Гифомикробиалы

Гифомикробиалы
	Агробактерия (SEM-изображение)
Научная классификация
Домен:	Бактерии
Тип:	Псевдомонадота
Сорт:	Альфапротеобактерии
Заказ:	Гифомикробиалы ; Дуглас 1957 г. (утвержденные списки 1980 г.)
Семьи
	Посмотреть текст
Синонимы
	Ризобиалес Куйкендалл 2006 г. ;

Hyphomicrobiales синоним ( Rhizobiales ) отряд грамотрицательных — альфапротеобактерий .

Ризобии . , фиксирующие азот и симбиотические с корнями растений, встречаются в нескольких разных семействах Четыре семейства Nitrobacteraceae , Hyphomicrobiaceae , Phyllobacteriaceae и Rhizobiaceae содержат по крайней мере несколько родов азотфиксирующих, клубенькообразующих микросимбиотических бактерий . Примерами являются роды Bradyrhizobium и Rhizobium . Виды Mmethylocystaceae являются метанотрофами ; они используют метанол (CH ₃ OH) или метан (CH ₄ ) в качестве единственного источника энергии и углерода. Другими важными родами являются патогены человека Bartonella и Brucella , а также Agrobacterium (полезные в генной инженерии ).

Таксономия

Принятые семьи

Aestuariivirgaceae Li et al . 2019 год
Afifellaceae Hördt et al . 2020 год
Ahrensiaceae Hördt et al . 2020 год
Такжеbacteraceae Sun et al . 2018 год
Amorphaceae Hördt et al . 2020 год
Ancalomicrobiaceae Dahal et al . 2018 год
Aurantimonadaceae Hördt et al . 2020 год
Bartonellaceae Gieszczykiewicz 1939 (утвержденные списки 1980 г.)
Beijerinckiaceae Garrity et al . 2006 г.
Blastoхлоридaceae Hördt et al . 2020 год
Boseaceae Hördt et al . 2020 год
Breoghaniaceae Hördt et al . 2020 год
бруцелловых Порода и др . 1957 г. (утвержденные списки 1980 г.)
Хелатококковые Дедыш и др . 2016 год
Cohaesibacteraceae Хван и Чо, 2008 г.
Devosiaceae Hördt et al . 2020 год
Hyphomicrobiaceae Babudieri 1950 (утвержденные списки 1980 г.)
Kaistiaceae Hördt et al . 2020 год
Lichenibacteriaceae Панкратов и др . 2020 год
Lichenihabitantaceae Noh et al . 2019 год
Метилобактерии Гаррити и др . 2006 г.
Метилоцистовые Боуман 2006
Нитробактерии корриг. Бьюкенен 1917 г. (утвержденные списки 1980 г.)
Notoacmeibacteraceae Huang et al . 2017 год
Parvibaculaceae Hördt et al . 2020 год
Phreatobacteraceae Hördt et al . 2020 год
Phyllobacteriaceae Mergaert и Swings, 2006 г.
Pleomorphomonadaceae Hördt et al . 2020 год
Pseudoxantobacteraceae Hördt et al . 2020 год
Rhabdaerophilaceae Ming et al . 2020 год
Rhizobiaceae Conn 1938 (утвержденные списки 1980 г.)
Rhodobiaceae Garrity et al . 2006 г.
Roseiarcaceae Куличевская и др . 2014 год
Salinarimonadaceae Cole et al . 2018 год
Segnochrobactraceae Akter et al . 2020 год
Stappiaceae Hördt et al . 2020 год
Tepidamorphaceae Hördt et al . 2020 год
Xanthobacteraceae Lee et al . 2005 г.

Неназначенные роды

Следующий род не отнесен к семейству:

Flaviflagellibacter Dong и др . 2019 год ^{[ 3 ]}

Предварительные таксоны

Эти таксоны были опубликованы, но не прошли валидацию в соответствии с Бактериологическим кодексом :

« Норделла » Ла Скола и др . 2004 г. ^{[ 4 ]}
« Пропиленелловые » Лю и др . 2021 год ^{[ 5 ]}
- « Пропиленелла » Лю и др . 2021 год ^{[ 5 ]}
  - « Propylenella binzhouense » Liu et al . 2021 год ^{[ 5 ]}
« Термопетробактер » Сислак 2013 г. ^{[ 6 ]}

Филогения

Принятая в настоящее время таксономия основана на Списке названий прокариот, имеющих номенклатурное положение. ^{[ 7 ]} а филогения основана на полногеномных последовательностях. ^{[ 2 ]}^{[ а ]}

