A1CF

A1CF
Доступные структуры
PDB	Поиск ортолога: PDBE RCSB
showСписок кодов идентификаторов PDB
	2CPD
Идентификаторы
Псевдонимы	A1CF , ACF, ACF64, ACF65, APOBEC1CF, ASP, APOBEC1 Коэффициент комплементации
Внешние идентификаторы	Омим : 618199 ; MGI : 1917115 ; Гомологен : 16363 ; GeneCards : A1CF ; OMA : A1CF - ортологи
showМестоположение гена ( человек )
Chr.	Chromosome 10 (human)
End	50,885,675 bp
showМестоположение гена ( мышь )
Chr.	Chromosome 19 (mouse)
End	31,926,395 bp
showРНК -паттерн экспрессии
	Top expressed in
	liver; ; jejunal mucosa; ; mucosa of ileum; ; right lobe of liver; ; buccal mucosa cell; ; duodenum; ; mucosa of colon; ; mucosa of sigmoid colon; ; oocyte; ; pancreatic ductal cell;
	Top expressed in
	right kidney; ; proximal tubule; ; embryo; ; yolk sac; ; liver; ; duodenum; ; left lobe of liver; ; lumbar subsegment of spinal cord; ; jejunum; ; human kidney;
	More reference expression data
	More reference expression data
showДжин Онтология
Molecular function	nucleic acid binding; double-stranded RNA binding; protein binding; single-stranded RNA binding; RNA binding; mRNA binding;
Cellular component	cytoplasm; apolipoprotein B mRNA editing enzyme complex; endoplasmic reticulum; nucleus; nucleoplasm;
Biological process	mRNA processing; protein stabilization; cytidine to uridine editing; mRNA modification; mRNA localization resulting in posttranscriptional regulation of gene expression;
	Sources:Amigo / QuickGO
hideОртологи
	29974
	69865
	ENSG00000148584
	Ensmusg00000052595
	Q9NQ94
	Q5yd48
showNM_001198818 ; NM_001198819 ; NM_001198820 ; NM_014576 ; NM_138932 ;
	NM_138933; NM_001370130; NM_001370131
	NM_001081074 ; NM_001365078
showNP_001185747 ; NP_001185748 ; NP_001185749 ; NP_055391 ; NP_620310 ;
	NP_620311; NP_001357059; NP_001357060
	NP_001074543 ; NP_001352007
	Викидид
Посмотреть/редактировать человека	Посмотреть/редактировать мышь

Коэффициент комплементации APOBEC1 - это белок , который у людей кодируется A1CF геном . ^{[ 5 ]}^{[ 6 ]}^{[ 7 ]}

Ген

Альтернативный сплайсинг происходит в этом локусе, и были описаны три полноразмерных варианта транскрипта, кодирующих три различных изоформы. Наблюдалась дополнительная сплайсинг, но полноразмерная природа этих вариантов не была определена. ^{[ 7 ]}

Функция

млекопитающего аполипопротеина B МРНК подвергается сайту-специфическому C до U- дезаминированию , которое опосредовано многокомпонентным ферментным комплексом, содержащим минимальное ядро, состоящее из APOBEC1 , и коэффициента комплементации, кодируемым этим геном. ^{[ 8 ]} Ген-продукт имеет три неидентичных мотива распознавания РНК и принадлежит к семейству РНК-связывающих белков HNRNP R. Было предложено, чтобы этот фактор комплементации функционировал в качестве РНК-связывающей субъединицы и док-док-апобек1 для дезаминации вверх по тетину . Исследования показывают, что белок также может быть вовлечен в другие события редактирования РНК или РНК -обработки. ^{[ 7 ]}

Его удаление приводит к летальности у мышей. ^{[ 9 ]}

Взаимодействия

Было показано, что A1CF взаимодействует с ApoBec1 , ^{[ 10 ]}^{[ 11 ]} Cugbp2 , ^{[ 12 ]} и синкрип . ^{[ 13 ]}^{[ 10 ]}

