C16orf46
| C16ORF46 Белок | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Идентификаторы | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Псевдонимы | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Внешние идентификаторы | GeneCards : [1] ; OMA : - ортологи | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Викидид | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Хромосома 16 открытая кадр считывания 46 - белок еще предстоит определить функцию в Homo Sapiens . Он кодируется геном C16ORF46 с NCBI доступом NM_001100873 . Это ген, кодирующий белок с перекрывающимся локусом. [ 2 ]
Ген
[ редактировать ]Альтернативное название этого гена - FLJ32702 , однако чаще всего его называют C16ORF46 . [ 3 ]
Расположение
[ редактировать ]Ген C16ORF26 обнаруживается на хромосомы 16Q23.2 . отрицательной цепи [ 4 ] Область промотора составляет 1152 пары оснований. [ 5 ] Он имеет три экзона , один от 1-380 п.н., второй от 381 до 1254 п.н., а третий-с 1255 по 1982 п.н. [ 2 ]
Выражение
[ редактировать ]C16ORF46 широко экспрессируется в яичке и щитовидной железе , а также в 18 других тканях. [ 4 ] Обнаружено, что эти паттерны экспрессии ткани являются низкими до умеренных (25-50%). [ 6 ] При взгляде на профили ткани самая высокая экспрессия - в почках для взрослых млекопитающих , печени , префронтальной коре , мозжечке , сердце и мозге . [ 7 ]
Белок
[ редактировать ]
Анализ белка
[ редактировать ]Полный белок C16ORF46 составляет 417 аминокислот длиной. [ 9 ] У него нет изоформ , а его самый отдаленный ортолог Rhincodon Typus (кит -акула) также не имеет известных изоформ. [ 10 ] Было обнаружено, что молекулярная масса составляет 45,8 кдала. [ 11 ] Изоэлектрическая точка составляет 7,4, средняя для всех белков, а C16ORF46 - электрически нейтральный. [ 12 ]
Предполагается, что C16ORF46 будет найден в ядре всеми ортологами . [ 13 ]
Вторичная структура C16ORF46 имеет чередующиеся альфа -спирали и бета -листы . [ 14 ]
Регуляция уровня белка
[ редактировать ]В C16ORF46 существует N-связанное гликозилирование , гликозилирование O и сумоилирование . [ 15 ] [ 16 ]
Есть сайты фосфорилирования , обнаруженные с киназами CKII , CKI , PKC и CDC2 . [ 17 ]
Место расщепления коронавируса предсказывается в 235 аминокислотной положении. [ 18 ] Существуют также местоположения тирозина между аминокислотами 42-45 и 251–252. [ 19 ]
Регулирование уровня транскрипта
[ редактировать ]МРНК, складывающаяся на 5 'UTR, дважды предсказывает петлю ствола в области между парами оснований 47–90. [ 20 ]
Гомологи
[ редактировать ]Ортологи
[ редактировать ]C16ORF46 имеет более 50 ортологов , от приматов до хордота . [ 21 ] В таблице ниже показано представление разнообразия C16ORF46 путем перечисления выбора ортологов, найденных с использованием NCBI . Когда C16ORF46 Homo Sapiens был проведен через программу множественной последовательности выравнивания, Clustal Omega, против 20 истинных ортологов и 16 отдаленных ортологов, было обнаружено, что TRP74 и PRO212 были обнаружены. [ 22 ]
| Разновидность | Общее название | Дивергенция (Mya) | Номер доступа | Личность |
|---|---|---|---|---|
| Homo Sapiens | Люди | --- | XP_016878405.1 | 100.0% |
| Желающие Принцепс | Американская пика | 90 | XP_004584265.1 | 52.7% |
| Октадон Дегус | Обыкновенный дегу | 90 | XP_003434773.2 | 47.8% |
| Беспорить | Белый медведь | 96 | XP_008687958.1 | 67.5% |
| Leptonychotes Weddellii | Участок Уэдделла | 96 | XP_006748170.1 | 67.2% |
| Собака | Серый волк | 96 | XP_003434773.2 | 65.8% |
| Pteropus вампиры | Большая летающая лиса | 96 | XP_011354946.1 | 63.5% |
| SUS Scrofa | Дикий кабан | 96 | XP_020952705.1 | 61.5% |
| Bos Indicus | Зебу | 96 | XP_019835282.1 | 60.2% |
| Erinaceus europaeus | Европейский еж | 96 | XP_007516703.1 | 56.7% |
| Африканская Локсодонта | Африканский слон Буша | 105 | XP_010596137.1 | 60.9% |
| Sarcophilus harrisii | Тасманский дьявол | 159 | XP_003757901.1 | 43.1% |
| Apteryx австралийс | Южный коричневый киви | 312 | XP_013796688.1 | 18.5% |
| Апсенодиты Форстера | Император Пингвин | 312 | XP_019327074.1 | 17.4% |
| Челония Мидас | Зеленая морская черепаха | 312 | XP_007059324.1 | 29.7% |
| Gekko japonicus | Gekko japonicus | 312 | XP_015261305.1 | 25.3% |
| Натраран Паркери | Высокая Гималая лягушка | 352 | XP_018410908.1 | 22.4% |
| Pygocentrus nattereri | Красная болтовня Пиранья | 435 | XP_017578196.1 | 21.2% |
| Леписостеус очевиден | Пятнистый Гар | 435 | XP_015223705.1 | 20.6% |
| Callorhinchus milii | Австралийская призрачная акула | 473 | XP_007887408.1 | 22.7% |
Паралоги
[ редактировать ]C16ORF46 не имеет известных паралогов . [ 21 ]
Мутации
[ редактировать ]C16ORF46 сравнивался с фибриногеном , белком, который быстро мутирует, и цитохром С , белок, который медленно мутирует.
