Молекулярный узел

В химии молекулярный узел представляет собой механически взаимосвязанную молекулярную структуру , аналогичную макроскопическому узлу . ^[1] Естественно образующиеся молекулярные узлы встречаются в органических молекулах, таких как ДНК , РНК и белки . Нет уверенности в том, что естественные узлы являются эволюционно выгодными для нуклеиновых кислот или белков, хотя считается, что завязывание играет роль в структуре, стабильности и функции завязанных в узлы биологических молекул. ^[2] Механизм естественного образования узлов в молекулах и механизм, с помощью которого молекула стабилизируется или улучшается за счет завязывания, неоднозначны. ^[3] Изучение молекулярных узлов включает в себя формирование и применение как природных, так и химически синтезированных молекулярных узлов. Применение химической топологии и теории узлов к молекулярным узлам позволяет биологам лучше понять структуру и синтез узловатых органических молекул. ^[1]

Термин нотан был придуман Vögtle et al. в 2000 году для описания молекулярных узлов по аналогии с ротаксанами и катенанами , которые представляют собой другие механически взаимосвязанные молекулярные структуры. ^[1]^[4] Этот термин не получил широкого распространения среди химиков и не был принят ИЮПАК .

Молекулярные узлы естественного происхождения

Органические молекулы, содержащие узлы, могут относиться к категориям скользящих узлов или псевдоузлов. ^[2] Их не считают математическими узлами, потому что они не являются замкнутой кривой, а скорее узлом, который существует внутри линейной цепи с концами на каждом конце. Считается, что завязанные белки образуют молекулярные узлы во время процесса сворачивания их третичной структуры, а завязанные нуклеиновые кислоты обычно образуют молекулярные узлы во время геномной репликации и транскрипции. ^[6] хотя детали механизма завязывания продолжают оставаться спорными и неоднозначными. Молекулярное моделирование имеет фундаментальное значение для исследования механизмов молекулярного образования узлов.

Узловатая ДНК была впервые обнаружена Лю и соавт. в 1981 году в одноцепочечной кольцевой бактериальной ДНК, хотя было обнаружено, что двухцепочечная кольцевая ДНК также образует узлы. О естественно завязанной РНК пока не сообщалось. ^[7]

Идентифицирован ряд белков, содержащих встречающиеся в природе молекулярные узлы. Типы узлов, встречающиеся в белках в природе, — это $+3_{1},-3_{1},4_{1},-5_{2},$ и $+6_{1}$ узлы, как указано в базе данных KnotProt известных белков с узлами. ^[8]

Химически синтезированные молекулярные узлы

Сообщалось о нескольких синтетических молекулярных узлах. ^[9]^[10]^[11]^[12]^[13]^[14]^[15]

Кристаллическая структура контрспирального узла-трилистника, о которой сообщили Чжичан Лю и его коллеги в *Nat. Синтез.* **2023** , 2 , 17–25 ^[15]

Типы узлов, которые были успешно синтезированы в молекулах: $3_{1},4_{1},5_{1}$ и 8 ₁₉ узлов. Хотя $-5_{2}$ и $+6_{1}$ Было обнаружено, что узлы естественным образом возникают в завязанных молекулах, но они не были успешно синтезированы. Маломолекулярные композиционные узлы также пока не синтезированы. ^[7]

Успешно синтезированы искусственные ДНК, РНК и белковые узлы. ДНК является особенно полезной моделью синтеза синтетических узлов, поскольку структура естественным образом образует взаимосвязанные структуры, и ею можно легко манипулировать, образуя узлы. ^[16] точно контролируйте распутывание, необходимое для образования узлов. Молекулярные узлы часто синтезируются с помощью лигандов важнейших ионов металлов. ^[7]


Узел	Год	Ссылка
3 ₁	1989	^[17]^[18]
4 ₁	2014	^[19]^[18]
5 ₁	2012	^[20]^[18]^[21]
5 ₂	2020	^[22]^[18]^[23]
7 ₁	2020	^[24]^[18]
7 ₄	2021	^[25]^[26]
8 ₁₈	2018	^[27]^[18]
8 ₁₉	2017	^[28]^[18]^[29]

