Штрих-кодирование ДНК при оценке диеты

Штрих-кодирование ДНК при оценке рациона — это использование штрих-кодирования ДНК для анализа рациона организмов. ^{[ 1 ]}^{[ 2 ]} и далее обнаружить и описать их трофические взаимодействия . ^{[ 3 ]}^{[ 4 ]} Этот подход основан на идентификации потребляемых видов путем характеристики ДНК, присутствующей в образцах пищи. ^{[ 5 ]} например, отдельные остатки пищи, срыгивания, образцы кишечника и фекалий, гомогенизированное тело организма-хозяина, цель исследования диеты (например, целое тело насекомых) ^{[ 6 ]}).

Подход к секвенированию ДНК , который следует принять, зависит от широты рациона целевого потребителя. Для организмов, питающихся одним или несколькими видами, секвенирования по Сэнгеру можно использовать традиционные методы . Для многоядных видов, элементы рациона которых сложнее идентифицировать, можно определить все потребляемые виды с использованием методологии NGS . ^{[ 5 ]}

Маркеры штрих-кода , используемые для амплификации, будут различаться в зависимости от диеты целевого организма. В рационе травоядных стандартные локусы растений штрих-кода ДНК будут значительно различаться в зависимости от таксономического уровня . ^{[ 7 ]} Поэтому для идентификации растительной ткани на уровне таксономического семейства или рода используются маркеры rbcL и trn-L-интрон , которые отличаются от локусов ITS2 , matK , trnH-psbA (некодирующий межгенный спейсер), используемых для идентификации элементов рациона до рода. и видовом уровне. ^{[ 7 ]} Для животных-жертв наиболее широко используемыми маркерами штрих-кода ДНК для определения рациона являются митохондриальная цитохром С-оксидаза ( COI ) и цитохром b ( cytb ). ^{[ 8 ]} Когда рацион широк и разнообразен, метабаркодирование ДНК используется для идентификации большинства потребляемых продуктов. ^{[ 9 ]}

Преимущества

Основным преимуществом использования штрих-кодирования ДНК при оценке рациона является возможность обеспечить высокое таксономическое разрешение потребляемых видов. ^{[ 10 ]} Действительно, по сравнению с традиционным морфологическим анализом, штрих-кодирование ДНК позволяет более надежно разделить близкородственные таксоны, уменьшая наблюдаемую систематическую ошибку. ^{[ 11 ]}^{[ 12 ]} Кроме того, штрих-кодирование ДНК позволяет обнаруживать мягкие и высокоперевариваемые предметы, не распознаваемые при морфологической идентификации. ^{[ 13 ]} Например, паукообразные питаются предварительно переваренными телами насекомых или других мелких животных, а содержимое их желудков слишком разложилось и морфологически нераспознаваемо с помощью традиционных методов, таких как микроскопия . ^{[ 14 ]}

При исследовании рациона травоядных животных метабаркодирование ДНК позволяет обнаруживать высокоперевариваемые растительные элементы с большим количеством идентифицированных таксонов по сравнению с микрогистологическим и макроскопическим анализом. ^{[ 15 ]}^{[ 16 ]} Например, Николс и др. (2016) подчеркнули таксономическую точность метабаркодирования содержимого рубца : в среднем 90% последовательностей ДНК идентифицируются на уровне рода или вида по сравнению с 75% фрагментов растений, распознаваемых с помощью макроскопии. Еще одно эмпирически проверенное преимущество метабаркодирования по сравнению с традиционными трудоемкими методами заключается в более высокой экономической эффективности. ^{[ 17 ]} Наконец, благодаря своему высокому разрешению, штрих-кодирование ДНК представляет собой важнейший инструмент в управлении дикой природой , позволяющий выявить привычки питания исчезающих видов и животных, которые могут нанести вред окружающей среде. ^{[ 18 ]}

Проблемы

С помощью штрих-кодирования ДНК невозможно получить информацию о поле или возрасте вида добычи, что может иметь решающее значение. Это ограничение в любом случае можно преодолеть с помощью дополнительного этапа анализа с использованием микросателлитного полиморфизма и амплификации Y-хромосомы . ^{[ 19 ]}^{[ 20 ]} Более того, ДНК предоставляет подробную информацию о самых последних событиях (например, за 24–48 часов), но она не может обеспечить более длительную диетическую перспективу, если не проводится непрерывный отбор проб. ^{[ 21 ]} Кроме того, при использовании универсальных праймеров , которые амплифицируют области «штрих-кода» из широкого спектра видов пищевых продуктов, количество амплифицированной ДНК хозяина может значительно превосходить количество ДНК жертвы, что усложняет обнаружение добычи. Однако стратегией предотвращения амплификации ДНК хозяина может быть добавление специфичного для хищника блокирующего праймера . ^{[ 22 ]}^{[ 23 ]}^{[ 24 ]} Действительно, блокирование праймеров для подавления амплификации ДНК хищников позволяет амплифицировать другие группы позвоночных и производить ампликонов , которые представляют собой преимущественно пищевую ДНК. смеси ^{[ 22 ]}^{[ 25 ]}

Несмотря на улучшение оценки рациона с помощью штрих-кодирования ДНК, вторичное потребление (добыча жертвы, паразиты и т. д.) по-прежнему представляет собой мешающий фактор. Фактически, некоторые второстепенные жертвы могут быть включены в анализ как первичные объекты добычи, что вносит предвзятость . Однако из-за гораздо более низкой общей биомассы и более высокого уровня деградации ДНК вторичной добычи может представлять собой лишь незначительную часть восстановленных последовательностей по сравнению с первичной добычей. ^{[ 26 ]}