Гифомикробиалы

Парвибакуловые

Гифомикробные

Аморфные

	Родобиевые

	Афифелловые

Cohaesibacteraceae

	Бреоганиевые

	Стаппиевые

Девозиевые

Аурантимонадовые

Аренсиевые

	Нотоакмеибактерии

	Филлобактерии

Ризобиевые

Бартонелловые

	Филлобактерия ^{[ б ]}

	Бруцелловые

Тепидаморфовые

Кайстиевые

Псевдоксантобактерии

	Простекомикробий ^{[ с ]}

	Плеоморфомонады

	Бластохлоридные

	Ксантобактерии

	Фреатобактерии

	Нитробактерии

Бейеринкиевые

	Розеарковые

	Метилоцистовые

Хелатококковые

Бозеовые

	Салинаримонадовые

	Метилобактерии

внешние группы

Родобактерии

	маленький

	Каулобактерии

Естественная генетическая трансформация

Естественная генетическая трансформация зарегистрирована как минимум у четырех Hyphomicrobiales видов : Agrobacterium tumefaciens , ^{[ 8 ]} Метилобактерия органофилум , ^{[ 9 ]} цепляющийся Энсифер ^{[ 10 ]} и Bradyrhizobium japonicum . ^{[ 11 ]} Естественная генетическая трансформация — это половой процесс, включающий перенос ДНК из одной бактериальной клетки в другую через промежуточную среду и интеграцию донорной последовательности в геном реципиента путем гомологичной рекомбинации .

См. также

Лар1

Примечания

^ Aestuariivirgaceae , Alsobacteraceae , Ancalomicrobiaceae , Lichenibacteriaceae , Lichenihabitantaceae , Rhabdaerophilaceae и Segnochrobactraceae не включены в это филогенетическое древо.
^ Phyllobacterium отделена от остальных Phyllobacteriaceae .
^ Prosthecomicrobium отделен от остальных представителей Hyphomicrobiaceae .

Ссылки

^ Паркер Коннектикут, генеральный директор Гаррити (1 января 2003 г.). Паркер Коннектикут, генеральный директор Гаррити (ред.). «Таксономический обзор семейств: Mabikibacteraceae ». Резюме NamesforLife . НэймсфорЛайф, ООО. doi : 10.1601/tx.30673 (неактивен 17 апреля 2024 г.). {{cite journal}}: CS1 maint: DOI неактивен по состоянию на апрель 2024 г. ( ссылка )
^ Jump up to: ^а ^б Хёрдт А., Лопес М.Г., Мейер-Колтхофф Дж.П., Шлейнинг М., Вайнхольд Л.М., Тиндалл Б.Дж. и др. (2020). «Анализ более 1000 геномов типовых штаммов существенно улучшает таксономическую классификацию альфапротеобактерий » . Границы микробиологии . 11 : 468. дои : 10.3389/fmicb.2020.00468 . ПМЦ 7179689 . ПМИД 32373076 .
^ Донг Л., Хан М.Х., Ван Д., Лю Ф., Асем М.Д., Цзяо Ю., Сяо М., Салам Н., Ли WJ (2019). « Flaviflagellibacter Deserti gen. nov., sp. nov., новый представитель отряда Rhizobiales , выделенный из пустынной почвы». Антони ван Левенгук . 112 (6): 947–954. дои : 10.1007/s10482-019-01228-0 . ПМИД 30637538 . S2CID 58006833 .
^ Ла Скола Б., Баррасси Л., Рауль Д. (2004). «Новая альфа-протеобактерия Nordella oligomobilis gen. nov., sp. nov., выделенная с использованием совместных амебных культур» . Рес Микробиол . 155 (1): 47–51. дои : 10.1016/j.resmic.2003.09.012 . ПМИД 14759708 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с Лю Ю.Л., Мэн Д., Ван Ф., Гун XF, Гу П.Ф., Фань XY, Ду ZJ, Цзоу Дж.Д., Ли Q (2021). « Propylenella binzhouense gen. nov., sp. nov., выделенная из активного ила, и предложение Propylenellaceae семейства nov.». Антони ван Левенгук . 114 (3): 225–233. дои : 10.1007/s10482-020-01514-2 . ПМИД 33400070 . S2CID 230665484 .
^ Компакт-диск «Сислак» (2013). Новые термофильные бактерии, выделенные из морских гидротермальных источников (MSc). Портлендский государственный университет. дои : 10.15760/etd.1485 . 1486.
^ Эузеби Ж.П., Парте AC. « Гифомикробиалес » . Список названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN) . Проверено 15 мая 2021 г.
^ Деманеш С., Кей Э., Гурбьер Ф., Симоне П. (июнь 2001 г.). «Естественная трансформация Pseudomonas fluorescens и Agrobacterium tumefaciens в почве» . Прикладная и экологическая микробиология . 67 (6): 2617–21. Бибкод : 2001ApEnM..67.2617D . дои : 10.1128/АЕМ.67.6.2617-2621.2001 . ПМК 92915 . ПМИД 11375171 .
^ О'Коннор М., Вопат А., Хэнсон Р.С. (январь 1977 г.). «Генетическая трансформация метилобактерий органофилум» . Журнал общей микробиологии . 98 (1): 265–72. дои : 10.1099/00221287-98-1-265 . ПМИД 401866 .
^ Зунига-Сото Э., Маллинз Э., Дедикова Б. (2015). «Трансформация, опосредованная Ensifer: эффективный неагробактериальный протокол генетической модификации риса» . СпрингерПлюс . 4 : 600. дои : 10.1186/s40064-015-1369-9 . ПМЦ 4628045 . ПМИД 26543735 .
^ Райна Дж.Л., Моди В.В. (август 1972 г.). «Связывание и трансформация дезоксирибонуклеата у Rhizobium jpaonicum» . Журнал бактериологии . 111 (2): 356–60. дои : 10.1128/JB.111.2.356-360.1972 . ПМК 251290 . ПМИД 4538250 .