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^{беременный} ^в GRCH38: Ensembl Release 89: ENSG00000148584 - ENSEMBL , май 2017 г.
^ Jump up to: ^а ^{беременный} ^в GRCM38: Ensembl Release 89: Ensmusg00000052595 - Ensembl , май 2017 г.
^ «Человеческая PubMed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .
^ «Мышь Pubmed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .
^ Dance GS, Sowden MP, Cartegni L, Cooper E, Krainer AR, Smith HC (апрель 2002 г.). «Два белка, необходимые для редактирования мРНК аполипопротеина В, экспрессируются из одного гена посредством альтернативного сплайсинга» . Дж. Биол. Химический 277 (15): 12703–9. doi : 10.1074/jbc.m111337200 . PMID 11815617 .
^ Честер А., Скотт Дж., Анант С., Наваратнам Н. (декабрь 2000 г.). «Редактирование РНК: преобразование цитидина в уридина в мРНК аполипопротеина В». Биохим. Биофиз. Акт . 1494 (1–2): 1–13. doi : 10.1016/s0167-4781 (00) 00219-0 . PMID 11072063 .
^ Jump up to: ^а ^{беременный} ^в «Ген Entrez: A1CF APOBEC1 Коэффициент комплементации» .
^ Хендерсон Джо, Blanc V, Davidson No (ноябрь 2001 г.). «Выделение, характеристика и регуляция развития гена комплементации APOBEC-1 (ACF) человека». Биохим. Биофиз. Акт . 1522 (1): 22–30. doi : 10.1016/s0167-4781 (01) 00295-0 . PMID 11718896 .
^ Blanc V, Henderson Jo, Newberry EP, Kennedy S, Luo J, Davidson No (август 2005 г.). «Целевая делеция гена комплементации коэффициента мышиного APOBEC-1 (ACF) приводит к эмбриональной летальности» . Мол Клетка. Биол . 25 (16): 7260–9. doi : 10.1128/mcb.25.16.7260-7269.2005 . PMC 1190267 . PMID 16055734 .
^ Jump up to: ^а ^{беременный} Blanc V, Navaratnam N, Henderson Jo, Anant S, Kennedy S, Jarmuz A, Scott J, Davidson No (март 2001 г.). «Идентификация GRY-RBP как аполипопротеин B РНК-связывающий белок, который взаимодействует как с коэффициентом комплементации APOBEC-1, так и с коэффициентом APOBEC-1 для модуляции C к редактированию U» . Дж. Биол. Химический 276 (13): 10272–83. doi : 10.1074/jbc.m006435200 . PMID 11134005 .
^ Мехта А., Кинтер М.Т., Шерман Н.Е., Дрисколл Д.М. (март 2000 г.). «Молекулярное клонирование коэффициента комплементации APOBEC-1, новый РНК-связывающий белок, участвующий в редактировании мРНК аполипопротеина В» . Мол Клетка. Биол . 20 (5): 1846–54. doi : 10.1128/mcb.20.5.1846-1854.2000 . PMC 85365 . PMID 10669759 .
^ Anant S, Henderson Jo, Mukhopadhyay D, Navaratnam N, Kennedy S, Min J, Davidson No (декабрь 2001 г.). «Новая роль РНК-связывающего белка CUGBP2 в редактировании РНК млекопитающих. CUGBP2 модулирует C к U-редактированию мРНК аполипопротеина B путем взаимодействия с APOBEC-1 и ACF, фактором комплементации APOBEC-1» . Дж. Биол. Химический 276 (50): 47338–51. doi : 10.1074/jbc.m104911200 . PMID 11577082 .
^ Lau PP, Chang Bh, Chan L (апрель 2001 г.). «Двухгибридный клонирование идентифицирует РНК-связывающий белок, gry-rbp, как компонент редактирования Apobec-1». Биохимия. Биофиз. Резерв Общение 282 (4): 977–83. doi : 10.1006/bbrc.2001.4679 . PMID 11352648 .

Внешние ссылки

Местоположение генома человека A1CF и A1CF страница сведений генов в браузере генома UCSC .