Количественная интерпретация результатов штрих-кодирования ДНК непроста. ^{[ 12 ]} Были попытки использовать количество восстановленных последовательностей для оценки численности видов-жертв в содержании рациона (например, кишечника, фекалий). Например, если волк съел больше лося, чем дикий кабан, в его кишечнике должно быть больше лосиной ДНК, и, таким образом, будет восстановлено больше последовательностей лося. Несмотря на доказательства общей корреляции между порядковым номером и биомассой, фактические оценки этого метода оказались безуспешными. ^{[ 5 ]}^{[ 27 ]} Это можно объяснить тем, что ткани изначально содержат разную плотность ДНК и могут по-разному перевариваться. ^{[ 28 ]}

Примеры

Млекопитающие

Рацион млекопитающих широко изучается с помощью штрих-кодирования ДНК и метабаркодирования . Некоторые различия в методологии можно наблюдать в зависимости от стратегии питания целевых видов млекопитающих, т.е. от того, являются ли они травоядными , плотоядными или всеядными .

ДНК травоядных млекопитающих обычно извлекается из образцов фекалий. ^{[ 29 ]}^{[ 16 ]}^{[ 30 ]}^{[ 31 ]} или содержимое рубца , полученное от погибших на дороге или животных, убитых во время обычной охоты. ^{[ 15 ]} В рамках штрих-кодирования ДНК подход trn L можно использовать для идентификации видов растений с использованием очень короткого, но информативного фрагмента ДНК хлоропластов (петля P6 интрона trnL (UAA) хлоропласта ). ^{[ 32 ]} Потенциально это приложение применимо ко всем растительноядным видам, питающимся покрытосеменными и голосеменными растениями. ^{[ 32 ]} В качестве альтернативы подходу trn маркеры rbcL , ITS2 , matK , trnH-psbA L для амплификации видов растений можно использовать .

При изучении мелких травоядных животных с загадочным образом жизни, таких как полевки и лемминги , штрих-кодирование ДНК съеденных растений может стать важным инструментом, дающим точную картину использования пищи. ^{[ 16 ]} Кроме того, высокое разрешение идентификации растений, полученное с помощью штрих-кодирования ДНК, позволяет исследователям понять изменения в составе рациона с течением времени и изменчивость среди людей, как это наблюдается у альпийской серны (Rupicapra rupicapra). ^{[ 33 ]} В период с октября по ноябрь, анализируя состав фекалий с помощью штрих-кодирования ДНК, альпийская серна обнаружила сдвиг в диетических предпочтениях. Кроме того, в течение каждого месяца среди людей наблюдались различные категории диеты. ^{[ 33 ]}

Для хищных животных использование неинвазивных подходов имеет решающее значение, особенно при работе с неуловимыми и исчезающими видами . Оценка рациона с помощью штрих-кодирования ДНК фекалий может иметь большую эффективность при обнаружении видов добычи по сравнению с традиционным анализом рациона, который в основном основан на морфологической идентификации непереваренных твердых остатков в фекалиях. ^{[ 23 ]} Оценивая разнообразие рациона позвоночных леопардовой кошки ( Pronailurus bengalensis ) в Пакистане, Shehzad et al. (2012) идентифицировали в общей сложности 18 таксонов-жертв, используя штрих-кодирование ДНК на фекалиях. Сообщалось о восьми различных таксонах птиц, в то время как предыдущие исследования, основанные на традиционных методах, не выявили ни одного вида птиц в рационе леопардовых кошек. ^{[ 23 ]} Другим примером является использование штрих-кодирования ДНК для идентификации мягких останков добычи в содержимом желудков хищников, например, серых тюленей ( Halichoerus grypus ) и морских свиней ( Phocoena phocoena ). ^{[ 34 ]}

Метабаркодирование ДНК меняет правила игры при изучении сложных диет, например, у всеядных хищников, питающихся множеством различных видов как растительного, так и животного происхождения. ^{[ 35 ]}^{[ 36 ]} Данная методика не требует знаний о пище, потребляемой животными в той среде обитания, которую они занимают. ^{[ 35 ]} В исследовании рациона бурого медведя ( Ursus arctos ) метабаркодирование ДНК позволило точно реконструировать широкий спектр таксономически различных элементов, присутствующих в образцах фекалий, собранных в полевых условиях. ^{[ 35 ]}

Птицы

Рыба

Членистоногие

См. также

Штрих-кодирование ДНК рыб
Штрих-кодирование ДНК водных макробеспозвоночных
Штрих-кодирование микробной ДНК
Штрих-кодирование ДНК водорослей
Штрих-кодирование ДНК пыльцы