Дальнейшее чтение

Куйкендалл Л.Д., Даззо Ф.Б. (2005). « Аллоризобиум ». В Brenner DJ, Krieg NR, Staley JT, Garrity G (ред.). Альфа-, бета-, дельта- и эпсилонпротеобактерии, Протеобактерии, Часть C, Руководство Берджи по систематической бактериологии . Том. 2 (2-е изд.). Спрингер, Нью-Йорк, штат Нью-Йорк. стр. 345–346. ISBN 978-0-387-24144-9 .
Куйкендалл Л.Д. (2005). «Род Азоризобиум ». В Brenner DJ, Krieg NR, Staley JT, Garrity G (ред.). Альфа-, бета-, дельта- и эпсилонпротеобактерии, Протеобактерии, Часть C, Руководство Берджи по систематической бактериологии . Том. 2 (2-е изд.). Спрингер, Нью-Йорк, штат Нью-Йорк. стр. 505–506. ISBN 978-0-387-24144-9 .
Куйкендалл Л.Д. (2005). «Род Bradyrhizobium , семейство Bradyrhizobiaceae ». В Brenner DJ, Krieg NR, Staley JT, Garrity G (ред.). Альфа-, бета-, дельта- и эпсилонпротеобактерии, Протеобактерии, Часть C, Руководство Берджи по систематической бактериологии . Том. 2 (2-е изд.). Спрингер, Нью-Йорк, штат Нью-Йорк. стр. 438–443. ISBN 978-0-387-24144-9 .
Куйкендалл Л.Д., Янг Дж.М., Мартинес-Ромеро, Керр А., Савада Х (2005). «Род Rhizobium , сильно отличающийся род в пересмотренном семействе». В Brenner DJ, Krieg NR, Staley JT, Garrity G (ред.). Альфа-, бета-, дельта- и эпсилонпротеобактерии, Протеобактерии, Часть C, Руководство Берджи по систематической бактериологии . Том. 2 (2-е изд.). Спрингер, Нью-Йорк, штат Нью-Йорк. стр. 324–340. ISBN 978-0-387-24144-9 .
Чен WX, Ван ET, Куйкендалл LD (2005). «enus Mesorhizobium , семейство Photobacteriaceae.». В Brenner DJ, Krieg NR, Staley JT, Garrity G (ред.). Альфа-, бета-, дельта- и эпсилонпротеобактерии, Протеобактерии, Часть C, Руководство Берджи по систематической бактериологии . Том. 2 (2-е изд.). Спрингер, Нью-Йорк, штат Нью-Йорк. стр. 403–408. ISBN 978-0-387-24144-9 .

[8] Aestuariivirgaceae , Alsobacteraceae , Ancalomicrobiaceae , Lichenibacteriaceae , Lichenihabitantaceae , Rhabdaerophilaceae и Segnochrobactraceae не включены в это филогенетическое древо.