История

Первым исследователем, предположившим существование молекулярного узла в белке, была Джейн Ричардсон в 1977 году, которая сообщила, что карбоангидраза B (CAB) продемонстрировала явное завязывание во время своего исследования топологического поведения различных белков. ^[30] Однако исследователем, который обычно приписывают открытие первого узловатого белка, является Марк. Л. Мэнсфилдом в 1994 году, так как он первым специально исследовал возникновение узлов в белках и подтвердил существование узла-трилистника в CAB. Узловатая ДНК была впервые обнаружена Лю и соавт. в 1981 году в одноцепочечной кольцевой бактериальной ДНК, хотя было обнаружено, что двухцепочечная кольцевая ДНК также образует узлы. ^[31]

В 1989 году Соваж и его коллеги сообщили о первой синтетической узловатой молекуле: трилистнике, синтезированном посредством комплекса двойной спирали с помощью ионов Cu+. ^[17]

Фогтл и др. был первым, кто описал молекулярные узлы как нотаны в 2000 году. ^[1] Также в 2000 году Уильям Тейлор создал альтернативный вычислительный метод для анализа завязывания белков, который устанавливал концы в фиксированной точке, достаточно далекой от завязанного компонента молекулы, чтобы можно было четко определить тип узла. В этом исследовании Тейлор обнаружил глубокую $4_{1}$ узел в белке. ^[32] Этим исследованием Тейлор подтвердил существование белков с глубокими узлами.

В 2007 году Эрик Йейтс сообщил об обнаружении молекулярного скользящего узла, когда молекула содержит завязанные подцепи, хотя их основная цепь в целом не завязана и не содержит полностью завязанных структур, которые легко обнаружить с помощью вычислительных моделей. ^[33] Математически скользящие узлы трудно анализировать, поскольку они не распознаются при исследовании всей структуры.

Узел пятилистника , приготовленный с использованием динамической ковалентной химии, был синтезирован Ayme et al. в 2012 году, который на тот момент был самым сложным молекулярным узлом, не связанным с ДНК, из когда-либо созданных. ^[20] Позже в 2016 году также сообщалось о полностью органическом узле пятилистника, включая самое первое использование молекулярного узла для аллостерического регулирования катализа. ^[34] 8 ₁₉ синтезировала узел В январе 2017 года группа Дэвида Ли , что сделало узел 8 ₁₉ самым сложным синтезированным молекулярным узлом. ^[28]

Важным достижением в теории узлов является учет внутрицепочечных контактов внутри запутанной молекулярной цепи. Топология схемы возникла как структура топологии, которая формализует расположение контактов, а также пересечение цепей в сложенной линейной цепи. В качестве дополнительного подхода, Колин Адамс. и др. разработали теорию сингулярных узлов, применимую к свернутым линейным цепям с внутримолекулярными взаимодействиями. ^[35]

Приложения

Многие синтетические молекулярные узлы имеют отчетливую шаровидную форму и размеры, что делает их потенциальными строительными блоками в нанотехнологиях .

См. также

Топология цепи свернутых линейных молекул
Супрамолекулярная химия
Завязанный белок
Узловатые полимеры
Топология (химия)
Теория узлов
Молекулярные кольца Борромео

