SciCrunch

SciCrunch — это совместно редактируемая база знаний о научных ресурсах. Это портал сообщества для исследователей и система управления контентом для данных и баз данных. Он предназначен для предоставления исследовательскому сообществу общего источника данных и данных об идентификаторах исследовательских ресурсов ( RRID ), которые можно использовать в научных публикациях . После запуска в 2014 году пилотного проекта с двумя журналами, к 2022 году их использовали более 1000 журналов, и в научной литературе было цитировано более полумиллиона RRID. ^{[ 1 ]} В некотором смысле, это для науки и научных публикаций, аналогично тому, как Викиданные предназначены для проектов Фонда Викимедиа . SciCrunch, организованный Калифорнийским университетом в Сан-Диего , также был разработан, чтобы помочь сообществам исследователей создавать свои собственные порталы для обеспечения доступа к ресурсам, базам данных и инструментам, имеющим отношение к их областям исследований. ^{[ 2 ]}

Идентификаторы исследовательских ресурсов

Идентификаторы исследовательских ресурсов (RRID) являются глобально уникальными и постоянными. ^{[ 3 ]} Они были представлены и продвигаются Инициативой по идентификации ресурсов . ^{[ 3 ]} Ресурсы в этом контексте — это исследовательские ресурсы, такие как реагенты, инструменты или материалы. ^{[ 3 ]}^{[ 4 ]} Примером такого ресурса может быть клеточная линия, используемая в эксперименте, или программный инструмент, используемый в вычислительном анализе. Портал идентификации ресурсов ( https://scicrunch.org/resources ) был создан в поддержку этой инициативы и представляет собой центральную службу, где можно искать и создавать эти идентификаторы. ^{[ 3 ]}^{[ 5 ]} Эти идентификаторы должны быть полностью доступны для поиска с помощью интеллектуального анализа данных , в отличие от дополнительных файлов, и могут обновляться до новых версий по мере изменения базовой методологии с течением времени.

Формат цитат RRID

Ниже приведены рекомендации по цитированию исследовательских ресурсов для ключевых биологических ресурсов:

Антитело: Millipore Cat# MAB377 (партия) RRID:AB_2298772
Модельный организм: NXR Cat# 1049, RRID:NXR_1049.
Линия сотовой связи: Coriell Cat# GM03745, RRID:CVCL_1H60.
Плазмиды: плазмида pMD2.G, RRID:Addgene_12259.
Биообразцы: женщина без диабета, HPAP, Cat# HPAP-066, RRID:SAMN19842595.
Инструменты: Программное обеспечение для анализа изображений CellProfiler (версия или дата). RRID: SCR_007358.

На портале идентификации ресурсов перечислены существующие RRID и инструкции по созданию нового, если RRID, соответствующий ресурсу, еще не существует.

Особенности RRID

Описание: Каждый RRID содержит идентификатор, тип, URL-адрес и имя. Существуют сотни других атрибутов, но большинство из них специфичны для данного типа, например, RRID типа антител включают атрибут, называемый клональностью, обозначающий, является ли реагент моноклональным или поликлональным, в то время как клеточные линии имеют атрибут «родительской клеточной линии», обозначающий происхождение описываемая клеточная линия.

Цитаты РРИД: RRID обозначают те исследовательские ресурсы, которые были использованы при проведении исследования. Они не предназначены для случайных цитат. RRID, которые использовались в научных статьях, были получены из литературы с использованием обоих автоматизированных инструментов. ^{[ 6 ]} и полуавтоматические инструменты благодаря партнерству с Hypothes.is . Данные, определяющие, какая статья цитирует конкретный RRID, обычно доступны на странице преобразователя для этого RRID, например: https://scicrunch.org/resolver/CVCL_0038 показывает список из 44 статей (по состоянию на 11 апреля 2023 г.), которые использовали эту клеточную линию в исследованиях. В каждой ссылке будет показано, как авторы использовали RRID, включая короткий фрагмент предложения, в котором авторы определяют ресурс.

Службы внешнего преобразователя для RRID: Преобразователь имени в вещь из Калифорнийской цифровой библиотеки может разрешить любой RRID, используя следующий шаблон. https://n2t.net/ [РРИД] пример https://n2t.net/RRID:NXR_1049

Резолвер Identifiers.org также может разрешить любой RRID, используя следующий шаблон. https://identifiers.org/RRID/ [RRID] пример https://identifiers.org/RRID/RRID:NXR_1049

Учреждения и издатели, рекомендующие использование RRID

Ряд издательств, инициатив и исследовательских институтов поощряют использование RRID SciCrunch: Общий формат цитирования. Статья в журнале Nature, ^{[ 7 ]} Cell Press , eLife , FORCE11 , Frontiers Media , ^{[ 8 ]} ГигаСайенс , ^{[ 9 ]} Регистр МИРИАМ , ^{[ 10 ]} NIH , ^{[ 11 ]} PLOS Biology и PLOS Genetics . ^{[ 12 ]}