Ссылки

^ Кинг Р.А., Рид Д.С., Трауготт М., Симондсон В.О. (февраль 2008 г.). «Молекулярный анализ хищничества: обзор передового опыта подходов, основанных на ДНК» . Молекулярная экология . 17 (4): 947–63. дои : 10.1111/j.1365-294X.2007.03613.x . ПМИД 18208490 . S2CID 44796921 .
^ Помпанон Ф., Дигл Б.Е., Симондсон В.О., Браун Д.С., Джарман С.Н., Таберлет П. (апрель 2012 г.). «Кто что ест: оценка диеты с использованием секвенирования следующего поколения» . Молекулярная экология . 21 (8): 1931–50. дои : 10.1111/j.1365-294X.2011.05403.x . ПМИД 22171763 . S2CID 10013333 .
^ Шеппард С.К., Харвуд JD (октябрь 2005 г.). «Достижения в молекулярной экологии: отслеживание трофических связей через пищевые сети хищник-жертва» . Функциональная экология . 19 (5): 751–762. дои : 10.1111/j.1365-2435.2005.01041.x .
^ Кресс В.Дж., Гарсия-Робледо С., Уриарте М., Эриксон Д.Л. (январь 2015 г.). «Штрих-коды ДНК для экологии, эволюции и сохранения». Тенденции в экологии и эволюции . 30 (1): 25–35. дои : 10.1016/j.tree.2014.10.008 . ПМИД 25468359 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с Помпанон Ф., Дигл Б.Е., Симондсон В.О., Браун Д.С., Джарман С.Н., Таберлет П. (апрель 2012 г.). «Кто что ест: оценка диеты с использованием секвенирования следующего поколения» . Молекулярная экология . 21 (8): 1931–50. дои : 10.1111/j.1365-294x.2011.05403.x . ПМИД 22171763 . S2CID 10013333 .
^ Харвуд Дж.Д., Дене Н., Ю Х.Дж., Роули Д.Л., Гринстоун М.Х., Обрицкий Дж.Дж., О'Нил Р.Дж. (октябрь 2007 г.). «Отслеживание роли альтернативной добычи в хищничестве соевой тли Orius insidiosus: молекулярный подход». Молекулярная экология . 16 (20): 4390–4 дои : 10.1111/j.1365-294x.2007.03482.x . ПМИД 17784913 . S2CID 21211301 .
^ Jump up to: ^а ^б Кресс В.Дж., Гарсия-Робледо С., Уриарте М., Эриксон Д.Л. (январь 2015 г.). «Штрих-коды ДНК для экологии, эволюции и сохранения». Тенденции в экологии и эволюции . 30 (1): 25–35. дои : 10.1016/j.tree.2014.10.008 . ПМИД 25468359 .
^ Тобе СС, Китченер А, Линакр А (декабрь 2009 г.). «Цитохром b или субъединица цитохром с оксидазы I для идентификации видов млекопитающих - ответ на дискуссию» . Forensic Science International: Серия дополнений по генетике . 2 (1): 306–307. дои : 10.1016/j.fsigss.2009.08.053 . ISSN 1875-1768 .
^ Якубавичюте Э., Бергстрём Ю., Эклёф Й.С., Хэнель К., Бурлат С.Дж. (октябрь 2017 г.). «Метабаркодирование ДНК выявило разнообразный рацион трехиглой колюшки в прибрежной экосистеме» . ПЛОС ОДИН . 12 (10): e0186929. Бибкод : 2017PLoSO..1286929J . дои : 10.1371/journal.pone.0186929 . ПМЦ 5653352 . ПМИД 29059215 .
^ Гарник С., Барбоза П.С., Уокер Дж.В. (июль 2018 г.). «Оценка методов на животных, используемых для оценки и мониторинга состава рациона пастбищных травоядных животных» . Экология и управление пастбищными угодьями . 71 (4): 449–457. дои : 10.1016/j.rama.2018.03.003 .
^ Сантос Т, Фонсека К, Баррос Т, Годиньо Р, Бастос-Сильвейра К, Бандейра В, Роша Р.Г. (20 мая 2015 г.). «Использование содержимого желудка для анализа рациона плотоядных животных с помощью штрих-кодирования ДНК». Биология дикой природы на практике . 11 (1). дои : 10.2461/wbp.2015.11.4 .
^ Jump up to: ^а ^б Валентини А, Помпанон Ф, Таберлет П (февраль 2009 г.). «Штрих-код ДНК для экологов». Тенденции в экологии и эволюции . 24 (2): 110–7. дои : 10.1016/j.tree.2008.09.011 . ПМИД 19100655 .
^ Пиньоль Дж., Сан-Андрес В., Клэр Э.Л., Мир Дж., Симондсон В.О. (январь 2014 г.). «Прагматичный подход к анализу рациона хищников-универсалов: использование секвенирования нового поколения без блокирующих зондов» (PDF) . Ресурсы молекулярной экологии . 14 (1): 18–26. дои : 10.1111/1755-0998.12156 . ПМИД 23957910 . S2CID 206946302 .
^ Агусти Н., Шейлер С.П., Харвуд Дж.Д., Воган И.П., Сандерленд К.Д., Симондсон В.О. (2003). «Коллембола как альтернативная добыча пауков в пахотных экосистемах: обнаружение добычи внутри хищников с использованием молекулярных маркеров» . Молекулярная экология . 12 (12): 3467–3475. дои : 10.1046/j.1365-294X.2003.02014.x . ПМИД 14629361 . S2CID 7985256 .
