Чаба Пал
Чаба Пал | |
---|---|
![]() Пал в 2009 году | |
Рожденный | Будапешт , Венгрия | 27 марта 1975 г.
Образование | Университет Этвёша Лоранда (доктор философии) |
Альма-матер | Венгерская академия наук (доктор наук) |
Занятие | Биолог |
Работодатель | Биологический исследовательский центр |
Награды |
|
Веб-сайт | http://group.szbk.u-szeged.hu/sysbiol/pal-csaba-lab-index.html |
Чаба Пал (венгерский: Пал [ˈpaːl] Чаба [ˈt͡ʃɒbɒ]; родился 27 марта 1975 г.) [ 6 ] [ 7 ] — венгерский биолог из Центра биологических исследований (BRC). [ 8 ] в Сегеде, Венгрия . Его лаборатория является частью отдела синтетической и системной биологии BRC. [ 9 ] [ 10 ] Его исследования находятся на стыке эволюции , устойчивости к антибиотикам и генной инженерии. [ 11 ] [ 5 ] и опубликовал более 80 научных публикаций в этих областях. [ 12 ] [ 13 ]
Образование
[ редактировать ]Чаба Пал получил степень магистра биологии в Университете Этвеша Лоранда в Будапеште в 1998 году. [ 7 ] [ 14 ] Четыре года спустя он получил степень доктора философии в Этвеша Лоранда Университете в Будапеште в 2002 году. [ 7 ] [ 14 ] В 2018 году получил степень доктора наук Венгерской академии наук . [ 7 ] Чаба Пал провел несколько лет за границей, получая стипендию. У него была возможность проводить исследования в Бате . [ 15 ] Оксфорд , Гейдельберг и Италия . [ 7 ] [ 14 ] До своего возвращения в Венгрию в 2008 году он работал приглашенным учёным в Университете Тренто . [ 7 ] [ 14 ] В 2023 году Чаба Пал стал членом-корреспондентом Венгерской академии наук .
Карьера и исследования
[ редактировать ]Чаба Пал занимается фундаментальными и прикладными проблемами эволюции геномных сетей и устойчивости к антибиотикам . [ 11 ] Для достижения этих целей он разрабатывает методы в системной биологии , компьютерном метаболическом моделировании и геномной инженерии .
Эволюция генома
[ редактировать ]В 2001 году Чаба Пал и его коллеги продемонстрировали, что высокоэкспрессированные гены у дрожжей развиваются медленно. [ 16 ] Позже они утверждали, что на скорость эволюции белка . преимущественно влияет уровень его экспрессии, а не функциональная значимость Это исследование способствовало парадигматическому сдвигу в области эволюции белков . [ 17 ] [ 18 ] Балаж Папп, Чаба Пал и Лоуренс Херст изучали молекулярные механизмы, лежащие в основе чувствительности к дозировке . [ 19 ] Они специально проверили то, что сейчас известно как гипотеза баланса доз. [ 20 ] Гипотеза предлагает синтез по, казалось бы, несвязанным проблемам, таким как эволюция доминирования , дупликация генов и коэволюция белкового комплекса субъединиц . В 2007 году Пал и его коллеги продемонстрировали, что антагонистическая коэволюция с паразитами оказывает большое влияние на эволюцию скорости бактериальных мутаций . [ 21 ] В этой статье показано, как биотические взаимодействия влияют на эволюцию скорости мутаций .
