «Мышь Pubmed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .
^ "Entrez Gene: Sry-Box 17" . Получено 2017-09-07 .
^ Rao SS, Huang SC, Glenn St Hilaire B, Engreitz JM, Perez EM, Kieffer-Kwon KR, et al. (Октябрь 2017). «Потеря когезина устраняет все домены петли» . Клетка . 171 (2): 305–320.E24. doi : 10.1016/j.cell.2017.09.026 . HDL : 1721.1/118942 . PMC 5846482 . PMID 28985562 .
^ Szabo Q, Bantignies F, Cavalli G (апрель 2019 г.). «Принципы генома складываются в топологическую связующую домены» . Наука достижения . 5 (4): EAAW1668. Bibcode : 2019scia .... 5.1668s . doi : 10.1126/sciadv.aaw1668 . PMC 6457944 . PMID 30989119 .
^ Ву, Хуа-Джун; Landshammer, Александро; Стаменова, Елена К.; Болонди, Адриано; Крецмер, Хелен; Мейснер, Александр; Мичор, Франзиска (2021-08-12). «Топологическая изоляция регуляторов развития в геномах млекопитающих» . Природная связь . 12 (1): 4897. Bibcode : 2021Natco..12.4897W . doi : 10.1038/s41467-021-24951-7 . ISSN 2041-1723 . PMC 8361032 . PMID 34385432 .
^ Цанков А.М., Гу Х., Акопиан В., Зиллер М.Дж., Донагхи Дж., Амит И. и др. (Февраль 2015 г.). «Динамика связывания транскрипционного фактора во время дифференцировки клеток ES человека» . Природа . 518 (7539): 344–9. Bibcode : 2015natur.518..344t . doi : 10.1038/nature14233 . PMC 4499331 . PMID 25693565 .
^ Ву, Хуа-Джун; Landshammer, Александро; Стаменова, Елена К.; Болонди, Адриано; Крецмер, Хелен; Мейснер, Александр; Мичор, Франзиска (2021-08-12). «Топологическая изоляция регуляторов развития в геномах млекопитающих» . Природная связь . 12 (1): 4897. Bibcode : 2021Natco..12.4897W . doi : 10.1038/s41467-021-24951-7 . ISSN 2041-1723 . PMC 8361032 . PMID 34385432 .
^ Ву, Хуа-Джун; Landshammer, Александро; Стаменова, Елена К.; Болонди, Адриано; Крецмер, Хелен; Мейснер, Александр; Мичор, Франзиска (2021-08-12). «Топологическая изоляция регуляторов развития в геномах млекопитающих» . Природная связь . 12 (1): 4897. Bibcode : 2021Natco..12.4897W . doi : 10.1038/s41467-021-24951-7 . ISSN 2041-1723 . PMC 8361032 . PMID 34385432 .
^ Ву, Хуа-Джун; Landshammer, Александро; Стаменова, Елена К.; Болонди, Адриано; Крецмер, Хелен; Мейснер, Александр; Мичор, Франзиска (2021-08-12). «Топологическая изоляция регуляторов развития в геномах млекопитающих» . Природная связь . 12 (1): 4897. Bibcode : 2021Natco..12.4897W . doi : 10.1038/s41467-021-24951-7 . ISSN 2041-1723 . PMC 8361032 . PMID 34385432 .
^ Engert S, Burtscher I, Liao WP, Dulev S, Schotta G, Lickert H (август 2013 г.). «Передача сигналов Wnt/β-катенина регулирует экспрессию SOX17 и имеет важное значение для образования организатора и эндодермы у мыши» . Разработка . 140 (15): 3128–38. doi : 10.1242/dev.088765 . PMID 23824574 .
^ Mukherjee S, Chaturvedi P, Rankin SA, Fish MB, Wlizla M, Paraiso KD, et al. (Сентябрь 2020 г.). Labonne C, Morrisey Ee (Eds.). «Sox17 и β-катенин совместно-респонсивные энхансеры для управления регуляторной сетью гена эндодермы» . элиф . 9 : E58029. doi : 10.7554/elife.58029 . PMC 7498262 . PMID 32894225 .
^ Pauklin S, Vallier L (сентябрь 2013 г.). «Состояние клеточного цикла стволовых клеток определяет склонность судьбы клеток» . Клетка . 155 (1): 135–47. doi : 10.1016/j.cell.2013.08.031 . PMC 3898746 . PMID 24074866 .
^ Ву, Хуа-Джун; Landshammer, Александро; Стаменова, Елена К.; Болонди, Адриано; Крецмер, Хелен; Мейснер, Александр; Мичор, Франзиска (2021-08-12). «Топологическая изоляция регуляторов развития в геномах млекопитающих» . Природная связь . 12 (1): 4897. Bibcode : 2021Natco..12.4897W . doi : 10.1038/s41467-021-24951-7 . ISSN 2041-1723 . PMC 8361032 . PMID 34385432 .
^ Мукерджи, Шреяси; Чатурведи, Пранит; Ранкин, Скотт А; Рыба, Маргарет Б; Wlizla, Marcin; Paraiso, Kitt D; Макдональд, Мелисса; Чен, Сяотинг; Вейраух, Мэтью Т; Блиц, Ира л; Чо, Кен Уай (2020-09-07). Лабонн, Кэрол; Морриси, Эдвард Э (ред.). «Sox17 и β-катенин совместно-респонсивные энхансеры для управления регуляторной сетью гена эндодермы» . элиф . 9 : E58029. doi : 10.7554/elife.58029 . ISSN 2050-084X . PMC 7498262 . PMID 32894225 .