^ Jump up to: ^а ^б Николс Р.В., Окессон М., Кьелландер П. (июнь 2016 г.). «Оценка диеты на основе содержимого рубца: сравнение метабаркодирования ДНК и макроскопии» . ПЛОС ОДИН . 11 (6): e0157977. Бибкод : 2016PLoSO..1157977N . дои : 10.1371/journal.pone.0157977 . ПМЦ 4913902 . ПМИД 27322387 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с Сойнинен Э.М., Валентини А., Куассак Э., Микель С., Гиелли Л., Брохманн С., Бристинг А.К., Сёнстебё Дж.Х., Имс Р.А., Йоккос Н.Г., Таберлет П. (август 2009 г.). «Анализ рациона мелких травоядных: эффективность штрих-кодирования ДНК в сочетании с высокопроизводительным пиросеквенированием для расшифровки состава сложных растительных смесей» . Границы в зоологии . 6 (1): 16. дои : 10.1186/1742-9994-6-16 . ПМЦ 2736939 . ПМИД 19695081 .
^ Штейн Э.Д., Мартинес М.К., Стайлз С., Миллер П.Е., Захаров Е.В. (апрель 2014 г.). Казираги М. (ред.). «Действительно ли штрих-кодирование ДНК дешевле и быстрее, чем традиционные морфологические методы: результаты исследования усилий по биооценке пресной воды в Соединенных Штатах?» . ПЛОС ОДИН . 9 (4): е95525. Бибкод : 2014PLoSO...995525S . дои : 10.1371/journal.pone.0095525 . ПМЦ 3995707 . ПМИД 24755838 .
^ Андо Х., Фуджи С., Каванабэ М., Ао Ю., Иноуэ Т., Такенака А. (октябрь 2018 г.). «Оценка загрязнения растений при метабаркодовом анализе диеты травоядных» . Научные отчеты 8 (1): 15563. Бибкод : 2018NatSR...815563A . doi : 10.1038/s41598-018-32845-w . ПМК 6197254 . ПМИД 30349088 .
^ Гриффитс Р., Тивари Б. (декабрь 1993 г.). «Праймеры для дифференциальной амплификации гена области Y, определяющей пол, у ряда видов млекопитающих». Молекулярная экология . 2 (6): 405–6. дои : 10.1111/j.1365-294x.1993.tb00034.x . ПМИД 8162230 . S2CID 43323282 .
^ Таберлет П., Луикарт Г. (сентябрь 1999 г.). «Неинвазивный генетический отбор проб и индивидуальная идентификация» . Биологический журнал Линнеевского общества . 68 (1–2): 41–55. дои : 10.1111/j.1095-8312.1999.tb01157.x . ISSN 0024-4066 .
^ Томсен П.Ф., Килгаст Дж., Иверсен Л.Л., Мёллер П.Р., Расмуссен М., Виллерслев Э. (август 2012 г.). «Обнаружение разнообразной морской ихтиофауны с использованием ДНК окружающей среды из образцов морской воды» . ПЛОС ОДИН . 7 (8): е41732. Бибкод : 2012PLoSO...741732T . дои : 10.1371/journal.pone.0041732 . ПМЦ 3430657 . ПМИД 22952584 .
^ Jump up to: ^а ^б Вестхайм Х., Джарман С.Н. (июль 2008 г.). «Блокирующие праймеры для усиления ПЦР-амплификации редких последовательностей в смешанных образцах — тематическое исследование ДНК добычи в желудках антарктического криля» . Границы в зоологии . 5 (1): 12. дои : 10.1186/1742-9994-5-12 . ПМЦ 2517594 . ПМИД 18638418 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с Шехзад В., Риаз Т., Наваз М.А., Микель С., Пуйо С., Шах С.А., Помпанон Ф., Куассак Э., Таберле П. (апрель 2012 г.). «Анализ диеты хищных животных на основе секвенирования следующего поколения: применение к леопардовой кошке (Prionailurus bengalensis) в Пакистане». Молекулярная экология . 21 (8): 1951–65. дои : 10.1111/j.1365-294x.2011.05424.x . ПМИД 22250784 . S2CID 205364612 .
^ Джарман С.Н., Макиннес Дж.К., Фаукс С., Полановски А.М., Мартик Дж., Дигл Б.Е., Саутвелл С., Эммерсон Л. (декабрь 2013 г.). «Мониторинг рациона популяции пингвинов Адели путем анализа пищевой ДНК в помете» . ПЛОС ОДИН . 8 (12): е82227. Бибкод : 2013PLoSO...882227J . дои : 10.1371/journal.pone.0082227 . ПМЦ 3864945 . ПМИД 24358158 .
^ Вестхайм Х., Дигл Б.Е., Джарман С.Н. (октябрь 2010 г.). «Применение блокирующих олигонуклеотидов для улучшения отношения сигнал/шум в ПЦР». Протоколы ПЦР . Методы молекулярной биологии. Том. 687. Хумана Пресс. стр. 265–74. дои : 10.1007/978-1-60761-944-4_19 . ISBN 9781607619437 . ПМИД 20967615 .
^ Якубавичюте Э, Бергстрём Ю, Эклёф Й.С., Хенель К., Бурла С.Дж. (23 октября 2017 г.). «Метабаркодирование ДНК выявило разнообразный рацион трехиглой колюшки в прибрежной экосистеме» . ПЛОС ОДИН . 12 (10): e0186929. Бибкод : 2017PLoSO..1286929J . дои : 10.1371/journal.pone.0186929 . ПМЦ 5653352 . ПМИД 29059215 .