См. также

Ссылки

^ Бандровски, Анита (2022). «Десятилетие GigaScience : чему можно научиться из полумиллиона RRID в научной литературе?» . ГигаСайенс . 11 . doi : 10.1093/gigascience/giac058 . ISSN 2047-217X . ПМЦ 9197678 . ПМИД 35701373 .
^ Джеффри, Грета; Анита, Бандровски; Дэвис, Бэнкс; Кристофер, Кондит; Амарнатх, Гупта; Стивен, Ларсон; Юэлин, Ли; Ибрагим, Озюрт; Андреа, Стэгг; Патрисия, Ветцель; Луис, Маренко; Перри, Миллер; Риксин, Ван; Гордон, Шепард; Мэриэнн, Мартоне (2014). «SciCrunch: совместная платформа для поиска данных и ресурсов для научных сообществ» . Границы нейроинформатики . 8 . дои : 10.3389/conf.fninf.2014.18.00069 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д Бандровски, Анита; Браш, Мэтью; Грета, Джеффри С.; Гендель, Мелисса А.; Кеннеди, Дэвид Н.; Хилл, Шон; Хоф, Патрик Р.; Мартоне, Мэриэнн Э.; Полс, Маайке; Тан, Серена; Вашингтон, Николь; Зудилова-Сейнстра, Елена; Василевский, Николь (19 ноября 2015 г.). «Инициатива по идентификации ресурсов: культурный сдвиг в издательском деле» . F1000Исследования . 2. 4 (134): 134. doi : 10.12688/f1000research.6555.2 . ПМЦ 4648211 . ПМИД 26594330 .
^ «Что такое ресурс?» . scicrunch.org . SciCrunch . Проверено 11 апреля 2023 г.
^ «Портал идентификации ресурсов» . scicrunch.org . SciCrunch . Проверено 11 апреля 2023 г.
^ Озюрт (2016). «Устранение неоднозначности ресурсов для Интернета: извлечение биомедицинских ресурсов и их цитат из научной литературы» . ПЛОС Один . 11 (1): e0146300. Бибкод : 2016PLoSO..1146300O . дои : 10.1371/journal.pone.0146300 . ПМК 5156472 . ПМИД 26730820 .
^ Сингх Чавла, Далмит (29 мая 2015 г.). «Исследователи выступают за стандартный формат цитирования лабораторных ресурсов». Природа . дои : 10.1038/nature.2015.17652 . S2CID 211730637 .
^ «Руководство для авторов Frontiers» . Границы . Проверено 19 апреля 2016 г.
^ «Техническая записка | GigaScience | Oxford Academic» . Academic.oup.com . Проверено 15 июля 2019 г.
^ «identifiers.org» . Сбор данных: RRID . Проверено 18 апреля 2016 г.
^ «NIDA поддерживает SciCrunch и RRID, делая исследовательские ресурсы видимыми в науке» . СИЛА11 . 07.03.2016 . Проверено 18 апреля 2016 г.
^ «Представляем инициативу по идентификации исследовательских ресурсов в PLOS Biology & PLOS Genetics» . ПЛОС Биолог . 29 января 2015 г.

Внешние ссылки

[1] Бандровски, Анита (2022). «Десятилетие GigaScience : чему можно научиться из полумиллиона RRID в научной литературе?» . ГигаСайенс . 11 . doi : 10.1093/gigascience/giac058 . ISSN 2047-217X . ПМЦ 9197678 . ПМИД 35701373 .

[2] Джеффри, Грета; Анита, Бандровски; Дэвис, Бэнкс; Кристофер, Кондит; Амарнатх, Гупта; Стивен, Ларсон; Юэлин, Ли; Ибрагим, Озюрт; Андреа, Стэгг; Патрисия, Ветцель; Луис, Маренко; Перри, Миллер; Риксин, Ван; Гордон, Шепард; Мэриэнн, Мартоне (2014). «SciCrunch: совместная платформа для поиска данных и ресурсов для научных сообществ» . Границы нейроинформатики . 8 . дои : 10.3389/conf.fninf.2014.18.00069 .

[bandrowski2015-3] Jump up to: ^а ^б ^с ^д Бандровски, Анита; Браш, Мэтью; Грета, Джеффри С.; Гендель, Мелисса А.; Кеннеди, Дэвид Н.; Хилл, Шон; Хоф, Патрик Р.; Мартоне, Мэриэнн Э.; Полс, Маайке; Тан, Серена; Вашингтон, Николь; Зудилова-Сейнстра, Елена; Василевский, Николь (19 ноября 2015 г.). «Инициатива по идентификации ресурсов: культурный сдвиг в издательском деле» . F1000Исследования . 2. 4 (134): 134. doi : 10.12688/f1000research.6555.2 . ПМЦ 4648211 . ПМИД 26594330 .

[resources-4] «Что такое ресурс?» . scicrunch.org . SciCrunch . Проверено 11 апреля 2023 г.

[portal-5] «Портал идентификации ресурсов» . scicrunch.org . SciCrunch . Проверено 11 апреля 2023 г.

[6] Озюрт (2016). «Устранение неоднозначности ресурсов для Интернета: извлечение биомедицинских ресурсов и их цитат из научной литературы» . ПЛОС Один . 11 (1): e0146300. Бибкод : 2016PLoSO..1146300O . дои : 10.1371/journal.pone.0146300 . ПМК 5156472 . ПМИД 26730820 .

[7] Сингх Чавла, Далмит (29 мая 2015 г.). «Исследователи выступают за стандартный формат цитирования лабораторных ресурсов». Природа . дои : 10.1038/nature.2015.17652 . S2CID 211730637 .

[8] «Руководство для авторов Frontiers» . Границы . Проверено 19 апреля 2016 г.

[9] «Техническая записка | GigaScience | Oxford Academic» . Academic.oup.com . Проверено 15 июля 2019 г.

[10] «identifiers.org» . Сбор данных: RRID . Проверено 18 апреля 2016 г.

[11] «NIDA поддерживает SciCrunch и RRID, делая исследовательские ресурсы видимыми в науке» . СИЛА11 . 07.03.2016 . Проверено 18 апреля 2016 г.

[12] «Представляем инициативу по идентификации исследовательских ресурсов в PLOS Biology & PLOS Genetics» . ПЛОС Биолог . 29 января 2015 г.

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]