Ссылки

^ Jump up to: Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д Лукин Олег; Фёгтле, Фриц (25 февраля 2005 г.). «Завязывание и пронизывание молекул: химия и хиральность молекулярных узлов и их агрегатов». Angewandte Chemie, международное издание . 44 (10): 1456–1477. дои : 10.1002/anie.200460312 . ПМИД 15704147 .
^ Jump up to: Перейти обратно: ^а ^б Лим, Николь Ч.; Джексон, Софи Э. (20 августа 2015 г.). «Молекулярные узлы в биологии и химии» . Физический журнал: конденсированное вещество . 27 (35): 354101. Бибкод : 2015JPCM...27I4101L . дои : 10.1088/0953-8984/27/35/354101 . ISSN 0953-8984 . ПМИД 26291690 .
^ Сюй, Ян; Ли, Шиксин; Ян, Цзэншуай; Ло, Чжэнь; Рен, Хао; Гэ, Баошэн; Хуан, Фанг; Юэ, Тонгтао (06 ноября 2018 г.). «Стабилизирующее влияние собственных узлов на белки, выявленное с помощью молекулярно-динамического моделирования» . Биофизический журнал . 115 (9): 1681–1689. Бибкод : 2018BpJ...115.1681X . дои : 10.1016/j.bpj.2018.09.015 . ISSN 0006-3495 . ПМК 6225051 . ПМИД 30314655 .
^ Сафаровский О, Нигер М, Фрелих Р, Фёгтле Ф (2000). «Молекулярный узел с двенадцатью амидными группами - одностадийный синтез, кристаллическая структура, хиральность». Angewandte Chemie, международное издание . 39 (9): 1616–1618. doi : 10.1002/(SICI)1521-3773(20000502)39:9<1616::AID-ANIE1616>3.0.CO;2-Y . ПМИД 10820452 .
^ Альбрехт-Гэри, AM; Мейер, М.; Дитрих-Бучекер, Колорадо; Соваж, JP; Гильем, Дж.; Паскар, К. (2 сентября 2010 г.). «Узлы трилистника димеди (I): кинетические исследования деметаллизации и молекулярные структуры». Recueil des Travaux Chimiques des Pays-Bas . 112 (6): 427–428. дои : 10.1002/recl.19931120622 .
^ Ци, Сяодун; Чжан, Фэй; Су, Чжаомин; Цзян, Шуосин; Хан, Донгран; Дин, Баоцюань; Лю, Ян; Чиу, Вау; Инь, Пэн; Ян, Хао (2 ноября 2018 г.). «Программирование молекулярных топологий из одноцепочечных нуклеиновых кислот» . Природные коммуникации . 9 (1): 4579. Бибкод : 2018NatCo...9.4579Q . дои : 10.1038/s41467-018-07039-7 . ISSN 2041-1723 . ПМК 6214983 . ПМИД 30389935 .
^ Jump up to: Перейти обратно: ^а ^б ^с Филден, Стивен Д. П.; Ли, Дэвид А.; Уолтеринг, Штеффен Л. (4 сентября 2017 г.). «Молекулярные узлы» . Angewandte Chemie, международное издание . 56 (37): 11166–11194. дои : 10.1002/anie.201702531 . ISSN 1433-7851 . ПМЦ 5582600 . ПМИД 28477423 .
^ Джамроз, Михал; Немышка, Ванда; Родон, Эрик Дж.; Стасяк, Анджей; Миллетт, Кеннет К.; Сулковский, Петр; Сулковска, Иоанна И. (28 января 2015 г.). «KnotProt: база данных белков с узлами и скользящими узлами» . Исследования нуклеиновых кислот . 43 (Проблема с базой данных): D306–D314. дои : 10.1093/nar/gku1059 . ISSN 0305-1048 . ПМК 4383900 . ПМИД 25361973 .
^ Эштон, Питер Р.; Мэтьюз, Оуэн А.; Менцер, Стефан; Раймо, Франсиско М.; Спенсер, Нил; Стоддарт, Дж. Фрейзер; Уильямс, Дэвид Дж. (декабрь 1997 г.). «Молекулярный конструктор, 27. Направленный на шаблон синтез молекулярного узла-трилистника». Либигс Аннален . 1997 (12): 2485–2494. дои : 10.1002/jlac.199719971210 .
^ Рапенн, Гвенаэль; Дитрих-Бушекер и Жан-Пьер Соваж *, Кристиан; Соваж, Жан-Пьер (февраль 1999 г.). «Синтез молекулярных узлов, содержащих два тетраэдрических или октаэдрических координационных центра, с использованием шаблонов меди (I) или железа (II)». Журнал Американского химического общества . 121 (5): 1002–1015. дои : 10.1021/ja982239+ .