^ Пиньоль Дж., Сан-Андрес В., Клэр Э.Л., Мир Дж., Симондсон В.О. (январь 2014 г.). «Прагматичный подход к анализу рациона хищников-универсалов: использование секвенирования нового поколения без блокирующих зондов» (PDF) . Ресурсы молекулярной экологии . 14 (1): 18–26. дои : 10.1111/1755-0998.12156 . ПМИД 23957910 . S2CID 206946302 .
^ Дигл Б.Е., Кьярадиа А., Макиннес Дж., Джарман С.Н. (17 июня 2010 г.). «Пиросеквенирование фекальной ДНК для определения рациона маленьких пингвинов: что входит, то и выходит?». Сохраняющая генетика . 11 (5): 2039–2048. дои : 10.1007/s10592-010-0096-6 . ISSN 1566-0621 . S2CID 19992150 .
^ Ковальчик Р., Таберлет П., Куассак Э., Валентини А., Микель С., Каминьски Т., Войчик Дж.М. (февраль 2011 г.). «Влияние методов управления на рацион крупных травоядных - случай зубра в Беловежской пуще (Польша)». Лесная экология и управление . 261 (4): 821–828. дои : 10.1016/j.foreco.2010.11.026 .
^ Айт Баамране М.А., Шехзад В., Ухамму А., Аббад А., Наими М., Куассак Э., Таберлет П., Знари М. (27 апреля 2012 г.). «Оценка пищевых привычек марокканской газели-доркас в М'Сабих Талаа, западно-центральная часть Марокко, с использованием подхода trnL» . ПЛОС ОДИН . 7 (4): e35643. Бибкод : 2012PLoSO...735643A . дои : 10.1371/journal.pone.0035643 . ПМЦ 3338736 . ПМИД 22558187 .
^ Риаз Т., Шехзад В., Виари А., Помпанон Ф., Таберле П., Куассак Э. (ноябрь 2011 г.). «экопраймеры: определение новых маркеров штрих-кода ДНК на основе анализа последовательности всего генома» . Исследования нуклеиновых кислот . 39 (21): е145. дои : 10.1093/nar/gkr732 . ПМЦ 3241669 . ПМИД 21930509 .
^ Jump up to: ^а ^б Валентини А., Микель С., Наваз М.А., Бельмен Э., Куассак Е., Помпанон Ф., Джелли Л., Круо С., Наскетти Г., Винкер П., Свенсон Дж.Э., Таберлет П. (январь 2009 г.). «Новые перспективы анализа диеты на основе штрих-кодирования ДНК и параллельного пиросеквенирования: подход trnL» . Ресурсы молекулярной экологии . 9 (1): 51–60. дои : 10.1111/j.1755-0998.2008.02352.x . ПМИД 21564566 . S2CID 5308081 .
^ Jump up to: ^а ^б Райе Дж., Микель К., Куассак Э., Режадж К., Луазон А., Таберле П. (23 ноября 2010 г.). «Новые данные об изменчивости рациона, выявленные с помощью штрих-кодирования ДНК и высокопроизводительного пиросеквенирования: осенняя диета серны на примере тематического исследования». Экологические исследования . 26 (2): 265–276. дои : 10.1007/s11284-010-0780-5 . ISSN 0912-3814 . S2CID 20754195 .
^ Меэуст Э., Альфонси Э., Ле Менек П., Хассани С., Юнг Дж.Л. (19 ноября 2014 г.). «Штрих-кодирование ДНК для идентификации мягких останков добычи в содержимом желудка серых тюленей (Halichoerus grypus) и морских свиней (Phocoena phocoena)». Исследования морской биологии . 11 (4): 385–395. дои : 10.1080/17451000.2014.943240 . ISSN 1745-1000 . S2CID 83991013 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с Де Барба М., Микель С., Бойер Ф., Мерсье С., Риу Д., Куассак Э., Таберле П. (март 2014 г.). «Мультиплексирование метабаркодирования ДНК и проверка точности данных для оценки диеты: применение к всеядной диете». Ресурсы молекулярной экологии . 14 (2): 306–23. дои : 10.1111/1755-0998.12188 . ПМИД 24128180 . S2CID 25972059 .
^ Клэр Э.Л., Фрейзер Э.Э., Брейд Х.Э., Фентон М.Б., Хеберт П.Д. (июнь 2009 г.). «Виды в меню хищника-универсала, восточной красной летучей мыши (Lasiurus Borealis): использование молекулярного подхода для обнаружения добычи членистоногих». Молекулярная экология . 18 (11): 2532–42. дои : 10.1111/j.1365-294x.2009.04184.x . ПМИД 19457192 . S2CID 3940026 .
^ Рослин Т. и Маджанева С. (2016) «Использование штрих-кодов ДНК в построении пищевой сети - наземные и водные экологи объединяются!». Геном , 59 (9): 603–628. два : 10.1139/gen-2015-0229 .
^ Лерэй М., Мейер К.П., Миллс СК. (2015) «Анализ диеты хищных рыб, обитающих на кораллах, с помощью метабаркодирования демонстрирует незначительный вклад коралловых мутуалистов в их сильно разделенный универсальный рацион». ПирДж , 3 : e1047. два : 10.7717/peerj.1047 .

