изокаудомер

Изокаудомеры представляют собой пары рестриктаз , которые имеют несколько разные последовательности узнавания , но при расщеплении ДНК образуют идентичные последовательности нависающих концов . Эти последовательности могут быть лигированы друг с другом, но затем образуют асимметричную последовательность, которую невозможно расщепить ферментом рестрикции.

Примеры

Например, ферменты Mbo I и BamH I являются изокаудомерами:

Mbo I 
  N*GATC N
  N CTAG*N
BamH I
  G*GATC C
  C CTAG*G

N представляет собой любой из четырех нуклеотидов . Независимо от того, какой нуклеотид присутствует при расщеплении MboI, после расщепления тем или иным ферментом все концы имеют центральный тетрануклеотид — GATC. Это позволяет фрагментам, полученным с помощью одного фермента, отжигаться с фрагментами, полученными с помощью другого фермента. Это можно использовать для устранения сайтов рестрикции из полученного фрагмента ДНК. Например:

Not I
 GC*GGCC GC
 CG CCGG*CG
Bsp120 I
 G*GGCC C
 C CCGG*G

В приведенном выше примере оба фермента производят тетрануклеотиды CCGG, которые могут гибридизироваться друг с другом. Однако результирующая последовательность ДНК будет:

 GCGGCCC
 CGCCGGG

где нуклеотиды, выделенные курсивом, происходят из сайта разрезания NotI, а выделенные жирным шрифтом - из сайта разрезания Bsp120I. Обратите внимание, что полученная последовательность не распознается ни одним из двух ферментов.

Другие примеры изокаудомеров включать:

BamHI/BclI/BglII/BstYI/DpnII
NcoI/BspHI/FatI/PciI
Это I/AseI/BfaI/Csp6I/MseI.
XbaI/AvrII/NheI/SpeI/StyI
XhoI/PspXI/Сали