^ Фейгель, Мартин; Ладберг, Рюдигер; Энгельс, Симон; Хербст-Ирмер, Регина; Фрелих, Роланд (25 августа 2006 г.). «Узел-трилистник из аминокислот и стероидов». Международное издание «Прикладная химия» . 45 (34): 5698–5702. дои : 10.1002/anie.200601111 . ПМИД 16856201 .
^ Го, Цзюнь; Майерс, Пол С.; Бро, Глория А.; Хантер, Кристофер А. (7 февраля 2010 г.). «Синтез молекулярного узла-трилистника путем складывания и замыкания октаэдрического координационного шаблона». Природная химия . 2 (3): 218–222. Бибкод : 2010НатЧ...2..218Г . дои : 10.1038/nchem.544 . ПМИД 21124480 .
^ Барран, Пердита Э.; Коул, Харриет Л.; Голдуп, Стивен М.; Ли, Дэвид А.; МакГонигал, Пол Р.; Саймс, Марк Д.; Ву, Джени; Зегерле, Майкл (16 декабря 2011 г.). «Синтез молекулярного узла-трилистника на основе активного металла». Angewandte Chemie, международное издание . 50 (51): 12280–12284. дои : 10.1002/anie.201105012 . ПМИД 21919173 .
^ Карина, Риккардо Ф.; Дитрих-Бучекер, Кристиана; Соваж, Жан-Пьер (январь 1996 г.). «Молекулярные композитные узлы». Журнал Американского химического общества . 118 (38): 9110–9116. дои : 10.1021/ja961459p .
^ Jump up to: Перейти обратно: ^а ^б Ву, Л; Тан, М; Цзян, Л; Чен, Ю; Биан, Л; Лю, Дж; Ван, С; Лян, Ю; Лю, Z (2023). «Синтез контрспиральных узлов-трилистника с механически настраиваемыми свойствами спин-кроссовера». Синтез природы . 2 : 17–25. дои : 10.1038/s44160-022-00173-7 . ISSN 2468-5194 . S2CID 253054404 .
^ Соваж, Жан-Пьер; Амабилино, Дэвид Б. (2012), «Шаблонный синтез узлов и равелов», Супрамолекулярная химия , Американское онкологическое общество, номер документа : 10.1002/9780470661345.smc085 , ISBN 978-0-470-66134-5
^ Jump up to: Перейти обратно: ^а ^б Дитрих-Бучекер, Кристиана О.; Соваж, Жан-Пьер (1989). «Синтетический молекулярный узел-трилистник». Angewandte Chemie International Edition на английском языке . 28 (2): 189–192. дои : 10.1002/anie.198901891 . ISSN 1521-3773 .
^ Jump up to: Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж ^г Шауфельбергер, Фредрик (04 декабря 2020 г.). «Открытые вопросы функциональной молекулярной топологии» . Химия связи . 3 (1): 182. дои : 10.1038/s42004-020-00433-7 . ISSN 2399-3669 . ПМЦ 9814244 . ПМИД 36703419 .
^ Поннусвами, Нандини; Куньон, Фабьен Б.Л.; Пантош, Г. Дэн; Сандерс, Джереми К.М. (11 июня 2014 г.). «Гомохиральные и мезоузлы в виде восьмерки и Соломоново звено» . Журнал Американского химического общества . 136 (23): 8243–8251. дои : 10.1021/ja4125884 . ISSN 0002-7863 . ПМИД 24831779 .
^ Jump up to: Перейти обратно: ^а ^б Эм, Жан-Франсуа; Бевес, Джонатон Э.; Ли, Дэвид А.; Макберни, Рой Т.; Риссанен, Кари; Шульц, Дэвид (6 ноября 2011 г.). «Синтетический молекулярный узел пятилистника». Природная химия . 4 (1): 15–20. Бибкод : 2012НатЧ...4...15А . дои : 10.1038/nchem.1193 . ПМИД 22169866 .
^ «Связывание молекул в узлы» . www.catenane.net . Проверено 03 декабря 2023 г.
^ Ли, Дэвид А.; Шауфельбергер, Фредрик; Пирву, Люциан; Стенлид, Йоаким Халлдин; Август, Дэвид П.; Сегар, Жюльен (27 августа 2020 г.). «Завязывание разных узлов в молекулярной нити» . Природа . 584 (7822): 562–568. дои : 10.1038/s41586-020-2614-0 . ISSN 0028-0836 . ПМИД 32848222 . S2CID 221346706 .