Дальнейшее чтение

Zhang W, Glöckner SC, Guo M, Machida EO, Wang DH, Easwaran H, et al. (Апрель 2008 г.). «Эпигенетическая инактивация канонического антагониста Wnt Sry-box, содержащего ген 17 при колоректальном раке» . РАНКА . 68 (8): 2764–72. doi : 10.1158/0008-5472.can-07-6349 . PMC 2823123 . PMID 18413743 .
Patterson ES, Addis RC, Shamblott MJ, Gearhart JD (август 2008 г.). «SOX17 напрямую активирует транскрипцию ZFP202 во время дифференцировки эндодермы in vitro». Физиологическая геномика . 34 (3): 277–84. doi : 10.1152/physiolgenomics.90236.2008 . PMID 18523156 .
Феррелл Р.Е., Кимак М.А., Лоуренс Э.К., Финаголд Д.Н. (2008). «Анализ генов -кандидата в первичной лимфедеме». Лимфатические исследования и биология . 6 (2): 69–76. doi : 10.1089/lrb.2007.1022 . PMID 18564921 .
Séguin CA, Draper JS, Nagy A, Rossant J (август 2008 г.). «Создание предшественников эндодермы с помощью экспрессии транскрипционного фактора SOX в эмбриональных стволовых клетках человека» . Клеточная стволовая клетка . 3 (2): 182–95. doi : 10.1016/j.stem.2008.06.018 . PMID 18682240 .
SEMB H (октябрь 2008 г.). «Расширяемые эндодермальные предшественники: новые инструменты для изучения эндодермы и ее производных» . Клеточная стволовая клетка . 3 (4): 355–6. doi : 10.1016/j.stem.2008.09.010 . PMID 18940723 .
Fu Dy, Wang ZM, Wang BL, Shen ZZ, Huang W, Shao ZM (февраль 2010 г.). «Sox17, канонический антагонист Wnt, эпигенетически инактивируется метилированием промотора при раке молочной железы человека». Исследования и лечения рака молочной железы . 119 (3): 601–12. doi : 10.1007/s10549-009-0339-8 . PMID 19301122 . S2CID 8614063 .
Нонака D (май 2009 г.). «Дифференциальная экспрессия SOX2 и SOX17 в опухолях зародышевых клеток яичка» . Американский журнал клинической патологии . 131 (5): 731–6. doi : 10.1309/ajcp7mncnbcrn8no . PMID 19369635 .
Du YC, Oshima H, Skill K, Kitamura T, Itadani H, Fujimura T, et al. (Октябрь 2009 г.). «Индукция и понижающая регуляция SOX17 и его возможные роли в ходе желудочно-кишечного туфугенеза» Гастроэнтерология 137 (4): 1346–5 Doi : 10.1053/ j.gastro.2009.06.0 HDL : 2297/25144 19549530PMID 6296792S2CID
Stefanovic S, Abboud N, Désilets S, Nury D, Cowan C, Pucéat M (сентябрь 2009 г.). «Взаимодействие Oct4 с SOX2 и SOX17: молекулярный переключатель от плюрипотентности стволовых клеток, чтобы указать судьбу сердца» . Журнал клеточной биологии . 186 (5): 665–73. doi : 10.1083/jcb.200901040 . PMC 2742180 . PMID 19736317 .
Maccarthy CM, Malik V, Wu G, et al., & Exelchko S (сентябрь 2022 г.). «Улучшение кооперативности SOX/OCT вызывает сброс более высокого уровня развития» . Biorxiv. doi : 10.1101/2022.09.23.509242

