Штрих-кодирование ДНК рыб

Методы штрих-кодирования ДНК рыб используются для идентификации групп рыб на основе последовательностей ДНК в выбранных областях генома . Эти методы можно использовать для изучения рыб, поскольку генетический материал в виде ДНК окружающей среды (эДНК) или клеток свободно распространяется в воде. Это позволяет исследователям определять, какие виды присутствуют в водоеме, путем сбора образца воды, извлечения ДНК из образца и выделения последовательностей ДНК, специфичных для интересующих видов. ^{[ 1 ]} Методы штрих-кодирования также могут использоваться для биомониторинга и проверки безопасности пищевых продуктов , оценки рациона животных , оценки пищевых сетей и распределения видов, а также для обнаружения инвазивных видов . ^{[ 1 ]}

При исследовании рыбы штрих-кодирование может использоваться как альтернатива традиционным методам отбора проб. Методы штрих-кодирования зачастую позволяют предоставить информацию без ущерба для исследуемого животного. ^{[ 2 ]}

Водная среда обладает уникальными свойствами, которые влияют на распределение генетического материала организмов. Материал ДНК быстро диффундирует в водной среде, что позволяет обнаруживать организмы с большой площади при отборе проб из определенного места. ^{[ 1 ]} Из-за быстрой деградации ДНК в водной среде обнаруженные виды отражают современное присутствие, не искажая сигналы прошлого. ^{[ 3 ]}

Идентификация на основе ДНК является быстрой, надежной и точной для характеристики различных стадий жизни и видов. ^{[ 4 ]} Справочные библиотеки используются для связи последовательностей штрих-кодов с отдельными видами и могут использоваться для идентификации видов, присутствующих в образцах ДНК. Библиотеки эталонных последовательностей также полезны для идентификации видов в случаях морфологической неоднозначности, например, на личиночных стадиях. ^{[ 4 ]}

Образцы эДНК и методы штрих-кодирования используются в управлении водными ресурсами , поскольку видовой состав может использоваться в качестве индикатора здоровья экосистемы. ^{[ 5 ]} Методы штрих- и метабаркодирования особенно полезны при изучении находящихся под угрозой исчезновения или неуловимых рыб, поскольку виды можно обнаружить, не ловя животных и не причиняя им вреда. ^{[ 6 ]}

Приложения

Экологический мониторинг

Биомониторинг водных экосистем требуется национальным и международным законодательством (например, Рамочной директивой по водным ресурсам и Рамочной директивой по морской стратегии ). Традиционные методы отнимают много времени и включают в себя разрушительные практики, которые могут нанести вред особям редких или охраняемых видов. Штрих-кодирование ДНК — относительно экономичный и быстрый метод идентификации видов рыб в водной среде. ^{[ 7 ]} Присутствие или отсутствие ключевых видов рыб можно установить с помощью эДНК из проб воды, а также пространственно-временное распределение видов рыб (например, время и место нереста ). можно изучить ^{[ 8 ]} Это может помочь обнаружить, например, влияние физических барьеров, таких как строительство плотин, и других антропогенных нарушений. Инструменты ДНК также используются в диетических исследованиях рыб и построении водных пищевых сетей . Метабаркодирование содержимого кишечника или фекалий рыбы идентифицирует недавно съеденные виды добычи. Однако необходимо учитывать вторичное хищничество. ^{[ 9 ]}

Инвазивные виды

Раннее обнаружение имеет жизненно важное значение для контроля и уничтожения чужеродных экологически вредных видов (например, рыбы-льва ( Pterois sp.) в Атлантике и Карибском бассейне). Метабаркодирование эДНК можно использовать для обнаружения загадочных или инвазивных видов в водных экосистемах. ^{[ 10 ]}

Управление рыболовством

Подходы к штрих-кодированию и метабаркодированию дают точные и обширные данные о пополнении, экологии и географическом распространении рыбных ресурсов. Эти методы также улучшают знания о нагульных участках и нерестилищах, что приносит пользу управлению рыболовством. Традиционные методы оценки рыболовства, такие как отбор проб жаберными сетями или траление, могут оказаться весьма разрушительными. Молекулярные методы предлагают альтернативу неинвазивному отбору проб. Например, штрих-кодирование и метабаркодирование могут помочь идентифицировать икру рыб по видам, чтобы обеспечить надежные данные для оценки запасов, поскольку оно оказалось более надежным, чем идентификация по фенотипическим признакам. Штрих-кодирование и метабаркодирование также являются мощными инструментами мониторинга квот на рыболовство и прилова. ^{[ 11 ]}

еДНК может обнаруживать и количественно определять численность некоторых анадромных видов, а также их временное распределение. Этот подход может быть использован для разработки соответствующих мер управления, имеющих особое значение для коммерческого рыболовства. ^{[ 12 ]}^{[ 13 ]}

Безопасность пищевых продуктов

Глобализация цепочек поставок продовольствия привела к увеличению неопределенности в отношении происхождения и безопасности рыбной продукции. Штрих-кодирование можно использовать для проверки маркировки продуктов и отслеживания их происхождения. «Рыбное мошенничество» обнаружено по всему миру. ^{[ 14 ]}^{[ 15 ]} Недавнее исследование, проведенное в супермаркетах штата Нью-Йорк, показало, что 26,92% покупок морепродуктов с идентифицируемым штрих-кодом были маркированы неправильно. ^{[ 16 ]}

может представлять опасность для здоровья человека С помощью штрих-кодирования можно также отслеживать виды рыб, поскольку употребление рыбы . Кроме того, биотоксины могут иногда концентрироваться, когда токсины перемещаются вверх по пищевой цепи. Один из примеров касается видов коралловых рифов, где было обнаружено, что хищные рыбы, такие как барракуда, вызывают отравление рыбой сигуатера . Такие новые ассоциации отравления рыбой можно обнаружить с помощью штрих-кодирования рыбы.