^ «Молекулярный узел 5-2» . www.catenane.net . Проверено 03 декабря 2023 г.
^ Иномата, Юки; Савада, Томохиса; Фудзита, Макото (январь 2020 г.). «Металло-пептидные торические узлы из гибких коротких пептидов» . Хим . 6 (1): 294–303. дои : 10.1016/j.chempr.2019.12.009 . S2CID 213401688 .
^ Ли, Дэвид А.; Данон, Джонатан Дж.; Филден, Стивен Д. П.; Лемонье, Жан-Франсуа; Уайтхед, Джордж Ф.С.; Уолтеринг, Штеффен Л. (февраль 2021 г.). «Молекулярный бесконечный (74) узел» . Природная химия . 13 (2): 117–122. дои : 10.1038/s41557-020-00594-x . ISSN 1755-4330 . ПМИД 33318672 . S2CID 229163544 .
^ «Бесконечный узел» . www.catenane.net . Проверено 03 декабря 2023 г.
^ Ким, Дон Хван; Сингх, Нем; О, Джихун; Ким, Ын-Хи; Юнг, Джэхун; Ким, Хёнук; Чи, Ки-Ван (14 мая 2018 г.). «Координационная самосборка молекулярного узла, состоящего из шестнадцати пересечений» . Angewandte Chemie, международное издание . 57 (20): 5669–5673. дои : 10.1002/anie.201800638 . ISSN 1433-7851 . ПМИД 29569315 .
^ Jump up to: Перейти обратно: ^а ^б Данон, Джонатан Дж.; Крюгер, Аннеке; Ли, Дэвид А.; Лемонье, Жан-Франсуа; Стивенс, Александр Дж.; Виторика-Ирезабал, Иньиго Х.; Уолтеринг, Штеффен Л. (13 января 2017 г.). «Плетение молекулярного узла с восемью перекрещиваниями» . Наука . 355 (6321): 159–162. Бибкод : 2017Sci...355..159D . дои : 10.1126/science.aal1619 . ISSN 0036-8075 . ПМИД 28082585 . S2CID 206654419 .
^ «Синтетический молекулярный узел 819» . www.catenane.net . Проверено 03 декабря 2023 г.
^ Ричардсон, Джейн С. (август 1977 г.). «Топология β-листа и родство белков». Природа . 268 (5620): 495–500. Бибкод : 1977Natur.268..495R . дои : 10.1038/268495a0 . ISSN 1476-4687 . ПМИД 329147 . S2CID 4287690 .
^ Лю, Л.Ф.; Дэвис, Дж. Л.; Календарь, Р (25 августа 1981 г.). «Новая топологически завязанная ДНК из капсидов бактериофага P4: исследования ДНК-топоизомераз» . Исследования нуклеиновых кислот . 9 (16): 3979–3989. дои : 10.1093/нар/9.16.3979 . ISSN 0305-1048 . ПМК 327409 . ПМИД 6272191 .
^ Фаиска, Патрисия ФН (01 января 2015 г.). «Завязанные белки: запутанная история структурной биологии» . Журнал вычислительной и структурной биотехнологии . 13 : 459–468. дои : 10.1016/j.csbj.2015.08.003 . ISSN 2001-0370 . ПМК 4556803 . ПМИД 26380658 .
^ Кинг, Нил П.; Йейтс, Эрик О.; Йейтс, Тодд О. (12 октября 2007 г.). «Идентификация редких скользящих узлов в белках и их влияние на стабильность и сворачивание». Журнал молекулярной биологии . 373 (1): 153–166. дои : 10.1016/j.jmb.2007.07.042 . ISSN 0022-2836 . ПМИД 17764691 .
^ Маркос, Ванеса; Стивенс, Александр Дж.; Харамильо-Гарсия, Хавьер; Нуссбаумер, Алина Л.; Уолтеринг, Штеффен Л.; Валеро, Альберто; Лемонье, Жан-Франсуа; Виторика-Ирезабал, Иньиго Х.; Ли, Дэвид А. (24 июня 2016 г.). «Аллостерическое инициирование и регуляция катализа молекулярным узлом» . Наука . 352 (6293): 1555–1559. Бибкод : 2016Sci...352.1555M . doi : 10.1126/science.aaf3673 . ISSN 0036-8075 . ПМИД 27339983 . S2CID 206647890 .
^ Колин Адамс, Джуда Девадосс, Мохамед Эльхамдади и Алиреза Машаги, Теория узлов для белков: коды Гаусса, квандлы и связи. Журнал математической химии, том 58, страницы 1711–1736 (2020)