Как можно увидеть ниже, когда были построены несколько видов из трех белков, C16ORF46 более похож на то, что у фибриногена, чем цитохрома C , что указывает на возможную быструю мутацию. [ 21 ]
Взаимодействующие белки
[ редактировать ]C16ORF46 взаимодействует с FAT3 , который был связан с нейритными взаимодействиями во время развития. [ 23 ] Считается, что C16ORF46 имеет коэкспрессию с геном PLAC8L1 и CFAP43 , обе из неизвестной функции. [ 24 ]
Клиническое значение
[ редактировать ]Существуют более высокие уровни экспрессии C16ORF46 в ткани эпителия опухоли аденокарциномы поджелудочной железы по сравнению с контролем. [ 25 ] Существует также более высокая экспрессия генов у пациентов с мелкоклеточным карциномой по сравнению с контролем. [ 26 ]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ "I-Tasser Results" . zhanglab.ccmb.med.umich.edu . Получено 2018-05-07 . [ Постоянная мертвая ссылка ]
- ^ Jump up to: а беременный «Ген: C16orf46 (Otthumg00000137629) - Резюме - Homo Sapiens - Browser Genome Vega 68» . vega.archive.ensembl.org . Получено 2018-05-07 .
- ^ База данных, GeneCards Human Gene. "C16ORF46 Ген - GeneCards | CP046 белок | CP046 антитело" . www.genecards.org . Получено 2018-05-07 .
- ^ Jump up to: а беременный «C16ORF46 Символный отчет | Комитет номенклатуры Hugo Gene» . www.genenames.org . Получено 2018-05-01 .
- ^ «Genomatix - анализ данных NGS и персонализированная медицина» . www.genomatix.de . Архивировано из оригинала 2001-02-24 . Получено 2018-05-07 .
- ^ гео «Дом - Гео - NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Получено 2018-05-07 .
- ^ «Ген: C16ORF46 - ENSG00000166455» . bgee.org . Получено 2018-05-07 .
- ^ «Антитело против C16ORF46, продуцируемое в кроликом HPA041136» . Иммуногистохимия, иммунофлуоресценция . Получено 2018-05-07 .
- ^ «Нехарактерный белок C16ORF46 изоформа X1 [Homo sapiens] - белок - NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Получено 2018-05-07 .
- ^ «Нехарактерный белок C16ORF46 гомолог [Rhincodon Typus] - белок - NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Получено 2018-05-07 .
- ^ Козловски, Лукаш П. «Расчет белковой изоэлектрической точки» . isoelectric.org . Получено 2018-05-07 .
- ^ Embl-Ebi. «SAPS <Статистика последовательности <embl-ebi» . www.ebi.ac.uk. Получено 2018-05-06 .
- ^ "Псирт www server" . psort.hgc.jp . Получено 2018-05-07 .
- ^ «Набор инструментов для биоинформатики» . Toolkit.tuebingen.mpg.de . Получено 2018-05-07 .
- ^ "Netnglyc 1.0 Server" . www.cbs.dtu.dk. Получено 2018-05-07 .
- ^ "Netoglyc 4.0 Server" . www.cbs.dtu.dk. Получено 2018-05-07 .
- ^ "Netphos 3.1 Server" . www.cbs.dtu.dk. Получено 2018-05-07 .
- ^ "Netcorona 1.0 Server" . www.cbs.dtu.dk. Получено 2018-05-07 .
- ^ «Справочная база данных человека белка» . www.hprd.org . Архивировано из оригинала 2006-04-24 . Получено 2018-05-07 .
- ^ «Веб -сервер Mfold | mfold.rit.albany.edu» . unafold.rna.albany.edu . Получено 2018-05-07 .
- ^ Jump up to: а беременный в «Взрыв: базовый локальный инструмент поиска выравнивания» . blast.ncbi.nlm.nih.gov . Получено 2018-05-07 .
- ^ Embl-Ebi. «Клюст Omega <выравнивание множественных последовательностей <embl-ebi» . www.ebi.ac.uk. Получено 2018-05-07 .
- ^ Лаборатория, Майк Тайерс. «Biogrid | База данных белкового, химического и генетического взаимодействия» . thiogrid.org . Получено 2018-05-07 .
- ^ «C16ORF46 Белок (человек) - сеть взаимодействия строкости» . String-db.org . Получено 2018-05-07 .
- ^ "GDS4103 / 230281_AT" . www.ncbi.nlm.nih.gov . Получено 2018-05-07 .
- ^ "GDS4794 / 230281_AT" . www.ncbi.nlm.nih.gov . Получено 2018-05-07 .