Эта статья включает в себя текст из Национальной медицины Соединенных Штатов , которая находится в общественном доступе .

Эта статья о гене на хромосоме человека 8 является заглушкой . Вы можете помочь Википедии, расширив ее .

[refGRCh38Ensembl-1] Jump up to: ^а ^{беременный} ^в GRCH38: Ensembl Release 89: ENSG00000164736 - ENSEMBL , май 2017 г.

[refGRCm38Ensembl-2] Jump up to: ^а ^{беременный} ^в GRCM38: Ensembl Release 89: Ensmusg00000025902 - Ensembl , май 2017 г.

[3] «Человеческая PubMed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .

[4] «Мышь Pubmed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .

[entrez-5] "Entrez Gene: Sry-Box 17" . Получено 2017-09-07 .

[6] Rao SS, Huang SC, Glenn St Hilaire B, Engreitz JM, Perez EM, Kieffer-Kwon KR, et al. (Октябрь 2017). «Потеря когезина устраняет все домены петли» . Клетка . 171 (2): 305–320.E24. doi : 10.1016/j.cell.2017.09.026 . HDL : 1721.1/118942 . PMC 5846482 . PMID 28985562 .

[7] Szabo Q, Bantignies F, Cavalli G (апрель 2019 г.). «Принципы генома складываются в топологическую связующую домены» . Наука достижения . 5 (4): EAAW1668. Bibcode : 2019scia .... 5.1668s . doi : 10.1126/sciadv.aaw1668 . PMC 6457944 . PMID 30989119 .

[8] Ву, Хуа-Джун; Landshammer, Александро; Стаменова, Елена К.; Болонди, Адриано; Крецмер, Хелен; Мейснер, Александр; Мичор, Франзиска (2021-08-12). «Топологическая изоляция регуляторов развития в геномах млекопитающих» . Природная связь . 12 (1): 4897. Bibcode : 2021Natco..12.4897W . doi : 10.1038/s41467-021-24951-7 . ISSN 2041-1723 . PMC 8361032 . PMID 34385432 .

[9] Цанков А.М., Гу Х., Акопиан В., Зиллер М.Дж., Донагхи Дж., Амит И. и др. (Февраль 2015 г.). «Динамика связывания транскрипционного фактора во время дифференцировки клеток ES человека» . Природа . 518 (7539): 344–9. Bibcode : 2015natur.518..344t . doi : 10.1038/nature14233 . PMC 4499331 . PMID 25693565 .