Внешние ссылки

«KnotProt 2.0: База данных белков с узлами и скользящими узлами» . nodeprot.cent.uw.edu.pl .

[:1-1] Jump up to: Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д Лукин Олег; Фёгтле, Фриц (25 февраля 2005 г.). «Завязывание и пронизывание молекул: химия и хиральность молекулярных узлов и их агрегатов». Angewandte Chemie, международное издание . 44 (10): 1456–1477. дои : 10.1002/anie.200460312 . ПМИД 15704147 .

[:0-2] Jump up to: Перейти обратно: ^а ^б Лим, Николь Ч.; Джексон, Софи Э. (20 августа 2015 г.). «Молекулярные узлы в биологии и химии» . Физический журнал: конденсированное вещество . 27 (35): 354101. Бибкод : 2015JPCM...27I4101L . дои : 10.1088/0953-8984/27/35/354101 . ISSN 0953-8984 . ПМИД 26291690 .

[3] Сюй, Ян; Ли, Шиксин; Ян, Цзэншуай; Ло, Чжэнь; Рен, Хао; Гэ, Баошэн; Хуан, Фанг; Юэ, Тонгтао (06 ноября 2018 г.). «Стабилизирующее влияние собственных узлов на белки, выявленное с помощью молекулярно-динамического моделирования» . Биофизический журнал . 115 (9): 1681–1689. Бибкод : 2018BpJ...115.1681X . дои : 10.1016/j.bpj.2018.09.015 . ISSN 0006-3495 . ПМК 6225051 . ПМИД 30314655 .

[4] Сафаровский О, Нигер М, Фрелих Р, Фёгтле Ф (2000). «Молекулярный узел с двенадцатью амидными группами - одностадийный синтез, кристаллическая структура, хиральность». Angewandte Chemie, международное издание . 39 (9): 1616–1618. doi : 10.1002/(SICI)1521-3773(20000502)39:9<1616::AID-ANIE1616>3.0.CO;2-Y . ПМИД 10820452 .

[5] Альбрехт-Гэри, AM; Мейер, М.; Дитрих-Бучекер, Колорадо; Соваж, JP; Гильем, Дж.; Паскар, К. (2 сентября 2010 г.). «Узлы трилистника димеди (I): кинетические исследования деметаллизации и молекулярные структуры». Recueil des Travaux Chimiques des Pays-Bas . 112 (6): 427–428. дои : 10.1002/recl.19931120622 .

[6] Ци, Сяодун; Чжан, Фэй; Су, Чжаомин; Цзян, Шуосин; Хан, Донгран; Дин, Баоцюань; Лю, Ян; Чиу, Вау; Инь, Пэн; Ян, Хао (2 ноября 2018 г.). «Программирование молекулярных топологий из одноцепочечных нуклеиновых кислот» . Природные коммуникации . 9 (1): 4579. Бибкод : 2018NatCo...9.4579Q . дои : 10.1038/s41467-018-07039-7 . ISSN 2041-1723 . ПМК 6214983 . ПМИД 30389935 .

[:2-7] Jump up to: Перейти обратно: ^а ^б ^с Филден, Стивен Д. П.; Ли, Дэвид А.; Уолтеринг, Штеффен Л. (4 сентября 2017 г.). «Молекулярные узлы» . Angewandte Chemie, международное издание . 56 (37): 11166–11194. дои : 10.1002/anie.201702531 . ISSN 1433-7851 . ПМЦ 5582600 . ПМИД 28477423 .

[8] Джамроз, Михал; Немышка, Ванда; Родон, Эрик Дж.; Стасяк, Анджей; Миллетт, Кеннет К.; Сулковский, Петр; Сулковска, Иоанна И. (28 января 2015 г.). «KnotProt: база данных белков с узлами и скользящими узлами» . Исследования нуклеиновых кислот . 43 (Проблема с базой данных): D306–D314. дои : 10.1093/nar/gku1059 . ISSN 0305-1048 . ПМК 4383900 . ПМИД 25361973 .

[9] Эштон, Питер Р.; Мэтьюз, Оуэн А.; Менцер, Стефан; Раймо, Франсиско М.; Спенсер, Нил; Стоддарт, Дж. Фрейзер; Уильямс, Дэвид Дж. (декабрь 1997 г.). «Молекулярный конструктор, 27. Направленный на шаблон синтез молекулярного узла-трилистника». Либигс Аннален . 1997 (12): 2485–2494. дои : 10.1002/jlac.199719971210 .

[10] Рапенн, Гвенаэль; Дитрих-Бушекер и Жан-Пьер Соваж *, Кристиан; Соваж, Жан-Пьер (февраль 1999 г.). «Синтез молекулярных узлов, содержащих два тетраэдрических или октаэдрических координационных центра, с использованием шаблонов меди (I) или железа (II)». Журнал Американского химического общества . 121 (5): 1002–1015. дои : 10.1021/ja982239+ .

[11] Фейгель, Мартин; Ладберг, Рюдигер; Энгельс, Симон; Хербст-Ирмер, Регина; Фрелих, Роланд (25 августа 2006 г.). «Узел-трилистник из аминокислот и стероидов». Международное издание «Прикладная химия» . 45 (34): 5698–5702. дои : 10.1002/anie.200601111 . ПМИД 16856201 .