Защита исчезающих видов

Штрих-кодирование можно использовать для сохранения видов, находящихся под угрозой исчезновения, путем предотвращения незаконной торговли видами, включенными в список СИТЕС . Существует большой черный рынок продуктов из рыбы, а также торговли аквариумами и домашними животными. Чтобы защитить акул от чрезмерной эксплуатации, незаконное использование можно обнаружить по штрих-кодированию супа из акульих плавников и традиционных лекарств. ^{[ 17 ]}

Методология

Отбор проб в водной среде

Водная среда имеет особые характеристики, которые необходимо учитывать при отборе проб для метабаркодирования эДНК рыб . Отбор проб морской воды представляет особый интерес для оценки состояния морских экосистем и их биоразнообразия. Хотя дисперсия эДНК в морской воде велика, а соленость отрицательно влияет на сохранность ДНК, проба воды может содержать большое количество эДНК рыбы в течение одной недели после отбора проб. Свободные молекулы, слизистая оболочка кишечника и остатки клеток кожи являются основными источниками эДНК рыб. ^{[ 18 ]}

По сравнению с морской средой, пруды обладают биологическими и химическими свойствами, которые могут изменить обнаружение эДНК. Небольшой размер прудов по сравнению с другими водоемами делает их более чувствительными к условиям окружающей среды, таким как воздействие ультрафиолетового света и изменения температуры и pH. Эти факторы могут влиять на количество эДНК. Кроме того, деревья и густая растительность вокруг прудов представляют собой барьер, препятствующий аэрации воды ветром. Такие барьеры также могут способствовать накоплению химических веществ, нарушающих целостность эДНК. ^{[ 19 ]} Гетерогенное распределение эДНК в прудах может повлиять на обнаружение рыб. Доступность эДНК рыб также зависит от стадии жизни, активности, сезонности и поведения. Наибольшее количество эДНК получается в результате нереста, личиночных стадий и размножения. ^{[ 20 ]}

Целевые регионы

Дизайн праймера имеет решающее значение для успеха метабаркодирования. Некоторые исследования по разработке праймеров описали цитохром B и 16S как подходящие целевые области для метабаркодирования рыб. Эванс и др . (2016) описали, что наборы праймеров Ac16S и L2513/H2714 способны точно обнаруживать виды рыб в разных мезокосмах. ^{[ 21 ]} Другое исследование, проведенное Valentini et.al. (2016) показали, что пара праймеров L1848/H1913, которая амплифицирует область локуса 12S рРНК, способна достигать высокого таксономического охвата и дискриминации даже с коротким целевым фрагментом. Это исследование также показало, что в 89% мест отбора проб подход метабаркодирования был аналогичен или даже превосходил традиционные методы (например, методы электролова и сети). ^{[ 22 ]} Хэнфлинг и др. (2016) провели эксперименты по метабаркодированию, ориентированные на сообщества озерных рыб, с использованием пар праймеров 12S_F1/12S_R1 и CytB_L14841/CytB_H15149, мишени которых были расположены в митохондриальных областях 12S и цитохрома B соответственно. Результаты показывают, что обнаружение видов рыб было выше при использовании праймеров 12S, чем при использовании CytB. Это было связано с сохранением более коротких фрагментов 12S (~100 п.н.) по сравнению с более крупным ампликоном CytB (~460 п.н.). ^{[ 23 ]} В целом, эти исследования резюмируют, что особые соображения относительно дизайна и выбора праймеров должны быть приняты в соответствии с целями и характером эксперимента.

Справочные базы данных по рыбе

Существует ряд баз данных открытого доступа, доступных исследователям по всему миру. Правильная идентификация образцов рыб с помощью методов штрих-кодирования ДНК во многом зависит от качества и видового охвата имеющихся баз данных последовательностей . Справочная база данных рыб — это электронная база данных, которая обычно содержит штрих-коды ДНК, изображения и геопространственные координаты исследованных образцов рыб. База данных может также содержать ссылки на ваучерные образцы, информацию о распространении видов, номенклатуре, авторитетную таксономическую информацию, дополнительную информацию о естественной истории и цитаты из литературы. Справочные базы данных могут быть кураторскими, что означает, что записи подвергаются экспертной оценке перед включением, или некурируемыми, и в этом случае они могут включать большое количество эталонных последовательностей, но с менее надежной идентификацией видов.

FISH-BOL

Инициатива «Рыбный штрих-код жизни» (FISH-BOL) www.fishbol.org, запущенная в 2005 году, представляет собой международное исследовательское сотрудничество, которое занимается сбором стандартизированной эталонной библиотеки последовательностей ДНК для всех видов рыб. ^{[ 24 ]} Это согласованный глобальный исследовательский проект, целью которого является сбор и объединение стандартизированных последовательностей штрих-кодов ДНК и связанных с ними данных о происхождении ваучеров в курируемой библиотеке эталонных последовательностей, чтобы помочь в молекулярной идентификации всех видов рыб. ^{[ 25 ]}

Если исследователи желают внести свой вклад в справочную библиотеку FISH-BOL, предоставляются четкие рекомендации по сбору образцов, визуализации, сохранению и архивированию, а также по протоколам сбора и подачи метаданных. ^{[ 26 ]} База данных Fish-BOL функционирует как портал к системам данных «Штрих-код жизни» (BOLD) .

База штрих-кодирования рыбы во Французской Полинезии

База данных штрих-кодов рыб Французской Полинезии содержит все образцы, пойманные во время нескольких экскурсий, организованных или в которых участвовал CRIOBE (Центр островных исследований и обсерватория окружающей среды) с 2006 года на архипелагах Французской Полинезии. Для каждого классифицированного образца может быть доступна следующая информация: научное название, изображение, дата, координаты GPS, глубина и метод захвата, размер и последовательность ДНК субъединицы 1 цитохромоксидазы c (CO1). Поиск в базе данных можно осуществлять по названию (роду или виду) или по части последовательности ДНК CO1.

Акваген

совместный продукт, разработанный несколькими немецкими учреждениями, Aquagene — который обеспечивает бесплатный доступ к тщательно подобранной генетической информации о морских видах рыб. База данных позволяет идентифицировать виды путем сравнения последовательностей ДНК. Все виды характеризуются множественными последовательностями генов, в настоящее время включая стандартный ген штрих-кодирования CO1 вместе с CYTB, MYH6 и (в ближайшее время) RHOD, что облегчает однозначное определение вида даже для близкородственных видов или видов с высоким внутривидовым разнообразием. Генетические данные дополняются в режиме онлайн дополнительными данными об образце образца, такими как цифровые изображения, номер ваучера и географическое происхождение.