[10] Ву, Хуа-Джун; Landshammer, Александро; Стаменова, Елена К.; Болонди, Адриано; Крецмер, Хелен; Мейснер, Александр; Мичор, Франзиска (2021-08-12). «Топологическая изоляция регуляторов развития в геномах млекопитающих» . Природная связь . 12 (1): 4897. Bibcode : 2021Natco..12.4897W . doi : 10.1038/s41467-021-24951-7 . ISSN 2041-1723 . PMC 8361032 . PMID 34385432 .

[11] Ву, Хуа-Джун; Landshammer, Александро; Стаменова, Елена К.; Болонди, Адриано; Крецмер, Хелен; Мейснер, Александр; Мичор, Франзиска (2021-08-12). «Топологическая изоляция регуляторов развития в геномах млекопитающих» . Природная связь . 12 (1): 4897. Bibcode : 2021Natco..12.4897W . doi : 10.1038/s41467-021-24951-7 . ISSN 2041-1723 . PMC 8361032 . PMID 34385432 .

[12] Ву, Хуа-Джун; Landshammer, Александро; Стаменова, Елена К.; Болонди, Адриано; Крецмер, Хелен; Мейснер, Александр; Мичор, Франзиска (2021-08-12). «Топологическая изоляция регуляторов развития в геномах млекопитающих» . Природная связь . 12 (1): 4897. Bibcode : 2021Natco..12.4897W . doi : 10.1038/s41467-021-24951-7 . ISSN 2041-1723 . PMC 8361032 . PMID 34385432 .

[13] Engert S, Burtscher I, Liao WP, Dulev S, Schotta G, Lickert H (август 2013 г.). «Передача сигналов Wnt/β-катенина регулирует экспрессию SOX17 и имеет важное значение для образования организатора и эндодермы у мыши» . Разработка . 140 (15): 3128–38. doi : 10.1242/dev.088765 . PMID 23824574 .

[14] Mukherjee S, Chaturvedi P, Rankin SA, Fish MB, Wlizla M, Paraiso KD, et al. (Сентябрь 2020 г.). Labonne C, Morrisey Ee (Eds.). «Sox17 и β-катенин совместно-респонсивные энхансеры для управления регуляторной сетью гена эндодермы» . элиф . 9 : E58029. doi : 10.7554/elife.58029 . PMC 7498262 . PMID 32894225 .

[15] Pauklin S, Vallier L (сентябрь 2013 г.). «Состояние клеточного цикла стволовых клеток определяет склонность судьбы клеток» . Клетка . 155 (1): 135–47. doi : 10.1016/j.cell.2013.08.031 . PMC 3898746 . PMID 24074866 .

[16] Ву, Хуа-Джун; Landshammer, Александро; Стаменова, Елена К.; Болонди, Адриано; Крецмер, Хелен; Мейснер, Александр; Мичор, Франзиска (2021-08-12). «Топологическая изоляция регуляторов развития в геномах млекопитающих» . Природная связь . 12 (1): 4897. Bibcode : 2021Natco..12.4897W . doi : 10.1038/s41467-021-24951-7 . ISSN 2041-1723 . PMC 8361032 . PMID 34385432 .

[17] Мукерджи, Шреяси; Чатурведи, Пранит; Ранкин, Скотт А; Рыба, Маргарет Б; Wlizla, Marcin; Paraiso, Kitt D; Макдональд, Мелисса; Чен, Сяотинг; Вейраух, Мэтью Т; Блиц, Ира л; Чо, Кен Уай (2020-09-07). Лабонн, Кэрол; Морриси, Эдвард Э (ред.). «Sox17 и β-катенин совместно-респонсивные энхансеры для управления регуляторной сетью гена эндодермы» . элиф . 9 : E58029. doi : 10.7554/elife.58029 . ISSN 2050-084X . PMC 7498262 . PMID 32894225 .

[1]

[2]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]

[ 15 ]

[ 16 ]

[ 17 ]