[12] Го, Цзюнь; Майерс, Пол С.; Бро, Глория А.; Хантер, Кристофер А. (7 февраля 2010 г.). «Синтез молекулярного узла-трилистника путем складывания и замыкания октаэдрического координационного шаблона». Природная химия . 2 (3): 218–222. Бибкод : 2010НатЧ...2..218Г . дои : 10.1038/nchem.544 . ПМИД 21124480 .

[13] Барран, Пердита Э.; Коул, Харриет Л.; Голдуп, Стивен М.; Ли, Дэвид А.; МакГонигал, Пол Р.; Саймс, Марк Д.; Ву, Джени; Зегерле, Майкл (16 декабря 2011 г.). «Синтез молекулярного узла-трилистника на основе активного металла». Angewandte Chemie, международное издание . 50 (51): 12280–12284. дои : 10.1002/anie.201105012 . ПМИД 21919173 .

[14] Карина, Риккардо Ф.; Дитрих-Бучекер, Кристиана; Соваж, Жан-Пьер (январь 1996 г.). «Молекулярные композитные узлы». Журнал Американского химического общества . 118 (38): 9110–9116. дои : 10.1021/ja961459p .

[Liu2022-2-15] Jump up to: Перейти обратно: ^а ^б Ву, Л; Тан, М; Цзян, Л; Чен, Ю; Биан, Л; Лю, Дж; Ван, С; Лян, Ю; Лю, Z (2023). «Синтез контрспиральных узлов-трилистника с механически настраиваемыми свойствами спин-кроссовера». Синтез природы . 2 : 17–25. дои : 10.1038/s44160-022-00173-7 . ISSN 2468-5194 . S2CID 253054404 .

[16] Соваж, Жан-Пьер; Амабилино, Дэвид Б. (2012), «Шаблонный синтез узлов и равелов», Супрамолекулярная химия , Американское онкологическое общество, номер документа : 10.1002/9780470661345.smc085 , ISBN 978-0-470-66134-5

[:3-17] Jump up to: Перейти обратно: ^а ^б Дитрих-Бучекер, Кристиана О.; Соваж, Жан-Пьер (1989). «Синтетический молекулярный узел-трилистник». Angewandte Chemie International Edition на английском языке . 28 (2): 189–192. дои : 10.1002/anie.198901891 . ISSN 1521-3773 .

[:4-18] Jump up to: Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж ^г Шауфельбергер, Фредрик (04 декабря 2020 г.). «Открытые вопросы функциональной молекулярной топологии» . Химия связи . 3 (1): 182. дои : 10.1038/s42004-020-00433-7 . ISSN 2399-3669 . ПМЦ 9814244 . ПМИД 36703419 .

[19] Поннусвами, Нандини; Куньон, Фабьен Б.Л.; Пантош, Г. Дэн; Сандерс, Джереми К.М. (11 июня 2014 г.). «Гомохиральные и мезоузлы в виде восьмерки и Соломоново звено» . Журнал Американского химического общества . 136 (23): 8243–8251. дои : 10.1021/ja4125884 . ISSN 0002-7863 . ПМИД 24831779 .

[:5-20] Jump up to: Перейти обратно: ^а ^б Эм, Жан-Франсуа; Бевес, Джонатон Э.; Ли, Дэвид А.; Макберни, Рой Т.; Риссанен, Кари; Шульц, Дэвид (6 ноября 2011 г.). «Синтетический молекулярный узел пятилистника». Природная химия . 4 (1): 15–20. Бибкод : 2012НатЧ...4...15А . дои : 10.1038/nchem.1193 . ПМИД 22169866 .

[21] «Связывание молекул в узлы» . www.catenane.net . Проверено 03 декабря 2023 г.

[22] Ли, Дэвид А.; Шауфельбергер, Фредрик; Пирву, Люциан; Стенлид, Йоаким Халлдин; Август, Дэвид П.; Сегар, Жюльен (27 августа 2020 г.). «Завязывание разных узлов в молекулярной нити» . Природа . 584 (7822): 562–568. дои : 10.1038/s41586-020-2614-0 . ISSN 0028-0836 . ПМИД 32848222 . S2CID 221346706 .

[23] «Молекулярный узел 5-2» . www.catenane.net . Проверено 03 декабря 2023 г.

[24] Иномата, Юки; Савада, Томохиса; Фудзита, Макото (январь 2020 г.). «Металло-пептидные торические узлы из гибких коротких пептидов» . Хим . 6 (1): 294–303. дои : 10.1016/j.chempr.2019.12.009 . S2CID 213401688 .