Дополнительные ресурсы

Другими справочными базами данных, которые имеют более общий характер, но также могут быть полезны для штрих-кодирования рыбы, являются система данных Barcode of Life и Genbank .

Преимущества

Штрих-кодирование/метабаркодирование обеспечивает быструю и обычно надежную идентификацию видов, а это означает, что морфологическая идентификация, то есть таксономическая экспертиза, не требуется. Метабаркодирование также позволяет идентифицировать виды, когда организмы деградируют. ^{[ 27 ]} или доступна только часть организма. Это мощный инструмент для обнаружения редких и/или инвазивных видов, которые можно обнаружить, несмотря на низкую численность. Традиционные методы оценки биоразнообразия рыб, ^{[ 6 ]} изобилие и плотность включают использование таких снастей, как сети, электрорыболовное оборудование, ^{[ 6 ]} тралы, садки, сети и другие снасти, которые показывают надежные результаты присутствия только для многочисленных видов. Напротив, редкие местные виды, а также недавно появившиеся чужеродные виды с меньшей вероятностью будут обнаружены традиционными методами, что приводит к неверным предположениям об отсутствии/присутствии. ^{[ 6 ]} Штрих-кодирование/метабаркодирование также в некоторых случаях является неинвазивным методом отбора проб, поскольку оно дает возможность анализировать ДНК из эДНК или путем отбора проб живых организмов. ^{[ 28 ]}^{[ 29 ]}^{[ 30 ]}

Что касается паразитов рыб, метабаркодирование позволяет обнаружить загадочных или микроскопических паразитов из водной среды, что затруднительно при использовании более прямых методов (например, идентификация видов из образцов с помощью микроскопии). Некоторые паразиты демонстрируют загадочные вариации, и метабаркодирование может быть полезным методом выявления этого. ^{[ 31 ]}

Применение метабаркодирования eDNA экономически эффективно в крупных опросах или когда требуется много образцов. Электронная ДНК может сократить затраты на рыболовство, транспортировку образцов и время, затрачиваемое систематиками, и в большинстве случаев для надежного обнаружения требуется лишь небольшое количество ДНК целевых видов. Еще одним преимуществом является постоянное снижение цен на штрих-кодирование/метабаркодирование в связи с техническим развитием. ^{[ 2 ]}^{[ 22 ]}^{[ 32 ]} Подход eDNA также подходит для мониторинга недоступных сред.

Проблемы

Результаты, полученные с помощью метабаркодирования, ограничены или смещены в зависимости от частоты появления. Проблемно также то, что далеко не ко всем видам прикреплены штрих-коды. ^{[ 27 ]}

Несмотря на то, что метабаркодирование может преодолеть некоторые практические ограничения традиционных методов отбора проб, до сих пор нет единого мнения относительно дизайна эксперимента и биоинформатических критериев применения метабаркодирования эДНК. Отсутствие критериев обусловлено разнородностью проведенных до сих пор экспериментов и исследований, в которых рассматривались различные виды и численность рыб, типы водных экосистем, количество маркеров и их специфичность. ^{[ 32 ]}

Еще одна серьезная проблема для этого метода — количественная оценка численности рыбы на основе молекулярных данных. Хотя в некоторых случаях количественная оценка возможна. ^{[ 33 ]} похоже, нет единого мнения о том, как и в какой степени молекулярные данные могут достичь этой цели мониторинга рыбы. ^{[ 34 ]}