Совсем недавно лаборатория Пала исследовала последствия компенсаторной адаптации на эволюцию содержания генов . [ 22 ] Хорошо известно, что, хотя основные клеточные процессы обычно сохраняются в ходе эволюции , лежащие в их основе гены несколько различаются у родственных видов. Они продемонстрировали, что потеря генов инициирует адаптивные геномные изменения, которые быстро восстанавливают приспособленность , но этот процесс оказывает существенное плейотропное воздействие на клеточную физиологию и способность к эволюции при изменении окружающей среды . [ 22 ]
Эволюция сети
[ редактировать ]Лаборатория Пала также внесла свой вклад в зарождающуюся область эволюционной системной биологии . [ 23 ] Их исследования были сосредоточены на понимании степени предсказуемости эволюции на молекулярном уровне. в масштабе генома Используя моделирование метаболических сетей в сочетании с экспериментальными инструментами, они изучили ключевые вопросы эволюции , такие как мутационная устойчивость , [ 24 ] горизонтальный перенос генов , [ 25 ] редукция генома , [ 26 ] эпистаз , [ 27 ] [ 28 ] беспорядочные ферментативные реакции , [ 29 ] и сложные адаптации. [ 30 ]
Устойчивость к антибиотикам
[ редактировать ]Лаборатория Чабы Пала в настоящее время изучает проблему устойчивости к антибиотикам . Объединив лабораторную эволюцию , секвенирование генома и функциональный анализ , они составили карту эволюционных компромиссов между антибиотиками . Они обнаружили, что мутации множественной лекарственной устойчивости у бактерий одновременно повышают чувствительность ко многим другим, не связанным с ними лекарствам (побочная чувствительность), и исследовали лежащие в их основе молекулярные механизмы. [ 31 ]
Геномная инженерия
[ редактировать ]Наконец, лаборатория Пала является сторонником развивающейся области эволюционной геномной инженерии . [ 32 ] [ 33 ] Геномная инженерия позволяет модифицировать определенные участки генома направленным и комбинаторным образом, а также позволяет изучать основные эволюционные проблемы, в которых естественные генетические вариации ограничены или предвзяты. Однако существующие инструменты были оптимизированы для нескольких штаммов лабораторных моделей , что приводит к накоплению многочисленных нежелательных, нецелевых модификаций и требует обширной модификации генома хозяина перед крупномасштабным редактированием. Лаборатория Pal представила простое универсальное решение. [ 34 ] [ 35 ] Этот метод уникален, поскольку позволяет систематически сравнивать мутационные эффекты и эпистаз среди широкого спектра видов бактерий.
Награды и почести
[ редактировать ]Чаба Пал получил несколько отечественных и международных наград, в том числе Премию Игнаца Либена (2009 г.), [ 36 ] [ циклическая ссылка ] [ 37 ] Премия «Таланты Сент-Дьёрдьи» (2014), [ 1 ] и премия Бояи (2015). [ 38 ] [ 39 ] [ 40 ] [ 41 ] В 2016 году Чаба Пал стал членом Academia Europaea . [ 2 ] В 2017 году он был выбран членом EMBO ( Европейской организации молекулярной биологии ). [ 3 ] [ 4 ] а в 2018 году стал членом FEMS. ( Федерация европейских микробиологических обществ ) [ 5 ] В 2021 году Чаба получил академическую премию. [ 42 ] а в 2023 году он был избран членом-корреспондентом Венгерской академии наук. [ 43 ] [ 44 ]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Перейти обратно: а б «Премия талантов Сент-Дьёрдьи» . www.nobel-szeged.hu . Архивировано из оригинала 29 января 2020 года . Проверено 29 января 2020 г.
- ^ Перейти обратно: а б «Академия Европы: П%Ц 3%А 1 л Чаба» . www.ae-info.org . Проверено 28 января 2020 г.
- ^ Перейти обратно: а б Юкич, Игорь. «EMBO приветствует 65 новых членов» . ЭМБО . Архивировано из оригинала 19 июня 2017 года . Проверено 16 июня 2017 г.
- ^ Перейти обратно: а б «Найдите людей в сообществах EMBO» . People.embo.org . Проверено 28 января 2020 г.
- ^ Перейти обратно: а б с «Эксперт FEMS: доктор Чаба Пал» . ФЕМС . Проверено 29 января 2020 г.
- ^ "BRC Чаба ПАЛ, доктор наук" . www.brc.hu. Проверено 29 января 2020 г. [ постоянная мертвая ссылка ]
- ^ Перейти обратно: а б с д и ж "BRC Csaba PAL CV" (PDF) . Архивировано из оригинала (PDF) 29 января . Получено 29 января.