[25] Ли, Дэвид А.; Данон, Джонатан Дж.; Филден, Стивен Д. П.; Лемонье, Жан-Франсуа; Уайтхед, Джордж Ф.С.; Уолтеринг, Штеффен Л. (февраль 2021 г.). «Молекулярный бесконечный (74) узел» . Природная химия . 13 (2): 117–122. дои : 10.1038/s41557-020-00594-x . ISSN 1755-4330 . ПМИД 33318672 . S2CID 229163544 .

[26] «Бесконечный узел» . www.catenane.net . Проверено 03 декабря 2023 г.

[27] Ким, Дон Хван; Сингх, Нем; О, Джихун; Ким, Ын-Хи; Юнг, Джэхун; Ким, Хёнук; Чи, Ки-Ван (14 мая 2018 г.). «Координационная самосборка молекулярного узла, состоящего из шестнадцати пересечений» . Angewandte Chemie, международное издание . 57 (20): 5669–5673. дои : 10.1002/anie.201800638 . ISSN 1433-7851 . ПМИД 29569315 .

[:6-28] Jump up to: Перейти обратно: ^а ^б Данон, Джонатан Дж.; Крюгер, Аннеке; Ли, Дэвид А.; Лемонье, Жан-Франсуа; Стивенс, Александр Дж.; Виторика-Ирезабал, Иньиго Х.; Уолтеринг, Штеффен Л. (13 января 2017 г.). «Плетение молекулярного узла с восемью перекрещиваниями» . Наука . 355 (6321): 159–162. Бибкод : 2017Sci...355..159D . дои : 10.1126/science.aal1619 . ISSN 0036-8075 . ПМИД 28082585 . S2CID 206654419 .

[29] «Синтетический молекулярный узел 819» . www.catenane.net . Проверено 03 декабря 2023 г.

[30] Ричардсон, Джейн С. (август 1977 г.). «Топология β-листа и родство белков». Природа . 268 (5620): 495–500. Бибкод : 1977Natur.268..495R . дои : 10.1038/268495a0 . ISSN 1476-4687 . ПМИД 329147 . S2CID 4287690 .

[31] Лю, Л.Ф.; Дэвис, Дж. Л.; Календарь, Р (25 августа 1981 г.). «Новая топологически завязанная ДНК из капсидов бактериофага P4: исследования ДНК-топоизомераз» . Исследования нуклеиновых кислот . 9 (16): 3979–3989. дои : 10.1093/нар/9.16.3979 . ISSN 0305-1048 . ПМК 327409 . ПМИД 6272191 .

[32] Фаиска, Патрисия ФН (01 января 2015 г.). «Завязанные белки: запутанная история структурной биологии» . Журнал вычислительной и структурной биотехнологии . 13 : 459–468. дои : 10.1016/j.csbj.2015.08.003 . ISSN 2001-0370 . ПМК 4556803 . ПМИД 26380658 .

[33] Кинг, Нил П.; Йейтс, Эрик О.; Йейтс, Тодд О. (12 октября 2007 г.). «Идентификация редких скользящих узлов в белках и их влияние на стабильность и сворачивание». Журнал молекулярной биологии . 373 (1): 153–166. дои : 10.1016/j.jmb.2007.07.042 . ISSN 0022-2836 . ПМИД 17764691 .

[34] Маркос, Ванеса; Стивенс, Александр Дж.; Харамильо-Гарсия, Хавьер; Нуссбаумер, Алина Л.; Уолтеринг, Штеффен Л.; Валеро, Альберто; Лемонье, Жан-Франсуа; Виторика-Ирезабал, Иньиго Х.; Ли, Дэвид А. (24 июня 2016 г.). «Аллостерическое инициирование и регуляция катализа молекулярным узлом» . Наука . 352 (6293): 1555–1559. Бибкод : 2016Sci...352.1555M . doi : 10.1126/science.aaf3673 . ISSN 0036-8075 . ПМИД 27339983 . S2CID 206647890 .

[35] Колин Адамс, Джуда Девадосс, Мохамед Эльхамдади и Алиреза Машаги, Теория узлов для белков: коды Гаусса, квандлы и связи. Журнал математической химии, том 58, страницы 1711–1736 (2020)

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]

[15]

[16]

[17]

[18]

[19]

[20]

[21]

[22]

[23]

[24]

[25]

[26]

[27]

[28]

[29]

[30]

[31]

[32]

[33]

[34]

[35]