См. также

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б ^с Рис, Хелен С.; Мэддисон, Бен С.; Миддлдич, Дэвид Дж.; Патмор, Джеймс Р.М.; Гоф, Кевин С. (2014). Криспо, Эрика (ред.). «ОБЗОР: Обнаружение видов водных животных с использованием ДНК окружающей среды - обзор эДНК как инструмента исследования в экологии» (PDF) . Журнал прикладной экологии . 51 (5): 1450–1459. Бибкод : 2014JApEc..51.1450R . дои : 10.1111/1365-2664.12306 . Архивировано из оригинала (PDF) 22 июля 2018 г. Проверено 16 ноября 2019 г.
^ Jump up to: ^а ^б Голдберг, Карен С.; Тернер, Кэмерон Р.; Дайнер, Кристи; Климус, Кэти Э.; Томсен, Филип Фрэнсис; Мерфи, Мелани А.; Спир, Стивен Ф.; Макки, Анна; Ойлер-Макканс, Сара Дж. (2016). Гилберт, М. (ред.). «Важные соображения по применению методов ДНК окружающей среды для обнаружения водных видов» . Методы экологии и эволюции . 7 (11): 1299–1307. Бибкод : 2016MEcEv...7.1299G . дои : 10.1111/2041-210X.12595 . hdl : 20.500.11850/502281 .
^ Томсен, Филип Фрэнсис; Виллерслев, Эске (2015). «Экологическая ДНК – новый инструмент сохранения для мониторинга прошлого и настоящего биоразнообразия» . Биологическая консервация . 183 : 4–18. дои : 10.1016/j.biocon.2014.11.019 .
^ Jump up to: ^а ^б «ФИШ-БОЛ» . www.fishbol.org . Архивировано из оригинала 12 апреля 2019 г. Проверено 28 марта 2019 г.
^ Хэнфлинг, Бернд; Лоусон Хэндли, Лори; Прочтите, Дэниел С.; Хан, Кристоф; Ли, Цзяньлун; Николс, Пол; Блэкман, Розетта К.; Оливер, Анна; Уинфилд, Ян Дж. (2016). «Метабаркодирование ДНК окружающей среды озерных рыбных сообществ отражает долгосрочные данные, полученные из установленных методов исследования» (PDF) . Молекулярная экология . 25 (13): 3101–3119. дои : 10.1111/mec.13660 . ПМИД 27095076 . S2CID 21984641 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д Джерд, Кристофер Л.; Махон, Эндрю Р.; Чаддертон, В. Линдси; Лодж, Дэвид М. (2011). « Невидимое» обнаружение редких водных видов с использованием ДНК окружающей среды: наблюдение эДНК за редкими водными видами» . Письма о сохранении . 4 (2): 150–157. дои : 10.1111/j.1755-263X.2010.00158.x . S2CID 39849851 .
^ Шералиев, Бахтиёр; Пэн, Цзоган (2021). «Молекулярное разнообразие рыб Узбекистана оценено с помощью штрих-кодирования ДНК» . Научные отчеты . 11 (1): 16894. Бибкод : 2021NatSR..1116894S . дои : 10.1038/s41598-021-96487-1 . ISSN 2045-2322 . ПМЦ 8376971 . ПМИД 34413445 . S2CID 237242923 .
^ Шу, Лу; Людвиг, Арне; Пэн, Цзоган (2020). «Стандарты на методы использования ДНК окружающей среды для обнаружения видов рыб» . Гены . 11 (3): 296. doi : 10.3390/genes11030296 . ISSN 2073-4425 . ПМК 7140814 . ПМИД 32168762 .
^ Ким, Хён Ву; Пак, Хён; Бек, Оружейное дело; Ли, Джэ-Бон; Ли, Су Рин; Кан, Хе Ын; Юн, Тэ Хо (07 ноября 2017 г.). «Метабаркодирующий анализ содержимого желудка антарктического клыкача (Dissostichus mawsoni), пойманного в Антарктическом океане» . ПерДж . 5 : е3977. дои : 10.7717/peerj.3977 . ISSN 2167-8359 . ПМЦ 5680711 . ПМИД 29134141 .
^ Баласингем, Кэтрин Д.; Уолтер, Райан П.; Мандрак, Николас Э.; Хит, Дэниел Д. (январь 2018 г.). «Обнаружение экологической ДНК редких и инвазивных видов рыб в двух притоках Великих озер» . Молекулярная экология . 27 (1): 112–127. Бибкод : 2018MolEc..27..112B . дои : 10.1111/mec.14395 . ISSN 1365-294X . ПМИД 29087006 . S2CID 25718606 .
^ Коста, Филипе О; Карвалью, Гэри Р. (декабрь 2007 г.). «Инициатива «Штрих-код жизни»: краткий обзор и перспективные социальные последствия штрих-кодирования ДНК рыб» . Геномика, общество и политика . 3 (2): 29. дои : 10.1186/1746-5354-3-2-29 . ISSN 1746-5354 . ПМК 5425017 .
^ Плау, Луи В.; Огберн, Мэтью Б.; Фицджеральд, Кэтрин Л.; Джеранио, Роуз; Марафино, Габриэлла А.; Ричи, Кимберли Д. (01 ноября 2018 г.). Дои, Хидеюки (ред.). «Анализ ДНК речной сельди в Чесапикском заливе: мощный инструмент для мониторинга ключевых видов, находящихся под угрозой исчезновения» . ПЛОС ОДИН . 13 (11): e0205578. Бибкод : 2018PLoSO..1305578P . дои : 10.1371/journal.pone.0205578 . ISSN 1932-6203 . ПМК 6211659 . ПМИД 30383750 .
^ Эванс, Натан Т.; Ламберти, Гэри А. (январь 2018 г.). «Оценка пресноводного рыболовства с использованием ДНК окружающей среды: введение в метод, его потенциал и недостатки как инструмента сохранения». Рыболовные исследования . 197 : 60–66. doi : 10.1016/j.fishres.2017.09.013 .
^ Баркачча, Джанни; Лучин, Маргарита; Кассандро, Мартино (29 декабря 2015 г.). «Штрих-кодирование ДНК как молекулярный инструмент для отслеживания неправильной маркировки и пищевого пиратства» . Разнообразие . 8 (4): 2. дои : 10.3390/d8010002 . hdl : 11577/3199867 . ISSN 1424-2818 .
^ Валентини, Паола; Галимберти, Андреа; Меццасалма, Валерио; Де Маттиа, Фабрицио; Казираги, Маурицио; Лабра, Массимо; Помпа, Пьер Паоло (3 июля 2017 г.). «ДНК-штрих-кодирование в сочетании с нанотехнологиями: разработка универсального колориметрического теста для аутентификации пищевых продуктов». Angewandte Chemie, международное издание . 56 (28): 8094–8098. дои : 10.1002/anie.201702120 . ПМИД 28544553 .
^ Сиэтл, Весточка продовольственной безопасности 1012 Первый бульвар пятый этаж; Вашингтон 98104-1008 (18 декабря 2018 г.). «Исследование показало, что мошенничество с рыбой распространено в штате Нью-Йорк: AG предупреждает сети супермаркетов» . Новости безопасности пищевых продуктов . Проверено 28 марта 2019 г. {{cite web}}: CS1 maint: числовые имена: список авторов ( ссылка )
^ Стейнке, Дирк; Бернар, Андреа М.; Хорн, Ребекка Л.; Хилтон, Пол; Ханнер, Роберт; Шивджи, Махмуд С. (25 августа 2017 г.). «Анализ ДНК продаваемых акульих плавников и жаберных пластинок подвижных выявляет высокую долю видов, подлежащих сохранению» . Научные отчеты . 7 (1): 9505. Бибкод : 2017НатСР...7.9505С . дои : 10.1038/s41598-017-10123-5 . ISSN 2045-2322 . ПМЦ 5573315 . ПМИД 28842669 .