- ^ «БРЦ» . www.brc.hu. Проверено 28 января 2020 г.
- ^ «Отдел синтетической и системной биологии BRC» . www.brc.hu. Архивировано из оригинала 28 января 2020 года . Проверено 29 января 2020 г.
- ^ «Лаборатория Чаба Пала» . group.szbk.u-szeged.hu . Проверено 28 января 2020 г.
- ^ Перейти обратно: а б «Новых членов встречают в Гейдельберге» . ЭМБО . 19 декабря 2018 года . Проверено 19 декабря 2018 г.
- ^ «Библиотека венгерских научных трудов» . m2.mtmt.hu. Проверено 31 января 2020 г.
- ^ «Чаба Пал — цитаты из Google Scholar» . ученый.google.hu . Проверено 31 января 2020 г.
- ^ Перейти обратно: а б с д «Академия Европы: резюме» . www.ae-info.org . Проверено 29 января 2020 г.
- ^ «Студенты и постдокторанты прошлого и настоящего» . люди.bath.ac.uk. Проверено 28 января 2020 г.
- ^ Херст, Лоуренс Д.; Папп, Балаж; Пал, Чаба (июнь 2001 г.). «Высоко экспрессированные гены у дрожжей развиваются медленно» . Генетика . 158 (2): 927–931. дои : 10.1093/генетика/158.2.927 . ПМЦ 1461684 . ПМИД 11430355 .
- ^ Чжан, Цзяньчжи; Ян, Цзянь-Ронг (2015). «Детерминанты скорости эволюции белковой последовательности» . Обзоры природы Генетика . 16 (7): 409–420. дои : 10.1038/nrg3950 . ПМК 4523088 . ПМИД 26055156 .
- ^ Кунин, Е.В. (2011). «Существуют ли законы эволюции генома?» . PLOS Вычислительная биология . 7 (8): e1002173. arXiv : 1108.3589 . Бибкод : 2011PLSCB...7E2173K . дои : 10.1371/journal.pcbi.1002173 . ПМК 3161903 . ПМИД 21901087 .
- ^ Папп, Балаж; Пал, Чаба; Херст, Лоуренс Д. (июль 2003 г.). «Чувствительность к дозировке и эволюция семейств генов дрожжей» . Природа . 424 (6945): 194–197. Бибкод : 2003Natur.424..194P . дои : 10.1038/nature01771 . ISSN 1476-4687 . ПМИД 12853957 . S2CID 4382441 . Проверено 10 июля 2003 г.
- ^ Бирчлер, Дж. А.; Вейтия, РА (20 августа 2012 г.). «Гипотеза генного баланса: взаимосвязь вопросов чувствительности к дозировке в биологических дисциплинах» . Труды Национальной академии наук . 109 (37): 14746–14753. дои : 10.1073/pnas.1207726109 . ISSN 0027-8424 . ПМЦ 3443177 . ПМИД 22908297 .
- ^ Пал, Чаба; Масиа, Мария Д.; Оливер, Антонио; Шахар, Ира; Баклинг, Ангус (декабрь 2007 г.). «Коэволюция с вирусами стимулирует эволюцию скорости мутаций бактерий» . Природа . 450 (7172): 1079–1081. Бибкод : 2007Natur.450.1079P . дои : 10.1038/nature06350 . ISSN 1476-4687 . ПМИД 18059461 . S2CID 4373536 . Проверено 2 декабря 2007 г.
- ^ Перейти обратно: а б Шамеч, Бела; Боросс, Габор; Калапис, Дороттья; Ковач, Карой; Фекете, Грегори; Фаркас, Золтан; Лазар, Виктория; Хртян, Моника; Кеммерен, Патрик; Грут Керкамп, Мэриан Дж.А.; Руткай, Эдит; Холстеге, Фрэнк КП; Папп, Балаж; Пал, Чаба (2014). «Геномный ландшафт компенсаторной эволюции» . PLoS Биология . 12 (8): e1001935. дои : 10.1371/journal.pbio.1001935 . ПМК 4144845 . ПМИД 25157590 .