Дальнейшее чтение

Мехта А., Кинтер М.Т., Шерман Н.Е., Дрисколл Д.М. (2000). «Молекулярное клонирование коэффициента комплементации APOBEC-1, новый РНК-связывающий белок, участвующий в редактировании мРНК аполипопротеина В» . Мол Клетка. Биол . 20 (5): 1846–54. doi : 10.1128/mcb.20.5.1846-1854.2000 . PMC 85365 . PMID 10669759 .
Lellek H, Kirsten R, Diehl I, Apostel F, Buck F, Greeve J (2000). «Очистка и молекулярное клонирование нового важнейшего компонента ферментного комплекса аполипопротеина В» . Дж. Биол. Химический 275 (26): 19848–56. doi : 10.1074/jbc.m001786200 . PMID 10781591 .
Ян Ю., Соуден М.П., Смит Х.К. (2000). «Индукция цитидина в редактирование уридина при цитоплазматическом мРНК аполипопротеина В путем сверхэкспрессии APOBEC-1» . Дж. Биол. Химический 275 (30): 22663–9. doi : 10.1074/jbc.m910406199 . PMID 10833526 .
Blanc V, Navaratnam N, Henderson Jo, Anant S, Kennedy S, Jarmuz A, Scott J, Davidson No (2001). «Идентификация GRY-RBP как аполипопротеин B РНК-связывающий белок, который взаимодействует как с коэффициентом комплементации APOBEC-1, так и с коэффициентом APOBEC-1 для модуляции C к редактированию U» . Дж. Биол. Химический 276 (13): 10272–83. doi : 10.1074/jbc.m006435200 . PMID 11134005 .
Харрингтон Дж.Дж., Шерф Б., Рунлетт С., Джексон П.Д., Перри Р., Каин С., Левенталь С., Торнтон М., Рамачандран Р., Уиттингтон Дж., Лернер Л., Костанзо Д., Макллигот , Klika A, Hess J, Cothren K, Lo K, Offenbacher J, Danzig J, Ducar M (2001). «Создание библиотек экспрессии белка в масштабах генома с использованием случайной активации экспрессии генов». НАТ Биотехнол . 19 (5): 440–5. doi : 10.1038/88107 . PMID 11329013 . S2CID 25064683 .
Лау П.П., Чанг Б.Х., Чан Л. (2001). «Двухгибридный клонирование идентифицирует РНК-связывающий белок, gry-rbp, как компонент редактирования Apobec-1». Биохимия. Биофиз. Резерв Общение 282 (4): 977–83. doi : 10.1006/bbrc.2001.4679 . PMID 11352648 .
Blanc V, Henderson Jo, Kennedy S, Davidson No (2001). «Мутагенез фактора комплементации APOBEC-1 выявляет различные домены, которые модулируют связывание РНК, взаимодействие белка-белка с APOBEC-1 и комплементацию C с помощью EDEDENTERENTIONS» . Дж. Биол. Химический 276 (49): 46386–93. doi : 10.1074/jbc.m107654200 . PMID 11571303 .
Anant S, Henderson Jo, Mukhopadhyay D, Navaratnam N, Kennedy S, Min J, Davidson No (2001). «Новая роль РНК-связывающего белка CUGBP2 в редактировании РНК млекопитающих. CUGBP2 модулирует C к U-редактированию мРНК аполипопротеина B путем взаимодействия с APOBEC-1 и ACF, фактором комплементации APOBEC-1» . Дж. Биол. Химический 276 (50): 47338–51. doi : 10.1074/jbc.m104911200 . PMID 11577082 .
Хендерсон Джо, Блан В., Дэвидсон Но (2001). «Выделение, характеристика и регуляция развития гена комплементации APOBEC-1 (ACF) человека». Биохим. Биофиз. Акт . 1522 (1): 22–30. doi : 10.1016/s0167-4781 (01) 00295-0 . PMID 11718896 .
Xu Xr, Huang J, Xu ZG, Qian BZ, Zhu ZD, Yan Q, Cai T, Zhang X, Xiao HS, Qu J, Liu F, Huang QH, Cheng ZH, Li Ng, Du JJ, Hu W, Shen Kt , Lu G, Fu G, Zhong M, Xu Sh, Gu Wy, Huang W, Zhao XT, Hu GX, Gu Jr, Chen Z, Han ZG (2001). «Понимание гепатоцеллюлярного канцерогенеза на уровне транскриптома путем сравнения профилей экспрессии генов гепатоцеллюлярной карциномы с таковыми для соответствующей нераковой печени» . Прокурор Нат. Академический Наука США . 98 (26): 15089–94. Bibcode : 2001pnas ... 9815089x . doi : 10.1073/pnas.241522398 . PMC 64988 . PMID 11752456 .
Мехта А., Дрисколл Д.М. (2002). «Идентификация доменов в коэффициенте комплементации APOBEC-1, необходимых для связывания РНК и редактирования мРНК аполипопротеина-B» . РНК . 8 (1): 69–82. doi : 10.1017/s13558388202015649 . PMC 1370230 . PMID 11871661 .
Честер А., Сомасекарам А., Цимина М., Джармуз А., Гисбурн Дж., О'Киф Р., Скотт Дж., Наваратнам Н. (2003). «Комплекс редактирования мРНК аполипопротеина B выполняет многофункциональный цикл и подавляет распад, опосредованную бессмысленностью» . Embo j . 22 (15): 3971–82. doi : 10.1093/emboj/cdg369 . PMC 169042 . PMID 12881431 .
Blanc V, Kennedy S, Davidson No (2003). «Новый сигнал ядерной локализации в вспомогательном домене фактора комплементации APOBEC-1 регулирует нуклеоцитоплазматический импорт и шаттлин» . Дж. Биол. Химический 278 (42): 41198–204. doi : 10.1074/jbc.m302951200 . PMID 12896982 .
Xie K, Sowden MP, Dance GS, Torelli AT, Smith HC, Wedekind JE (2004). «Структура дрожжевой РНК-редактирующей деаминазы дает представление о складке и функции индуцированной активацией деаминазы и апобек-1» . Прокурор Нат. Академический Наука США . 101 (21): 8114–9. Bibcode : 2004pnas..101.8114x . doi : 10.1073/pnas.0400493101 . PMC 419566 . PMID 15148397 .