^ Томсен, Филип Фрэнсис; Килгаст, Джос; Иверсен, Ларс Лёнсманн; Моллер, Питер Раск; Расмуссен, Мортен; Виллерслев, Эске (29 августа 2012 г.). Лин, Сенджи (ред.). «Обнаружение разнообразной морской рыбной фауны с использованием ДНК окружающей среды из образцов морской воды» . ПЛОС ОДИН . 7 (8): е41732. Бибкод : 2012PLoSO...741732T . дои : 10.1371/journal.pone.0041732 . ISSN 1932-6203 . ПМЦ 3430657 . ПМИД 22952584 .
^ Голдберг, Карен С.; Стриклер, Кэтрин М.; Фремье, Александр К. (август 2018 г.). «Деградация и дисперсия ограничивают обнаружение ДНК редких амфибий в водно-болотных угодьях в окружающей среде: повышение эффективности методов отбора проб» . Наука об общей окружающей среде . 633 : 695–703. Бибкод : 2018ScTEn.633..695G . doi : 10.1016/j.scitotenv.2018.02.295 . ПМИД 29602110 .
^ Харпер, Линси Р.; Бакстон, Эндрю С.; Рис, Хелен С.; Брюс, Кэт; Брис, Рейн; Хальфмертен, Дэвид; Прочтите, Дэниел С.; Уотсон, Хейли В.; Сэйер, Карл Д. (01 января 2019 г.). «Перспективы и проблемы мониторинга экологической ДНК (эДНК) в пресноводных прудах» . Гидробиология . 826 (1): 25–41. дои : 10.1007/s10750-018-3750-5 . ISSN 1573-5117 .
^ Эванс, Натан Т.; Олдс, Бретт П.; Реншоу, Марк А.; Тернер, Кэмерон Р.; Ли, Июань; Джерд, Кристофер Л.; Махон, Эндрю Р.; Пфрендер, Майкл Э.; Ламберти, Гэри А. (январь 2016 г.). «Количественная оценка разнообразия видов мезокосмических рыб и земноводных с помощью метабаркодирования ДНК окружающей среды» . Ресурсы молекулярной экологии . 16 (1): 29–41. дои : 10.1111/1755-0998.12433 . ПМЦ 4744776 . ПМИД 26032773 .
^ Jump up to: ^а ^б Валентини, Алиса; Таберле, Пьер; Мио, Клод; Сиваде, Рафаэль; Гердер, Джелгер; Томсен, Филип Фрэнсис; Бельмен, Ева; Беснар, Орельен; Куассак, Эрик (февраль 2016 г.). «Мониторинг водного биоразнообразия нового поколения с использованием метабаркодирования ДНК окружающей среды» (PDF) . Молекулярная экология . 25 (4): 929–942. дои : 10.1111/mec.13428 . ПМИД 26479867 . S2CID 2801412 .
^ Хэнфлинг, Бернд; Хэндли, Лори Лоусон; Прочтите, Дэниел С.; Хан, Кристоф; Ли, Цзяньлун; Николс, Пол; Блэкман, Розетта К.; Оливер, Анна; Уинфилд, Ян Дж. (2016). «Метабаркодирование ДНК окружающей среды озерных рыбных сообществ отражает долгосрочные данные, полученные из установленных методов исследования» (PDF) . Молекулярная экология . 25 (13): 3101–3119. дои : 10.1111/mec.13660 . ISSN 1365-294X . ПМИД 27095076 . S2CID 21984641 .
^ Уорд, РД; Ханнер, Р.; Хеберт, ПДН (2009). «Кампания по штрих-кодированию ДНК всех рыб, ФИШ-БОЛ». Журнал биологии рыб . 74 (2): 329–356. дои : 10.1111/j.1095-8649.2008.02080.x . ISSN 1095-8649 . ПМИД 20735564 . S2CID 3905635 .
^ Беккер, Свен; Ханнер, Роберт; Стейнке, Дирк (2011). «Пять лет ФИШ-БОЛ: Краткий отчет о состоянии» . Митохондриальная ДНК . 22 (доп1): 3–9. дои : 10.3109/19401736.2010.535528 . ISSN 1940-1736 . ПМИД 21271850 .
^ Стейнке, Дирк; Ханнер, Роберт (2011). «Протокол сотрудников FISH-BOL» . Митохондриальная ДНК . 22 (доп1): 10–14. дои : 10.3109/19401736.2010.536538 . ISSN 1940-1736 . ПМИД 21261495 .
^ Jump up to: ^а ^б Хармс-Туохи, Калифорния; Шизас, Невада; Аппелдорн, рупии (25 октября 2016 г.). «Использование метабаркодирования ДНК для анализа содержимого желудка инвазивной крылатки Pterois volitans в Пуэрто-Рико» . Серия «Прогресс в области морской экологии» . 558 : 181–191. Бибкод : 2016MEPS..558..181H . дои : 10.3354/meps11738 . ISSN 0171-8630 .
^ Корс, Эммануэль; Костедоат, Кэролайн; Чаппас, Реми; Печ, Николас; Мартин, Жан-Франсуа; Жиль, Андре (январь 2010 г.). «Метод анализа рациона пресноводных организмов на основе ПЦР с использованием штрих-кодирования 18S рДНК на фекалиях: штрих-кодирование ДНК в рационе пресноводных организмов». Ресурсы молекулярной экологии . 10 (1): 96–108. дои : 10.1111/j.1755-0998.2009.02795.x . ПМИД 21564994 . S2CID 25358568 .
^ Тагучи, Т.; Миура, Ю.; Крюгер, Д.; Сугиура, С. (май 2014 г.). «Использование методов анализа содержимого желудка и ДНК фекалий для оценки пищевого поведения большеротого окуня Micropterus salmoides и синежабрника Lepomis macrochirus: содержимое желудка и анализ фекальной ДНК». Журнал биологии рыб . 84 (5): 1271–1288. дои : 10.1111/jfb.12341 . ПМИД 24661110 .
^ Гийро, Н.; Булетро, С.; Ирибар, А.; Валентини, А.; Сантул, Ф. (май 2017 г.). «Применение метабаркодирования ДНК на фекалиях для идентификации диеты европейского сома Silurus glanis: метабаркодирование ДНК фекалий s. glanis». Журнал биологии рыб . 90 (5): 2214–2219. дои : 10.1111/jfb.13294 . ПМИД 28345142 . S2CID 38780611 .
^ Хартикайнен, Ханна; Грул, Александр; Окамура, Бет (июль 2014 г.). «Диверсификация и повторяющиеся морфологические переходы у эндопаразитических книдарий (Myxozoa: Malacosporea)». Молекулярная филогенетика и эволюция . 76 : 261–269. дои : 10.1016/j.ympev.2014.03.010 . ПМИД 24675700 .
^ Jump up to: ^а ^б Эванс, Натан Т.; Ли, Июань; Реншоу, Марк А.; Олдс, Бретт П.; Дайнер, Кристи; Тернер, Кэмерон Р.; Джерд, Кристофер Л.; Лодж, Дэвид М.; Ламберти, Гэри А. (сентябрь 2017 г.). «Оценка рыбного сообщества с помощью метабаркодирования eDNA: влияние дизайна выборки и биоинформационной фильтрации» . Канадский журнал рыболовства и водных наук . 74 (9): 1362–1374. дои : 10.1139/cjfas-2016-0306 . hdl : 1807/77359 . ISSN 0706-652X .
^ Маруяма, Ацуши; Сугатани, Косуке; Ватанабэ, Казуки; Яманака, Хироки; Имамура, Акио (2018). «Анализ ДНК окружающей среды как неинвазивный количественный инструмент репродуктивной миграции находящихся под угрозой исчезновения эндемичных рыб в реках» . Экология и эволюция . 8 (23): 11964–11974. дои : 10.1002/ece3.4653 . ПМК 6303803 . ПМИД 30598791 .
^ Шоу, Дженнифер Лос-Анджелес; Кларк, Лоуренс Дж.; Веддерберн, Скотт Д.; Барнс, Томас К.; Вейрих, Лаура С.; Купер, Алан (2016). «Сравнение метабаркодирования ДНК окружающей среды и традиционных методов исследования рыбы в речной системе». Биологическая консервация . 197 : 131–138. дои : 10.1016/j.biocon.2016.03.010 .