[1] Кинг Р.А., Рид Д.С., Трауготт М., Симондсон В.О. (февраль 2008 г.). «Молекулярный анализ хищничества: обзор передового опыта подходов, основанных на ДНК» . Молекулярная экология . 17 (4): 947–63. дои : 10.1111/j.1365-294X.2007.03613.x . ПМИД 18208490 . S2CID 44796921 .

[2] Помпанон Ф., Дигл Б.Е., Симондсон В.О., Браун Д.С., Джарман С.Н., Таберлет П. (апрель 2012 г.). «Кто что ест: оценка диеты с использованием секвенирования следующего поколения» . Молекулярная экология . 21 (8): 1931–50. дои : 10.1111/j.1365-294X.2011.05403.x . ПМИД 22171763 . S2CID 10013333 .

[3] Шеппард С.К., Харвуд JD (октябрь 2005 г.). «Достижения в молекулярной экологии: отслеживание трофических связей через пищевые сети хищник-жертва» . Функциональная экология . 19 (5): 751–762. дои : 10.1111/j.1365-2435.2005.01041.x .

[4] Кресс В.Дж., Гарсия-Робледо С., Уриарте М., Эриксон Д.Л. (январь 2015 г.). «Штрих-коды ДНК для экологии, эволюции и сохранения». Тенденции в экологии и эволюции . 30 (1): 25–35. дои : 10.1016/j.tree.2014.10.008 . ПМИД 25468359 .

[Who_is_eating_what:_diet_assessment-5] Jump up to: ^а ^б ^с Помпанон Ф., Дигл Б.Е., Симондсон В.О., Браун Д.С., Джарман С.Н., Таберлет П. (апрель 2012 г.). «Кто что ест: оценка диеты с использованием секвенирования следующего поколения» . Молекулярная экология . 21 (8): 1931–50. дои : 10.1111/j.1365-294x.2011.05403.x . ПМИД 22171763 . S2CID 10013333 .

[6] Харвуд Дж.Д., Дене Н., Ю Х.Дж., Роули Д.Л., Гринстоун М.Х., Обрицкий Дж.Дж., О'Нил Р.Дж. (октябрь 2007 г.). «Отслеживание роли альтернативной добычи в хищничестве соевой тли Orius insidiosus: молекулярный подход». Молекулярная экология . 16 (20): 4390–4 дои : 10.1111/j.1365-294x.2007.03482.x . ПМИД 17784913 . S2CID 21211301 .

[DNA_barcodes_for_ecology,_evolution-7] Jump up to: ^а ^б Кресс В.Дж., Гарсия-Робледо С., Уриарте М., Эриксон Д.Л. (январь 2015 г.). «Штрих-коды ДНК для экологии, эволюции и сохранения». Тенденции в экологии и эволюции . 30 (1): 25–35. дои : 10.1016/j.tree.2014.10.008 . ПМИД 25468359 .

[8] Тобе СС, Китченер А, Линакр А (декабрь 2009 г.). «Цитохром b или субъединица цитохром с оксидазы I для идентификации видов млекопитающих - ответ на дискуссию» . Forensic Science International: Серия дополнений по генетике . 2 (1): 306–307. дои : 10.1016/j.fsigss.2009.08.053 . ISSN 1875-1768 .

[9] Якубавичюте Э., Бергстрём Ю., Эклёф Й.С., Хэнель К., Бурлат С.Дж. (октябрь 2017 г.). «Метабаркодирование ДНК выявило разнообразный рацион трехиглой колюшки в прибрежной экосистеме» . ПЛОС ОДИН . 12 (10): e0186929. Бибкод : 2017PLoSO..1286929J . дои : 10.1371/journal.pone.0186929 . ПМЦ 5653352 . ПМИД 29059215 .

[10] Гарник С., Барбоза П.С., Уокер Дж.В. (июль 2018 г.). «Оценка методов на животных, используемых для оценки и мониторинга состава рациона пастбищных травоядных животных» . Экология и управление пастбищными угодьями . 71 (4): 449–457. дои : 10.1016/j.rama.2018.03.003 .

[11] Сантос Т, Фонсека К, Баррос Т, Годиньо Р, Бастос-Сильвейра К, Бандейра В, Роша Р.Г. (20 мая 2015 г.). «Использование содержимого желудка для анализа рациона плотоядных животных с помощью штрих-кодирования ДНК». Биология дикой природы на практике . 11 (1). дои : 10.2461/wbp.2015.11.4 .

[DNA_barcoding_for_ecologists-12] Jump up to: ^а ^б Валентини А, Помпанон Ф, Таберлет П (февраль 2009 г.). «Штрих-код ДНК для экологов». Тенденции в экологии и эволюции . 24 (2): 110–7. дои : 10.1016/j.tree.2008.09.011 . ПМИД 19100655 .

[13] Пиньоль Дж., Сан-Андрес В., Клэр Э.Л., Мир Дж., Симондсон В.О. (январь 2014 г.). «Прагматичный подход к анализу рациона хищников-универсалов: использование секвенирования нового поколения без блокирующих зондов» (PDF) . Ресурсы молекулярной экологии . 14 (1): 18–26. дои : 10.1111/1755-0998.12156 . ПМИД 23957910 . S2CID 206946302 .

[14] Агусти Н., Шейлер С.П., Харвуд Дж.Д., Воган И.П., Сандерленд К.Д., Симондсон В.О. (2003). «Коллембола как альтернативная добыча пауков в пахотных экосистемах: обнаружение добычи внутри хищников с использованием молекулярных маркеров» . Молекулярная экология . 12 (12): 3467–3475. дои : 10.1046/j.1365-294X.2003.02014.x . ПМИД 14629361 . S2CID 7985256 .

[Diet_Assessment_Based_on_Rumen_Cont-15] Jump up to: ^а ^б Николс Р.В., Окессон М., Кьелландер П. (июнь 2016 г.). «Оценка диеты на основе содержимого рубца: сравнение метабаркодирования ДНК и макроскопии» . ПЛОС ОДИН . 11 (6): e0157977. Бибкод : 2016PLoSO..1157977N . дои : 10.1371/journal.pone.0157977 . ПМЦ 4913902 . ПМИД 27322387 .

