Редактор молекул
Редактор молекул — это компьютерная программа для создания и изменения представлений химических структур .
Редакторы молекул могут манипулировать представлениями химической структуры либо в моделируемом двумерном , либо в трехмерном пространстве с помощью 2D- или 3D-компьютерной графики соответственно. Двумерные выходные данные используются в качестве иллюстраций или для запроса химических баз данных . Трехмерные результаты используются для построения молекулярных моделей, обычно как часть программных пакетов для молекулярного моделирования .
Молекулярные редакторы баз данных, такие как Leatherface, [1] РЕЗЮМЕ, [2] и слайсер молекул [3] позволяют автоматически модифицировать большое количество молекул в соответствии с такими правилами, как «депротонировать карбоновые кислоты» или «разрыв экзоциклических связей», которые может указать пользователь.
Редакторы молекул обычно поддерживают чтение и запись хотя бы одного формата файла или строковой записи . Примеры каждого из них включают Molfile и упрощенную спецификацию ввода строки молекулярного ввода (SMILES) соответственно.
Файлы, созданные редакторами молекул, могут отображаться с помощью инструментов молекулярной графики .
Автономные программы
[ редактировать ]| Программа | Разработчик(и) | Лицензия | Платформы | Информация | |
|---|---|---|---|---|---|
| ACD/ChemSketch | ACD/Лаборатории | Собственный | Окна | Химически интеллектуальный интерфейс рисования, который позволяет рисовать практически любую химическую структуру, включая органику, металлоорганические соединения, полимеры и структуры Маркуша. бесплатная доступна версия | |
| Амира (программное обеспечение) | Визажная визуализация Институт Цузе в Берлине | Собственный | Windows, MacOS , Linux | Доступна 14-дневная пробная версия | |
| Аскалаф Дизайнер | Гибкая молекула | GNU GPL | Винда, Линукс | бесплатное ПО | |
| Авогадро | Команда проекта Авогадро | GNU GPL | Windows, macOS, Linux | 3D-редактор молекул, визуализатор | |
| BALLView | Команда проекта БАЛЛ | GNU GPL — LGPL | Windows, macOS, Linux | просмотрщик, редактор, инструмент моделирования | |
| Биоклипс | Разработчики Биоклипса | АПЛ | кроссплатформенный | Java , платформа Eclipse Rich Client Platform (RCP) | |
| Биовия. Жеребьевка | Информационные системы МДЛ | Собственный | Окна | Разработан как ISIS/Draw, теперь принадлежит Dassault Systèmes. [4] | |
| Химический дудл | iChemLabs | Собственный | кроссплатформенный | Ява | |
| ChemDraw | ПеркинЭлмер | Собственный | Windows, МакОС | Редактировать химические структуры и реакции | |
| Денеб | АтельГрафика | Собственный | Винда, Линукс | Доступна пробная версия; простой в использовании рабочий стол с графическим интерфейсом пользователя для пакетов SIESTA, VASP, QE и т. д. | |
| Химическое окно | Уайли | Собственный | Окна | доступен как часть программной среды KnowItAll; Бесплатное ПО для академических исследований и преподавания | |
| Он засмеялся | Абдулрахман Аллуш | БСД | Windows, macOS, Linux | 3D-редактор молекул, визуализатор | |
| JChemPaint | ГНУ ЛГПЛ | кроссплатформенный | Редактор 2D-структурных формул, написанный на Java | ||
| Молекулярная операционная среда (MOE) | Группа химических вычислений | Собственный | Windows, macOS, Linux; язык программирования SVL | Платформа для приложений молекулярного моделирования и поиска лекарств с 3D-моделированием и редактированием молекул, 2D-изображением и преобразованием 2D в 3D. | |
| САМСОН | Инрия | Собственный | Windows, macOS, Linux | Программная платформа для интегрированной вычислительной нанонауки. Настраивается с помощью SAMSON Elements (модулей для SAMSON) | |
| спартанский | Волновая функция, Inc. | Собственный | Windows, macOS, Linux | ||
| XDrawChem | GNU GPL | Windows, macOS, Linux | на основе OpenBabel |
Java-апплеты
[ редактировать ]| Апплет | Разработчик(и) | Лицензия | Информация |
|---|---|---|---|
| JChemPaint | ГНУ ЛГПЛ | Апплеты редактора и просмотра | |
| Редактор молекул JME | Питер Эртл | Собственный | бесплатное ПО, доступное на сайте Molinspiration ; Бесплатное ПО для некоммерческого использования. |
Встраиваемые редакторы JavaScript
[ редактировать ]| Программа | Разработчик | Лицензия | Настольный браузер IE6-7-8 | Настольный браузер другое | iPad | айфон | Андроид | Информация |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Программа Кекуле | Лаборатория Кекуле.js | МОЯ лицензия | Да | Да | Unknown | Unknown | Unknown | |
| Ракетка | ЭПАМ Системы | Лицензия Апач | Unknown | Да | Unknown | Unknown | Unknown | первоначально разработан GGA Software Services, а затем был куплен EPAM Systems. |
См. также
[ редактировать ]- ХимическийПаук
- Сравнение программного обеспечения для моделирования молекулярной механики
- Программное обеспечение для молекулярного дизайна
Примечания и ссылки
[ редактировать ]- ^ Кенни, Питер В.; Садовский, Йенс (2005). «Модификация структуры в химических базах данных». Хемоинформатика в открытии лекарств . Методы и принципы медицинской химии. стр. 271–285 . дои : 10.1002/3527603743.ch11 . ISBN 9783527307531 .
- ^ Льюэлл, Сяо Цин; Джадд, Дункан Б.; Уотсон, Стивен П.; Ханн, Майкл М. (1998). «Процедура комбинаторного анализа RECAP-ретросинтетического: мощный новый метод идентификации привилегированных молекулярных фрагментов с полезными применениями в комбинаторной химии». Журнал химической информации и компьютерных наук . 38 (3): 511–522. дои : 10.1021/ci970429i . ПМИД 9611787 .
- ^ Вит, Михал; Сигел, Майлз Г.; Хиггс, Ричард Э.; Уотсон, Ян А.; Робертсон, Дэниел Х.; Савин, Кеннет А.; Дерст, Грегори Л.; Хипскинд, Филип А. (2004). «Характерные физические свойства и структурные фрагменты поступающих в продажу пероральных препаратов». Журнал медицинской химии . 47 (1): 224–232. дои : 10.1021/jm030267j . ПМИД 14695836 .
- ^ «Техническое описание Biovia Draw» (PDF) . Дассо Системес . Проверено 25 апреля 2023 г.