[:5-1] Jump up to: ^а ^б ^с Рис, Хелен С.; Мэддисон, Бен С.; Миддлдич, Дэвид Дж.; Патмор, Джеймс Р.М.; Гоф, Кевин С. (2014). Криспо, Эрика (ред.). «ОБЗОР: Обнаружение видов водных животных с использованием ДНК окружающей среды - обзор эДНК как инструмента исследования в экологии» (PDF) . Журнал прикладной экологии . 51 (5): 1450–1459. Бибкод : 2014JApEc..51.1450R . дои : 10.1111/1365-2664.12306 . Архивировано из оригинала (PDF) 22 июля 2018 г. Проверено 16 ноября 2019 г.

[:6-2] Jump up to: ^а ^б Голдберг, Карен С.; Тернер, Кэмерон Р.; Дайнер, Кристи; Климус, Кэти Э.; Томсен, Филип Фрэнсис; Мерфи, Мелани А.; Спир, Стивен Ф.; Макки, Анна; Ойлер-Макканс, Сара Дж. (2016). Гилберт, М. (ред.). «Важные соображения по применению методов ДНК окружающей среды для обнаружения водных видов» . Методы экологии и эволюции . 7 (11): 1299–1307. Бибкод : 2016MEcEv...7.1299G . дои : 10.1111/2041-210X.12595 . hdl : 20.500.11850/502281 .

[3] Томсен, Филип Фрэнсис; Виллерслев, Эске (2015). «Экологическая ДНК – новый инструмент сохранения для мониторинга прошлого и настоящего биоразнообразия» . Биологическая консервация . 183 : 4–18. дои : 10.1016/j.biocon.2014.11.019 .

[:0-4] Jump up to: ^а ^б «ФИШ-БОЛ» . www.fishbol.org . Архивировано из оригинала 12 апреля 2019 г. Проверено 28 марта 2019 г.

[5] Хэнфлинг, Бернд; Лоусон Хэндли, Лори; Прочтите, Дэниел С.; Хан, Кристоф; Ли, Цзяньлун; Николс, Пол; Блэкман, Розетта К.; Оливер, Анна; Уинфилд, Ян Дж. (2016). «Метабаркодирование ДНК окружающей среды озерных рыбных сообществ отражает долгосрочные данные, полученные из установленных методов исследования» (PDF) . Молекулярная экология . 25 (13): 3101–3119. дои : 10.1111/mec.13660 . ПМИД 27095076 . S2CID 21984641 .

[:2-6] Jump up to: ^а ^б ^с ^д Джерд, Кристофер Л.; Махон, Эндрю Р.; Чаддертон, В. Линдси; Лодж, Дэвид М. (2011). « Невидимое» обнаружение редких водных видов с использованием ДНК окружающей среды: наблюдение эДНК за редкими водными видами» . Письма о сохранении . 4 (2): 150–157. дои : 10.1111/j.1755-263X.2010.00158.x . S2CID 39849851 .

[7] Шералиев, Бахтиёр; Пэн, Цзоган (2021). «Молекулярное разнообразие рыб Узбекистана оценено с помощью штрих-кодирования ДНК» . Научные отчеты . 11 (1): 16894. Бибкод : 2021NatSR..1116894S . дои : 10.1038/s41598-021-96487-1 . ISSN 2045-2322 . ПМЦ 8376971 . ПМИД 34413445 . S2CID 237242923 .

[8] Шу, Лу; Людвиг, Арне; Пэн, Цзоган (2020). «Стандарты на методы использования ДНК окружающей среды для обнаружения видов рыб» . Гены . 11 (3): 296. doi : 10.3390/genes11030296 . ISSN 2073-4425 . ПМК 7140814 . ПМИД 32168762 .

[9] Ким, Хён Ву; Пак, Хён; Бек, Оружейное дело; Ли, Джэ-Бон; Ли, Су Рин; Кан, Хе Ын; Юн, Тэ Хо (07 ноября 2017 г.). «Метабаркодирующий анализ содержимого желудка антарктического клыкача (Dissostichus mawsoni), пойманного в Антарктическом океане» . ПерДж . 5 : е3977. дои : 10.7717/peerj.3977 . ISSN 2167-8359 . ПМЦ 5680711 . ПМИД 29134141 .

[10] Баласингем, Кэтрин Д.; Уолтер, Райан П.; Мандрак, Николас Э.; Хит, Дэниел Д. (январь 2018 г.). «Обнаружение экологической ДНК редких и инвазивных видов рыб в двух притоках Великих озер» . Молекулярная экология . 27 (1): 112–127. Бибкод : 2018MolEc..27..112B . дои : 10.1111/mec.14395 . ISSN 1365-294X . ПМИД 29087006 . S2CID 25718606 .