[Analysing_diet_of_small_herbivores-16] Jump up to: ^а ^б ^с Сойнинен Э.М., Валентини А., Куассак Э., Микель С., Гиелли Л., Брохманн С., Бристинг А.К., Сёнстебё Дж.Х., Имс Р.А., Йоккос Н.Г., Таберлет П. (август 2009 г.). «Анализ рациона мелких травоядных: эффективность штрих-кодирования ДНК в сочетании с высокопроизводительным пиросеквенированием для расшифровки состава сложных растительных смесей» . Границы в зоологии . 6 (1): 16. дои : 10.1186/1742-9994-6-16 . ПМЦ 2736939 . ПМИД 19695081 .

[17] Штейн Э.Д., Мартинес М.К., Стайлз С., Миллер П.Е., Захаров Е.В. (апрель 2014 г.). Казираги М. (ред.). «Действительно ли штрих-кодирование ДНК дешевле и быстрее, чем традиционные морфологические методы: результаты исследования усилий по биооценке пресной воды в Соединенных Штатах?» . ПЛОС ОДИН . 9 (4): е95525. Бибкод : 2014PLoSO...995525S . дои : 10.1371/journal.pone.0095525 . ПМЦ 3995707 . ПМИД 24755838 .

[18] Андо Х., Фуджи С., Каванабэ М., Ао Ю., Иноуэ Т., Такенака А. (октябрь 2018 г.). «Оценка загрязнения растений при метабаркодовом анализе диеты травоядных» . Научные отчеты 8 (1): 15563. Бибкод : 2018NatSR...815563A . doi : 10.1038/s41598-018-32845-w . ПМК 6197254 . ПМИД 30349088 .

[19] Гриффитс Р., Тивари Б. (декабрь 1993 г.). «Праймеры для дифференциальной амплификации гена области Y, определяющей пол, у ряда видов млекопитающих». Молекулярная экология . 2 (6): 405–6. дои : 10.1111/j.1365-294x.1993.tb00034.x . ПМИД 8162230 . S2CID 43323282 .

[20] Таберлет П., Луикарт Г. (сентябрь 1999 г.). «Неинвазивный генетический отбор проб и индивидуальная идентификация» . Биологический журнал Линнеевского общества . 68 (1–2): 41–55. дои : 10.1111/j.1095-8312.1999.tb01157.x . ISSN 0024-4066 .

[21] Томсен П.Ф., Килгаст Дж., Иверсен Л.Л., Мёллер П.Р., Расмуссен М., Виллерслев Э. (август 2012 г.). «Обнаружение разнообразной морской ихтиофауны с использованием ДНК окружающей среды из образцов морской воды» . ПЛОС ОДИН . 7 (8): е41732. Бибкод : 2012PLoSO...741732T . дои : 10.1371/journal.pone.0041732 . ПМЦ 3430657 . ПМИД 22952584 .

[Blocking_primers_to_enhance_PCR_amp-22] Jump up to: ^а ^б Вестхайм Х., Джарман С.Н. (июль 2008 г.). «Блокирующие праймеры для усиления ПЦР-амплификации редких последовательностей в смешанных образцах — тематическое исследование ДНК добычи в желудках антарктического криля» . Границы в зоологии . 5 (1): 12. дои : 10.1186/1742-9994-5-12 . ПМЦ 2517594 . ПМИД 18638418 .

[Carnivore_diet_analysis_based_on_ne-23] Jump up to: ^а ^б ^с Шехзад В., Риаз Т., Наваз М.А., Микель С., Пуйо С., Шах С.А., Помпанон Ф., Куассак Э., Таберле П. (апрель 2012 г.). «Анализ диеты хищных животных на основе секвенирования следующего поколения: применение к леопардовой кошке (Prionailurus bengalensis) в Пакистане». Молекулярная экология . 21 (8): 1951–65. дои : 10.1111/j.1365-294x.2011.05424.x . ПМИД 22250784 . S2CID 205364612 .

[24] Джарман С.Н., Макиннес Дж.К., Фаукс С., Полановски А.М., Мартик Дж., Дигл Б.Е., Саутвелл С., Эммерсон Л. (декабрь 2013 г.). «Мониторинг рациона популяции пингвинов Адели путем анализа пищевой ДНК в помете» . ПЛОС ОДИН . 8 (12): е82227. Бибкод : 2013PLoSO...882227J . дои : 10.1371/journal.pone.0082227 . ПМЦ 3864945 . ПМИД 24358158 .

[25] Вестхайм Х., Дигл Б.Е., Джарман С.Н. (октябрь 2010 г.). «Применение блокирующих олигонуклеотидов для улучшения отношения сигнал/шум в ПЦР». Протоколы ПЦР . Методы молекулярной биологии. Том. 687. Хумана Пресс. стр. 265–74. дои : 10.1007/978-1-60761-944-4_19 . ISBN 9781607619437 . ПМИД 20967615 .

[26] Якубавичюте Э, Бергстрём Ю, Эклёф Й.С., Хенель К., Бурла С.Дж. (23 октября 2017 г.). «Метабаркодирование ДНК выявило разнообразный рацион трехиглой колюшки в прибрежной экосистеме» . ПЛОС ОДИН . 12 (10): e0186929. Бибкод : 2017PLoSO..1286929J . дои : 10.1371/journal.pone.0186929 . ПМЦ 5653352 . ПМИД 29059215 .

[27] Пиньоль Дж., Сан-Андрес В., Клэр Э.Л., Мир Дж., Симондсон В.О. (январь 2014 г.). «Прагматичный подход к анализу рациона хищников-универсалов: использование секвенирования нового поколения без блокирующих зондов» (PDF) . Ресурсы молекулярной экологии . 14 (1): 18–26. дои : 10.1111/1755-0998.12156 . ПМИД 23957910 . S2CID 206946302 .