Эта статья о гене на хромосоме человека 10 является заглушкой . Вы можете помочь Википедии, расширив ее .

[refGRCh38Ensembl-1] Jump up to: ^а ^{беременный} ^в GRCH38: Ensembl Release 89: ENSG00000148584 - ENSEMBL , май 2017 г.

[refGRCm38Ensembl-2] Jump up to: ^а ^{беременный} ^в GRCM38: Ensembl Release 89: Ensmusg00000052595 - Ensembl , май 2017 г.

[3] «Человеческая PubMed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .

[4] «Мышь Pubmed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .

[pmid11815617-5] Dance GS, Sowden MP, Cartegni L, Cooper E, Krainer AR, Smith HC (апрель 2002 г.). «Два белка, необходимые для редактирования мРНК аполипопротеина В, экспрессируются из одного гена посредством альтернативного сплайсинга» . Дж. Биол. Химический 277 (15): 12703–9. doi : 10.1074/jbc.m111337200 . PMID 11815617 .

[pmid11072063-6] Честер А., Скотт Дж., Анант С., Наваратнам Н. (декабрь 2000 г.). «Редактирование РНК: преобразование цитидина в уридина в мРНК аполипопротеина В». Биохим. Биофиз. Акт . 1494 (1–2): 1–13. doi : 10.1016/s0167-4781 (00) 00219-0 . PMID 11072063 .

[entrez-7] Jump up to: ^а ^{беременный} ^в «Ген Entrez: A1CF APOBEC1 Коэффициент комплементации» .

[pmid11718896-8] Хендерсон Джо, Blanc V, Davidson No (ноябрь 2001 г.). «Выделение, характеристика и регуляция развития гена комплементации APOBEC-1 (ACF) человека». Биохим. Биофиз. Акт . 1522 (1): 22–30. doi : 10.1016/s0167-4781 (01) 00295-0 . PMID 11718896 .

[pmid16055734-9] Blanc V, Henderson Jo, Newberry EP, Kennedy S, Luo J, Davidson No (август 2005 г.). «Целевая делеция гена комплементации коэффициента мышиного APOBEC-1 (ACF) приводит к эмбриональной летальности» . Мол Клетка. Биол . 25 (16): 7260–9. doi : 10.1128/mcb.25.16.7260-7269.2005 . PMC 1190267 . PMID 16055734 .

[pmid11134005-10] Jump up to: ^а ^{беременный} Blanc V, Navaratnam N, Henderson Jo, Anant S, Kennedy S, Jarmuz A, Scott J, Davidson No (март 2001 г.). «Идентификация GRY-RBP как аполипопротеин B РНК-связывающий белок, который взаимодействует как с коэффициентом комплементации APOBEC-1, так и с коэффициентом APOBEC-1 для модуляции C к редактированию U» . Дж. Биол. Химический 276 (13): 10272–83. doi : 10.1074/jbc.m006435200 . PMID 11134005 .

[pmid10669759-11] Мехта А., Кинтер М.Т., Шерман Н.Е., Дрисколл Д.М. (март 2000 г.). «Молекулярное клонирование коэффициента комплементации APOBEC-1, новый РНК-связывающий белок, участвующий в редактировании мРНК аполипопротеина В» . Мол Клетка. Биол . 20 (5): 1846–54. doi : 10.1128/mcb.20.5.1846-1854.2000 . PMC 85365 . PMID 10669759 .

[pmid11577082-12] Anant S, Henderson Jo, Mukhopadhyay D, Navaratnam N, Kennedy S, Min J, Davidson No (декабрь 2001 г.). «Новая роль РНК-связывающего белка CUGBP2 в редактировании РНК млекопитающих. CUGBP2 модулирует C к U-редактированию мРНК аполипопротеина B путем взаимодействия с APOBEC-1 и ACF, фактором комплементации APOBEC-1» . Дж. Биол. Химический 276 (50): 47338–51. doi : 10.1074/jbc.m104911200 . PMID 11577082 .

[pmid11352648-13] Lau PP, Chang Bh, Chan L (апрель 2001 г.). «Двухгибридный клонирование идентифицирует РНК-связывающий белок, gry-rbp, как компонент редактирования Apobec-1». Биохимия. Биофиз. Резерв Общение 282 (4): 977–83. doi : 10.1006/bbrc.2001.4679 . PMID 11352648 .

[1]

[2]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]