[11] Коста, Филипе О; Карвалью, Гэри Р. (декабрь 2007 г.). «Инициатива «Штрих-код жизни»: краткий обзор и перспективные социальные последствия штрих-кодирования ДНК рыб» . Геномика, общество и политика . 3 (2): 29. дои : 10.1186/1746-5354-3-2-29 . ISSN 1746-5354 . ПМК 5425017 .

[12] Плау, Луи В.; Огберн, Мэтью Б.; Фицджеральд, Кэтрин Л.; Джеранио, Роуз; Марафино, Габриэлла А.; Ричи, Кимберли Д. (01 ноября 2018 г.). Дои, Хидеюки (ред.). «Анализ ДНК речной сельди в Чесапикском заливе: мощный инструмент для мониторинга ключевых видов, находящихся под угрозой исчезновения» . ПЛОС ОДИН . 13 (11): e0205578. Бибкод : 2018PLoSO..1305578P . дои : 10.1371/journal.pone.0205578 . ISSN 1932-6203 . ПМК 6211659 . ПМИД 30383750 .

[13] Эванс, Натан Т.; Ламберти, Гэри А. (январь 2018 г.). «Оценка пресноводного рыболовства с использованием ДНК окружающей среды: введение в метод, его потенциал и недостатки как инструмента сохранения». Рыболовные исследования . 197 : 60–66. doi : 10.1016/j.fishres.2017.09.013 .

[14] Баркачча, Джанни; Лучин, Маргарита; Кассандро, Мартино (29 декабря 2015 г.). «Штрих-кодирование ДНК как молекулярный инструмент для отслеживания неправильной маркировки и пищевого пиратства» . Разнообразие . 8 (4): 2. дои : 10.3390/d8010002 . hdl : 11577/3199867 . ISSN 1424-2818 .

[15] Валентини, Паола; Галимберти, Андреа; Меццасалма, Валерио; Де Маттиа, Фабрицио; Казираги, Маурицио; Лабра, Массимо; Помпа, Пьер Паоло (3 июля 2017 г.). «ДНК-штрих-кодирование в сочетании с нанотехнологиями: разработка универсального колориметрического теста для аутентификации пищевых продуктов». Angewandte Chemie, международное издание . 56 (28): 8094–8098. дои : 10.1002/anie.201702120 . ПМИД 28544553 .

[16] Сиэтл, Весточка продовольственной безопасности 1012 Первый бульвар пятый этаж; Вашингтон 98104-1008 (18 декабря 2018 г.). «Исследование показало, что мошенничество с рыбой распространено в штате Нью-Йорк: AG предупреждает сети супермаркетов» . Новости безопасности пищевых продуктов . Проверено 28 марта 2019 г. {{cite web}}: CS1 maint: числовые имена: список авторов ( ссылка )

[17] Стейнке, Дирк; Бернар, Андреа М.; Хорн, Ребекка Л.; Хилтон, Пол; Ханнер, Роберт; Шивджи, Махмуд С. (25 августа 2017 г.). «Анализ ДНК продаваемых акульих плавников и жаберных пластинок подвижных выявляет высокую долю видов, подлежащих сохранению» . Научные отчеты . 7 (1): 9505. Бибкод : 2017НатСР...7.9505С . дои : 10.1038/s41598-017-10123-5 . ISSN 2045-2322 . ПМЦ 5573315 . ПМИД 28842669 .

[18] Томсен, Филип Фрэнсис; Килгаст, Джос; Иверсен, Ларс Лёнсманн; Моллер, Питер Раск; Расмуссен, Мортен; Виллерслев, Эске (29 августа 2012 г.). Лин, Сенджи (ред.). «Обнаружение разнообразной морской рыбной фауны с использованием ДНК окружающей среды из образцов морской воды» . ПЛОС ОДИН . 7 (8): е41732. Бибкод : 2012PLoSO...741732T . дои : 10.1371/journal.pone.0041732 . ISSN 1932-6203 . ПМЦ 3430657 . ПМИД 22952584 .

[19] Голдберг, Карен С.; Стриклер, Кэтрин М.; Фремье, Александр К. (август 2018 г.). «Деградация и дисперсия ограничивают обнаружение ДНК редких амфибий в водно-болотных угодьях в окружающей среде: повышение эффективности методов отбора проб» . Наука об общей окружающей среде . 633 : 695–703. Бибкод : 2018ScTEn.633..695G . doi : 10.1016/j.scitotenv.2018.02.295 . ПМИД 29602110 .

[20] Харпер, Линси Р.; Бакстон, Эндрю С.; Рис, Хелен С.; Брюс, Кэт; Брис, Рейн; Хальфмертен, Дэвид; Прочтите, Дэниел С.; Уотсон, Хейли В.; Сэйер, Карл Д. (01 января 2019 г.). «Перспективы и проблемы мониторинга экологической ДНК (эДНК) в пресноводных прудах» . Гидробиология . 826 (1): 25–41. дои : 10.1007/s10750-018-3750-5 . ISSN 1573-5117 .

[21] Эванс, Натан Т.; Олдс, Бретт П.; Реншоу, Марк А.; Тернер, Кэмерон Р.; Ли, Июань; Джерд, Кристофер Л.; Махон, Эндрю Р.; Пфрендер, Майкл Э.; Ламберти, Гэри А. (январь 2016 г.). «Количественная оценка разнообразия видов мезокосмических рыб и земноводных с помощью метабаркодирования ДНК окружающей среды» . Ресурсы молекулярной экологии . 16 (1): 29–41. дои : 10.1111/1755-0998.12433 . ПМЦ 4744776 . ПМИД 26032773 .

[:3-22] Jump up to: ^а ^б Валентини, Алиса; Таберле, Пьер; Мио, Клод; Сиваде, Рафаэль; Гердер, Джелгер; Томсен, Филип Фрэнсис; Бельмен, Ева; Беснар, Орельен; Куассак, Эрик (февраль 2016 г.). «Мониторинг водного биоразнообразия нового поколения с использованием метабаркодирования ДНК окружающей среды» (PDF) . Молекулярная экология . 25 (4): 929–942. дои : 10.1111/mec.13428 . ПМИД 26479867 . S2CID 2801412 .