- ^ Папп, Балаж; Нотебарт, Ричард А.; Пал, Чаба (сентябрь 2011 г.). «Системно-биологические подходы к прогнозированию геномной эволюции» . Обзоры природы Генетика . 12 (9): 591–602. дои : 10.1038/nrg3033 . ISSN 1471-0064 . ПМИД 21808261 . S2CID 13965868 . Проверено 2 августа 2011 г.
- ^ Папп, Балаж; Пал, Чаба; Херст, Лоуренс Д. (июнь 2004 г.). «Метаболический сетевой анализ причин и эволюции незаменимости ферментов у дрожжей» . Природа . 429 (6992): 661–664. Бибкод : 2004Natur.429..661P . дои : 10.1038/nature02636 . ISSN 1476-4687 . ПМИД 15190353 . S2CID 492849 . Проверено 10 июня 2004 г.
- ^ Пал, Чаба; Папп, Балаж; Лерчер, Мартин Дж. (декабрь 2005 г.). «Адаптивная эволюция бактериальных метаболических сетей путем горизонтального переноса генов» . Природная генетика . 37 (12): 1372–1375. дои : 10.1038/ng1686 . ISSN 1546-1718 . ПМИД 16311593 . S2CID 14611750 . Проверено 20 ноября 2005 г.
- ^ Пал, Чаба; Папп, Балаж; Лерчер, Мартин Дж.; Чермели, Питер; Оливер, Стивен Г.; Херст, Лоуренс Д. (март 2006 г.). «Шанс и необходимость в эволюции минимальных метаболических сетей» . Природа . 440 (7084): 667–670. Бибкод : 2006Natur.440..667P . дои : 10.1038/nature04568 . ISSN 1476-4687 . ПМИД 16572170 . S2CID 4424895 . Проверено 30 марта 2006 г.
- ^ Харрисон, Ричард; Папп, Балаж; Пал, Чаба; Оливер, Стивен Г.; Дельнери, Даниэла (13 февраля 2007 г.). «Пластичность генетических взаимодействий в метаболических сетях дрожжей» . Труды Национальной академии наук . 104 (7): 2307–2312. Бибкод : 2007PNAS..104.2307H . дои : 10.1073/pnas.0607153104 . ISSN 0027-8424 . ПМК 1892960 . ПМИД 17284612 .
- ^ Саппанос, Балаж; Ковач, Карой; Шамеч, Бела; Хонти, Франтишек; Костанцо, Майкл; Барышникова Анастасия; Гелиус-Дитрих, Габриэль; Лерчер, Мартин Дж.; Джеласити, Марк; Майерс, Чад Л.; Эндрюс, Бренда Дж.; Бун, Чарльз; Оливер, Стивен Г.; Пал, Чаба; Папп, Балаж (июль 2011 г.). «Комплексный подход к характеристике сетей генетических взаимодействий в метаболизме дрожжей» . Природная генетика . 43 (7): 656–662. дои : 10.1038/ng.846 . ISSN 1546-1718 . ПМЦ 3125439 . ПМИД 21623372 .
- ^ Нотебарт, Ричард А.; Саппанос, Балаж; Кинцес, Балинт; Пал, Ференц; Дьёркей, Адам; Богос, Балаж; Лазар, Виктория; Спон, Река; Чёрго, Балинт; Вагнер, Аллан; Руппин, Эйтан; Пал, Чаба; Папп, Балаж (12 августа 2014 г.). «Архитектура сетевого уровня и эволюционный потенциал подземного метаболизма» . Труды Национальной академии наук . 111 (32): 11762–11767. Бибкод : 2014PNAS..11111762N . дои : 10.1073/pnas.1406102111 . ISSN 0027-8424 . ПМК 4136603 . ПМИД 25071190 .