[9] Phyllobacterium отделена от остальных Phyllobacteriaceae .

[10] Prosthecomicrobium отделен от остальных представителей Hyphomicrobiaceae .

[1] Паркер Коннектикут, генеральный директор Гаррити (1 января 2003 г.). Паркер Коннектикут, генеральный директор Гаррити (ред.). «Таксономический обзор семейств: Mabikibacteraceae ». Резюме NamesforLife . НэймсфорЛайф, ООО. doi : 10.1601/tx.30673 (неактивен 17 апреля 2024 г.). {{cite journal}}: CS1 maint: DOI неактивен по состоянию на апрель 2024 г. ( ссылка )

[Hördt-2] Jump up to: ^а ^б Хёрдт А., Лопес М.Г., Мейер-Колтхофф Дж.П., Шлейнинг М., Вайнхольд Л.М., Тиндалл Б.Дж. и др. (2020). «Анализ более 1000 геномов типовых штаммов существенно улучшает таксономическую классификацию альфапротеобактерий » . Границы микробиологии . 11 : 468. дои : 10.3389/fmicb.2020.00468 . ПМЦ 7179689 . ПМИД 32373076 .

[3] Донг Л., Хан М.Х., Ван Д., Лю Ф., Асем М.Д., Цзяо Ю., Сяо М., Салам Н., Ли WJ (2019). « Flaviflagellibacter Deserti gen. nov., sp. nov., новый представитель отряда Rhizobiales , выделенный из пустынной почвы». Антони ван Левенгук . 112 (6): 947–954. дои : 10.1007/s10482-019-01228-0 . ПМИД 30637538 . S2CID 58006833 .

[4] Ла Скола Б., Баррасси Л., Рауль Д. (2004). «Новая альфа-протеобактерия Nordella oligomobilis gen. nov., sp. nov., выделенная с использованием совместных амебных культур» . Рес Микробиол . 155 (1): 47–51. дои : 10.1016/j.resmic.2003.09.012 . ПМИД 14759708 .

[Liu-5] Jump up to: ^а ^б ^с Лю Ю.Л., Мэн Д., Ван Ф., Гун XF, Гу П.Ф., Фань XY, Ду ZJ, Цзоу Дж.Д., Ли Q (2021). « Propylenella binzhouense gen. nov., sp. nov., выделенная из активного ила, и предложение Propylenellaceae семейства nov.». Антони ван Левенгук . 114 (3): 225–233. дои : 10.1007/s10482-020-01514-2 . ПМИД 33400070 . S2CID 230665484 .

[6] Компакт-диск «Сислак» (2013). Новые термофильные бактерии, выделенные из морских гидротермальных источников (MSc). Портлендский государственный университет. дои : 10.15760/etd.1485 . 1486.

[LPSN-7] Эузеби Ж.П., Парте AC. « Гифомикробиалес » . Список названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN) . Проверено 15 мая 2021 г.

[pmid11375171-11] Деманеш С., Кей Э., Гурбьер Ф., Симоне П. (июнь 2001 г.). «Естественная трансформация Pseudomonas fluorescens и Agrobacterium tumefaciens в почве» . Прикладная и экологическая микробиология . 67 (6): 2617–21. Бибкод : 2001ApEnM..67.2617D . дои : 10.1128/АЕМ.67.6.2617-2621.2001 . ПМК 92915 . ПМИД 11375171 .

[pmid401866-12] О'Коннор М., Вопат А., Хэнсон Р.С. (январь 1977 г.). «Генетическая трансформация метилобактерий органофилум» . Журнал общей микробиологии . 98 (1): 265–72. дои : 10.1099/00221287-98-1-265 . ПМИД 401866 .

[13] Зунига-Сото Э., Маллинз Э., Дедикова Б. (2015). «Трансформация, опосредованная Ensifer: эффективный неагробактериальный протокол генетической модификации риса» . СпрингерПлюс . 4 : 600. дои : 10.1186/s40064-015-1369-9 . ПМЦ 4628045 . ПМИД 26543735 .

[pmid4538250-14] Райна Дж.Л., Моди В.В. (август 1972 г.). «Связывание и трансформация дезоксирибонуклеата у Rhizobium jpaonicum» . Журнал бактериологии . 111 (2): 356–60. дои : 10.1128/JB.111.2.356-360.1972 . ПМК 251290 . ПМИД 4538250 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ а ]

[ б ]

[ с ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]