[23] Хэнфлинг, Бернд; Хэндли, Лори Лоусон; Прочтите, Дэниел С.; Хан, Кристоф; Ли, Цзяньлун; Николс, Пол; Блэкман, Розетта К.; Оливер, Анна; Уинфилд, Ян Дж. (2016). «Метабаркодирование ДНК окружающей среды озерных рыбных сообществ отражает долгосрочные данные, полученные из установленных методов исследования» (PDF) . Молекулярная экология . 25 (13): 3101–3119. дои : 10.1111/mec.13660 . ISSN 1365-294X . ПМИД 27095076 . S2CID 21984641 .

[24] Уорд, РД; Ханнер, Р.; Хеберт, ПДН (2009). «Кампания по штрих-кодированию ДНК всех рыб, ФИШ-БОЛ». Журнал биологии рыб . 74 (2): 329–356. дои : 10.1111/j.1095-8649.2008.02080.x . ISSN 1095-8649 . ПМИД 20735564 . S2CID 3905635 .

[25] Беккер, Свен; Ханнер, Роберт; Стейнке, Дирк (2011). «Пять лет ФИШ-БОЛ: Краткий отчет о состоянии» . Митохондриальная ДНК . 22 (доп1): 3–9. дои : 10.3109/19401736.2010.535528 . ISSN 1940-1736 . ПМИД 21271850 .

[26] Стейнке, Дирк; Ханнер, Роберт (2011). «Протокол сотрудников FISH-BOL» . Митохондриальная ДНК . 22 (доп1): 10–14. дои : 10.3109/19401736.2010.536538 . ISSN 1940-1736 . ПМИД 21261495 .

[:1-27] Jump up to: ^а ^б Хармс-Туохи, Калифорния; Шизас, Невада; Аппелдорн, рупии (25 октября 2016 г.). «Использование метабаркодирования ДНК для анализа содержимого желудка инвазивной крылатки Pterois volitans в Пуэрто-Рико» . Серия «Прогресс в области морской экологии» . 558 : 181–191. Бибкод : 2016MEPS..558..181H . дои : 10.3354/meps11738 . ISSN 0171-8630 .

[28] Корс, Эммануэль; Костедоат, Кэролайн; Чаппас, Реми; Печ, Николас; Мартин, Жан-Франсуа; Жиль, Андре (январь 2010 г.). «Метод анализа рациона пресноводных организмов на основе ПЦР с использованием штрих-кодирования 18S рДНК на фекалиях: штрих-кодирование ДНК в рационе пресноводных организмов». Ресурсы молекулярной экологии . 10 (1): 96–108. дои : 10.1111/j.1755-0998.2009.02795.x . ПМИД 21564994 . S2CID 25358568 .

[29] Тагучи, Т.; Миура, Ю.; Крюгер, Д.; Сугиура, С. (май 2014 г.). «Использование методов анализа содержимого желудка и ДНК фекалий для оценки пищевого поведения большеротого окуня Micropterus salmoides и синежабрника Lepomis macrochirus: содержимое желудка и анализ фекальной ДНК». Журнал биологии рыб . 84 (5): 1271–1288. дои : 10.1111/jfb.12341 . ПМИД 24661110 .

[30] Гийро, Н.; Булетро, С.; Ирибар, А.; Валентини, А.; Сантул, Ф. (май 2017 г.). «Применение метабаркодирования ДНК на фекалиях для идентификации диеты европейского сома Silurus glanis: метабаркодирование ДНК фекалий s. glanis». Журнал биологии рыб . 90 (5): 2214–2219. дои : 10.1111/jfb.13294 . ПМИД 28345142 . S2CID 38780611 .

[31] Хартикайнен, Ханна; Грул, Александр; Окамура, Бет (июль 2014 г.). «Диверсификация и повторяющиеся морфологические переходы у эндопаразитических книдарий (Myxozoa: Malacosporea)». Молекулярная филогенетика и эволюция . 76 : 261–269. дои : 10.1016/j.ympev.2014.03.010 . ПМИД 24675700 .

[:4-32] Jump up to: ^а ^б Эванс, Натан Т.; Ли, Июань; Реншоу, Марк А.; Олдс, Бретт П.; Дайнер, Кристи; Тернер, Кэмерон Р.; Джерд, Кристофер Л.; Лодж, Дэвид М.; Ламберти, Гэри А. (сентябрь 2017 г.). «Оценка рыбного сообщества с помощью метабаркодирования eDNA: влияние дизайна выборки и биоинформационной фильтрации» . Канадский журнал рыболовства и водных наук . 74 (9): 1362–1374. дои : 10.1139/cjfas-2016-0306 . hdl : 1807/77359 . ISSN 0706-652X .

[33] Маруяма, Ацуши; Сугатани, Косуке; Ватанабэ, Казуки; Яманака, Хироки; Имамура, Акио (2018). «Анализ ДНК окружающей среды как неинвазивный количественный инструмент репродуктивной миграции находящихся под угрозой исчезновения эндемичных рыб в реках» . Экология и эволюция . 8 (23): 11964–11974. дои : 10.1002/ece3.4653 . ПМК 6303803 . ПМИД 30598791 .

[34] Шоу, Дженнифер Лос-Анджелес; Кларк, Лоуренс Дж.; Веддерберн, Скотт Д.; Барнс, Томас К.; Вейрих, Лаура С.; Купер, Алан (2016). «Сравнение метабаркодирования ДНК окружающей среды и традиционных методов исследования рыбы в речной системе». Биологическая консервация . 197 : 131–138. дои : 10.1016/j.biocon.2016.03.010 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]

[ 15 ]

[ 16 ]

[ 17 ]

[ 18 ]

[ 19 ]

[ 20 ]

[ 21 ]

[ 22 ]

[ 23 ]

[ 24 ]

[ 25 ]

[ 26 ]

[ 27 ]

[ 28 ]

[ 29 ]

[ 30 ]

[ 31 ]

[ 32 ]

[ 33 ]

[ 34 ]