[28] Дигл Б.Е., Кьярадиа А., Макиннес Дж., Джарман С.Н. (17 июня 2010 г.). «Пиросеквенирование фекальной ДНК для определения рациона маленьких пингвинов: что входит, то и выходит?». Сохраняющая генетика . 11 (5): 2039–2048. дои : 10.1007/s10592-010-0096-6 . ISSN 1566-0621 . S2CID 19992150 .

[29] Ковальчик Р., Таберлет П., Куассак Э., Валентини А., Микель С., Каминьски Т., Войчик Дж.М. (февраль 2011 г.). «Влияние методов управления на рацион крупных травоядных - случай зубра в Беловежской пуще (Польша)». Лесная экология и управление . 261 (4): 821–828. дои : 10.1016/j.foreco.2010.11.026 .

[30] Айт Баамране М.А., Шехзад В., Ухамму А., Аббад А., Наими М., Куассак Э., Таберлет П., Знари М. (27 апреля 2012 г.). «Оценка пищевых привычек марокканской газели-доркас в М'Сабих Талаа, западно-центральная часть Марокко, с использованием подхода trnL» . ПЛОС ОДИН . 7 (4): e35643. Бибкод : 2012PLoSO...735643A . дои : 10.1371/journal.pone.0035643 . ПМЦ 3338736 . ПМИД 22558187 .

[31] Риаз Т., Шехзад В., Виари А., Помпанон Ф., Таберле П., Куассак Э. (ноябрь 2011 г.). «экопраймеры: определение новых маркеров штрих-кода ДНК на основе анализа последовательности всего генома» . Исследования нуклеиновых кислот . 39 (21): е145. дои : 10.1093/nar/gkr732 . ПМЦ 3241669 . ПМИД 21930509 .

[Valentini_2009-32] Jump up to: ^а ^б Валентини А., Микель С., Наваз М.А., Бельмен Э., Куассак Е., Помпанон Ф., Джелли Л., Круо С., Наскетти Г., Винкер П., Свенсон Дж.Э., Таберлет П. (январь 2009 г.). «Новые перспективы анализа диеты на основе штрих-кодирования ДНК и параллельного пиросеквенирования: подход trnL» . Ресурсы молекулярной экологии . 9 (1): 51–60. дои : 10.1111/j.1755-0998.2008.02352.x . ПМИД 21564566 . S2CID 5308081 .

[ReferenceA-33] Jump up to: ^а ^б Райе Дж., Микель К., Куассак Э., Режадж К., Луазон А., Таберле П. (23 ноября 2010 г.). «Новые данные об изменчивости рациона, выявленные с помощью штрих-кодирования ДНК и высокопроизводительного пиросеквенирования: осенняя диета серны на примере тематического исследования». Экологические исследования . 26 (2): 265–276. дои : 10.1007/s11284-010-0780-5 . ISSN 0912-3814 . S2CID 20754195 .

[34] Меэуст Э., Альфонси Э., Ле Менек П., Хассани С., Юнг Дж.Л. (19 ноября 2014 г.). «Штрих-кодирование ДНК для идентификации мягких останков добычи в содержимом желудка серых тюленей (Halichoerus grypus) и морских свиней (Phocoena phocoena)». Исследования морской биологии . 11 (4): 385–395. дои : 10.1080/17451000.2014.943240 . ISSN 1745-1000 . S2CID 83991013 .

[DNA_metabarcoding_multiplexing_and-35] Jump up to: ^а ^б ^с Де Барба М., Микель С., Бойер Ф., Мерсье С., Риу Д., Куассак Э., Таберле П. (март 2014 г.). «Мультиплексирование метабаркодирования ДНК и проверка точности данных для оценки диеты: применение к всеядной диете». Ресурсы молекулярной экологии . 14 (2): 306–23. дои : 10.1111/1755-0998.12188 . ПМИД 24128180 . S2CID 25972059 .

[36] Клэр Э.Л., Фрейзер Э.Э., Брейд Х.Э., Фентон М.Б., Хеберт П.Д. (июнь 2009 г.). «Виды в меню хищника-универсала, восточной красной летучей мыши (Lasiurus Borealis): использование молекулярного подхода для обнаружения добычи членистоногих». Молекулярная экология . 18 (11): 2532–42. дои : 10.1111/j.1365-294x.2009.04184.x . ПМИД 19457192 . S2CID 3940026 .

[Roslin2016-37] Рослин Т. и Маджанева С. (2016) «Использование штрих-кодов ДНК в построении пищевой сети - наземные и водные экологи объединяются!». Геном , 59 (9): 603–628. два : 10.1139/gen-2015-0229 .

[38] Лерэй М., Мейер К.П., Миллс СК. (2015) «Анализ диеты хищных рыб, обитающих на кораллах, с помощью метабаркодирования демонстрирует незначительный вклад коралловых мутуалистов в их сильно разделенный универсальный рацион». ПирДж , 3 : e1047. два : 10.7717/peerj.1047 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]

[ 15 ]

[ 16 ]

[ 17 ]

[ 18 ]

[ 19 ]

[ 20 ]

[ 21 ]

[ 22 ]

[ 23 ]

[ 24 ]

[ 25 ]

[ 26 ]

[ 27 ]

[ 28 ]

[ 29 ]

[ 30 ]

[ 31 ]

[ 32 ]

[ 33 ]

[ 34 ]

[ 35 ]

[ 36 ]

[ 37 ]

[ 38 ]