- ^ Саппанос, Балаж; Фритцемайер, Джонатан; Чёрго, Балинт; Лазар, Виктория; Лу, Сяовэнь; Фекете, Грегори; Балинт, Балаж; Герцег, Роберт; Надь, Иштван; Нотебарт, Ричард А.; Лерчер, Мартин Дж.; Пал, Чаба; Папп, Балаж (20 мая 2016 г.). «Адаптивная эволюция сложных инноваций посредством поэтапного расширения метаболической ниши» . Природные коммуникации . 7 (1): 11607. Бибкод : 2016NatCo...711607S . дои : 10.1038/ncomms11607 . ISSN 2041-1723 . ПМК 5411730 . ПМИД 27197754 .
- ^ Лазар, Виктория; Пал Сингх, Гаджиндер; Спон, Река; Надь, Иштван; Хорват, Балаж; Хртян, Моника; Буса-Фекете, Роберт; Богос, Балаж; Бехи, Орсоля; Чёрго, Балинт; Посфаи, Дьердь; Фекете, Грегори; Саппанос, Балаж; Кегль, Балаж; Папп, Балаж; Пал, Чаба (2013). «Бактериальная эволюция гиперчувствительности к антибиотикам» . Молекулярная системная биология . 9 : 700. дои : 10.1038/msb.2013.57 . ПМЦ 3817406 . ПМИД 24169403 .
- ^ Бокор, Дора (11 июня 2018 г.). «Направленная эволюция нескольких геномных локусов позволяет прогнозировать устойчивость к антибиотикам» . MTA.hu (на венгерском языке) . Проверено 11 июня 2018 г.
- ^ Пал, Чаба; Папп, Балаж; Посфаи, Дьердь (28 мая 2014 г.). «Рассвет эволюционной геномной инженерии» . Обзоры природы Генетика . 15 (7): 504–512. дои : 10.1038/nrg3746 . ISSN 1471-0056 . ПМИД 24866756 . S2CID 6854503 . Проверено 28 мая 2014 г.
- ^ Ньергес, Акос; Чёрго, Балинт; Надь, Иштван; Латиновичс, Дора; Шамеч, Бела; Посфаи, Дьёрдь; Пал, Чаба (1 апреля 2014 г.). «Мутанты с условной репарацией ДНК позволяют осуществлять высокоточную геномную инженерию» . Исследования нуклеиновых кислот . 42 (8): е62. дои : 10.1093/нар/gku105 . ISSN 0305-1048 . ПМК 4005651 . ПМИД 24500200 .
- ^ Ньергес, Акос; Чёрго, Балинт; Надь, Иштван; Балинт, Балаж; Бихари, Питер; Лазар, Виктория; Апьок, Габор; Уменхоффер, Кинга; Богос, Балаж; Посфаи, Дьердь; Пал, Чаба (11 февраля 2016 г.). «Высокоточный и портативный метод геномной инженерии позволяет сравнивать мутационные эффекты разных видов бактерий» . Труды Национальной академии наук . 113 (9): 2502–2507. Бибкод : 2016PNAS..113.2502N . дои : 10.1073/pnas.1520040113 . ISSN 0027-8424 . ПМЦ 4780621 . ПМИД 26884157 .
- ^ «Премия Либена» . Arc.Ask3.Ru . 17 января 2020 г. Проверено 29 января 2020 г.
- ^ «Чаба Пал» . stipendien.oeaw.ac.at . Архивировано из оригинала 10 апреля 2019 года . Проверено 17 ноября 2008 г.
- ^ «Биолог Чаба Пал выиграл премию Бояи в 2015 году» . Премия Боляи переехала на официальный сайт . Проверено 17 мая 2015 г.
- ^ «Боляй-диж – 2015» . National Geographic (на венгерском языке). 18 мая 2015 года . Проверено 18 мая 2015 г.
- ^ «Биолог Чаба Пал удостоен премии Бояи в этом году» . www.t-systems.hu . Проверено 18 мая 2015 г.
- ^ «Биолог Чаба Пал получил в этом году премию Бояи» . hirado.hu (на венгерском языке) . Проверено 17 мая 2015 г.
- ^ «Академические почести Генеральной Ассамблеи» . 3 мая 2021 г.
- ^ «Календарь событий» .
- ^ «Антибиотики и устойчивые бактерии – основная лекция Чабы Пала (14 марта 2023 г.)» . Ютуб .